小智一行人深夜在山中迷路了。跟著察觉到异动的皮卡丘，一行人来到了一座空无一人的小镇，镇中有一座矿道。矿道中一只突然出现的幽灵将众人吓得到处逃窜。一旁疲倦的火箭队看到小智一行人喊著鬼逃窜，决定去矿洞一探究竟，结果被幽灵吓昏。外面突然下起了雨，醒来的火箭队为了壮胆在矿洞中唱歌，把幽灵再次吵了出来。惊慌之下，武藏扔出喵喵无意中撞开了矿道灯的开关，幽灵被吓跑了……另外，在废弃的房中羽栖的小遥听到了音乐，害怕的她将众人叫醒，小智决定调查音乐的来源……

小智在旅途中和小刚正在进行对战练习，小刚的水跃鱼在战斗中进化成了沼跃鱼，并用新学的招式进行攻击，却打中了草丛中的一只茸茸羊。茸茸羊的训练家桃子并没有责怪一行人，众人随她来到一间药铺，很快就治好了茸茸羊的伤。这是一间宝可梦中药铺，里面的师傅使用雷电绝招制作中药。觊觎药铺的妙药的火箭队又想出了诡计来抢药……

小智一行人终于来到了对战竞技场，小智即将迎来夺取第二枚象征的挑战。通过亚希达先生，小智了解了黄瓜香是擅长使用格斗属性宝可梦的训练家，于是特意取回了以力量见长的卡比兽。进入对战竞技场，竞技场主将黄瓜香让小智用轮盘选择对战形式，结果比赛选为二对二的比赛。小黄瓜派出了她最得意的铁掌力士和恰雷姆，小智则派出了森林蜥蜴和刚传送来的卡比兽。面对格斗属性的宝可梦，小智为何特意选择了属性上占下风的卡比兽，比赛会朝何方向发展？

正前往对战巨蛋挑战第三位开拓之脑的小智一行人路过了一座农场。小遥误入了农场而被守卫的霹雳电球攻击，同时也惊动了农场的主人。幸好农场的代美认出了在金黄大会获胜的小遥，招待一行人来农场做客。这个农场是负责抚养宝可梦的农场。农场的代美也想成为一名宝可梦协调训练家，她看见了小遥的小卡比兽，立刻就要求和小卡比兽进行华丽大赛的对决。然而小遥的小卡比兽从未进行过任何对战，战斗的结果却出乎小遥的预料。

在旅行途中得知吉鲁巴镇有举办华丽大赛的小智一行人赶到了镇上，小遥急忙报名参赛。她准备让从未参赛的杰尼龟进行首轮表演。比赛开始前，所有参赛选手登台亮相，一位叫绪方的训练家却迟迟没有出现。等待许久，一名穿著正装手提公文包的中年上班族跑上了舞台，他就是绪方，他的慌张引得观众一片大笑。第一轮的审查中，小遥的杰尼龟表现的相当亮眼，得到了很高的评价。之后，绪方先生一改开始拘谨的上班族形象，以一身摇滚乐手的打扮出场，并伴随著巴大蝶做出了惊人的表演，得到了大好评。然而表演尚未结束，一对母子冲上舞台硬要把绪方带走，这是怎么一回事呢？

小智一行人来到了一个十分冷清的垂钓胜地，虽然没有看见工作人员，但他们在看到告示上的垂钓许可后就开始尝试垂钓。小智钓上了一只体型较大的铁螯龙虾，他试图用龙虾小兵与之对战。然而面对自己的进化形，龙虾小兵的所有进攻都显得无力。铁螯龙虾将龙虾小兵打退，破坏了众人的鱼竿后就逃跑了。随后赶来的朝雾告诉了众人泪桥产业对这个湖泊的觊觎以及之后就有了铁螯龙虾的大肆破坏，于是小智一行人决定帮助朝露赶走铁螯龙虾。

小智一行人终于抵达对战巨蛋。此地的开拓之脑希尔斯是广受群众喜爱的超级巨星。其华丽的登场所带来的狂热气氛，令小智大吃一惊。面对希尔斯火属性的风速狗和水属性的巨沼怪，小智决定用龙虾小兵与大王燕来应战。但是，在希尔斯精妙的战术之下，小智还是陷入了危机…

正前往对战水管的小智一行人，途径森林，看见一只电击怪真在和森林中的草属性宝可梦战斗。小智为了阻止战斗，让皮卡丘对阵电击怪。由于没有学会伏特攻击外加对手的实力很强，皮卡丘被打倒。小小象拦住了电击怪并试图和其战斗，但却造成了一片混乱。在混乱中，小遥的宝可梦的蛋被卡在电击怪头上带走了。小智一行人开始在森林搜寻电击怪。

目标是浅红市的对战水管的小智一行人决定租单车，走单车路前往。但由于降雨导致的山崩使得单车路封闭，众人只好走旁道前往。途中，皮卡丘突然钻进了森林。小智为了寻找正要进入森林，却被宝可梦保育家日向拦了下来。在得到批准进入后，小智发现森林的深处满是荆棘，而且从日向口中得知森林中有传说中的宝可梦时拉比……

小智等人前往浅红市的途中，在森林里认识了忍者学园的学生比久，在比久的邀约下，一行人决定到宝可梦忍者学园参加为期一天的体验课程。而学园里的学生们则因为栽种的橙橙果被偷走，所以开始怀疑突然出现在校园里的盆才怪，认为它的嫌疑最大……

小智一行人抵达浅红市。小遥寻找走失的杰尼龟时，在旧车站偶然认识了阿国嫂。阿国嫂没办法接受丈夫阿勇死于他乡的事实，至今仍在旧车站月台痴痴等待。据说二人是在几十年前分开的。偶然之下小遥与喵喵时光旅行回到了那个时代，他们想救阿勇，但是……

小智来到第四个对战设施对战水管，可是这个设施看起来好像有点奇怪。有两个奇怪的人迎接了小智，然后一位自称是开拓之脑——水管皇后小蓟的女子出现。而此时，小遥和小刚却见到小蓟的弟子们，她们说没有见到小智，这到底是怎么一回事呢？

由于下一个目的地是位在金属岛的第五个对战设施“对战宫殿”，小智一行人便搭船旅行横渡海洋。途中路经香草岛时，得知当地有举办考验训练家与宝可梦感情的例行活动“宝可梦定向越野竞赛”，小智一行人也兴致勃勃地报名参加。而且连火箭队的小次郎也跑来参赛了。为了让小次郎赢得胜利，武藏和喵喵拼命地干扰小智他们……

为了得到第三个缎带奖章，小遥即将参加在藻玉镇举行的华丽大赛。小遥决定派出小卡比兽参赛。在赛场外，一行人偶遇了小遥的一位劲敌哈利，而哈利将成为这次小遥比赛的最大对手。

小智一行人前往即将举办下一场华丽大赛的地点让叶岛。中途路过甘菊岛时，森林蜥蜴因为意外事件与水果宝可梦热带龙打了起来，但却落败负伤。这时出来搭救它的，是乔伊小姐的宝可梦大竺葵。接受大竺葵治疗的森林蜥蜴，却爱上了大竺葵。为了找热带龙再战一场，又再度站了起来……

小智一行人来到了即将举办下一场华丽大赛的地点让叶岛。他们遇见了小瞬却得知小遥之前收到的华丽大赛邀请函不是他写的，而且小瞬不想参加这次的华丽大赛。赛前训练时，小遥遇到了写信给她的人若菜。若菜将小瞬和小遥都视为自己的目标，并成为了小遥新的竞争对手。

小智一行人来到了对战宫殿的所在地金属岛，小智开始了对战前的特训，但是蜥蜴王还是无法使出招式。蜥蜴王想尽办法还是无法使用招式，不甘心的它跑进了森林，却和随后赶来的小智一起遭遇了成群的大针蜂。蜥蜴王受到攻击，和小智、皮卡丘一起落入一旁的小溪。皮卡丘被湍急的水流冲走，受重伤的蜥蜴王被小智救上岸。面对随时可能出现的成群的大针蜂，小智和蜥蜴王开始了在森林中的冒险。

在休整一天后，小智开始了他的对战宫殿挑战赛。由于天气很好，双方同意将对战场地设在丛林中的露天场地。在丛林场地，宇康派出了适应丛林地形的狡猾天狗，小智也让密林宝可梦蜥蜴王打头阵。双方的力量与速度都势均力敌，但狡猾天狗的连续招式似乎让蜥蜴王有些危机。趁着狡猾天狗的破绽，蜥蜴王快速地打败了狡猾天狗。下一场，为了对付宇康的妙蛙花，小智特意从取来了赫拉克罗斯。对于草系宝可梦，虫属性的赫拉克罗斯十分有利，可真的会这么顺利吗？

结束了乘船旅行的小智一行人向第六个对战设施对战塔的所在地美木实镇前进。像往常一样，火箭队今天又来抢小智的皮卡丘了，然而今天因为小遥的小卡比兽利用挥指使出了沙暴，造成了一场混乱，大家和宝可梦们失散了。皮卡丘和小刚的盆才怪跟火箭队的喵喵以及小次郎的魔尼尼被一伙穿黑衣的不明人士追逐，吓得它们四处逃。与此同时，小智在路上跟一只盆才怪和一只魔尼尼相撞，但是它们好像跟他们要找的不太一样……

高楼林立的大都会荐田市。小智一行人来到此地，听到红色闪电的传说。据说以红色斗蓬蒙面又遮身的红色闪电不管对方愿不愿意，都会主动向训练家的宝可梦挑战，并在战胜后，对它们大肆涂鸦。而这个会使用宝可梦的绝招，但又会讲人话的怪人，闹得地方上人心不安。而此时，与小智一行人走散的杰尼龟，也被红色闪电盯上了…

小智一行人来到即将举办下一场华丽大赛的六道木镇，他们遇到了曾经拿到过缎带奖杯的宝可梦培育家祐舞。祐舞对于小刚的宝可梦赞不绝口，并产生了想要收小刚为徒的想法，于是询问小刚是否愿意参加华丽大赛。面对祐舞的邀请，小刚当即冲进了会场办理了参赛手续。六道木大会开幕，小遥和小刚各显神通，一路过关斩将进入决赛，颇具实力的两人展开了激烈的对决，而奖章到底会花落谁家？小刚又是否能够如愿以偿？

小智一行人以对战塔为目的地，途中在山路上遇到了吻宝可梦迷唇娃，正当小遥想抱可爱的迷唇娃时，林中突然有人发出绝招阻挠，而下手的正是三只迷唇姐。在双方差点大手出手时，小智一行人注意到迷唇姐是为了保护迷唇娃而攻击他们，于是决定绕道而行。后来，躲在森林中的火箭队也遇到了这只可爱的迷唇娃，因此打起了鬼主意……

小智和皮卡丘在前往对战塔的途中惊扰到一只大针蜂，但幸运的是，有人出面安抚了这只生气的大针蜂。小智对这“少年”能跟宝可梦进行对话感到很惊讶，但此人表示自己只是能凭感觉稍微理解宝可梦的心情。火箭队又来捣乱，虽然小智成功挫败了他们的计划，却也害得“少年”、皮卡丘和自己浑身湿透。因此，小智和同伴们被邀请到了“少年”的家中休息，并得知了此人其实是个女生，而她的名字叫做莉拉……

在对战塔与莉拉的战斗中落败了的小智，虽然他很不甘心地想再度挑战，但是，他也很清楚按照以往只靠气势来战斗的话，一定没有胜算。小智反省到原因出在自己没有充分发挥宝可梦的实力，于是又再展开了特训。小智也知道要打败能与宝可梦心灵合一的莉拉，用普通的训练方法是行不通的，于是……

以挑战最后的对战设施对战金字塔为目标的小智一行人，在森林中遇到了金光闪闪的树才怪。小智原本想收服，但却被它给逃掉了。小智一行人走到附近的城镇，谈论到黄金树才怪的话题时，却遭到周围群众上前逼问，此时出面解危的是名叫钦也的少年，他似乎知道黄金树才怪的秘密，但是……

小遥被乔伊小姐告知，构木大会将是关都地区华丽大型庆典前的最后一场华丽大赛，因此目前只拿到四个缎带奖章的她感到压力颇大。正当大家在鼓励小遥，哈利突然从小遥背后出现。受到惊吓的小遥表示这场华丽大赛她绝不会输给哈利，却从哈利掉落的奖章盒得知他已经收齐了五个缎带奖章，于是小遥又重新燃起了斗志。另一边，思考着华丽大赛对策的武藏被哈利发现了真实身份，哈利表示自己是武藏的粉丝，并诉说了一个故事赢得了武藏的信任。于是为了阻止小遥拿到最后的缎带奖章，哈利和火箭队决定联手…

惊险地通过了第一次审查，小遥迎来了武藏的挑衅。面对自信满满的武藏，小遥出言反击，却让武藏险些供出幕后主使。准备回到观众席的小智被告知家里来了电话，三人跟随“工作人员”来到会场外被关进了铁笼，但幸得暗中跟随的小瞬相助。小瞬告诉三人小遥有危险，于是几人连忙赶回会场，然而他们又掉进了火箭队设下的陷阱……

为了挑战座落于尼比市外的对战金字塔，小智一行人途经沙比市，并得知此处正在举办为期一天的宝可梦锦标赛。当作是挑战对战金字塔前的热身，小智决定参加本次比赛。而因先前捕获皮卡丘失败、相互推诿责任导致分道扬镳的火箭队三人组也先后来到这里并进入了大赛会场。武藏和小次郎在会场内再次相遇，但两人却都不愿意同对方和好，而这个时候出现在他们面前的是……

来到了久违的尼比市，小智一行人发现尼比道馆发生了翻天覆地的变化。小刚从他的弟弟妹妹们口中得知了事情的经过，于是打电话质问父母，可是话还没说完电话就被小米掐断了。为了保护尼比道馆，小刚决定回绝掉那些可疑的道馆改装者……

小智一行人眼看著最后的对战设施对战金字塔就在眼前，却掉到古代的地下通道中，并且误触古代遗迹的机关，而小智一行人陷入大危机。幸好地，他们被使用传说的宝可梦雷吉洛克的神代拯救的。然而，小智还不听他的话，就跑到古代遗迹的一部，又误触机关……

为了小遥即将参加的华丽大型庆典，小智一行人向石英高原的方向前进。途中遇到被农夫追赶的大群长尾怪手。此时小智被抢走了帽子、小遥则是被抢走了重要的奖章收集盒。好像是因为原本山中温驯的宝可梦们，突然开始在果园闹事，让农夫们非常困扰。不仅如此，还听说山中出现叫声恐怖的巨大魔怪。于是小智一行人马上前往调查……

小智一行人终于来到举行宝可梦华丽大赛‧华丽大型庆典的场地，石英高原。这是小遥第二次挑战华丽大型庆典，她当然是信心满满的以取得优胜为目标。然而参赛者都是有拿到五个奖章的高手，就连劲敌的小瞬、神秘的黑衣人、以及混入会场当工作人员的火箭队，个个都是不可掉以轻心的人物。到底小遥能不能顺利通过预赛呢？

小遥通过了宝可梦华丽大赛华丽大型庆典石英大会的预赛。然而，正式比赛还有更严苛的战斗在等著她。特别是小瞬，以及从以前就认识他的协调训练家纱织，目堵他们的实力，小遥不禁有点退缩。然后打进第二次审查华丽对战赛的小遥，第一个遇上的对手，居然是一再用卑鄙手段整她的哈利……

宝可梦华丽大赛华丽大型庆典石英大会的半决赛，面对改变了战斗方式的小瞬，小遥使出了炎与水的融合进行反击。一番酣战，沙漠蜻蜓和杰尼龟双双倒下，可一对一的局面，小瞬的攻势却愈发猛烈起来，小遥似乎陷入了危机。然而这个时候，力壮鸡的身体开始发出红光…

小智正在向对战金字塔前进，可是调皮的长尾怪手又恶作剧了，这次它拿走小智的帽子跑开，把小智和小刚带到了一个村子里。这个村子今天要选出今年的国王，要是谁能在日落时分的钟响之前抢到王冠就能成为国王。小智和小刚遇见了想要成为国王的日吉，而小刚听说了此事后为了吸引大姐姐们也决定参加。另一边，火箭队看到了王冠也动起了歪脑筋。正当火箭队准备抢走王冠时，长尾怪手突然出现了，它拿走了王冠，还把它戴在了头上，可是戴上之后却拿不下来了。如果在日落之前王冠还在它的头上的话，长尾怪手就要成为村子的国王了。这可怎么办呢？

前往对战金字塔的小智一行人在旅途中遇到了一只会重复人话的聒噪鸟。在帮助小杏捉住了这只聒噪鸟后，他们得知小杏想成为搞笑艺人并和聒噪鸟一起讲宝可梦相声的梦想，以及她最近的烦恼。击败了觊觎聒噪鸟的火箭队，小智一行人被小杏邀请到了她家，然而就在他们享用午餐的时候，聒噪鸟却突然从精灵球中跑了出来……

前往对战金字塔的小智一行人途经一片森林，他们在这里遇到一只主动进攻的玛狃拉。玛狃拉在击败了长尾怪手后就不见了，正当小智一行人在疑惑，森林警备队的川田匆忙地跑了过来。在治疗了长尾怪手后，川田告诉了小智等人关于那只落单的玛狃拉的事情……

为了获得最后的象征，小智一行人来到了对战金字塔所在的茴香谷。这里宝可梦中心的乔伊小姐十分热爱宝可梦对战和宝可梦华丽大赛，她提醒小智挑战对战金字塔前需要做好万全的准备，并且与小智进行了一场对战……

再次挑战对战金字塔失败的小智陷入了瓶颈，小遥也因此想起了她在华丽大型庆典的失败而情绪低落。小胜提议两人进行对战，小遥却断然拒绝，认为小智同她对战不会有收获。大木博士给小智带来了宝可梦们加油打气的信息、妈妈的便当、小霞的钓饵和小茂的消息，这让小智重新打起来了精神。看着斗志满满的小智，小遥也不由想起自己的劲敌，而这时小瞬和毒蔷薇出现在了她的面前……

暂住在茴香谷宝可梦中心的小智一行人发现这里的乔伊小姐病倒了。为了让乔伊小姐能够好好休息，小智一行人主动担下宝可梦中心的工作。然而由于火箭队的缘故，山路上发生了事故，小智他们连忙出发救助。原本一切都很顺利，但这时麦克照顾的一只宝贝龙却突然追着巴大蝶和大嘴雀离开了……

为了取得最后的象征，小智将妙蛙种子、杰尼龟和喷火龙召集回了自己身边，并同它们一起去山上修行。夜晚，小智回忆起自己与它们的相遇和过往，不由感慨万千。火箭队见到了几位老成员，也决心回归初衷，全力捕获皮卡丘，只可惜他们这次还是失败了。随后，金字塔法老神代居然从树丛里现身了……

对战金字塔的战斗是采四对四的淘汰赛。虽然小智因为神代巧妙地运用大绝招与小绝招而陷入苦战，但还是以与生俱来的毅力以及宝可梦们的默契，把比赛拉到平手的局面。最后，彼此都只剩下一只宝可梦。此时神代派上场的是传说中的宝可梦雷吉艾斯。小智派出皮卡丘来挑战雷吉艾斯，但是……

小智与小遥分别完成自己在对战开拓区与华丽大型庆典的目标，他们为了回故乡，来到了港都梣木镇。小遥与小胜即将渡海，与小智一行人在此地告别。正巧地方上因为祭典活动而热闹极了。小智一行人还得知将会举办宝可梦华丽大赛。小智与小遥报名参加了。比赛最后演变成获胜晋级的两人，要争夺第一的局面……

小智与小遥在最后的宝可梦华丽大赛的决战交手，两人都尽全力战到了最后。令人讶异的结局引来了观众盛大的掌声。然后，战斗结束，小智一行人分手的时刻也逼近了。胸怀旅行时的回忆，小智一行人即将回到各自的家。此时，小遥也说出自己考虑许久的决定。然后，在回到真新镇之前，还有个令人惊奇的邂逅在等着小智……