Onderweg naar Snowbelle City ontdekt Bonnie een kleine groene Pokémon, die verstopt zit in haar tas. De Pokédex kan hem niet identificeren, dus besluit ze om hem Gompie te noemen. Snel daarna komen onze helden hun vriend Sawyer tegen met zijn Grovyle. De hereniging wordt al snel verstoord door een groep mensen in rode kleren met vreemde brillen op, die vastbesloten zijn om Bonnie’s nieuwe vriend in handen te krijgen!

Deze nieuwe boeven horen bij Team Flare, en zij zien in Gompie een van de Kernen die zij nodig hebben voor hun mysterieuze Operatie Z. Ash en Sawyer werken als team om ze weg te jagen, maar dan komen alle vrienden weer bij elkaar om een nieuw plan te bedenken, terwijl ze door Team Rocket scherp in de gaten gehouden worden..

Sawyer stelt voor om te stoppen bij de Terminus grot, onderweg naar Snowbelle City, en Gompie gaat enthousiast akkoord met dit plan, dus de nieuwe bestemming van onze helden staat vast!

Onderweg naar Snowbelle City, vragen Ash en de anderen informatie aan professor Sycamore over Gompie, de nieuwe vriend van Bonnie. Team Rocket wordt opgewonden als het hoort dat het misschien om een nieuw soort Pokémon gaat en begint een plan uit te broeden.

Later, als Serena en Eevee aan het oefenen zijn, stormt een wilde Quilladin het bos uit en biedt Eevee een Roede aanval aan in de vorm van een hart, en daarna een bos bloemen. Pancham en Chespin treden naar voren om hun vriendin te beschermen en Quilladin daagt hen uit tot een gevecht, in een poging om indruk te maken op Eevee.

Het gevecht wordt al snel onderbroken als Team Rocket op de proppen komt en Eevee, Dedenne, Gompie en Bunnelby in een net vangt! Quilladin, Pancham, en Chespin besluiten hun meningsverschillen opzij te zetten en samen te werken om de boeven de lucht in de schieten en nadat een wilde Flareon de aandacht van Quilladin trekt, neemt hij zonder problemen afscheid van onze helden.

Onze helden reizen door het bos, als ze opeens een kreet om hulp horen! Ze vinden een vrouw die met haar been klem tussen de rotsen zit. Gelukkig kunnen ze haar bevrijden. Ze laat hen de Megasteen zien waarnaar ze op zoek was en vertelt dat ze Zuster Joy heet en neemt ze vervolgens mee naar het Pokémon Center waar ze Professor Sycamore ontmoeten. Eenmaal op plaats van bestemming krijgen Zuster Joy en Audino een verhitte discussie! Iedereen doet zijn best om ze te helpen, zodat ze weer met elkaar kunnen opschieten. Vooral als de professor uitlegt dat een sterke band nodig is voor een Mega-evolutie. De twee partners werken samen om een gewonde Makuhita beter te maken en wanneer Team Rocket aanvalt, is hun band sterk genoeg, zodat Audino kan Mega-evolueren en ze de schurken verslaan! Nadat Professor Sycamore Gompie heeft ontmoet, zegt hij dat hij niet weet wat voor Pokémon het is en besluit hij naar zijn lab terug te keren om meer onderzoek te doen. En onze helden gaan op weg naar Snowbelle City!

Terwijl onze helden een uitgestrekt grasveld oversteken, horen ze een krachtige brul in de verte! Het is de leider van een Pyroar troep, die een jonge Litleo commandeert de troep te verlaten om op zichzelf te gaan wonen. Ash’s eerste instinct is om in te grijpen, maar nadat hij beseft dat dit een noodzakelijk overgangsritueel is, overtuigt hij zijn vrienden ervan om Litleo op een afstandje te gaan volgen. Litleo’s reis wordt onderbroken wanneer Team Rocket opduikt en Pyroar vangt. Litleo is vastbesloten om ze tegen te houden, en vindt de moed en kracht om tegen de schurken in opstand te komen. Met een beetje hulp van onze helden, wordt Team Rocket al snel verslagen en wordt Pyroar bevrijd! Het ziet er naar uit dat Litleo zich prima in z’n ééntje kan redden, dus nemen onze helden afscheid van hun nieuwe vrienden om vervolgens weer op weg te gaan naar Snowbelle City!

Onze helden kamperen een nachtje om naar een meteorenregen te kijken en kruipen dan in hun slaapzakken. ’s Nachts worden Pikachu en Meowth van Team Rocket wakker van de dorst en komen elkaar onderweg op zoek naar water tegen, en dan beginnen ze vreemde avonturen te beleven! Hun Pokémon vrienden praten allemaal als mensen, terwijl hun menselijke vrienden alleen maar Pokémon geluiden kunnen maken. Bovendien blijken alle Pokémon in staat om te evolueren, of terug te evolueren, wanneer ze willen! Het wordt allemaal nog vreemder als Pikachu en Meowth Gompie tegenkomen, die ook kan praten en die wordt achtervolgd door een enorme vuurbal met een gezicht! Ze vluchten voor het vuur, maar het blijft hen achtervolgen, totdat de wekker, die Clemont heeft uitgevonden, afgaat en daarna meteen explodeert, waardoor iedereen wakker schrikt. Onze helden ontdekken vlakbij Darkrai, de Mythische Pokémon waarvan bekend is dat hij nachtmerries veroorzaakt, en de vreemde gebeurtenissen van de afgelopen nacht, worden plotseling duidelijk; het was allemaal alleen maar een droom!

Middenin hun lunchpauze worden onze helden verrast door de komst van hun oude vriend Sanpei en zijn Greninja. Ze zijn op de terugweg naar Ninja Village en onze helden worden uitgenodigd om mee te gaan.Daar ontmoeten ze de broers van Sanpei, Ippei en Nihei, evenals het dorpshoofd Hanzo en zijn assistente Shinobu. Iedereen is onder de indruk van de groei van Sanpei als ninja en als Trainer. Onze helden verwonderen zich over alle geweldige Pokémon die daar zijn.. en Team Rocket, dat van bovenaf toekijkt, smeedt een plan om ze allemaal te vangen. Uit het niets vallen enkele Skarmory het dorp aan en een groep gemaskerde ninja’s ontvoerd dorpshoofd Hanzo! Wie zijn zij en wat zijn hun bedoelingen? Blijf kijken, terwijl de reis wordt vervolgd!

Terwijl onze helden op bezoek zijn in het huis van hun vriend Sanpei in Ninja Village, wordt het dorpshoofd Hanzo ontvoerd door een mysterieuze groep ninja’s! Hun leider is Kagetomo, een getalenteerde ninja die heeft besloten dat hij Hanzo het dorpshoofd moet opvolgen. Sanpei en zijn broers zijn vastberaden om hun dorpshoofd te bevrijden en ze nemen het samen met Ash, Serena en Clemont tegen Kagetomo en zijn handlangers op. Tijdens het gevecht evolueert Ash’s Frogadier in een ongelofelijk sterke Greninja! Het ninja corps wordt verslagen en Kagetomo ziet dat hij verkeerd bezig is en besluit zich op zijn training te gaan richten. Ash en zijn vrienden blijven in het dorp om het dorpsfeest mee te maken en Hanzo benoemt Sanpei’s oudste broer tot zijn opvolger. Nadat onze helden afscheid hebben genomen, zegt Nihei tegen de anderen dat hij iets in Ash’s Greninja heeft gezien dat hem deed denken aan de oude held van het dorp..

Serena, haar vriendin Nini en Jessilee (De vermomde Jessie uit Team Rocket) doen mee aan de Couriway Pokémon-show! De eerste ronde is een Pokésoesjes Demonstratie, en het gaat om meer dan alleen maar bakken, want de artiesten moeten een show weggeven, terwijl ze hun soesjes maken. Daarna is er een Freestyle Demonstratie en Eevee’s Show-debuut! Serena en Eevee dansen samen, terwijl Braixen een ring van vuur om ze heen creëert. Eevee loopt gracieus op Braixen’s brandende tak. Maar als het publiek begint te juichen, wordt Eevee nerveus en verliest hij zijn evenwicht. Door deze misstap wordt Jessilee de winnares en wint zij haar eerste Prinsessen-Sleutel.

Als onze helden de Terminus-grot in gaan, gaat Gompie ervandoor. Voordat de anderen hem in kunnen halen, stuurt Gompie een bericht naar een Pokémon die er net zo uitziet. Dit waarschuwt Team Flare, en ze komen meteen in actie om Gompie (die zij Z1 noemen) te vangen, en zijn vriend, Z2!

Als Team Flare nadert, roept Gompie vele Cellen op en smelt daarmee samen om een enorme vierpotige Pokémon te worden. Hij raakt Team Flare met een verwoestende aanval en als dat niet genoeg is, stuurt Ash zijn Greninja erop af en die twee lijken als een te vechten!

Team Flare trekt zich uiteindelijk terug, maar Gompie is verdwenen. Onze helden gaan naar hem op zoek .. terwijl Team Flare ze nauwlettend in de gaten houdt.

Terwijl onze helden verder zoeken naar Gompie na een ontmoeting met Team Flare, vallen ze door een paar boze Toxicroak van een klif af! Bunnelby duikt naar Bonnie om haar val te breken, maar raakt daarbij gewond. Zuster Joy zegt dat ze Nicera nodig heeft, een medicinale plant waarmee ze Bunnelby kan genezen. Bonnie voelt zich schuldig en sluipt weg om die te vinden. De andere volgen al snel en ze werken samen om de Nicera te vinden in een berg grot, stiekem gadegeslagen door Gompie, die onder de indruk is van de vastbeslotenheid van Bonnie. Al snel voelt Bunnelby zich beter en net als iedereen weer op zoek wil gaan naar Gompie, vinden ze hem veilig en wel in de tas van Bonnie!

In een prachtig bloemenveld, komt Ash’s Noibat per ongeluk een Breloom tegen die hem aanvalt met zijn giftige sporen! Clemont heeft geen medicijn bij zich, maar een passerende Floette ziet dat Noibat in nood is en gebruikt Aromatherapie om hem te genezen. Door een onverwachte windvlaag wordt Floette de lucht in geblazen en Noibat schiet omhoog om zijn nieuwe vriendje te redden! De twee zijn aan het spelen, wanneer Breloom komt aanstormen met een boeket bloemen voor Floette. Floette is niet geïnteresseerd en Breloom wordt kwaad. Noibat stapt naar voren om Floette te beschermen – en daarna verslaat hij ook nog Team Rocket! Al snel zien we meer Floette die zich door de wind laten meevoeren en Noibat moet dan afscheid nemen, want zijn vriendje gaat verder met zijn eigen reis.

Serena ontvangt een uitnodiging voor een dansfeest van presentator Pierre van de Pokémon-show’s! Iedereen wil gaan, maar iedere genodigde moet een date meenemen. Serena vraagt Clemont mee, maar Serena’s rivaal, Miette vraagt Ash mee! Jessie en James zijn er ook bij, evenals Aria, de Koningin van Kalos. Het feest bereikt zijn hoogtepunt tijdens een Koppelgevecht: Serena en Ash tegen Miette en James!Wanneer Eevee wordt uitgeschakeld, probeert Serena hem aan te moedigen en dankzij hun sterke band, evolueert Eevee in Sylveon en winnen ze het gevecht! Na het gevecht belt Aria het Pokémon-show-jurylid Palermo om haar te vertellen over de fantastische uitvoering van een meisje en haar Sylveon...

Ash en Sawyer houden een gevecht en Greninja en Sceptile, die nu geëvolueerd zijn, verheugen zich op hun re-match! Ondertussen pauzeert Alain, die op reis is om de Mega-evolutie te bestuderen, en bekijkt het gevecht. Hij is erg geboeid als hij ziet dat Greninja transformeert voordat hij Sceptile verslaat. Alain wil zien wat de Greninja van Ash nog meer kan, dus hij daagt hem uit om tegen zijn Charizard te vechten – en wanneer Charizard Mega-evolueert en Greninja weer van uiterlijk verandert, wordt het gevecht pas echt intens! Greninja wordt uiteindelijk verslagen, maar iedereen wil graag meer over zijn mysterieuze transformatie weten! Ondertussen zijn Team Flare’s experimenten een groot succes...

Op zoek naar Team Flare en Gompie, ontdekt Team Rocket een Pokémon die er net zo uitziet, die bekend staat als Z2.. en Team Flare zit hem op de hielen! De twee teams strijden met elkaar en Z2 valt steeds in andere handen, totdat hij samensmelt met vele Cellen en een krachtige, bedreigende serpentine Pokémon wordt, die de aarde doet schokken met zijn aanval!

Z2 is duidelijk in het voordeel, maar Lysandre heeft om versterking gevraagd. Met hulp van Alain en zijn Mega Charizard, dwingt Team Flare Z2 tot stilstand en sluit hem op in een kooi.

Bij de kampeerplaats van onze helden, knuffelt Bonnie ondertussen een treurige en bezorgde Gompie, en probeert erachter te komen wat er mis is.

Onze helden stuiten op een ouderwetse robot die zaden plant in een onherbergzaam gebied. En zijn beschermer, een krachtige Chesnaught. Ze ontmoeten de grootvader van de uitvinder en horen van de missie van Robon de robot om het bos weer aan te planten dat hier ooit groeide. Maar tot op dit moment wil er niets groeien en Robon is aan het slijten. Clemont doet zijn best Robon weer in vorm te krijgen. En alle pokémon werken samen om een ondergrondse waterbron te vinden. Maar hij wordt geblokkeerd door een enorme rots. Robon drilt door de rots heen en de bron kan weer rijkelijk stromen. Terwijl onze vrienden verder reizen naar Snowbelle City zien ze het eerste groen ontkiemen.

Onze helden zijn in Fleurrh City voor Serena’s aankomende Pokémon-show, waar ze haar derde Prinsessen-Sleutel hoopt te winnen en daarna mag meedoen aan de Hoofdklasse! Ze neemt het op tegen de lieveling van de stad met de naam Amelia, die een uitstekende uitvoering weggeeft. Serena en haar Pokémon vinden het belangrijker om plezier te hebben dan perfect te zijn. En uiteindelijk winnen ze! Serena hoort Amelia klagen over haar verlies tegen het Show-jurylid Palermo. Daarna vertelt Palermo Serena dat ze nog niet alles in huis heeft om Koningin van Kalos te worden! Onze helden vetrekken naar Gloire City, waar de volgende Pokémon-show wordt gehouden en Serena aan de Hoofdklasse gaat meedoen!

Voor de verandering hebben Ash, Serena en Bonnie moeite om Clemont bij te houden, die haast maakt om bij een festival te komen. Het festival is ter ere van de Legendarische Pokémon Zapdos, die aankomt in een woeste onweersbui! Onze helden schuilen in een grot waar zij een gewonde paramedicus tegenkomen, die hen vraagt om medicijnen naar een ziekenhuis te brengen.

Ash ontdekt Team Rocket, dat zich schuilhoudt in een ander deel van de grot en het wordt al snel duidelijk waarom Zapdos zo kwaad is! Hij stuurt Talonflame en Hawlucha erop uit om Zapdos af te leiden zodat hij weg kan komen en als Zapdos Hawlucha neerslaat, evolueert Noibat in Noivern om zijn vriend te redden! Het medicijn wordt afgeleverd en het festival kan beginnen!

Onze helden gaan naar een juwelententoonstelling, maar die wordt afgelast wanneer Meesterdief Sloten het slot kraakt. Hij richt zich vaak op het werk van Ed de slotenmaker, wiens leerling kort geleden is vertrokken. Ed heeft zo zijn verdenkingen...

Als er vuur ontstaat in het Pokémon Center, raakt Locke, de leerling van Ed, binnen opgesloten. Ed schiet te hulp en de twee slotenmakers en hun Binacle vrienden, werken samen om het lastige slot te kraken. Locke bekent dat hij Meesterdief Sloten is geworden om het respect van Ed te krijgen en Ed zegt dat hij dat allang wist! Het slot gaat open en Agent Jenny arresteert Locke, maar laat hem gaan met een waarschuwing. Ed, Locke en hun Binacle zijn herenigd en alles is weer goed!

Het is tijd voor de Pokémon-show van de Hoofdklasse en Serena’s vrienden en rivalen zijn bij elkaar gekomen om tegen elkaar te strijden. Shauna, Miette en Nini! Voor de eerste keer moeten de artiesten tegen elkaar strijden door middel van simultane Freestyle demonstraties en degene die van de drie je de meeste stemmen krijgt gaat door naar de volgende ronde. Jessie (vermomd als Jessilee) wint tijdens de eerste ronde van Nini en Serena verslaat Miette! Nadien zijn beide meiden verdrietig maar toch feliciteren ze Serena en eisen van haar dat ook voor hen gaat winnen. Serena, Jessie en shauna zullen het tegen elkaar opnemen in de halve finale – en de winnares zal tegen Aria strijden voor de Koningin van Kalos-titel.

Serena wint de halve finale van de Pokémon show van de Hoofdklasse van Jessie en Shauna en krijgt de kans om Aria uit te dagen en Koningin van Kalos te worden! Palermo zit ook in de zaal en Serena voert samen met haar drie Pokémon een spectaculaire demonstratie uit. Toch wint Aria en behoudt ze haar titel! Naderhand gaat Palermo bij Serena langs en hoort ze dat ze nog steeds vastbesloten is om Koningin van Kalos te worden. Palermo is onder de indruk en biedt haar aan haar mentor te worden! Serena denk hier over na, maar besluit toch haar reis met Ash en de anderen voort te zetten. Palermo zegt dan dat het aanbod blijft staan en ze haar kan bellen wanneer ze er klaar voor is!

Bonnie is altijd op zoek naar iemand die voor haar broer kan zorgen, totdat opeens iemand daarmee instemt! Lilia is op zoek naar een partner die het robotbedrijf van haar vader over kan nemen. Zij heeft ook een Buneary die lijkt te vallen voor de Bunnelby van Clemont. Alles valt op zijn plek en Bonnie is allesbehalve blij!

Maar middenin een aanval van Team Rocket, is Bonnie in gevaar en schiet Clemont haar te hulp, waarbij hij zelfs zijn kostbare Aipom Arm opoffert. Lilia vindt dat ze toch nog niet klaar is om zich te settelen, broer en zus zijn herenigd en onze helden gaan weer verder naar Snowbelle City.

Rockgitarist Jimmy en zijn Pikachu Spike, zijn altijd op zoek naar andere sterke Pikachu Trainers om mee te vechten en Team Rocket tipt ze over Ash. Maar Ash ligt in bed met koorts en als Jimmy opduikt, weet Serena zich geen raad: ze weet dat Ash altijd in is voor een gevecht, maar hij heeft rust nodig. Ze besluit zich te vermommen als Ash en Pikachu speelt het spel mee. Het gevecht loopt goed voor Serena, tot Team Rocket beide Pikachu wegneemt, maar na een snel herstel, helpt Ash haar om de boeven te verslaan. Jimmy is onder de indruk van de vaardigheden van Serena, maar hij wil nog steeds de echte Ash uitdagen, meteen na de lunch!

Clemont vraagt zich af waarom Ash en Greninja soms veranderen tijdens een gevecht en dit wil hij met behulp van de wetenschap tot op de bodem gaan uitzoeken! Hij daagt Greninja uit om tegen zijn Luxray te gaan vechten, terwijl zijn Mini-Clembot een analyse uitvoert, maar er gebeurt niets ongewoons. Terwijl Greninja een check-up krijgt, komen Alain en zijn Charizard bij het Pokémon Center aan en gaan akkoord met het volgende gevecht! Tijdens dit heftige gevecht gaan Ash en Greninja na verloop van tijd synchroon met elkaar lopen en verandert Greninja in een krachtig spektakel. Maar als Ash een heftige reactie krijgt, wordt het gevecht afgebroken. Maar hij is vastbesloten om samen met Greninja sterker te worden.

De leden van Team Rocket vinden in het bos een paar heerlijke macarons en beginnen meteen te eten, waarna ze worden aangevallen door een groep Phantump die denkt dat de hapjes van hun zijn. Een kleine Phantump met een ongewone kleur wordt per ongeluk met ze de lucht in geschoten! Als de bange Phantump tussen onze helden terecht komt, stellen ze hem aan een paar nieuwe vrienden voor en beloven ze hem terug naar huis te brengen, maar Team Rocket heeft andere plannen..

De schurken verkleden zich en lokken Phantump weg. Gelukkig komen zijn vrienden hem redden en schiet Team Rocket er weer vandoor!

Na het horen van de dreigende voorspelling van Gym Leader Olympia, bezoekt Diantha onze helden, terwijl Ash en Greninja net bezig zijn met een speciale training. Om meer te weten te komen over de band die zij hebben in een gevecht, daagt Diantha ze uit en Ash neemt het aanbod gretig aan. Diantha’s Gardevoir ontwijkt met gemak elke aanval, totdat Ash en Greninja samen beginnen te smelten. Gardevoir moet Mega Evolueren om hen bij te houden en de band tussen Ash en Greninja wordt sterker dan ooit tevoren, tot ze beiden flauwvallen!

Diantha belooft meer te ontdekken over deze band en wat die te maken kan hebben met de voorspelling van Olympia. Na zijn gevecht met de Kampioen, heeft Ash nog meer zin in de Kalos League!

Onderweg naar Snowbelle City komen onze helden hun vriend Sawyer tegen, die zijn achtste Gym badge al heeft gewonnen. Ash wil opscheppen met zijn kennis over Greninja en Sawyer wil laten zien hoeveel sterker hij is geworden, dus is het tijd voor gevecht.

Na een paar slimme tactische zetten van Sawyer, komt het gevecht aan op Greninja en Sceptile, maar om de een of andere reden lukt het Ash en Greninja niet om samen te gaan zoals dat gewoonlijk gaat en Sawyer verslaat Ash voor de eerste keer. Opgewonden besluit hij om naar het gevecht van Ash in de Snowbelle Gym te gaan kijken.

Ondertussen gaan de Team Flare wetenschappers door met hun experimenten, terwijl Gompie verwoede pogingen doet om Z2 te bereiken.

Onze helden en Sawyer arriveren in Snowbelle City en Ash is er helemaal klaar voor om zijn laatste badge te winnen in een ijskoude Gym! Eerst kiest Wulfric Abomasnow, wiens Vaardigheid hagel veroorzaakt die op het strijdveld van ijs valt! Nadat Hawlucha van Wulfric wint, haalt hij zijn Avalugg tevoorschijn die langzaam van zijn schade herstelt wanneer het hagelt. Het is een ijzige combo die erg effectief is, want Avalugg verslaat Hawlucha, Talonflame en daarna zelfs Greninja die Ash-Greninja (zoals Bonnie hem noemt) wordt als hij synchroon met Ash loopt. Ash is er kapot van en terwijl zijn Pokémon aan het herstellen zijn, gaat hij in zijn eentje weg om zich te hervinden.

Ash is alleen het bos in gegaan, nadat hij heeft verloren in de Snowbelle Gym. Serena vindt hem, maar ze krijgen ruzie. Ze gaat er boos vandoor, nadat ze Ash heeft gezegd dat hij zich weer als zichzelf moet gaan gedragen! Spoedig steekt er een sneeuwstorm op en Ash zoekt samen met een paar bange Pokémon beschutting in een grot. Hij komt in moeilijkheden als hij een Spewpa wil helpen, maar gelukkig duikt Greninja net op tijd op. Hij verandert moeiteloos in Ash-Greninja om Spewpa te redden! Als onze helden zich weer herenigd hebben, belooft Ash om niet meer over zijn grenzen te gaan. Een belofte die Ash Greninja spoedig zal waarmaken, want daarna horen onze helden dat de Kalos League zal plaatsvinden in Lumiose City!

Na een doorbraak is Ash terug in de Snowbelle City Gym voor een herkansing met Wulfric, en dit keer zal het er anders aan toe gaan! Wulfric daagt Ash uit om hem een vurig gevecht te bieden en Ash levert dat zeker wanneer zijn Pikachu en Talonflame de Bergmite en Avalugg van de Gym Leader neerhalen, voor de spannende laatste fase.

Greninja gaat tegen Abomasnow en dan is het Ash-Greninja versus Mega Abomasnow, als Wulfric onverwachts een Sleutelsteen tevoorschijn haalt! Zelfs tegenover zo’n uitdaging, kan Ash-Greninja aan de verwachting voldoen en Ash wint zijn laatste Gym badge en kwalificeert zich voor de Kalos League!

Onze helden bezoeken het wetland waar Goodra, de vriend van Ash nu woont, als ze een groep Carbink tegenkomen met een probleem: een van hun Carbink vrienden speelt een spelletje met ze. Hij verstopt zich en weigert tevoorschijn te komen.

Iedereen helpt mee met zoeken, maar de Carbink worden in de val gelokt en worden gebruikt als onderdeel van een Team Rocket robot.

De baldadige Carbink voelt zich schuldig om de problemen die hij heeft veroorzaakt en werkt samen met Goodra om zijn vrienden te bevrijden en de boeven de lucht in te schieten.

Ondertussen heeft Alain zojuist Gym Leader Korrina verslagen voor zijn achtste badge en hij hoopt om tegenover één tegenstander in het bijzonder te komen staan in de Kalos League...

Ash, Serena en Bonnie hebben het moeilijk om Clemont bij te houden. Waar rent hij in alle haast naartoe? Het is het Snufjes Festival, waar speelse uitvinders hun mechanische creaties tonen en waar Clemont helemaal in zijn element is.

Team Rocket viert met een paar van haar eigen snufjes, maar zoals gewoonlijk, is hun doel het stelen van Poké Balls van argeloze Trainers. Wanneer Ash en zijn vrienden achter hun snode plannen komen, nemen ze het op tegen de boeven, die proberen terug te vechten door gebruik te maken van een Meowth-versterkend snufje dat Clemont zeer indrukwekkend vindt! Maar als de uitvinding van Team Rocket een beetje tekort schiet, schieten ze er al snel weer vandoor, en onze helden gaan terug naar het festival.

Onze helden zijn eindelijk in Lumiose City voor de Kalos League gearriveerd, waar ze Tierno, Trevor, Sawyer en zelfs Alain ontmoeten! Het eerste gevecht is tussen Trevor en Alain en verandert in een onverwacht gevecht tussen Mega Charizard X en Mega Charizard Y. Trevor bewijst dat hij hard heeft getraind, maar Alain is te sterk en Trevor wordt verslagen. Ash wordt aangehouden door een volhardende uitdager terwijl hij op weg is naar het strijdveld en arriveert net op tijd voor zijn match! Zijn tegenstander begint met een indrukwekkende Altaria, maar Ash-Greninja behalen een flitsende overwinning. Intussen wachten Sawyer en Alain geduldig op hun beurt om het zelf tegen Ash op te nemen…

Tijdens de Kalos League verslaat Ash Astrid en haar Mega Absol en gaat hij samen met Alain door naar de halve finale. Er is nog een plaats over en Tierno en Sawyer gaan daar voor strijden! Tierno en zijn Pokémon zien er te gek uit, terwijl ze bezig zijn met hun gevechtsdans, maar de analytische Sawyer heeft ze goed bestudeerd en weet wat hij kan verwachten. En hij heeft zelf ook een geheim wapen en wanneer Sceptile Mega Evolueert is alles voorbij! Sawyer en Ash moeten een volledig zes-tegen-zes-gevecht tijdens de halve finale houden. Ash heeft maar vijf Pokémon bij zich. Maar dan arriveert Keanan met Goodra om het team compleet te maken!

Alain en Remo vechten in de halve finale van de Kalos League en het is duidelijk dat deze twee trainers verhitte rivalen zijn. Maar de Mega Garchomp van Remo is geen partij voor de Mega Charizard van Alain en Alain gaat door naar de finale.

Dan zijn Ash en Sawyer aan de beurt voor het Volledige Gevecht waar zij op hebben gewacht. Sawyer komt met zijn koelbloedige, analytische stijl, terwijl Ash zoals gewoonlijk zeer opgewonden is. De twee trainers lijken aan elkaar gewaagd: de Slaking van Sawyer verslaat Hawlucha van Ash, Talonflame verslaat Slaking, Clawitzer verslaat Talonflame en Pikachu verslaat Clawitzer! Dan haalt Sawyer Aegislash naar voren en wordt het spannend als de Koninklijke Zwaard Pokémon Pikachu najaagt door het bos-strijdveld...

De halve finale van de Kalos League is begonnen en Ash’s Pikachu neemt het op tegen Sawyer’s Aegislash! Sawyer heeft een tactiek en laat Aegislash alle bomen op het strijdveld omhakken, maar Ash en Pikachu bedenken iets waardoor ze het omgehakte hout in hun voordeel kunnen gebruiken. Aegislash wordt verslagen. Dan gebeurt er iets ongewoons, want Ash’s Noivern en Sawyer’s Salamence schakelen elkaar uit en daarna gebeurt het nog een keer met Ash’s Goodra en Sawyer’s Slurpuff! Sawyer’s Sceptile verslaat Pikachu en uiteindelijk nemen Ash-Greninja en Mega Sceptile het tegen elkaar op. Het gevecht is heftig en snel, maar uiteindelijk wint Ash-Greninja en gaat Ash door naar de finale waarin hij het tegen Alain moet opnemen.

De laatste ronde van de Kalos League is aangebroken en achter de schermen is er veel aan de hand!

De langverwachte Kalos League finale gaat beginnen en Ash moet tegen Alain in een volledig, zes-tegen-zes gevecht. De twee lijken aan elkaar gewaagd, en creëren afwisselend de ene knock-out na de andere: Pikachu verslaat Tyranitar en wordt dan verruild voor Noivern, die wordt verslagen door de Weavile van Alain. Hawlucha verslaat Weavile en verliest dan van de Bisharp van Alain. Dan slaan de Talonflame van Ash en de Unfezant van Alain elkaar knock-out na een spectaculair luchtgevecht en is de stand drie tegen drie!

Pikachu komt tegenover de enorme Metagross te staan en toont een bewonderenswaardige vastberadenheid door vol te houden en te winnen! Dan haalt Alain zijn partner Charizard tevoorschijn en beide Pokémon gaan vol zelfvertrouwen en spanning het gevecht met elkaar aan.

De finale van de Kalos League tussen Ash en Alain is in volle gang, waarbij de Charizard van Alain een uitgeputte Pikachu verslaat. Dan verslaat de Bisharp van Alain Goodra en gaat dan tegen Greninja, en precies zoals beide trainers hadden gehoopt, wordt het Ash-Greninja tegen Mega Charizard X voor het allerlaatste gevecht!

De aanvallen en strategieën zijn snel en heftig, maar uiteindelijk triomfeert Mega Charizard X en wordt Alain de kampioen. Maar terwijl alle ogen gericht waren op de Kalos League, hebben Lysandre en Team Flare hun plannen uitgevoerd en er breekt paniek uit in Lumiose City als de gevangen Zygarde zijn afschrikwekkende krachten loslaat op de Prismatoren...

De prijsuitreiking van de Kalos League wordt ruw verstoord als gigantische, kruipende ranken het stadium en Lumiose City overwoekeren! Lysandre zendt Team Flare’s manifest uit: Ze willen een nieuwe wereldorde, waar alleen de “uitverkorenen” zullen toetreden! Ash en Alain vertrekken om Mairin te redden, maar Ash is geschokt als hij ontdekt dat Alain met Lysandre samenwerkt en wordt vervolgens door Team Flare op de Prismatoren gevangen genomen. Zijn vrienden proberen te helpen, maar een nijdige Zygarde staat in de weg – totdat hij wordt geconfronteerd met een tweede Zygarde. Gompie is namelijk getransformeerd en onthult zijn ware identiteit! Er is een krachtmeting ophanden, Zygarde versus Zygarde!

Terwijl Lysandre’s pogingen om de macht over Lumiose City doorgaan, doen onze helden er alles aan om hem te verslaan. Ash en zijn Pokémon zijn gevangen, maar als Alain zich realiseert dat zijn werk met Lysandre tot deze ramp heeft geleid, schiet hij ze te hulp en bevrijdt ze. Ash en Alain dagen Lysandre voor een gevecht uit! Gompie, die is veranderd in de Legendarische Pokémon Zygarde, probeert nog steeds tot Team Flare’s Zygarde door te dringen, maar tot grote schrik van Bonnie, heeft Team Flare Gompie al snel in hun macht! Het lot van de wereld staat op het spel – wie zal zegevieren?

Lysandre’s dreigement aan de wereld gaat door, maar onze helden hebben zich opgesplitst en vechten terug op verschillende fronten. Ash en Alain vechten tegen Lysandre en Malva sluit zich solidair bij hen aan. Ondertussen staat Bonnie tegenover Zygarde en zingt haar Gompielied door haar tranen heen en de macht van Team Flare vervaagt als Zygarde zich weer verbindt met zijn vriendin.

Clemont gaat de Prisma Toren in om Xerosic te verslaan en Clembot sluit zichzelf aan op het controle systeem in een poging om het uit te zetten. Als dit lukt zal zijn geheugen gewist worden, maar Clembot houdt vol dat ze geen andere keus hebben en Clemont moet dit tot zijn spijt toegeven. Hij volbrengt de taak en de machine van Team Flare is afgesloten... vooralsnog...

Team Flare lijkt vooralsnog te zijn verslagen. Clemont heeft hun controle systeem vernietigd, waarvoor hij groot offer moest brengen en Alain en Ash hebben Lysandre tot stilstand gebracht. Maar als de boef weer opduikt, belooft hij dat zijn nieuwe wereld er toch zal komen..

Ondertussen redden Mairin en Serena Chespie en zien dan tot hun schrik dat hij wordt geabsorbeerd door de mysterieuze Reuzensteen, die van vorm verandert om op Zygarde te lijken! Hij begint te bewegen in de richting van de Anistar Zonnewijzer op zoek naar meer energie. Iedereen is vastbesloten om hem koste wat het kost tegen te houden, inclusief de Gym Leaders en Kampioen Diantha, die zich bij onze helden voegen om Chespie te bevrijden en de wereld te redden!

Een geweldig gezelschap van sterke Pokémon en Trainers – inclusief de Kalos Gym Leaders en twee Kampioenen zijn bij elkaar gekomen om onze helden te helpen Team Flare te stoppen! Door dit teamwerk zijn Ash en Alain in staat Chespie uit de Reuzensteen te halen en hij lijkt verslagen zijn.. totdat hij weer onder de leiding van Lysandre herrijst! Het ziet er allemaal hopeloos uit, totdat Gompie de andere Kern overhaalt het gevecht aan te gaan. De twee smelten samen en worden de reusachtige Zygarde Complete Forme, die voor eens en voor altijd een einde maakt aan Lysandre’s plan. Uiteindelijk is het tijd voor Gompie en Bonnie om afscheid te nemen, maar ze zullen nooit hun sterke vriendschap vergeten die eraan heeft bijgedragen de wereld te redden!

De Lumiose Gym heeft veel doorstaan, maar iedereen werkt hard om de Gym te heropenen. Clembot is ook terug, maar Clemont kan zijn geheugen niet meer herstellen. Als er iemand arriveert om de Gym uit te dagen gaat Clembot weer zijn eerste Pokémon Gevecht aan en hij vindt het fantastisch! Hij vraagt Clemont of hij hem alles over Pokémon wil leren. De rest van onze helden maakt ook plannen. Ash wil terug naar huis om een nieuwe start te maken. Alain gaat weer voor Professor Sycamore werken. En Serena herinnert zich Palermo’s aanbod om bij haar in de leer te gaan…

Lumiose City is bijna weer normaal en Serena heeft een idee om het te vieren. Hun meester-klasse rivaal, Jessilee, zal binnenkort bij hen zijn en de show zal een groot succes zijn! Serena zal blijven werken aan haar doel als kunstenaar, maar ze is niet zeker van wat de volgende stap is. Met de steun van Ash en haar moeder besluit ze uiteindelijk te weigeren het aanbod van Palermo aan te nemen, zodat ze zichzelf verder kan verbeteren. Maar Palermo heeft een verrassend antwoord. Ze suggereert dat Serena naar de regio Hoenn moet reizen om Pokémon-wedstrijden uit te proberen!

Nadat onze helden Goodra naar huis hebben gebracht, worden zij plotseling geconfronteerd met een enorme klimplant, net zo een als die Team Flare op Lumiose City had losgelaten! De wetenschapper Xerosic probeert Lysandre’s werk voort te zetten en hij richt zelfs een straal op Clemont om hem in zijn macht te krijgen! Maar Clemont is daar te slim voor, een geheime uitvinding van hem redt hem en Xerosic wordt gearresteerd.

Wanneer nog een klimplant onze helden aanvalt, schieten Gompie en Zygarde te hulp, met een lastig verzoek. De Greninja van Ash is in staat om de negatieve energie te voelen die de klimplanten voedt en Gompie heeft zijn hulp nodig om ze te stoppen. Aangemoedigd door Ash, stemt Greninja ermee in en sluit zich aan bij Gompie om de Kalos regio te helpen beschermen.

Onze helden zijn op het Lumiose vliegveld, want Ash gaat naar terug naar zijn huis in Kanto, Serena neemt het vliegtuig naar Hoenn en Clemont en Bonnie zijn er om ze uit te zwaaien. Dedenne snapt niet wat er aan de hand is en als Bonnie uitlegt dat het tijd is om afscheid van hun vrienden te nemen, krijgt hij een woedeaanval en rent weg! Bonnie haalt hem over om terug te komen door middel van een ontroerende speech over het samen najagen van dromen. Daarna moet Serena haar vliegtuig halen en neemt ze innig afscheid van Ash. Clemont heeft een goed idee om de tijd door te komen en daagt Ash uit voor een gevecht. Een gevecht tussen Pikachu en Bunnelby!

Professor Sycamore en Alexa onderzoeken een paar ruïnes, waar ze een stenen standbeeld van een vrouw genaamd Aila ontdekken. Een paar documenten over Kalos onthullen dat Aila’s ware liefde, Jan, geprobeerd heeft om de Vernietiging Pokémon Yveltal te verslaan. Als hij faalt, wordt het land ontdaan van al het leven, veranderd Yveltal in een cocon en Aila in steen. Jan vervolgt zijn zoektocht naar de Leven Pokémon Xerneas die het dorre land weer vruchtbaar kan maken. Helaas kan hij Aila niet helpen. Als de Kalos regio hopeloos uit evenwicht is, verschijnt de Orde Pokémon Zygarde om het land te herstellen. En jan blijft bij Aila, terwijl de levenscyclus en vernietiging wordt voortgezet.