小智从当地人口耳相传中得知,漩涡列岛的海底潜藏有神秘神奇宝贝的踪影,而兴奋的搭船往该岛前进.可是,那艘船又被火箭队找上了.皮卡丘为了解决火箭队,发出攻击,不小心破坏了船身的一部份.海上的漩涡涡流激烈,小智等人就这么被抛入海中.这样下去,大家都会被涡流给吞没的!小智等人将会如何呢?

以漩涡列岛大赛为目标,展开漩涡列岛之旅的小智一行人,途中遇到叫做飞太的青年…知道大波波岛的事情.这个岛名奇特的岛屿,据说住在那里的神奇宝贝并不寻常.原来那个神奇宝贝是波波啊.外形看起来很普通,可是…体型却是普通波波的三倍以上,而且不会飞.在这不可思议的岛上,到底发生什么事了呢?小智一行人在飞太带领下,踏入了大波波岛.

小智等人来到漩涡列岛的青岩岛,向下一个城镇前进的途中,来到了青湖所在的山顶.途中,眼前突然出现鱼夫神奇宝贝灯笼鱼与叫做阿义的少年.为什么山中会有灯笼鱼呢?寻问之下得知,青湖是灯笼鱼卵孵化长大的故乡.然后,如同小智等人要踏上旅行一样,灯笼鱼们也要离开故乡,踏上前往大海的旅行.

为了参加漩涡列岛大赛而持续旅行的小智一行人来到了黄岩岛.黄岩岛是名符其实的,岩石呈黄的颜色,生长许多太阳珊瑚的岛屿.小霞为了可以收服垂涎已久的太阳珊瑚而兴奋极了.这时候一幕惊人画面出现了,海面上居然漂来一栋房子.屋顶上是一个活泼的太阳珊瑚跟一个少女.为什么会发生这种令人难以想象的事呢?

为了搭船去举办漩涡列岛大赛的赤岩岛,小智等人来到了欧奇市的港口.可是没有赶上一天一班的船班,一伙人都不知如何是好.这时候,一个女人向一伙人打招呼,她的名字叫露佳.于是大家就决定搭她的船到赤岩岛去.小智等人在老旧的船上,发现古老的海图.这是什么海图呢?难道那地方藏有宝物吗?

小智与小霞都漂亮地赢得了漩涡列岛大赛的预赛,接下来就是正式比赛了.开会典礼在运动场响彻云宵的欢呼中开始.一位穿着华丽服装的美丽女性出现了.她是守护漩涡列岛的文化与传统的海神官麻亚.据她说,将赠送礼物给大会的优胜者.那个只有优胜者才能得到的礼物,到底是什么东西呢?为了得到冠军,小智等人燃起了熊熊斗志

漩涡列岛大赛的下一场比赛竟然就是小智对小霞.可以使用的神奇宝贝只有二只,当二只神奇宝贝都失去战斗能力的时候,胜负就分出了.为了水系神奇宝贝大师的面子,这一战决对要赢,小霞这样发下豪语.另一方面,小智也表现出自己不管在什么样的战斗中都要获胜的决心.双方互不相让的决斗即将展开..到底结果会是如何呢?

漩涡列岛大赛结束,小智等人决定返回浅葱市,而搭乘定期船班去鲳鱼镇.可是在小智等人不知情的地方,又有可疑的黑影在秘密进行某种阴谋.火箭队这时又在挖地洞陷阱了,这时代谁会那么傻,误入这种单纯的陷阱呢?想是这么想,小智等人真的就掉进陷阱里面了.可是,连火箭队也掉入自己挖的洞穴里面.小智等人和火箭队就在洞中无路可走的情况下,遭遇到最出乎意料的事件.

小智等人之前在海底的沉船中发现了银色之翼,后来到了镇上,看见林立街头的土产店都在贩卖小岛的特产,银色之翼商品.途中,小智等人遇到了饰品店老板百合子,而到她的店里参观.店中排列的许多美丽装饰品都是用只有银岩岛才能采集得到的银岩石做的.据说用这种石头做出的装饰品有护身符的作用.岛民们深信的银色之翼,到底隐藏着什么样的力量..

小智等人在冲岛与阿弘重逢了,他们跟阿弘马上决定一起寻找神秘神奇宝贝,这个时候遇到的是被火箭队追逐的少年修一....有人要把修一的神秘神奇宝贝抢走!那到底是甚么神奇宝贝呢?

洛奇亚的小孩--小银,被火箭队抓走了.小智他们拼命的寻找,可是都找不到小银,最后,洛奇亚愤怒起来,开始攻击人类住的地方,小智他们有办法把小银救出,平息洛奇亚的愤怒吗?

洛奇亚妈妈被抓走了,而小智一行人也被火箭队抓起来了,他们的神奇宝贝球也被抢走了.小智他们面临了空前危机.小智他们是否能够逃出,并且阻止南波博士的计划,把洛奇亚母子从火箭队手中救出来呢?

小智一行人准备要回浅黄市进行道馆比赛,他们搭上了飞鹰爷爷的咕咕号,可是这个咕咕号是个古董老飞机,而且路上又出现了暴风雨和火箭队……到底小智他们能平安的抵达浅葱市吗?

小智在浅黄市的道馆比赛开始了.道馆训练家阿蜜小姐的神奇宝贝是很难缠的铁蛇神奇宝贝--大钢蛇.小智虽然尽全力比赛,但是大钢蛇的强力绝招钢铁尾巴把皮卡丘击败了.最后剩火球鼠上场了,到底小智能反败为胜吗?

真新镇的大木研究所的草系神奇宝贝们开始争起地盘了,大木博士和小健拼命的想阻止,但是骚动却越来越大.小智便把妙蛙种子送回大木研究所,到底它有办法解决吗?

小智一行人回到了圆朱市并且和樱花重逢了,樱花的伊布已经进化成太阳精灵了,这时,火箭队出现并且把樱花的姐姐们的神奇宝贝都夺走了.小智他们和樱花能把神奇宝贝抢回来吗

火箭队把圆朱市铃铃塔的透明铃铛弄坏了,传说透明铃铛是人类与凤凰连系的重要宝物,结果造成愤怒的神奇宝贝在圆朱市大闹特闹,小智一行人能阻止这场骚动吗?

小智参加了神奇宝贝与训练家合为一体奔跑的神奇宝贝劲速赛,大会中小茂也会参加,小智使用月桂叶向小茂挑战,可是,小茂与风速狗合作无间一直抢占第一名,小智和月桂叶会赢吗?

小智一行人到神奇宝贝中心避雨,在他们睡觉的时候蛋竟然消失不见了.小智等人非常地着急,这时君莎小姐出现了,到底他们能否解决这件悬案呢?

小智的蛋终于快孵化了,小智非常的兴奋,可是这时火箭队又出现想把蛋夺走,在这时候蛋忽然发光了,到底即将出生的神奇宝贝是什么呢?

火箭队碰到小智他们,结果又和以前一样失败了.在火箭队想再收服神奇宝贝时,火箭队的挖角人员出现,并借给他们信使鸟去对付小智他们,火箭队会成功吗?

小智一行人在雾中遇到了洛珂小姐和九尾,洛珂小姐带着他们到一间大房子休息,但是小智他们发现镜子竟然照不出洛珂小姐的身影.突然,小智和小霞被一股奇怪的力量挡住在外头,到底小刚会有危险吗?而洛珂小姐的真实身份是什么呢?

小智一行人在斯里巴吉山遇到了空手道王信彦与巴尔郎,巴尔郎特别喜欢恶做剧,村子里的人都很讨厌他.信彦用沙瓦郎想要让巴尔郎打破定心,可是巴尔郎的实力太坚强了,到底信彦的热诚能不能打动巴尔郎呢?

小智一行人来到山间的一座村落,听说这里有预测未来的天然鸟,受到村民们的珍爱.可是,火箭队又冒出来想要抓走天然鸟,到底小智能不能守住天然鸟呢?

愤怒之湖出现红色的暴鲤龙,暴鲤龙因为火箭队的阴谋而被强迫进化,披着斗篷对抗火箭队的男子,原来是龙使者,渡.到底小智和渡能不能把红色暴鲤龙救出来呢?

火箭队的人想把红色暴鲤龙用直升机载回总部,结果没想到暴鲤龙自己挣脱并且开始发狂了起来.眼看它就要逼近卡吉镇了,到底小智一行人能阻止这场危机吗?

小智一行人来到卡吉道馆准备挑战,可是被拒绝了.道馆训练家柳伯说跟小智交手没意义,小智拼命的拜托,可是柳伯的心就像被冰封起来一样.到底小智的毅力之火能不能打动他呢?

小智在卡吉道馆的战斗开始了,虽然小智拼命地想要擅长的速度绝招一决胜负,但是在冰的战斗场地根本就无法使用.这时小智受到了猛烈的攻击,让道馆训练家柳伯给逼入了绝地,到底小智和皮卡丘有办法打赢这场战斗吗?

小智一行人来到神奇宝贝研究所,在这里的美丽花和霸王花因为地盘的关系,只要风向改变,就会因数量多少而争吵.到底小智能不能用月桂叶来阻止他们呢?

小智一行人以下一个目的地--烟墨市为目标旅行，途中天气热得要命，大家都热晕了，原来他们好像误入火山地带,为了早点离开，一伙人加快了脚步，但在途中遇到呼噜大睡的熔岩神奇宝贝、熔岩蜗牛.由于路被堵住无法通过，只好叫醒熔岩蜗牛，却因而激怒了熔岩蜗牛发狂攻击.小霞拿出擅长的水系神奇宝贝想加以阻止，可是却被心情恶劣的熔岩蜗牛给一一打败.在旁看到事情始末的开朗少年亚克西忍不住出声大笑.但是以小霞的个性是不会默不吭声的.......

一个少女突然大喊「皮卡丘～」，跑过来抱住皮卡丘！小智一行人目瞪口呆，旁边带着黑暗鸦的小孩，自称是神奇宝贝魔法师小璃.据说小璃拥有的魔法秘传书，上面写着代代相传的魔法用法.她正在搜集书中迄今为止尚未有人成功使出来的「了解神奇宝贝的心的魔法」所需的材料.秘传书上写着需要皮卡丘的十万伏特.小智一行人对这件事很感兴趣，为了让魔法成功，决定与小璃一起去寻找其余的材料，但是……！

以烟墨道馆为目标而持续旅行的小智一行人，因为想抄近路，反而在森林中迷路了.这时出现在他们面前的，是拿出强大吸电器、企图捕捉皮卡丘的火箭队.皮卡丘的电力被完全吸光，使得小智等人陷入大危机之中，就在这时候，叫做羽莎的女性出手搭救了.羽莎看皮卡丘情况危急，告诉一行人：「我可以让皮卡丘复原，但是你们要保证之后看到的事绝不泄露出去.」在严肃的要求下，小智一行人保证保密.然后，在紧张的气氛中，一行人踏入禁忌之地.他们所看到的是……!?

以烟墨道馆为目标而旅行的小智等人，来到一个小城镇时，波克比突然跑进路旁民宅的庭院，小智等人紧追在后，进入庭院，一行人面前突然出现两只宝宝丁.接着是一个手拿CD夹，跑出屋子的女孩叫做绮菲洛.原来这两只宝宝丁是在电视台与演唱会唱歌跳舞的双胞胎偶像神奇宝贝.小智等人参观宝宝丁演唱会前练习表演.看着宝宝丁配合节奏的歌舞表演，众人不禁陶醉其中，赞叹「太可爱了！」.这时，突然出现一只胖丁，不服气宝宝丁双胞胎大受欢迎，也踏上舞台开始唱歌……

为了得到最后的徽章，小智一行人以烟墨市为目标，继续旅行.这次来到了叫做开悟之湖的「呆呆兽湖」.这时火箭队又冒出来了.紧绷的气氛中，双方眼看就是一场决斗.然而，突然一只咬着黄旗子的憨憨神奇宝贝呆呆兽悠哉悠哉的过来了.这只呆呆兽什么也没干，只是一直发呆.旁观的小智等人不禁看傻了眼.据尼姑雅子说，呆呆兽一直在思索自己是什么人，这个很深奥的问题.小智一行人、火箭队突然被问到自己是什么人时，也不知如何作答了.于是雅子带领众人到帮人开悟的呆呆兽寺院修行…

小智一行人在神奇宝贝中心休息.这次，听说大木博士主持的广播节目要办公开录音了.一行人期待与睽违已久的博士重逢.当天赶到举办地点，一进入会场就撞见了大事件.自称大木博士的竟然有两个人！虽然其中必有一然是假的，可是两个人都宣称自己是真的大木博士.由于博士一定很了解神奇宝贝，最后就变成举办猜谜大会来判断真伪了.会场因这场意外一阵哗然.这难得一见的决斗，到底会如何发展呢...!?

小智一行人在旅行途中暂时停下来赏月.可是唯有小智一人不顾美丽的月亮，自顾自的拼命吃东西.忽一抬头，看见天空有幸运的流星划过.众人忙着许愿，但是，很快就发现流星的异样.渐渐接近地面的流星并不是星星，是巨大的飞行物体.「难道是飞碟吗!?」一行人对着这梦一般的光景看呆了.不只这样，神秘飞行物体之中还有东西掉到小智等人附近.小小象跑出来很漂亮的接住那个物体，原来，那个物体是星型神奇宝贝"皮宝宝".皮宝宝从飞碟里面掉下来，难道它是宇宙人吗？

以下一个目的地烟墨市为目标而持续旅行的小智一行人，看到一群人不知在喧哗什么.靠近一看，原来是有人在做神奇宝贝对战.听说一个叫做安治的人的水系神奇宝贝,「蝌蚪神奇宝贝」快泳蛙很厉害，已经打倒许多人，从来没有吃过败仗.小霞一听对手是水系神奇宝贝，自然不会放过机会.她用自己的蚊香蛙挑战，可是对手是进化后的快泳蛙，实力差太多了.小霞被打败之后，深深体会到神奇宝贝的等级的差距.在不甘愿的同时，也对快泳蛙投以尊敬眼光…

以下一个目的地烟墨市为目标而旅行的小智等人，途中遇到一位女子，得知了竞技公园的存在.听说各种神奇宝贝那里几乎都有，还可以自由选择想要对战的神奇宝贝.喜欢神奇宝贝对战的小智等人听到这消息，自然兴奋得不得了.在那里迎接小智等人的神秘工作人员，特别推荐挑选最强神奇宝贝的特殊战斗套餐.小智听到最强两字，眼睛为之一亮.到底，他要面对的是什么样的对手呢？

旅行途中，小智等人在湖岸边睡午觉.醒着没睡的牛蛙君找到小刚亲手做的饭团，想拿来吃的时候，却不小心让饭团滚了下去.慌慌张张追着饭团的牛蛙君身边，突然有个拉拉队女郎打扮的女人靠近了.她把牛蛙君与别的牛蛙君搞混，硬是把牛蛙君带走了.等着牛蛙君的，竟然是以为了参加全国大赛而天天练习的神奇宝贝拉拉队.....

冰之洞窟是通往烟墨市的近路，小智他们通过冰之洞窟时发现这里有很多冰系的神奇宝贝，就在此时，火箭队为了想把冰之洞窟的神奇宝贝捉起来，于是将洞里的温度升高，想融化冰之洞窟来捕捉冰系神奇宝贝，到底小智他们能阻止火箭队的计划吗？

小智一行人终于来到目的地烟墨市，发现睡在湖泊附近的龙神奇宝贝迷你龙。因为难得一见，一行人就凑过去想更靠近一点，湖中突然冒了只暴鲤龙出来，对他们发动猛烈攻击。此时，平息爆怒的暴鲤龙的，是叫做小桩的女性。原来暴鲤龙是受她命令保护宝贵的迷你龙的。然后，一个老人不知怀里抱着什么东西跑到小桩身边，这个老人还是小智等人想去的烟墨道馆里面工作的人。

为了得到第八个徽章，小智等人敲上了最后的堡垒─烟墨道馆的大门了。小智与道馆训练家的战争序幕拉开。小桩第一战就拿出刺龙王，小智也很快拿出皮卡丘来决斗。在火热的战况中，保管烟墨道馆的宝物「龙之牙」的宝物库竟然遭到火箭队潜入。小智等人听到消息，不得已暂时停止战斗，赶快赶往宝物库的地点。可是火箭队早就把龙之牙偷跑了，一行人拼命追逐火箭队，龙之牙最后究竟会是如何呢？

烟墨道馆代代相传的龙之牙被火箭队给抢走了，小智等人拼命追赶，上空突然飞来在喷火龙山谷的纪珂，与在她手下修行的小智喷火龙。得力帮手出现，而且加入小智等人继续追赶火箭队。另一方面，火箭队得到被本地当龙神奇宝贝守护神快龙的支持，还食髓知味的把和平象征「祈祷的火焰」也偷走。然而祈祷火焰发出的火把附近一带都烧起来，麻烦越闹越大。然后快龙突然产生变化。快龙身上发生的异变到底是什么呢？

龙之牙遭窃骚动中，烟墨道馆的道馆训练家小桩的道馆战一时中断。这次小智又重头再来，与小桩展开激烈战斗。小智经由上次道馆战，察觉只靠手上的神奇宝贝战斗，对自己不利，于是在神奇宝贝中心交换神奇宝贝。决斗开始，小桩跟上次一样，拿出了刺龙王来应战。小智则改变战略拿出卡比兽应战。刺龙王猛烈的破坏死光压倒了卡比兽，但卡比兽以过人的体力为武器，丝毫不退让。小智为了得到最后的徽章坚忍不拔的战斗着。这场决斗到底会谁输谁赢呢？

小智等人得到最后的徽章，展开以城都连盟为目标而旅行。火箭队得知情报赶来，企图从一行人手中偷走徽章。他们以巧妙的伪装欺骗小智等人，成功夺走徽章。高兴自己立下大功的火箭队，将夺来的徽章拿给果然翁保管。果然翁将徽章放在盒内，开心的装水果。可是当他察觉树丛后面有东西，一不分神，盒子就瞬间消失了！莫名奇妙受到火箭队责怪，背上莫虚有罪名的果然翁，这下子面临大危机了!

为了参加比赛，以若叶镇为目标而持续旅行的小智等人，途中来到了可以参观海边神奇宝贝同步水中芭蕾秀的会场。众人看那合作无间的水系神奇宝贝的华丽表演看到正精采时，却惊讶看到指挥这些神奇宝贝的，居然是叫做龙司的少年。他是热爱水系神奇宝贝的龙宫道馆的训练家。一行人在龙司带领下，到了耸立在海中的战斗场地。小霞知道龙司很憧憬华蓝道馆的姐姐们，决定把对神奇宝贝的爱意投注在战斗中。

以若叶镇为目标持续旅行的小智等人，途中被空木博士托付一个重大任务。内容是要小智等人到神奇宝贝海洋研究所拿一个神奇宝贝的蛋过来。小智等人前往的地方，叫做成美的女性正在操作观测机器操作，不知在海中做什么实验。然后突然的，海中发生强大能源，大群乘龙陆陆续续的跑出来。里面还有在橘子群岛告别的小智的乘龙！据成美说，乘龙可以在海中探测到至今仍无法解读出来的旅行方法。听说秘密就在乘龙发出的声音之中。

小智等人奉空木博士所托的使命，从海洋研究所的成美手中得到了神奇宝贝的蛋。小智抱着这个从白银山禁猎区被盗出的蛋，小心翼翼的搬运着。然而，毫无预警的，蛋裂开了。里面生出了某种东西！「传说的神奇宝贝要诞生了吗!?」一行人摒息以待。里面出现的，原来是发抖的由基拉。小智等人察觉由基拉状况不对，马上带去神奇宝贝中心治疗，可是却没有改善，由基拉的体温不断的下降。感受到由基拉命在旦夕的小智等人，使尽各种手段照顾，但是由基拉还是一直呻吟。那个晚上，小智抱着由基拉睡觉，做了一个奇怪的梦。

为了让神奇宝贝蛋孵出的由基拉返回故乡，小智等人以白银山为目标持续赶路。途中在山区找到了一个温泉。在那里认识了一直梦想捉到传说神奇宝贝炎帝的旅行少年尚也。听到温泉有治疗神奇宝贝，消解神奇宝贝之间的敌意的效能，一行人马上决定让无法跟大伙打成一片的由基拉泡温泉。可是岩石系的由基拉喜欢埋砂澡更甚于泡温泉的样子。这时候死对头的火箭队又冒出来了。小智等人拼命的想保护由基拉，但是…

小智一行人到了一个湖泊,但是因为这个湖泊传说河水要干枯之前，河马王会出现，带领大家到一个地方，而这时火箭队看上了这点，想要把河马王抢走，到底小智他们一行人有办法解决火箭队的计划吗？

小智一行人与奈奈碰面了,奈奈一直追逐着电击怪想要收服.这时火箭队又出现了,他们把电击怪和由基拉给掳走了,大家拼命的寻找,可是都找不到.到底小智一行人可以把他们救出来吗?

小智一行人来到了白银山山麓的神奇宝贝中心附近，并且在那里做一些参加白银大会之前的训练，可是这个时候火箭队这个时候出现，把小智他们的神奇宝贝抓走了，现在能用的，就只有由基拉了，到底小智是否能带领由基拉，把大家救出来吗？

小智一行人遇到一只迷路的未知图腾,而且与火箭对发生战斗,使的他们跑进了未知图腾的世界里面.在那里看到由基拉的秘密是什么呢?到底小智能平安回去原来的世界吗?

小智一行人来到了白银山的神奇宝贝保护区,而由基拉也与母亲班吉拉重逢了,可是班吉拉却被凶恶的盗猎集团抓走了.小智等人拼命的想救回来,可是盗猎集团实在太难缠了,到底小智一行人能够救出由基拉的母亲吗?

小智一行人来到白银大会,得知凤凰院里圣火的种火被扭拉占据为巢,还乱攻击所有接近的人,导致白银大会的圣火仪式不能举行.到底小智能把圣火给接出来吗?

小智等人期待的城都联盟白银大会终于开幕了，小智他也在选考会上顺利的进入预赛，而小茂也在参加选手的行列之中,小智和小茂也再度的见面了，到底他们会如何的较量呢？

白银大会小智的第一场预赛，对手是使用火焰神奇宝贝的高手小萌，虽然小智拿出全力来应战，但是小萌的神奇宝贝实在是太厉害了，小小象和小锯鳄都被一一打倒，而小智最后派出了杰尼龟，到底小智是否能打赢第一场预赛呢？

小智在预赛联盟的第二个对手是纯一,但是因为意想不到的事情,纯一的大菊花跟小智的妙蛙种子吵起来了.比赛开始后,他们又在对战中杠上了,到底妙蛙种子能展现他的志气给大菊花看吗?

白银大会的决胜锦标赛第一回战中,小智跟劲敌小茂发生了激烈的战斗.面对小茂一手锻炼出来的神奇宝贝,小智也拿出最强的阵容挑战,到底小智能打败小茂并拿到大会的冠军吗?

小智与劲敌小茂的全面作战终于开始了,虽然双方都以最佳的阵容来应战;可是小茂最强的神奇宝贝水箭龟的力量,还是让小智陷入了苦战.到底小智的喷火龙能展现出威力来吗?

决胜锦标赛的第二回战,小智面临的对手是来自方缘地方的叶越,但是叶越充满特性的神奇宝贝使小智陷入了危机.到底小智会为了小茂赢得这场比赛吗?

决胜锦标赛的第二回战,最后一战是小智的喷火龙和叶越的火焰鸡的大对决.小智使出全力挑战,可是火焰鸡使出小智从来都没有见过的决招,让小智陷入了苦战.到底小智的喷火龙能够使出龙之怒而打赢叶越吗?

小智一行人在白银大会结束后往真新镇的方向前进,途中小霞的姊姊要小霞回家,这个时候火箭对又跑出来捣乱引起一阵骚动.到底小霞和牛蛙君能打败火箭队吗?

小智告别了小霞与小刚又和皮卡丘踏上了旅行,可是在路上受到火箭队的干扰使的小智和皮卡丘分散了,后来好不容易找到皮卡丘的时候,皮卡丘却受到港口的神奇宝贝恳求当老大.到底皮卡丘该怎么办呢?