Ash, Pikachu, Misty y Brock han dejado las comodidades de Pueblo Paleta para embarcarse una vez más en una nueva aventura y en una desconocida región llamada Johto, fijándose una nueva meta: entrar a la Liga Johto.

Perdidos en un denso bosque con una niebla algo espesa, los chicos parecen exhaustos hasta que Pikachu señala una particular rama. Ash reconoce la rama y concluye que han estado caminando en círculos, esto no parece agradar a Misty quien se arrodilla desesperada culpando ruidosamente a Ash.

Nuestros héroes van caminando hacia Ciudad Malva para que Ash consiga su primera medalla de la región Johto, y en el camino ven a una chica junto a su Chikorita animándolo al estilo béisbol. En eso salta un Rattata de los arbustos, ella pone a Chikorita a pelear y lo captura.

Nuestros héroes continúan su viaje por Johto, cuando notan que hay unos árboles sin hojas, lo que les parece extraño pero al final ven que hay otro árbol lleno de Pokémon Bichos comiendo la savia del árbol. Ash revisa en su Pokédex y dice que son unos Heracross, entonces decide atrapar a uno pero en eso aparece un guarda bosques llamado Woodruff quien le dice que, aunque es libre de atrapar a uno, su acto podría causar mas daño al bosque y Ash pregunta por qué.

De camino a ciudad Violeta, Ash y sus amigos contemplan una bella vista del valle que van a cruzar hasta que son sorprendidos ante un derrumbe de unas rocas frente a ellos, mientras que en otra parte se encontraban el Team/Equipo Rocket, quienes estaban en las montañas hasta que se caen por un derrumbe y terminan enredados en unas lianas en los árboles.

Ash, Misty y Brock se encuentran de nuevo perdidos en medio del bosque. Brock parece algo nervioso y Misty le pregunta a Ash que si se han vuelto a perder, luego le da un ataque de confianza y se va corriendo, animando a los demás a que lo sigan y así es, pero termina siendo lo mismo (ellos siguen perdidos al borde de la desesperación).

Al final del capítulo anterior nos podemos percatar de que Ash, Misty, Brock y Pikachu han logrado salir del bosque, ya en camino a Ciudad Malva se encuentran con otra ciudad llamada Ciudad Florando, Misty opina que sería mejor descansar y dar una pequeña visita turística, al parecer a Togepi le gustó la idea ya que se vio feliz y alegre, en cambio a Brock no le parece buena idea ya que su gran actitud de "DON JUAN" opina que debería estar dando protección a todas las damas que habitan aquí, Misty responde que será mejor que las protejamos de él, Ash, sin tomar atención a lo que estos discutían, se da ánimos de continuar hacia esa ciudad.

Ash y sus amigos se encuentran en la Ciudad Catalia, famosa por sus grandes edificios y por el misterio de un famoso ladrón legendario. Mientras estos caminan ven a una patrulla a toda velocidad, ellos deducen que hay problemas y se van a perseguirlo, pero lo único que le interesaba a Brock era que sabía que había una oficial Jenny/agente Mara, mientras éste corría se logra ver que una telaraña es disparada cerca del pie de Brock y éste cae, Togepi siente una presencia y trata de comunicárselo a Misty mientras baja con una telaraña una sombra, Misty lo ve y cree que es un Pokémon lindo, pero las marcas de ese Pokémon de la espalda dan una cara malvada y deja ver sus 6 pies, dando a entender que es un bicho, Misty, por su fobia a los bichos, casi se muere de miedo y grita con todas sus fuerzas.

Este episodio comienza con Ash, Misty y Brock paseando por la ciudad de "Pown Hills", conocida por tener muchas casas grandes hasta que ellos se detienen a ver una gran mansión; en eso ven a 3 mayordomos que estaban buscando algo.

El episodio comienza con nuestros héroes caminando por una ciudad dirigiendose al centro de la misma cuando, entre los arbustos, aparece un Stantler joven y asustado; Brock se acerca cuidadosamente al pequeño Pokémon para no asustarlo y curarle una de sus patas lastimadas, pero este desprende un aroma placentero de sus cuernos.

En este capítulo, Ash y sus amigos van a la Ciudad Malva para enfrentar al Primer gimnasio de Johto, cuando se acercaban a una zona de montañas nevadas y ven a hasta que encuentran a un Chikorita salvaje tomando sol.

Ash, Misty y Brock se detuvieron en Ciudad Cerezo para descansar un rato, Ash se puso a limpiar junto con Pikachu sus Poké Ball y la GS Ball mientras que Brock está haciendo algo de comer. Cuando Brock le habla a Ash y a Misty para comer, Pikachu se da cuenta de algo raro en el río, todos voltean y ven que apareció un Quagsire en el agua.

Este capítulo comienza con Ash y sus amigos que van en camino a Ciudad Malva, ellos van a cruzar un puente, lo que no saben es que el Team/Equipo Rocket está planeando una trampa para obtener a Pikachu. Ellos empiezan a saltar de felicidad porque es una trampa muy simple pero a causa del peso que generaban se rompió el puente y cayeron al río. En eso llegan Ash y sus amigos y ven que el puente está roto, en eso llega una chica cuyo nombre es Arielle y viene volando con sus Ledyba (de los cuales no provocan ningún temor en Misty por considerarlos lindo).

En este capítulo Ash, Misty y Brock llegan cansados y hambrientos a un lugar llamado Villa Feliz, van al Centro Pokémon cuando Ash toca la puerta y un Blissey le abre la puerta golpeándole la cabeza.

En este capítulo Ash y sus amigos llegan a Ciudad Malva y mientras están buscando el gimnasio, Pikachu se queda atrás oliendo unas flores y dos niños empiezan a abrazarlo y a agarrarlo de un lado a otro fuertemente diciendo quién lo había visto primero, luego, cuando Pikachu se siente muy presionado se prepara para hacer una descarga eléctrica pero Ash se los quita de encima a ellos y Pikachu lo electrocuta a él.

Ash, Misty y Brock llegaron a la Ciudad Malva para el primer combate de Ash en la región Johto, sorprendidos con el edificio del gimnasio se disponen a ingresar pero dos integrantes del buró Pokémon deciden ir a inspeccionar a Ash y a sus Pokémon para supuestamente ver que cumplieran con los requisitos del gimnasio, cogen a Pikachu, al notar que era de "grado B", tenía "los ojos abultados" y que tenía "la barriga llena", por lo tanto se lo llevaron corriendo. Ash sorprendido corre y ve que esos integrantes del buró no eran de verdad sino era el Team/Equipo Rocket que ya estaba partiendo en su globo.

En este capítulo Ash y sus amigos van ahora a Pueblo Azalea para que Ash pelee en su segundo gimnasio en Johto, en eso se detienen a contemplar un hermoso paisaje de casas grandes cerca de un lago hasta que encuentran a un Marill perdido.

Ash, Misty y Brock caminan muy cansados, no obstante, el Team/Equipo Rocket los observa desde un risco y se disponen a querer atraparlos por insistencia de Meowth. En eso James se pone a analizar la ventaja de Pokémon de los tres juntos (Ash, Misty y Brock) que tenían 15 Pokémon frente a los 5 Pokémon de ellos. Piensan en qué es difícil derrotarlos, más aún si está Charizard, en eso sueñan con tenerlo pero los quemarían con lanzallamas y sospechaban de un posterior despido, por eso lo descartan.

Ash, Misty y Brock van caminando hacia el Gimnasio de Pueblo Azalea, pero tienen sed, Ash le pregunta si falta mucho para llegar, Brock responde que sí pero que el próximo lugar era Valle Florido/Bloomingvale. Mientras tanto Misty ve una cañería de agua que parecía rota pero cuando llegan se encuentran con una chica y le preguntan si pueden sacar agua a la cual ella accede. Misty se presenta y le agradece por el agua, la chica también se presenta, se llama Sonrisa.

Todo comienza cuando Ash está usando a Chikorita en una pelea contra un niño y su Raticate, pero al ver que Chikorita se empieza a debilitar con el superdiente de Raticate decide cambiarla por Pikachu, sin embargo ella no deja que la metan a su Poké Ball, hasta que pasado un largo tiempo el niño se va a cenar.

De camino hacia su próxima batalla de gimnasio, Ash y los demás encuentran un Hoppip y Ash lo revisa en la Pokédex, después de que termina pega una brisa y el Hoppip sale volando y tratan de alcanzarlo, en lo que aparece una chica que usando una red atrapa al Hoppip, después se presenta llamándose Mariah, ella los lleva a su casa y les explica que ella usa 7 Hoppip para medir el clima en la escala de hoppip.

Todo comienza cuando Ash, Misty y Brock van camino hacia su próxima batalla de gimnasio, cuando de repente escuchan unos ruidos, y Ash comenta que debe ser algún Hoothoot, luego un Pokémon pasó por encima de ellos, y Ash sorprendido pregunta que fue eso y Brock menciona que eso fue un Gligar.

Todo comienza cuando Ash, Misty y Brock están comiendo cerca de un río y de repente Ash se atraganta con un panecillo y Misty le da agua pero no funciona y Pikachu se preocupa demasiado y hace una descarga eléctrica que les da a todos aunque gracias a eso Ash se traga el panecillo y puede respirar, justo después de eso aparece frente a ellos un Mareep.

Mientras Ash, Misty y Brock siguen en su camino hacia Pueblo Azalea, el Equipo Rocket los observa desde unos arbustos, ellos empiezan a planear como atraparían a Pikachu pero detrás de ellos aparece un hombre misterioso y les pregunta que si están buscando una batalla Pokémon y ellos aceptan y justo en ese momento sale un Pokémon (Scizor) de entre muchos árboles ágilmente hacia ellos, luego solo se oyen sus gritos, luego Ash se detiene y dice que escuchó algo, y volviendo al Team/Equipo Rocket, están Jessie y James sorprendidos y Meowth tirado sobre Arbok y Weezing que están noqueados.

Brock busca en su guía un camino para continuar la ruta a pueblo Azalea, están en un bosque espeso. Ash les dice que deben salir del bosque y llegar al camino pero Misty se niega, en eso llega un entrenador que les pregunta por un Cyndaquil. Ash se pone a buscar a algún Cyndaquil pero éste entrenador les dice que no se interfieran en su camino y que no se metieran con ningún Cyndaquil.

Ash, Misty y Brock se encuentran en medio del desierto, muy cansados y a punto de deshidratarse entonces a Misty se le ocurre refrescar el ambiente con Staryu, Ash intenta lo mismo con Squirtle pero sale despedido por el pistola agua de Squirtle, al fin refrescados van camino hacia pueblo Azalea, cuando se acercan a la ciudad notan que el río está seco y las plantas marchitas.

Ash y sus amigos están almorzando en la casa de César. Maisy/Milly la nieta de César les da las gracias por haber ayudado a la ciudad. Ash le entrega a César la GS Ball, pero por desgracia César no les puede decir mucho al respecto. Él promete que va a ser capaz de decirles más sobre esa Poké Ball cuando la examine más de cerca.

En Pueblo Azalea, luego de entregarle la GS-ball a César; Ash, Misty y Brock parten al gimnasio de la ciudad. Ash predecía una victoria pero Misty le recuerda que ya no tenía a Charizard su arma clave en otras batallas, que estaba en el Valle Charirrífico, sin embargo Ash le dice que Cyndaquil es un buen competidor. Llegan al gimnasio con la puerta abierta, a Misty le parece que es un bosque pero Brock dice que en la guía es el gimnasio.

Luego de entregarle la GS Ball a Kurt/César y haber ganado la segunda medalla de gimnasio; Ash, Misty y Brock entran en un bosque y como de costumbre, se pierden. El Team/Equipo Rocket los ve y decide seguirlos. En eso, escuchan a un muchacho entrenando a su Farfetch'd, pero él no obedece se equivocaba en el nombre de los ataques, Ash le dice el nombre correcto del ataque y el muchacho se presenta con el nombre de Silvester.

Ash, Misty y Brock están en camino al gimnasio de Ciudad Trigal y pasan por la ciudad costera de Palmpona, en eso ven a un entrenador con un Wobbuffet. El entrenador es Benny/Tino, que les dice que quiere poner en forma a su Wobbuffet para el bazar de cambio Pokémon, ya que quiere obtener un buen Pokémon a cambio del suyo. Él los lleva al centro de la ciudad. Jessie y James están aseando a sus Pokémon, James le echa agua a Victreebel que luego lo muerde, Jessie recibe un lengüetazo de Lickitung, Meowth les avisa del bazar de cambio y ellos deciden ir a robar esos Pokémon. Ahí estaba también el Snubbull de la señora Muchaplata.

En un centro Pokémon, Ash decide enviar de vuelta a Tauros al laboratorio de Oak, pero antes le agradece por su victoria en la batalla. En el contacto con Oak, vemos a Heracross lamiendo al profesor, él cuenta que le fue divertido estar con él ya que descubrió cosas importantes en su investigación, Oak le pide a Ash que su Heracross se quede más tiempo con él, cosa que él acepta. Luego Ash hace la transferencia de Tauros al laboratorio.

Todo comienza mientras Ash, Misty y Brock continúan su viaje hacia ciudad Trigal y su siguiente gimnasio de Johto, y ven más abajo un edificio y Ash le pregunta a Brock para que será ese edificio y cuando Brock va a responder un Pokémon salta sobre su espalda y Brock se asusta mucho y al tratar de quitárselo de encima se cae hacia abajo.

Ash, Brock y Misty siguen su camino hacia Ciudad Trigal, sin embargo para llegar allá tienen que pasar por el Túnel Onix un lugar repleto de Onix muy irritables, tras haber dejado a Squirtle con la oficial Jenny/agente Mara Ash ya no tiene Pokémon de agua para asustar a los Onix sin embargo Misty si tiene todos sus Pokémon de tipo agua. Como era tarde deciden cruzarlo al día siguiente, el Team/Equipo Rocket también necesita cruzar el túnel pero ellos no tienen ningún Pokémon tipo agua así que deciden robarle alguno a Misty.

Brock y Misty paran en el bosque para poder comer mientras esperan a Ash ya que fue a buscar agua y entre los arbustos unos ojos siniestros miran a los chicos pero desaparecen cuando llega Ash con el agua. Misty le pide a Ash el pan que se le encargo cuidar pero cuando Ash va a buscar el pan que guardó en su mochila ya no estaba, Ash preocupado piensa que se la pudieron robar ya que su Pokédex, Medallas y Poké Balls están allí. Brock de repente ve unas pisadas de Pokémon y las deciden seguir.

Ash, Misty y Brock están pescando en la orilla de un río, cuando Misty pesca una tetera se asoma un alegre Totodile en hierba alta. Misty saca a su mini misty y la lanza al agua de repente aparece un Totodile y muerde el cebo de Misty pero luego lo escupe y Ash le intenta capturar pero no lo consigue.

Todo comienza cuando Ash, Misty y Brock salen de un Centro Pokémon y Ash se tropieza con un niño y su Growlithe y éste les comenta que perdieron una batalla con un fuerte entrenador, entonces Ash le pregunta donde se encuentra ese entrenador para retarlo a un duelo y el niño le dice que se encuentra en el viejo puente de la montaña.

Todo comienza cuando Ash, Misty y Brock llegan a un lago. Ellos deciden quedarse a comer con estofado de carne. Entonces Misty saca sus Pokémon: Goldeen, Staryu y Poliwhirl, para que se refresquen con el agua. Aunque también sale Psyduck de su Pokéball, él no podía nadar y Misty lo agarra y lo saca del agua.

Ash, Misty y Brock caminan por un espeso bosque y ven una casita que es de un Pokémon volador, Brock analiza las posibilidades de para cual tipo de Pokémon volador sería, pero al escuchar un ruido se esconden en los arbustos. Ven a un Noctowl, el cual se aleja por una rama que lo asusta y en eso aparece un Noctowl de colores diferentes, ése era el esperado por un investigador que va con sus frutas de carnada, pero el Noctowl embiste y ve al investigador que se sostiene con una rama pero al golpearlo con sus picos lo lanza al suelo.

Nuestros queridos amigos se encuentran en un bosque cerca de una laguna, allí sacan a sus Pokémon para aprovechar el hermoso día, pero como siempre el Team/Equipo Rocket les intenta robar sus Pokémon, pero un grupo de Ursaring aparece y los ataca a todos, los 5 humanos y los 3 Pokémon (Pikachu, Togepi y Meowth), en ese momento de desesperación los chicos se pierden y se dividen Ash, Pikachu, Brock y Jessie y por otro lado James, Meowth, Misty y Togepi, en ese momento todos los dos equipos deben cooperar para volver a unirse de nuevo mientras le ocurre toda un odisea en ese bosque y a la vez aprender a vivir en armonía.

Ash, Brock y Misty caminan por el bosque cuando ven un letrero que le alerta de los Pokémon fantasmas, ellos preocupados se asustan al ver una manada de Fearow volando a lo alto del bosque, y para estar más seguros Brock le dice a Misty que saque a Psyduck ya que éste los puede proteger con sus ataques psiquicos, de pronto saltó de los arbustos una cola asustando a los chicos aún más, Misty al creer que la cola provenía de un Pokémon Tipo fantasma le pide a Psyduck que use confusión pero este asustado se mete en su Poké Ball.

Ash, Misty y Brock entran a un Centro Pokémon y ven a unos niños diciendo que tipos de Pokémon son, además el libro de la fortuna Pokémon era certero; Misty pregunta a la niña que era ese libro y los niños le explican lo que es, ella pide prestado el libro pero dice que no se lo puede prestar pero otra niña menciona que una ancianita los vende en la nueva guardería Pokémon, entonces ellos acuden ahí por el libro y Brock insiste a Ash para que lo compre.