ヤンチャムとハリマロンのケンカがきっかけで、ネネというトレーナーと出会ったサトシたち。ネネもセレナと同じくトライポカロンの出場を目指していた。お互いのパフォーマンスを見せ合っていると、ロケット団が現れポケモンたちを奪い去ってしまった！トレーナーと離れ離れのピンチに立ち上がったのはケンカ中のヤンチャムとハリマロン！？

ミュライユ海岸でポケモン釣りをしていたサトシは、“クサモドキ”ポケモン・クズモーを釣り上げる。クズモーの攻撃で猛毒状態になってしまったピカチュウは、通りすがりの夫婦に治療を受ける。水中考古学者である二人は、このあたりに沈没していると考察する豪華客船「カッスラー号」を見つけるため、この海域を潜るという。その調査を手伝うことになったサトシ達。一方、豪華客船と聞いて財宝ゲットを狙うロケット団の影が・・・。

サトシたちは、ブルーを襲う色違いのルチャブルを見かける。ブルーを助けようとしたサトシだったが、実はそれはお芝居の練習だった。練習を邪魔した上、はずみで主役のエルレイドにケガをさせてしまい、代わりにサトシのルチャブルが舞台に出ることに。向かえた本番では騒ぎに乗じてロケット団が乗り込んできて…。

サトシ達はバトルの特訓中、傷を負ったサンペイとゲッコウガと再会する。サンペイたちは秘密の巻物をある館まで届けるという任務の途中、謎の“仮面の忍者”に襲われたという。サトシたちはサンペイの力になろうと、一緒にその館を目指すことにする。ところがふたたび仮面の忍者があらわれバトルへ。あれ？サトシのケロマツの様子が？

とある牧場に立ち寄ったサトシたちは、セレナのママと再会する。一流のサイホーンレーサーに育てたいというママの想いを感じながらも、セレナは意を決し「ポケモンパフォーマーになりたい」という想いを伝える。しかし認めてくれないママに対し、セレナは「メェークルレースで勝つことができたら夢を認めてほしい」という勝負を提案する。

サトシ達は旅の途中で発電所を占領していたカラマネロと再会する！すると不意をつかれたサトシ達とロケット団が囚われの身に。難を逃れた、シトロンとコジロウは何とか皆を助けようとするが、コジロウのマーイーカの様子が…。

ヒヨクシティに向かう途中、サトシたちは最弱のドラゴンタイプ、ヌメラに出会う。弱っているヌメラを助けたサトシたちのスキをついて、ピカチュウとヌメラがロケット団にさらわれてしまう。ピカチュウとヌメラは、力を合わせて逃げ出そうとするが？

旅の途中、池をみつけたサトシたちはポケモンたちに水浴びをさせることに。ところがその池はロケット団の作った罠だった。バラバラになってしまったサトシ一行、何とか合流するもヌメラが迷子になってしまう。デデンネがヌメラを追いかけ見つけたが、ヌメラはロケット団に捕まってしまっていた！

ヒヨクシティに到着したサトシたち。ヒヨクシティのポケモンセンターで迷子のバニプッチを保護していると聞いたサトシたちは早速バニプッチに会いにいくことに。ところがバニプッチはロケット団に誘拐されてしまう。バニプッチの後を追いかけると突然、大雪が降り出して！？

いよいよ迎えたヒヨクジム戦、サトシはヒヨクシティのジムリーダー、くさタイプ使いのフクジに挑む。多彩な技でサトシを追い詰めるフクジに、サトシはあえて相性の悪いみずタイプのゲコガシラで挑む。果たしてサトシの作戦とは？そして、無事ジムバッチを手に入れることが出来るのか！

今日は年に一度のヒヨクシティのお祭りの日。この日に一番大きな誓いの樹の下でポケモンにプレゼントを贈ると互いの絆が深まると聞いたサトシとセレナは、二人でポケモン達へのプレゼントを買いに出かける。初めてピカチュウも、他のポケモンもいない二人っきりでのお買い物…あれ？これってもしかしてデートなんじゃ！？

今日はいよいよセレナのトライポカロンデビューの日。緊張を隠し切れないセレナだったが、サナと合流して決意を新たにし準備はＯ．Ｋ．果たしてセレナはサナ、ムサシ等、ライバル達を抑えデビュー戦での勝利を飾れるのか？いよいよ、トライポカロン、ヒヨク大会の幕が開く…！

サトシ達は、旅の途中の荒野で、傷ついたバネブーを助ける。バネブーは、荒野の中にあるオアシスで平和に暮らしていたのだが、フラリと現れたブーピッグにいじめられて逃げ出したという。サトシ達はバネブーを助けようとするが、黒幕のロケット団の罠にはまって囚われてしまう。檻を抜け出したデデンネとヌメラがブーピッグに立ち向かう！するとヌメラの様子が!?

旅の途中、カロス発電所の近くを通りかかった一行は発電所に立ち寄ることに。ところが発電所に近づくとピカチュウ達に異変が！実はロケット団が発電所を占領してでんきタイプのポケモン達を操っていたのだ！サトシ達はポケモン達を助けだせるか？そういえばシトロンが何か悩んでるみたいだけど…？

サトシ達とのバトルのせいでコジロウ、ニャースとはぐれてしまったムサシとソーナンス。川に落ちて溺れてしまったところを医師のホワイトに助けられる。すると何とムサシはホワイトに一目ぼれ！ソーナンスもホワイトのパートナーのソーナンスと良い雰囲気に…愛と悪の狭間で悩むムサシ、どうなるロケット団！？

次のトライポカロンに向けて練習中のセレナ、ところが練習が上手くいかずセレナはついフォッコ達に辛く当たってしまう。セレナは気持ちを整理しようと少し一人で行動することに。するとエレーナと名乗る謎のお姉さんが声をかけてきて一緒に買い物をすることに…あれ？このお姉さんの顔どこかで見たような？

ミアレシティへと向かっていたサトシ達一行は、森でティエルノと再会する。ジム戦に向けてティエルノとの特訓バトル中に、ロケット団のメカが現れてティエルノのカメールとライチュウ、そしてサトシのヌメイルがさらわれてしまう！何とかロケット団を追い詰めた一行だったが、バトルの余波で火事が発生して大ピンチ!!その時、あのポケモンが立ち上がる!!

ミアレシティに戻ってきたサトシたちは、約束だったシトロンとのジム戦に挑もうとしていた。すると突然、ジュンサーさんが乱入！何とシトロイドを逮捕するという!!どうやらシトロイドそっくりのロボットがミアレシティで様々な悪さをしているらしい。果たしてサトシ達はシトロイドの無実を証明できるのか？

ついに迎えたミアレジム戦、男と男の約束を果たす時！ここまで一緒に旅を続けてきたサトシとシトロン。手持ちポケモンや、よく使う技など、互いの特徴を良く知る二人のバトルは、かつてないほど激しいモノに…全力と全力がぶつかり合うバトルの末、最後に鍵を握るポケモンとは…？

プラターヌ研究所へ立ち寄ったサトシ達。プラターヌ博士が発見したメガストーンがガブリアスナイトだと判明し、盛り上がる一行だったが、ロケット団にキーストーン、メガストーンそしてガブリアスを奪われてしまう！後を追うサトシ達、しかしロケット団は、何とガブリアスをメガシンカさせて迎え撃とうとして！？

旅の途中、とある湿地帯に立ち寄ったサトシたち、なんとそこはヌメルゴンの故郷だった！！かつての仲間たちと再会し、嬉しそうではあるもの、どこか様子のおかしなヌメルゴン。そこへ、湿地帯の支配者フラージェス率いる軍団が攻め込んできた！？仲間を守るため、故郷の平和を守る為、ヌメルゴンが立ち向かう！！

ヌメルゴンの故郷の湿地帯に滞在中のサトシたち。湿地帯にすむポケモン同士の対立に心を痛めつつも、人がポケモン同士の関係に立ち入るのは…と思い悩んでいた。その夜突如としてフラージェス率いる一団がピカチュウたちをさらっていった！救出に向かうサトシたち、騒動の裏にうごめく怪しい影の正体とは…？

ロケット団とのバトル中、突然ゴロンダに襲われたサトシたち一行。混乱の中皆とはぐれたユリーカは、気がつくと隣にいたのが何とあのロケット団のニャース!?しかも互いの身体にツルが絡って繋がってしまい、嫌でも一緒に行動するハメに。迫りくる様々なトラブル、果たしてユリーカとニャースは無事夫々の仲間のもとまで辿り着くことができるのか!?

森で迷子になってしまったサトシたち。辿り着いたのは、オバケがでるとウワサの“こわいイエ”だった！？戸惑う一行の前に家の住人だという老人、コールが現れ家に寄っていかないかと提案してきた。雨が降りはじめたこともあり、好意を受けることにした一行。続発する怪奇現象、消えていく仲間達、こわいイエの真実とは!?

クノエシティについたサトシたちは早速ジム戦を挑もうとするが、何と今日はジムリーダーのマーシュのデザインしたドレスのファッションショーが行われる為、ジム戦はできないという。がっかりしたサトシだったが、たまたま知り合ったショータというトレーナーとバトルをすることに･･･あれ？セレナとユリーカがいないぞ!?

遂に待ちに待ったクノエジム戦の日を迎えたサトシ！はやる気持ちを抑えられないサトシだったが、対戦相手のジムリーダー、マーシュはトリッキーな戦法を得意とする強敵だ！今回のサトシは特に作戦を考えてはいないみたいだけど…本当に大丈夫なの！？

サトシとマーシュのジム戦を観戦し、かなり刺激を受けたショータ。ショータは興奮した弾みにいつも大切にしているバトルメモを落としてしまう。心配したサトシたちは手分けしてメモを探すがなかなか見つからない。実はショータのメモを拾ったのはロケット団だった！

旅の途中のとある森でルチャブルがタマゴを拾ってきた!みんなで暖めてみるとタマゴからかえったのはなんとオンバットだった！喜ぶ一行、オンバットもサトシとピカチュウにとても懐いているようだ。しかし、なんとこのオンバットは飛べないことが判明!!みんなでオンバットが飛べるように手伝おうとするが･･･？

旅の途中に立ち寄った村で、沢山のひこうタイプのポケモンとトレーナーが集まっているのに出会う。今この村では、空を飛ぶポケモン達による飛行レース、ポケモンスカイリレーが開催中だという!サトシはヒノヤコマ、ルチャブル、そしてオンバットで挑む事にしたが、オンバットはまだ飛ぶのが苦手なようで･･･。

サトシのピカチュウが映画に出演！？ピカチュウ好きの大富豪の熱烈オファーによりピカチュウがピカチュウだらけの映画の主役を勤めることに！ところがこの映画、スタッフは足りない、シナリオが無い等問題だらけ、見かねたサトシ達も映画製作を手伝うことに。果たして無事映画は無事完成するのか!?

モンスターボール工場の見学に訪れたサトシたち。しかしこの工場見学はロケット団のワナだった!モンスターボールのメンテナンスチェックという嘘にまんまと騙され、モンスターボールごとポケモンを奪われてしまう。唯一ボールに入らなかったピカチュウが、ポケモンたちを取り戻すためにニャースと大激突！！

今日はついにセレナのトライポカロン挑戦2回目!!ミルフィも登場してセレナはパフォーマンスにそして恋にと気合十分！今回のテーマパフォーマンスはポフレ作り！得意ジャンルを見事突破したセレナだったが、フリーパフォーマンスへと向かう舞台裏でまさかのトラブルが･･･どうなるセレナ!?プリンセスキーは誰の手に!?

あるホテルに立ち寄ったサトシ達、このホテル、荒れ放題で様子がおかしい？気を取り直して地下のバトルフィールドを見に行くと、ポケモンを賭けの対象にするマントルという男と出会う。サトシも賭けバトルに巻き込まれそうになるが、そこに現れたロトムに助けられる。ロトムはホテルが荒れてしまった理由を知っているようで･･･？

サトシ達は旅の途中に立ち寄った町でポケモンに仮装する祭り、パンプジンフェスティバルに参加することに。すると、謎の老人がパンプジンの集団を率いて襲い掛かってきた！戸惑う一行。そして、ピカチュウに仮装したハリマロンを奪われてしまう。騒動の影にはロケット団の姿が･･･え!?ムサシのバケッチャが結婚!?

ヒャッコクシティへの旅を続けるサトシ達一行。近道をする為マンムーをレンタルして雪山を越えることに。すると山中で病気のユキカブリとそれを守るユキノオーに遭遇、ユキカブリを助けるため、サトシ達は手分けして薬の材料を探すことに、しかしロケット団も後をついてきてマンムーとユキノオーが捕まってしまった!!

旅の途中、雨が降ってきてポケモンセンターで休憩することにした一行。しかし雨漏りが原因で機械が故障し、停電してしまう。シトロンが修理しようと奮闘するが、部品が足りなくて直せない!!そこでハリマロンとホルビーが買ってくることになったのだが･･･？果たしてハリマロンは無事はじめてのおつかいを達成できるのか!?

ヒャッコクシティへの旅を続けるサトシ達、セレナは次のトライポカロンに向けて練習にも熱が入る。そんな時、練習中の事故が原因でテールナーの小枝が折れてしまう。みんなで変わり小枝を探したが、テールナーは頑なに折れた小枝にこだわりをみせる。テールナーの小枝に秘められた約束とは･･･？

旅の途中で、トロバと再会したサトシ達。ポケモンフォトコレクターを目指すトロバは、近くの火山に伝説のポケモン、ファイヤーがいるとの噂を聞きつけ、やって来たのだという。伝説のポケモンに会えるかも！とサトシ達も大興奮。ところがロケット団の妨害がはいり大ピンチ！その時、怪しい鳴き声が周囲に響き渡り･･･!?

ある夜、目が覚めたユリーカは迷子のチゴラスを助ける。一先ずユリーカがお世話をすることになったのだが、このチゴラス、身体は大きいのにとっても甘えん坊！お世話するのも一苦労。そんな時、チゴラスを狙ってロケット団が現れた！チゴラスを助けようとしたユリーカが大ピンチ！？その時チゴラスに異変が･･･！？

とある森でロケット団に襲われ、落とし穴にはまってしまったサトシ達。ロケット団の撃退には成功したものの、バトルの余波で地面に穴があき、地下に落っこちてしまう。するとユリーカが、前にも同じような経験をしたと言い出す。どうやらその出来事は、シトロンがホルビーをゲットするきっかけとなった出来事のようで・・・？

次のトライポカロンへ向けて、パフォーマンスの練習にも力が入るセレナ。ある日、花畑の中で楽しそうに踊るイーブイを見つける。イーブイの美しいダンスに感動したセレナは、何とかしてイーブイをゲットして一緒にトライポカロンに出て欲しいと願うが････果たしてセレナの想いはイーブイに伝わるのか！？

7個目のバッジゲットとトライポカロン挑戦のため、ヒャッコクシティへ向かう途中、同じくトライポカロンヒャッコク大会に出場するサナと、応援のティエルノが合流し、ますます気合の入るセレナ。しかし、どうやらセレナには何やら悩みがあるようだ。それはどうやら、つい最近ゲットしたばかりのあのポケモンのことのようで・・・？

ヒャッコクシティに到着したサトシ達、まずはセレナがトライポカロン・ヒャッコク大会に挑戦だ！今回もサナにムサヴィそしてネネ、手強いライバル達が集結し、不安に感じつつも気合を入れなおすセレナ。無事テーマパフォーマンスを突破するものの、何とフリーパフォーマンス直前にあのポケモンが迷子になってしまう！

セレナのトライポカロン挑戦も無事終わり、いよいよ次はサトシのヒャッコクジム挑戦だ！ジムに向かう途中、ヒャッコクシティのシンボル、日時計の近くを通った一行は、謎の女性に襲撃をうけるプラターヌ博士と助手達を目撃する。助けに入ったサトシ達に謎の女性はカロスを救う為だ、と言って突然バトルを仕掛けてきた！