小智和皮卡丘前往阿罗拉地区旅行，自然资源丰富的阿罗拉地区也极具魅力。在那里，小智与新的宝可梦们相遇，并且了解到了宝可梦学校。兴奋不已的小智在夜晚被一个不可思议的声音所引导...

因为被阿罗拉地区所吸引，小智和皮卡丘选择留宿在库库伊博士家，并且进入宝可梦学校学习。有一天，小智的同班同学为小智举办了一场秘密欢迎会。在热闹的欢迎会上，阿罗拉地区的守护神卡璞・鸣鸣来访了...？

小智从库库伊博士那儿得到了一只被称为“洛托姆图鉴”的会说话的宝可梦图鉴，拿到图鉴后，小智带着皮卡丘和洛托姆图鉴与他的同学们一起兴高采烈地前往森林捕捉野生宝可梦。另一方面，火箭队三人组收到坂木的指令，也来到了阿罗拉。

小智一边在宝可梦学校上学，一边见识着阿罗拉地区的宝可梦。一天，小智遇到了一只饿着肚子的木木枭，为了收服木木枭而前往森林的小智一行人，在森林深处发现了小笃儿的巢穴！正当他们在观察木木枭与小笃儿的时候，火箭队突然出现了。

小智在宝可梦学校上学，这次课的内容是了解海洋中的宝可梦。库库伊博士作为特别讲师，宣布上课内容是钓鱼，可是小智没有钓竿。这时水莲提出可以到家里拿一支鱼竿借给小智，于是小智就跟着她走了。半路上，水莲突然在一个地方停了下来。

周末到了，库库伊博士要出门一趟，让小智一个人在家。因为木木枭害得小智的衣服被打湿了，小智试图顺便帮博士洗衣服，可是却弄得一团糟，自己做出来的料理也黑暗得吃不下。把冰箱的食物都用完的小智决定买点东西回去，于是小智来到了购物街，偶然看见了马玛内与托戈德玛尔。

小智等宝可梦学校的学生从大木校长那里接到了，照顾并观察在拉纳基拉山发现的宝可梦蛋的课题。夜间照顾蛋的任务被交由无法接触宝可梦的同学莉莉艾担当，小智决定到莉莉艾家里陪她一起照顾宝可梦蛋。原来莉莉艾的家居然是连对战场地都有的大豪宅。非常兴奋的小智与莉莉艾的管家进行了宝可梦对战。

阿罗拉地区流传着，要想成为独当一面的宝可梦训练家孩子们就要进行“诸岛巡礼”，小智也想要挑战诸岛巡礼。岛上的田地发生了因拉达和小拉达而荒芜的事件，小智因此前去与岛上颇有声望，同时也是自己将要挑战的诸岛巡礼的关键人物——哈拉见面。小智很快向哈拉提出了挑战诸岛巡礼的请求，却被哈拉回绝道：“在此之前需要试试看是否有挑战诸岛巡礼的资格。

小智迎来了与岛屿之王哈拉的大考验。擅长使用格斗属性宝可梦的哈拉，其充满力量的战斗风格让小智感到棘手。另一方面，小智派出了皮卡丘和木木枭的组合迎战。在对战中，哈拉与铁掌力士使出了Z招式，小智也用Z招式还击。战斗的结果是？

宝可梦学校放假的日子来临了，小智一大早就和库库伊博士一起努力地进行Z招式的特训。之后偶然遇到了在父母家的牧场帮忙的卡奇，于是，小智为了与卡奇进行对战，决定去卡奇家帮忙，在那里遇到了各式各样的宝可梦！

在阿罗拉地区过着懒散又沉长的生活的火箭队，一天突然接到了本部的来电，被问到如今在阿罗拉地区的活动是否顺利。虽然勉强蒙混过关，但他们也深感如此下去不妙，于是决定要去捕捉新的宝可梦。于是火箭队来到了海边，而小智一行人恰好因为上课也来到了海边...

小智从同学玛奥那里得知附近将要举行宝可梦松饼竞速大赛，这是训练家与宝可梦协力在不弄倒的前提下以最快速度搬运堆积在盘子上的松饼的赛跑。颇有兴趣的小智与皮卡丘一同参加了比赛。可是，卫冕冠军诺雅的雷丘却似乎和皮卡丘较上了劲，处处挑衅皮卡丘，加上火箭队三人组前来捣乱，小智能顺利完成比赛么？

在大家的悉心照料之下，宝可梦蛋终于孵化了。小智等人非常兴奋。作为管理人一直努力至今的莉莉艾更是感动。但由于自己无法接触宝可梦，莉莉艾很快又消沉了下来。这天放学回家路上，火箭队盯上了带着白晃晃的莉莉艾...

一天晚上，回到家中的小智发现看家的岩狗狗居然受了伤。小智和库库伊博士对此十分吃惊，无人在家的时候岩狗狗是怎样行动的呢？为了找出它受伤的原因，小智在家中安装了监控，秘密监视着岩狗狗的动向。监控中的岩狗狗居然跑到了外面。慌忙追赶的小智，亲眼目睹了意外的景象。

这天，小智一行人与宝可梦们在海边玩耍。正当小智的木木枭与水莲的球球海狮一起进入水气球里玩闹时，突然一阵狂风吹来，木木枭与球球海狮连同气球一起被吹向了远方。两只宝可梦正因迷路困惑不已，这时野生的火斑喵出现了。看样子，火斑喵似乎能把两只带回原来的地方，只是这个时候火箭队出现了...

有一天，小智去了宝可梦学校后，发现了很麻烦的事情，贵重的电Z突然不见了，就在小智慌忙的寻找时，看到侦探剧阿罗拉侦探拉奇的洛托姆决定化身成侦探去寻找小智的电Z，然而电Z却出现在了...

小智等人受到了同班同学玛奥德邀请，去玛奥家里品尝玛奥家里所经营的餐厅的新菜单。然而，玛奥却为制作炖菜的特殊材料感到为难。在小智一行人的帮助下，玛奥找到了金黄色花蜜作为炖菜的材料，成功做出了新的菜品。

放学后，小智去了马玛内的家里。在听取马玛内意见的特训起到效果后，授予Z手环的不可思议的宝可梦再次出现了！为了测试小智的能力，第二次的对战马上就要开始了，小智的复仇即将开始。

有一天，小智听说了附近有一个俗称“宝岛”的小岛后，便和皮卡丘一起前往小岛探险。难得拥有了和皮卡丘两人共处的时间，小智和皮卡丘的牵绊也进一步加深了。在黄昏的时候，出现了悬浮在空中闪耀着光芒的宝可梦！？

又有一天，小智在路上和曾经遇见过的火斑喵再会了，在火斑喵的住处见到了和火斑喵共同生活的长毛狗的身影。与此同时，火斑喵向小智寻求帮助，长毛狗的身体状况似乎越来越差了...

小智在河边与同班同学卡奇进行了特训，发现了在沙子上移动的不可思议的铁锹。卡奇猜测了铁锹的主人。此时不可思议的事情发生了，铁锹竟然飞走了･･･！？

小智、库库伊博士以及小智的同班同学们一起去看演唱会，目标是DJ雷欧和他的阿罗拉三地鼠组合。通过偶然的事件，小智认识了这个组合。然而令人意想不到的是，第二天这个组合竟然宣布要解散!?

有一天休息日，小智很是烦恼。最近在宝可梦学校要举行开放日活动。意想不到的客人小智的妈妈花子也将到来，而小智将在活动上作为代表发言！这该如何是好？

火箭队依然追逐着小智的皮卡丘。有一天在宝可梦学校窥探宝可梦课程的火箭队，对小智使用的Z招式感到惊叹。为了能够尽快学习Z招式，火箭队前往寻找C纯晶。这时，同样看上纯晶的骷髅队出现了･･･火箭队和骷髅队，恶恶相碰!!

小智的同学马玛内的父母商议着搬家。一定要和学校的同学分手吗？郁闷的马玛内连上课也没了心思。对马玛内的状态感到担忧的小智等人展开了行动･･･？

小智在宝可梦学校休息的时间里，听到了在街巷中所出现的一个超强训练家的传言。小智决心一定要与他一战，传说中的训练家出现了！立即打算与之战斗的小智，莉莉艾却突然迎来･･･？

阿罗拉地区大受欢迎的体育活动宝可梦棒球赛，小智和皮卡丘对这一比赛大为兴奋！第二天，宝可梦学校的授课老师库库伊博士惊喜发表！今天的课程学习宝可梦棒球，而且是有名的职业选手奥鲁奥鲁来传授！白热化的比赛开幕了！谁能赢!!

小智和宝可梦学校的同学们利用休息日的时间前往森林中露营。他们烹饪料理、在河边玩耍、尽情享受露营。然而接下来，他们一个又一个接连倒地･･･这个森林有着这样的传说，有着不明物体会吸走人身上的能量･･･

小智如同往日一样前往宝可梦学校上学，库库伊博士提出了突然的发表，作为授课的一环，希望同学们将各自的宝可梦互换，以便能够对自己的伙伴之外的宝可梦也有所了解。皮卡丘前往了莉莉艾家，不过，莉莉艾却不敢触碰皮卡丘…

作为上课的一环，小智和他的同学们前往阿卡拉岛。这时一位皮肤黝黑的女性出现了，她的名字叫做丽姿，是岛屿的女王。小智和丽姿在一起前往岛屿的途中遇到了困难…!?

小智等人终于登上了阿卡拉岛。今日的课程是与宝可梦长毛狗一起寻找宝物。他们各自选好了作为搭档的长毛狗后开始寻找宝物，但是水莲选择的长毛狗却不愿听从她的话，陷入苦战的水莲能顺利找到宝物吗？

小智等人继续在阿卡拉岛享受时光。今天是自由活动的日子，小智和水莲去附近的池塘钓鱼。重量级的物品上钩了！但是太大了实在太难钓上来，加油！

小指等人参加了阿卡拉岛上的祭典活动。活动的主要内容是为宝可梦戴上维拉之冠。小智在即将为自己的宝可梦戴上维拉之冠的时候，突然出现的一个球状宝可梦将维拉之冠夺走了！

作为课外活动的一环，小智等人尝试了岛的传统料理，开始积极地收集料理所需要的食材。虽然面临着种种困难。但小智最终依然收集到了食材。这时，小智却收到了挑战!!

小智终于迎来了岛屿女王丽姿的大考验终于到来。丽姿的考验是2VS2的双打比赛，丽姿用巧妙的战术以及宝可梦压倒性的力量和速度压制着小智。这该如何是好？

丽姿的大考验结束之后，阿卡拉岛的课外授课也即将结束。一天晚上，小智的岩狗狗失踪了。小智慌张地寻找，当晚却没有找到。第二天，小智等人继续寻找岩狗狗，这时，某只宝可梦出现了!!

今天火箭队也依然以得到皮卡丘为目标，向小智发起了挑战。在战斗的时候，武藏与谜拟丘和同伴走散了。更为糟糕的是，谜拟丘的画皮破了。为难的武藏所采取的行动是･･･！？

玛奥的父亲经营的餐馆竟然迎来了电视节目的专访！采访过程中，开来了很多汽车，也迎来了很多位客人，餐厅陷入了繁忙的状态。这时，因为一点小事，玛奥和她的父亲争吵了起来，并离家出走了！

有一天，小智和水莲遇到了在海边进行精彩表演的花漾海狮和它的训练家。据说他们是在海洋上周游世界的旅人，为了寻找一只沉没的旧船而来。对此很感兴趣的智和水莲，决定和他们一起去找那只船。但是，火箭队出现了･･･

汽车拉力赛大受欢迎，其中有利用虫电宝作为汽车动力的拉力赛。小智和马玛内一起组队参加了比赛！但是，马玛内的虫电宝却始终跑不动･･･最后能够获胜吗？

宝可梦学校开展了成立20周年纪念典礼，小智久违地回到了关都地方。在那里，小智看到了怀念的宝可梦，也看到了小刚、小霞和大木博士，很是高兴。。然而意想不到的是，宝可梦们竟然在大木研究所里迷路了･･･。

课外授课依然在继续。今天是体验道馆挑战的课业，小刚和小霞作为特别的讲师。喜欢对战的小智和卡奇，向小刚和小霞提出了认真进行道观对战。小智、卡奇、小刚和小霞的对战开始了！