Desesperado por ayudar a Pikachu, cuyo cuerpo está acumulando peligrosos niveles de electricidad, Ash sale corriendo del ferry en cuanto llega a la pequeña aldea de Villa Raíz, de Hoenn. Al darse cuenta de que no tiene Centro Pokémon, lleva a Pikachu al Laboratorio del Profesor Abedul con la esperanza de que este lo cure. Por suerte, el Profesor Abedul logra modificar parte de su equipo para darle a Pikachu el tratamiento que necesita, pero al poco tiempo, y aún febril, ¡Pikachu sale disparado al cercano bosque! Mientras Ash y el Profesor Abedul lo persiguen, una rápida y joven Entrenadora, Aura, llega al Laboratorio del Profesor Abedul con el fin de seleccionar a su primer Pokémon y empezar su trayectoria como Entrenadora Pokémon.

Ahora que Pikachu se siente mejor, Ash está listo para ir a Pueblo Escaso. Aura se ha ofrecido a mostrarle el camino a cambio de su compañía (lo cual parece justo, ya que Pikachu le destrozó la bici cuando estaba en Villa Raíz). Al llegar al Centro Pokémon, la aprendiz de Entrenadora se queda atónita al ver todos los servicios que ofrecen, y nuestros dos héroes deciden ir a ver unas antiguas ruinas en las proximidades. Con Torchic al cuidado de la Enfermera Joy, parece que todo marcha bien, hasta que aparece un grupo de villanos uniformados que provoca un apagón ¡que deja el Centro Pokémon totalmente a oscuras! ¿Quiénes serán esos turbios personajes? ¿Y es posible que nuestros héroes no sean los únicos interesados en esas antiguas ruinas?

Ash llega a Ciudad Petalia y al primer Gimnasio que ha encontrado en la región de Hoenn. Aunque Ash está deseando enfrentarse al Líder de Gimnasio, este parece tener ciertos reparos, quizá porque aún no le ha contado a Ash que su padre es el Líder de Gimnasio, ¡Norman! Sin embargo, al llegar al Gimnasio, a Ash le reta un joven que afirma ser el Líder del Gimnasio de Ciudad Petalia. Cuando la tensión crece entre ambos, Aura llega con sus padres, quienes le explican que se trata de su hijo Max, y permiten a Ash retar a su primer Líder de Gimnasio de Hoenn. Aunque Ash no satisface los requisitos para un encuentro oficial, Norman accede a un combate de práctica entre el Pikachu de Ash y su Vigoroth. ¿Cómo hará frente Ash a este nuevo y poderoso Pokémon?

Ash, Aura y su hermano pequeño Max están ahora de camino a Ciudad Férrica, ¡y están hambrientos! Nadie se ha acordado de llevar comida y, cuando se pelean por la única galleta que queda, Ash recuerda los buenos tiempos en los que Brock cocinaba para él en sus otras aventuras. Pero pronto regresa al presente, cuando Taillow les roba ¡la única comida que les queda! Los amigos siguen a Taillow hasta una arboleda llena de manzanos donde Ash y Aura sacuden los árboles desesperados para ver si las manzanas caen al suelo. Pero, en lugar de manzanas, ¡tiran a una enfadada bandada de territoriales Taillow! Ash, Max y Aura no pueden enfrentarse a ellos solos, pero un rostro conocido que aparece inesperadamente acude en su auxilio. ¿Quién será el misterioso invitado? Y, sobre todo, ¿traerá comida?

Brock está listo para viajar de nuevo y se une a Ash y a Aura en su viaje a Ciudad Férrica. En el bosque, se topan con un Zigzagoon gigante, pero enseguida se percatan de que, en realidad, es un Entrenador disfrazado de Zigzagoon. Nicolai Panticorto cree que fundirse con un Pokémon ayuda a entenderlos y que disfrazarse de ellos para combatir y ponerse pantalones cortos en el campo te acerca a la naturaleza. Nicolai, entusiasmado al saber que Aura es hija del Líder de Gimnasio de Ciudad Petalia, la reta a un combate y la derrota rápidamente. Nicolai se burla de ella por haber perdido y le dice que al ser una Entrenadora tan inexperimentada no será difícil vencer a su padre. Brock, Ash y Aura se sobreponen a la derrota y siguen su camino, pero Max está furioso. A expensas de todos, se va a buscar a Nicolai para defender el honor de su padre. Pero ¿qué ocurrirá cuando se tope con un grupo de enfadados Zigzagoon?

Nuestros héroes van de camino a Ciudad Férrica, donde Ash espera tener su primer Combate de Gimnasio real en Hoenn. Mientras sigue el mismo camino, el Team Rocket tropieza con una jaula llena de Ekans. Jessie está encantada de que alguien les haya hecho el trabajo difícil y ordena a Arbok que ataque. Pero Arbok se niega a atacar a los indefensos Ekans, pues se acuerda de cuando él era un Ekans. Cuando encuentran una jaula de Koffing a la que Weezing no hará daño, James y Jessie deciden liberar a los Pokémon atrapados. Las jaulas son de un cazador furtivo que persigue al Team Rocket, pero no tardan en volver decididos a liberar a los Ekans y a los Koffing. La situación empeora cuando el Pupitar del cazador evoluciona a un Tyranitar, y el Team Rocket tiene que tomar una difícil decisión por los Pokémon a los que quieren.

En lo más profundo del bosque, Ash espía a un Treecko, un Pokémon con el que se encaprichó desde que lo vio por primera vez en el Laboratorio del Profesor Abedul. Sigue al Treecko hasta un enorme árbol que parece moribundo. Ahí, el Treecko discute con un numeroso grupo de Treecko, porque al parecer le tiene mucho cariño al árbol y quiere quedarse en él, pero el resto del clan quiere mudarse a otro árbol. Ash observa la lucha en solitario del Treecko por salvar el árbol. Él y Pikachu se compadecen de él e intentan ayudarle. ¿Podrá nuestro héroe salvar el hogar del Treecko?

Ash, Aura, Brock y Max han llegado a una pequeña ciudad mientras se dirigen al Gimnasio de Ciudad Férrica. Brock decide almacenar suministros, mientras que Max tiene ilusión por ir a capturar a los Pokémon que viven en la ciudad. Max se tropieza con un Shroomish muy asustado que se oculta en un callejón, así que nuestros héroes llevan a su nuevo amigo a un Centro Pokémon. En el camino, pasan delante de una mansión abandonada que están tirando abajo. Allí, los amigos oyen que hasta hace poco la ciudad era un bosque y que en la zona vivían muchos, muchos Shroomish. También oyen que en la mansión hay extraños sucesos y muchos creen que está encantada. ¿Qué secretos esconde la mansión? ¿Y podrá Max ayudar al Shroomish a encontrar el camino a casa?

De camino a Ciudad Férrica, Ash descubre un Gimnasio no oficial lleno de los Pokémon más poderosos del mundo. Incapaz de resistirse, reta al Líder de Gimnasio y a su misterioso Pokémon, que resulta ser un Pelipper. Este sorprende a Ash usando ataques de casi todos los tipos de Pokémon, así que, al no saber cómo responder, sus Pokémon son derrotados rápidamente. Muy cerca, pero ajenos a ello, los miembros del Team Rocket también retan a ese Entrenador intentando hacerse con el Pelipper, pero, en pleno combate, desvelan un vergonzoso secreto que oculta el Líder de Gimnasio y enseguida se ponen manos a la obra para utilizar las hábiles tácticas del Entrenador para sus malvados fines.

Cuando nuestros héroes se acercan a Ciudad Férrica, se topan con una preciosa y diversa reserva de Pokémon a cargo de una niña llamada Katrina. Ella se ocupa de todos los Pokémon de la zona y los cura cuando están enfermos. Max se encariña con un Poochyena de la reserva y está empeñado en verlo evolucionar antes de que se vayan. Todos sus compañeros ya han evolucionado a Mightyena, pero él no parece preparado aún. Ash y Brock intentan explicarle que la evolución solo se produce a través de la experiencia en los combates, pero Max sigue impaciente y decide llevarse al Poochyena a entrenar al bosque. Cuando el Team Rocket irrumpe en escena para robarle todos sus Pokémon, Max contempla por fin la belleza de la evolución Pokémon.

De camino a Ciudad Férrica, la pandilla decide relajarse en un pintoresco lago, donde acabarán chapoteando ¡con un grupo de Lotad que vive ahí! Conocerán a tres hermanas que regentan una tienda de flores cerca de allí. Estas mostrarán encantadas a nuestros héroes sus jardines y les explicarán las maravillas de los diferentes tipos de bayas que crecen ahí. Ash y sus amigos sabrán que el simpático Lotad de antes, en realidad, ayuda a las hermanas a cultivar esas bayas: se acerca a la orilla para regar los arbustos. La bucólica aventura es interrumpida cuando el Team Rocket tiene noticia del servicial Lotad, pues decide capturarlos a todos y llevarlos al cuartel general del Team Rocket.

Con Ciudad Férrica ya en el horizonte, Ash y el resto de la pandilla llegan a un auditorio en el que conocen a dos coordinadores que les ofrecen sus primeras experiencias en los concursos Pokémon. Estas competiciones se celebran en todo Hoenn y realzan la belleza de los ataques Pokémon en lugar de la fuerza bruta y la técnica necesaria para ganar en un combate normal. Nuestros héroes enseguida quieren competir, pero llegan tarde para apuntarse al concurso. Finalmente, se quedan de espectadores, maravillados ante el espectáculo de acción. El concurso le da nuevas ideas a Ash para su próximo Combate de Gimnasio, y Aura toma una importante decisión para sus siguientes pasos en su viaje Pokémon.

Cuando cruzan un bosque, Ash y la pandilla se topan con un Entrenador que inicia a Ash en los Combates Dobles, un tipo de combate en el que cada Entrenador utiliza dos Pokémon en el campo simultáneamente. A pesar de su falta de experiencia, Ash logra una victoria en una difícil competición. Mientras, Aura busca un Wurmple que había atraído su atención antes de escapar y encuentra a un Entrenador idéntico al que había retado a Ash a un combate, ¡incluso tiene el mismo nombre! Mientras persigue al Wurmple, pronto descubriremos que no es la única Entrenadora que se ha fijado en el Pokémon Gusano.

¡Por fin Ciudad Férrica! Tomándose un momento para visitarla, Ash y sus amigos se topan con una maestra, Petra, que ha llevado a su clase de excursión. Los niños tienen la edad de Max, y uno de ellos, Kenny, tiene miedo a los Pokémon. Ash se muere por llegar a su Combate de Gimnasio, pero Petra le convence de que espere e invita a la pandilla a su escuela. De todas formas, Ash habría tenido que esperar igualmente, pues ¡Petra también es la Líder de Gimnasio! La escuela es bastante grande y en ella imparten todo tipo de clases. A Aura le interesa la clase de concursos Pokémon, mientras Max prefiere ir a la clase de iniciación en la que está Kenny. Justo cuando está enfrentándose a Tommy, el fanfarrón de la clase, el director irrumpe en la clase para avisar de que ¡les han robado las Poké Balls de la escuela!

Ash por fin ha llegado a su primer Combate de Gimnasio oficial desde que llegó a la región de Hoenn, en el que se enfrentará a Petra en el Gimnasio de Ciudad Férrica. Consciente de que se enfrentará a un poderoso Geodude, Ash se ha estado preparando, entrenando a Pikachu con su nuevo ataque Cola Férrea. Pronto comienza el combate por la Medalla Piedra, y será el Treecko de Ash quien se enfrentará al Geodude. Aun con su ventaja de tipo, al Treecko le cuesta responder a la implacable ofensiva del Geodude. Cuando Pikachu vence al Geodude, Ash debe enfrentarse a un oponente desconocido, Nosepass, que no se lo pondrá nada fácil para conseguir su primera Medalla de Gimnasio en Hoenn!

Ahora que ha recibido la Medalla de Gimnasio de Ciudad Férrica, Ash está listo para marcharse a Pueblo Azuliza para su próximo Combate de Gimnasio, pero Aura tiene otras ideas. Mientras, Max sufre un ataque de pánico cuando se le cae su bebida en el Pokénavegador de Aura. Pensando que se ha roto, hace caso al consejo de un anciano que pasa por allí y se lo lleva al edificio de Devon S. A. El hombre le dice que, como ellos fabricaron el dispositivo, ¡seguramente puedan arreglarlo! Para que Aura no se enfade con él, Max prueba suerte y, al entrar, se entera de que ese extraño anciano es, en realidad, ¡el presidente de la compañía! Pero Max no es el único a quien le interesan los entresijos del edificio y pronto sabremos que otra persona ha entrado sin permiso.

Después de su roce con el Equipo Aqua en Ciudad Férrica, la pandilla parte sin más demora al próximo Gimnasio y a Pueblo Azuliza. Se dan cuenta de que un viejo mapa les ha llevado hasta un puerto sin actividad desde hace muchos años, y Aura busca a alguien que tenga un barco. Se encuentra con el Capitán Arenque, un marinero jubilado, y su Wingull, Peeko, y este se ofrece para llevarles al otro lado de la bahía. Pero, cuando vuelve a por sus amigos, el hombre los echa de allí enfadado. Mientras, aparece la Agente Mara y les dice que el Equipo Aqua está reunido cerca de allí y que tengan cuidado. Brock y Aura enseguida entienden que el Capitán Arenque podría meterse en un lío, ¡y no se equivocan! Un matón del Equipo Aqua (el mismo que trató de robar en Devon S. A.) ¡le ha robado a Peeko de su barco! ¿Podrán Ash y la pandilla ayudar al marinero a atrapar al ladrón y a recuperar a Peeko?

De camino a Pueblo Azuliza, Ash y sus amigos deciden hacer una breve parada en una isla inexplorada. Sin embargo, antes de poder disfrutar de sus solitarias playas y surfear, les ataca ¡un grupo de Sharpedo! Después de que los acorralen hasta la playa, observan atónitos cómo estos poderosos Pokémon montan guardia en el agua para que no puedan salir de la isla. Al ver que uno de los Sharpedo es mucho más grande que el resto, Brock idea un plan que podría ser su única oportunidad para escapar de la isla desierta. Si consigue derrotar al líder Sharpedo en combate, tal vez el resto de su ejército se disgregue.

Ash llega al segundo Gimnasio de Hoenn en Pueblo Azuliza y está deseando retar al Líder de Gimnasio, pero ahora toca surf, y el Líder de Gimnasio, Marcial, tiene otros planes. Disgustado por un Líder de Gimnasio que antepone el ocio a la responsabilidad, Ash se adentra en el mar y saca a rastras a Marcial (con tabla incluida) e insiste en un Combate de Gimnasio inmediato. Pero Ash se queda atónito cuando el tranquilo Entrenador, que le había parecido un oponente fácil de batir, usa a su Makuhita para derrotarle. ¿Será que sus jornadas de surf ocultan algo que no se ve a primera vista?

Cuando otro de los planes infalibles del Team Rocket para capturar a Pikachu fracasa estrepitosamente, Aura cambia a su Wurmple por el de Jessie sin darse cuenta. Cuando el Team Rocket huye a toda prisa, Aura sale tras ellos, ansiosa por recuperar a su Pokémon favorito. Impresionados por el apetito del Wurmple de Aura, el Team Rocket parece encantado de intercambiarlo, pero, una vez llegado el momento, el instinto de Jessie le advierte ¡y consigue a ambos Wurmple!

Mientras busca al hijo del dueño de Devon S. A., el Sr. Peñas, con la esperanza de que le diga dónde encontrar el lugar ideal para entrenar a su Pokémon, encuentra una intrincada red de cuevas en Pueblo Azuliza. Todo va bien hasta que el Team Rocket fabrica una de sus clásicas trampas en el suelo, haciendo peligrar la estabilidad de la cueva. El suelo cede, y Ash y sus amigos caen al espacio inferior, mientras el desventurado Team Rocket va tras ellos. Como la gravedad y el azar lanzan a héroes y villanos en direcciones diferentes, varios miembros del grupo de Ash se ven obligados a colaborar con el Team Rocket si quieren escapar de las oscuras cavernas y los iracundos enjambres de Aron que viven ahí.

Al poco de que Ash y sus amigos monten su campamento para empezar su entrenamiento especial, y así poder tomarse la revancha con Marcial en el Gimnasio Azuliza, una silueta misteriosa sale disparada llevándose por delante el campamento con ¡tiendas incluidas! Decididos a impedir que este temerario enemigo les eche del idílico lugar, nuestros jóvenes héroes ponen una trampa y esperan. Sin embargo, cuando cae la noche y empieza a refrescar, Ash y sus amigos ya no están tan seguros de que su plan para capturar a la misteriosa criatura funcione y se preguntan si no serán ellos quienes han caído en una trampa.

Cuando el hambre feroz del Corphish de Ash le nubla el juicio, Ash (que ha dejado su Poké Ball atrás) se ve obligado a arrastrarlo por una montaña hasta el Centro Pokémon más cercano en Ciudad Azuliza. En su ausencia, el Team Rocket se cuela en el campamento y pone trampas que atrapan rápidamente a Brock, Max y Aura. Mientras el Team Rocket remata la jugada, esperando que Ash caiga en la trampa que le han puesto, la activan sin darse cuenta y caen en una jaula de hierro junto a las otras en las que están atrapados los amigos de Ash. La cómica situación se torna peligrosa cuando la marea empieza a subir y a cubrir cada vez más las jaulas y ¡a quienes están encerrados dentro!

Ash y sus amigos siguen un riachuelo para descubrir el lugar perfecto en Pueblo Azuliza para retomar su entrenamiento Pokémon. Después de subir una cascada, llegan a una zona prohibida para los foráneos en la que un anciano cuida a un Mudkip en el lago. El Team Rocket, siempre pisando los talones a nuestros héroes, también llega al lago y piensa en cómo podría robar al Mudkip. Cuando el hombre revela dónde está la presa que protege el lago, el Team Rocket se pone en marcha. Cuando ven lo fácil que sería destruirla, dejando al Mudkip indefenso, desencadenan un oleaje que solo puede traer una cosa: ¡problemas!

Ash y sus amigos se separan de sus Pokémon en una profunda y oscura cueva. Mientras sus Entrenadores los buscan, Pikachu y los demás tienen un encontronazo con una pandilla de Nuzleaf, que los rodean y empiezan a debatir el castigo apropiado para los intrusos. Guiado por su Taillow, Ash y sus amigos se acercan rápido, pero, por desgracia y ¡sorpresa!, el Team Rocket va un paso por delante. Cuando Ash y sus amigos llegan, el globo del Team Rocket (con Pikachu y los Nuzleaf a bordo) apenas es una mancha en el horizonte.

Ash y sus amigos quedan con el Profesor Abedul y le acompañan para investigar unas cuevas cercanas. Dentro de una de ellas, descubren una sala oculta ocupada por un joven que los echa enseguida de lo que él denomina su “base secreta”. Muy cerca de Ash y sus amigos, el Team Rocket no responde con tanta educación a la petición del chico, le echa de ahí y se queda con la base y el Nincada del chico. Todo se complica cuando las dos facciones rivales de Hoenn, el Equipo Aqua y el Equipo Magma, se infiltran en esa misma cueva pensando que se trata de la legendaria Cueva Ancestral.

Pese a que todos (incluido el renombrado investigador Pokémon, el Profesor Abedul) están convencidos de que su apreciado Pokémon es un Cascoon, Jessie sigue convencida de que es un Silcoon a punto de evolucionar a un Beautifly. Para acelerar su evolución, pide ayuda no solo a sus adláteres del Team Rocket, sino incluso a Ash y a sus amigos. Cuando, por fin, se produce la esperada evolución, y su Pokémon no se transforma en un Beautifly, sino en un Dustox, James y Meowth (que ya han vivido en sus propias carnes su airado temperamento) se encogen a la espera de la consiguiente rabieta. Mientras, Ash y sus amigos intentan buscarles un hogar a un grupo de Seedot desplazados por un corrimiento de tierras.

Viendo que las malas formas del Corphish no parecen mejorar, Ash intenta bajarle los humos dándole un susto en una mina abandonada. Sin embargo, no puede imaginar que Jessie, James y Meowth ¡ya están dentro de la mina! Cuando Meowth sella un pacto con un Sableye que vive en la mina, parece que el susto no se lo llevará el Corphish, sino Ash y Pikachu.

Cuando el entrenamiento de Ash está a punto de terminar, una joven Entrenadora, que afirma ser la mejor pupila del Líder de Gimnasio Marcial, le reta a un combate Pokémon. Pero, antes de que puedan batirse, el propio Marcial aparece para avisar del inminente huracán. Parece que el aviso llega un poco tarde, pues el fuerte viento y la lluvia torrencial empiezan a azotar la orilla en la que Ash y sus amigos habían levantado campamento. Mientras la tormenta se avecina, se ponen en camino por un traicionero sendero de montaña para buscar refugio de la tormenta.

La esperada revancha de Ash contra Marcial, del Gimnasio Azuliza, por fin ha llegado. Marcial escoge una zona de combate secreta que ha ocultado en una isla cercana. Además de la habilidad de este Líder de Gimnasio y de su poderoso Pokémon, el propio campo de batalla entraña sus propias dificultades, sobre todo un enorme geyser que entra en erupción sin previo aviso. Sorprendentemente, cuando comienza el combate, Ash le pide a Pikachu que se retire y empieza el combate con Treecko, el mismo Pokémon que fue derrotado en solo un ataque en el primer combate de Ash con Marcial. ¿Podrá Treecko salvar los obstáculos y ayudar a Ash a obtener la Medalla Puño?

Ash y sus amigos frustran el secuestro por parte del Team Rocket en alta mar, pero acaban en una situación complicada cuando el barco del Team Rocket se avería. Llevados por la corriente, finalmente se paran al chocar contra un barco abandonado. A bordo, conocen a alguien que había ido en ese barco y que ha vuelto a por el Marshtomp del que se separó cuando el barco encalló. Felices de poder volver a tierra firme, Ash y sus amigos le brindan su ayuda al pasajero. Sin embargo, cuando el grupo está buscando bajo la cubierta, empiezan a desaparecer ¡uno a uno!

Mientras Aura se prepara para el inminente concurso Pokémon en Ciudad Portual, un coordinador Pokémon jubilado que pasa por ahí halaga sus técnicas de combate. Al saber que será su primer concurso, invita a la pandilla a su casa, donde guarda algunos objetos que podrían ayudar a Aura en su combate. Por desgracia, Torchic se adelanta a la pandilla y se zampa las Bayas Oram que el hombre quería regalar a Aura. Por si fuera poco, el hombre quería utilizar sus bayas para darle color a una presentación con fuegos artificiales ¡programada para esa misma tarde! Atormentada por lo sucedido a su nuevo amigo, Aura le promete que encontrará algo para sustituir las bayas. Mientras, al enterarse de que las Bayas Oram son muy apreciadas como cosmético, Jessie convence al resto del Team Rocket de que sigan a Aura y roben las bayas que encuentre.

Impresionada de lo bien que han criado a sus propios Pokémon, la Enfermera Joy recluta a Ash y a Max para cuidar de Treecko, Mudkip y Torchic mientras esperan que una Entrenadora Pokémon llegue. El Torchic demuestra ser el más bullicioso del grupo y, cuando Ash envía a varios de sus Pokémon a que intenten que obedezca por las buenas, provoca sin darse cuenta la evolución del problemático Pokémon en un Combusken. Poco antes de que llegue la nueva Entrenadora, Max y Ash tienen que pensar rápido y hacen pasar al Torchic de Aura por el Pokémon evolucionado. Aura ya está de vuelta de su entrenamiento para el concurso, así que Ash espera convencer a la nueva Entrenadora de que Torchic no es el Pokémon para ella.

A pesar de que lleva semanas esperando que llegue el día de su primer concurso Pokémon, Aura llega a la mesa de inscripciones por los pelos. Sin embargo, parece que será su único golpe de suerte, pues pierde el equilibrio e inaugura su ejercicio con una caída, aunque consigue recuperarse y obtiene una buena puntuación para ser principiante en la primera sección del concurso. El verdadero reto llega después, cuando la principiante Aura debe competir en la sección de combates contra nada menos que su rival de siempre, ¡un oponente con mucha más experiencia que ella!

Tras terminar por fin su concurso Pokémon, Aura propone un día de ocio en Ciudad Portual antes de seguir su camino. Mientras ella y Brock van de compras por la zona comercial más famosa de la ciudad, Ash y Max van al Museo del Mar. Sin embargo, lo que tenía que haber sido un día de ocio acaba convirtiéndose en un combate tras otro, pues el Team Rocket y el Equipo Magma llegan a ese mismo museo en busca de una extraña roca descubierta en el lecho oceánico.

Mientras atajan por un paso de montaña, Ash y sus amigos deciden parar en el Centro Pokémon local para preguntar por el camino. Imagina su sorpresa cuando descubren que está vacío y no hay rastro de la Enfermera Joy. La trama se complica cuando deciden investigarlo y descubren una cinta de la cámara de seguridad en la que un Shiftry inmoviliza a la Enfermera Joy con un paralizador antes de llevársela. La única pista de su paradero es un misterioso artículo en la Pokédex, indicando que esos Pokémon viven solo en árboles de más de 1000 años, pero los árboles tan viejos no crecen en cualquier sitio.

Cuando Ash y sus amigos se pierden en un paso de montaña neblinoso y oscuro, los primeros a quienes encuentran son Jessie, James y Meowth, del Team Rocket, que acaban de perpetrar otro golpe. Ash y sus amigos consiguen recuperar la piedra que el trío ha robado en un faro cercano, pero finalmente los confunden a ellos con los ladrones. Después de aclarar el asunto, se enteran de que un joven Entrenador está preocupado porque sus dos animados Pokémon, Plusle y Minun, son tan buenos animando a otros Pokémon que ha perdido la confianza para usarlos en el combate directo. Cuando este joven Entrenador confunde a Ash con un legendario héroe de una leyenda local, Ash espera poder convencer al joven de que crea en sí mismo y en su Pokémon.

Haciendo una última parada antes del siguiente Gimnasio en Ciudad Malvalona, Ash y la pandilla encuentran, por casualidad, un concurso de la Casa Treta en el que los concursantes deben competir atravesando una casa llena de obstáculos y trampas. El gran premio para quien lo consiga es ¡un suministro de Pokécubos de por vida! Por si atravesar ese difícil laberinto fuera poco, el Team Rocket se infiltra en el concurso y se queda esperando la mejor ocasión para atrapar al Pikachu de Ash.

Tras llegar por fin a Ciudad Malvalona, Ash y la pandilla van directos al Gimnasio. Pero no es un Gimnasio cualquiera: nada más entrar, viven una emocionante experiencia cuyo punto álgido es un Raikou ¡muy enfadado! Un ataque Cola Férrea de Pikachu revela que el Raikou es un robot, que sufre un cortocircuito y electriza a Pikachu. Tras conocer al excéntrico Líder de Gimnasio Wattson, comienza el encuentro. Y termina al poco con la victoria de Pikachu sobre su oponente en apenas ¡un ataque! Después de su victoria más fácil, la Enfermera Joy le dice a Ash que Pikachu ha ganado debido a que estaba cargado de electricidad por el robot Raikou defectuoso. Ash y sus amigos van a ver a Wattson para decirle que ganaron por casualidad y se alarman al saber que la brutal derrota le ha empujado a abandonar su Gimnasio.