小智回到真新镇以后,大木博士立刻为了奖励小智在比赛中的优异表现而在研究所召开宴会。这次火箭队又照惯例的出场了,原来他们想把宴会中出席的神奇宝贝全部抓走!于是宴会现场一片恐慌……

小智的比比鸟进化成比雕后离队

小智等人为了替大木博士拿东西决定前往橘子群岛的岱柑岛。但是怎样去呢?这个问题就考倒小智等人了。正好这时某家店在办抽奖活动,被小智凑巧抽中飞行船的机票。虽然有办法去岱柑岛了,可是任谁作梦也没想到,飞行船的服务员是火箭队…到底,什么样的旅行在等着他们呢?

小智一行人好不容易抵达岱柑岛,在那南国艳日的阳光中,开始寻找内木博士的研究所。唯一线索在岛上的神奇宝贝中心,到了那里,被晒成黑铜色的乔伊出来迎接,带领小智等人到博士的研究所,找到博士与不可思议的神奇宝贝球。

小刚离队

小智等人在飞行船上睡着了,不知飞行船正向树叶一样开始下降。坠落到树林繁茂的岛上以后,小智等人到处找人求救,却一个人也没看到。这里是无人岛吗?就在这么想的时候,一大团的观光客出现了。小智他们跟着观光客走,在观光船的港口看到到处都是"欢迎到碰柑岛"的招牌。就在观光地走着走着,小智看到被小孩子欺负的小乘龙的影子…

小智等人来到夏干道馆向训练家敦美挑战。在竞赛的时候，火箭队又出来捣乱。在一场混乱后重新开始比赛，乘龙的表现出人意料，打败了水箭龟。

亚马多和小三郎利用素利普的超能力，催眠金柑岛上所有神奇宝贝加以捕捉。小智为了救回皮卡丘，和君莎等人一起对抗素利普的超能力，处于劣势的小智等人会有何下场呢?

小智一行人这次来到椪柑岛、发现正美漂流到海上的瓶中信、为了让哥哥得到灵感希望能够得知大岩蛇的消息、经过小智一行人的努力、终于让哥哥阿功找到大岩蛇、得到制作水晶制品的灵感。

小智一行人这次来到了罕见的平柑岛、岛上的神奇宝贝全部都是粉红色的、火箭队一行人自然不会放过这个千载难逢的好机会、在小智等人齐心协力之下将他们赶走、继续让粉红岛保持神秘、留给这些粉红神奇宝贝一个宁静的生存空间。

小智三人意外的碰上一组采访化石盔化石的电视台工作人员、表示愿意帮忙、不信岛上老人田所先生的规劝：破坏小岛将会引发大灾难、谁知当化石盔一碰上红色的月光就复活了、小岛也因而沉没、好在他们及时做了竹筏、逃过一劫。

小智一行人这次来到豪华友轮上、看到各种神奇宝贝说唱逗趣、煞是热闹、谁知又碰上武藏一行人来捣蛋、想要把神奇宝贝抢走、在大家奋力合作下、终于保住了轮船、也让凯儿和她的神奇宝贝雷丘关系更加亲密。

小智一行人这次来到一个岛上休息，认识了同样是水系神奇宝贝收藏家的小桩，小霞和小桩提议拿自己的神奇宝贝较量一下，原以为可达鸭已经进化成了哥达鸭，原来是一场误会。

橘子群岛的奈普鲁岛上正中央耸立着一座雪山，奈普鲁道馆就在那上面。由于道馆留下的约定，小智只好硬着头皮爬上山。路上遇到的朋友小丹，自愿与小智一起爬山。这个道馆训练家隐瞒身份确认小智的能力以后，才提出和小智比赛的要求。这时火箭队出来捣乱，又照惯例的帮了小智倒忙。

为了出场橘子联盟大赛，小智等人获得了第二个徽章。接下来要去的是七个岛上结很多文旦的果实七岛。小智等人抱着轻松心情到岛上，却因为意外的事件被岛上居民奈奈当成了小偷。解开误会后，小智等人得知奈奈正在烦恼文旦小偷的问题。到底这个文旦小偷是谁？

在橘子群岛旅行的小智一行人为了暂时休息，来到了斯达奇岛。在那里的海边神奇宝贝中心和大木博士连络后，知道正好在斯达奇岛近海发现的沉没船上有类似三百年前橘子连盟冠军奖杯的宝物。而那个奖杯就放在小智等人现在所在的斯达奇博物馆内。于是小智等人计划隔天一早就去观看，谁知火箭队已经听到这个消息…

小智等人今天依然在橘子群岛旅行。跟踪他们的火箭队也是。火箭队一如往常老是被小智等人击败，可是这次喵喵飞走的方向跟武藏和小次郎不同。喵喵着陆的地方是神秘猫之岛，那里的岛民传说在白色满月的夜晚〞喵喵神〞会出现，而崇拜喵喵神像。岛民们把偶然掉到岛上的火箭队的喵喵当成传说中的喵喵神，开始祭拜…

小智一行人来到马扣克岛，救了一只受重伤的飞天螳螂。原来他是捍卫头目之位失败被赶出来的老战士。火箭队来到岛上使用卑劣手段捕飞天螳螂，老战士奋不顾身想回去救同伴，感动小智等人…

小智一行人来到无人岛，决定在那里休息一天。刚好火箭队也来到岛上渡假。这次火箭队利用大食花的睡眠粉，想把一行人迷昏后偷走神奇宝贝。谁知飞天螳螂跟喷火龙都没有睡着，还把大伙都吵醒…

小智等人来到小橘子岛，适逢关都四天王之一的科拿小姐到岛上演讲。面对小霞极度崇拜的科拿，小智自负的认定也许自己能够打败科拿。于是科拿给不知天高地厚的小智上了一课……

小智等人来到洋贝拉市，认识了椰米莉与赖而夫。这两人水火不容，可是所养的神奇宝贝，尼多朗与尼多兰却深深相爱。小霞坚持要撮合这两个相爱的神奇宝贝，可是她使用的办法却惹来反效果…

小智等人在大平原遇见了放牧小磁怪的佛得先生，并与其同行。刚好这时传来附近的城市停电的消息。急着前往供电的佛得先生遭到火箭队的阻扰，受伤无法前往。小智遂自告奋勇要带领小磁怪到城里……

小智等人掉入火箭队的陷阱，在地下道中遇到了神秘生物。小智急着想救妙蛙种子回来，可是因为蛮横的市长选举将近，竟然用水泥把地下道出口封起来。在在地下道内寻找妙蛙种子的小智等人与火箭队，他们会怎么样呢?

柚子岛的道馆训练家阿义对小霞一见钟情。在与小智的道馆挑战赛中，宣称要将胜利的成果献给小霞。但是杰尼龟出人意料的使出水炮绝招，粉碎了阿义的梦想…

火箭队设计把皮卡丘抢过来。为了不让皮卡丘逃走，把皮卡丘跟喵喵绑在一起。可是谁也没想到，抓到皮卡丘以后，喵喵和皮卡丘却受到大比比鸟攻击，被叼走了。就这样，拯救皮卡丘和喵喵的两班人马开始行动……

小智接受神奇宝贝训练家小英的挑战，拿出喷火龙对抗快泳蛙。喷火龙轻视小智等级太低，依然不肯听从命令。果不其然，这场战斗输得很难看，喷火龙也被冷冻光线给冻成冰块。小智日以继夜的照顾喷火龙，感动了喷火龙的心。第二天恢复健康后，喷火龙又和小智向小英的快泳蛙挑战，而且打赢了!

小智等人来到了蜜柑岛。杰尼龟灭火失败，还被卡咪龟消防队救了一命。小智看到杰尼龟不甘心的样子，就央求让卡咪龟和杰尼龟比赛一场。这场比赛让卡咪龟和杰尼龟成了好朋友。当然，火箭队又跑来插一脚，浪费了大伙不少时间，差点赶不上去镇上救火……

小智等人来到香橘岛，因为海浪汹涌，不只无法离开，还面临了饥饿问题。岛上的人们也面临同样状况。好不容易期待的食物运到了，火箭队的人竟把食物夺走。卡比兽因而一改平日的温和，和驾驶机器人的喵喵决斗，把火箭队打到天上去……

橘子联盟之中，拥有最后一个道馆的岛屿，龙神岛。为了得到琉璃徽章，小智要向最后一个道馆挑战了。道馆的规矩是派两个神奇宝贝做接力战斗。小智选择的皮卡丘和喷火龙一开始就自己人内斗，使得比赛陷入苦战。后来喷火龙几乎被打倒，皮卡丘才决定帮助喷火龙，两个一起团结起来打败琉璃子的神奇宝贝。

很多的鲤鱼王聚集在一起，丹柑岛是鲤鱼王的进化与出生之岛。小建遇到来岛上进行观察的神奇宝贝观察家绿川，和绿川一同观察鲤鱼王。凑巧火箭队一伙人也跑到岛上来，想抓走鲤鱼王，成立暴锂龙军团。他们不只滥捕滥抓，还企图抓走皮卡丘，于是乌龙的大混战又展开了。

小智和小建吸入霸王花的麻痹粉病倒在床。无独有偶，火箭队的武藏也误吸霸王花的花粉。小霞寻找解毒的水草时遇上火箭队的喵喵和小次郎，双方为了争夺水草大打出手。

得到橘子联盟的全部徽章后，小智终于要挑战橘子联盟的胜利者杯了。比赛方式是六比六，即利用六只神奇宝贝来决斗。小智拿睡着的卡比兽跟大木博士换来一只肯泰罗。在和首席训练家勇次的对战中，第一场皮卡丘获胜，第二场杰尼龟获胜，第三场的肯泰罗却打败了。接下来的乘龙，会有什么样的表现呢?

胜利者杯的激烈战斗到下半场，勇次的快龙把小智剩下的神奇宝贝全部打倒，最后成了皮卡丘和快龙的对决。在皮卡丘临机应变的反击下，原本就已体力不支的快龙终于被打倒!

得到胜利者杯之后,小智一行人坐在小乘龙的背上，忽然遇到一大群乘龙。小乘龙的妈妈也在其中。照理来说母子相会应该很感人，可是乘龙群却对小智等人及小乘龙非常敌视。原因是有盗猎集团专门在猎捕乘龙。打跑盗猎集团之后，与乘龙群化解歧视，小乘龙终于回到母亲的身边了。

小智和小霞等人来到凸橙岛想去出岛搭船回乡，却得知出岛太危险无法出航。遍地的顽皮蛋不时在爆炸，使得出岛的居民向外逃跑，当然也没有船只出航。小智等人遇到顽皮蛋，情况危急时，地鼠训练师强哥出来拯救，原来他是岛上居民请来去除顽皮蛋的……

小智回家了,家里多了一个意料不到的人迎接他们。应该留在内木博士研究所的小刚不知出了什么事,对过去表现不敢触及的异常态度。小霞推测小刚被内木博士甩了。这时火箭队又来攻击了,在大木研究所发生危机时,小茂出现了,他击败火箭队,还向小智挑战。

小智的皮卡丘败给小茂的伊布。从大木博士口中得知小茂已经出发旅行到西部,向城都联盟挑战时,小智决定也要向城都联盟挑战。就在出发前的践别宴餐会上,火箭队出现了。跟平时一样,火箭队最后又被大家的神奇宝贝赶跑……