言い伝えによると、謎のポケモンが潜んでいるという“うずまき列島”の話を耳にしたサトシ一同は、胸をわくわくさせながらその島へ向かう船に乗った。しかし、その船にはまたまたロケット団が。ロケット団をやっつけるため攻撃をしかけたピカチュウだったが、誤って船の一部を破壊してしまった！海には渦潮がもの凄い勢いで迫っているというのにサトシたちは海に投げ出されてしまう。このままでは皆、渦潮に呑み込まれてしまうぞ!! どうなる!? サトシたち!

うずまきカップ挑戦を目指し、うずまき列島の旅をスタートさせたサトシ達は途中、飛太という青年に出会い、デカポッポ島なる島の話を聞かされる。名前が一風変わっているその島、そこにいるポケモンも普通ではないという!? そのポケモンの正体というのはポッポ。形はありふれているようだが……なんとなんと大きさがふつうの3倍ある上に、空も飛ぶこともできないのだという! サトシ達一行は飛太に連れられてデカポッポ島に足を踏み入れることになった!!

うずまき列島の青岩島に上陸したサトシたちは、次の町を目指す途中「ブルーレイク」という湖のある山頂に立ち寄ることにした。道中、突然目の前に現れたのは、あんこうポケモンのチョンチーとダイキという名の少年であった。こんな山中にどうしてチョンチーが!? 聞いてみるとブルーレイクはチョンチーたちが卵からかえって育つ、うまれ故郷なのだという。そして、サトシたちが旅を続けるように、チョンチーたちにもふるさとを離れ、海を目指さなければならない旅があったのだ。

うずまきカップ出場に向けて旅を続けるサトシ一行は、黄岩島にたどりついた。黄岩島は呼び名のとおり岩が黄色く、サニーゴがたくさん生息している島である。カスミはかねてからの願いである、サニーゴがゲットできるとワクワクしていた。そんな矢先、驚いたことに海からズズーッと流されてくるのは一軒の家だった!! 屋根の上にみえるのはなんと、元気なサニーゴと、一人の少女。なぜこんな信じられないことが起きているの?

うずまきカップが行われる赤岩島へ行く船に乗るため、オギシティーの港に辿り着いたサトシ達であったが、1日1便しか出ないという船に乗り遅れて、立ち往生していた。そんなとき、声をかけてくれた女性ルカが、彼女の船で赤岩島まで連れて行ってくれることに。かなり年季の入った船の中でサトシたちが見つけたもの、それはなんと古い海図であった。これは一体なんの地図なのか？まさか宝の山がねむっている!?

ようやく、うずまきカップの開催地である赤岩島のカクイシティに辿り着いたサトシたち。その街は、サトシたちと同様、戦いに挑もうとやってきた多くのポケモントレーナーでごったがえしていた。明日はいよいよカップ予選開始だ！と、やる気満々のサトシたちであったが、影ではそんなサトシたちを目で追う怪しき何者かの姿が…。そして、サトシらの目の前に現れたこの怪しき者の正体、それはポケモントレーナーのハチロウであった。

見事うずまきカップ予選を勝ち抜いたサトシとカスミ。次はいよいよ本線だ! コロシアム中響きわたる歓声の中始まった開会式には、きらびやかな衣装を身にまとった美しい女性が現れた。彼女はうずまき列島の文化と伝統を守りつづける海の神官(しんかん)マヤ。そんな彼女の言葉によれば、カップ優勝者にはある賞品を贈呈する…と。優勝者のみがゲットできるこの賞品、一体どんな代物なのか！サトシたちは優勝を目指し、闘志を燃やす!!

うずまきカップ2戦目にして早くもバトルで衝突してしまったサトシとカスミ。戦いで使えるポケモンはたったの2体。2体のポケモンが戦闘不能になった時点で勝敗が決まる。水ポケモンマスターのプライドにかけて負けるわけにはいかない! と豪語するカスミ。一方、どんなバトルでも勝ってみせる! と意地を見せるサトシ。両者一歩も譲らないまま始まったバトル、はたしてその結果は!?

再びアサギシティに戻ることにしたサトシたちは、連絡船が出るボウゼタウンへ向かっていた。しかし、こそこそと陰謀を企てる黒い影が。ロケット団が落とし穴を仕掛けていたのだ。今どき落とし穴に引っ掛かるわけなんて……と思っていたのも束の間。実にあっけなく落とし穴にはまってしまったサトシたち。しかも、仕掛けた落とし穴に自分ではまり、墓穴を掘ってしまったロケット団! そこで彼らはある不可解な出来事に遭遇した!!

沈没船から“ぎんいろのはね”を発見したサトシたちは、謎のポケモンの正体を突き止めるために、銀岩島のカサドシティにやってきた。途中サトシたちはアクセサリーショップオーナーのユリコに出会い、彼女の店に立ち寄ることに。なんとこのアクセサリーは銀岩島でしか採ることのできないギンガン石からできているとのこと。そして、この石から作られたぎんいろのはねのアクセサリーはお守りとしての価値があるのだという。

謎のポケモンのさらなる手がかりを求めて、沖島にやってきたサトシたち。そこでヒロシとばったり再会する。ヒロシもまた、謎のポケモンのうわさをかぎつけてここまでやってきたのだという。共に海にくり出したサトシとヒロシたちであったが、そこで見かけたのは、海の中でポケモンとたわむれる一人の少年。謎のポケモンについて聞こうと声をかけるが、少年は何も知らないという…。なんだかあやしい素振りのこの少年、なにか隠しているような…。

ついにサトシらの目の前に姿を現した幻のポケモンルギアの親子。しかしそれを狙っていたロケット団のナンバ博士らの手によって、子供のルギアが奪い去られてしまった！親のルギアは怒り狂い、もの凄い威力で海を荒らしている。なんとかルギアの怒りを静めようとするが、ルギアの怒りは最高潮に達して止まない。サトシたちはなんとか親ルギアを静める為に、必ず子供のルギアを取り戻してみせる! と堅く約束する。

連れ去られた子供のルギアを助け出すため、ロケット団のナンバ博士たちの基地に向かったサトシたちであったが、子供のルギアをおとりにして親のルギアを捕獲しようとするナンバ博士らのワナにかかり、なんと親ルギアまでもが捕らわれてしまった!! ナンバ博士らのたくらみ、それはルギアの底知れぬ怒りのパワーを利用して、人類のために強大なエネルギーを開発することであったのだ!

うずまき列島の旅を終え、再びアサギシティに戻るために船乗り場にやってきたサトシ一行。そこで見かけたおじいさんに定期船の出発時間をたずねると、明日の午前中まで船は出ないとのこと。だが、明日の朝にはジム戦をひかえているため、どうしても今日中にはアサギシティにたどり着きたい一行は困り果てるが、そんなサトシにおじいさんは、ホーホー航空の存在を教えてくれた。そこなら飛行機でアサギシティまで連れて行ってくれるというのだ。

6つ目のバッジをゲットするため、再びアサギシティにやってきたサトシたちは、待ちに待ったジムリーダーミカンとのバトルを目前にひかえ、海岸で猛特訓にはげんでいた。そこへ現れたのはまたもやロケット団。今回は、新兵器ソーナンスロボでピカチュウゲット作戦に出てきた! サトシたちのどんな攻撃にもびくともしないソーナンスロボ。たじろぐ彼らの目の前に突如現れたのは、ミカンであった。そして彼女は、ハガネールを持ち出し、あっという間にロケット団をやっつけてしまった!

次の町へ向かう途中にオーキド博士に連絡を入れたサトシたち。かつてはポケモンたちが仲良くすみ分けて暮らしていたオーキド邸の庭。しかし今となっては、ポケモンたちの陣地争いで毎日ケンカがたえず、博士の手に負える状態ではないという。なんとかして以前のような平和を取り戻したいと願うオーキド博士。そんな博士がサトシに頼んだこと、それはフシギダネに仲立ちしてもらい、争いを止めてもらうことであった。

次の町を目指して、エンジュシティを再び訪れたサトシたち。そこで美人5人姉妹の一人、サクラと会う約束をし、久しぶりの再会を楽しみに待っていた。すると、そんな彼らの前に突然エーフィが現れた。あまりの美しさにみとれる一行であったが、なんとこのエーフィの持ち主はサクラだった。サクラの家に招待された一行。そこで彼らを迎えてくれたのは勢ぞろいした美人姉妹の面々であった。

エンジュシティを旅立とうとしたサトシたちであったが、突然どこからともなく鳴り響く鈴の音に足を止めた。この鈴の音に町中の人々もおどろき、ざわめいている。スズのとうから鳴り響く鈴の音、これは伝説のポケモン“ホウオウ”の到来を知らせるものであったのだ。ホウオウがやってくる時に鳴るのは、9階の鈴だけ。しかし、奇妙なことに全階の鈴が鳴り響いている!! 激しく鳴り響く鈴の音は、何かを暗示しているのだろうか!?

次なる目的地を目指し旅を続けるサトシたちは、緑豊かな町ライズタウンへとやって来た。突然サトシたちの目の前に現れたのは、ボードを足につけウィンディを手綱であやつるシゲルの姿。聞けば、これは「ポケモンライド」という競技で、毎年この町で開催される「ポケモン競技大会」に向けてみな練習にはげんでいるらしい。それを聞いたサトシは、ここぞとばかり参加の名乗りを上げる。果たして、このポケモンライドとはどんな競技なのだろうか?

ライズタウンのタマゾウにポケモンのタマゴをもらったサトシたちは、大切に抱きながら、どんなポケモンが誕生するのか楽しみにしていた。そんな矢先、突然の豪雨に襲われた一行は、近くのポケモンセンターで一晩泊めてもらうことに。大切なタマゴを枕元に置き、一度は床につくサトシ。ところが、夢にうなされたサトシが目を覚ましたところ、なんとタマゴが消えているではないか!! 一同あわてふためく中、そこへ警察官のジュンサーがかけつけてきた。

次の町､チョウジタウンを目指すサトシ一行であったが、突然サトシのリュックの中から光りがあふれ出した。どうやら、育て屋のタマゾウにもらったポケモンのタマゴが光っているようだ。サトシがケースを開けてみると、突然タマゴがプルプルふるえだした。いよいよ待ちに待ったポケモン誕生か!? とじっと見つめるサトシたち。すると、あたり一面まばゆい光に包まれた!! そしてその光が何か形作っている。そこには卵からかえったポケモンが立っているではないか!!

旅を続けるサトシたちの前に、突然立ちふさがるロケット団。しかしまたたく間にサトシたちに打ちのめされてしまい、あっけなく引き下がるはめに。自分たちの失敗に嫌気がさしたロケット団がひっそりと始めたこと、それはロケット団のロケット団によるロケット団のための反省会であった。わが身を振り返りながら、どうすればサトシたちに勝てるのかを話し合うロケット団。あれやこれやと考えた結果、ついに彼らが下した決断とは!?

チョウジタウンを目指し旅を続けるサトシたち。すると、あたり一面濃い霧が立ちこめ、彼らの視界が閉ざされてしまった! その時、霧の中から浮かび上がってきたのは、古風なチャイナドレスを身にまとった女性であった。横には、きつねポケモンのキュウコンを連れている。「霧が晴れるまで、うちで休んでいってください」という彼女の親切な言葉に甘え、一行はこの女性の後について彼女の家に向かったのだが、そこで彼らは、奇妙な出来事に巻き込まれてしまう…。

スリバチやまの洞窟を通り抜けたサトシたち。そこで一行が遭遇したのは、木陰の下で、さびしげに座っているけんかポケモンのバルキーであった。タケシが、ポケモンフーズを差し出したその瞬間、バルギーが彼のリュックに飛びつき、中に入っていたポケモンフーズをごっそり奪い去って行ってしまった。ズルがしこいバルギーにしてやられたりの一行は、意地でもポケモンフーズを取り返そうと、バルギーに攻撃をしかけるが、全く歯が立たない様子。

ロケット団と落とし穴に落ちてしまったサトシたち。そこへ突然、向こうから巫女さんの格好をしたミココという女の子がやってきた。なんだかあわてている様子のミココの後を追う一行。そこで見たものは、巨大な円形の空間の中でブランコに乗っているせいれいポケモンネイティオの姿。聞けばここは、ネイティオの占いを信じ、何事もネイティオの占い任せの人々が集まった異様な土地なのだとか…。一体ネイティオに秘められた力とは!?

突然ピカチュウとトゲピーに異変が!! あたりを見回すと、他のポケモンたちも皆グッタリしている。とその時、森の向こうから「ウゥゥゥゥー!!」という低いうなり声が聞こえてくるではないか! “いかりのみずうみ”で彼らが目撃したもの、それは湖から出現した、きょうあくポケモンギャラドスであった! その姿は何かにもがき苦しみ、体は燃えさかるように赤い。それを見ていた一行の背後に、突如数名の部下を引き連れた黒服の男が現れた。果たして、この黒服の男の正体は!?

サトシたちは、ロケット団の悪行を食い止めようと必死に立ち向かうが、捕獲リングで捕らえられ身動きが取れなくなってしまった! 一方、ロケット団の内部には、単身潜り込んでいる人物が…。ポケモンGメンのワタルだ。彼は、ロケット団になりすまし、アジトを突き止めて、人目を盗んでジュンサーに応援を要請していたのだ! その後、ワタルがサトシたちを連れ出して向かった先は、チョウジタウンにあるロケット団のアジトであった。そこには、捕らえられたギャラドスがいる!

7つめのアイスバッジをゲッドするために、気合いを入れてチョウジジムの門をたたいたサトシ。中から現れたのは、シマバアという元気なおばあさん。ジムリーダーのヤナギは裏山で修行中だというのだ。ヤナギは、以前、赤いギャラドスの救出にはげむサトシらに「ポケモンと人間は永久に友達にはなれん…」と言い放ち去って行ったおじいさん。不愉快に感じながらもヤナギにジム戦を挑むサトシであったが、なんとヤナギは、その場を立ち去ってしまった!

ジムリーダー・ヤナギとのジム戦に挑むために、チョウジジムへとやって来たサトシ一行。だが、ヤナギにバトルフィールドに案内された一行は、思わず息をのんだ。なんと、床はすべて氷でできていて、中央にはあちこちに氷のかたまりが浮いたプールがあったのだ! そしてジム戦が開始、最初にヒシアラシを持ち出したサトシであったが、氷の上ですべったり転んだりして、ヤナギの“あしかポケモン”ジュゴンを相手に、かなりの苦戦をしてしまう。

最後のバッジをゲットするため、サトシたちはフスベシティを目指していた。とその時、木陰に数匹のナゾノクサが倒れているのを目撃する。サトシたちのおかげで回復したナゾノクサは、ある場所へと一行を連れていく。たどり着いた先は谷の前に広がる草原だったが、そこではなんとラフレシアとキレイハナがケンカをしていた! あわてて止めに入ったサトシたちであったが、そこへ現れたのは、草タイプポケモン研究所のサイガという男であった。

次の目的地フスベシティを目指すサトシ一行であったが、道のど真ん中でグーグー寝ている「ようがんポケモン」のマグカルゴに道をふさがれてしまう。マグカルゴを無理矢理起こそうとするが、マグカルゴは突然怒り狂って大暴れしてしまった! 得意な水ポケモンを持ち出しカスミが食い止めようとするが、機嫌の悪いマグカルゴ相手にやられっぱなし。その時、その様子を一部始終見ていた元気の良い少年・ヤケイシが、そんなカスミを笑い飛ばしてきた。

サトシ一行は、“くらやみポケモン”のヤミカラスを連れている“ポケモン魔法使いのリリー”と名乗る女の子と出会う。リリーが持つ魔法の秘伝書には、先祖代々伝わる魔法の使い方が書かれているという。彼女はその秘伝書の中でも、いまだかつて誰も成功していないとされる「ポケモンの気持ちがわかる魔法」をかけるのに必要な材料を探し集めていた。どうやらこの秘伝書には、ピカチュウの10万ボルトも必要だと書かれているようだ。

フスベシティを目指し旅を続けるサトシたちに、強力な電気吸い取り器を持ち出してピカチュウをゲットしようとしてきたロケット団。ピカチュウの電気が全部吸い取られて大ピンチになるサトシたちだったが、そこへツバサという女性が助けに来てくれた。ボロボロのピカチュウを見てツバサが一行に告げたこと、それは「ピカチュウを回復させることはできるが、この先で見るものを決して誰にも話さないで」ということであった。

サトシたちの前にひょっこりと現れたのは2匹のププリン。続いて家の中から飛び出してきたのは、チヒロという名の女の子であった。聞けばこの２匹のププリンは、テレビやコンサートにひっぱりだこの歌って踊れる双子のアイドルポケモンであったのだ。コンサートを目前にひかえて練習にはげむププリンたちのショーを見学させてもらうことにしたサトシたち。リズムに乗って息がぴったり合ったププリンたちの歌やダンスを見るや、一同「かわいー!!」と、もうメロメロの様子。

旅を続けるサトシたちは、悟りの湖といわれている「ヤドンの湖」にたどり着いた。そこへ突然、「まぬけポケモン」のヤドンがやって来た。尼さんのミヤビによると、実はヤドンは、こう見えても「自分がいったい何者であるのか」というよな深いことを考えつづけているポケモンなのだという。サトシ一行も、ロケット団も、いざ自分が何者かと問われると、口ごもってしまう。そんな彼らを、ミヤビは「ヤドン寺」というさとりを開くためのお寺に案内する。

ポケモンセンターで休憩をとっていたサトシ一行。オーキド博士がパーソナリティーをつとめるラジオ番組を聞いていたところ、今度、番組の公開録音を開催するらしい。博士との久しぶりの再会を楽しみにしながら、当日、開催地に足を運んだ一行であったが、会場に入るや大変な事件が起こっていた!! なんとオーキド博士と名乗る人物が2人もいるのだ!?

道中、ちょっとひと休みをして月見をすることにしたサトシ一行。しかし、サトシだけはきれいなお月様もそっちのけで、食べるほうにすっかり夢中。ふと空を見上げれば、なんとも幸運なことに流れ星が降ってきた。あわてて願いごとをする一同であったが、すぐさまこの流れ星の異変に気づく。だんだん地上に近づいてくるのは流れ星ではなく、巨大な飛行物体だったのだ。

旅を続けるサトシたちは、通りすがりに何やら人だかりを見かける。行ってみると、そこでではポケモンバトルがくり広げられていた。聞くところによると、ヤスジという強者が「おたまポケモン」のニョロボンで、何人もの相手を打ち負かし、全勝を果たしているというのだ。相手が水ポケモンだときたら、当然引き下がってはいられないカスミは、自分のニョロゾでヤスジにバトルを挑む。

フスベシティをめざして旅をするサトシたちは、道中出くわした女性から、「バトルパーク」の存在を教わる。どうやらそこは、ほとんどのポケモンがそろっており、対戦したいポケモンを自由に選んでバトルすることができる場所だというのだ。胸が高なるサトシたちは、さっそくバトルパークへ向かう。そこでサトシたちを出むかえた謎のスタッフは、最強ポケモン陣とのスペシャルバトルコースをすすめてきた。最強と聞いてますます燃え上がるサトシ。

旅のとちゅう、湖のほとりで昼寝をしていたサトシたち。目をさましたニョロトノが、おむすびを見つけて食べようとした瞬間、手がすべってコロコロころがっていってしまった。あわてて追いかけるニョロトノのもとへ、突然かけ寄ってきたのは、チアリーダー風の女性。その女性は、むりやりカスミのニョロトノをどこかへ連れ出してしまった。行き着いた先でそんなニョロトノを待ち受けていたのは、全国大会を目ざして日々練習にはげむポケモンチアリーダーたちだったが…。

次の目的地、フスベシティをめざすサトシ一行は、旅の途中で「氷の洞窟」を発見する。近道と思われるこの洞窟の中を通りぬけることにした一行。しかし、サトシたちは全員、誰かがしかけた氷の落とし穴にはまってしまうのだった。全身ずぶぬれの彼らは、身をふるわせながらどこか暖まる場所を探し歩いていた。そこで見つけたのは、なんとポケモンセンターだった。

ついに目的地のフスベシティへたどり着いたサトシ一行は、湖の近くで眠っているドラゴンポケモンの「ミニリュウ」を発見する。ものめずらしそうに歩み寄る一行であったが、突然湖の中からギャラドスが出現し、彼らに向かって猛攻撃を加えてきた! そんな中、あばれるギャラドスを静めてくれたのは、イブキという女性。聞けば彼女は、大切なミニリュウをこのギャラドスに守ってもらっていたらしい。そこへ、イブキのもとにひとりの老人が何かを抱えてかけ込んできた。

8つめのバッジをゲットするために、最後の砦(とりで)・フスベジムの門をたたいたサトシたち。いよいよジムリーダー・イブキとのジム戦の幕がきって落とされた。イブキが初戦からキングドラを出してきたのに対し、サトシは早くもピカチュウで勝負する。白熱のバトルがくり広げられている最中、フスベジムの家宝「竜の牙」が大切に保管される宝物庫には、お宝に目がくらんだロケット団がもぐりこんでいた。

ロケット団の手によってフスベジムに代々伝わる「竜の牙」がうばい去られてしまった。ロケット団は、この地でドラゴンポケモンの守護神といわれるカイリュウを味方につけて逃亡中、味をしめて平和の象徴「祈りの炎」と呼ばれる金の器まで盗み出すしまつ。ところが、器から発せられる炎が、あたり一帯に燃え移って事態は大ごとに。そして突然、カイリュウが豹変しあばれ出してしまった!

フスベジムのジムリーダー・イブキとサトシの熱戦の火ブタが切られた! 前回のジム戦で自分の手持ちポケモンでは、形勢不利だと察したサトシは、ポケモンセンターでポケモンを入れ替えていた。イブキは前回同様、キングドラを出すが、サトシは戦略を変えてカビゴンで勝負に出た。キングドラの猛烈な破壊光線に圧倒されるものの、カビゴンも並はずれた体力を武器に一歩も引かない様子。

ついに最後のバッジをゲットしたサトシたちは、いよいよジョウトリーグを目指して旅をしていた。その情報をかぎつけたロケット団は、一行からバッジを盗み出そうとたくらんでいた。たくみな変装で見事サトシらをだまし、バッジをうばうことに成功したロケット団。これで手柄がたつとよろこぶ彼らは、うばったバッジをソーナンスに手渡す。

シロガネ大会に出場するためワカバタウンを目指し旅を続けるサトシたちは、途中海ぞいでポケモンシンクロショーの見学ができるという会場に立ちよった。息がぴったり合った水ポケモンたちの華麗なショーに、一同はくぎづけ。おどろいたことに、これらのポケモンの指揮をとっていたのは、リュウジという少年であった。彼は水ポケモンをこよなく愛するリュウグウジムのジムリーダーだという。

ワカバタウンを目指して旅を続けるサトシたちは、途中、ウツギ博士からある重大な任務を言いわたされる。それはポケモン海洋研究所に行って、ポケモンのタマゴを受け取ってくることであった。サトシたちが向かった先では、ナルミという女性が観測機器を操作し、海で何やら実験を行っていた。すると突然、海中からものすごいエネルギーが発生し、ラプラスの大群が次々に飛び出してきたのだ。

ウツギ博士から使命を受けたサトシたちは、海洋研究所のナルミからポケモンのタマゴをあずかった。シロガネ山の禁猟区からぬすみ出されたというタマゴをお腹にかかえ、しんちょうに運ぶサトシ。すると突然タマゴが割れて、何かが生まれ出した! 「伝説のポケモンの誕生か!?」と息を飲む一行。中から現れたのは、ふるえているヨーギラスだった。

ポケモンのタマゴから生まれたヨーギラスを故郷に返すため、シロガネ山を目指していたサトシたちは、山の中でとある温泉を見つける。そこで一行は、伝説のポケモン・エンテイのゲットを夢見て旅を続けていた少年・ナオヤと出くわす。この温泉はポケモンたちをいやし、ポケモン同士のいがみ合いをなくす効能があると聞き、さっそく一行はいまだみんなにとけこめずにいるヨーギラスを温泉に入れてあげることに。

旅のとちゅう、足をふみ外し山をすべり落ちてしまったサトシたち。目の前に広がっていたのは、ひからびた湖とバテバテのようすで寝そべっているヤドンたちの姿だった。奇妙に思いながらも湖の中で発見した「おうじゃのしるし」にかけよろうとしたその瞬間、物すごいいきおいであらわれた男性にはばまれてしまった。その男性の娘だというアリスから事情を聞くと、この湖はある日突然水位が下がり「おうじゃのしるし」と壁画がうき出てきたというのだ。

ウツギ博士からあずかったヨーギラスを故郷に返すためにシロガネタウンをめざし旅をするサトシたちは、その道中、でんきポケモンのエレキッドにめぐりあう。しかしエレキッドはヨーギラスもろともロケット団に網で捕らえられて逃げられてしまった! ゆくえもわからぬまま必死で探す一行であったが、そこへぐうぜん出くわしたのはナナコ。彼女はあこがれのエレキッドをゲットするため、日々あちこちをさがし回っていたらしい。

シロガネ山を目ざし旅をつづけていたサトシ一行のもとに、とつじょセンイチという少年がバトルをいどんできた。彼は、ひのこポケモンのブビィで勝負をしてきた。それに対しサトシは、ヒノアラシで真っ向勝負。しかしブビィのすばやい攻撃に、ヒノアラシは完敗してしまう。サトシがブビィの強さの秘けつを聞くと、センイチはシロガネ大会を目ざし日々トレーニングにはげんでいるという。

シロガネ山に向かうとちゅう、なにやら気配を感じとったヨーギラス。突然、カスミの顔面に直撃してきたのは、なんと謎の多いシンボルポケモンのアンノーン! しかし、そのアンノーンはすっかり弱っていた。ぶつかった拍子にアンノーンの気持ちが伝わってきたと主張するカスミ。半信半疑の一行であったが、カスミによれば、このアンノーンは具合が悪くて仲間とはぐれてしまったというのだ。

次なる目的地・シロガネタウンへ向かうとちゅう、ホウオウ院に立ちよったサトシ一行。そこには人が集まっていて、ジョウトリーグシロガネ大会の聖火がともるのを待ちわびていた。昔この地はあらそいがたえず、人もポケモンも傷つき、土地もあれはてた。そこへ伝説のポケモンホウオウが出現し、あたり一帯を焼きはらってあらそいをしずめた。その時燃えのこった炎を「聖なる炎」と呼び、代々保存して守っているという。

ようやくシロガネタウンにたどり着いたサトシたち。ポケモンセンターでジョウトリーグシロガネ大会出場の手つづきを終えたところへ出くわしたのは、サトシのライバル・シゲルであった。ひさしぶりの再会だというのに、優勝あらそいの話題になるや、両者火花をちらす。ますます闘志を燃やすサトシは、ポケモンバトルの選考会が行われるバトルフィールドへ。予選リーグの出場権はこの選考会の結果が大きく左右するため気がぬけない。

シロガネ大会予選リーグ出場権をみごと獲得したサトシ。予選リーグは一組3人の総当たり戦で、一番勝ち点が多いものが決勝トーナメントに出場できる。対戦相手の一人、モエという女の子とあいさつをかわしたサトシは、その晩、明日のバトルにそなえて戦略をねることに。パソコンでモエのデータ研究をすると、どうやら炎タイプのポケモンを得意とするらしく、サトシは水ポケモンのワニノコとキングラーをエントリーすることにする。

ジョウトリーグシロガネ大会の予選リーグの初戦で、みごと対戦相手を打ちやぶったサトシ。次なる相手は、ワカバタウンのジュンイチである。ジュンイチは初戦でモエに敗退しているため、もう負けることはできない。一方、サトシはジュンイチに勝てば予選リーグを通過、負ければみな同点でふり出しにもどってしまう。ジュンイチが水ポケモンのマリルリを出し、サトシは電気ポケモンのピカチュウで立ち向かう!

ジョウトリーグ・シロガネ大会予選をみごと勝ちぬき、順調に決勝トーナメントにコマを進めたサトシ。しかし、決勝トーナメント1回戦の相手は、なんとライバルのシゲルだった! 決着がつかなかった過去の勝負をふり返り、あらためて闘志を燃やす2人。オーキド博士やサトシのママも応援にかけつけ、さらにサトシのもとにはリザフィックバレーで修行中のリザードンも飛んできてくれた。みんなの気持ちが高まる中、2人の運命のバトルが今はじまる!

ついに始まったサトシとシゲルのバトル。サトシのポケモンたちは善戦するものの、シゲルのポケモンたちの圧倒的パワーに次々とたおされていく。ついに手持ちのポケモンが残り１体までおいつめられてしまい、サトシは絶体絶命に!! 最後のポケモンはサトシが強い信頼をよせるリザードン。しかしシゲルはそれをお見とおしといった様子で…。そしてライバル対決がついに決着する!!

シロガネ大会決勝トーナメント1回戦で、ライバルのシゲルをたおしたサトシ。次の2回戦は、ホウエン地方出身のハヅキとの対決である。クセのあるポケモンで攻めてくるハヅキと、相変わらず予想外な作戦で応戦するサトシは、一進一退のすばらしいバトルをくり広げる。そして接戦の末、サトシはハヅキを追いこむが、ハヅキの最後1体のポケモンは、サトシにとってはまだ謎の多いホウエン地方のポケモン・バシャーモだった…!

シロガネ大会決勝トーナメント、サトシとハヅキのバトルもいよいよ終わりに近づいていた。両者のこり1体となり、ハヅキのバシャーモとサトシのリザードンという炎タイプ同士の一騎打ちとなった。おたがい一歩もゆずらない、文字どおり死力をつくす激しいバトル! この熱いバトルの軍配は一体どちらに上がるのか…!? そして試合終了後、シゲルがサトシにある決心を語り出し…。

ジョウトリーグ・シロガネ大会も幕を閉じ、一行はサトシのふるさと・マサラタウンを目ざしていた。途中、カスミは姉たちのわがままで、ルスになるというハナダジムに帰らざるをえなくなってしまう。長旅の苦楽を共にした3人に、とうとうわかれの時がおとずれる。さびしさにとまどうカスミは、サトシの無神経な言葉につい腹を立ててしまう。そして、タケシもシゲルもそれぞれの事情で旅立っていくのを見送りながら、サトシは1人取り残されたような不安を感じ…。

ホウエン地方を目ざし、マサラタウンを旅立ったサトシ。だがそこにロケット団が立ちはだかる! むかえうとうとするサトシだが、今の仲間はピカチュウだけ。そのため、上手く立ち回れずに、サトシたちははなればなれになってしまう…!! どさくさでロケット団のニャースといっしょになってしまったピカチュウは、ひょんなことからポケモン同士のあらそいにまきこまれていた。