アローラ地方を旅行で訪れたサトシとピカチュウ。自然豊かなアローラ地方は未知の魅力がいっぱいだ。新しいポケモンやアローラ独自の姿を獲得したポケモンたちに出会い、ポケモンについて学べる学校、ポケモンスクールの存在もしる。大興奮のサトシがその夜、不思議な声に導かれ外に出てみると…！？

ポケモンスクールの先生であるククイ博士の家に居候し、ポケモンスクールに通うことになったサトシとピカチュウ。ある日、クラスメートがサトシのサプライズ歓迎会を開いてくれることに！大盛り上がりの歓迎会の最中、とつぜん島の守り神というポケモン、カプ・コケコがやってきて…？

ポケモンスクールの先生、ククイ博士から新しいポケモン図鑑を貰ったサトシ。なんとこのポケモン図鑑は、人間の言葉をしゃべる画期的なポケモン図鑑、その名も「ロトム図鑑」だという！サトシは早速アローラのポケモン初ゲットをめざし森へに出かけた。一方ロケット団がサカキの命令でアローラ地方へやってきていた！

ポケモンスクールに通いながらアローラ地方のポケモンゲットを目指すサトシ。ある日サトシは、お腹をすかせた、くさばねポケモンモクローと出会う。サトシがモクローをゲットしようと森を進んでいくと、そこはきつつきポケモン、ツツケラたちの巣だった！このモクローはツツケラたちと一緒に暮らしていたのだ。そこへロケット団が現れて…！？

ポケモンスクールに通うサトシ。今度の授業は海のポケモンに詳しいクラスメート、スイレンを特別講師として、海ライドポケモンにのっての釣り体験だ。夫々に釣りを楽しんだあとお昼休憩をとることに。午後もがんばるぞと気合を入れるサトシだったが、そこに突然現れた謎の影がポケモンたちに襲い掛かる！！

今日は一人で留守番をすることになったサトシ。昼ごはんを作ろうとしたがうまく料理が出来ず、食材を使い切ってしまった。近くのショッピングモールへ出かけることにしたのだが、そこでクラスメートのマーマネとまるまりポケモンのトゲデマルと出会う。買い物中、突然モールが停電になり、ポケモンたちとはぐれてしまった！！

ポケモンスクールに登校する途中でサトシは、野生のひねこポケモン、ニャビーに出会うが、自分のお弁当を奪われ逃げられてしまう。そんなニャビーを探していると、シャムネコポケモンペルシアンと争って傷ついている所に遭遇。家に連れて帰り、傷の手当てをする事に。だが、人に懐かないニャビーは逃げ出してしまう。後を追うとそこには…

ポケモンスクールのオーキド校長から、ラナキラマウンテンで発見されたタマゴを観察し育てる課題を出されたサトシたち。夜はポケモンにさわることができないクラスメートのリーリエが家でお世話をする事になる。サトシはリーリエの家に同行するが、そこはとても広いお屋敷だった。ポケモンたちが遊べる庭やバトルフィールドまで完備。そこでサトシはリーリエの執事とバトルする事に！

島の畑がラッタとコラッタによって荒らされるという事件が発生！そこでサトシはしまキング、ハラに出会う。有力者であり、サトシが挑戦する島めぐりのキーパーソンでもあるしまキングと出会いに決意を新たにしたサトシ。早速島めぐりへの挑戦を申し出る。ところがハラは、まず島めぐりへ挑む資格があるか試す必要があるという…

ついに迎えたしまキングハラとの大試練！かくとうタイプの使い手であるハラは、パワフルなバトルでサトシを苦しめる。対するサトシもピカチュウ、モクローと共に立ち向かう！バトル中、ハラはパートナーのハリテヤマと共にZワザを放つ！対するサトシもゼンリョクのZワザで応戦！ZワザとZワザの激突！果たして結果は？

ポケモンスクールがお休みの日、サトシは朝から担任のククイ博士とZワザの特訓をしていた。するとそこへクラスメートのカキがリザードンに乗って通りかかる。カキは実家の牧場の手伝いで配達をしているという。牧場に興味をもったサトシはカキの家に遊びにいくことにした。するとそこにはたくさんのポケモンたちが！！

ダラダラと怠惰な日々をおくるロケット団。するとそこへ本部から通信が。通信の内容はアローラ地方での活動が順調かどうかを確認するものだった。何とか取り繕ったロケット団だったが、このままではマズイと、新たなポケモンゲットを目指すことに。海辺へとやってきたロケット団だったが、丁度サトシたちも課外授業で近くを訪れていて…

あるときサトシは、クラスメートのマオから近々開催されるというパンケーキレースの話を聞く。このレースはトレーナーとポケモンが協力してお皿の上に積み上げられたパンケーキを、崩さずに早く運ぶ、というレースだという。興味をもったサトシはピカチュウと参加することに。大迫力のパンケーキレース、優勝するのはどのペアだ！？

皆でお世話をしてきたタマゴがついに孵った！大興奮のサトシたち。タマゴ係として頑張ってきたリーリエの感動はとても強いものだった。ところがリーリエはポケモンに触ることができない。落ち込むリーリエにサトシたちは、いつか触れる日がくるさと励ます。その日の放課後、家路につくリーリエを見つめる怪しい影が…

サトシがある夜帰宅すると、お留守番をしていたイワンコが傷ついていた！驚いたサトシとククイ博士は、留守の間にイワンコがどういった行動をしているのかを確認するために、監視カメラをしかけて観察することにした。ドキドキしながら見守っていると、何とイワンコが家を出てどこかへ消えていった、後をおいけかるとそこには！？

海辺で遊んでいたサトシたち。ふとしたひょうしに突風が吹き、モクローとアシマリを入れたバルーンがどこかへ飛んでいってしまった！迷子になった2匹の前に現れたのはやせいのニャビー。モクローとアシマリを送り届けることにしたニャビーだったが、そこへロケット団が現れて…！？

ある日、サトシがポケモンスクールに登校したら、大変なことに気がついた！何とカプ・コケコから貰った大切なデンキZが無くなってしまった！とても焦るサトシだったが、ロトムが探してくれるという。最近ロトムはアローラ地方でやっている探偵ドラマにはまっていて、名探偵のように謎を解決したいという。早速捜査にのりだしたロトムだったが？

クラスメートのマオに誘われ、彼女の家が営む食堂の新メニュー、幻のアローラシチューの試食をすることになったサトシたち。ところがマオは困り顔、なんでも幻のアローラシチューの完成にはやまぶきのミツが必要なのだが、今の時期はほとんど取れないという。諦めきれないサトシは、翌日マオと一緒にやまぶきのミツ探しに出かけるのだった…

放課後、クラスメートのマーマネの家に立ち寄ったサトシ。以前バトルをした伝説のポケモン、カプ・コケコにリベンジする為、でんきタイプに詳しいマーマネのアドバイスを受けようというのだ。マーマネの家で特訓をし、自信を深めたサトシとピカチュウ、するとそこにカプ・コケコが現れた！サトシ、リベンジなるか！？

ある日クラスのみんなとショッピングにきていたサトシは近くにあるという小島、通称たから島の話を聞く。さっそく探検に出かけたサトシは、ピカチュウと二人っきりで過ごす時間に、ピカチュウへの想いを改めて強くする。日も暮れてきたその時、上空に光輝く不思議なポケモンが現れた！？

街で買い物中のサトシ、するとそこへ以前出会ったニャビーを見かける。ニャビーをおってみるとそこにはニャビーを指導する年老いたムーランドの姿もあった。それから少しして、なんとあのニャビーがサトシに助けを求めてきた！なんと、あのムーランドの体調がとても悪いのだという…

サトシが浜辺でクラスメートのカキとバトルの特訓をしていると、砂の上を動き回る不思議なスコップを見つけた！カキによるとそれはスナバァというポケモンで、てっぺんに刺さっているスコップに触ると大変なことになるという。しかし、ひょんなことからスナバァのスコップが飛んでいってしまい、サトシに大変なことが…！？

クラスメートや、ククイ博士たちと音楽ライブにやってきたサトシたち、お目当てはダグトリオとトレーナーのＤＪレオによるユニット、通称ダグレオによるパフォーマンスだ。ひょんなことからＤＪレオと知り合ったサトシ達は、そこでダグトリオに憧れるディグダと出会う。あくる日、衝撃のニュースが、なんとダグトリオが解散するという！？

ある日の休日、サトシは悩んでいた。近々ポケモンスクールで、保護者や地域の人を招いてオープンスクールが行われるのだが、何とそこでサトシが発表を行うことになったのだ！そこへ思わぬ来客が、何とサトシのママがカントーからサトシの発表を見るためにやってきたのだ！どうするサトシ！？

サトシのピカチュウをつけねらうロケット団。ある日ポケモンスクールの授業を覗いていて、Ｚワザに衝撃をうける。早速Ｚワザを習得すべく、Ｚクリスタルをさがしはじめた。するとそこへ、アローラ地方で乱暴をはたらく、スカル団が現れて…ロケット団とスカル団、悪と悪がぶつかりあう！！

サトシのクラスメート、マーマネは、両親が引っ越しの相談をしているのを聞いてしまう。ポケモンスクールのみんなとお別れしなくちゃいけない！何とか心を強く保とうと思うマーマネだったが、落ち込んでしまいスクールの授業にも身が入らない。そんなマーマネの様子を心配したサトシたちがとった行動とは…？

サトシはポケモンスクールの休み時間中に、最近巷で噂になっている超強いなぞのルガルガン使いの話を耳にする。ぜひそのトレーナーとバトルしたいと思うサトシが街にでると、そこに噂のルガルガン使いが現れた！早速バトルをしようと話しかけるサトシだったが、そこへ突然リーリエがやってきて…？

アローラ地方で大人気のスポーツ、ポケベース。ＴＶでポケベースをみたサトシとピカチュウは大興奮！翌日のポケモンスクールの授業でククイ博士からサプライズ発表！なんと今日の授業はポケベースをやるという、しかも講師はプロのポケベース選手として有名なオルオル選手だ！白熱の試合が開幕！勝つのは誰だ！！

休日を利用して森にキャンプにやってきた、サトシとポケモンスクールのクラスメートたち。料理をしたり、川で遊んだりとキャンプを満喫中だ。ところが、ひとり、またひとりと倒れていく…どうやらこの森には正体不明の存在がいて、襲われると記憶とエネルギーを吸い取られてしまうという…

いつものようにポケモンスクールへ行くとククイ博士から驚きの発表が、パートナーのポケモンを交換してほしいという。実は授業の一環として、自分のパートナー以外のポケモンのこともよく知ってもらうためだという。ピカチュウはリーリエの家で過ごすことになったのだが、リーリエはピカチュウを触ることができず…

いつも以上にテンションの高いサトシ。実は今日から授業の一環でアーカラ島へ向かうのだ。するとそこへルガルガンを連れた女性が現れた。彼女の名前はライチ、これから向かうアーカラ島のしまクイーンだ。ライチと共にアーカラ島へ向かう道中、あるトラブルが発生して…！？

アーカラ島へやってきたサトシたち。今日の授業はライドポケモンのムーランドと一緒に宝探しだ。それぞれパートナーのムーランドを選び宝探しへでかけるサトシたち、しかしスイレンのパートナーのムーランドは中々スイレンの言うことを聞いてくれず大苦戦、果たしてお宝は見つかるのか？

アーカラ島での時間を満喫中のサトシたち。今日は自由行動の日、サトシはスイレンと近くにある池に釣りをしにいくことに。なんでも池のぬしと呼ばれる超大物がつれるという。早速釣りをはじめたサトシとスイレン、すると、スイレンの竿にその超大物がヒット！しかし大きすぎてなかなか釣り上げられない、がんばれスイレン！

アーカラ島のお祭りに参加することにしたサトシたち。お祭りのメインイベントはポケモンに冠を被せること。ヴェラの冠と呼ばれるその冠を被せてもらったポケモンは強くなる、と言われているのだ。さっそくポケモンたちに冠を被せてもらおうとしたとき、突如ガラガラが現れて冠を奪い去ってしまった！！

課外授業の一環でアーカラ島の伝統料理、アーカラカレーの食材を集めることになったサトシたち。サトシはマオと一緒に３つの食材を集めることに。カリキリやディグダの群れに遭遇するなど困難に直面しながらも、なんとか食材を集めきったサトシ、するとそこへ突如ラランテスが現れてサトシへバトルを挑んできた！！

いよいよアーカラ島のしまクイーンライチの大試練に挑戦することになったサトシ。ライチとの大試練は２ＶＳ２のダブルバトル、サトシはモクローとイワンコの2匹で挑むことに。いわタイプのポケモンを使うライチは、トリッキーな戦術と、ルガルガンの圧倒的なパワーとスピードで、サトシを翻弄する。どうするサトシ！？

ライチとの大試練を終え、アーカラ島での課外授業も残すところあと少しとなったある夜。サトシのイワンコが姿を消してしまう。慌てて探しにでたサトシだったが、結局その夜、イワンコを見つけることはできなかった。翌朝、イワンコの捜索を続けるサトシたち、するとそこへ、あのポケモンが現れた！！

スクールの授業中、なんだか様子のおかしいマオ。なんと彼女の父親が営む食堂に、テレビ番組の取材が入ることになったというのだ！いざ取材がはじまると、テレビのクルーだけでなく、沢山のお客さんもやってきて大忙し。そんなとき、ちょっとしたことが原因でマオが父親と大喧嘩、勢いで家を飛び出してしまった！

ある日、サトシとスイレンは海辺で見事な芸を披露するオシャマリとそのトレーナーに出会う。なんでも彼らは世界中の海を旅する『うみのたみ』という人々で、この近くで昔沈んだ船を探すために来ているという。彼らに興味を抱いたサトシとスイレンは、一緒にその船を探すことにしたのだが、そこへロケット団があらわれて…

デンヂムシレース、それはアローラで大人気のカーレース。デンヂムシを車体に乗せて、デンヂムシの放つ電気エネルギーで走る車を使ったレースだ。サトシはマーマネ、カキと一緒にチームを組んでレースに参加することになった！ところがいざ練習を始めると、マーマネのデンヂムシは中々早く走れない…果たして優勝できるのか？

ポケモンスクール開校20周年記念として、カントー地方へやってきたポケモンスクールの面々。久しぶりにマサラタウンへ帰ってきたサトシも、懐かしいポケモンやタケシやカスミ、オーキド博士たちとの再会にとても嬉しそうだ。そんな中、ひょんなことからオーキド研究所の中でポケモンたちが迷子になってしまい…

カントー地方での課外授業はまだまだ続く。今日はハナダシティでのジム戦体験。特別講師のタケシとカスミから、ジム戦のレクチャーを受け、ジム戦体験をする生徒たち。そんな中バトルが好きなサトシとカキは、本気のジムバトルをしたいと志願、タケシがカキと、カスミがサトシとそれぞれバトルをすることになった！