在去往映雪市的路上，柚丽嘉发现自己的包里藏着一只小小的绿色宝可梦。宝可梦图鉴无法识别它，所以她将其取名小软。不一会儿，一行人遇到了他们的朋友翔太和他的森林蜥蜴。这次重逢很快就被一群穿着红色衣服，带着奇怪眼睛的人们打断了，他们想要染指柚丽嘉的新朋友！这些坏人是闪焰队，小软则是他们神秘的Z行动中不可或缺的一环。小智和翔太联手赶走了他们，然而他们再度碰头重新计划，却被火箭队盯上了……翔太建议一行人在前往映雪市的路上从终端洞窟稍作停留，小软格外同意这个计划——所以小智一行人的下一站确定了！

小智一行人向布拉塔诺博士报告有关小软的事，而火箭队得知此事，决定去捕获小软。之后，他们在某处的草原休息。野生的胖胖哈力经过小智他们时，看见了正在梳毛的莎莉娜的伊布而一见钟情。于是，它向伊布使用心形的藤鞭和滚动表示爱意。莎莉娜的顽皮熊猫和希特隆的哈力栗前来阻止胖胖哈力。失败后，胖胖哈力决定以打败莎莉娜的顽皮熊猫和希特隆的哈力栗来夺得伊布的心。胖胖哈力会成功吗？

小智一行人在穿越森林的时候听到了求助的声音！他们发现了一位腿卡在了岩石裂隙之中的女子，成功救出了她。她向一行人展示了自己正在寻找的超进化石，并揭露了自己的真实身份，护士乔伊，并将一行人带去与布拉塔诺博士在宝可梦中心相会。在宝可梦中心，乔伊和自己的助手差不多娃娃争了起来！每个人都想要帮忙来让二人和好，博士同时也指出羁绊是超进化的必要前提。二人一起努力治愈了一只受伤的幕下力士——在火箭队袭击之时，差不多娃娃超进化将火箭队再次打飞，展现了她们强有力的羁绊！在见到小软后，布拉塔诺博士表示自己也不了解它是什么，随即决定回到自己的实验室再做研究。一行人告别博士，再度朝向映雪市进发！

在前往映雪市的旅途中，一行人看到了动人的一幕——一只火炎狮将一只小狮狮送出了族群，作为成年仪式。那只火炎狮和小智一行人密切关注着首次踏入野外的小狮狮。然而就像命中注定一样，当火箭队出现之时，不是小狮狮，而是火炎狮陷入了危险之中！

小智一行人这晚在森林中露营。皮卡丘和喵喵在晚上醒来，遇见了小智一行的宝可梦，而且它们都进化或退化了，并像喵喵一样懂得说人类的语言！皮卡丘和喵喵大感疑惑，此时小软出现，并请求它们帮助…

为救出被掳走的首领，小智和三平追著神秘的忍者军团。敌人的头目景友和三平的兄长一平单挑，而小智和三平则与景友的手下对战。在激烈的对战中，小智的呱头蛙突然出现变化，连小智身上亦出现神奇的现象！

莎莉娜再次挑战三冠卫星赛！今次开始伊布会一同参加，令表演的内容更丰富！虽然胆小的伊布看来感到有点担心，不过在莎莉娜，长尾火狐和顽皮熊猫的鼓励下，下定了决心！伊布究竟能否在首次登台为莎莉娜带来胜利呢？

小智一行人在前往映雪市途中，来到了终结洞窟。进入洞窟不久后小软就自己一个走开了！虽然他们在洞窟深处找到小软，但小软突然又消失了！此时，闪焰队突然出现，并在小软消失的地方不停攻击！

小智一行人四处寻找失踪的小软但还是找不到。柚丽嘉担心得一点食欲也没有，还闹脾气。希特隆答应她明天早上再去找小软。隔天，正当他们要出发时，希特隆拿出了他的得意发明——“绝对会找到小软1号”。之后，希特隆的发明竟然到达火箭队正在休息的地方，并为了捕捉小软而拍打他们的脸，武藏受不了而把它踢坏，还引出了一堆毒骷蛙。小智一行人遇到他们，只好逃跑。在逃跑时，他们不慎掉下悬崖，虽然希特隆的机械手救到大家，却救不了柚丽嘉。这时，希特隆的掘掘兔跳下去救她，虽然救到了，自己却受伤了。于是大家赶紧把掘掘兔送到宝可梦中心。乔伊小姐必须到后山采“信子兰”（草药），但过于繁忙而没时间。柚丽嘉为了补偿而跑去后山，但却遇到了毒蜈蚣，幸好小智他们及时发现并赶上了。最后，小智一行人找到了信子兰，并交给乔伊小姐来医治掘掘兔。这时，小软又回到了柚丽嘉的身边。

在小智一行人休息时，小智的嗡蝠遇到了斗笠菇，并因破坏了斗笠菇原想送给花叶蒂的花而使斗笠菇生气后，因斗笠菇而出现中毒症状。幸好小智一行人发现后遇上了花叶蒂，花叶蒂对嗡蝠使用了芳香疗法，让它恢复。嗡蝠和花叶蒂成为了好朋友，却使在一旁看着的斗笠菇感到嫉妒，而攻击嗡蝠。之后，斗笠菇向花叶蒂告白，但失败。它不甘心，于是把花叶蒂带走。嗡蝠向斗笠菇提出挑战，他们决定单挑，但嗡蝠总是被攻击。在快要失败时，花叶蒂阻止斗笠菇继续攻击。突然，火箭队把斗笠菇和花叶蒂捉走了。 这时，希特隆使用了他的发明来寻找它们。虽然途中突然爆炸了，不过最后靠着嗡蝠的超音波找到了。在和火箭队战斗时，小智让嗡蝠和柚丽嘉去拯救斗笠菇和花叶蒂。嗡蝠不断的对笼子使用冲击。在一次又一次的失败后，嗡蝠学会了特技演员，并成功打破了笼子。最后，火箭队会被打飞了。花叶蒂也回到队伍中。就这样，小智一行人继续了旅程。

小智一行人在宝可梦中心休息时，莎莉娜得知她被邀请到皮耶尔举办的舞会。宝可梦训练家和宝可梦必须男女配对才能参加这个舞会，莎莉娜原想和小智一起参加，但由于莎莉娜的伊布只和希特隆的掘掘兔合得来，因此莎莉娜只好和希特隆一起参加。在他们抵达舞会的举办地点时，他们碰见了米茹菲和她的胖甜妮。没有舞伴的米茹菲和胖甜妮要求小智与他的皮卡丘和她们一起参加，小智答应了。舞会开始了，莎莉娜很想和小智跳舞，但却迟迟找不到机会。好不容易能和小智一起跳舞，舞会却暂停了,以主要活动——双打战斗来代替。而小智、莎莉娜和米茹菲、小次郎被选为战斗对手。小智和莎莉娜能胜利吗？

小智一行人在前往映雪市的途中遇到了翔太，和翔太展开了三对三对战，再次由小智获得胜利。在宝可梦中心休息时，火箭队出来打扰，但被艾岚打跑。而艾岚出于对甲贺忍蛙的好奇，向小智提出对战，小智落败。

死缠小智一行人不放的火箭队，意外地与在卡洛斯地区暗中活跃的闪焰队成为敌对势力。火箭队在调查闪焰队途中遇上和小软很相似的神秘生物。此时闪焰队出现并袭击火箭队，后来更出现了一个意料之外的人物…

小智一行人在旅程中遇见一个在荒野种植的机械人，经调查后，发现这个地方以前是一个绿意盎然的森林，但在某个时候急速枯萎。为了帮助机械人和同行的布里卡隆，他们运用希特隆的发明和宝可梦的能力不断尝试…

莎莉娜为了取得最后的公主金钥，和小智一行人来到举行新人级初阶赛的芙丽市。当地名门出身的表演家艾米莉亚也参加了这次大会。面对强敌，莎莉娜感到不安。同时，有名的制作人兼前卡洛斯女王八汐也来到了会场…

小智一行人在前往闪电鸟祭典的途中，因闪电鸟引发的雷电而躲进洞穴。他们在洞穴认识了斯坦，并得知洞穴和举办祭典的伊香土镇相通，于是便前进了。但途中因岩石塌下，小智和其他人分开了。小智只好独自一人前进。从洞穴里出来的小智不幸遇到闪电鸟而无法继续前进。小智能够继续前进抵达祭典吗？

小智一行人来到加克乌鲁镇，正要去参观一个宝石展，此时，警钟突然响起，一个自称怪盗拿酷的人在现场出现，把宝石箱的锁打开，却没有偷走宝石。正当小智他们感到奇怪时，突然有一个黑影袭击柚丽嘉…

终于来到大师级高阶赛举行当日！莎娜、米茹菲、宁宁、武藏薇等等一直互相竞争的劲敌都齐集会场！但是，能够挑战卡洛斯女王爱儿的就只有成功晋级决赛的一人。莎莉娜要把旅程中培养的技术和想法在舞台上表现出来！

经过连番激斗，莎莉娜终于进入了三冠卫星赛大师级高阶赛的准决赛！对手是武藏薇和好友莎娜。三个人出尽浑身解数表演，只要有少许出错就足以影响结果。但是，莎莉娜在表演最后落地的时候……

小智一行人在旅途中遇到一个带著卷卷耳的女生，柚丽嘉请她接收哥哥后，发现原来她爸爸是世界著名的机械人公司社长，而她正在找伴侣做继任人！她对希特隆制作的机器很有兴趣，一切看来都进展得非常顺利…

小智生病了、莎莉娜负责照顾小智。吉米要挑战小智、莎莉娜穿上小智的衣服使用皮卡丘对战。莎莉娜会取胜吗？

小智与艾岚对战打的很激烈。到最后小智与艾岚使用甲贺忍蛙再度VS超级喷火龙。谁会取得胜利？

火箭队来到了小木灵居住的森林里，未经同意就吃掉了它们的贡品而引起小木灵们的愤怒。武藏坚持要吃，就被小木灵集体打飞，然而其中一只白色的小木灵却为了抢武藏手上的马卡龙而跟著被打飞，接著掉到了小智的头上。为了帮小木灵与同伴团聚，小智一行人决定往山顶前进，然而火箭队为了抓到皮卡丘诡计百出，最后终于抓到皮卡丘时其他的小木灵出来解救了皮卡丘。回到山顶后白色小木灵马上介绍它新认识的朋友—地鼠、三地鼠、伞电蜥与大牙狸，最后小智一行人与小木灵们道别继续往下一个道馆前进。

小智对冠军卡露乃。对战中缠绕于小智版甲贺忍蛙的水流首次解放，甲贺忍蛙的背上出现巨大飞水手里剑。

翔太已经取得8个徽章。和小智对战当小智的甲贺忍蛙和翔太的蜥蜴王对战时小智的甲贺忍蛙似乎发生异常，没有成功变成小智版甲贺忍蛙。小智首次在对战中输给翔太。

柚丽嘉为小智的甲贺忍蛙新形态起名为“小智版甲贺忍蛙。小智首次挑战映雪道馆，但失败了。翔太离队。

小智和甲贺忍蛙心意相通，完成了小智版甲贺忍蛙型态。小智一行人得知卡洛斯联盟的举办地是密阿雷市。

小智再次挑战映雪道馆，并成功打败了得抚而获得了冰山徽章，取得了参加卡洛斯联盟的资格。

小智一行人路过湿地，与黏美龙重逢。艾岚与可尔妮进行道馆赛，战胜后获得战斗徽章，并透露他已经收集完成8枚徽章，将参加卡洛斯联盟。

小智一行人参加了一场机械庆典，并游玩了一趟机械屋。

卡洛斯联盟密阿雷大会开幕。小智一行人首次与帕琦拉相遇。小智、艾岚、 瑅耶鲁诺、翔太在第一轮获胜，进阶下一轮。

艾岚 、小智、路易 、翔太晋级准决赛。瑅耶鲁诺输给了翔太，止步8强。

路易输给了艾岚，止步4强。艾岚晋级决赛。小智与翔太的比赛激烈进行中。

翔太输给了小智，止步4强。小智晋级决赛。

小智一行人首次遇见玛农。玛农为帮艾岚加油，来到密阿雷大会会场。小智一行人首次遇见玛农。布拉塔诺博士告诉小智等人经调查得知甲贺忍蛙身上发生的现象被称为牵绊现象，是由于特殊的宝可梦和训练家之间的信任关系而产生的，并引起了弗拉达利的兴趣。小智与艾岚的决赛开始。

卡洛斯联盟决赛终于拉开序幕，艾岚和小智，从第一次擦肩而过起，命中注定成为劲敌的两个人，终于一同站在这个舞台上，贯彻着自己一路走来所坚持的信念，还有赢得优胜成为最强的决心，他们的第三次对决也正式开始。双方进行你来我往的全面对战，小智凭借一路走来与宝可梦们所锻炼出来的实力，多次压制住了艾岚逐渐取得了优势，但最终的发展真的那么顺利吗？对战将会如何发展？最终，谁又会得到“幸运女神”的眷顾……

随着比赛的推进，场上的局面越发紧张，双方也都相继派出了自己最后的，也是一直以来最信任的伙伴上场应战，这场巅峰对决的高潮也终于到来了！在一次又一次见证了小智和甲贺忍蛙之间的羁绊之后，艾岚也不再有所保留，凭借“想要保护重要之人，就必须成为最强”的强大意志，再一次高举左手高呼：“回应我的心吧钥石，超越进化的…超级进化！”拿出全部实力来迎战。这只曾两度击败小智版甲贺忍蛙的超级喷火龙X又再一次站在了他们面前，小智他们又应该以怎样的方式与之抗衡？面对不断喷涌而来的蓝色火焰，小智版甲贺忍蛙以势如破竹的攻击将超级喷火龙X的步步紧逼！雷电拳与飞水手里剑一攻一守的激烈碰撞，将战斗推向白热化的高潮！那凝聚了梦想与信念的黄金飞水手里剑！究竟会将胜利指向何方！？

小智得知弗拉达利是闪焰队的首领，并且艾岚是他的帮手。小智和他的宝可梦被闪焰队抓住，弗拉达利称他可能是“被选上的人”。弗拉达利向全世界宣告自己的野心。艾岚质疑弗拉达利，得知自己遭到利用。

小软与Z2大战，结果却被Z2召唤的巨型植物束缚，最终也被闪焰队控制。布拉塔诺博士、玛农、莎莉娜在火箭队三人组的帮助下前往弗拉达利实验室，寻找哈力君。弗拉达利告诉艾岚，让他搜集超级进化能量其实是为了控制基格尔德。弗拉达利企图控制小智跟他的甲贺忍蛙，以便学会牵绊现象，但小智和甲贺忍蛙凭借强烈的羁绊挣脱束缚。希特隆和希特洛伊特打败了阿可碧和芭菈，并潜入密阿雷道馆。艾岚和弗拉达利决裂，让喷火龙救下小智其它的宝可梦，与小智并肩作战，共同对抗弗拉达利。弗拉达利告诉艾岚和小智自己的过去和想要建立新世界的原因。

小智和艾岚继续与弗拉达利对战，但被帕琦拉打断。帕琦拉决定将未来的希望寄托给小智和艾岚，并与他们联手对抗弗拉达利。小智得知帕琦拉也是闪焰队成员。大吾得知自己被欺骗，与弗拉达利决裂。他击败弗拉达利实验室驻守的闪焰队成员，并协助玛农、莎莉娜与布拉塔诺博士救出哈力君。希特隆击败库瑟洛斯奇，并用道馆的机关将他赶出去。希特洛伊特成功骇入心智系统，但由于需要强制关机才能停止巨大的神秘植物，以至于它牺牲自己。柚丽嘉利用歌声将小软从心智系统中解救出来在心智系统解除后，Z2恢复正常。

小智一行人在希特隆和柚丽嘉的活跃下，成功救回了小软。在以为密阿雷市遭受袭击这一大事件落下帷幕之时，弗拉达利一方拥有的传说中巨石发生了异变，巨石的形态发生了变化，朝着某个方向移动。

为了救出哈力君，也为了拯救世界，小智一行人向拥有压倒性的力量的巨石发起了挑战。在伙伴们的帮助下，小智和艾岚成功进入了巨石内部，小智和艾岚能否成功救下哈力君呢？

为了接受了训练者的挑战，希特隆在与之前长期代理道馆馆主的希特洛伊特陪伴下，复任为密阿雷道馆馆主。

在莎莉娜因为身为宝可梦表演家的下一步该怎么做而苦恼时，小智提出了战斗的要求，莎莉娜要怎么办? 为了振奋正在重建密阿雷市的市民，莎莉娜计划了一场表演赛的特别赛事。正为前路所困扰的她看着因为看了表演而恢复了笑容的人们，产生了一个想法，于是在与小智战斗后，她做出了一个决定。

大家都以为闪焰队的事件已经彻底结束了，但是默默逃出的库瑟洛斯奇再次开始了他的行动。为了阻止他的野心，于是小智与小智版甲贺忍蛙向他进行对战。 为了和黏美龙告别，向湿地出发的小智一行人，归来的途中遭遇了与闪焰队事件相同的暴走植物，藉著小智版甲贺忍蛙的力量将之击退了，然而这时，闪焰队的科学家库瑟洛斯奇出现并绑架了希特隆。随后，小软和Z2出现并说需要甲贺忍蛙的力量，与小智讨论后的结果是...?

不忍心与大家分离的咚咚鼠，竟然离开了，究竟会怎么办呢？

哲尔尼亚斯、伊裴尔塔尔以及基格尔德…卡洛斯地方的传说宝可梦。这次讲述的是跨时代的卡洛斯神话，逐步揭秘卡洛斯地方的传说宝可梦的特别篇。布拉塔诺博士和记者三色堇到访了卡洛斯地方最近发现的遗迹。在遗迹里发现了一座少女石像，据说这座石像能成为解开关于传说宝可梦的神话之谜的钥匙…。

去参加密阿雷市垂钓大会的希特隆和柚丽嘉与正在旅行中的宝可梦酒侍天桐相遇。三人互相认识一番后，希特隆两人了解到天桐想要去棱镜塔，所以为他带路。随后，由于天桐希望乘坐地铁以满足心愿，希特隆决定两人一同乘坐地铁。这时，柚丽嘉乘坐的无人试验车突然开走了……