På veien til Snowbelle City oppdager Bonnie en liten, grønn Pokémon som gjemmer seg i vesken hennes. Pokédex greier ikke å identifisere den, så hun kaller den for Myki. Snart treffer heltene våre sin venn Sawyer og hans Grovyle. Gjenforeningen blir avbrutt av en gruppe i røde klær som er fast bestemt på å få tak i Bonnies nye venn! Disse nye skurkene er Team Flare, og de har identifisert Myki som en av Kjernene de trenger for den mystiske Operasjon Z. Ash og Sawyer står sammen for å drive dem vekk, men de legger nye planer, og Team Rocket holder øye med dem... Sawyer foreslår at de bør stoppe ved Terminus-grotten på vei til Snowbelle City, og Myki er ivrig med på planen, så våre helters neste destinasjon er fastslått!

På veien til Snowbelle City ringer Ash og de andre professor Sycamore for å finne ut mer om Bonnies nye venn, Myki! Team Rocket blir ivrige da de hører om den, og legger en plan... Senere, når Serena og Eevee trener, stormer en vill Quilladin ut av skogen og viser Eevee en hjerteformet Vine Whip og en blomsterbukett. Pancham og Chespin beskytter vennen sin, og Quilladin utfordrer dem til å kjempe i et forsøk på å vise seg for Eevee! Kampen blir avbrutt når Team Rocket fanger Eevee, Dedenne, Myki og Bunnelby! Quilladin, Pancam og Chespin bestemmer seg for å samarbeide om å sende skurkene av gårde igjen, og etter at en vill Flareon fanger Quilladins oppmerksomhet forlater den heltene våre med glede!

Når heltene våre krysser en enorm gresslette hører de et mektig brøl i det fjerne! Det er lederen av en Pyroar-flokk som kommanderer en ung Litleo til å forlate flokken og klare seg selv. Ash prøver øyeblikkelig å hjelpe, men etter han innser at dette er et nødvendig overgangsritual, får han vennene sine til å følge etter den så de kan holde et øye med Litleo. Litleos reise blir avbrutt når Team Rocket fanger Pyroar, som også har holdt øye med den lille på avstand. Men Litleo er fast bestemt på å stoppe dem, og finner mot og styrke til å kjempe mot skurkene. Med litt hjelp fra heltene våre blir Team Rocket blåst av sted igjen, og Pyroar settes fri! Det ser ut til at Litleo vil greie seg fint alene, så etter å ha sagt farvel er heltene våre nok en gang på vei til Snowbelle City!

Heltene våre telter ute for å se en meteorsverm før de krøller seg sammen i soveposene. På natten våkner Pikachu og Team Rockets Meowth. De er tørste og støter på hverandre på vei for å finne vann. Så begynner noen svært merkelige ting å skje! Alle Pokémonvennene deres snakker som mennesker, mens menneskevennene deres bare lager Pokémon-lyder. I tillegg kan alle Pokémon tilsynelatende utvikle seg når de vil! Det blir enda merkeligere Pikachu og Meowth møter Myki. Den kan snakke, og den blir forfulgt av en ildkule med ansikt! De flykter fra ilden, men den følger etter dem?helt til vekkerklokken Clemont fant opp ringer, eksploderer og vekker alle. Heltene våre ser Darkrai, en Mythical Pokémon som er kjent for å lage mareritt. Nattens merkelige hendelser blir plutselig forklart: Det var bare en drøm!

Midt i lunsjpausen blir heltene våre gledelig overrasket av sin gamle venn Sanpei og hans Greninja. De er på vei hjem til Ninja-landsbyen, og heltene våre blir invitert med! Der møter de Sanpeis brødre, Ippei og Nihei, i tillegg til landsbyhøvdingen Hanzo og assistenten hans, Shinobu. Alle er imponert over Sanpeis fremgang som ninja og trener. Heltene våre forundrer seg over alle de utrolige Pokémon der?og Team Rocket følger med fra oven og planlegger å fange dem alle sammen. Ut av det blå angriper flere Skarmory landsbyen, og maskerte ninjaer kidnapper Hanzo! Hvem er de, og hva vil de? Svarene kommer mens reisen fortsetter!

Mens heltene våre besøker hjemmet til vennen Sanpei, Ninja-landsbyen, blir høvding Hanzo fanget av en mystisk gruppe ninjaer! Lederen deres er Kagetomo, en begavet ninja som har bestemt at han burde være høvding i stedet for Hanzo. Sanpei og brødrene er fast bestemt på å redde høvdingen, og de konfronterer Kagetomo og troppene hans med hjelp fra Ash, Serena og Clemont. Mens de kjemper, utvikler Ashs Frogadier seg til en enormt mektig Greninja! Ninjatroppene blir bekjempet, og Kagemoto skjønner at han har handlet galt og bestemmer seg for å fokusere på treningen igjen. Ash og vennene blir igjen for å nyte ninjafestivalen, hvor Hanzo utpeker Sanpeis eldste bror Ippei som den neste høvdingen. Etter at heltene våre har dratt, forteller den mellomste broren, Nihei, de andre at han så noe i Ashs Greninja som minnet ham om landbyens urgamle helt

Serena, vennen Nini og Jessilee (Team Rockets Jessie i forkledning) konkurrerer i Couriway Pokémon-show! Den første runden er en Poképuff-opptreden, og det er mer enn bare en bakekonkurranse: Deltagerne må lage moro samtidig som de lager kakene sine. Så er det videre til Fristil-opptredenen og Eevees Pokemon Show-debut! Serena og Eevee danser sammen mens Braixen lager en ring av ild rundt dem. Til slutt hopper Eevee elegant opp på Braixens gren! Men når publikum bryter ut i jubel, blir Eevee nervøs og mister balansen. Det gjør at Jessilee tar seieren?og sin første Prinsessenøkkel!

Når heltene våre kommer til Terminusgrotten, stikker Myki av! Før de andre kan ta den igjen, sender Myki en beskjed til en lignende Pokémon. Team Flare oppdager det, og de skynder seg for å fange Myki (som de kaller Z1) og vennen dens, Z2! Når Team Flare nærmer seg, tilkaller Myki mange Celler og smelter sammen med dem for å bli en skremmende, firbeint Pokémon. Den angriper Team Flare, og når det ikke er nok sender Ash ut Greninja, og det ser ut til at de to kjemper som ett vesen! Team Flare trekker seg endelig tilbake, men Myki er borte. Heltene våre drar for å finne den...mens Team Flare følger med på alt de gjør...

Mens heltene våre fortsetter å lete etter Myki etter å ha støtt på Team Flare, tvinger noen sinte Toxicroak dem utfor et stup! Bunnelby hiver seg etter Bonnie for å redde henne, men den blir skadet. Nurse Joy sier at hun trenger nicera, en legeurt, for å behandle Bunnelby. Bonnie føler at det er hennes skyld, og sniker seg av sted for å finne den. De andre tar henne snart igjen, og sammen finner de nicera i en hule på fjellet. Myki ser på dem fra skjulestedet sitt og er imponert over Bonnies viljestyrke. Snart føler Bunnelby seg bra igjen, og akkurat mens alle skal ut for å lete etter Myki, finner de den trygt gjemt i Bonnies veske!

I en vakker eng støter Ashs Noibat tilfeldigvis på en Breloom som angriper med de giftige sporene sine! Clemont har ikke noe medisin, men en forbipasserende Floette ser at Noibat trenger hjelp og bruker Aromatherapy for å kurere den. Et vindkast sender Floette av sted, og Noibat flyr etter for å redde den nye vennen sin! De to leker sammen når Breloom braser inne med en bukett til Floette, og så blir den sint når Floette ikke er interessert. Noibat trår til for å beskytte Floette fra den uønskede oppmerksomheten, og også fra Team Rocket! Snart svever mange Floette forbi med vinden, og Noibat må si farvel når vennen dens fortsetter på sin egen reise.

Pokémon-showets seremonimester, Pierre, skal holde en dans, og Serena får en invitasjon! Hele gjengen har lyst til å dra, men alle må komme med følge. Serena spør en nervøs Clemont, så Serenas rival Miette spør Ash! Jessie og James er også til stede, og det er også Kalos-dronningen Aria. Arrangementet kulminerer i en spennende Tag-kamp: Serena og Ash mot Miette og James! Når Eevee blir slått ut, kommer Serena for å oppmuntre den. Takket være vennskapet deres, utvikler Eevee sseg til Sylveon og vinner kampen! Etterpå ringer Aria showdommeren Palermo for å fortelle henne om den fantastiske opptredenen til en jente og hennes Sylveon...

Ash og Sawyer møtes til kamp. Greninja og Sceptile, som nå er utviklet, gleder seg til å kjempe igjen! Alain, som er ute etter å studere Mega-evolusjon, stopper for å se på kampen. Han blir fascinert når Greninja ser ut til å forandre seg rett før den bekjemper Sceptile. Alain vil se mer av hva Ashs Greninja kan gjøre, så han utfordrer den til en kamp mot hans egen Charizard. Når Charizard Mega-utvikler seg og Greninjas utseende forandrer seg igjen, blir kampen intens! Til slutt blir Greninja slått, men alle er ivrige etter å lære mer om denne mystiske forandringen! I mellomtiden ser det ut til at Team Flares eksperimenter har oppdaget noe viktig...

I jakten på Team Flare og Myki støter Team Rocket på en lignende Pokémon, den som er kjent som Z2, og Team Flare er rett bak den! Kampen mellom de to gruppene går frem og tilbake, og Z2 bytter hender flere ganger?helt til den smelter sammen med mange Celler og blir en mektig og skremmende, slangeaktig Pokémon som får bakken til å riste når den angriper! Z2 har helt tydelig ledelsen, men Lysandre har tilkalt hjelp! Med hjelp fra Alain og hans Mega Charizard greier Team Flare å beseire Z2 og fange den. I mellomtiden, i leiren til heltene våre, koser Bonnie med en trist og begkymret Myki og prøver å finne ut hva som er i veien...

Heltene våre støter på en gammeldags robot som planter frø i ødemarken, og dens beskytter: en mektig Chesnaught! De treffer oppfinnerens barnebarn og hører om roboten Robons oppdrag, som er å plante den skogen som pleide å dekke området før. Så langt har ingenting fungert, og Robon begynner å bli utslitt! Clemont foretar noen reparasjoner for å få Robon i toppform igjem, og alle Pokémon jobber sammen for å finne en underjordisk vannåre?men den er blokkert av en enorm stein. Robon borer gjennom steinen og setter kilden fri, og når heltene vår setter kursen mot Snowbelle City, ser den de første spirene komme!

Heltene våre er i Fleurrh City, der Serena skal delta i Pokémon-showet. Hun håper på å vinne sin tredje Prinsessenøkkel og kvalifisere seg til Mesterklassen! Hun konkurrerer mot en hjemmefavoritt ved navn Amelia, som har et fantastisk show. Serena og hennes Pokémon er mer opptatt av å ha det gøy enn å være perfekte ? og det viser seg at hun vinner! Serena overhører tilfeldigvis at Amelia klager over at hun tapte til dommeren Palermo. Etterpå sier Palermo til Serena at hun ikke ennå har det som trengs for å bli Kalos-dronning! Serena grubler over det mens heltene våre setter kursen mot det neste Pokémon-showet i Gloire City, der hun skal delta i Mesterklassen!

For en gangs skyld har Ash, Serena og Bonnie problemer med å holde følge med Clemont der han skynder seg mot en festival til ære for den Legendariske Pokémon Zapdos, som kommer i et rasende uvær! Heltene våre søker ly i en hule der de treffer en skadet ambulansesjåfør som ber dem om å levere medisin. Ash finner Team Rocket som gjemmer seg i en annen del av hulen, og det blir snart opplagt hvorfor Zapdos er så sint! Han sender Talonflame og Hawlucha for å avlede Zapdos så han kan komme seg unna, og når Zapdos treffer Hawlucha utvikler Noibat seg til Noivern for å redde vennen sin! Medisinen blir levert, og festivalen begynner!

Heltene våre vil se en edelstenutstilling, men den blir avlyst når mestertyven Nøkkel’n dirker opp låsene! Han velger seg ofte låsene til låsesmeden Ed, hvis lærling nettopp har sluttet. Ed har sine mistanker...

Da en brann starter på Pokémonsenteret, blir Låsen, Eds lærling, sperret inne! Ed kommer for å hjelpe og de to låsesmedene og Binacle-vennene deres samarbeider om å åpne den vriene låsen. Locke tilstår at han ble Mestertyven Nøkkel’n for å vinne Eds respekt, og Ed sier at han allerede visste det! Låsen blir åpnet, og betjent Jenny arresterer Låsen men lar ham slippe med en advarsel. Ed, Låsen og deres to Binacle blir gjenforent, og alt er bra!

Det er tid for Pokémonshowets mesterklasse, og Serenas venner og rivaler har kommet for å konkurrere: Shauna, Miette og Nini! For første gang konkurrerer deltagerne samtidig i en fristilopptreden, og den som får flest stemmer i hver gruppe på tre går videre. Jessie (forkledd som Jessilee) vinner Ninis gruppe i den første runden, og Serena slår Miette! Etterpå er begge jentene lei seg, men de gratulerer Serena og insisterer på at hun skal vinne det hele for dem. Serena, Jessie og Shauna går videre til semifinalen?og vinneren skal utfordre Aria i kampen om tittelen som Kalos-dronning!

I semifinalen i Pokémonshowets mesterklasse vinner Serena over Jessie og Shauna og skal konkurrere mot Aria om Kalos-dronningens krone! Palermo ser på mens Serena gjør en spektakulær opptreden med alle tre Pokémonpartnerne sine. Men Aria greier å forsvare tittelen sin, og så ber hun Serena om å opptre sammen med henne en gang! Etterpå treffer Palermo Serena, som tydeligvis fortsatt er innstilt på å bli Kalos-dronning. Palermo er imponert over utviklingen hennes og tilbyr seg å være mentoren hennes! Etter å ha tenkt seg om, bestemmer Serena seg for å fortsette på reisen sammen med Ash og de andre, men Palermo sier at tilbudet kan benyttes når hun føler seg klar for det!

Bonnie ser alltid etter noen som kan ta vare på broren hennes.. helt til noen plutselig vil gjøre det! Lilia ser etter en partner som kan overta robotikk-fabrikken til faren hennes. Hun har også en Buneary som ser ut til å være begeistret for Clemonts Bunnelby. Alt faller på plass... og Bonnie er absolutt ikke fornøyd! Men midt i et Team Rocket-angrep havner Bonnie i fare, og Clemont skynder seg med å redde henne, og han ofrer til og med sin dyrebare Aipom-arm når han gjør det. Lilia bestemmer seg for at hun ikke er klar for å slå seg til ro likevel, søsknene finner hverandre igjen, og så er heltene våre nok en gang på vei videre mot Snowbelle City!

Rockegitaristen Jimmy og hans Pikachu, Spike, er alltid på utkikk etter andre sterke Pikachu-trenere å kjempe mot, og Team Rocket peker dem i Ashs retning! Men Ash ligger til sengs med feber, og når Jimmy dukker opp blir Serena usikker. Hun vet at Ash alltid er klar til å kjempe, men han trenger å hvile. Så hun bestemmer seg for å forkle seg som Ash, og Pikachu er med på leken! Kampen går bra for Serena når Team Rocket knabber begge Pikachu, men Ash er raskt på beina og hjelper henne med å bekjempe skurkene. Jimmy er imponert over hvor god Serena er til å kjempe, men han vil fortsatt utfordre den ekte Ash..rett etter lunsj!

Clemont har grublet på de mystiske forandringene som av og til skjer med Ash og Greninja i kamp, og han vil komme til bunns i dette..med vitenskap! Han utfordrer Greninja til å kjempe mot Luxray mens «Clembot Mini» utfører en analyse, men det skjer ikke noe uvanlig. Mens Greninja hviler seg kommer Alain og hans Charizard innom det samme Pokémonsenteret og blir gladelig med på neste kamp! I denne konkurransen synkroniserer Ash og Greninja seg, og Greninja forvandles i en spektakulær kraftoppvisning..men etterpå får Ash en intens og skremmende reaksjon, og kampen avsluttes. Likevel er han fremdeles fast bestemt på å bli sterkere sammen med Greninja!

Team Rocket finner noen deilige makroner i skogen og går løs på dem med stor iver, men blir angrepet av en gruppe Phantump som mener at godsakene er deres .. men en liten Phantump med uvanlige farger blir ved et uhell blåst av sted sammen med dem! Når den skremte Phantump lander ved heltene våre, introduserer de den for noen nye venner og lover å følge den hjem igjen, men Team Rocket har andre planer... I forkledning lurer skurkene Phantump vekk ved å love den flere venner .. men de ekte vennene dens kommer snart til unnsetning når en Phantump-gruppe fra skogen dukker opp og blåser Team Rocket av sted igjen!

Etter å ha hørt gymlederen Olympias illevarslende spådom besøker mesteren Diantha heltene våre akkurat når Ash og Greninja driver med spesialtrening. For å finne ut mer om den forbindelsen de har når de kjemper, utfordrer Diantha dem til kamp, og Ash takker ivrig ja! Dianthas Gardevoir unnslipper lett hvert eneste angrep...helt til Ash og Greninja begynner å smelte sammen. Gardevoir må megautvikles for å holde tritt, og forbindelsen mellom Ash og Greninja blir enda mer intens enn før.. helt til begge to besvimer! Diantha lover å lære mer om denne forbindelsen og hva den kan ha med Olympias spådom å gjøre. Etter kampen med mesteren er Ash enda mer klar for Kalosligaen!

På vei mot Snowbelle City støter heltene våre på vennen sin Sawyer, som allerede har vunnet sin åttende Gym badge. Ash vil vise hva han har lært om Greninja, og Sawyer vil demonstrere hvor mye sterkere han har blitt, så det er på tide med en kamp! Etter noen smarte trekk fra Sawyer er det Greninja mot Sceptile.. men av en eller annen grunn greier ikke Ash og Greninja å kople seg sammen slik de pleier å gjøre, og Sawyer bekjemper Ash for første gang! Han blir glad og bestemmer seg for å bli med for å se Ashs kamp på Snowbelle Gym. I mellomtiden fortsetter forskene hos Team Flare med eksperimentene mens Myki fortvilt prøver å kontakte Z2...

Tiden har kommet for Ashs Snowbelle City Gym-kamp, og kampen dreier seg om hans åttende Gym badge!

Ash er alene i skogen etter at han tapte ved Snowbelle Gym. Serena finner ham, men de ender med å krangle høylytt, og hun løper sin vei etter å ha ropt til Ash at han må oppføre seg som seg selv igjen! Snart kommer det en snøstorm, og Ash søker ly i en hule med noen redde Pokémon. Han havner i fare når han prøver å redde en strandet Spewpa.. men Greninja dukker opp akkurat i tide og forvandler seg uten problemer til Ash-Greninja for å redde Spewpa! Når heltene våre treffes igjen, lover Ash å ikke overdrive igjen.. et løfte Greninja snart må minne ham på når han hører at Kalos-ligaen skal komme til Lumiose City!

Etter et gjennombrudd er Ash tilbake på Snowbelle City Gym for en omkamp med Wulfric.. og denne gangen stiller saken seg annerledes! Wulfric utfordrer Ash til å vise ham ekte kampglød, og Ash leverer sannelig når hans Pikachu og Talonflame bekjemper gymlederens Bergmite og Avalugg før den spennende finalen. Det er Greninja mot Abomasnow...og så er det Ash-Greninja mot Mega Abomasnow når Wulfric avslører en uventet nøkkelsten! Selv stilt overfor en slik utfordring viser Ash-Greninja seg å være situasjonen voksen, og Ash vinner sin siste Gym Badge og kvalifiserer seg til Kalos-ligaen!

Heltene våre besøker våtmarkene der Ashs venn Goodra bor nå når de støter på en Carbink-flokk med et problem. En av Carbink-vennene deres tøyser med dem, og den gjemmer seg og nekter å komme frem! Alle blir med på letingen, men Carbink-flokken blir lurt inn i en felle og brukt som deler i en Team Rocket-robot! Den angrer på at den har forårsaket så mye oppstyr, så Carbink samarbeider med Goodra for å sette vennene sine fri og blåse skurkene av sted igjen. I mellomtiden har Alain nettopp bekjempet gym-lederen Korrina og fått sin åttende badge, og han håper å møte en spesiell motstander i Kalos-ligaen...

Ash, Serena og Bonnie har problemer med å holde følge med Clemont! Hvor er det han skal i en sånn fart? Det er Dingsefestivalen, der lekne oppfinnere stiller ut de mekaniske kreasjonene sine .. og hvor Clemont er i sitt rette element! Team Rocket feirer med sine egne dingser, men som vanlig er målet deres å stjele Pokéball fra intetanende trenere. Når Ash og vennene hører om denne planen, konfronterer de skurkene, som prøver å stritte imot med en Meowth-styrkende dings som imponerer Clemont! Men når Team Rockets oppfinnelse ikke strekker helt til, blir de snart blåst av sted igjen.. og heltene våre kan utforske festivalen videre.

Heltene våre har endelig kommet til Lumiose City for å være med i Kalos-ligaen, og der treffer de Tierno, Trevor, Sawyer og til og med Alain! Den aller første kampen er mellom Trevor og Alain.. og det blir en uventet kamp mellom Mega Charizard X og Mega Charizard Y når Trevor avslører hvor mye han har trent! Men Alain viser seg å være for sterk, og Trevor taper. Ash blir forsinket på vei til kamparenaen av en standhaftig deltager og dukker opp akkurat i tide til kampen! Motstanderen hans begynner med en imponerende Altaria, men Ash-Greninja tar en rask seier. I mellomtiden venter både Sawyer og Alain tålmodig på å få sjansen til å kjempe mot Ash...

I Kalos-ligaen bekjemper Ash Astrid og hennes Mega Absol og går videre til semifinalen sammen med Alain. Det er bare én plass igjen, og Tierno og Sawyer kjemper om den! Tierno og hans Pokémon ser bra ut der de setter i gang med kampdansen sin, men analytikeren Sawyer har fulgt med på dem og vet hva han kan forvente. Han har også sitt eget hemmelige våpen, og når hans Sceptile megautvikles, så er kampen over! Sawyer og Ash skal kjempe mot hverandre i semifinalen i en seks-mot-seks-kamp. Ash har bare fem Pokémon som reiser sammen med ham...helt til Keanan ankommer og har med seg Goodra for å komplettere laget!

Alain og Remo kjemper mot hverandre i semifinalen i Kalos-ligaen, og det er tydelig at disse to trenerne er erkerivaler .. men Remos Mega Garchomp er et lett bytte for Alains Mega Charizard, og Alain går videre til finalerunden! Etterpå møtes Ash og Sawyer i den kampen som de har ventet på! Sawyer bruker sin beherskede, analytiske stil, mens Ash er i fyr og flamme som vanlig. De to trenerne ser ut til å være ganske jevngode. Sawyers Slaking slår Ashs Hawlucha, Talonflame slår Slaking, Clawitzer slår Talonflame, og Pikachu nedkjemper Clawitzer! Så kaller Sawyer på Aegislash, og det er veldig spennende når den Royal Sword Pokémon jager Pikachu gjennom skog-kamparenaen...

Det er Ash sin Pikachu mot Sawyers Aegislash i Kalos-ligaens semifinale! Sawyer presenterer en strategisk utfordring når Aegislash dekker hele kamparenaen med felte trær, men Ash og Pikachu finner ut hvordan de kan dra fordel av det, og Aegislash blir bekjempet! Så skjer det noe uvanlig: det blir to uavgjorte kamper når Ash sin Noivern og Sawyers Salamence slår hverandre ut, så skjer det igjen med Ash sin Goodra og Sawyers Slurpuff! Sawyers Sceptile bekjemper Pikachu, og til slutt møter Ash-Greninja og Mega Sceptile hverandre i en utrolig kamp mellom rivaler. Kampen er rask og voldsom...helt til Ash-Greninja tar seieren og Ash går videre til å møte Alain i finalen!

Finalerunden i Kalos-ligaen er i ferd med å begynne, og det er mye som foregår i kulissene!

Endelig er finalen i Kalos-ligaen i gang, og Ash møter Alain i en seks-mot-seks-kamp. Det virker som en jevnbyrdig kamp, og de gir hverandre den ene knockouten etter den andre. Pikachu slår Tyranitar og blir byttet ut med Noivern, som blir slått ut av Alains Weavile. Hawlucha vinner over Weavile, men taper mot Alains Bisharp. Så slår Ashs Talonflame og Alains Unfezant hverandre ut etter en spektakulær kamp i luften, og det er uavgjort med tre igjen på hver side! Pikachu kommer tilbake for å møte den massive Metagross .. og utviser enorm viljestyrke der den henger på for å vinne! Så tilkaller Alain partneren sin, Charizard, og begge Pokémon er selvsikre og ivrige før kampen!

Kalos-ligaens finale, mellom Ash og Alain, er i full sving, og Alains Charizard bekjemper en utslitt Pikachu. Så vinner Charizard over Goodra men taper mot Greninja .. og akkurat som begge trenerne har håpet, blir det Ash-Greninja mot Mega-Charizard X i den aller siste kampen! Angrepene og strategiene er raske og voldsomme, men til slutt er det Mega-Charizard X som triumferer, og Alain blir mester! Men mens alles øyne har vært på Kalos-ligaen, har Lysandre og Team Flare omsatt planen sin til handling .. og panikken fyller Lumiose City når deres fangede Zygarde slipper de fryktelige kreftene sine løs på Prisme-tårnet.

Premieutdelingen i Kalos-ligaen blir avbrutt når enorme slyngplanter sluker stadion og truer med å overta Lumiose City! Lysandre kunngjør Team Flares manifest. De vil skape en ny verden, hvor bare de "utvalgte" får være med dem! Ash og Alain setter av gårde for å redde Mairin, men Ash blir sjokkert over å oppdage at Alain har jobbet med Lysandre, og Team Flare fanger Ash i toppen av Prismetårnet. Vennene hans prøver å hjelpe, men en sint Zygarde står i veien for dem .. helt til den blir konfrontert av en Zygarde til, når Myki transformerer seg og avslører sin sanne identitet! Et oppgjør er nært forestående, og det er Zygarde mot Zygarde!

Mens Lysandres forsøk på å overta Lumiose City fortsetter, gjør heltene våre det de kan for å bekjempe ham. Ash og hans Pokémon har blitt fanget, men når Alain innser at det er samarbeidet hans med Lysandre som har ført til denne katastrofen, hjelper han dem med å komme seg løs. Ash og Alain slår seg sammen for å utfordre Lysandre til kamp! Myki, som viser seg å være den Legendariske Pokémon Zygarde, prøver fremdeles å nå fram til Team Flares Zygarde .. men Team Flares skrekkelige maskin gir dem snart kontrollen over Myki også, mens Bonnie fortvilt ser på! Hele verdens skjebne er i ferd med å bli avgjort. Hvem kommer til å vinne?

Lysandres trussel mot verden fortsetter, men heltene våre har delt seg og kjemper tilbake på flere fronter! Ash og Alain kjemper mot Lysandre, og Malva står sammen med dem i solidaritet. I mellomtiden konfronterer Bonnie den truende Zygarde og synger modig Myki-sangen sin gjennom tårer .. og Team Flares påvirkningskraft minker når Zygarde gjenopptar kontakten med vennen sin. Clemont entrer Prismetårnet for å bekjempe Xerosic, og Clembot plugger seg inn i kontrollsystemet i et forsøk på å stenge det ned. Å gjøre det vil slette minnet dens, men Clembot insisterer på at de ikke har noe valg, og Clemont må dessverre si seg enig. Han fullfører oppdraget, og Team Flares maskin slås av...for øyeblikket...

Team Flare ser ut til å være slått ut for øyeblikket. Clemont har ofret mye for å få ødelagt kontrollsystemet deres, og Alain og Ash har kjempet mot Lysandre. Men i det skurken forsvinner, lover han at den nye verdenen hans vil komme... I mellomtiden redder Mairin og Serena Chespie, men kan bare se på i redsel når den blir absorbert av den mystiske Kjempestenen, som endrer form så den ligner på Zygarde! Den begynner å bevege seg og setter kursen mot Anistar-soluret på jakt etter mer energi. Alle er fast bestemt på å stoppe den for enhver pris, inkludert Gymlederne og mesteren Diantha, som går sammen med heltene våre om å redde både Chespie og hele verden!

En utrolig forsamling av mektige Pokémon og Trenere, inkludert Kalos Gym-lederne og to Mesterne, har kommet for å hjelpe heltene våre med å stoppe Team Flare! Dette samarbeidet gjør at Ash og Alain kan redde Chespie fra Kjempestenen, og den ser ut til å ha blitt overvunnet, helt til den reiser seg nok en gang under Lysandres kontroll! Alt virker håpløst helt til Myki overbeviser den andre Kjernen om å bli med og kjempe. De to smelter sammen og blir den gigantiske Zygarde Complete Forme, som setter en stopper for Lysandres plan for godt. Til slutt er det på tide for Myki og Bonnie å ta farvel, men de vil alltid huske det urokkelige vennskapet som bidro til å redde verden!

Lumiose City Gym har vært gjennom mye, men alle samarbeider for å sette den i stand igjen. Clembot er også tilbake, selv om Clemont ikke har klart å gjenopprette minnet dens. Når det kommer en utfordrer på besøk, opplever Clembot sin første Pokémonkamp på nytt, og den elsker hvert sekund! Den ber Clemont om å lære den alt om Pokémon, og han er glad for å kunne begynne å gjenoppbygge vennskapet. Resten av heltene våre legger også planer. Ash vil reise hjem for å begynne på nytt. Alain skal jobbe for professor Sycamore igjen. Og Serena husker Palermos tilbud om å ha henne som elev...

Lumiose City er nesten som vanlig igjen, og Serena har en ide for å feire det. Med professor Sycamores hjelp steller hun og Shauna i stand en spesiell opptreden for alle sammen! Mesterklasse-rivalen deres, Jessilee, blir snart med dem, og showet blir en stor suksess! Serena vil fortsette å jobbe mot målet sitt som artist, men hun er usikker på hva som er neste steg. Med støtte fra Ash og moren sin bestemmer hun seg endelig for å takke nei til Palermos tilbud, slik at hun kan fortsette å bli bedre på egen hånd. Men Palermo har et overraskende svar. Hun foreslår at Serena bør reise til Hoenn-regionen for å prøve seg på Pokémon-konkurranser!

Etter å ha fulgt Goodra hjem, støter heltene våre plutselig på en enorm slyngplante, akkurat slik som de Team Flare slapp løs på Lumiose City! Vitenskapsmannen Xerosic prøver å videreføre Lysandres arbeid, og han vender til og med en tankekontrollstråle mot Clemont! Men Clemont er for smart for sånt, og en hemmelig oppfinnelse redder ham, og Xerosic blir arrestert. Når en ny slyngplante angriper heltene våre, kommer Myki og Zygarde for å hjelpe dem. De har en vanskelig forespørsel. Ash sin Greninja er i stand til å føle energien som nærer slyngplantene, og Myki trenger dens hjelp for å stoppe dem. Etter at Ash oppmuntrer til det, sier Greninja ja og blir med Myki for å hjelpe til med å beskytte Kalos-regionen!

På flyplassen i Lumiose er Ash på vei hjem til Kanto, Serena skal ta et fly til Hoenn, og Clemont og Bonnie er der for å følge dem. Det virker ikke som Dedenne skjønner hva som skjer, og når Bonnie forklarer at det er på tide å si farvel til vennene deres, blir Dedenne rasende og løper for å gjemme seg! Bonnie lokker den snart frem igjen med en rørende tale om å følge drømmer sammen, og så er tiden kommet for Serenas fly og et rørende farvel med Ash. Clemont har et perfekt forslag til hvordan de skal få tiden til å gå fram til Ash må dra: En kamp mellom Pikachu og Bunnelby, akkurat som den dagen da de møttes!

Professor Sycamore og Alexa utforsker noen ruiner, og der oppdager de en steinstatue av en kvinne kalt Aila, og en legende utfolder seg. En samling av nedtegnelser fra Kalos avslører at Ailas sanne kjærlighet, Jan, forsøkte å beseire Destruction Pokémon Yveltal. Han mislyktes, og landet ble tappet for alt liv mens Yveltal ble til en kokong og forvandlet Aila til stein. Jan fortsatte jakten på Life Pokémon Xerneas for å gjøre landet fruktbart igjen, selv om den ikke kan redde Aila. Da Kalos virket håpløst ute av balanse, dukket Order Pokémon Zygarde opp for å gjøre regionen bra igjen, og Jan forble ved Ailas side mens livets syklus fortsatte.

Citron visits Kalos to sight-see and enters a fishing competition. Dent uses a fishing machine. Citron calls it deplorable and dismisses him as ignorant. Although unimpressed with his company, Citron agrees to being shown around Lumiose.