クチバシティにある『イーブイ進化研究所』は、イーブイと、その進化形に特化した研究機関だ。そこにはシャワーズ、サンダース、ブースターなど8種の進化形とともに、ある「特別なイーブイ」が暮らしていた。そんなイーブイが、偶然コハルのワンパチと出会い、研究所から迷い出てしまう。たどり着いた先は、なんとコハルの通うスクールだった！

ポケモンワールドチャンピオンシップスに向け気合十分のサトシとカモネギは、イシツブテが大量発生しているイワヤマトンネルへ特訓に向かう。そこで偶然出会ったトレーナーのゲンバ＆パートナーのドテッコツと公式戦を行うことになった。ネギと鉄骨が火花を散らす超パワー勝負の行方は？そしてカモネギに立ちはだかる試練とは…！？

サクラギ研究所宛に大量の野菜と手紙が届いた。サクラギ博士の教え子で、今は農業をしているエンドウから送られたものだ。手紙によると、近頃急にディグダとダグトリオがエンドウの畑を荒らしはじめたので、とても困っているのだという。ディグダたちがなぜそんなことをするのか？サトシとゴウ、そしてコハルはエンドウの畑に調査へ行くことに！！

世界中を巡り、汚れた水を清めているといわれる伝説のポケモン・スイクン。そのスイクンが、とある湖に留まっているとの情報が入る。伝説のポケモンをゲットするチャンスに、俄然気合いが入るゴウ。早速湖に向かったサトシとゴウが目にしたのは、悪のポケモンハンター集団と、傷つきながらも湖と野生のポケモンたちを守ろうとするスイクンの姿だった！

相変わらず臆病なゴウのメッソン。ゴウやサトシとともに訪れた人気映画の撮影現場で、スパイを演じるインテレオンと出会う。突如撮影現場に乱入してきたロケット団を、映画さながらの華麗さで撃退するインテレオン。メッソンは、自身の最終進化形でもあるその姿に強い憧れを持つ。そんな中、ポケモン誘拐事件が発生。メッソンが小さな勇気を振り絞る！

サクラギ研究所で「君とルミナスメイズの森の物語」という本を見つけたコハルとイーブイ。そこにはガラル地方のポニータとギャロップが描かれていた。2匹の事が気になったコハルは、サトシとゴウと一緒にガラル地方のルミナスメイズの森に行くことに。森の中を探索していると、コハルとイーブイの前にポニータが現れて・・・！？

カモネギの特訓を行っていたサトシに、レンジからとある情報が。なんでもカロス地方の四天王ガンピが、真の強さを求めるポケモンとトレーナーに向けて熱血指導をしているという。そこで、サトシはカモネギと、ゴウはストライクとともにカロス地方・騎士道の館へと向かう。果たしてサトシとゴウを待ち受ける四天王ガンピの熱血指導とは…！？

ひょんなことからサクラギ研究所の助手・キクナの家に泊まることになったコハルとイーブイ。お惣菜やケーキを買って、女子会は大盛り上がり。そんな中、コハルはキクナの家で1枚の写真を見つける。

そこにはキクナと青年、マフラーを巻いたコダックが写っていた。どうやらキクナはこの青年とコダックに特別な思いがあるようで…！？コハルがキクナの恋のために奔走する！

遊び疲れて眠ってしまったロケット団。そこへペリッパ―がやってきて、ロケットガチャットを回すと次々と出てくるゴクリン！ゴクリンの特性“ねんちゃく”でサトシとゴウ、街中のポケモンがくっついて大パニック！？ / 目が覚めたニャースとソーナンスの前に、何やら不穏な雰囲気のカムカメとナエトルが。ちょっと見た目が似ている2匹の熱いレースが今、はじまる！

“ゴリランダーになった両親から弟のサルノリを託される”という夢を見たゴウ。目覚めると、なんと夢と同じようにサルノリがゴウの腕の中で眠っていた！どうやらサルノリは既に誰かにゲットされているようで、サトシとゴウはサルノリのパートナーを探すことに。ワンパチの嗅覚を頼りにサルノリの痕跡を辿ると、衝撃の事実が発覚して・・・！？

特訓で疲れたカモネギ（ガラルの姿）とハッサムを回復させるため、ポケモンセンターを訪れたサトシとゴウ。するとサトシのスマホロトムに『ポケモンワールドチャンピオンシップス』公式戦の案内が。なんと相手は、サトシがかつて敗れたリントだった！サトシとカモネギはリベンジを果たせるのか！？騎士のプライドをかけた戦いが今、はじまる！

サクラギ研究所の水道修理に来た”プラマイ便利屋”の兄妹、ディバイとマルプリ。看板ポケモンのプラスルとマイナンの応援もあり、まるっと解決！…かと思いきや、マルプリが原因でディバイが怪我を負ってしまい、サトシとゴウはディバイの代わりに便利屋を手伝うことに。一方、マイナンはディバイに怪我をさせたマルプリに怒っているようで・・・？

インテレオンに憧れて、ヒット＆アウェイの特訓をしているゴウのメッソン。人知れずナゾノクサのピンチを救い、なんとジメレオンに進化した！しかし、インテレオンに進化できたと思い込んでいたため、水面に写るジメレオンになった自分の姿を見てがっかりしてしまう。ジメレオンは洞窟に引きこもり、ゴウともすれ違うようになってしまって・・・？

海を舞台に繰り広げられるポケモンたちの障害物レース「ポケモンマリンアスレチックレース」の中継を見ているサトシとゴウ。レースで優勝したシャワーズのパートナーであるカイリは、サクラギ研究所の助手・キクナの友人だった！シャワーズに魅了されたイーブイを見たコハルは、憧れのシャワーズに会うため、サトシとゴウと一緒にカイリを訪ねることに！

サトシとゴウの元へ、以前サトシとバトルをしたホウエン地方のホウジから調査の依頼が。なんでも、ホウジのおじさんがやっている温泉宿のお湯が出なくなってしまったらしい。町の人たちは、わざわいポケモン・アブソルが原因だと思っているが、本当にアブソルが原因なのか・・・！？サトシたちは本当の原因を突き止めるため、ホウエン地方へ向かう！

サトシの元へ届いた1通の手紙。それは、ドラゴンマスターを目指すアイリスからのバトルの誘いだった！早速、イッシュ地方・ソウリュウジムにやってきたサトシたち。ドラゴンタイプのポケモンの気持ちがわかるアイリスは、サトシのカイリューの気持ちを察知して・・・？サトシVSアイリス、『ポケモンワールドチャンピオンシップス』ハイパークラスへの昇格をかけた熱いバトルがはじまる！

ある日、ゴウのフラべべたちが一斉にフラエッテへと進化した！…と思いきや、5匹いるはずのフラベベのうち、白いフラベベだけがいないことに気がついたゴウ。辺りを探すと、乗っていた花弁が欠け、飛べなくなった白いフラベベがいた。ゴウたちは落ち込む白いフラベベの新しい花を探すため、かつてフラベベをゲットしたカロス地方へ旅立つことに！

サクラギ研究所にジュンサーとデッカー刑事が訪ねてきた。なんでも、クチバシティの住宅から大量の電気が盗まれる事件が連続発生していて、その犯人を探すために、研究所にいるでんきタイプのポケモンたちを確認したいという。ワンパチをはじめとするでんきタイプのポケモンたちに容疑がかけられる中、サトシのピカチュウが犯人として逮捕されてしまい…！？

久しぶりにマサラタウンのオーキド研究所を訪れたサトシとゴウ。ゴウはオーキド博士から、本格的にミュウを探索するチーム、“プロジェクト・ミュウ”がメンバーを募集していることを聞かされる。一方、サトシは研究所に預けていたゴウカザルが最近姿を見せないと知り、ゴウと一緒に探しに行くことに。その途中、出会ったのはなんとサトシの幼馴染でライバルのシゲルだった！

ポケモンセンターにやってきたサトシ・ゴウ・コハルの3人。やんちゃなサルノリとイーブイに3人はハラハラしっぱなし！ゴウはサルノリ、コハルはイーブイのことを「本当は良い子なのに！」と悔しそうに話し、そんな2人を見てサトシは、2匹におつかいを頼もうと提案する。はじめてのおつかいはうまくいくのか…！？

ロケット団のアジトに居ついているモルペコ。相変わらず食いしん坊で、ムサシがとっておいたケーキやコジロウが金庫に隠したはずの食料まで食べつくしてしまう。最近食べる量も増えていて、このままでは「ロケット団の使命を果たせない！」と考え始めたロケット団はモルペコを野生にかえす決心をするが…！？

ある日、ゴウのもとに”プロジェクト・ミュウ”からシンオウ地方・テンガンザンの麓の研究所へ来てほしいとメールが届く。早速サトシと向かうと、ついにゴウの初ミッションが告げられる。それは「テンガンザンの北に広がる氷河地帯でアローラキュウコンをゲットする」というもの。果たしてゴウはミッションをクリアできるのか！？

ギアルの新しい進化形が発見されたとの情報を得て、イッシュ地方・ホドモエシティにやってきたサトシ・ゴウ・コハルの3人。そこで地中に続く穴を発見し、サルノリとイーブイは興味津々に飛び込んでしまう。サトシたちも後を追うと、中はまるで迷路のようになっていた！サトシのピカチュウを追っていたロケット団も穴に飛び込み、一同遭遇の大混乱！？

タイレーツを調査しにガラル地方を訪れたサトシとゴウ。そこには、息が合っていないタイレーツが。ひょんなことからそのタイレーツはバラバラになってしまい、ゴウはリーダーであるヘイチョーを助け、サトシは他のヘイたちを助けることに。どうやらヘイチョーはうまく指揮できないことに落ち込んでいるようで・・・？

シンオウ地方で人々が悪夢のせいで眠れない事件が続いていると知り、調査にやってきたサトシとゴウ。果たして原因は、悪夢を見せる能力があるダークライなのか…？一方、シンオウ地方に一人旅にやってきたコハルが出会ったのは、なんとサトシのかつての仲間、ヒカリとポッチャマだった！

ヒカリとシンオウ地方を旅しているコハル。とある森に入ると、なんと傷だらけのクレセリアが！何とかクレセリアの手当てをし、眠りについた2人はダークライとクレセリアが出会う不思議な夢を見る。夢から覚め、クレセリアと過ごしていると、そこにダークライが現れて一触即発の事態に！？一方、サトシとゴウもダークライを追って森へやってきて…

アローラ地方で、ポケモンをゲットしながらゴールを目指す「ポケモンゲット・アドベンチャーレース」が開催されると知り、参加することにしたサトシとゴウ。レースにはサトシに憧れていて、Zワザを使えるというゼンリョク兄弟も参加！しかし、彼らのZワザにサトシは思うことがあるようで・・・？

『ポケモンワールドチャンピオンシップス』ハイパークラスにクラスアップしたサトシ。ハイパークラスでの初戦の相手はシンオウ地方・ナギサシティのジムリーダー、デンジだった！かつて激闘を繰り広げ、強力なでんきタイプの使い手であるデンジに対し、サトシはZリングを手に勝負を挑む！

ゴウとサトシがリサーチフェローとして今まで集めたポケモンのデータが研究所のパソコンから消えてしまった！何者かがメインデータにアクセスした痕跡から、犯人を捜そうとするゴウ。一方その夜、外でみずでっぽうの練習をしていたジメレオンは研究所の中に浮かぶ怪しい物体を発見して…！？

エーフィとブラッキーに会うため、ジョウト地方にある日蝕城（にっしょくじょう）を訪れたサトシとゴウとコハル。なんとそこにはコハルに瓜二つの少女、ハルヒがいた！ハルヒは日蝕城で行われる「日蝕祭」を安全に執り行うことで新しい城主として認められるというのだ。しかし、皆が祭りの準備を進める中、木の上から城を見つめる怪しい少年の影が…！？

ゴウの元へ“プロジェクト・ミュウ”から最初のトライアルミッションが届いた！その内容は「ウルガモスの黄金の鱗粉をゲットせよ」というもの。サトシとゴウは以前訪れたイッシュ地方のリゾートデザート・巨神の遺跡を訪ねることに。果たしてゴウは無事ミッションをクリアできるのか！？

青いポケモンマニア、略して「青ポケマニア」のアベルと出会ったサトシとゴウとコハル。カロス地方から青ポケライフを楽しむためにカントー地方にやってきたアベルはゴウがゲットした色違いの青いビリリダマに興味津々！3人を青いポケモンを楽しむ活動、青活の世界へといざなう…！

アラベスクタウンのジムリーダー・ポプラからサトシに電話が。なんでも、ダンデやキバナも出場する特別な大会を主催するので、サトシたちにも参加してほしいとのこと。ダンデと再びバトルできると意気込むサトシだったが、大会の内容はまさかのマホイップとチームを組みケーキをデコレーションする「マホイップだらけのデコ大会」で…！？

ジョウト地方で空が突然真っ暗になり、朝が来ない日が続いていると知ったサトシとゴウは、調査に向かうことに！調査中、公園で出会った少女・キララが不思議なポケモンに会ってから夜が続くようになったと聞くが…！？サトシとゴウは、調査のため訪れた遺跡博物館で偶然出会ったシンオウ地方・ポケモンリーグチャンピオンのシロナと共に謎に迫る！

ポケモンワールドチャンピオンシップスに向け、ルカリオをメガシンカさせるためコルニの元を訪れたサトシとゴウ。コルニからメガシンカに必要な”キーストーン ”を受け取ったサトシは、メガシンカに必要なメガストーン”ルカリオナイト”をゲットするためメガ島へ！果たしてサトシとルカリオは絆を深め、メガシンカを習得することができるのか！？

『ポケモンワールドチャンピオンシップス』で過去2度に渡り激戦を繰り広げたライバル・サイトウとのバトルが決まったサトシ。ゴウと決戦の地、ラテラルスタジアムへ向かうと、そこにはサイトウが！お互いのポケモンを紹介しあい、翌日のバトルに向け気合を入れる2人。メガグローブを装着したサトシとダイマックスバンドを装着したサイトウ、ハイパークラスでのバトルが今始まる！

一進一退のバトルを繰り広げるサトシとサイトウ！お互い一歩も譲らない中、残るはサトシのルカリオ、サイトウのカイリキーの1体ずつに。サイトウはカイリキーをキョダイマックスさせ、サトシはメガシンカしたルカリオで立ち向かう！果たして勝利の女神はどちらに微笑むのか！？

ゴウとコハルのスクールの発表のため、今日はサトシも一緒に登校することに！すると2人のクラスに、レジーナという少女が「ミーチェ」というパートナーのグレイシアを連れて転校してきた。初めて見るグレイシアに、コハルとイーブイは興味津々の様子。しかし、レジーナを守ろうとするミーチェは警戒心が強く、転校早々スクールの生徒たちにふぶきを放ってしまうのだった…！

ゴウの元に”プロジェクト・ミュウ”からトライアルミッションが届いた！その内容は「野生のキングドラをゲットせよ」というもの。ゴウは野生のシードラの目撃情報を元に、サトシと共にホウエン地方へ！早速海で調査をしていると、ホウエン地方の四天王・ゲンジと遭遇し、共に行動することに。果たしてゴウは無事ミッションをクリアできるのか！？

サトシにヒカリから電話が！なんでも、ヒカリの相棒・ポッチャマがさらわれたという。シンオウ地方ではポケモンがさらわれる事件が相次いでいるようで、サトシ、ゴウ、コハルは謎を解くためヒカリの元へ！ヒカリに話を聞くと、自分そっくりの人物が光の穴から現れポッチャマを連れ去ったというが…！？

元の世界とそっくりなもう1つの世界に辿り着いたサトシたち。そこで、もう1人のヒカリに遭遇したゴウとヒカリは、ポケモンが進化前の姿に戻ってしまうと聞き、シンオウ地方で起こっている不思議な現象には時空を司る伝説のポケモン・ディアルガとパルキアが関わっていると予想。果たしてサトシたちはシンオウ地方の危機を救えるのか！？