בוני מוצאת בתיק שלה פוקמון מסתורי ולא ידוע. היא קוראת לו "סקווישי" ומחליטה לטפל בו, אך מתברר שאנשים רעים רודפים אחריו.

קווילאדין פראי מתאהב באיבי של סרינה. איבי ביישנית מדי ומפחדת ממנו. בינתיים, שלישיית חברי צוות רוקט מנסים לגנוב את סקווישי.

גיבורינו נפגשים עם פרופסור סיקאמור כדי להראות לו את סקווישי. הם נתקלים באחות ג'וי, שרבה עם הפוקמון שלה, ומנסים לעזור.

כשגיבורינו ממשיכים בדרכם אל העיר סנוובל הם נתקלים בליטליאו שחייב לעזוב את הלהקה שלו ולהתחיל לדאוג לעצמו.

גיבורינו מקימים מחנה. דארקראי מופיע ונראה שהוא גורם לפיקאצ'ו, מיאו וסקווישי לחלום חלום משותף, שבמהלכו מתגלים כמה פרטים על סקווישי.

סאנפיי לוקח את גיבורינו לביקור בכפר מוצאו, הכפר השלו מוצא את עצמו במהרה תחת התקפה.

כפר נינג'ה נמצא תחת התקפה. גיבורינו מנסים לעזור לסאנפיי ולאחים שלו להגן על הכפר.

גיבורינו מגיעים אל העיירה קוריוויי, שם סרינה משתתפת בתצוגת פוקמונים נוספת בתקווה לזכות במפתח הנסיכה השלישי שלה.

גיבורינו ממשיכים בדרכם אל העיר סנוובל, ועוצרים לבקר במערת טרמינוס, בעקבות המלצתו של סוייר והבעת הרצון של סקווישי להגיע לשם.

לאחר תקרית במערת טרמינוס, סקווישי נעלם. במהלך החיפושים אחריו, באנלבי של קלמונט נפצע.

כשהם ממשיכים בדרכם אל העיר סנוובל, גיבורינו מגיעים לשדה פרחים יפהפה, שם נויבאט נתקל בברלום שתוקף אותו.

סרינה מוזמנת למסיבת ריקודים של אמניות פוקמונים, אך מתברר שכל אמנית צריכה לבוא עם בן זוג, וכך גם הפוקמון שלה.

אש עורך קרב נגד סוייר. במהלך הקרב, גרנינג'ה שוב עובר את שינוי הצורה המסתורי שלו. בחור בשם אלאן צפה בקרב ומציע לאש להלחם בו.

צוות פלייר המרושע ממשיך במבצעו. שלישיית צוות רוקט מנסה לעצור אותם.

גיבורינו מגיעים לאזור יבש. הם נתקלים ברובוט מוזר ששותל זרעים באדמה היבשה ומנסים להבין מה משמעות הדבר.

סרינה משתתפת בתצוגת פוקמונים נוספת, בתקווה לזכות במפתח הנסיכה השלישי שלה, שיאפשר לה להשתתף בתצוגה בדרגת מאסטר.

בדרכם של גיבורינו אל העיירה ג'ול, הם נתקלים באדם שמבקש מהם למסור תרופה לבית החולים בעיירה במקומו מכיוון שהוא נפצע.

גיבורינו רוצים לבקר בתערוכה שבה מציגים אבן יקרה, אך לא מגיעים בזמן. הם עדים למקרה מוזר שבו מישהו פתח את המנעול, אך לא גנב דבר.

סרינה סוף סוף משתתפת בתצוגת הפוקמונים בדרגת מאסטר, וכך גם החברות והיריבות שלה: שונה, מיאט, ניני, וג'סילי.

תצוגת הפוקמונים בדרגת מאסטר ממשיכה. סרינה מצליחה לנצח בסיבוב חצי הגמר ועולה לסיבוב הגמר. היא מתמודדת מול אריה.

בוני תמיד מחפשת מישהי שתטפל בקלמונט. לפתע מופיעה מישהי שנראית מעוניינת באמת ובוני ממש לא מרוצה מהעניין.

אש חולה וסרינה מטפלת בו בזמן שקלמונט ובוני יוצאים להשיג תרופה. כשמאמן מופיע ורוצה לאתגר את אש, סרינה מוצאת פתרון יצירתי.

קלמונט מנסה לפענח את שינוי הצורה המסתורי של גרנינג'ה. גיבורינו פוגשים שוב את אלאן. אש ואלאן מחליטים לערוך קרב שוב.

גיבורינו נתקלים בפאנטאמפ מיוחד בצבע שונה מהרגיל. הם מבינים שהוא הלך לאיבוד ומחליטים לעזור לו לחזור הביתה.

גיבורינו פוגשים שוב את האלופה דאיאנתה. דאיאנתה מתעניינת בשינוי הצורה המסתורי של גרנינג'ה ומציעה לערוך קרב נגד אש.

בדרכם אל העיר סנוובל, גיבורינו פוגשים שוב את סוייר ומגלים שהוא כבר זכה בתג השמיני שלו. אש וסוייר מחליטים לערוך קרב.

גיבורינו מגיעים למכון העיר סנוובל יחד עם סויר. אש עורך את קרב המכון שלו נגד מנהיג המכון, וולפריק.

לאחר תבוסתו של אש במכון סנוובל, אש מדוכא מרצף ההפסדים שלו והולך לבדו אל היער. בזמן שחבריו דואגים לו, הם מגלים שגם גרנינג'ה נעלם.

לאחר שהפסיד בניסיון הקודם, אש חוזר אל מכון סנוובל ונלחם שוב במנהיג המכון וולפריק.

גיבורינו הולכים לבקר בביתו של גודרה. הם נתקלים בקבוצה של קארבינק שזקוקה לעזרתם.

קלמונט מתרגש לקראת פסטיבל הגאדג'טים, וגיבורינו מתנסים במתקנים השונים שמוצגים בו. גם צוות רוקט מגיע למקום עם מזימה חדשה.

אש כבר מוכן להלחם בליגת קאלוס, וכך גם חבריו ויריביו שהגיעו גם הם להתחרות: סוייר, אלאן, טיארנו וטרבור.

ליגת קאלוס נמשכת. אש מצליח להגיע לחצי הגמר, וכך גם אלאן. סוייר וטיארנו נלחמים בקרב שיכריע מי מהם יהיה האחרון שיעלה לחצי הגמר.

סיבוב חצי הגמר של ליגת קאלוס הגיע, ובמהלכו ייערכו שני קרבות רציניים. אלאן מנצח את רימו, ואש מתחיל בקרב שלו נגד סוייר.

קרב חצי הגמר של ליגת קאלוס בין אש וסוייר נמשך. הקהל זוכה לחזות ביריבות המרתקת בין שניהם.

ליגת קאלוס נמשכת. אש ואלאן מתכוננים לקרב שלהם בסיבוב הגמר. גיבורינו פוגשים את מיירין, חברה של אלאן.

קרב הגמר של ליגת קאלוס מתחיל. זה קרב מלא בין אש ואלאן ושניהם נלחמים בכל הכוח בקרב צמוד מאוד.

קרב הגמר של ליגת קאלוס בין אש לאלאן נמשך. ברגע שהקרב מסתיים ומכריזים על המנצח, מצפה לכולם הפתעה לא נעימה.

טקס חלוקת הפרסים של ליגת קאלוס נקטע כשגפנים עוטפות את האצטדיון ומאיימות להשתלט על העיר. לאיסאנדר מצהיר על הכוונות שלו ושל צוות פלייר. אש ואלאן יוצאים להציל את מיירין.

האיום של לאיסאנדר על העולם נמשך, אבל גיבורינו התפצלו והם נלחמים בחזרה בכמה חזיתות! אש ואלאן מתמודדים נגד לאיסאנדר בקרב, ומאלבה מצטרפת אליהם. בינתיים, בוני עומדת בפני זאיגארד המאיים.

נראה שצוות פלייר הובס לבינתיים... קלמונט הרס את מערכת הבקרה שלהם במחיר אישי כבד, ואלאן ואש נלחמו בלאיסאנדר עד שלא היה יכול להמשיך. אך כשהפושע נעלם, הוא מבטיח שהעולם החדש שלו עוד יתממש...

צוות מדהים של פוקמונים ומאמנים חזקים, הכולל את מנהיגי המכון של קאלוס ושני אלופים, הגיע לעזור לגיבורינו לעצור את צוות פלייר! עבודת הצוות הזאת מאפשרת לאש ואלאן להציל את "צ'ספי" מתוך "הסלע הענק".

מכון לומיאוס עבר הרבה, אבל כולם עובדים ביחד כדי לדאוג שיחזור לפעילות. גם קלמבוט חזר, אבל קלמונט לא הצליח לשחזר את הזכרון שלו. כשמישהו מגיע לאתגר את המכון, קלמבוט חווה את קרב הפוקמונים הראשון שלו.

העיר לומיאוס כבר כמעט חזרה לקדמותה, ולסרינה יש רעיון איך לחגוג. עם עזרתו של פרופסור סיקאמור, היא ושונה עורכות הופעה מיוחדת בשביל כולם! במהרה מצטרפת אליהן יריבתן מ-"דרגת מאסטר", ג'סילי.

לאחר שהם החזירו את גודרה לביתו, גיבורינו מותקפים לפתע על ידי גפן ענקית... בדיוק כמו הגפנים שצוות פלייר השתמש בהן בהתקפה על העיר לומיאוס! המדען זרוסיק מנסה להמשיך בעבודתו של לאיסאנדר.

בנמל התעופה של לומיאוס, אש מתכונן לחזור הביתה אל קאנטו, סרינה תעלה לטיסה אל הואן, וקלמונט ובוני באו ללוות אותם. נראה שדדנה לא מבין מה קורה, בוני מסבירה לו שזה הזמן להפרד מהחברים שלהם.

פרופסור סיקאמור ואלקסה חוקרים כמה הריסות, שם הם מגלים פסל אבן של אישה בשם איילה, ואגדה מתגלה. אוסף תיעודים של קאלוס חושף שהאהוב של איילה, ג'אן, ניסה להביס את איבלטאל, פוקימון הרס.

Citron visits Kalos to sight-see and enters a fishing competition. Dent uses a fishing machine. Citron calls it deplorable and dismisses him as ignorant. Although unimpressed with his company, Citron agrees to being shown around Lumiose.