Claire ordina il bombardamento del rifugio di Gabriel, Alex e Noma sono costretti a fuggire verso New Delphi, una città pericolosa e misteriosa. Nel frattempo, Michael trova una cittadina del sud, Mallory, in cui gli abitanti sono apparentemente protetti dal potere della fede.

Alex, Noma, e Pete inseguiti da Gabriel arrivano a New Delphi dove vengono fatti prigionieri, Claire chiede aiuto ad Arika per screditare David. Nel frattempo, Michael si rende conto che la fede dei cittadini di Mallory ha un costo elevato.

Mentre Alex e Noma cercano di scoprire la verità che si nasconde dietro il potere di Julian, Gabriel si incontra con Michael e gli propone un'alleanza per portare Alex fuori da New Delphi. Claire e Gates devono affrontare un pericoloso assassino.

David si unisce ai ribelli V1 contro Claire per conquistare Vega. Alex e Julian lavorano insieme per catturare Michael, nella speranza di usarlo come esca per imprigionare Gabriel.

A New Delphi, Alex prova a scacciare l'angelo Lyrae che possiede Julian. Michael prova a portare Alex fuori dalla città. Nel frattempo a Vega, Gates va in missione tra le linee nemiche per fermare una trasmissione che minaccia la pace in città.

Piuttosto che dividere ulteriormente Vega, Claire chiede un colloquio con Zoe. Nel frattempo, Julian tortura Gabriel e Michael, Alex trova un rifugio per curare le ferite di Noma e sfuggire all’inseguimento dell’esercito di New Delphi. Michael e Gabriel studiano un piano per evadere.

Michael salva Alex e Noma dall’attacco degli 8Balls di Julian, i tre si incamminano verso Vega. Nel frattempo, Claire e Gates scoprono il traditore che ha avvertito i ribelli mentre William torna a Vega. A New Delphi, Julian sceglie un nuovo approccio per torturare Gabriel.

Alex, Noma e Michael incontrano un ostacolo imprevisto sulla via per Vega, una decisione di Claire minaccia la sicurezza della città. Julian cambia tattica nel tentativo di spezzare la resistenza di Gabriel, nel frattempo, David incontra il nuovo William.

Mentre il corpo di Michael si trova in coma, il profeta chiama l’anima dell'arcangelo a Mallory in modo che possa mantenere la promessa e salvare la città. Alex e Gates uniscono le forze per salvare Vega da una fusione nucleare, David cerca di convincere William a lasciare Vega con lui.

L’apertura dell’'Anfora delle Tenebre ammalia, avvolgendo tutti i cittadini di Vega, provocando visioni che li spingono alla pazzia e al suicidio: Claire perde il suo bambino; William si confronta con quanto accaduto nel deserto; David affronta i suoi demoni interiori; Arika è tormentata dagli 8Balls che ha ucciso. Alex prova a chiudere l’Anfora per mettere fine a tutto ciò.

Mentre Gabriel attacca Michael, Alex e Claire lottano per salvare Vega dall’invasione degli 8Balls. William prende una decisione che sigilla il destino di Vega e Arika si prepara per il suo ritorno ad Helena.

L’esercito 8-Ball viola le mura di Vega e David compie un sacrificio per garantirne la sopravvivenza. Nel frattempo, Gabriel costringe Michael a tornare a Mallory. Si viene a sapere la verità sul segreto di Noma. Alex prova ad uccidere Duma impossessatosi di Riesen. Michael implora il Profeta, e il suo padrone Lucifero, di guarire Gabriel.