在关都地区的某个森林里，有一只孤独的皮丘。那只还年幼的皮丘，被一只袋兽妈妈捡到并收养了，之后皮丘便与袋兽妈妈和小袋兽宝宝愉快的生活在一起。时间慢慢过去，皮丘和小袋兽宝宝都长大了，这时皮丘意识到自己可能是袋兽母子的累赘。意识到这点后，它便在一个夜晚悄悄地离开了袋兽母子。在月光下，皮丘进化为了皮卡丘。

小智和皮卡丘跟大木博士一起了去在关都地区的枯叶市新设立的樱木研究所。在研究所，他们听说了传说的宝可梦出现在枯叶港的情报。小智他们为了跟它对战而前往港口，与此同时，一个来自枯叶市的叫做小豪的少年也确定了传说的宝可梦的身份，于是他也前往了港口……

小智和小豪已经成为了关都地区枯叶市的樱木研究所的特别研究员，他们的第一个任务就是去调查在城市里的妙蛙草的大行进。他们一进城，就看到所有的妙蛙草都走向某个地方。小智和小豪将要去发现有关妙蛙种子、妙蛙草和妙蛙花的秘密！

小智和小豪听说在伽勒尔地区的宝可梦有巨大化现象，为了去调查这个不可思议的现象，他们两个马上前往伽勒尔地区。抵达伽勒尔地区后，对美丽的宫门市和著名的司康饼着迷的两个人，与在这城市中恶作剧的陌生宝可梦们相会。

为了调查宝可梦的巨大化现象，小智和小豪来到了伽勒尔地区。在与宁静的草原相连的旷野地带，他们遇到了特别巨大的卡比兽。另一方面，二人在宫门市遇到的宝可梦・炎兔儿，也追着小豪来到了旷野地带……

首次收服到宝可梦炎兔儿的小豪，以收服为目标的他要进一步的收服更多宝可梦而与小智一起到枯叶森林去。由陷入苦战的的绿毛虫收服开始，小豪接连收服虫属性宝可梦。小豪是否能收服到关都地区的所有虫属性宝可梦吗!?

小智与小豪前往丰缘地区参加对战大会“对战开拓区・玻璃哨大会”。首次挑战宝可梦对战的小豪的对手是来自釜炎镇的焙志。要对付焙志派出的大狼犬，小豪须以良好属性的攻击来进行挑战。另一方面，小智展现出连战连胜的快速进攻。这样的小智将派出最重要的难道是那只宝可梦!?

在枯叶市的港口小智和小豪遇见了一只消瘦憔悴的波加曼。将波加曼带回研究所后，从波加曼的训练家美崎那接受了寻找行踪的委托。没想到这只波加曼是从神奥地区游泳过来的。为了将波加曼送回美崎的身边，小智和小豪向着神奥地区出发了！

城都地区的圆朱市报道了目击到传说的宝可梦・凤王的相关情报。小智和小豪前往圆朱市一探究竟，却立刻就发现了形似凤王的宝可梦！然而那是少年克里欧制作的假凤王。似乎克里欧之所以会这么做，是因为他无论如何都想让祖父杰伊看到凤王。那么真正的凤王究竟能否出现呢？

小智与小豪从樱木博士那里得知了“据说有座快龙们栖息的岛屿”的传闻，为了寻找那座岛屿他们踏上了旅途。搭乘途中小豪收服的白海狮出海的两人卷入了突如其来的暴风雨，被海浪冲走了。当两人在某座岛的海岸醒来时，出现在他们面前的是数量繁多的快龙们……

虽然有身为宝可梦博士的父亲，但小春本人对宝可梦却很冷淡。尽管家里的来电汪与小春很亲近，但周遭充斥着“博士的女儿喜欢宝可梦是理所应当的吧”这样刻板的声音，对此小春很是心怀芥蒂。就在这时，樱木研究所出现了一只让大家头疼的谜之耿鬼……

从樱木博士那里听说角逐世界最强宝可梦训练家的大会“宝可梦世界锦标赛”，得到决赛门票的小智与小豪，为了能够第一时间见证这一刻，两人前往场馆所在地的伽勒尔地区。决赛双方是制霸关都地区四天王杯的阿渡和伽勒尔地区未尝败绩的超级明星丹帝。无败之男·丹帝的实力究竟如何？

宝可梦对战大会的决赛后，在体育场上，小智和小豪对面的暴噬龟极巨化了，这时小智的皮卡丘被红光所包围……！？

小智和小豪为了调查沙漠地带度假地发现的巨神遗迹前往合众地区，两人能否解开遗迹之谜呢！？

由于樱木研究所的骚乱，小豪久违地回到父母和祖母的家，然而久违的重逢只有一瞬间，小豪的父母因为急事要晚些回来。这期间在家附近的公园发现被猴怪袭击的卡拉卡拉的小豪，和炎兔儿一起帮助卡拉卡拉，但是卡拉卡拉重要的骨头被猴怪拿走了。小豪决定和宝可梦一起找卡拉卡拉的骨头……

最近在樱木研究所中发生了物品被破坏、房间被弄得一团糟等不可思议的事件。这些事件的犯人竟然就是以前出现在研究所的耿鬼。小智与小豪下定决心要把耿鬼给收服。但就在这时，小智险些摔下台阶、误饮花瓶中的水……小智突然变得奇怪，难道是被耿鬼给诅咒了？

小智和小豪在樱木公园练习着战斗，此时达摩狒狒却过来挑衅道“试着使出火属性招式吧”。小豪和他的搭档炎兔儿受到了挑战。炎兔儿想使出火花却不是很熟练，结果被达摩狒狒当作笨蛋嘲笑了。一边是因为不甘心而不断练习着招式的炎兔儿，而另一边是抱着“火花不能用的话就用现在能用的招式战斗就可以了”这种想法的小豪。两人的想法出现了分歧，不知不觉就吵了起来……

以世界最强的宝可梦训练家的王者丹帝的对战为目标，小智决定要挑战“宝可梦世界锦标赛”。值得纪念的初战对手是受枯叶道馆的道馆馆主马志士所托而看守道馆的擅长使用电属性招式的毕斯凯斯。2对2的宝可梦对战，首先是毕斯凯斯的雷丘对上小智的皮卡丘，到底胜负结果为何？

为了推荐女星武藏而来到电影的拍摄地的火箭队。在那边有个无法顺利变身让导演愤怒与低落的百变怪。由拍摄地逃出的百变怪，不知什么时候躲入武藏的包包里而被带到火箭队的据点。在那边武藏发出“女演员要重新训练百变怪”的宣言。就在这时，小智与小豪也在寻找不见的百变怪。

在樱木研究所举办的“宝可梦定向越野赛”中，小智与小豪担任领导。与参赛的孩子们一起愉快的进行宝可梦对战与收服的两个人，重新再次确认每个未完的梦想。在那边，洛奇亚又出现了！？

宝可梦的蛋仍然有许多的谜团，这让从来没有看过宝可梦蛋的小豪很感兴趣，因此他和小智马上去寻找，但是宝可梦的蛋不是那么容易就可以找到。在他们寻找的时候，他们在宝可梦中心遇到了一颗不可思议的蛋。这颗宝可梦蛋是从别的地方辗转过来的，并且无论如何都无法孵化出宝可梦。宝可梦中心的乔伊决定把这颗宝可梦蛋交给小智，并让他照顾这颗蛋，里面的宝可梦能否顺利孵化出来呢？

为了调查狩猎凤蝶迁徙的现象，小智和小豪来到了丰缘地区的未白镇。在那里，小豪邀请腾蹴小将一起去捕捉刺尾虫，腾蹴小将却视若无睹。这件事让小豪备受打击。这天晚上，腾蹴小将从他们借宿的宝可梦中心溜了出去。

在樱木公园中，宝可梦的食物不知不觉中消失了！？饿着肚子的宝可梦们开始吵架了！为了抓住犯人，小智和小豪决定夜晚留在樱木公园中。在愈演愈烈的宝可梦们的打斗中，盾甲茧它们出现了进化的征兆。然后，想要保护盾甲茧它们免受骚动的泥偶巨人胸前的封印脱落了。泥偶巨人开始暴走，整个公园陷入了大危机！

火箭队的老大坂木命令火箭队的每个人都休假。火箭队三人组的各位在神奥地区的湖畔高级宾馆度假悠闲放松的时候，偶然遇到小智与小豪来调查。说着“这是一个抓住皮卡丘的好机会！”并热血沸腾的火箭队三人组，但在这里工作的话就是违反命令。就在这时，坂木的秘书真鸟率领火箭队的精锐部队出现，夺走了岛上的宝可梦。火箭队三人组隐瞒了身份，协助了小智他们！？

小豪报名参加了“鲤鱼王跳高大会”。但是小豪的鲤鱼王胖乎乎的，好像怎么也拿不了优胜。于是小豪参考了大会的绝对王者春旺的肌肉训练动画，开始了对鲤鱼王的特训。

小智和小豪来到了呆呆兽之岛，那里放眼望去到处都是呆呆兽。接着呆呆王的出现，让小智发生了神秘的变化。

为了观看大型比赛宝可梦世界锦标赛的正式比赛，小智与小豪来到了伽勒尔地区，两人对前八名所属的大师级之间的对决充满期待，十分兴奋。备受瞩目的对战力第一名、小智的目标——最强王者丹帝和他的对手伽勒尔地区的龙之道馆的道馆馆主奇巴纳之间的战斗，热血男儿们的战斗现在开始了。

继续停留在伽勒尔地区的小智与小豪，他们在那里遇到了胆小爱哭的宝可梦泪眼蜥。泪眼蜥很害怕，马上就哭了。由于眼泪中含有的成分影响，小智他们的眼泪也止不住了。泪眼蜥一碰到水就消失了，小智他们的眼泪也止住了，但泪眼蜥的身影却消失了。与此同时，火箭队也来到了伽勒尔地区。

樱木博士一家今天依然过着跟往常一样的日子。这次，身为家中一份子的来电汪，发现了一只受伤的豆豆鸽，便把它带回了家里。小春与苍太在照顾豆豆鸽的过程中，被它那可爱的样子深深吸引，这让来电汪心生醋意……？

在赢得了宝可梦世界锦标赛的官方比赛以后，波纹宝可梦利欧路感觉很开心。但小智只顾着训练利欧路，而使感到被冷落的皮卡丘忍耐到了极限，最终决定离开樱木研究所。魔墙人偶追上它，尝试着劝它回去，但皮卡丘却心意已决。皮卡丘与魔墙人偶，这两只宝可梦的奇妙旅行会通往何方？

苍太找到小智和小豪寻求帮助，他告诉两人他的朋友波美非常难过，因为大家都说她的宝可梦一点都不可爱。这只宝可梦是一只丑丑鱼，据说它是世界上最丑的宝可梦。然而，波美和丑丑鱼的目标是想在水属性宝可梦友好华丽大赛中获胜。事实上，丑丑鱼隐藏著一个惊人的秘密。

三年前，小豪在城都地区的桧皮镇的一次家庭旅行中遇到了一名叫做时畅的男孩，时畅正在寻找幻之宝可梦时拉比，两位志同道合的男孩决定一起去寻找时拉比的踪迹，但时拉比并不是那么容易就能被找到的，他们最后只好各自回家，并相约隔天见面继续寻找，但到了当天时畅并未出现在他们约好见面的地点。时过境迁，当小豪再次拜访桧皮镇时，他们重逢了...

小智和小豪来到了在枯叶市的宝可梦中心举办的“宝可梦交换活动”。二人在那里遇见了想要凯罗斯的训练家、自称“神奥虫宝可女王”的帅蜜。小豪不舍得自己的凯罗斯，决定帮助帅蜜寻找野生的凯罗斯来进行交换。帅蜜利用她的特制甜甜蜜实行引诱凯罗斯出来的作战。不料，被引诱出来的却不是凯罗斯，那些家伙是！？

为了寻找宝可梦世界锦标赛的下一个对手，小智和小豪因而造访了位于金黄市的格斗道场。虽然小智很想挑战道场的主人空手道大王，但空手道大王正在和其他挑战者进行宝可梦对战。前去观战的小智和小豪看到的却是空手道大王败北的身影！挑战者是来自伽勒尔地区的格斗道馆馆主·彩豆和她的搭档·八爪武师。小智向彩豆提出了挑战！

看着小智与皮卡丘，小豪突然也想收服皮卡丘。从樱木所长那里得知在某个地方大量出现皮卡丘的消息后，小豪立刻决定前往那里。在那里，小豪遇见了以喜欢照顾同伴的雌性皮卡丘为首的大量皮卡丘。皮卡丘们从岩壁上凿出了雷之石，想要使用这股力量进化成雷丘。在这种情况下，小智的皮卡丘也散发出了进化的光芒……

自小智和彩豆的对战以来，小智一直在正式对战中处于失调的状态。在这种情况下，丰缘地区的紫堇市发生了奇怪的巨大沙暴。据说这场沙暴会发出美妙的歌声吸引人们进入。为了确认是不是未知的宝可梦引发的事件，小智与小豪前往当地进行调查。挑战沙暴谜团的两人不久便和强大的宝可梦·沙漠蜻蜓战斗。小智被沙漠蜻蜓的速度所摆布，而小豪则实施了惊奇的作战！

小智与小豪为了收服“阿罗拉的样子”的椰蛋树而来到了阿罗拉地区的美乐美乐岛。小智之后还与库库伊博士以及过去在宝可梦学校的大家和宝可梦们再会。对小豪来说，这是他第一次与大家见面，因而显得有些紧张。在大家于宝可梦学校为两人举办的欢迎派对上，小智的同学卡奇对小豪说“想看清楚你是否适合作为小智的劲敌！”，而向他提出进行宝可梦对战的挑战。小豪决定接受这场挑战！！

小智与小豪参观了在深灰市的科学博物馆举办的“大化石宝可梦展”，小春也为了完成学校的自由研究而一起来到了这里。三人决定参加只要挖到状态完好的化石就能将其复活成宝可梦的充满浪漫的“挖掘化石体验”。为了收服化石宝可梦，全神贯注地寻找化石的小豪挖到了携带古代宝可梦遗传因子的“秘密琥珀”。究竟会是怎样的宝可梦被复活呢？

小智为了与在宝可梦世界锦标赛的正式对战上将他完全打败的伽勒尔地区的道馆馆主·彩豆再战，造访了她在城都地区湛蓝道馆的修行地点。彩豆接受了小智的挑战，在小豪和湛蓝道馆的道馆馆主·阿四的见证下，对战开始了。充满复仇心的小智和利欧路面对上次使他们完全落败的八爪武师的“蛸固”，尝试了某种破解方法。胜负的走向究竟会如何发展呢？

蓝天白云的好天气。突然有一朵巨大的雷云正迫近在樱木研究所开心地享用刨冰的小智等人。他们侦测到强大的生物能量，竟得知传说的宝可梦・闪电鸟可能就在附近。在樱木研究所周边不断停电的情况下，小智与小豪因为小豪的“灵光一闪”而来到某个地方，成功遇到闪电鸟。立刻挑起对战但敌不过对手的两人决定跟在场的令人意想不到的“帮手”合作进行一场团体战!!

火箭队的喵喵突然病倒了！一直依赖喵喵翻译“小智的皮卡丘在说什么”的武藏和小次郎决定借此机会进行特训让自己也能理解皮卡丘的语言。他们一边看着偷拍的皮卡丘的影片，一边朗读台词配音。

小智与小豪在雨后的森林里遇到一只被埋在地里动弹不得的沼跃鱼，正当他们打算想办法帮助沼跃鱼脱身的时候，出现了一只乐天河童。

一天夜里，小智看到他从伽勒尔地区最强的训练家丹帝那里得到的极巨腕带自然地发出了光芒。另一方面，在伽勒尔地区，本来不可能的地方发生了宝可梦极巨化的现象。为了解开极巨腕带的谜团，小智与小豪前往伽勒尔地区打算拜访研究极巨化的第一人木兰博士。但途中两人在被浓雾笼罩的森林里走散，遇到了不可思议的宝可梦们。

在伽勒尔地区，小智和小豪正在分头行动。小智与丹帝一同成功制止了在矿山大闹的超极巨化巨炭山，并遇见来到这里视察的马洛科蒙集团的总裁洛兹。另一方面，偶然重逢的小豪和探索伽勒尔地区的英雄传说的索妮亚一起来到住在木杆镇的木兰博士那里。身为索妮亚祖母的博士所告诉他们的是有关极巨化的秘密!!

为了解开英雄传说之谜而来到溯传镇遗迹的小豪和索妮亚遭遇可疑男子的袭击，在双方进行极巨化对战的过程中，在因冲击而毁坏的壁画深处，他们发现了某两只宝可梦的石像。小豪跟小智通话，告诉他关于英雄传说的新的真相。与此同时，拳关市出现了巨大的冲击和红色光芒！洛兹一直在暗中助其复活的传说的宝可梦・无极汰那，终于飞了出去!!

朝着传说的宝可梦・无极汰那的方向前进的小智和小豪，分别遭到洛兹和奥利薇的阻挠，展开对战。千钧一发之际，小智的利欧路和小豪的腾蹴小将发生了变化…!?另一方面，先一步与无极汰那展开对峙的丹帝，跟它进行了激烈的交战。终于，无极汰那提升力量变为最终形态。在穷途末路的小智和小豪面前，那些宝可梦出现了!!

在远海的孤岛・虚无岛发现了被认为是梦幻的精神能量！小智与小豪满怀期待地前去调查，两人为了找到梦幻，一边和宝可梦相互协作，一边在严酷的岛上前进。在冒险的尽头，他们遇到的是梦幻…不，是超梦！小智与小豪赌上“梦想”的对战，就此开始!!

小豪和贪心栗鼠决定参加在枯叶市举办的“宝可梦大胃王大赛”，在上届大赛的冠军卡比兽以及世界大胃王界的传说火焰鸡等众多强敌云集的情况下，小豪以赢得冠军为目标采取了出人意料的策略。但是，混入工作人员中的火箭队却在密谋着什么……!?

小智与小豪来到了合众地区的飞云市。为了抓到皮卡丘抢先一步抵达这里的火箭队，企图用跟皮卡丘长得一模一样的秘藏机器“差不多皮卡丘”跟皮卡丘掉包。目击到这一幕的闪焰王牌和路卡利欧于是开始对火箭队进行追击，这两只宝可梦的奇妙旅途就此展开。