Eine Meganuklearkatastrophe hat Tokio verwüstet und verstrahlt. Die drei Mädchen Ibara, Taeko und Aoi sind Mitglieder einer Sondereinheit, die in der verstrahlten Geisterstadt nach Überlebenden sucht.

Die Coppelion-Mädchen treffen auf eine Familie in sehr tragischen Umständen. Der Mann und die Frau sind ehemalige Straftäter, die sich jetzt allein um das Wohlergehen ihrer kleinen Tochter Miku sorgen.

Professor Denjiro Shiba, renommierter Kernphysiker und Vater (Planer und Leiter) des Kernkraftwerkes, in dem der Unfall passierte, übernimmt die Verantwortung für die Katastrophe.

Bei der Verfolgung eines verdächtigen Tarnkappenbombers stoßen die Coppelions auf ein riesiges illegales Lager von hoch radioaktivem Atommüll. Professor Shiba will seinem Leben ein Ende machen.

Die Coppelions werden von Kämpfern einer ominösen 1. Division angegriffen und der japanische Premierminister mischt sich peinlich und wenig hilfreich in das Geschehen ein.

Aoi ist in der Gewalt der 1. Division. Haruto Kurosava – ein männlicher Coppelion von der Säuberungseinheit – ziemlich cool und clever aber auch zynisch – kommt den Mädchen zur Hilfe.

Der Anführer der 1. Division offenbart, dass seine Leute ein nukleares Inferno planen. Die Coppelion Mädchen haben aber noch ein anderes sehr akutes Problem.

Die Ursu-Schwestern, zwei durchgeknallte abtrünnige Coppelion-Girls, haben sich der dubiosen 1. Division angeschlossen und führen jetzt Krieg gegen ihre Schöpfer – die Menschen.

Die Coppelions und ihre Mitstreiter müssen mehrere Aufgaben gleichzeitig managen: einen Zug reparieren, die Ursu-Schwestern ablenken, Geburtshilfe leisten, Tiere in Sicherheit bringen und und und.

Mit einer monströsen Stahlspinne will die 1. Division will die ganze Stadt in Schutt und Asche legen. Doch den Coppelions und ihren Mitstreitern gelingt es, den rettenden Zug in Gang zu bringen.

Der Zug ins Leben bringt die Coppelions und ihre Schützlinge aus der nuklearen Zone, aber nicht alle sind nicht mehr dabei. Und die Ursu-Schwestern sind auch nicht totzukriegen.

Ein spannendes und bewegendes Finale, das noch Hoffnung für die Menschheit lässt.