En se dirigeant vers Nouvelle-Écorce, Sacha et ses amis sont perdus dans une forêt. Il remarque alors un étrange Pokémon ressemblant au Pokémon légendaire Suicune.

Sacha et ses amis rencontrent une jeune fille, fan de baseball, accompagnée par un Germignon.

Des Scarinos et Scarabutes s'affrontent, causant le dépérissement de la forêt, nos amis doivent trouver la raison de cette dispute (causée par nul autre que la Team Rocket) et alors rétablir la paix.

Sacha décide de capturer un Donphan. Mais, alors qu'il allait le faire, une jeune fille intervint pour l'en empêcher. Entre temps, la Team Rocket réussit à s'en emparer et veut s'en servir pour chercher de l'ambre colorée.

Perdus dans une forêt fantôme, nos héros apprennent de Régis que, pour en sortir, il faut un Hoothoot. C'est alors qu'ils tombent sur une vieille dame qui en loue, mais il ne lui en reste qu'un, et celui-ci n'est pas très obéissant.

Pendant leurs voyages, le trio rencontre un duo de Joliflor dont la dresseuse leur fait faire des spectacles.

Nos amis arrivent dans une ville où l'agent Jenny utilise des Mimigal pour arrêter les criminels. (Dont la Team Rocket).

Nos trois amis font la rencontre d'une femme, qui donne trop d'attention à son Snubbull. Le pauvre Pokémon tente de s'enfuir.

Nos héros tombent sur un Cerfrousse seul et semblant égaré. Mais, lorsque Pierre veut l'approcher, ce dernier envoie d'autre Cerfrousse à leur charge. En fait, c'est une illusion que le jeune Pokémon utilise pour éloigner ceux qui l'approche de trop près. Il s'avère qu'il est blessé, alors Pierre bat l'illusion, et le soigne.

Sacha tente de capturer un Germignon. Par la suite, il emmène le Germignon au Centre Pokémon, car il est extrêmement blessé. Entre temps, la Team Rocket veut s'en emparer.

Alors qu'ils se reposent près de la rivière, nos héros aperçoivent un Maraiste, qui tente de voler la GS ball. Ondine veut le capturer, mais le combat est interrompu par l'agent Jenny expliquant que c'est interdit. Plus tard, le Maraiste finit par réussir à prendre la GS ball.

Nos amis demandent l'aide d'une fille pour traverser le pont grâce à ses Coxy. Une fois fait, elle leur dit qu'ils servent à polliniser le verger. Plus tard, la Team Rocket tente de s'emparer des Coxy.

Très affamés, nos amis décident de faire une halte dans un centre Pokémon. C'est alors qu'un Leuphorie un peu trop serviable s'occupe d'eux, mais ne cesse d'accumuler les gaffes. Entre temps, alors que nos héros dorment, la Team Rocket tente de voler toutes les caisses de nourriture du centre Pokémon. On apprend que Leuphorie est en réalité un ami de Jessie, et aide la Team Rocket à dérober les caisses. C'est alors que l'infirmière Joëlle, Sacha, Ondine et Pierre viennent aider Leuphorie pour récupérer les caisses de nourriture et, grâce à la colère de Sacha, ils réussissent à récupérer les caisses et se régalent.

Nos amis passent devant une école où l'institutrice souhaite qu'ils libèrent leurs Pokémon pour divertir les élèves. L'un d'eux décide de capturer Pikachu à tout prix. Il s'empare d'une des Poké-ball de Sacha, se lance à sa poursuite et finit par le capturer, du moins, c'est ce qu'il croit. En réalité, il a capturé un Chetiflor. Mais il ne veut rien savoir de ce Pokémon, qui n'a aucune valeur à ses yeux. Alors qu'il se dispute avec Sacha pour savoir qui va garder Pikachu, la Team Rocket fait des ravages à la tour Chétiflor. C'est en les battant qu'il découvre que son Chetiflor est utile.

Sacha gagne son premier badge de Johto, le badge Zéphir, contre Albert (Type Vol).

Ondine tente de capturer un Marill, mais loin de se laisser capturer, ce dernier se met à pleurer à en fendre l'âme (ou les tympans x_x). Puis il s'enfuit, Ondine à ses trousses, laissant les autres derrière elle.

Togepi et son nouvel ami Fouinette sont au commande d'une machine conçue par la Team Rocket. Sacha et ses amis (y compris la Team Rocket) tente le tout pour le tout pour arrêter la machine avant qu'elle ne détruise une ville se trouvant sur sa route.

Sacha entraîne son Dracaufeu en espérant le mettre au niveau de ceux de la vallée dracorifique, sous la direction de Lise, ce qui n'est pas facile. Par la suite, il décide de le laisser seul là-bas pour qu'il s'entraîne.

Sacha, Pierre et Ondine rencontrent une femme désirant participer à un concours d'Heliatronc. Malheureusement, il y en a un, qui semble triste. Nos héros vont donc essayer de savoir pourquoi.

Lors d'un match, Germignon refuse de se faire remplacer par Pikachu alors qu'il est en difficulté. Après son match, Sacha se rend au Centre Pokémon où il apprend que son Germignon est jaloux. Pendant la nuit, ce dernier se sauve.

Sacha et ses compagnons rencontre Maria, une femme prédisant la météo grâce à ses Granivol. Parmi eux, se trouve un Mystherbe qui rêve de pouvoir un jour faire comme eux.

Nos amis arrivent dans une ville où un héros appelé Super-Scorplane veille sur les habitants. Mais le véritable métier du héros n'est autre que simple boutiquier.

Nos héros atteignent une ferme, où une femme stricte élève des Wattouat avec sa fille.

Nos héros doivent prouver à l'étudiant d'un Dojo que les combats ne sont pas de simple données informatiques que l'on peut prévoir.

Sacha capture un Hericendre.

Sacha et ses amis arrivent dans une ville où les Ramoloss sont vénérés.

Alors que Fargas, le fabricant de Pokéballs, analyse la GS ball, nos amis en apprennent plus sur les Noigrumes (fruits à partir desquels sont fabriqués des Pokéballs spéciales).

Sacha gagne son deuxième badge de Johto, le badge Essaim, contre Hector (Type Insecte).

Nos héros rencontrent un dresseur ayant du mal à faire obéir son Canarticho.

Nos amis arrivent dans une ville où se déroule une Bourse d'échange Pokémon entre les Dresseurs. Jessie échange par accident son Excelangue contre un Qulbutoké.

Le Carapuce de Sacha aide son ancienne équipe (voir : Sans maître ni loi) à remporter un tournoi de pompiers Pokémon.

Onésia demande à nos héros de prendre soin de ses Axoloto pendant qu'elle part soigner sa mère.

Snubbull (le Pokémon ayant fui Madame Pleinosas) vole le « micro » de Rondoudou. Nos amis aideront alors Rondoudou à le retrouver.

Nos amis enquêtent sur un Pokémon volant de la nourriture, ils découvrent que ce sont des Malosse cherchant à soigner un de leurs congénères blessé. Nos héros décident de l'aider.

Sacha et Ondine se battent pour un Pokémon aquatique.

Sacha se bat contre un Airmure, très puissant, mais à force d'entraînement finit par triompher.

Nos amis découvrent un Noarfang, avec un plumage étrange, aux prises avec un scientifique souhaitant le capturer. Noarfang défie par la suite Sacha, qui le capture.

A la suite d'un plan de la Team Rocket et une horde de Ursaring, nos héros sont séparés. Jessie se retrouve avec Sacha et Pierre, alors que James et Miaouss sont avec Ondine.

Nos amis rencontrent une fille possédant un Girafarig, et originaire d'une ville où les habitants vouent un véritable culte aux Pokémon Psy.

Deux personnes âgées vendent des horoscopes Pokémon permettant de savoir à quel Pokémon on est associé. Il propose également de garder les Pokémon des clients.