枯叶市的“伊布进化研究所”是研究伊布及其8种进化形的特别研究机构。在那里，有一只跟水伊布、雷伊布、火伊布等8种进化形生活在一起的“特别的伊布”。这样的伊布偶然遇到了小春的来电汪，从研究所走了出来，好不容易到达的地方竟然是小春所在的学校！

小智和小豪以及小春收到科学博物馆的馆长的委托，来到了伽勒尔调查珍贵的化石。他们在当地研究员的协助下挖掘出了各式各样的化石…

为了宝可梦世界锦标赛而干劲十足的小智和大葱鸭来到出现大量小拳石的岩山隧道进行特训。在那里，他们偶然遇见训练家玄场和他的搭档铁骨土人并进行了正式比赛。大葱与钢骨火花四溅的超力量对决会如何发展？然后，大葱鸭面临的考验又是什么呢!?

樱木研究所收到了大量的蔬菜和一封来信，这是樱木博士的学生，现从事农业的园藤所赠。据信中所说，最近突然出现地鼠和三地鼠开始糟蹋园藤的田地，所以让他感到非常困扰。地鼠它们为什么要做那种事呢，小智、小豪、小春来到园藤的田地展开调查。

传说的宝可梦水君周游世界，净化污水。小智等人得知那个水君停留在了某个湖上的情报。面对收服传说的宝可梦的机会，小豪突然卯足干劲。立刻赶往湖边的小智和小豪看到的是邪恶的宝可梦猎人集团以及即便受伤也在守护湖的野生宝可梦和水君。

一直都很胆小的小豪的泪眼蜥在跟小豪以及小智一起到访的人气电影的拍摄现场遇到了饰演特工的千面避役。千面避役将突然闯入拍摄现场的火箭队，宛如电影一般华丽地击退。泪眼蜥对自己的最终进化形的身姿抱有强烈的憧憬。这时，发生了宝可梦诱拐事件，泪眼蜥鼓起了小小的勇气。

小春和伊布在樱木研究所找到了一本名叫《与你在迷光森林的故事》的书，那本书里描绘了伽勒尔地区的小火马和烈焰马的故事。对这两只宝可梦十分感兴趣的小春决定跟小智与小豪一同前往伽勒尔地区的迷光森林。在森林中探索的时候，小火马在小春和伊布的面前现身了…!?

正在为大葱鸭进行特训的小智从樱木研究所的助手莲司那里得到情报，据说卡洛斯地区的四天王雁铠会对追求真正强大力量的宝可梦和训练家进行热血指导。于是，小智与大葱鸭以及小豪与飞天螳螂一同前往了位于卡洛斯地区的骑士精神之馆。等待着小智和小豪的四天王雁铠的热血指导究竟是什么呢？

小春和伊布因为意外在樱木研究所的助手菊菜家里参加留宿过夜女子会，买完家常菜和蛋糕而开始的女子会非常热闹。在这样的情况下，小春在菊菜家里看到一张照片，上面拍到了菊菜和一位青年以及一只围着围巾的可达鸭。菊菜看上去对这名青年和可达鸭抱有特别的情感，小春因此为菊菜的恋情而奔走。

火箭队的各位都玩累睡着了，这时，大嘴鸥来了。他们转动火箭队的专用扭蛋机·火箭扭蛋机，溶食兽一只接一只地出来。由于溶食兽的特性“黏着”，小智、小豪以及街上的宝可梦全都黏在了一切，引发了一场大骚动!?

在刚刚睡醒的喵喵和果然翁面前，不知为何出现了气氛紧张的咬咬龟和草苗龟。看起来有点相似的两只宝可梦之间的激烈竞赛，现在开始。

小豪梦见变成轰擂金刚猩的父母将弟弟敲音猴托付给他。小豪惊醒后发现，敲音猴竟真像梦里一样睡在他的手臂上！这只敲音猴看上去似乎已经被谁收服了，小智和小豪于是便开始寻找敲音猴的搭档。他们借助来电汪的嗅觉寻找敲音猴的痕迹，发现了冲击性的事实…!?

为了让特训疲劳的大葱鸭和巨钳螳螂恢复体力，小智和小豪前往了宝可梦中心。在那里，宝可梦装置·手机洛托姆接收到了宝可梦世界锦标赛官方对战的申请。不料，对手竟是曾经打败过小智的凛斗和艾路雷朵。小智与大葱鸭能否一雪前耻呢？赌上骑士尊严的对战，现在开始了！

憧憬着千面避役而进行边逃脱边攻击特训的泪眼蜥，在解救了无人知晓的走路草的危机之后，竟然进化成了变涩蜥！但是，深信自己能进化成千面避役的变涩蜥在看到水面上倒映的自己的样子后离开了。变涩蜥躲进洞窟里，疏远了小豪…?

小智和小豪观看了以海为舞台的宝可梦们的障碍赛“宝可梦海上乐园竞泳”的转播。在比赛中获得冠军的水伊布的搭档海利是樱木研究所的助手菊菜的朋友。看到为水伊布着迷的伊布，小春为了让它和憧憬的水伊布见面，决定跟小智和小豪一起去拜访海利。

小智和小豪收到了来自以前和小智对战过的丰缘地区的芳士的委托。不管怎样，芳士的叔叔经营的温泉旅馆的温泉水好像出不来了。镇上的人们都认为这是灾祸宝可梦·阿勃梭鲁的错。真的是因为阿勃梭鲁的原因吗？向丰缘地区出发！

小智收到了一封来信，那是以龙之大师为目标的艾莉丝的对战邀约。小智一行人立刻动身前往了合众地区·双龙道馆。能够感受到龙属性宝可梦心情的艾莉丝察觉到了小智的快龙的心情。小智VS艾莉丝，晋升“宝可梦世界锦标赛”高级级的激烈对战开始了！

有一天，小豪的花蓓蓓们一起进化成了花叶蒂…！不料，小豪发现5只花蓓蓓里，只有白色花蓓蓓不在。他在周围寻找，发现白色花蓓蓓乘着的花朵的花瓣少了一片，导致它无法飞起来。小豪等人为了帮丢失花瓣的白色花蓓蓓寻找新花，来到了当初收服花蓓蓓的卡洛斯地区，展开旅途。

君莎和德克刑警到访樱木研究所。不知为何，枯叶市的住宅连续发生了多起电力被盗案件，他们想要调查研究所里的电属性宝可梦来确认那个犯人。在来电汪等电属性宝可梦被怀疑的情况下，小智的皮卡丘被当作犯人逮捕了

小智和小豪久违地来到位于真新镇的大木研究所。小豪从大木博士那听说正式的探寻梦幻的队伍“梦幻计划”正在招募成员。另一方面，小智得知寄放在研究所里的烈焰猴最近都没有露面，于是便跟小豪一起去寻找。在途中，他们竟然遇见了小智的童年玩伴兼劲敌的小茂。

小智、小豪、小春3人来到宝可梦中心。在那里，顽皮的敲音猴和伊布令3人感到很伤脑筋。小豪和小春无奈地说敲音猴和伊布“明明是个好孩子！”。看着它们两个，小智提议让它们一起去帮忙跑腿。它们第一次去跑腿会不会顺利呢？

住在火箭队基地的莫鲁贝可一如既往地贪吃，它把武藏留着的蛋糕和小次郎藏在金库里的粮食全都吃光了，最近的食量也变得更大。火箭队三人组认为这样下去无法完成火箭队的使命，于是考虑将莫鲁贝可放归野生环境…!?

某天，小豪收到了来自“梦幻计划”的邮件，内容是让他前往位于天冠山山脚的研究所。小豪和小智立刻来到研究所，终于被告知了小豪的首个任务，那就是“到天冠山北部广阔的冰川地带收服阿罗拉九尾”。小豪究竟能不能完成任务呢?!

小智、小豪、小春3人得知发现齿轮儿的新进化形的情报，来到了合众地区的帆巴市。在那里，他们发现了通往地下的洞穴。敲音猴和伊布兴致勃勃地跳了进去，小智等人也只好跟上，发现里面简直像迷宫一样。追着小智的皮卡丘的火箭队也跳进洞里，一同遭遇大混乱······!?

来到伽勒尔地区的小智和小豪遇到了默契不佳的列阵兵。因为意外，列阵兵的队长和小兵们失散了，小豪帮助队长，小智帮助小兵们。但是作为队长的列阵兵，好像因为不能很好地指挥其余列阵兵他们而感到失落……！？

小智和小豪得知神奥地区连续发生了人们因噩梦无法入眠的事件，他们为了调查这是不是有能力让人做噩梦的宝可梦达克莱伊的原因而前往当地调查。另一方面，独自来到神奥地区旅行的小春遇到了以前与小智一起旅行的同伴小光以及波加曼！

小光与来到神奥地区旅行的小春进入某个森林后，竟然发现了遍体鳞伤的克雷色利亚。治疗完克雷色利亚，总算入睡的2人做了达克莱伊和克雷色利亚相遇的不可思议的梦。她们从梦中醒来，和克雷色利亚一同度过了一段时间之后，达克莱伊突然在那里出现，事态一触即发!?另一方面，小智和小豪也追着达克莱伊来到了森林里…

小智和小智得知阿罗拉地区将要举办一场一边收服宝可梦一边以终点为目标前进的“宝可梦收服冒险竞跑”，于是决定参加。崇拜小智，能使用Ｚ招式的全力兄弟也参加了比赛。但是，他们的Ｚ招式好像让小智想到了什么事情…？

小智升级到宝可梦世界锦标赛高级级，他的高级级初战对手是神奥地区滨海市的道馆馆主电次！面对曾经展开过激战的强力电属性使者电次，小智拿出Ｚ手环一决胜负！

小智和小豪作为研究人员，迄今为止收集的宝可梦数据消失了，两人试图找到凶手...

小春和伊布为了去见太阳伊布和月亮伊布，而前往城都地区的日食城。

小豪因首次收到梦幻计划的选拔任务，而与小智再次来到合众地区的沙漠地带度假地。小豪成功得到火神蛾的黄金鳞粉，并上交梦幻计划获得图章。

小豪刚收服异色霹雳电球后，遇到一位“蓝色宝可狂热迷”阿贝尔，他们和阿贝尔一起进行蓝活(与蓝色宝可梦有关的活动)时，却遇到了阿贝尔的死对头布鲁塔斯，接下来会有什么样的发展呢?小豪刚收服异色霹雳电球后，遇到一位“蓝色宝可狂热迷”阿贝尔，他们和阿贝尔一起进行蓝活(与蓝色宝可梦有关的活动)时，却遇到了阿贝尔的死对头布鲁塔斯，接下来会有什么样的发展呢?

小智因收到波普菈的来电邀请，与小豪和小春来到伽勒尔地区参加霜奶仙满满蛋糕装饰大赛。小智与小豪再次遇见丹帝和奇巴纳，小豪收服了小仙奶，并旋转进化成了霜奶仙。小智在蛋糕装饰大赛中获胜，并与波普菈进行对战，最终因小智的皮卡丘吃了霜奶仙的超极巨幸福圆满无法对战，导致比赛中断。

竹兰为了调查夜晚的现象来到城都地区，小智与小豪也正好来到城都地区调查。小豪收服了黑暗鸦，小智与小豪与竹兰见面。

小智为了赢得接下来宝可梦世界锦标赛的高级级和大师级比赛，而与小豪再次来到卡洛斯地区访问可尔妮，让路卡利欧成为超级进化。可尔妮赠与小智钥石，并帮助小智前往超级岛屿挑战超级进化仙人获得路卡利欧进化石。小豪收服喷火驼，小智和小豪得知超级进化仙人的真面目就是可可布尔。小智收到宝可梦世界锦标赛高级级的通知，并得知对手为位于第30名的彩豆。

小智和小豪再次来到伽勒尔地区，小智与彩豆进行宝可梦世界锦标赛高级级对战。

在双方一步也不退让的情况下，最后是小智的路卡利欧VS彩豆的怪力一对一的比赛！

面对怪力的超极巨化，小智用超级路卡利欧来对抗！

劲敌决战的激战结果会如何！

为了观看小豪和小春的演讲，小智和他们一起去到了学校。

那天，一个带着冰伊布的女孩蕾吉娜转学到了班级。

对于第一次看到的冰伊布，小春的伊布它们很感兴趣。

但是警惕性很强的冰伊布为了保护蕾吉娜，对学校的学生们使出了暴风雪... ... !

小豪因收到梦幻计划的入队测验，而与小智再次来到丰缘地区。小智再次与源治见面，小豪首次与源治见面。小豪收服了小智和小豪作为研究人员，迄今为止收集的宝可梦数据消失了，两人试图找到凶手...巨牙鲨和刺龙王，并通过梦幻计划的第二个入队测试。阿剑和朝日发现雷吉洛克。

小智、小豪与小春再次来到神奥地区，并再次与小光碰面。因为另一个世界的火箭队抓走路卡利欧和千面避役，小豪与小光进入到另一个世界，而与小智和小春分散。小智和小春以及火箭队三人组分别进入到另一个世界。

小智和他的同伴们正在进行调查，以解开神奥地区一系列宝可梦被拐走事件的谜团。

在调查过程中，来到了另一个世界，和他们所处的世界一模一样。

在那个世界里，宝可梦和人类的时间回退到了过去。

据说事件可能与掌管时空的传说宝可梦帕路奇亚和帝牙卢卡有关... ... ？

小智他们能拯救神奥地区的危机吗?