一天晚上，小智有个不可思议的梦。第二天早上上学时，小智遇到了一个从未实际见过的宝可梦！这是小智在梦中照顾过并立下约定的宝可梦。捡到的这个宝可梦是在洛托姆图鉴中完全没有记载的谜之宝可梦。小智并不知道该如何照顾这只宝可梦，因此和宝可梦学校的同学们陷入了苦恼中。

小智和宝可梦学校的同学们费尽心思地照顾着捡到的宝可梦小星云，非常辛苦。令人惊讶的是，小星云竟然能够瞬间移动！令小智等人更加辛苦的是，小星云将他们瞬间移动了･･･

小智等人收到邀请，来到了收纳受伤宝可梦的保护设施以太乐园，对于遇到保护设施内的众多宝可梦而感到兴奋。然而在那里却发生了意外，一只百变怪逃走了。小智等人努力寻找，但却没有找到･･･

有一天的午后，发生了意想不到的事情，小智与莉莉艾的哥哥格拉吉欧再次相遇了。格拉吉欧身边带着一只陌生的宝可梦，但是这只宝可梦却不太想见生人。这其中的原因竟然与格拉吉欧的过去有关？

今天是开心快乐的住宿会的日子，宝可梦学校的同学们来到了库库伊博士的家里。大家一起打游戏、吃饭，住宿会的场面很是热闹。在大家都入睡后，意想不到的事情发生了。

莉莉艾想要找回过去的记忆，以知道自己不敢触碰宝可梦的原因。小星云使用了瞬间移动，将莉莉艾和小智传送到记忆中的地点。莉莉艾开始逐渐克服了内心的恐惧･･･。

恢复了过去记忆的莉莉艾，生活很是充实。但在这背后，扎奥博因为工作失败被暴露而处于不利的状态。为了逆转这一局面，扎奥博划诱拐小星云实行他的秘密计划!!

在以太基金会事件之后，小星云不再移动了。这时更大的问题发生了！莉莉艾和他的哥哥格拉吉欧一样离家出走了。面对接踵而来的问题，小智决定与岛屿之王哈拉商谈。

为了见到传说中的宝可梦索尔迦雷欧，小智等人前往波尼岛的日轮祭坛。在那里，索尔迦雷欧并没有出现，等待着小智等人的竟然是阿罗拉地区的四位岛屿守护神。在惊讶的小智等人面前，守护神们采取了行动･･･!?

借助了索尔迦雷欧的力量，小智等人穿越了究极之洞，到达的是究极异兽所居住的世界！小智等人试图救出露莎米奈，但是挡在他们面前的是被究极异兽操控的宝可梦们！

为了将露莎米奈救出，小智等人继续战斗，一直没有放弃。然而，本应倒下的露莎米奈的宝可梦们再次复活，小智等人陷入了大危机！结果到底会如何呢？

宝可梦学校的大家终于解决了究极异兽的事件，生活又回到了安宁。直到有一天，库库伊博士告诉了小智一件重要的事情･･･。

宝可梦学校的同学们进行着战斗的练习，这时大木博士来到了宝可梦学校。这次，大木博士带来了树枕尾熊，树枕尾熊和胖丁发生了一段很有趣而又意想不到的故事。

今天是宝可梦学校的休息日，库库伊博士、芭内特博士与小智一起出门，将看家的任务留给了洛托姆。不过，因为意想不到的事情，洛托姆的形态改变了，变成了清洗状态，随后又变成了旋转状态和加热状态…。洛托姆最后能平安无事地回到原来的样子吗!?

火箭队与好坏星的初恋对象超坏星见面了！知道这一情况的小次郎打算成全超坏星与好坏星的恋情。这段恋情最终的去向是!?

有一天，在森林里迷路的诗婷和诗涵被神秘的宝可梦所解救。玛奥和水莲回忆起了他们也曾被称作“森林中的老爷爷”的同一只宝可梦所解救过。于是，小智等人为了表示感谢而前往森林，他们能够成功见到“森林中的老爷爷”吗…!?

在拉纳基拉山，小智等人看到了一片广阔无垠的世界，因而感到十分兴奋。小智等人与雪上运动专家莎拉相遇了。受到莎拉的邀请，小智等人参加了宝可雪橇跳跃大会！到底谁能够获得大会的冠军呢？

花园上突然出现了究极异兽！在露莎米奈的指示下，小智等人出动了。目的自然不必说，捕获究极异兽，并将它们送回原来的世界！果然第一次出动的结果是…!?

因为武藏吃了它特意留存的重要冰淇淋，喵喵一气之下从秘密基地跑了出去。在那里，喵喵偶然遇到了阿罗拉・喵喵。阿罗拉・喵喵很机灵，因此武藏和小次郎想把它也纳入火箭队。但是喵喵却是竭力大反对…!?

阿罗拉地区有着传统的四人对战，名曰皇家对战，在电视上看到这一战斗形式的小智很是兴奋，想前往会场参加。于是，小智与皇家队战中曾获得全胜的蒙面训练家皇家蒙面人发起了挑战。最终获得胜利的会是谁！

小智和皮卡丘在进入市场时，与始终在争夺的宝可梦投掷猴相遇了。投掷猴看起来像是在不同的岛屿上争斗着以决定谁才是老大。小智觉得不能对输掉战斗的投掷猴视而不见，向其他投掷猴展示力量吧…

有一天，小智等人在宝可梦学校进行着对战练习，毕业生伊利马到访了。据认识他的玛奥等人说，伊利马是宝可梦学校开办以来的秀才，有着种种传说。为了确认传说的真实性，小智等人与伊利马见面了。到底是什么样的传说呢!?

今天宝可梦学校的授课内容是，学生们去参观宝可梦乒乓大会！在特别讲师伊利马的鼓励下，小智等人也尝试了这一运动。在前次比赛中伊利马失败了。在这次比赛中，伊利马会获得冠军吗??

在宝可梦妖怪学校的课堂上，皮卡丘的前面出现了一个神奇的宝可梦!?这只宝可梦似乎很在意皮卡丘，就带上皮卡丘去了宝可梦学校的外面。发现皮卡丘失踪了的小智慌慌张张地寻找，但是与此同时火箭队也出现了…

今天宝可梦学校的大家迎来了宝可梦中心的职业体验日。然而，在宝可梦中心工作的乔伊小姐感冒了。小智等人决定代替乔伊小姐努力工作！在那里，骷髅队突然出现了…

有一天马玛内在与家人露营时，在竹林里发现了被埋没了的神秘的银色金属（？）。马玛内和托戈德玛尔一起挖出来一看，发现了如同脸一般的东西。马玛内认为，这或许是在自己喜欢的故事“星船辉夜”中登场的辉夜…

在卡奇的牧场里出现了一个自称是布尔甘的男人，其自称要买下牧场并建造一家度假酒店。卡奇们拒绝了这个男人的邀请，随后这个男人便以各种手段骚扰卡奇的牧场。愤怒的卡奇们开始向这个男人宣战…

在美乐美乐岛的某个森林中。野生的滴蛛开始了它的旅程，动身去寻找水源。滴蛛在旅行中有着各种各样的经历，如在外面的世界第一次看到大海，又如在和其他滴蛛在争夺水源的战斗中败北。在那样的情况下，滴蛛和偶然的水莲恋爱了！？

在进行着料理修行之旅的玛奥的哥哥乌鲁，突然回到了老家的艾纳餐馆。乌鲁，是为了参加在阿罗拉地区举办的一年一度的“阿罗拉・面包节”而回来的，但是在这背后似乎有着什么隐情…。你预感会在艾纳餐馆发生什么事？

有一天，小次郎的好坏星学会了拍落这一恶属性的招式。因为先前已经获得了恶Z，所以火箭队一直在商议着得到Z手环的办法。火箭队从坂木那里听说去乌拉乌拉岛的岛屿之王那里，可能可以得到Z手环。火箭队、Z手环!?

小智等人继续挑战下一个岛屿，但是却没有找到任何前去的交通工具。在少女阿塞萝拉的帮助下，小智等人好不容易才到达岛上，这难道是对小智等人的考验吗？？

为了让宝可梦更强大，小智想请乌拉乌拉岛岛屿的守护神卡璞・哞哞协助特训。多亏了阿塞萝拉的指引，小智顺利地到达了卡璞・哞哞的身边，但是卡璞・哞哞却很难对付…

终于学会了Z招式的武藏，今天又来抓获皮卡丘了。面对从未遇到过的考验，小智和皮卡丘也通过训练变得更加强大。习得了Z招式的武藏和小智之间认真的战斗开始了！

最终，小智终于迎来了默丹的考验。乌拉乌拉岛的大考验是，用一只宝可梦连续打败三只宝可梦。小智和鬃岩狼人经历了特训后，能够在实战中发挥出特训的成果赢得考验吗！？

小智等人去了美乐美乐岛观赏烟花大会。偶然的情况下，看到了在节目中原本并未设置的谜一般的烟花（？）。第二天，小智等人在学校讨论这件事的时候，究极防卫队突然发出了紧急行动的指令。这似乎与谜一般的的烟花有关系、果然…

今天是宝可梦学校的学生们留宿学习的日子。在辉克拉尼天文台，观察着流星宝可梦小陨星。之后，小智等人遇到了一颗偶然陨落到地面的小陨星。这是一只能和小智等人友好相处的小陨星，实际上小陨星宝可梦有着一个秘密…

想要回到美乐美乐岛的小智等人，在一个自认为是捷径的洞窟中迷路，莉莉艾和大伙们走散了。在那里，莉莉艾遇到了阿罗拉穿山鼠。听说阿罗拉穿山鼠们似乎有想赢的人，莉莉艾想成为帮助它们的力量…。最终，小智等人能成功从洞窟中走出来吗!?

从电视上看到在阿罗拉地区大流行、在皇家对战中活跃的皇家蒙面人而兴奋的小智，和库库伊博士等人一同去会场看比赛。皇家蒙面人的对战对手使用了卑鄙的手段，无法忍受的小智和炎热喵一起上了擂台!?

某一天的宝可梦学校。同学们在库库伊博士的提议下举行了“宝可舞蹈”比赛。现在大家都在想和自己的搭档宝可梦合作的舞蹈，那到底会是怎样的展示会呢！？

今天宝可梦学校的课程上，以太乐园的扎奥博作为特别讲师。为了让同学们对科学感兴趣，扎奥博准备了无论是多大的机器启动开关后都能变小的机器。当扎奥博进行现场展示时，机器却不动了。刚想着机器终于发动了，小智却变小了…

有一天的傍晚。来到集市的小智、遇到了一位擅长画画的少女。她的名字叫茉莉，并且似乎能够通过绘画感受到宝可梦的心。当她第一眼看到毒贝比的时候，就知道毒贝比很喜欢画画。茉莉在毒贝比那里，还感受到了什么…。毒贝比的心情究竟是如何的？？

在宝可梦学校的操场上，出现了如同巨大跳箱一样的东西。小智等人原以为这是为了上课而准备的道具，于是立刻跳了起来…。这时收到了究极防卫队紧急出动请求！现场到底发生了什么事…！？

小智和他的宝可梦学校的伙伴们来到了宝可梦的度假温泉“宝可梦天堂度假村”。正当大家准备休息时，在那里瞄准了宝可梦的火箭队出现了…。

有一天早上，小智发现库库伊博士和芭内特博士一直没有精神。阿罗拉地区少有的阴天下，小智来到了宝可梦学校，在和同学们交谈时，听闻大家的父母也都没有精神。为了调查这个谜团，究极防卫队出动了。那里有新的成员出现！？

突然出现在究极防卫队面前的是露奈雅拉和另一个神秘的宝可梦。露奈雅拉与它展开了激烈的战斗，此时火箭队的特殊部队也登场了！另外，索尔迦雷欧也出现了…！露奈雅拉最终的命运会如何呢！？

为了拯救阿罗拉的危机，小智等人朝着究极之洞的另一面出发了。在那之前，等待着小智等人的是…。另外，火箭队的真正目的到底是什么呢？？围绕着阿罗拉的异变，各自的想法交错！！

究极防卫队终于找到了“光辉大神”的传说。但是，却不知道怎样才能拯救阿拉拉的危机…。小智们在烦恼的时候，卡璞・鸣鸣行动了！需要配合大家的力量，找回阿罗拉的和平！去吧！去吧，究极防卫队！！

小智等人来到了遍布着皮卡丘的“皮卡丘山谷”。在那里，小智等人遇到了一位非常喜欢皮卡丘的不可思议的女性皮卡菈。当小智被皮卡菈和山谷中的皮卡丘所欢迎时，瞄准皮卡丘的火箭队出现了…。