De camino hacia Ciudad Fractal, Clem descubre un pequeño Pokémon verde, oculto en su bolsa. La Pokédex no lo identifica, así que Clem decide llamarlo Blandín. Poco después, nuestros héroes se reencuentran con su amigo Sabino y su Grovyle. La reunión pronto es interrumpida por un grupo de personas vestidas de rojo y con unas gafas raras, que están decididas a apoderarse del nuevo amigo de Clem.

Estos nuevos villanos son el Team Flare y han identificado a Blandín como uno de los núcleos que necesitan para su misteriosa "Operación Z". Ash y Sabino se unen para deshacerse de ellos, pero ellos se reagrupan para elaborar nuevos planes, mientras el Team Rocket los observa de cerca. Sabino sugiere que el grupo haga una parada en la Cueva Desenlace en su camino hacia Ciudad Fractal, y Blandín aprueba este plan rotundamente, por lo que el siguiente destino de nuestros héroes ya está decidido.

De camino hacia Ciudad Fractal, Ash y los demás llaman al Profesor Ciprés para saber algo más del nuevo amigo de Clem, Blandín. El Team Rocket se pone muy contento al oír que podría tratarse de un nuevo Pokémon y empieza a preparar un plan. Más tarde, cuando Serena y Eevee están ensayando, un Quilladin salvaje sale del bosque y le ofrece a Eevee un Látigo Cepa con forma de corazón y un ramo de flores.

Pancham y Chespin se apresuran a proteger a su amiga, y Quilladin les desafía a un combate en un intento de impresionar a Eevee. Enseguida el combate es interrumpido, y aparece el Team Rocket, que atrapa a Eevee, a Dedenne, a Blandín y a Bunnelby en una red. Quilladin, Pancham y Chespin deciden dejar a un lado sus diferencias y trabajan en equipo para enviar a los villanos a despegar de nuevo. Al poco rato, una Flareon salvaje llama la atención de Quilladin, que muy contento se separa de nuestros héroes.

Nuestros héroes viajan a través de un bosque cuando, de repente, oyen una llamada de socorro. Se encuentran a una mujer que tiene una pierna atascada en una fisura entre unas rocas. Ella les enseña la Megapiedra que estaba buscando, les dice que es la Enfermera Joy y los lleva a encontrarse con el Profesor Ciprés en el Centro Pokémon, donde su ayudante Audino y ella comienzan una acalorada discusión.

Todos están decididos a ayudar a que hagan las paces, sobre todo cuando el profesor les dice que para la megaevolución es necesario tener un vínculo fuerte. Al final, trabajan en equipo para curar a un Makuhita herido, y, cuando el Team Rocket ataca, se demuestra su vínculo cuando Audino megaevoluciona y rápidamente los envía a despegar de nuevo.

Tras haber conocido el Profesor Ciprés a Blandín, confiesa que no sabe qué es y decide volver a su laboratorio para investigar sobre él. Se separan, y nuestros héroes siguen su camino a Ciudad Fractal.

Mientras nuestros héroes cruzan una inmensa pradera, oyen un potente rugido en la distancia. Es el líder de una manada de Pyroar que está ordenando con severidad a un joven Litleo que abandone la manada y se vaya a vivir solo. El instinto de Ash es intervenir, pero, tras darse cuenta de que esto es un rito de iniciación, convence a sus amigos para seguir a Litleo a cierta distancia para poder tenerlo vigilado.

El viaje de Litleo se interrumpe cuando el Team Rocket aparece para atrapar a Pyroar, que también ha estado vigilando al pequeño desde una distancia prudente. Pero Litleo está decidido a detenerlos y encuentra el coraje y la fuerza necesarios para enfrentarse a los villanos. Con una pequeña ayuda de nuestros héroes, envía al Team Rocket a despegar de nuevo y libera a Pyroar. Parece que a Litleo le va a ir muy bien solo, por lo que, tras despedirse de su nuevo amigo, nuestros héroes reanudan el camino hacia Ciudad Fractal.

Nuestros héroes acampan al raso para observar una lluvia de estrellas y luego se acomodan en sus sacos de dormir. Durante la noche, Pikachu y Meowth se despiertan sedientos y se encuentran el uno al otro, cuando van en busca de agua… y entonces empiezan a vivir unas aventuras muy extrañas. Todos sus amigos Pokémon hablan como las personas, mientras que sus amigos humanos solo emiten sonidos en lenguaje Pokémon. Y, lo que es más, todos los Pokémon parecen ser capaces de evolucionar o involucionar a su voluntad.

Las cosas se ponen aún más raras cuando Pikachu y Meowth se encuentran con Blandín, que también puede hablar, y que está siendo perseguido por una gigantesca bola de fuego con cara. Salen huyendo del fuego, pero este sigue persiguiéndolos… hasta que suena el reloj despertador que Lem inventó, que acto seguido explota, despertándolos a todos.

En pleno descanso para almorzar, nuestros héroes se ven gratamente sorprendidos por la aparición de su viejo amigo, Sanpei junto a su Greninja. Se dirigen a su hogar, a la Aldea Ninja, e invitan a nuestros héroes. Allí conocen a los hermanos de Sanpei, Ippei y Nihei, además del jefe de la aldea, Hanzo y su ayudante, Shinobu.

Todos quedan impresionados por el avance de Sanpei como ninja y como Entrenador. Nuestros héroes se maravillan ante los sorprendentes Pokémon que hay allí… y el Team Rocket, observando desde arriba, conspira para atraparlos a todos. De repente, varios Skarmory atacan la aldea y un grupo de ninjas enmascarados secuestran al Jefe Hanzo. ¿Quiénes son y cuáles son sus intenciones? Las respuestas llegarán. Y el viaje continúa.

Mientras nuestros héroes visitan el hogar de su amigo Sanpei en la Aldea Ninja, Hanzo, el jefe, es capturado por un grupo de misteriosos ninjas. Su líder es Kagetomo, un poderoso ninja que ha decidido que él debería ser el jefe en lugar de Hanzo. Sanpei y sus hermanos están decididos a liberar al jefe y se enfrentan a Kagetomo y a sus fuerzas, con la ayuda de Ash, Serena y Lem.

Durante la batalla, el Frogadier de Ash evoluciona a un inmensamente poderoso Greninja. La fuerza ninja es derrotada, Kagetomo admite el error que ha cometido y decide concentrarse en su entrenamiento. Ash y sus amigos se quedan a disfrutar del festival de la aldea, en el que Hanzo nombra al hermano mayor de Sanpei, Ippei, como nuevo jefe. Tras la marcha de nuestros héroes, el hermano mediano, Nihei, les revela a los demás que ha visto algo en el Greninja de Ash que le recuerda al antiguo héroe de la aldea.

Serena, su amiga Nini y Jessilee (la Jessie del Team Rocket disfrazada) compiten en el Gran Espectáculo Pokémon de Pueblo Mosaico. La primera ronda es una Actuación Temática de elaboración de Pokélitos, pero no consiste solo en hornear, las Estrellas Pokémon tienen que realizar una coreografía mientras crean sus dulces. Luego, se pasa a la Actuación de Estilo Libre y al debut de Eevee en el Gran Espectáculo.

Eevee y Serena bailan juntas, mientras Braixen hace girar un anillo de fuego a su alrededor y, en un movimiento final, Eevee salta elegantemente a la llama flameante de Braixen. Sin embargo, cuando el público explosiona en vítores, Eevee se pone nerviosa y pierde el equilibrio. Este tropiezo es suficiente para darle la victoria a Jessilee y, con ella, su primera Llave Princesa.

En cuanto nuestros héroes entran en la Cueva Desenlace, Blandín sale corriendo. Antes de que los demás puedan alcanzarlo, Blandín envía un mensaje a un Pokémon de aspecto similar. Esto alerta al Team Flare y se dividen en grupos para atrapar a Blandín (al que llaman Z1) y a su amigo, Z2.

Cuando el Team Flare ya está cerca, Blandín invoca a un montón de células y se funde con ellas para convertirse en un feroz Pokémon de armas tomar. Golpea al Team Flare con un ataque devastador, y, por si eso no bastara, Ash saca a su Greninja, y los dos combaten como si se trataran de uno solo.

Por fin, el Team Flare se retira, pero Blandín ha desaparecido. Nuestros héroes parten a buscarlo, mientras el Team Flare vigila cada uno de sus movimientos.

Mientras nuestros héroes continúan buscando a Blandín tras su encuentro con el Team Flare, unos Toxicroak enfadados les hacen caer por un acantilado. Bunnelby se lanza hacia Clem para amortiguar su caída y se lesiona al hacerlo. La Enfermera Joy dice que necesita Nicera, una planta medicinal, para tratar a Bunnelby. Clem, sintiéndose culpable, se marcha a hurtadillas a buscar la planta.

Los demás pronto la alcanzan y juntos buscan la Nicera en la cima de una montaña. Mientras, Blandín los observa escondido, impresionado por la determinación de Clem. Bunnelby se recupera pronto y, justo cuando todos están a punto de salir de nuevo para buscar a Blandín, lo encuentran sano y salvo en la bolsa de Clem.

Serena recibe una invitación para el baile de Pierre, el presentador del Gran Espectáculo Pokémon. Todos quieren ir, pero los asistentes deben llevar una pareja. Serena se lo pide a un nervioso Lem, y la rival de Serena, Miette, se lo pide a Ash. Jessie y James también asisten, al igual que la Reina de Kalos, Aria. Y la fiesta culmina con una emocionante Batalla de Dobles: Serena y Ash contra Miette y James.

Cuando derriban a Eevee, Serena se acerca a darle fuerzas y, gracias al vínculo entre ambas, Eevee evoluciona a Sylveon y gana la batalla. Más tarde, Aria emocionada llama a Palermo, jueza del Gran Espectáculo, para hablarle de la maravillosa actuación de una chica y su Sylveon.

Ash y Sabino se encuentran y libran un combate, y Greninja y Sceptile, ahora evolucionados, están entusiasmados por su revancha. Cerca de allí, Alain, que está haciendo un viaje para estudiar la megaevolución, se detiene a observar el combate y siente mucha curiosidad cuando Greninja parece transformarse justo antes de derrotar a Sceptile.

Alain quiere ver qué más puede hacer el Greninja de Ash, por lo que le desafía a un combate contra su Charizard y, cuando Charizard megaevoluciona y la apariencia de Greninja vuelve a cambiar, el combate se vuelve intenso. Greninja, al final, es derrotado, pero todos están deseando saber más cosas sobre esta misteriosa transformación.

Mientras tanto, los experimentos del Team Flare parecen haber dado un paso adelante.

En busca del Team Flare y Squishy, el Team Rocket se encuentra con un Pokémon de aspecto similar, el que es conocido como Z2, y el Team Flare va justo detrás. Los dos euipos luchan una y otra vez y Z2 cambia de manos varias veces, hasta que emerge con tantas Células como para convertirse en un Pokémon serpenteante poderoso y amenazador que hace temblar la tierra con su ataque.

Z2, claramente tiene ventaja, pero Lysson ha pedido refuerzos. Con la ayuda de Alain y su Mega-Charizard lucha contra Z2 hasta un punto muerto y lo encierra en una jaula. Mientras tanto, en el campamento de nuestros héroes, Clem acaricia a un triste y preocupado Squishy, intentando averiguar qué es lo que va mal.

Nuestros héroes se encuentran con un robot a la antigua usanza plantando semillas en un desierto y a su protector, un poderoso Chesnaught. Conocen al nieto del inventor y se enteran de la misión del robot Robon de replantar el bosque que antes cubría toda la zona. Pero hasta ahora nada ha funcionado y Robon está empezando a agotarse.

Lem hace unas reparaciones para volver a poner a Robon en forma y todos los Pokémon trabajan juntos para encontrar una fuente de agua subterránea, pero está bloqueada por una enorme roca. Robon perfora la roca para liberar un impetuoso manantial y mientras nuestros héroes se dirigen hacia Ciudad Fractal, se observan las primeras señales de nuevo crecimiento.

Nuestros héroes están en Ciudad Florida para el siguiente Gran Espectáculo Pokémon de Serena, donde ella espera ganar su tercera Llave Princesa y calificarse para la Clase Maestra. Se enfrenta a la favorita local, llamada Amelia, quien realiza un excelente espectáculo. Serena y sus Pokémon están más inclinados a divertirse que a ser perfectos y al final, ella gana.

Por accidente, Serena oye a Amelia quejarse ante la jueza del Gran Espectáculo, Palermo, por haber perdido. Más tarde, Palermo le dice a Serena que todavía no tiene lo que hace falta para ser Reina de Kalos. Serena piensa en ello mientras nuestros héroes se dirigen hacia el siguiente Gran Espectáculo Pokémon en Ciudad Gloria, donde competirá en la Clase Maestra.

Por una vez, Ash, Serena y Clem tienen problemas para seguirle el paso a Lem, ya que eéste corre hacia un festival en honor del Pokémon lLegendario Zapdos, que llega en una furiosa tormenta de rayos. Nuestros héroes buscan refugio en una cueva, donde conocen a un paramédico herido que les pide que lleven una medicina a una niña.

Ash encuentra al Team Rocket escondido en otra parte de la cueva, y pronto queda claro por qué está tan enfadado Zapdos. Envía a Talonflame y a Hawlucha a distraer a Zapdos para poder escapar y, cuando Zapdos abate a Hawlucha, Noibat evoluciona a Noivern para rescatar a su amigo. Ash entrega la medicina y el festival comienza.

Nuestros héroes van a ver la exposición de una gema, pero esta se cancela cuando aparece el Maestro Abre-Cerraduras. A menudo, el objetivo de este es el trabajo de Don Eduardo, el cerrajero, cuyo aprendiz se despidió recientemente. Don Eduardo tiene sus sospechas.

Cuando se declara un incendio en el Centro Pokémon, Lock, el aprendiz de Don Eduardo, se queda atrapado dentro. Don Eduardo va a ayudarle, y los dos cerrajeros y sus amigos Binacle trabajan juntos para abrir la complicada cerradura. Lock confiesa que se ha convertido en el Maestro Abre-Cerraduras para ganarse el respeto de Don Eduardo, y este contesta que ya lo sabía.

Abren la cerradura, y la Agente Mara arresta a Lock, pero luego le deja ir con una advertencia. Don Eduardo, Lock y sus Binacle se reúnen, y todo se resuelve.

Ha llegado la hora del Gran Espectáculo Pokémon, en la categoría de la Clase Maestra, y Xana, Miette y Nini, las amigas y rivales de Serena, han venido a competir: Xana, Miette y Nini. Por primera vez, las Eestrellas Pokémon competirán simultáneamente en una Actuación de Estilo Libre, y la que reciba más votos de cada grupo de tres, avanzará.

Jessie, (disfrazada de Jessilee), gana en el grupo de Nini en la primera ronda, y Serena vence a Miette. Después de perder, las dos niñas están disgustadas, pero felicitan a Serena y le exigen que gane por todas ellas. Serena, Jessie y Xana pasan a competir en las semifinales..., y la ganadora desafiará a Aria por el título de la Reina de Kalos.

Serena acaba por delante de Jessie y Xana, así que le toca desafiar a Aria por la corona de la Reina de Kalos. Mientras Palermo observa, Serena hace una actuación espectacular con sus tres compañeros Pokémon. Pero Aria defiende con éxito su título, y luego le pide a Serena que vuelvan a actuar juntas en algún momento.

Después, Palermo se reúne con Serena, que aún está entusiasmada por convertirse en la Reina de Kalos. Palermo está impresionada con su progreso y se ofrece a ser su mentora. Después de pensarlo un poco, Serena decide continuar su viaje con Ash y los demás por ahora, pero Palermo le dice que la oferta seguirá en pie cuando esté preparada.

Clem siempre está buscando a alguien para que se case con su hermanito mayor, hasta que, de pronto, ese alguien aparece. Lilia está buscando un compañero que pueda relevar a su padre en su empresa de robótica. También parece que a su Buneary le gusta el Bunnelby de Lem. Todo está encajando a la perfección, pero Clem no podría ser más infeliz.

Más tarde, en medio de un ataque del Team Rocket, Clem se encuentra en peligro, y Lem corre a rescatarla, sacrificando incluso su valioso Brazo Aipom en el proceso. Lilia decide que no está preparada para casarse después de todo, así que los hermanos se reconcilian y nuestros héroes parten de nuevo hacia Ciudad Fractal.

El guitarrista de rock Jimmy y su Pikachu, Rocky, están siempre buscando a otros fuertes Entrenadores de Pikachu para combatir, y el Team Rocket los dirige hacia donde está Ash. Pero Ash está en la cama con fiebre y, cuando Jimmy aparece, Serena está indecisa. Sabe que Ash querrá librar un combate, pero necesita descansar, por lo que decide disfrazarse de Ash y Pikachu le sigue el juego.

El combate está yendo bien para Serena, cuando el Team Rocket se hace con los dos Pikachu, pero, tras una rápida recuperación, Ash ayuda a derrotar a los villanos. Jimmy está impresionado con las habilidades de combate de Serena, pero aun así quiere desafiar al verdadero Ash... justo después de almorzar.

Lem se ha estado preguntando por el misterioso cambio que les ocurre a veces a Ash y a Greninja durante el combate y quiere llegar al fondo del asunto… con la ciencia. Desafía a Greninja a combatir contra su Luxray mientras el Mini-Lembot realiza un análisis, pero no ocurre nada especial.

Mientras Greninja se está curando, Alain y su Charizard se pasan por el mismo Centro Pokémon y, con mucho entusiasmo, acceden a librar un combate. Durante esta feroz competición, Ash y Greninja se sincronizan, y Greninja se transforma en un espectacular despliegue de poder, pero el combate se interrumpe después de que Ash reacciona de manera intensa y alarmante. Aun así, está decidido a hacerse más fuerte junto a Greninja.

El Team Rocket encuentra unos deliciosos macarons en el bosque y, muy contentos, empiezan a comérselos, solo para verse atacados por un grupo de Phantump que creen que las golosinas son suyas. Pero un pequeño Phantump con colores insólitos sale volando con ellos por accidente. Cuando el asustado Phantump aterriza entre nuestros héroes, estos le presentan nuevos amigos y le prometen llevarlo de vuelta a casa, pero el Team Rocket tiene otros planes.

Disfrazados, los villanos alejan a Phantump con la promesa de más amigos nuevos, pero sus verdaderos amigos pronto corren a rescatarlo, mientras aparece el grupo de Phantump del bosque para enviar al Team Rocket a despegar de nuevo.

Tras oír la inquietante predicción de la Líder de Gimnasio Ástrid, la Campeona Dianta visita a nuestros héroes, justo cuando Ash y Greninja están en pleno entrenamiento especial. Para averiguar más cosas del vínculo que comparten durante el combate, Dianta los desafía y Ash aprovecha la oportunidad. Dianta consigue que su Gardevoir esquive cada golpe con facilidad, hasta que Ash y Greninja comienzan a fundirse. Gardevoir tiene que megaevolucionar para estar a su nivel, y el vínculo entre Ash y Greninja se intensifica más que nunca, hasta que los dos pierden el conocimiento. Dianta promete averiguar más cosas sobre dicho vínculo, el cual podría tener relación con la predicción de Ástrid. Tras el combate con la Campeona, Ash está todavía más entusiasmado con la Liga de Kalos.

En su camino hacia Ciudad Fractal, nuestros héroes se encuentran con su amigo Sabino, el cual ya ha ganado su octava Medalla de Gimnasio. Ash quiere presumir de lo que ha aprendido sobre Greninja, y Sabino quiere mostrarle lo muy fuerte que se ha hecho, así que es hora de librar un combate. Tras algunas inteligentes tácticas por parte de Sabino, el combate se reduce a Greninja y Sceptile, pero, por alguna razón, Ash y Greninja no parecen conectar como lo hacen normalmente, y Sabino derrota a Ash por primera vez. Entusiasmado, decide ir a presenciar el combate de Ash en el Gimnasio Fractal. Mientras tanto, los científicos del Team Flare continúan con sus experimentos, y Blandín, desesperado, trata de contactar con Z2.

Nuestros héroes, en compañía de Sabino, por fin llegan a Ciudad Fractal, y Ash está decidido a ganar su última medalla en el helado gimnasio. El primero en salir es el Abomasnow de Édel, cuya habilidad provoca que granice abundantemente en el ya helado campo de batalla. Tras imponerse Hawlucha y conseguir la primera victoria para Ash, Édel saca a Avalugg, capaz de recuperarse poco a poco del daño que recibe, gracias al granizo, algo que resulta muy eficaz, puesto que Avalugg noquea a Hawlucha y a Talonflame, e incluso derrota a Greninja, aun habiéndose fusionado con Ash para convertirse en Greninja Ash, como Clem lo llama. Ash se siente abatido y, mientras Greninja se recupera, él se aleja solo para también poder recuperarse.

Ash está solo en el bosque, tras perder en el Gimnasio Fractal. Serena le sigue el rastro, pero terminan discutiendo a gritos, y ella sale corriendo, tras decirle a Ash, muy enfadada, que empiece a portarse de nuevo como es propio de él.

Comienza una tormenta de nieve, y Ash se refugia en una cueva con algunos Pokémon asustados. Se mete en problemas tratando de ayudar a un Spewpa atrapado, pero Greninja aparece justo a tiempo y se transforma en "Greninja Ash", sin el más mínimo esfuerzo, para rescatar a Spewpa. Cuando nuestros héroes se reúnen, Ash promete no volver a perder los nervios, una promesa que Greninja le va a hacer cumplir, cuando Ash se entera de que la Liga de Kalos se va a celebrar en Ciudad Luminalia.

Tras haber avanzado otro paso, Ash vuelve al Gimnasio de Ciudad Fractal para su revancha contra Édel y, esta vez, las cosas son muy diferentes. Édel desafía a Ash a que le muestre un combate ardiente, y Ash desde luego cumple, ya que Pikachu y Talonflame derriban al Bergmite y al Avalugg del Líder del Gimnasio, antes del trepidante cara a cara final.

Al principio, Greninja contra Abomasnow, y luego Greninja Ash contra Mega-Abomasnow, puesto que Édel saca una inesperada Piedra Activadora. A pesar de ser un gran desafío, Greninja Ash se viene arriba, y Ash gana su última Medalla de Gimnasio y se clasifica para la Liga de Kalos.

Nuestros héroes van a visitar los pantanos, donde vive Goodra, el amigo de Ash. Y, de repente, se topan con un grupo de Carbink muy agobiados. Uno de sus amigos Carbink les está gastando una broma, se ha escondido y se niega a salir. Todos se unen a la búsqueda, pero los Carbink son atraídos hacia una trampa y utilizados como piezas de un robot del Team Rocket.

Sintiéndose mal por los problemas que ha provocado, el travieso Carbink forma equipo con Goodra para liberar a sus amigos y enviar a los villanos a despegar de nuevo. Mientras tanto, Alain ha derrotado a la Líder de Gimnasio Corelia, ganando su octava Medalla de Gimnasio. Y ahora está impaciente por enfrentarse a un oponente en particular, en la Liga de Kalos.

A Ash, Serena y Clem les está costando seguir el paso a Lem. ¿A dónde va con tanta prisa? Al Festival de los Artilugios, donde divertidos inventores exhiben sus creaciones mecánicas y donde Lem está en su salsa. El Team Rocket también participa con algunos artilugios de su invención, pero, para variar, su objetivo es robar Poké Balls a Entrenadores incautos. Cuando Ash y sus amigos descubren su plan, se enfrentan a los villanos, pero estos contraatacan usando un artilugio capaz de potenciar a Meowth, y que Lem considera toda una genialidad. Pero el invento del Team Rocket se queda un poco corto y, de nuevo, los villanos salen despegando, y nuestros héroes regresan para disfrutar del festival.

Nuestros héroes por fin han llegado a Ciudad Luminalia para la Liga de Kalos, donde se encuentran con Beni, Trovato, Sabino e incluso con Alain. La primera pareja de rivales es la de Trovato contra Alain, un combate que resulta toda una sorpresa por ser de Mega-Charizard contra Mega-Charizard. Trovato da señales claras de lo muy duro que ha estado entrenando, pero Alain es demasiado poderoso, y Trovato es eliminado.

A Ash le detiene un rival tenaz en su camino hacia el campo de batalla y llega justo a tiempo para su enfrentamiento. Su oponente empieza con un impresionante Altaria, pero Greninja Ash consigue una victoria rápida. Mientras tanto, ambos, Sabino y Alain, esperan con paciencia su oportunidad de enfrentarse a Ash.

En la Liga de Kalos, Ash derrota a Astrid y a su Mega-Absol, pasando a las semifinales y asegurándose un lugar junto a Alain. Solo queda una vacante, y Beni y Sabino pelean por ella. Beni y su Pokémon parecen ganadores cuando empiezan sus pasos de baile, pero el analítico Sabino ha estado observándolos y sabe qué debe hacer. También tiene un arma secreta propia y, cuando su Sceptile megaevoluciona, todo se acaba. Sabino y Ash deberán enfrentarse en las semifinales en un combate de seis contra seis. Ash solo dispone de cinco Pokémon, hasta que Kinan aparece en compañía de Goodra, que será el encargado de completar el equipo de Ash.

Alain y Remo se enfrentan en las semifinales de la Liga de Kalos, y está claro que los dos Entrenadores tienen una rivalidad apasionada, pero el Mega-Garchomp de Remo no es rival para el Mega-Charizard de Alain, y es él quien pasa a la última ronda. A continuación, Ash y Sabino se enfrentan en el combate completo que tanto esperaban. Sabino aporta su estilo analítico y frío, mientras que Ash combate apasionadamente, como siempre. Los dos Entrenadores quedan muy igualados. El Slaking de Sabino vence al Hawlucha de Ash; Talonflame derrota a Slaking; Clawitzer vence a Talonflame y Pikachu derrota a Clawitzer. Entonces, Sabino saca a Aegislash, y el ambiente se tensa cuando el Pokémon Espada Real persigue a Pikachu a través del campo de batalla.

El Pikachu de Ash combate contra el Aegislash de Sabino en las semifinales de la Liga de Kalos. Sabino inicia un desafío estratégico cuando Aegislash deja el campo de batalla cubierto de árboles talados, pero Ash y Pikachu averiguan cómo usarlo en su beneficio, y Aegislash es derrotado.

Luego ocurre algo insólito: un empate, ya que el Noivern de Ash y el Salamence de Sabino se noquean el uno al otro. Y luego vuelve a ocurrir con el Goodra de Ash y el Slurpuff de Sabino. El Sceptile de Sabino derrota a Pikachu y, por fin, Greninja Ash y Mega-Sceptile se enfrentan en un impresionante combate. El combate es rápido y encarnizado, hasta que Greninja Ash emerge victorioso, y Ash pasa a la final para enfrentarse a Alain.

El día anterior a la final de la Liga de Kalos entre Ash y Alain, nuestros héroes conocen a la pequeña amiga de Alain, Mairin, durante el rescate del imprevisible Chespin de Lem. El Team Flare también está en Ciudad Luminalia, preparando una operación secreta, aprovechando que todo el interés está puesto en la liga, y Lysson tiene planes para Ash cuando todo acabe. Mientras tanto, el Profesor Ciprés, que ha estado investigando a Greninja Ash, muestra a nuestros héroes un antiguo manuscrito que describe la misteriosa Metamorfosis Afectiva, que requiere que un Entrenador y un Pokémon tengan una vinculación muy particular y estrecha. Después de eso, Ash anima a sus Pokémon para el combate inminente, mientras que Alain entrena duro con su Charizard. Su misión de recolectar energía de la megaevolución casi ha terminado.

La muy esperada final de la Liga de Kalos está en marcha, y Ash se enfrenta a Alain en un combate de seis contra seis. Los dos parecen muy igualados, intercambiando K.O., entre ellos. Pikachu vence a Tyranitar. Ash lo cambia por Noivern, que cae ante el Weavile de Alain. Hawlucha derrota a Weavile, que más tarde pierde contra el Bisharp de Alain.

A continuación, el Talonflame de Ash y el Unfezant de Alain se noquean el uno al otro, tras un espectacular combate aéreo, y empatan tres a tres. Pikachu regresa para enfrentarse al enorme Metagross, demostrando una determinación asombrosa, y se hace con la victoria. Entonces, Alain saca a su compañero Charizard, y ambos Pokémon se disponen a librar el combate que tienen por delante con confianza y alegría.

La final de la Liga de Kalos entre Ash y Alain está en pleno auge. El Charizard de Alain derrota a un Pikachu demasiado agotado. Después, el Bisharp de Alain vence a Goodra, que luego cae ante Greninja, y, tal y como esperaban ambos Entrenadores, en el último combate se enfrentan Greninja Ash y Mega Charizard X.

Los ataques y estrategias son rápidos y potentes, pero al final Mega Charizard X sale triunfante, y Alain se convierten en el Campeón. Sin embargo, mientras que todos los ojos están concentrados en la Liga de Kalos, Lysson y el Team Flare ponen en marcha su plan, y el pánico se apodera de Ciudad Luminalia, cuando el Zygarde capturado lanza sus terroríficos poderes contra la Torre Prisma.

La ceremonia de la entrega de premios de la Liga de Kalos se ve interrumpida por unas lianas gigantescas y horribles que envuelven el estadio y amenazan con apoderarse de Ciudad Luminalia. Lysson da a conocer a los habitantes, los planes del Team Flare. Quieren crear un nuevo orden mundial, donde solo los "elegidos" se unirán a ellos.

Ash y Alain parten a rescatar a Mairin, pero Ash se queda sorprendido al descubrir que Alain ha estado trabajando con Lysson, y el Team Flare encierra a Ash en la cima de la Torre Prisma. Sus amigos tratan de ayudarlo, pero un furioso Zygarde se interpone en su camino. Pero un segundo Zygarde se enfrenta a él, puesto que Blandín se transforma y revela su verdadera identidad. Se aproxima una gran batalla, de Zygarde contra Zygarde.

Mientras continúa el intento de Lysson de apoderarse de Ciudad Luminalia, nuestros héroes están haciendo todo lo que pueden por derrotarlo. Ash y sus Pokémon han sido capturados, pero, cuando Alain comprende que su trabajo con Lysson ha sido solo una traición, los ayuda a liberarse. Ash y Alain unen sus fuerzas para desafiar a Lysson a un combate.

Blandín, una vez revelado como el Pokémon legendario Zygarde, sigue tratando de comunicarse con el Zygarde del Team Flare, pero una horrible máquina del Team Flare hace que Blandín quede bajo su control, mientras Clem lo observa todo con desesperación. El destino del mundo está en juego. ¿Quién saldrá victorioso?

La amenaza de Lysson contra el mundo continúa, pero nuestros héroes se han separado y contraatacan desde distintos frentes. Ash y Alain se enfrentan a Lysson en una batalla, y Malva se solidariza con ellos. Mientras tanto, Clem se enfrenta al amenazante Zygarde y le canta entre lágrimas y con valentía su canción de Blandín. Zygarde vuelve a conectar con su amiguita, y la influencia del Team Flare se desvanece.

Lem entra en la Torre Prisma para derrotar a Xero, y Lembot se conecta al sistema de control con la intención de apagarlo. Al hacerlo, borrará su memoria, pero Lembot insiste en que no tienen elección, y Lem accede a hacerlo con gran tristeza. Al completar la desconexión, la máquina del Team Flare se apaga... de momento.

El Team Flare parece haber sido derrotado, de momento. Lem ha destruido su sistema de control a un precio personal demasiado alto, y Alain y Ash han luchado contra Lysson hasta llegar a un punto muerto. Pero, cuando el villano se esfuma, afirma que su nuevo mundo llegará. Mientras, Mairin y Serena rescatan a Chespie, pero inmediatamente presencian horrorizadas cómo es absorbido por la misteriosa Roca Gigante, que cambia de forma para adoptar la apariencia de Zygarde. Y empieza a avanzar, dirigiéndose hacia el reloj solar de Fluxus en busca de más energía. Todos están decididos a detener esto como sea. Incluidos los Líderes de Gimnasio y la Campeona Dianta, que se unen a nuestros héroes para rescatar a Chespie y salvar el mundo.

Una asombrosa reunión de poderosos Pokémon y Entrenadores, que incluye a los Líderes de Gimnasio de Kalos y dos Campeones, ha venido a ayudar a nuestros héroes a detener al Team Flare. Este trabajo en equipo permite a Ash y a Alain recatar a Chespie del interior de la Roca Gigante, que en un principio parece derrotada hasta que de nuevo vuelve a alzarse controlada por Lysson.

La situación es desesperada, pero Blandín convence al otro núcleo para que se una a la batalla. Los dos se fusionan para convertirse en el titánico Zygarde Forma Completa, que detiene el plan de Lysson de una vez por todas. Finalmente, es hora de que Blandín y Clem se despidan, pero siempre recordarán su inquebrantable amistad que ha ayudado a salvar al mundo.

El Gimnasio de Ciudad Luminalia ha sufrido muchos daños, pero todos trabajan juntos para volver a ponerlo en marcha. Lembot también ha vuelto, aunque Lem no ha sido capaz de restaurarle la memoria. Cuando llega un Entrenador solicitando un Combate de Gimnasio, Lembot experimenta su primer combate Pokémon, y lo disfruta a tope. Le pide a Lem que le enseñe todo sobre los Pokémon, y Lem está feliz de reconstruir su amistad.

El resto de nuestros héroes también han hecho planes. Ash quiere volver a casa para empezar de nuevo. Alain vuelve a trabajar para el Profesor Ciprés. Y Serena recuerda la oferta que Palermo le hizo para estudiar con ella.

Ciudad Luminalia está cerca de volver a la normalidad, y Serena tiene una idea para celebrarlo. Con la ayuda del Profesor Ciprés, Xana y ella organizan un número especial para todos. Pronto se une a ellas su rival en la Clase Maestra, Jessilee, y el espectáculo es un enorme éxito. Serena quiere seguir trabajando en sus objetivos de la actuación, pero no está segura del siguiente paso. Con la ayuda de Ash y de su madre, por fin decide rechazar la oferta de Palermo para poder seguir mejorando por sí sola. Pero Palermo tiene una respuesta sorprendente: le sugiere a Serena que viaje hasta la región de Hoenn para intentarlo en los Concursos Pokémon.

Tras devolver a Goodra a su hogar, nuestros héroes de pronto deben enfrentarse a una liana trepadora gigante como las que el Team Flare liberó en Ciudad Luminalia. El científico Xero está intentando continuar el trabajo de Lysson, e incluso usa contra Lem un rayo controlador de la mente, pero Lem es demasiado inteligente para eso. Un invento secreto le rescata, y Xero es detenido. Cuando otra liana ataca a nuestros héroes, Blandín y Zygarde vienen al rescate, con una petición difícil. El Greninja de Ash es capaz de percibir la energía que alimenta a las lianas, y Blandín necesita su ayuda para detenerlas. Con el consentimiento de Ash, Greninja acepta y se une a Blandín para ayudar a proteger la región de Kalos.

En el Aeropuerto de Luminalia, Ash coge un vuelo para volver a su casa en Kanto, Serena coge un avión hacia Hoenn y Lem y Clem vienen a despedirlos. Dedenne no parece entender qué está pasando y, cuando Clem le explica que es hora de despedirse de sus amigos, Dedenne tiene una rabieta y sale corriendo a esconderse.

Clem le convence para que salga de su escondite, con una charla emotiva sobre perseguir juntos sus sueños, y llega la hora de que Serena coja el avión, y de una emotiva despedida de Ash. A Lem se le ocurre la idea perfecta para pasar el tiempo hasta que Ash tenga que partir. Un combate entre Pikachu y Bunnelby, igual que el día en que se conocieron.

El Profesor Ciprés y Alexia exploran unas ruinas donde descubren la estatua de piedra de una mujer llamada Aila y aparece una leyenda. Una serie de registros de Kalos revela que el verdadero amor de Aila, Jan, intentó derrotar al Pokémon Destrucción, Yveltal. Cuando fracasó, toda la vida desapareció de la tierra, Yveltal volvió a su forma de crisálida y convirtió a Aila en piedra.

Jan continuó su misión, en busca del Pokémon Creación, Xerneas, para que nutriera la tierra estéril, aunque no pudo recuperar a Aila. Cuando Kalos parecía haber perdido el equilibrio por completo, el Pokémon Equilibrio, Zygarde, apareció para restaurarlo, y Jan permaneció al lado de Aila mientras el ciclo de vida y destrucción continuaba.

Al regresar de su viaje con Ash, Clemont/Lem se ha dedicado completamente al Gimnasio Lumiose/Luminalia, cuando por fin tiene un día libre decide pasarlo con su hermana Bonnie/Clem en un concurso de pesca en el río. Nunca se imaginaron que ahí conocerían a alguien que tiene como amigo en común a Ash Ketchum.