以宝可梦大师为目标，小智与皮卡丘来到未知的新天地——丰缘地区旅行。然而皮卡丘的状况却不大对劲。为了让发高烧呻吟不止的皮卡丘得到治疗，小智与丰缘地方出名的宝可梦研究家小田卷博士取得连络。原来皮卡丘是受到之前火箭队的攻击影响，体内累积大量的电气，再恶化下去搞不好会发生爆炸。于是吸取皮卡丘体内的电气治疗马上展开，但是皮卡丘太过庞大的电气能量却引发机械发生爆炸！意识不清的皮卡丘就这样逃到外面。小智与小田卷博士也马上紧追上去。不久，住在丰缘地方的小遥正踩单车往小田卷博士的方向来，打算领取初学者宝可梦以踏上宝可梦训练家之旅。个性开朗、活泼可爱的小遥一知道博士不在研究所，也马上追了出去。却意外遇到小田卷博士被一群野生的土狼犬逼得走投无路，小遥按照小田卷博士的指挥抛出精灵球想要与土狼犬战斗，却因毫无操控宝可梦的经验反而遭到水跃鱼的水枪攻击。而终于找到皮卡丘的小智又遭遇火箭队三人组的围追堵截，为了捕捉皮卡丘，火箭队研制了一部巨大的电力吸收装置，想要吸取皮卡丘的电量。结果这台机器因为吸走了皮卡丘身上累积的多余的电量反而帮助皮卡丘恢复了正常，随后机器由于吸收电量过多而发生爆炸，火箭队被炸飞，皮卡丘也恢复健康。回到小田卷博士的研究所，小遥从三只初学者宝可梦中挑选了火稚鸡作为自己的伙伴。小遥对自行车因皮卡丘的电击而报废很不满，想找小智抱怨几句，却被小智彻夜不眠照顾皮卡丘所感动。第二天，小智正式开始在丰缘地区的旅行，为参加宝可梦联盟大赛做准备。小遥也决定与他同行。

小智与皮卡丘在丰缘地区展开新的冒险之旅。由于诸多原因，为了与新人宝可梦训练家小遥一起登录参加丰缘联盟，正往宝可梦中心所在的古辰镇前进。小遥对宝可梦的了解依然很生疏，一路上可用手忙脚乱来形容。最后勉强来到宝可梦中心的一行人，从在中心研究古辰遗迹的梅兹博士那里听到有关古代宝可梦之谜的故事。据说博士最近已解开该谜题。也就在这个夜里，数个身穿红色制服的人突然出现把梅兹博士掳走。这些神秘人的目的到底是什么？古辰遗迹到底隐藏着什么秘密？

小智等人完成参加登录丰缘联盟的手续，为了挑战在丰缘地区的第一场道馆战，意气风发的向橙华市前进。可是小遥抵达橙华市后，就好像有意避开道馆，在街头跑得不见踪影，留下小智一人前去橙华道馆。应声开门的是一位向往成为宝可梦训练家的小男孩。他一看到小智就滔滔不绝地提起小智在城都联盟中对战的失误。小智听得很不高兴，要与橙华道馆馆主对战，男孩称自己就是道馆馆主，小智并不相信。争吵中，小遥和一男一女突然出现。男孩称呼小遥为姐姐，小智这时才知道，原来小遥是橙华道馆馆主千里的女儿，而那个男孩是她的弟弟小胜。千里和美津子夫妇得知小智是小遥的朋友后很高兴，留小智吃饭，小智问起橙华道馆的比赛规则，被告知是三对三的战斗。但小智此时身上只带着一只皮卡丘，他想再多收服几只宝可梦再来挑战。千里于是提出先进行一场非正式的训练赛，小智使用皮卡丘对战千里的过动猿，虽然落败，但小智的实力得到了千里的赞许。这时火箭队三人组出现，意图把皮卡丘和过动猿一起夺走，结果混乱中误把火稚鸡当作皮卡丘抓走。小智一行人追赶出去，过动猿与皮卡丘合作打败了火箭队。小胜决定与小智和小遥一起旅行，临走前，千里送给小智和小遥每人一个徽章盒，同时交给小胜宝可梦导航器。

小遥的弟弟小胜也一起加入小智的旅行。不管怎样，一行人热热闹闹的向附近最近的宝可梦道馆所在地卡那兹市前进。森林中小智等人遇到燕子宝可梦的傲骨燕，不仅食物全被抢走，还遭到争夺地盘的傲骨燕群的袭击。其中一只不服输的傲骨燕受到皮卡丘的十万伏特攻击，就是不肯服气。小智一行人被傲骨燕军团包围，陷入大危机。此时跳出来搭救一行人的，竟是之前在常磐市分别的小刚！脱离危机后，小智等人都很高兴这次的再会，小遥与小胜也很快的与新同伴打成一片。但是看上傲骨燕的傲气的火箭队，又打算利用傲骨燕来捕捉皮卡丘的作战计划。小智收服了那只不肯认输、死缠烂打的傲骨燕，并且用它与皮卡丘一起打跑了火箭队。告别傲骨燕群后，小智一行人继续前进。

以卡那兹市为目的地而持续旅行的小智等人在森林遇到体形大得离谱的豆狸宝可梦蛇纹熊。结果发现其实那是穿着短裤、想接触大自然、套着宝可梦布偶想了解宝可梦的心情的古怪少年--阿奇变装的姿态。虽然阿奇由于小智等人的关系没有抓到蛇纹熊，不过正打算到橙华道馆挑战的他，得知小遥是道馆馆主的女儿，便趁此机会向小遥提出对战的要求。小遥接受了挑战，然而还是初学者的她毫无战斗经验，自然很快的输掉这场比赛。阿奇颇为得意，一时失言橙华道馆太容易打赢了，而后得意洋洋的跑去继续抓蛇纹熊。小遥心不甘愿，但也只能在心里抱怨。但是弟弟小胜却吞不下这口气，认为对方可以轻视小遥，但不能让他轻视作为道馆馆主的父亲。于是独自一个人采取个别行动想要报复阿奇，结果却陷入蛇纹熊群的包围，危急时刻还是阿奇及时赶到，帮小胜解了围。小胜对自己的行为非常惭愧，向阿奇道了歉，双方冰释前嫌。这时火箭队再度出现，试图捕捉蛇纹熊，众人齐心合力将火箭队打败，而阿奇也终于如愿收复蛇纹熊。

前往卡那兹市的小智一行人来到一座森林，听说最近这一带目无法纪的宝可梦盗猎者很猖狂。由于发现了盗猎者使用的捕获网的一部份，小智一行人遂加入帮忙君莎小姐追捕犯人。火箭队三人组偶然发现宝可梦猎人阿隆抓到的大量有毒宝可梦阿柏蛇与瓦斯弹，原来他是受雇佣来捕捉毒属性宝可梦的。由于长期以来的好搭挡阿柏怪与双弹瓦斯就是由阿柏蛇和瓦斯弹进化而来，对这两种宝可梦有深厚感情的火箭队，下定决心要救出这群宝可梦并把它们收为同伴。但是这个行动被盗猎者阿隆发现，火箭队的阿柏怪与双弹瓦斯也成了他想要捕捉的目标！面对使用实力强大的宝可梦大嘴雀、班基拉斯的阿隆，火箭队完全无反抗能力！但是喵喵顶着强力的高压电击拼命放出了所有的瓦斯弹和阿柏蛇，并且由武藏和小次郎拼死拖住阿隆的行动，让双弹瓦斯和阿柏怪保护大家迅速逃跑。阿隆打倒了火箭队，试图重新捕捉逃走的阿柏蛇和瓦斯弹，但被赶来的小智一行人和君莎小姐截住，君莎小姐命令阿隆立即释放盗猎得来的宝可梦，阿隆恼怒地说那些宝可梦早已被其他人救走了，小智感慨这个世界还是好人更多。告别了阿柏怪和双弹瓦斯的火箭队三人组走在森林中，仍念念不忘它们能否保护好自己的同伴。这时之前在他们被一群大针蜂围攻时伸出援手的那只刺球仙人掌再度出现，手里还拿着小次郎先前送给它那袋食物。小次郎将食物喂给刺球仙人掌吃后，刺球仙人掌非常开心，于是加入了火箭队，成为小次郎的新宝可梦。

旅行途中，小智在森林遇到以前就很中意的森林蜥蜴宝可梦木守宫，他兴奋地想马上收服木守宫，但是却不小心从山坡上滚下去。与小遥等人走散的小智，滚到了一棵枯萎而神秘的巨大树附近，并遭到一只离群独居的木守宫的攻击。小智派皮卡丘应战，但还是被木守宫敏捷的身手给压制住。这时，一只年长的木守宫带着另外几只木守宫突然介入，结束了这场莫名奇妙的战斗。原来那些木守宫的目的是来带走这只独居的木守宫，它们对于这只顽固的木守宫不肯离开巨大树的行为深感头痛。而由于这只木守宫是在这棵树上出生的，因此它坚持要照顾这棵树。木守宫的行为让小智非常感动，于是他用实际行动全力支持这只一心一意要照顾巨大树的木守宫。这时候，火箭队突然出现，企图大量捕捉木守宫，而小智的皮卡丘也被一起捉走。木守宫挺身而出，巧妙地引诱刺球仙人掌用飞弹针刺破了火箭队的气球，从而使大家趁机逃脱。经历此事后，木守宫得到了同伴们的理解，但那棵巨大树终于还是因过度衰老而倒下了。接着，木守宫向小智发出了挑战，小智派出皮卡丘打倒了它并顺利将其收服。最后，木守宫种下了巨大树留下的种子，告别同伴跟随小智一起离开。

小智一行人在森林公园用餐，这是旅行中最快乐的时间之一。但是有个黑影躲在草丛中专门瞄准这快乐的时刻，原来是毒蛇宝可梦饭匙蛇想要偷走食物。小遥的宝可梦火稚鸡不仅被抢走了食物，还被饭匙蛇玩弄于股掌之间。不过小智的木守宫很快的以漂亮的身手救下了火稚鸡！可是，愤怒的饭匙蛇的反击也让木守宫的右手受了重伤。木守宫被小智等人紧急送去宝可梦中心，治疗过后虽然没什么大碍，但是木守宫无法接受自己被饭匙蛇打败，便悄悄离开宝可梦中心，打算独自找饭匙蛇做个了结。与此同时，火箭队也遇到了饭匙蛇，他们的食物也同样被饭匙蛇一抢而空。怒火中烧的武藏对着饭匙蛇一顿拳打脚踢，并最终成功收服了它。而小智他们在瀑布旁边找到了木守宫，原来它正在独自进行着严酷的特训，以求变得更有力量。这时火箭队出现并派出新收服的饭匙蛇攻击众人，木守宫将饭匙蛇打败，成功地赢回了自己的尊严。

前往卡那兹市的旅途，小智一行人穿越广大的森林，终于来到睽违已久的城镇。一行人分成二组行动，享受都市生活的乐趣。小智带着小胜一顿饱餐后，在街头发现一只因害怕躲在巷中发抖的蘑菇宝可梦——蘑蘑菇。蘑蘑菇最初对小智等人深怀戒心，不过很快的就对温柔呵护自己的两人打开心扉，而小胜对本来应该住在森林的野生蘑蘑菇为何会在城市出现，感到很不可思议。两人带着蘑蘑菇行走在街上，但在经过一栋老旧的房子前面时，蘑蘑菇突然跑进大宅子里面！于是小智等人慌张的追了上去。同时，在街上购物的小遥与小刚听到了镇上被诅咒的大宅院的谣言……到底蘑蘑菇是发生什么事了呢？那个大宅子里面到底有什么东西在呢？

旅行途中，小智一行人发现一所号称拥有“世界最强的宝可梦”的民间道馆。虽然“世界最强”一词令人怀疑，但一行人仍兴致勃勃的前往挑战。里面走出来的是少年安东尼与水鸟宝可梦大嘴鸥。小智马上与这个人展开对战，可是作为水属性宝可梦的大嘴鸥竟然接连使出使出草属性招式藤鞭、火属性招式喷射火焰、电属性招式打雷等，这些不合常理的招式变化，将木守宫、傲骨燕纷纷打倒，皮卡丘勉强打成平手，可是也是两败俱伤的局面。小智虽不甘心，但也带三只宝可梦到宝可梦中心治疗。火箭队想要抢来这只世界最强的大嘴鸥，结果偶然发现最强的宝可梦大嘴鸥那变幻自如的招式秘密，原来就是安东尼事先在大嘴鸥的口中藏好了装有鸭嘴宝宝、喇叭芽、小磁怪等宝可梦的精灵球。火箭队于是以将此事告诉别人而威胁安东尼与他们合作，迫于火箭队的压力，安东尼只能屈从。小智一行人在宝可梦中心治疗受伤的宝可梦时，得知有很多训练家的宝可梦被夺走。他们重新赶回安东尼的道馆，却看见火箭队在使用大嘴鸥同大家对战，并且火箭队称挑战者若是战败就要没收挑战者所使用的宝可梦。小智派皮卡丘去迎战，仍然落在下风。小胜觉得情况非常不正常，于是一个人偷偷溜进道馆内部，想要找出世界最强的秘密，结果遇到了被火箭队控制的安东尼。安东尼坦然向大家承认的自己不应该使用不正当的手段，并用大嘴鸥和众人联手击败火箭队。在战斗中，安东尼意识到大嘴鸥确实很强，于是下决心要将它培养成真正意义的世界最强。

小智一行人在旅行途中误入宝可梦保护区，在那里遇到一群大狼犬的攻击，双方僵持时，一位自称可莉的女子出现。原来她是守护这个保护区不被盗猎者侵害的宝可梦保护官和医生，因为误以为小智、小遥他们是非法盗猎者而发起了攻击。但是在大狼犬之中，有一只是没有进化的土狼犬。听说它是与其它大狼犬同时期出生的，可是不知道为什么，只有这只土狼犬的进化很迟缓。从没目睹过宝可梦进化的小胜，闹着要看土狼犬的进化，坚持要留下来。不得已，一行人只好在这里停留一阵子。小胜告诉土狼犬，如果想要进化，就必须多使用“咬住”，并借用小遥的火稚鸡去跟土狼犬对战，但土狼犬在战斗时总是只会使用撞击。小胜很着急，于是独自带着土狼犬离开。此时，火箭队三人组突然出现，向小胜介绍他们发明的所谓“宝可梦进化装置”，称只要把宝可梦放进去就可以迅速实现进化。小胜虽然没有上当受骗，但土狼犬与很多宝可梦还是被火箭队抓走。危急关头，土狼犬终于听从了小胜的指挥使出咬住撕破了网子，成功地救出了大家，并进化成了大狼犬。小胜如愿以偿见到了宝可梦的进化，而大狼犬的同伴也都为它感到高兴。

旅行途中，小智一行人在湖里游泳时遇到了“浮萍宝可梦”莲叶童子。就在他们与莲叶童子玩得正开心时，一个女孩突然出现，她很生气地呵斥他们不应该在莲叶童子生活的湖中游泳，并强行将小智他们带回家受训。原来这个女孩叫奈绪子，她与两个姐姐典子和玲子经营着一家花店。大姐典子对奈绪子的失礼表示歉意，于是她招待大家享用好吃的树果烹饪，带领众人参观了她们的果园，并热烈谈论起对宝可梦有各种效果的树果。二姐玲子告知花园的灌溉系统损坏，这时湖里的莲叶童子们出现，帮助大家浇灌花木，而其中有一只莲叶童子似乎总是不在状态，小刚见状便耐心地引导它。三姐妹中最年幼的奈绪子似乎喜欢上了小刚，并对小刚过于亲近她的两个姐姐非常不满。由于小刚说他很想看看树果中少见的文柚果，奈绪子竟然独自到森林里去寻找！森林天黑后容易迷路。小智、小刚和玲子急忙出发去寻找奈绪子，而先前那只莲叶童子也跟上来了。最后众人终于在森林深处找到了奈绪子，奈绪子交给小刚一颗文柚果，小刚非常感动。回到花店后，众人撞上火箭队正在大量捕捉莲叶童子，皮卡丘和莲叶童子合作，击沉了火箭队三人组的座船，解救了大家。小智一行人告别了花店三姐妹踏上旅途，而之前那只莲叶童子又跟了过来，于是小刚决定带它一起离开。

小智一行人为了挑战在丰缘地区的第一场道馆对战，以卡那兹市为目标前进。在卡那兹市附近一个特殊场所卡那兹中心，那里正在举办宝可梦华丽大赛。这与依靠实力来决胜负的一般对战不同，比的是绝招的华丽度与宝可梦本身的成长情况。一行人很感兴趣的想要参加，可惜大会已经报名截止。但是，在刚认识的参赛者惠美与英二的好意邀请下，一行人得以助手身份出场。不止如此，以前曾参加这个比赛的火箭队的武藏，也会出场?!对这项比赛抱有浓厚兴趣的小遥兴奋不已，别开生面、精彩的宝可梦大赛现在即将开始!!

小智一行人在森林深处悠游自如的前进。越过这座森林，就是第一个目的地卡那兹市了。此时忽然出现一只“竽虫宝可梦”刺尾虫。小遥最初很害怕刺尾虫，但当她得知之前出现在宝可梦华丽大赛上的狩猎凤蝶就是由刺尾虫进化而成之时，立刻对它表示了浓厚兴趣，想要收服。由于太专注于追逐刺尾虫，小遥不知不觉间与小智等人走散，走入了森林的深处。另一方面，在大会上得到惨痛经验的火箭队，也想捕捉可以进化成狩猎凤蝶的刺尾虫。这两组都想得到刺尾虫的人马，在森林中不期而遇。想得到华丽的狩猎凤蝶的小遥，与火箭队展开争夺刺尾虫之战。正在小遥孤立无援时，突然一位带着赫拉克罗斯姓泽间的男孩帮助了她，打飞了火箭队。得知小遥想要一只刺尾虫，泽间自告奋勇带她去森林里寻找。另一方面，小智正在为道馆战做准备，训练皮卡丘练习使用铁尾，但每次都只差一点点。突然出现一位自称姓泽间的男孩邀请小智来一场双打对战，并告知小智，这种类型的对战在丰缘地区很流行。小智于是欣然应战，并派上了皮卡丘和木守宫。激烈的战斗中，皮卡丘施展出了钢铁尾巴，成功击倒泽间的蜻蜻蜓和阿利多斯。双方均对对方的技术表示钦佩，于是小智一行人便邀请泽间共进午餐。而在森林深处，小遥终于发现了一只刺尾虫，在泽间的指导下，小遥使用火稚鸡，终于成功地捕捉到了刺尾虫，却被火箭队三人组抢走，小遥使用火稚鸡和刺尾虫共同上阵，再次将火箭队击飞。小遥带着泽间与小智等人见面，大家见到两个长相一模一样的泽间非常惊讶。原来这两人是双胞胎兄弟，大哥泽间一郎一直在外旅行，而弟弟泽间次郎则住在这里守护着森林。泽间次郎告诉大哥他也想出去进行宝可梦的修行，泽间一郎鼓励他勇敢前往，并表示自己将代他承担守护森林的重任。

以挑战卡那兹道馆为目标的小智一行人，终于来到卡那兹市，并见到了道馆馆主杜娟。不过由于杜娟同时兼任宝可梦训练家学校的老师，要在这里上课到明天，所以小智还需要等待一天。校长带小智一行人参观了整个学校，告诉他们在成为正式的宝可梦训练家之前，必须在这里进修，学习关于宝可梦各种各样的事。从入门班、竞赛班到博士班，对学校的教育内容制定，都是学生高兴决定的。由于校长的好意，小胜得到一天的时间可以在学校旁听，体验这个入门班所有的事。杜娟老师也把小智和小刚介绍给入门班的学生，并诚恳邀请他们向孩子们介绍经验。而小遥则对有关华丽大赛的培训班表现出浓厚兴趣，她也混进了学生中听课，但得知还要考试后就又溜了出来。小胜在入门班结识了因害怕而不愿与宝可梦接触的浩太、对宝可梦训练家并不感兴趣但被家里人强行送来上课的女孩莎美等朋友，而能力很强但性格高傲自负又爱欺负人的小拓则处处想和小胜分个高下，于是两人分别使用鸭嘴宝宝和蚊香蝌蚪进行了一场对战。小胜使用蚊香蝌蚪顶住了鸭嘴宝宝的几轮喷射火焰攻击，正要使出水枪反击时，火箭队三人组出现并抢走了学校的宝可梦。在浩太的指挥下，小胜、小拓和莎美齐心合力打败了火箭队，救回了被抢走的宝可梦。而孩子们也通过这次合作战斗增进了友谊，大家都非常开心。

小智一行人到达卡那兹市，向丰缘地区第一家道馆挑战的日子终于到了。从以前就对比赛招式华丽度的宝可梦华丽大赛有兴趣的小遥，终于下定决心要成为一名宝可梦协调训练家，目标是参加华丽大赛，从而放弃道馆挑战比赛。于是这场和卡那兹道馆馆主杜娟的战斗就成了小智一个人的挑战。为了对抗杜娟的擅长使用高防御力的岩石属性宝可梦，小智与皮卡丘苦练对岩石属性效果优越的招式“铁尾”，并终于取得了一定的成效。比赛开始后，杜娟首先派出了小拳石上阵，小智一方则使用木守宫迎战，虽然木守宫使出了威力很强的拍击，但由于小拳石防御很高，无法造成有效的打击。而木守宫则因为连续被小拳石的百万吨重拳击中而失去战斗能力。小智随即派皮卡丘出场，皮卡丘运用打雷，将整个岩石地面夷为平地，限制住了小拳石的滚动，成功将小拳石打败。但面对之后出现的朝北鼻，无法随心所欲使出铁尾的皮卡丘还是陷入了苦战。在杜娟命令朝北鼻使出最强杀招电磁炮时，皮卡丘迎难而上，强行用身体接住了这记电磁炮，随后带着巨大电量扑到了朝北鼻的身上，造成了朝北鼻的全身麻痹，皮卡丘旋即及时使出新招式“铁尾”，一击制胜。小智如愿收获自己在丰缘地区的第一枚徽章——岩石徽章。

打赢了卡那兹道馆的比赛，小智一行人的心早就飞向下一个目的地武斗道馆。等待驶往武斗岛的船出发的期间，一行人决定在卡那兹市分开来自由行动一阵子。 小胜在街上认识了从衣服到食品、什么都生产的梦幻公司，得文制造股份有限公司的社长，兹伏奇。喜欢小孩的兹伏奇很欣赏小胜，带小胜到总公司参观，让小胜对一个又一个的新发明大开眼界。这时候，两人发现伪装成社员的可疑男子，展开了跟踪。同一时间，研究所内因为遭窃而一阵骚动。东西是这个男人偷走的吗？他的真实身份究竟是什么？

由于小遥的疏失，小智一行人没有赶上驶往武斗岛的班船。小遥为了负起责任，到处寻找开往武斗岛的船只，她认识了退休的老船员哈奇老人。哈奇老人自愿送一行人到武斗岛，但是等小遥带大家过来时，哈奇老人的态度却是180度大转变，冷淡的赶走一行人。百思不解的一行人，从君莎小姐那里听来令人担忧的消息。上次躲在得文制造有限公司的海洋队的人，听说就躲在这附近，打算与同伴会合。企图在海上与同伴会合的海洋队的男子，与拥有私人船只的哈奇老人的变化，二者似乎有某种关联。一行人抱着这样的想法，赶紧回到哈奇老人的地方。到底，哈奇老人与海洋队之间有什么样的关系？小智一行人是否能够抓住海洋队呢？

为了尽快得到丰缘地区的第二间道馆徽章，小智一行人来到武斗道馆门口。然而，道馆馆主藤树却拒绝小智的挑战，从道馆跑出去冲浪。斗志高昂的小智气不过去，一直纠缠着藤树，最后终于如愿以偿。小智认定藤树是只晓得玩冲浪的不务正业的人物，所以对这场对战充满了自信。可是面对小智来势汹汹的攻击，藤树的宝可梦却运用冲浪中练出来的身手，很轻松的化解了小智的攻击。小智急得失去判断情况的能力，依然采用硬攻的方式，结果……

在武斗道馆的道馆赛中，小智被道馆馆主藤树打败，感受到自己实力的不足，决定在武斗岛暂时修行一段时间。然而此时出现了企图夺走小智一行人宝可梦的火箭队！小智一行人好不容易将火箭队赶跑，但是回过神来却注意到，小遥的刺尾虫与火箭队的刺尾虫在混战中弄混了！刺尾虫是小遥第一次收服并细心照料的宝可梦，想到自己的刺尾虫被迫与卑鄙的火箭队待在一起，小遥感到非常的不安。忍住盈眶的泪水，小遥拼命奔走寻找火箭队……

为了武斗道馆而继续旅行了小智一行人，正在商讨着大吾的事情而来到了“石之洞窟”，却意外掉入了火箭队所设下的陷阱。但是这时周围的地面却陷了下去，一行人和火箭队一起掉进的洞穴的最深处。而在小胜的周围,皮卡丘和喵喵聚在一起。似乎所有人都分散了。小智、小刚和小次郎在一起，而小遥和武藏在一起，寻找出口的活动开始了。“铁铠宝可梦”可可多拉就居住在这危险的洞穴里，争吵不停的三组联合起来，能逃出洞窟吗!?小智能和大吾相遇吗!?

小智一行人在武斗岛边架设帐篷，继续着宝可梦的修行。这个时候沙中突然出现了未知生物，袭击了小智一行人。打算捕获它的小智，却因为它强大的力量失败了。而且那个生物，还把帐篷给弄倒了。被吓到的小智，燃起的捕获未知生物的欲望，他决定在当天晚上揭发未知生物的原形！小智能顺利捕获未知生物吗!?

加入了新的伙伴“无赖宝可梦”龙虾小兵，小智一行人持续着在武斗岛的旅行和训练。在与火箭队的对战中，龙虾小兵却发烧了。龙虾小兵需要回到精灵球里，但精灵球放在露营的帐篷内，于是小智决定到宝可梦中心请求支持。小智背起龙虾小兵奔跑，然而想要到达宝可梦中心就必须经过一条没有桥的河，而且这条河里还居住了很多“野蛮宝可梦”利牙鱼……小智能够打败这些利牙鱼吗!?

为了打败武斗道馆的道馆馆主藤树，持续旅行的小智一行人把锻炼自己和寻找珍奇的宝可梦当为目标，而来到了一座沼泽。一行人和“沼鱼宝可梦”水跃鱼以及沼泽的主人认识，他们得知这里是专门培育水跃鱼蛋的地方，孵化后的小水跃鱼将会被运送到培育的地方专门培育后再送给宝可梦训练家初学者，但这只水跃鱼却是野生的。正当小刚对这些事情倍感兴趣时，打算夺走水跃鱼的火箭队出现了！然后管理水量的控制器出了问题，水跃鱼群们被大量的水冲走了！到底小智一行人得怎样面对这个危机？并且保护水跃鱼群们呢？

在某个洞窟做修行的小智一行人，不小心激怒了在洞窟睡觉的大声宝可梦吼爆弹。在急于逃离吼爆弹追打的情况下，小智一行人居然与皮卡丘他们走失了。而此时，勉强逃到外面的皮卡丘等宝可梦也拼命的想寻找小智。宝可梦们虽然受伤了，还是以出去远足的心情往森林前进。但是，四周突然响起奇特的草笛声。皮卡丘他们像中了催眠术一样，开始在同样的地方打转起来。宝可梦们的身上是出什么事了!?还有，这个草笛声到底来自何方神圣？

以打败武斗道馆的道馆馆主藤树为目标，而持续修行的小智等人，和小田卷博士相遇后，在某个洞窟里面发现了少年和辉的秘密基地。和辉生气想赶跑小智等人。在旁偷窥的火箭队想夺取和辉的秘密基地将其占为己有，却突然出现神秘的一伙人——熔岩队打败了火箭队，占据了这个基地。熔岩队在秘密基地内开始挖洞，挖到很深的地方时，火箭队看熔岩队的情况，认定此地必有宝物，遂在后头紧跟上来。而从和辉口中得知详情的小智等人，为了抢回洞窟，又折返回来，但是另一班人马——海洋队也现身了…

小智一行人今天依然在武斗岛努力修行。企图抢走一伙人的宝可梦的火箭队，又跑来闹事。在格斗中，小遥的“蛹宝可梦”甲壳茧进化成“蝴蝶宝可梦”狩猎凤蝶了！这令小遥高兴极了，然而火箭队的武藏却不高兴了。因为她所疼爱的“蛹宝可梦”盾甲茧一点要进化的迹象也没有。败给小智等人之后，武藏也燃起了竞争意识，对盾甲茧展开特训，偏偏盾甲茧实力太强，火箭队所拥有的宝可梦根本不是它的对手。为了让重要的盾甲茧进化，武藏只好寻找厉害的宝可梦来磨练，因此再度向小智等人挑战……

今天小智一行人依然在武斗岛继续修行。个性火爆的问题专家，龙虾小兵的行为使大家有点头痛。小智想训练龙虾小兵的合作精神，决定到废弃的金矿里去玩试胆游戏。他想吓吓龙虾小兵，使它乖一点。扮演鬼怪的小遥与小胜埋伏在金矿中，龙虾小兵不知情的进去了……另一方面，火箭队三人组为了寻宝来到金矿里面，受到眼光发亮的某个东西的攻击！那是真正的妖怪吗？小遥与龙虾小兵的命运将会如何呢？

为了再次挑战武斗道馆的道馆馆主藤树而持续修行的小智一行人，遇到自称藤树头号弟子的格斗少女小忍的挑战！虽然她自称是头号大弟子，但是如同过去的小智，小忍只是一昧的使出力量来猛攻。相较于小忍，经过修行的小智在化解攻势时就显得很稳重。但是，藤树却突然插进来为决斗喊停。原来他是来提醒一行人，台风已经来到附近了。在天气越来越恶劣的情况下，大伙儿勉强逃避到附近的洞窟。在这时候，藤树的一番告白，“面对强大的力量，不要勉强出头，想法子渡过去也是很重要的”听到藤树这番话，小忍回顾自己的战斗方式，似乎有所领会的样子……

为了再度挑战武斗道馆，而不断修行的小智，终于要向道馆馆主藤树做复仇战了。可是在藤树的秘密练习场的战斗，攻守状况却和上次的对战颠倒过来…面对藤树猛发攻势的宝可梦，小智发挥了修行的成果，在轻松闪躲中慎重地寻找机会。藤树的宝可梦果然因为不断发出攻击，很快就喘不过气来了。任谁来看都会觉得小智占了上风，但是小刚却有不同的看法。小刚在藤树这宛如故意制造机会给小智的战斗中，感到隐隐约约的不安……

小智一行人结束武斗道馆的复仇战，为了小遥即将参加的宝可梦华丽大赛，而搭船前往大会场地的凯那市。由于火箭队设下的圈套，船遇难了。小智等人顺水飘流，最后遇上了气氛阴森的触礁的弃船。在那里，一行人结识了来调查弃船的广海，一同休息了一段时间。这期间，火稚鸡突然不见了！一行人不加思索到处搜索，但没多久小胜与小遥也不见了。小智等人感受到危机提高了警觉，可是……

小遥来到凯那市，马上就以华丽大赛的优胜为目标，和蝴蝶宝可梦狩猎凤蝶展开了特训。特训中，小遥遇到了也想拿到大赛优胜的少年，宝可梦协调家小瞬。小遥与小瞬之间燃起了激烈的竞争意识，又跟小智等人展开更激烈的特训。烟火工匠毕希见到这个情况，告诉小遥，有个果实吃了可以让参赛的宝可梦拥有更有利的条件。为了分得一些果实，小遥等人来到毕希的仓库，可是在那里只见到将果实完全吃光的火稚鸡。小遥等人得知这个果实是毕希今夜放宝可梦烟火的制作材料，深感自责，于是决定到森林去寻找果实来还给毕希先生。

为了得到宝可梦华丽大赛的优胜，小遥将火稚鸡交给小智等人保管，自己与狩猎凤蝶离开去练习。此时小智等人又受乔伊小姐所托，帮忙照顾三只宝可梦做健康检查，因为不久之后，即将成为宝可梦训练家的小孩会过来领取。做完健康检查后，乔伊小姐又托小智等人保管这些宝可梦。可是，其中有只活泼不听话的火稚鸡一直想逃跑。为了抓这只火稚鸡，小智拿出龙虾小兵战斗。没想到战斗中，火稚鸡意外进化成力壮鸡了。小智等人无计可施，偷偷拿小遥的火稚鸡来顶替，但是……

华丽大赛举办的日子，会场人潮汹涌，热闹极了。身处其中的小遥，在休息室内一直紧张得无法冷静。第一次审查的主题是魅力演技。在宝可梦展现的多彩多姿的绝招中，劲敌小瞬的荆棘宝可梦毒蔷薇得到了高分。然后终于轮到小遥跟狩猎凤蝶上场了。狩猎凤蝶拿出为了这一天努力练习已久的绝招，银色旋风，成功进入了第二次审查。接下来的审查是只靠美丽还不够，必须以实力获胜的华丽战斗。小遥的对战对手是小瞬。这场战斗到底会谁胜谁负呢？

宝可梦华丽大赛告一段落，小智等人在凯那市停留了最后一天。小遥与小刚到市区买东西，小智与小胜和皮卡丘决定到海之博物馆参观。很不凑巧，博物馆刚好休馆。小智等人遇到了库斯诺吉馆长，并被带入馆内参观。在那里，小智等人看到了罕见的烧焦的神秘岩石。此时出现了企图夺走博物馆展示品的火箭队，将小智等人关进牢笼内。然而比他们更早一步潜入馆内的熔岩队又跟火箭队发生冲突。两派人马为了宝物，突然展开了战斗……

小智等人向著紫堇市一路旅行，来到山路旁的宝可梦中心。但是里面却一个人也没有。最后面的房间一片凌乱，地板上还有残余的催眠粉。小智等人觉得出事了，赶快查看监视器的录影带。出乎意料的看到邪恶宝可梦，狡猾天狗将乔伊小姐掳走的画面。一行人为了救出乔伊小姐，赶往狡猾天狗居住的大树。可是一路上却遇到草属性宝可梦们的阻挠。这时候，乔伊小姐在大树中醒来，注意到旁边有一只睡著的长鼻叶……

以紫堇市为目的地而前进的小智等人，在浓雾的山路中行走著。听说山中有个村子，在那里，有著被当成路标的灯塔。小智等人遇到了守护灯塔的“光之石”的正电拍拍与负电拍拍，其主人和智见到小智的打扮，认定他就是村子传说中的勇者。和智完全没有战斗经验，他带著加油宝可梦跟随自己崇拜的小智一起练习。谁知火箭队却跑来捣蛋，抢走了光之石与皮卡丘……

前往紫堇市的途中，小智等人来到了某个城镇。一行人在那里认识了带著呢喃宝可梦咕妞妞的明菜，决定一起参加即将举办的“戏法屋大赛”。克服戏法大师设下的机关，获得优胜的人将可以得到一年份的宝可方块！一行人以优胜为目标，努力向终点前进，先是迷宫，后是过独木桥、地洞陷阱等等，后来连拿著麦克风的胖丁也来捣乱。大赛的优胜者到底会是谁呢？

抵达紫堇市的小智等人，为了得到第三个徽章来到紫堇道馆。一入道馆，突然冒出雷公机器人，与皮卡丘发生了战斗。后来，小智与现身的道馆馆主，铁旋做道馆挑战赛。竟然一下子就打赢了。然而过了不久，皮卡丘的情况马上变不对劲。带去宝可梦中心疹疗后，才知道皮卡丘在与雷公机器人战斗的过程中，吸取了过多的电力，所以挑战时出招的威力才会那么大…