小智与小豪再次来到伽勒尔地区。小智与小豪首次遇见欧尼奥。

小智的耿鬼喝下欧尼奥用三颗极巨菇菇熬成的极巨汤，首次超极巨化。

After unusual magnetic waves affect his Magnemite, Francois, Ren works together with Ash, Goh, Chrysa and Professor Cerise to solve the mystery.

小智再次遇见莉佳，小豪与小春首次遇见莉佳。

火箭队三人组再次遇见亚马多和小三郎。

小智与小豪再次见到马玛内。

小智和小豪再次来到呆呆兽们居住的「呆呆兽之岛」，然而这个岛和「伽勒尔呆呆兽居住的浮岛」发生了冲突，伽勒尔呆呆王率领的伽勒尔呆呆兽群登陆，为了帮助两边关系变好，两人身上发生了奇妙的变化……!?为了观看小豪和小春的演讲，小智和他们一起去到了学校。

小智与小豪再次来到伽勒尔地区，并首次遇见聂梓、呐喊队及玛俐。

透露大叶已经参加宝可梦世界锦标赛，排名为大师级，并从第7名下跌至第8名。

小豪本打算收服啃果虫和啪咚猴，后来以失败告终。

小豪、小茂和时央因为梦幻计划的参与任务，与急冻鸟对上而进行团体战，最终小茂和时央获得4个图章，而小豪获得3个图章。

小智与希特隆和柚丽嘉重逢。

小智与朵拉塞娜进行宝可梦世界锦标赛高级级对战，最终由小智获胜，排名上升至第9名。

小春、小豪首次见到莎莉娜，小智与莎莉娜重逢。

在全世界增加火箭队的队员。收到坂木老大的命令，武藏、小次郎、喵喵和果然翁为了招募队员而开播了广播节目。“将火箭队的优秀之处向全世界传达，得到队员了！”的满满干劲却换来了零人的收听……不能就这样结束！火箭队忘记了原本的目的而热衷起做有趣的广播，但是…！？在双方一步也不退让的情况下，最后是小智的路卡利欧VS彩豆的怪力一对一的比赛！

小智收到宝可梦世界锦标赛官方通知，下一场比赛的对手是第8名的奇巴纳。

小智与甲贺忍蛙重逢。

小智与奇巴纳进行宝可梦世界锦标赛的八大师换位战，最终由小智获胜，晋级至大师级第8名，奇巴纳下降至高级级第9名。

小豪首次在梦幻计划的任务中挑战失败而获得第2名的2个图章，而时央获得第1名的3个图章。

小智与莉莉艾和格拉吉欧重逢。

小智、卡奇、格拉吉欧与库库伊博士进行皇家对战，卡奇与格拉吉欧落败，小智与库库伊博士最终结果未知。

收服雷吉艾勒奇和雷吉铎拉戈吧！接受了“梦幻计划”最后的任务的小豪，独自一人前往了冠之雪原的“抉择遗迹”，对手小茂也来到了此处，小豪能顺利完成任务吗？然后，选为梦幻计划的正式成员的究竟会是谁呢？

小智和小豪为大师锦标赛特训时被叫到了大木研究所。皮卡丘、路卡利欧、耿鬼、快龙、葱游兵、鳃鱼龙从研究所里小智的宝可梦们那收获了加油呐喊而猛地充满干劲。之后，小智在神奥地区旅行时的劲敌真司竟然出现在了研究所！在和真司的重逢中小智能得到什么呢！？

决出宝可梦战斗的顶点，史上最大的锦标赛大师淘汰赛开幕，小智来到决战之地伽勒尔地区的宫门竞技场。小智在那里，与丹帝的弟弟赫普相遇，战斗突然开始？之后，小豪等人将与赫普一起观看比赛。

阿渡与卡露妮进行大师锦标赛第一轮第二场赛，最终由卡露妮获胜，晋级半决赛。

大师淘汰赛第一轮的第3场比赛，是神奥冠军竹兰与合众冠军艾莉丝之间的比赛，对艾莉丝来说，竹兰是曾经指点过她且值得尊敬的前辈，也是需要超越的目标之一。尽管艾莉丝不断发起进攻，但竹兰依然沉着冷静应对，气势VS经验，谁能进入半决赛!?

这是大师淘汰赛的第四场比赛，小智的战斗终于开始了，对手是丰缘地区的的冠军大吾，小智被大吾不断派出的强大宝可梦们逼入绝境。为了支持自己的伙伴们，为了宝可梦们，小智渴望获得这场胜利——！究竟小智能突破大吾的阻挡，取得首场胜利吗!?

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小春和伊布经历了与各种进化形态的相遇，伊布想要进化成哪种形态，宝可梦的进化到底是？……小春为此而烦恼着，看着这样的小春，身为父亲的樱木博士邀请她去露营，在露营中，小春得知了樱木博士在小时候与宝可梦的相遇、离别、进化的故事。可能性其实是无限大的，小春和伊布，会选择怎样的未来？

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大师赛半决赛当天,比赛在即的小智，在与宝可梦们进行特训的过程中，遇到了对手神奥冠军竹兰。小智从同样进行比赛前最终调整的竹兰那里听到了她与搭档烈咬陆鲨相遇的消息。另一边，在竞技场内，第一场丹帝VS卡露妮的比赛即将开始，激斗的半决赛，现在拉开帷幕…

这是大师赛半决赛第二场比赛。小智为了能否进入决赛而挑战与竹兰的比赛，但被竹兰巧妙的战术所玩弄，从一开始就陷入了困境。为了逆转不利局势，试图抓住任何机遇的小智做出了......

半决赛第二场，面对神奥冠军竹兰，小智陷入苦战，在竹兰的经验、战略面前被逼到绝境，在压倒性的危机面前想要打开突破口该怎样做？

半决赛第二场比赛也是高潮！即使在陷入绝境的情况下也不准备放弃的小智。打算从正面将竹兰击败，在激战中获胜，获得最后决赛入场券的到底会是！？

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小豪和闪焰王牌再次来到了两人首次相遇的伽勒尔地区的那一家司康店。在那里闪焰王牌与还是炎兔儿的时候一同生活的偷儿狐他们再会。偷儿狐们已经不再作恶，早已成为了镇上的明星。这久违的再会让闪焰王牌他们非常开心，而此时以喵头目为首的伽勒尔喵喵军团，以及火箭队他们正在悄悄接近……？

马上就是决定世界最强王者的大师锦标赛决赛了。为了庆祝，PWCS News 正在做一个特别的节目来向全世界展示这场比赛。这个特别节目将提供 小智和 丹帝 战斗的亮点并详细介绍他们的相遇。

大师锦标赛决赛终于要开始了。马上就要和自己心中的目标和丹帝进行对战，小智斗志十足。绝对王者丹帝和不断战胜各路传奇的小智之间的战斗让观众席的热情达到最高潮。而在这时，丹帝有了一个提案...？在以前的伙伴和劲敌们的见证下，巅峰决战即将拉开帷幕。

小智和丹帝的决赛，两人从一开始就展开了拉锯战，但随着战斗的继续，小智发现自己逐渐在被丹帝的宝可梦和策略玩弄…?!最终他试图通过交换宝可梦来想办法来改变局面，但是没想到这原来也是丹帝计划中的一部分......?!

与丹帝的大师赛决赛，小智的宝可梦们都已处于精疲力竭的状态。面对尽管如此也毫不胆怯地迎接挑战的小智和宝可梦们，丹帝露出了笑容。“最强的王者”与“最强的挑战者”如相互呼应一般，变得更加强大，更加激烈，赌上最强的战斗的走向将会是何方——！？

突然出现在宫门竞技场的无极汰那究竟有何目的？之后小智和丹帝的战斗来到了最高潮，面对丹帝的王牌喷火龙，小智和皮卡丘继续发挥着最后的力量。迄今为止的相遇、战斗，和冒险的全部！究竟小智能否与最好的伙伴一起荣膺桂冠？！

在小智的大师锦标赛决赛的同时，小豪为了探寻梦幻，前往了【边境的小岛】，小豪，小茂，时央，阿剑，朝日他们登陆岛上后，却与穗高博士的实验室失去了联系，精灵球也无法正常工作。在这穷途末路般的绝境之下，为了与梦幻相遇而继续探索梦幻的小豪他们的命运将何去何从！？

在寻找梦幻的过程中，由于在岛上遭遇许多状况，追迹者因而兵分两路。小豪、时央和朝日遇到了盖欧卡，小茂和阿剑遇到了固拉多！为什么传说的宝可梦会出现在这里？在继续深入腹地的过程中，小豪和其他人看到了什么？究竟小豪能否找到梦幻并实现他的梦想？小智和他的同伴们正在进行调查，以解开神奥地区一系列宝可梦被拐走事件的谜团。

实现再会的小智和小豪，和小春三个人一起去野营，但是小豪有无法对小智说出口的某个想法……大家一起来到小春以前和樱木所长一起来的森林里，那里有很多野生的宝可梦，遇见凯西的小豪说出了小时候的回忆……小豪刚收服异色霹雳电球后，遇到一位“蓝色宝可狂热迷”阿贝尔，他们和阿贝尔一起进行蓝活(与蓝色宝可梦有关的活动)时，却遇到了阿贝尔的死对头布鲁塔斯，接下来会有什么样的发展呢?小豪刚收服异色霹雳电球后，遇到一位“蓝色宝可狂热迷”阿贝尔，他们和阿贝尔一起进行蓝活(与蓝色宝可梦有关的活动)时，却遇到了阿贝尔的死对头布鲁塔斯，接下来会有什么样的发展呢?

由于感情上的一些误解，小智与小豪的友情遭遇到了问题。就在这时传说的宝可梦洛奇亚出现在两人面前，就像两人首次见面的那一天一样。这两人在一起冒险后成长了许多，立刻向洛奇亚发起团体战。

随风飘扬去各种地方，冒险仍在继续的小智与皮卡丘。在路上与野生宝可梦相遇──。以及想要夺取皮卡丘的火箭队──。在这样不变的冒险中过着每一日，在某个森林中，他们遇见了受伤的传说宝可梦·拉帝亚斯…！

继续旅行的小智与皮卡丘来到了海边。遇到了野生的铁臂枪虾，并试着捕捉他。在那里还有曾与小智一起旅行伙伴小霞，小智与小霞互不相让的说「铁臂枪虾是我要收服的！」，钓鱼对决就此展开…！？

小智与皮卡丘与曾经的伙伴小刚和天桐重逢。不过，小刚因刚失恋陷入沮丧中…。突然出现的野生布莉姆温将小刚带走…！其中的原因是！？小智、小霞、天桐能否顺利将小刚带回呢！？

持续著旅程的小智和皮卡丘．为了一赌「鲤鱼王攀瀑」的奇景而造访某座山。于是，在那里遇到了一只冻原熊。冻原熊用强大的冰之力冻结了周遭，小智看到此景兴奋不已。不过，冻原熊似乎遇到了麻烦？

小智与皮卡丘到达港口小镇，于人群聚集地遇到曾与自己旅行过的杰尼龟，它正率领着杰尼龟消防队表演。现在，杰尼龟消防队已成为人人喜爱的人气团体。小智与伙伴们欣赏着节目，另一方面，火箭队似乎正策划着成为杰尼龟消防队的经纪人…！？

在旅途中，火箭队袭击了在休息的小智与他的朋友们。虽然火箭队被击退了，但皮卡丘与火箭队一起飞上了天空！失散的小智与皮卡丘搜索着重逢的机会…。即使被分开了，但两者都想着同样的事。他们能顺利重逢吗…！？

小智与皮卡丘，与曾经一起旅行过的拉普拉斯重逢。不过拉普拉斯似乎正寻求帮助……随着拉普拉斯的引导，于某个岛上，有着卡在洞窟里出不来的吼吼鲸！小智千方百计想把吼吼鲸从洞穴里救出，吼吼鲸能顺利获救吗？

小智与皮卡丘他们来到了某条街上，不管是这里还是那里，最近都发生了各种奇异现象。为了解决事件，小智他们来到了案发现场寻找线索。他们目击到一只诅咒娃娃…！诅咒娃娃侵入到各家中带出各种物品，它的目的是…！？

武藏、小次郎、喵喵从火箭队本部收到了自身在各地收服的宝可梦！火箭队很高兴能与过去的伙伴重逢。于是，火箭队决定赌上一切进行皮卡丘捕获大作战！？

小智与皮卡丘面前，拉帝亚斯再次现身。并利用「梦境转映」让小智看到攻击拉帝欧斯的宝可梦猎人！小智与皮卡丘决定一起前往拯救拉帝欧斯。他们能顺利救出拉帝欧斯吗 ！？

「你已经是冠军了，距离宝可梦大师还有多远呢？」回到真新镇的小智与皮卡丘，受到了小茂的提问。与皮卡丘一起旅行以来，小智就一直以成为宝可梦大师为梦想努力。小智能否得到答案呢―！？