小智一行人发现路边的河上漂来了三个西瓜，他们将西瓜捞上来开始一起吃西瓜。吃西瓜吐西瓜子的习惯让小智想到了可以让木守宫练习种子机关枪绝招。就在他们边吃边练的时候，一位少女带着她的宝可梦们怒气冲冲的前来，说小智一行人是偷瓜贼。在被证实是冤枉的之后，这名少女感到十分惭愧，决定带着小智一行人前往自己的瓜园参观以赔罪……

小智一行人在远遥湖边看见湖中心的平台上，有一对年轻人和他们的电萤虫与甜甜萤在做着某种表演。原来这里在进行远遥祭排练，可是电萤虫的训练家罗密欧似乎太过紧张，以至于把排练搞得一团糟。但罗密欧一个人表演的时候却可以十分完美的完成，只要和甜甜萤的训练家茱丽叶一起就会十分慌乱。小遥一针见血地说出了其中的原因：罗密欧爱上了朱丽叶……

小智一行人在山区行走，突然一只宝贝龙从山崖上冲出，然后用坚硬的脑袋撞碎了小智面前的大岩石。小智以为这只宝贝龙是野生的宝可梦，于是派出傲骨燕和它战斗。这时，宝贝龙的主人米雪儿出现并阻止了战斗。原来这只宝贝龙梦想着早日能在天空中翱翔，所以经常从悬崖跳下想要飞行。为了让宝贝龙早日进化成能够飞行的暴飞龙，小智同意和宝贝龙来一场战斗。结果会如何呢？

小霞因为收到了波克比祭典的邀请函而来到了丰缘地区，和小智一行人约好了见面。小霞进入了所谓的会场，却没想到这是一艘飞艇改装的。小智一行人也不顾危险强行上了飞艇。他们被带到了一个叫做米拉祖王国的地方，接待他们的人是想要夺走波克比摄政大臣韩佐。面对韩佐的攻势，小智和小刚让小霞等人先跑，他们留下来应战。韩佐为什么要觊觎波克比？小智一行人的下场又将如何？

在韩佐的宝可梦们的攻击下，波克比使用神秘守护，将众人带到了海市蜃楼中的波克比的乐园。但是众人发现波克比乐园变得十分荒芜，连里面的波克比们也十分虚弱。这一切都是因为涉政韩佐心术不正而影响了里面的环境。韩佐企图强制打开通往波克比乐园的门，小霞的波克比为了保护乐园，被韩佐抓走了。得到了波克比的韩佐立刻就开始了政变……波克比的命运会如何？波克比乐园能否回复从前的景象？

小智一行人在前往秋叶镇的路上因为水喝光了而昏倒在地。幸运的是，他们被在附近耕作的连胜家族给救了。小智一行人想要报答对方的救命之恩，然而连胜家族的老奶奶光代却提出要报答就来对战。小智答应了光代，并和连胜家族展开了4对4的宝可梦战斗。战斗的结果会如何呢？

在为即将到来的华丽大赛做准备的小遥无意中把飞盘扔远了。前去捡飞盘的火稚鸡发现了草丛中有一只虚弱的向尾喵。为了让向尾喵恢复，小刚带着众人来到可以做芳香疗法的研究所。在芳疗师亚里莎的芳香疗法治愈下，向尾喵很快就恢复了干劲。就当小遥准备在向尾喵恢复之后收服向尾喵时，火箭队突袭研究所并打算抢夺这里的香精。在一阵混乱之后，向尾喵不见了……

在前往秋叶镇的路中，小智一行人在森林中看见了两只猫鼬斩。原来其中一只就是曾经遇到过的短裤小子阿奇假扮的。阿奇再次向小智发起了挑战。小智的木守宫帮小智赢下了第一局。就在阿奇换上猫鼬斩时，猫鼬斩似乎察觉到了草丛中的异动，跳进了草丛。猫鼬斩找到了武藏的饭匙蛇，这两个天生的死对头不顾训练家的命令打了起来。宿敌的对决，也激起了武藏和阿奇的斗志，究竟谁胜谁败呢？

小智一行人在森林中的一家宝可梦中心休息时，看见了一位从名字到外貌都和小胜很像的少年，胜人。可是小胜和胜人看似很像，却一见面就吵架。小遥带着小胜来到湖边，他们看见了胜人正在抚摸一只溜溜糖球，就在小胜和小遥准备靠近溜溜糖球观察时，胜人阻止了两人并再次和小胜吵了起来。胜人为什么要和小胜争吵？两个人之间的关系能否和好？

小智一行人终于来到了即将举办宝可梦华丽大赛的秋叶镇。他们在宝可梦中心遇见了正在修炼的葛蕾丝和她的恰雷姆。葛蕾丝教授了小遥参加华丽大赛的心得，并让恰雷姆向她展示了组合招。但是，小遥似乎还不会让狩猎凤蝶使用组合招。接着到来的小瞬向小遥展示了自己获得的三个奖章，这让小遥显得更加迷茫。小遥能否让狩猎凤蝶使用组合技？她为华丽大赛能否准备充分？

在秋叶镇举办的华丽大赛终于拉开了帷幕。在第一轮的招式展示中，小遥和她的狩猎凤蝶好不容易以微弱的优势晋级了第二轮。在第二轮的对战中，小遥的对手是化妆参赛的武藏。对着在第一回合拿到了最高分的武藏的毒粉蛾，小遥的狩猎凤蝶最终还是凭借着漂亮的招数将其打败。终于晋级决赛的小遥的对手将在葛蕾丝和小瞬之间产生。到底谁会晋级决赛？小遥能否迈出华丽大赛的第一步？

前往釜炎镇的小智一行人路遇曾经在紫堇市附近山上灯塔的小男孩和智。和智说他下定决心出来旅行，然后加入了专门为宝可梦比赛加油的应援道。火箭队也看见了应援道这个机会，请应援团的关户团长帮他们加油让他们在和小智的对决中取得胜利。谈妥了委托金后，关户答应了他们并表示一定让他们赢。关户团长为何如此有自信？火箭队的挑战能否胜利？这一次挑战藏着什么阴谋呢？

因为向尾喵的调皮，被熔岩虫追逐的小智一行人不得不在热焰小径中强行冲出洞穴。这时，他们看见了一只呆火驼。随后，呆火驼的主人阳子前来并邀请小智一行人前往她家过夜。就在小刚帮助阳子照顾呆火驼时，小遥想用向尾喵和阳子来场战斗。在看过图鉴之后，小遥知道了向尾喵可以使用借助绝招。使用借助绝招，向尾喵竟然使用出了火花和银色旋风……

小智一行人乘着缆车打算翻过烟囱山，可是就在缆车上升到半空时突然停了下来。原来在烟囱山上，索蓝斯博士发现了一块不久前落下的陨石，而海洋队和熔岩队也都驾驶着直升机赶到烟囱山，企图抢走陨石。一场在两大势力之间的战争一触即发。他们为什么都盯上了那块陨石？战斗又会朝什么方向发展？小智一行人又能否安全到达目的地呢？

小智一行人终于到达了以温泉闻名的釜炎镇。迫不及待的小智立刻就拉着大家前往釜炎道馆进行道馆比赛。他们在釜炎道馆门口遇见了刚刚接手道馆工作的新人道馆训练家，亚莎。小智立刻就想向亚莎挑战，但是进到道馆才发现战斗场地因为之前的战斗而变得到处是坑洞。为了比赛能够早日开始，小智一行人也帮着亚莎修整战斗场地。暗中看着刚刚上任的道馆训练家，原道馆训练家，亚莎的爷爷穆拉一直放不下心。亚莎能把道馆的工作做好吗？

终于，釜炎道馆道馆馆主亚莎准备好了和小智的道馆比赛。对于亚莎的宝可梦，小智都十分清楚，于是他派上了属性上有优势的龙虾小兵打头阵。亚莎因为属性上的压制一时间失去了冷静，在恢复冷静之后，亚莎更换了策略，但还是没有抵挡住龙虾小兵的攻击。但亚莎的第二只宝可梦熔岩虫却让小智陷入了苦战。小智能否顺利夺得他在丰缘的第四枚徽章？

小智一行人在途中遇到了一群晃晃斑，其中有一只晃晃斑的斑点居然是心形的。随后赶来的爱莉和洛伊兹说那只晃晃斑是能给人带来幸福的晃晃斑，但那只晃晃斑随后就逃跑了。他们希望小智一行人帮助寻找。小刚立刻答应了爱莉的请求。但是山上是成群结队的晃晃斑，在一大群晃晃斑中找一只特定花纹的真是大海捞针。小智一行人能否找回晃晃斑？晃晃斑又为什么会逃跑呢？

小智一行人在返回紫堇市的山谷中遇见了一只被小磁怪和盔甲鸟袭击的煤炭龟。小智和皮卡丘赶走了小磁怪和盔甲鸟救下了煤炭龟，但是煤炭龟又向山谷中跑去。在追上煤炭龟后，他们看见煤炭龟有和那几只宝可梦打了起来。在小智和小遥的宝可梦的帮助下，煤炭龟战胜了那几只钢属性宝可梦。可是煤炭龟到这个叫做钢之谷的地方来到底是为什么呢？

小智一行人再次来到了紫堇市，迎接他们的是一个游乐园。就在一行人和宝可梦在欢快玩乐时，才发现这一切都是火箭队设的陷阱。就在小智等人的宝可梦被火箭队抓住时，铁旋和华特赶到并救了大家。按照之前的约定，小智和铁旋决定再来一次战斗。同时，华特也邀请小遥和他比试。约定的战斗会如何发展？

小智等人向著即将举办华丽大赛的绿荫镇前进。但是，与火箭队的战斗使得向尾喵嗓子出了问题，一行人遂决定到附近的宝可梦诊所看看。向尾喵在经过治疗后恢复了健康。小智等人得知这位负责治疗的女性，是有名的传说的协调训练家绫子时，跟她问了许多的问题。但是，可疑的阴影也正悄悄靠向他们……

小智一行人刚到绿荫镇，就遇见了刚刚被一个假面协调训练家打败了的小瞬和他的毒蔷薇。因为毒蔷薇伤势严重，小瞬放弃了这次的华丽大赛。为了应对能打败小瞬的强敌，小遥和向尾喵开始了特训。这时，一名自称假面使者的训练家出现并向小智一行人挑战。小智派皮卡丘上场，却在对方的彷徨夜灵的攻击下完全无还手之力。就在小智即将输掉比赛之时，假面使者却因为看见了驶来的一辆汽车仓皇而逃了。这到底是怎么一回事？

小遥在绿荫镇的第三场宝可梦华丽大赛终于开始了，在首轮的招式展示中，向尾喵因为没有使用出暴风雪而得到了低分，但是最终还是通过了第一轮。在之后的战斗中，小遥的向尾喵很轻松地击败对手晋级了决赛。另一方面，化妆参赛的武藏正在和化妆成假面使者的君麻吕进行公平的竞赛，但是武藏还是惜败给了对手。决赛的对阵君麻吕的彷徨夜灵，小遥要如何才能获得胜利呢？

在前往橙华市的途中，小智一行人带的水喝光了。大家在前去找水的途中中了火箭队的陷阱，幸好被野生的太阳岩给救了。小智爬上了陷阱，却没能找到太阳岩。而当他们来到附近的泉水时，却发现这里早就干涸了，附近的村子也一个人也看不到。就在大家在附近寻找水源时，小刚的莲叶童子进化成了莲帽小童。就在这时，所有的村民都出来把莲帽小童当成神一样来拜。为什么这里会干旱？莲帽小童与这里的村子又有什么联系？

再次迷路的小智一行人在森林中吃饭。这时，皮卡丘和其他的宝可梦发现了一只受伤的青绵鸟。小遥帮青绵鸟做了粗略的治疗，之后自然保护员森田将小智一行人带到他的居所帮着一起照顾青绵鸟。小遥为了青绵鸟康复照顾得十分用心。可是，就在青绵鸟伤势痊愈后，青绵鸟却不会飞行了。小遥要如何让青绵鸟恢复飞行能力。

前往橙华市的小智一行人在某个城市听到了紧急警报，那里的街道上一个人也没有。他们在一家商店里看见了成群结队抢夺食物的溶食兽。在当地的君莎、乔伊以及释吉博士的口中，他们得知溶食兽每过一段时间就会成群结队前往城市中央抢夺人类的食物。为了防止溶食兽侵入城市，小智一行人决定帮助他们。他们按照释吉博士的计划执行，好不容易将溶食兽大军驱退。可是当晚，溶食兽大军再次通过下水道入侵了城市。溶食兽的危机要如何彻底解决呢？

小智一行人即将到达橙华市。在他们用餐时，小智的木守宫却似乎有些不太正常，独自呆在树上也不怎么吃东西。这时，他们看见了一只失控暴走的吼爆弹。吼爆弹的主人盖伊随后赶到，吼爆弹也因为劳累而倒下了。盖伊表示他的吼爆弹最近也有些异常。为了消除吼爆弹的压力，小智和盖伊决定来一次比赛，而木守宫自愿出战。就在战斗进行到一半时，双方的宝可梦竟然都进化了……比赛会像什么方向发展呢？

即将面临道馆挑战赛的小智正为选择哪三只宝可梦对战千里而思考。就在他们在吃饭时，一只乐天河童以及他的主人，街头艺人潘裘出现了。潘裘希望小智和他的乐天河童以食物为赌注进行比赛。可一直在跳舞的乐天河童让小智派出的龙虾小兵攻击一直无法命中，最终，龙虾小兵还是输给了乐天河童。输了之后的龙虾小兵离开了小智。它将会到哪里去呢？

小智一行人为了参加橙华市的道馆赛，来到了邻镇的北橙华市。一行人还没到宝可梦中心，市民见到小遥与小胜就一阵骚动。因为二人是该市市民崇拜的道馆馆主“千里”的子女，而大受欢迎。火箭队见状，想出了一个计划。情势促使下小遥在众人面前表演宝可梦的绝技，而小智则是受到某个训练家的挑战……

为了向千里再度挑战道馆赛，以得到第五个徽章，小智来到了橙华市。这地方对小遥和小胜来说是令人怀念的故乡。小遥等人回到家里，期待着与父母的重逢，然而，家里却找不到父亲千里的身影。小遥感觉到母亲美津子的神色不同往常。好像是因为千里与乔伊小姐有外遇的样子。看似亲密的二人之间到底发生了什么事呢？在同一时期，火箭队潜入了橙华道馆巨大的温室，想夺走懒人獭、过动猿、与请假王……

攸关第五个徽章的战斗终于在橙华市展开了。道馆馆主是小遥与小胜的父亲千里。小智斗志高昂站上战斗场地，誓言这次一定要打败千里。对于派皮卡丘打先锋的小智，千里派出了懒人獭。懒人獭懒洋洋地躺在战斗场地上，一副无心战斗的样子。然而，皮卡丘的攻击却都被一一的闪过。对于千里精于计算的战斗方式，小智等人完全束手无策……

在终于拿到第五个徽章小智和同行的伙伴们决定在先前往小田卷研究所，在路中他们巧遇了正去港口回见大木博士的小田卷博士。小智和小刚随同小田卷博士前去港口接博士。来到小田卷研究所的小遥和小胜却见到了先来到研究所的大木博士。大木博士带来了关都的最初拿到的宝可梦来给小田卷博士交流，但是在一旁守候多时的火箭队驾驶机器将所有的最初拿到的宝可梦都抓走了……

因为小遥耽误了一行人的出发时间，气冲冲的小智和小遥边走边吵了起来。就在他俩吵得不可开交时，路边一对男女向小智和小遥提出了双打比赛的要求来测试双方的默契。因为有人挑战，小智还是接受了和小遥一同战斗的要求。小智和小遥虽然有默契，但是刚刚才大吵过一架的两个人在战斗中会表现得怎样呢？

小智一行人在一片大森林中迷路，小遥被突然袭来的盔甲鸟带入了森林的深处，小智等人想要前往救援却遭到了森林守卫的阻拦。当地的长老告诉他们若人类进入森林则会触怒草属性宝可梦，并坚决反对小智进森林。另一方面，小遥好不容易脱离了盔甲鸟，并且救了一只妙蛙种子。但是其他的草属性宝可梦却不由分说地攻击小遥……这座森林到底出了什么事，让这些宝可梦对人们如此反感？小遥又能否安全和小智等人汇合？

在走出禁忌森林之后，小智一行人总算到了一个城市。第一次来到城市，小遥的妙蛙种子十分的活跃。小智想着让自己的妙蛙种子过来跟小遥的妙蛙种子见个面，于是让大木博士传送精灵球过来。但传送过来后，小智发现精灵球是假的，妙蛙种子也并没有传送到他这里。原来这一切都是火箭队的诡计，火箭队能否得逞呢？

在湖边休息的小智一不小心把徽章盒掉进了湖中，被一只巨大的鲶鱼王吞下去了。心急如焚的小智不假思索地跳进水里去追鲶鱼王，但是却被水草缠住了脚，一下子无法挣脱而即将溺水。就在千钧一发之际，小智隐约间抓住了一个钓饵，结果被钓鱼大师铃村所救。在小智一行人的拜托下，铃村决定帮小智一臂之力，钓上巨大鲶鱼王并取回徽章。可是追求巨大鲶鱼王的铃村追求了五十年的铃村，真的能钓到巨大鲶鱼王？

在大雾弥漫的迷雾山，小智因为迷雾和其他同行人走散了。在迷雾中，他见到了一位穿着红色斗篷的女子正唱着奇怪的歌。因为着急找人，小智并没有理会她。在一个悬崖边，小智和皮卡丘阻止了一只天秤偶走向悬崖，并见到了其主人来代。来代来到这里是因为有人让她来找迷雾山的遗迹，她听说小智曾经见到了一个唱着与遗迹有关歌的人，于是决定和小智一起去找。所谓的迷雾山遗迹是什么？

小智一行人在前往茵郁市的途中来到了长寿镇，听说这里要举办华丽大赛——长寿大会，身为协调训练家的小遥自然也要参赛。同样来到长寿镇的小瞬也要参加长寿大会。就在小遥等人和小瞬见面时，自称爱好宝可梦妈妈团的几位妇女们出现将小遥和小瞬当成明星一样对待。她们都是参加华丽大赛的家庭妇女，但是因为比赛规定参赛者需要有一枚奖章，其中只有月子能够参赛。既要照顾家人料理家务，又要参加华丽大赛的月子势力究竟如何？

在长寿大会上，小遥和月子开始了各自的表演。她们都用漂亮的表现通过了第一轮审查，同样晋级的还有小瞬。互相鼓励的小遥和月子却被分配在第二轮中相遇。率先开始的小瞬的比赛在小瞬的出色表现下很快分出了胜负。面对经验不足的月子，小遥会如何应对呢？

正准备出发的小智一行人看到了一只丢了头顶的珍珠的跳跳猪，于是众人决定帮助跳跳猪找回丢失的珍珠。可是顺着跳跳猪给的线索并没有找到珍珠，跳跳猪也着急地只要见到圆球状物体就往头上戴。就在他们找到了跳跳猪的珍珠正在高兴时，却掉进了火箭队设好的陷阱。可在一番激战后，跳跳猪的珍珠又不见了…

一路向前的小智一行人在路上救了一只青绵鸟，这只青绵鸟在和他的主人凯特做当地即将举行的宝可圆环大会的练习。得知宝可圆环大会要在当天下午举行，小智和小遥都迫不及待地报名参赛了。在首轮的分组中，小智即将与冠军候补伏特晋级角逐。面对不屑一顾的伏特，小智能比出什么样的结果？小遥和志在夺冠的凯特又将会如何？

旅行到茵郁市的途中，小智等人在路上迷路，为了躲雨，进入一间大洋房，结果被关了起来。小胜小遥因出不去而急得要命。最后俩人还吵起来，小胜气得跑离众人，遇到了以愤怒念头为食物的人偶宝可梦，怨影娃娃。俩人成为好朋友。于是小胜想出办法，要求怨影娃娃帮忙，一起来吓吓小遥…

小智一行人在蘑蘑菇森林就餐的时候，小智的龙虾小兵因为和小遥的火稚鸡抢食物而打了起来。两只宝可梦打架也连累了一行人，最后好不容易被森林蜥蜴制止了。另一方面，饥肠辘辘的火箭队在森林中看见了运送水果的蘑蘑菇，他们抢了蘑蘑菇的水果吃了起来。愤怒的蘑蘑菇们进化成为斗笠菇，开始追打火箭队。逃跑的火箭队遇上了小智一行人，结果和小智一行人一起被斗笠菇打飞了……

在途中的小智一行人突然遇到了奇怪的天气。这时，他们看见了一只奇怪的宝可梦——飘浮泡泡。这里怪异的天气是附近的天气研究所造成的，研究所的所长前来邀请小智一行人来研究所参观。正在他们在机械室参观时，海洋队突袭研究所，将研究所周围的研究员和一旁观望的火箭队一起抓了起来并企图从主机盗取超古代宝可梦的资料。逃过一劫的小智一行人和研究员咪莉能否阻止海洋队的阴谋？

终于到达茵郁市的小智一行人马不停蹄地前往茵郁道馆进行挑战，小智却被告知道馆馆主前往市里一年一度的羽翼嘉年华会了。于是小智决定前往广场寻找道馆馆主。道馆馆主娜琪小姐正在嘉年华会上带小孩子们玩，她答应小智嘉年华会结束后再进行挑战。于是，小智一行人也开始享受这个难得的嘉年华。小次郎在这个嘉年华上想起了他的初恋，风铃铃。想要得到风铃铃的小次郎走到了一个可疑的摊位前……

小智期待已久的茵郁道馆挑战赛终于要开始了。娜琪上来就派上了兼有飞行和龙属性的七夕青鸟，然而小智却派出了属性上极为劣势的森林蜥蜴。森林蜥蜴虽然速度十分快，但还是在七夕青鸟的攻势下占了下风。小智命令森林蜥蜴利用灵活的跳跃闪避对手的攻击，结果在最后抓住时机击倒了七夕青鸟。娜琪第二只派出了大嘴鸥，小智派出了属性上占优势的皮卡丘应战。但是效果应该很好的十万伏特却对其没有任何作用，这是怎么回事呢？

小智一行人在茵郁市得到白羽徽章后，为了挑战下一个道馆而持续旅行。途中，搭救了卡在路边无法动弹的喷火驼。同时，也认识了少年高谷。高谷为了让小村落的人们有电影可看，背著底片与放映机旅行。火箭队等人见状，跳出来想抢走放影机……

小智一行人途中决定绕到懒人獭香蕉乐园。可是当他们来到乐园门口，却发现大门并没有开也没有锁上。一行人决定先进去看看情况，但是这个以懒人獭和香蕉闻名的乐园却看不到香蕉和懒人獭的踪影。正在此时，园内发出了巨大的震动，乐园园长赶忙前来把众人带进了园内。原来，是一只卡比兽误入了这里，吃掉了懒人獭们的香蕉，使得公园沦落成如此景象。在园长的拜托下，小智答应帮忙，他会如何解决这里的问题？

小智等人终于到了接近水静市的地方。但是，他们却在市区前方的森林受到火箭队偷袭。小智等人被爆炸炸飞。然后，等皮卡丘醒来时，它已经因为爆炸的撞击而丧失记忆。在旁的喵喵见机不可失，故意捏造谎言哄骗皮卡丘加入火箭队……

终于来到了水静市的小智一行人发现这里第二天就要举办宝可梦华丽大赛，水静大会。不过饥肠辘辘的一行人首先要做的是去填饱肚子，途中他们经过了一个市场，他们遇到了一个叫加奈的女孩，一名噗噗猪的训练家。和小遥一样，她也想要参加这次的华丽大赛。在得知小智一行人在寻找食物后，带着众人来到家里开的宝可方块店。填饱肚子后，小遥开始尝试制作宝可方块，同时小智开始了大王燕的燕返练习。两边练习的成效会有多少呢？

水静大会第一轮比赛上，小遥的力壮鸡的火焰旋涡失控袭向小遥，最终在小遥的指挥下意外地漂亮完成了表演。进入第二轮的小遥比较顺利地进入了决赛，对着赛前就已经成为好友的强敌，小遥会如何应对？

错过了直达绿岭市的船的小智一行人，误上了开往邦巴岛的船。来到邦巴岛的一行人在码头看到了三只关都最初拿到的宝可梦的进化形和它们的主人吉米，他是岛上的宝可梦裁判学校的学员。被得知即将前往绿岭道馆进行道馆挑战，小智被邀请给学生上堂课。小智与小刚进行了一场双打比赛，吉米似乎还不能很好的执行裁判的工作。已经十分努力的吉米会怎么练习成为一名合格的裁判？