Sacha et Ondine s'inscrivent au tournoi Tourbillon, qui aura lieu dans trois mois.

Nos héros vont sur une île de Dodu Roucool, dont le rêve de l'un d'entre eux (le plus petit) est de voler le plus haut possible !

Nos amis aident à escorter des Loupio jusqu'à l'océan.

Ondine capture un Coraion.

Nos amis aident une fille à retrouver l'aile d'argent au fond de l'eau.

Phase éliminatoire du tournoi Tourbillon, Ondine et Sacha sont qualifiés.

Sacha échange son Macronium contre son Krabboss, car ce dernier est de type eau. Sacha et Ondine remportent leurs premiers matchs et se retrouvent adversaires pour le second.

Ondine gagne son match contre Sacha grâce à Psykokwak, mais elle perd celui contre Trinitie. Quant à Trinitie, elle finit seconde dans le tournoi.

Alors qu'ils avaient creusé un trou pour piéger Sacha et ses amis, la Team Rocket tombe à son tour dans un trou. Les autres sont tombés dans un autre trou, creusé par des Taupiqueurs, et non par la Team Rocket.

Nos amis aident un homme à demander une femme en mariage.

Nos amis retrouvent Ritchi et Sparky (Pikachu). Ils vont sur une île et découvrent un Pokémon mystérieux, qui est en fait le Pokémon légendaire Lugia, mais la Team Rocket arrive (l'équipe Cassidy et Butch) et réussit à capturer le bébé Lugia (nommé Silver).

Nos héros aident le grand Lugia à retrouver son fils, que la Team Rocket a en sa possession. Mais Cassidy et Butch se servent de Silver pour attirer le grand Lugia. Malheureusement, ils parviennent à s'emparer de ce dernier et enferment nos amis.

Jessie et James tentent de voler le grand Lugia. Dans leur combat contre Cassidy et Butch, ils libèrent le grand Lugia (qui les envoie vers d'autres cieux). De son côté, Sacha et ses amis se libèrent et vainquent des sbires de la Team Rocket. Ils combattent ensuite l'Élektek enragé du Professeur Namba et parviennent à libérer Silver.

Manquant le bateau qui leur permettrait de se rendre à Oliville, nos amis rencontrent un vieil homme qui leur propose de s'y rendre en vol. Entre temps, il sauve la Team Rocket d'une tempête. Ces derniers décident de se la jouer gentils pour une fois.

Sacha gagne son sixième badge de Johto, le badge Minéral, contre Jasmine (Type Acier).

Sacha accepte de confier Bulbizarre au professeur Chen pour lui permettre de faire cesser les hostilités entre les Pokémon plantes et les Pokémon eaux depuis l'arrivée des Pokémon migrateurs.

Nos amis retrouvent Sakura et ses sœurs. Alors que ses sœurs vont à un cours de danse, la Team Rocket réussit à capturer quatre évolutions d'Évoli (Aquali, Voltali, Pyroli et Noctali). Jessie se rend alors compte qu'il leur manquent un Mentali et décide de retourner le capturer. Mais Sakura avait prévu le coup et utilise Mentali comme appât. Ainsi, nos amis découvrent où se cache la Team Rocket et sauvent les Pokémon capturés.

Nos amis apprennent une légende selon laquelle le Pokémon légendaire Ho-oh reviendrait lorsque les quatre cloches de cristal du dernier étage de la tour se mettraient à sonner. Mais la Team Rocket les dérobe. En voulant les faire sonner, Jessie en brise une (en fait, elles ne sonnent que pour annoncer l'arrivée du majestueux Pokémon, pas pour le faire venir, alors elle n'avait aucune chance) provoquant la colère des Pokémon. Mais, grâce à Suicune, tout rentre dans l'ordre.

Apprenant que Régis participe à une course, Sacha décide d'y participer également. En gros, les dresseurs sont sur un skate board et se font tirer par leur Pokémon. Le gagnant est celui qui va chercher un œuf et qui le ramène à la ligne d'arrivée ! Pendant la course, l'Arcanin de Régis se fait capturer par la Team Rocket. Sacha va donc le libérer. Par la suite, James découvre des œufs qu'il décide de voler, mais Macronium les reprend. Malheureusement, il se fait battre par Arbok. Finalement, Régis se débarrasse de la Team Rocket grâce à Arcanin, et la course se poursuit. C'est Sacha qui gagne la course et il reçoit un œuf puisqu'il a sauvé les autres.

La Team Rocket tente de voler l'œuf de Sacha, mais Togepi fait échouer leurs plans en téléportant l'œuf dans la forêt, où il est retrouvé par un Kangourex. L'agent Jenny décide donc de mener une enquête pour découvrir qui a volé l'œuf, s'inventant des scénarios improbables. Finalement, l'enquête conduit dans la cuisine, où se trouve la Team Rocket. Sacha et ses amis suivent ensuite les traces de la Team Rocket, qui s'est enfuie, et arrivent dans la forêt où ils découvrent le Kangourex qui avait trouvé l'œuf de Sacha. Après avoir vérifié que l'œuf est bien à Sacha, le Kangourex le lui rend.

Apprenant qu'ils ont été virés de la Team Rocket, Jessie et James tentent le tout pour le tout afin d'être réengagés. Ils doivent alors capturer le Pokémon d'un dresseur, et le hasard veut que ce soit le Pikachu de Sacha. Utilisant le Cadoizo qu'un agent recruteur de la Team Rocket lui a confié, Jessie réussit à prendre le dessus. Mais alors qu'elle gagnait grâce à l'attaque Cadeau de Cadoizo, ce dernier décide de faire une attaque Cadeau à Pikachu, qui retrouve toutes ses forces (l'attaque Cadeau permet de, soit faire des explosifs, soit régénérer l'énergie). Bien que le trio ait échoué, les trois acolytes sont tout de même réintégrés.

Alors qu'ils sont perdus dans le brouillard, nos amis tombent sur une jeune femme possédant un Feunard, qui les emmènent chez elle. Alors que la femme quitte la pièce, Ondine remarque que son image ne se reflète pas dans la glace, seulement Feunard y apparaît. Pierre lui donne alors un tas d'excuse. Puis, alors qu'Ondine va pour vérifier le miroir, la femme revient et demande à Pierre de rester. Pierre vient pour la prendre dans ses bras, mais il lui passe au travers. Sacha et Ondine tentent de ramener Pierre à la raison, mais sans succès. Pierre reste donc avec la femme, qui décide de chasser Sacha et Ondine de sa demeure. Ils décident alors de fouiller la maison et tombent sur un journal expliquant les faits : le propriétaire de Feunard est décédé il y a deux cents ans, et tout ce qui se trouve dans la demeure, la femme y compris, se trouve être une illusion produite par Feunard. Après une bataille contre la Team Rocket, la Pokéball de Feunard est détruite. Le Pokémon est alors libéré de ce lieu et peut enfin aller où il veut.

Nos amis tombent sur un Debugant abandonné. Un homme tente de le battre pour qu'il soit son Pokémon, mais Debugant réussit à vaincre ses Pokémon. La Team Rocket s'empare ensuite de Debugant. L'homme tente de le récupérer. Puis il décide de se battre lui-même contre Debugant et gagne.

La Team Rocket creuse un trou pour piéger Sacha et ses amis, puis se cache. Sacha se doute de quelque chose et saute pour faire fonctionner le piège, mais sans succès. James les accuse d'avoir cassé leur beau piège. La Team Rocket apparaît devant le groupe d'amis et James saute pour activer le piège, si bien que tous tombent dedans ! Ils tombent alors sur une fille, nommée Calisia, qui fait des prédictions météorologiques grâce à des Xatu. Elle annonce un déluge qui arrivera le lendemain, mais elle s'est trompée : finalement c'est le jour même.

Se promenant dans la forêt, nos amis ont l'impression de tourner en rond. Soudain, Pikachu et Togépi ne se sentent pas bien. Ils ne sont pas les seuls : tous les Pokémon de la forêt semblent être malades. En suivant un grognement, Sacha et ses amis tombent sur un Leviator rouge, qui est une expérimentation de la Team Rocket. Une équipe de la Team Rocket les attaque alors, et tente de les empêcher de partir. Sacha fait appel à son Kaiminus, mais lui non plus n'a pas la forme. Peter arrive et les sauve à l'aide de son Dracolosse. Il demande au groupe d'amis d'aller se cacher dans la forêt, où il les rejoint plus tard. Pikachu et Togépi se sentent beaucoup mieux et Peter indique une route par laquelle il demande au groupe de partir. Puis, il infiltre la Team Rocket et assiste à la capture du Léviator rouge. Sacha et ses amis tentent de le libérer, mais la Team Rocket envoie une onde initiatrice d'évolution, et les Pokémon perdent à nouveau leur force. Nos compagnons se font alors capturer par la Team Rocket.

Jessie et James veulent prendre Pikachu, mais la manette permettant de le libérer laisse échapper tout le monde. Sacha utilise l'attaque brouillard de Héricendre pour prendre la fuite. Jessie et James les poursuivent. Peter intervient et détruit le laboratoire. Voulant transporter le Leviator, la Team Rocket perd le contrôle des hélicoptères et le Pokémon s'enfuit. Alors que Peter se charge du chef des opérations, Sacha va rejoindre Leviator, qui se fait une nouvelle fois capturer par la Team Rocket. Sacha le libère à l'aide de Macronium et Léviator se débarrasse de la Team Rocket. Mais alors qu'il veut retourner dans l'eau, Jessie et James le capture à l'aide d'un filet. En voulant se débarrasser de Sacha, qui s'est agrippé au filet, Miaouss plonge le filet dans l'eau, ce qui redonne de l'énergie au Leviator et lui permet de se libérer. Peter combat Léviator à l'aide de Dracolosse et le capture. La Team Rocket est arrêtée.

Nos amis font la rencontre d'un maître d'arène, qui croit qu'il n'y a pas de place pour les sentiments entre le dresseur et le Pokémon. Après une démonstration, il refuse de combattre Sacha. Mais ce n'était pas sa manière de penser auparavant. À la suite d'une intervention de la Team Rocket, tous deux tombent dans un ravin. Ils voient un objet qui appartenait à son Cochignon. Il raconte que, à la suite d'un match qu'il avait perdu contre Magmar, son Cochignon s'était enfui. En continuant d'avancer dans le ravin, ils tombent sur Cochignon qui est totalement congelé, tenant des herbes médicinales. Sacha comprend alors que Cochignon était parti pour chercher ses herbes, dans le but de soigner son dresseur. Sacha fait fondre la glace à l'aide de Héricendre et grâce à l'attaque éclair de Pikachu, Cochignon revient à lui. La Team Rocket revient pour capturer Pikachu, mais Cochignon s'en débarrasse. Freddo accepte alors de faire un duel contre Sacha.

Sacha gagne son septième badge de Johto, le badge Glacier, contre Freddo (Type Glace).

Dépendant de la direction du vent (qui transporte des fragment de pierre feuille ou de pierre soleil), les Ordide deviennent soit des Jolifleurs, soit des Raflésias. Mais à cause du grand arbre, cela crée des conflits de territoire dus à l'ombre qu'il projette, puisque tous veulent être au soleil. À l'aide de Macronium, Sasha tente de faire cesser les disputes, mais celles-ci reprennent toujours.

En se promenant dans une vallée, nos amis tombent sur un Volcaropod, qui leur bloque le chemin. Ils tentent de le faire bouger, mais ne font que l'irriter. Ondine utilise Tétarte, mais il se fait battre. Un jeune garçon apparaît et c'est le début des hostilités entre Ondine et lui. Plus tard, il doit combattre Volcaropod avec son Pyrolie, mais finalement il ne s'en sort pas mieux qu'Ondine. Grâce aux conseil d'Ondine, il réussit à le capturer, mais la Team Rocket s'empare de sa Pokéball. Grâce au Tétarte d'Ondine, il retrouve sa Pokéball. Puis, grâce aux attaques réunies de Tétarte, Volcaropod et Pikachu, la Team Rocket est vaincue.

En se promenant dans les montagnes, nos amis tombent sur Lilly, la magiciennes Pokémon. Elle avoue avoir besoin d'un Pikachu pour réussir un sortilège permettant de lire les pensées des Pokémon. Après avoir réuni tous les ingrédients, Sacha se porte volontaire pour tester le sortilège et se transforme en Pikachu.

à la suite d'une intervention de la Team Rocket, Pikachu se retrouve sans énergie. Ils suivent alors une femme, qui les emmène vers un lac aux vertus magiques, permettant de régénérer les Pokémon électriques grâce au cristal qui se trouve au fond. La Team Rocket tente de s'en emparer, et les Pokémon électriques l'attaquent, mais sans succès. Électhor, le Pokémon légendaire, intervient et réussit à battre la Team Rocket, mais il se retrouve épuisé. Nos amis vont donc récupérer le cristal pour le remettre au fond du lac, mais rien ne se passe. Les Pokémon électriques utilisent alors une attaque éclair sur le cristal, qui reprend de l'énergie, mais il ne reste pas allumé. Alors qu'Électhor est dans l'eau, les Pokemon recommencent, et Électhor reprend son énergie et réactive le cristal.

Nos héros rencontrent une fille qui donne un spectacle avec ses Toudoudous. Mais, pendant le spectacle, la Team Rocket intervient et s'empare des Toudoudous. Alors que Pierre distrait le public, avec la seule chanson qu'il connaisse, Ondine et Sasha récupèrent finalement les Toudoudous et le spectacle peut reprendre.

Alors que Sasha allait disputer un match contre la Team Rocket, un Ramoloss arrive et se place en plein centre, mettant sa queue dans l'eau. Par la suite, Madeleine arrive. Apprenant que Régis a suivi la formation au combat, Sasha veut en faire autant. La Team Rocket en fait autant, mais seulement pour mettre leur plan en route, qui est de voler la statue d'or de Ramoloss. Finalement, le Ramoloss du départ évolue en Flagadoss et mets la Team Rocket K.O.

La Team Rocket vole l'identité du professeur Chen et de Marie. Un tournoi est alors organisé pour découvrir lequel des deux professeurs Chen est le vrai.

Les personnages aident Mélo à retrouver les Mélofées. Entre temps, la Team Rocket et la PMC (Pokémon magique club) cherchent à s'en emparer. Alors que la soucoupe va s'envoler, Mélo évolue en Mélofée, et finit par retrouver les siens.

Arrivant en ville, Sacha et ses amis rencontrent un garçon qui fait des matches avec son Tartard. Ondine le défie avec son Tetarte, mais perd. Alors que Tartard se bat contre Macronium, Pierre intervient et annonce que Tartard ferait mieux de se reposer puisqu'il venait de faire huit matches. Usant de ruse, la Team Rocket parvint à s'emparer de la Pokéball de Tartard et utilise une de leurs inventions pour le contrôler. Grâce au Coraillon d'Ondine, Tartard est libéré, et c'est maintenant Jessie qui se retrouve contrôlée par Miaouss et, après, James (qui veut qu'elle fasse une attaque lance-flamme et ultra laser). Ondine fait appel à Tetarte, qui évolue en Tarpaud. Grâce aux attaques combinées de nos amis, la Team Rocket est vaincue.

Après avoir défié une dresseuse, celle-ci parle d’un Parc des Combats. Sacha et ses amis s’y rendent, mais malheureusement, c’est fermé. Cependant, la Team Rocket qui travaillait là, leur annonce que c’est ouvert et ils vont faire un combat. Après avoir perdu par deux fois, la Team Rocket volent tous les Pokémon du parc, mais pour se défendre, les Pokémon se retournent contre elle.

Alors qu’il s’était perdu, le Tarpaud d’Ondine se fait retrouver par une femme, qui croit que c'est son Bill, son Tarpaud. Lorsque Ondine se rend compte que Bill n’est pas son Tarpaud, elle part à la rechercher du sien, mais la dresseuse la supplie de bien vouloir lui prêter son Tarpaud pour la compétition. Après lui avoir fait comprendre qu’elle n’agissait pas de la bonne manière, avec ses Pokémon, la dresseuse admet ses torts et reprend Tarpaud au sein de son équipe.

Alors que deux choix s’offrent à eux, nos amis décident de passer par la Caverne de Cristal qui est entièrement de glace. Après un piège de la Team Rocket, Pierre tombe malade. Nos amis décident donc d’aller dans un Centre Pokémon pour l’y faire soigner. Cependant, la Team Rocket n’a pas dit son dernier mot et réchauffe l’intérieur de la caverne. Après avoir réparé leurs dégâts et libéré les Pokémon de glace, ils se débarrassent d’eux.

Nos amis suivent Sandra qui escorte Minidraco vers le lieu où il changera de peau. La Team Rocket tente de s’en emparer, mais échouera lorsque Minidraco évoluera en Draco.

Alors que Sasha disputait son match contre Sandra, la Team Rocket vole la dent du dragon, ce qui met fin au match. Alors que la Team Rocket prend la fuite, elle arrive à la terre sacrée des dragons où elle convainc un Dracolosse de les aider, en se faisant passer pour les « gentils ».

Le Dracofeu de Sacha est de retour. Alors que Dracolosse a perdu la raison, Draco et Dracofeu, et finalement Pikachu, tentent le tout pour le tout pour qu’il retrouve ses esprits et cesse de tout détruire.

Sacha gagne son huitième et dernier badge de Johto, le badge Lever, contre Sandra (Type Dragon), qui lui permet de participer à la ligue Pokémon de Johto, la conférence

La Team Rocket a volé les badges de Sasha, Jessie pour s’inscrire au championnat, et James et Miaouss pour les vendre. Mais alors que Qulbutoké est censé les surveiller en attendant le retour de la Team Rocket, il les remplit de fruits sauvages, et se fait voler la boîte par un Okéoké. Après avoir récupéré les badges, la Team Rocket s’enfuit, mais Pikachu leur lance une attaque éclair et Sacha retrouve ses badges.

Ondine fait un combat aquatique contre Dorian, qui est propriétaire de l’arène du rivage.

Sacha retrouve son Locklass. Alors que la Team Rocket capture tous les autres Locklass, celui de Sacha tente de leur venir en aide. Il se rend alors compte que tous sont libérés, sauf la maman et le chef. Malgré le bruit produit par les tourbillons, il réussit tout de même à les repérer et à les sauver. Le chef du troupeau cède alors sa place au Locklass de Sacha, pour tous les guider. Sacha s'inscrit à la conférence.

L’œuf éclôt, en un Embrylex, malheureusement sa chaleur corporelle est trop basse. Nos amis l’emmènent à un Centre Pokémon pour le faire soigner, mais l’infirmière Joëlle n’y parvient pas. Elle fait venir le professeur Orm, qui parvint à le soigner à l’aide du Professeur Chen qui l’accompagne (la mère de Sacha est également là). Finalement Embrylex est guéri et Sacha lui montre le monde extérieur. La Team Rocket veut s’en emparer, mais Embrylex les envoie vers d’autres cieux grâce à son pouvoir caché.

Poursuivant leur voyage, nos amis tombent sur des sources chaudes ayant des effets bénéfiques sur les Pokémon. Ils rencontrent un jeune garçon qui souhaite capturer un Entei. Malheureusement pour lui, Entei contrera toutes ses attaques et forcera son Pokémon spectre, Feuforêve, à retourner dans sa Pokéball. Cependant, Nelson n’abandonnera pas, tant et aussi longtemps qu’il ne l’aura pas capturer. (Dans cet épisode, le Pomdepik de Pierre évolue en Foretress).

Sacha et ses amis arrivent devant une rivière asséchée et voient un rocher avec une couronne. Alice et son père leur expliquent alors une légende mettant en scène des Ramoloss.

Nos amis retrouvent Katie, la fan des Électec, alors que la Team Rocket vient de capturer Embrylex et Éleckid. Mais ils se sauvent. Ils retrouvent le vieux vendeur de Magicarp, qui tente de refaire le même coup, mais James ne se laisse pas avoir une autre fois. En revanche, lorsqu’il leur parle d’un Poussiflore, Jessie le veut à tout prix, et décide de l’échanger contre l’Ampiflore de James. Complètement démoralisé, James le fait se battre contre Sacha et ses amis, et il finit par évoluer et tente d’avaler Jessie. Folle de rage, celle-ci ordonne à Arbok de se débarrasser d’Ampiflore.

Alors que la Team Rocket a capturé des Pokémon grâce à un aspirateur, Sacha se retrouve également capturé, mais Embrylex réussit à ne pas tomber dans leur piège et sauve tout le monde.

Nos amis font la rencontre d'un Zarbi, qui les plonge dans l'esprit d'Embrylex, où ils l'aideront à se défaire de ses mauvais souvenirs.

Embrylex retrouve sa mère.

Nos amis doivent aller allumer la torche avec la Flamme Sacrée, mais elle est bien protégée.

Les qualifications commencent.

Sacha remporte son premier match des demi-finales.

Sacha remporte son deuxième match des demi-finales, et se retrouve à se battre contre Régis pour la premiere partie de la finale.

Avant leur affrontement, Sacha se remémore une ancienne confrontation avec Régis, qui s'était conclue par un match nul. Début du combat, entre Sacha et Régis, qui appellent respectivement Tauros et Nidoqueen. Ce dernier l'emporte, mais Régis préfère le rappeler et envoie Magmar face au Scarhino de Sacha. Il est défait, et Régis fait alors appel à son Pokémon le plus puissant, Tortank.

Suite et fin du combat entre Sacha et Régis. Tortank vainc Scarhino et prend le dessus sur Grotadmorv, que Sacha préfère rappeler pour Macronium, qui est lui aussi vaincu. Régis mène, à la pause, par trois victoires à une. Dans la seconde mi-temps, Régis préfère préserver Tortank et fait appel à Arcanin, que le Ronflex de Sacha envoie au tapis, de même que Nidoqueen, rétablissant l'égalité. Mais, Régis reprend immédiatement l'avantage avec son Cizayox, qui l'emporte successivement face à Ronflex et Grotadmorv. Sacha appelle alors son dernier Pokémon, Dracaufeu, qui élimine Cizayox et Grolem. Le duel final oppose donc Tortank et Dracaufeu. Celui-ci fait fondre le terrain, forçant ainsi Tortank à l'éteindre, ce qui lui permet de le prendre par surprise et d'obtenir la victoire. L'épisode s'achève par dialogue, sous les étoiles, où Régis reconnaît les qualités de dresseur de Sacha.

Après avoir battu Régis, Sacha poursuit le tournoi...

Alors que Sacha croyait avoir gagné son match, c'est finalement son adversaire qui le remporte. Ce dernier perdra cependant son match prochain. Alors que la Team Rocket est dans le jus, on apprend que Régis décide de changer de voie, et de devenir chercheur Pokemon.

Ondine et Pierre partent chacun de leur côté, laissant Sacha tout seul. Sacha revient au Bourg-Palette pour finalement décider de reprendre son aventure.

Tout en poursuivant son voyage, pour se rendre à la ville de Hoenn, Sacha se fait enlever Pikachu par la Team Rocket. Alors que Jessie et James se retrouvent séparés de Miaouss et Pikachu, Pikachu et Miaouss doivent affronter des Spectrum, qui se sont approprié la ville. Par la suite, Jessie et James les retrouvent et utilisent une nouvelle invention. C'est alors que les Spectrum viennent en aide à Pikachu, et se réconcilient avec les Ratatas. Malheureusement, le lendemain, Sacha découvre que Pikachu ne se sent pas bien et qu'il a de la fièvre.