由于顽皮熊猫和哈力栗的争执，小智等人遇上宁宁。宁宁跟莎莉娜一样以三冠卫星赛为目标。当她们互相切磋的时候，火箭队现身夺去宝可梦！而领大家脱离难关的，竟是争执中的顽皮熊猫和哈力栗！

小智一行人离开古香镇，来到岩壁海岸，他们在做特训前，用鱼竿钓到了貌似海藻的垃垃藻。垃垃藻受了伤，柚丽嘉为它贴上胶布后，却受到攻击，垃垃藻攻击小智他们后逃掉，皮卡丘被垃垃藻的毒液打到中了毒，令皮卡丘陷入猛毒状态，正当小智要带皮卡丘去宝可梦中心治疗时，他们遇到了海底考古学研究者夫妇艾迪和玲季，并帮皮卡丘解了毒，之后得知了他们要到海底去调查一艘已经沉没的豪华巨轮卡斯拉号，因此小智一行人决定一起出海研究洋流和沉船，到底他们会有甚么发现呢？

小智一行人看到另一种颜色的战斗飞鸟攻击布鲁，他们帮助布鲁后，却发现原来是舞台的练习。由于阻碍了练习，又无意中令到主角艾路雷朵受伤，所以小智的战斗飞鸟就代替它登上了舞台。正式演出时却遇上火箭队来捣乱，到底演出能否成功呢？

小智一行人在对战特训中，重遇受伤的三平和甲贺忍蛙。三平接受了任务，要将神秘卷轴送去一间大屋，并被神秘的面具忍者袭击。小智几个决定帮助三平，一起前往大屋。途中他们再次遇上面具忍者并开始战斗！

小智一行人来到某个牧场，再次遇上莎莉娜的妈妈萨琪。虽然萨琪一心想培育莎莉娜成为一流的铁甲犀牛骑师，但莎莉娜下定决心要成为一个宝可梦表演家，不过萨琪不认同莎莉娜的决心，并以咩咩羊竞跑一决胜负。

小智一行人在旅途中再次遇上曾经占据电波观测店的乌贼王！小智几个和火箭队被乌贼王操控，动弹不能。希特隆、小次郎和喵喵幸运逃脱，想找办法拯救其他人，此时小次郎的豪喇花枝有点异样……

小智一行人在前往海翼市的途中，遇上最弱的龙系宝可梦黏黏宝。火箭队趁小智他们帮助虚弱的黏黏宝时，利用奸计夺走了皮卡丘和黏黏宝。皮卡丘和黏黏宝在危机当中，能否合力成功逃脱呢？

小智一行人在旅行途中来到河边，让宝可梦出来玩水。不过火箭队早已在那里设下陷阱，想捉走宝可梦。小智一行走散了，黏黏宝虽然跟莎莉娜会合但最终仍然走失。咚咚鼠非常落力去找黏黏宝，却发现它被火箭队捉走了！

小智一行人来到海翼市，得知宝可梦中心正在保护一只迷路的迷你冰，于是立即出发去与它见面。然而，火箭队在中途捉走了迷你冰，小智他们在捉捕火箭队时突然刮起暴风雪，究竟发生了什么事呢？

终于迎来了海翼道馆战，小智与擅长使用草系小精灵的道馆馆主福爷进行道馆战。与福爷的苦战中，小智最终选择了属性不利的呱头蛙进行对战，那么小智的作战到底是什么呢？小智最后能不能得到道馆徽章呢？

今天是海翼市一年一度举行祭典的日子。小智和莎莉娜听到大家会在誓约之树下送礼物给宝可梦来增强牵绊后，决定一起去买礼物。这是他们第一次留下连同皮卡丘在内的所有宝可梦二人独处。咦？不就是约会吗！？

今次是莎莉娜第一次在三冠卫星赛登台的日子。隐藏不住紧张心情的莎莉娜，会合了莎娜，下定决心准备出场。莎莉娜究竟能否击败莎娜，武藏等竞争对手取得胜利呢？三冠卫星赛海翼大会即将揭开序幕！

小智一行人在旅行途中的荒野，遇见了寻求帮助的受伤的跳跳猪，跳跳猪们原本在荒野中的绿洲和平的生活着，但是噗噗猪的出现，使得跳跳猪们都被欺负，只有自己逃了出去，小智一行人决定帮助跳跳猪，最后被幕后黑手火箭队所设置的笼子关了起来。从牢笼中溜出去的咚咚鼠和黏黏宝与噗噗猪进行对战！这时黏黏宝的样子！？

旅行的途中，路过卡洛斯发电站的附近的小智一行往发电站走去。然而接近发电站的皮卡丘们发生异常！其实是火箭团占领发电所操纵电系宝可梦！小智的宝可梦们们帮助发电站的人员？说起来希特隆有什么烦恼的样子……？

火箭队偷袭小智一行人不成，武藏与果然翁在和小次郎失散后，不小心中毒掉到河中。 之后武藏遇上帅气的伟特医生，果然翁遇上了雌性果然翁，两个都陷入恋爱了！ 可是他们却要在火箭队和爱情中选择，结果会是如何呢？

莎莉娜开始为下一次三冠卫星赛特训，但当特训进行的不顺利时，她开始对她的宝可梦生气。随后，莎莉娜打算自己待一会儿，就在此时，一个叫艾蕾娜的女子对她喊话。两个人对战时，莎莉娜发现她好像之前见过艾蕾娜......

向着密阿雷市前进的小智一行人，在森林里吃饭。瑅耶鲁诺向小智发起特训战斗，火箭队的机械抓走了皮卡丘，不过，战斗的余波使得森林着火了！就在这时，小智的黏美伊儿变了！

小智一行回到了密阿雷市。小智随即向希特隆发起了挑战。突然，君莎小姐闯入，要逮捕希特洛伊特！原来是和希特洛伊特一模一样的机器人在密阿雷市大四破坏。小智一行如何可以证明希特洛伊特是被冤枉的？

终于到达密阿雷市，小智与希特隆的道馆战开始了，希特隆使用了会用电系技能的掘掘兔、技能丰富的电伞查特和强力的伦琴猫......小智能否赢得约定之战的胜利，获得道馆徽章呢？

小智在向下一个道馆出发前，先去一趟博士的研究所。布拉塔诺博士将他的烈咬陆鲨石给小智一行人展示，可是这时火箭队却突然将之抢走，烈咬陆鲨该怎么办？

小智一行人朝着香薰市持续旅行着，他们正在享受午餐时光。这时，一个带着喇叭芽的一个名字叫做贤藏的男人看见小智的黏美露龙，并表示他以前认识它，原来这里附近是小智的黏美露龙的家乡，过后小智一行人表示想去它的家乡，但那里却隐藏着黏美露龙的恐怖回忆...。

小智一行人来到了黏美露龙的家乡，但黏美露龙因为被火箭队偷袭而受了重伤，这个时候，突然来了几只花洁夫人的手下，把皮卡丘、咚咚鼠和乌波给抢走了！希特隆在影像中查到，袭击黏美露龙的人很有可能是火箭队，后来小智知道了花洁夫人其实被火箭队利用，火箭队只是想拿到黏美露龙的家乡里有治愈功效的泉水，接着火箭队驾驶了特殊的机器飞走，小智能否夺回泉水和皮卡丘呢？

小智一行人正在享受午餐时间，突然被火箭队袭击，小次郎手上正拿着一些水果，后来希特隆的伦琴猫用高速星星让火箭队的气球坠落了。过后，三只流氓熊猫突然出现并使用各种绝招攻击小智一行人和火箭队，这时，所有人和宝可梦都走散了！

小智一行在森林里迷路了，来到了传闻中可怕的妖怪出没的地方恐怖房屋。连续发生的奇怪现象，消失的伙伴们、另人害怕的真相是！？

道馆战开始，小智迫不及待的和玛绣开始了对战，这次的小智对作战计划深思熟虑。好像…真的没问题！？

结束了道馆战后，抑制不住心情的胜太准备和小智来一场完整的对战，可是在吃完饭后，他的笔记本不见了，担心的小智等人也分头寻找笔记。其实胜太的笔记被火箭队捡到了！

在旅途中森林里，小智的战斗飞鸟捡到一颗蛋，经过小智他们的努力孵化成嗡蝠。但是，嗡蝠不会飞！于是大家想方设法帮助嗡蝠飞起来･･･

一行人旅行途经的小村子里，有很多宝可梦飞行训练师聚集着。原来这个村子现在有很多宝可梦在进行空中接力赛。小智报名参加了比赛，但嗡蝠能得到第一么？？

小智的皮卡丘拍电影？大富翁弗兰克非常喜欢皮卡丘，并邀请了小智的皮卡丘担任一套全部角色都是皮卡丘的电影！拍摄的人手不足，剧本又未完成，小智一行人决定帮忙一起拍电影！究竟这套电影能否顺利完成呢？

小智一行前去参观精灵球工厂。但是这个参观活动其实是火箭队的陷阱，以“维护精灵球”的名义把小智他们的的宝可梦全拐跑了，皮卡丘该如何是好？

莎莉娜再次参加了以宝可梦的魅力来竞争的三冠卫星赛。第一轮比赛是她的得意项目因此轻松通过，但在准备进行自由表演的时候，在后台却发生了意想不到的意外。

小智一行人来到一家旅馆，他们发现旅馆老板在对战获胜后夺取对方的宝可梦。小智不满而站出来对抗，却被老板逼他交出皮卡丘，这时洛托姆出现救走小智一行人，并告诉小智它的愿望･･･

小智一行人来到城市，参加了让宝可梦化装的南瓜怪人祭典。但是，祭典却被迷之老人带领的南瓜怪人集团袭击了。而且那个集团，把乔装成皮卡丘的哈力栗也抢走了...

小智一行继续前往百刻市，为了抄近路他们租了一批象牙猪来过雪山，他们在山里发现了一只生病的雪笠怪和看守它的暴雪王。为了帮助雪笠怪，小智一行分头去找药材，但是火箭队尾随而来，把象牙猪和暴雪王抓走了......

宝可梦中心电路遇水短路，小智一行人帮忙修复却缺少零件，便让针栗鼠去购买，针栗鼠在采购的路上遇到了一些情况……

在训练中，长尾火狐不小心将树枝折断，找人修复时却被告知无从修起。在宝可梦对战中突遇火箭队，长尾火狐用折断的树枝放出了大字火……

当小智一行来到山脚下。火恐龙的突然出现让他们知道特多罗巴就在附近,原来他的目标是拍摄照片的传说宝可梦火焰鸟，但火焰鸟认为他们是敌人，并打算攻击他们…

火箭队得到了一只宝宝暴龙，但宝宝暴龙却在从他们手中逃脱时陷在岩石里面。这时柚丽嘉发现并救了它，他们便成为了朋友,但这时…

小智一行人走在隧道里，希特隆回想起了他和掘掘兔的故事，从让地下居住的宝可梦和睦相处，到收服了掘掘兔的一段经历。

小智一行人在花田休息时，莎莉娜遇见了一只很会跳舞的伊布，想收服它，但这只伊布会怕生，一看见莎莉娜就逃跑了。莎莉娜把伊布的事告诉小智他们后，决定去寻找伊布。希特隆和柚丽嘉试图用波伏蕾吸引他。虽然成功了，但希特隆和柚丽嘉都没发现，只有希特隆的掘掘兔注意到，掘掘兔便让伊布离开。小智他们都找不到伊布，莎莉娜决定进行表演吸引她。伊布会被吸引吗？莎莉娜会成功收服伊布吗？

在百刻市，莎莉娜正在为下一场三冠卫星赛彩排。一行人邂逅了带着进化后的宝可梦到来的瑅耶鲁诺和莎娜！莎莉娜的新伙伴伊布在这么多陌生的面孔前既激动又羞涩，莎莉娜随即提议进行双打对战，来让伊布获得些经验和自信。对战的双方是小智和瑅耶鲁诺对抗莎莉娜和莎娜！当瑅耶鲁诺和他的水箭龟再度上演战斗之舞时，伊布跟着他们打起了节奏，很快就翩翩起舞了起来，连水箭龟都跟不上了！它的一记高速星星正中要害，莎莉娜目瞪口呆…然后莎莉娜终止了比赛，来排练一个新想到的表演创意！小智和瑅耶鲁诺兴致勃勃地接着打了起来，莎娜和莎莉娜则去练习去了——因为明天，就是三冠卫星赛检录的日子了！

在三冠卫星赛百刻大会上，莎莉娜和莎娜与宁宁重聚了！主题表演是宝可梦猜谜，这让宁宁直接错失了夺冠的机会！莎娜、莎莉娜和武藏成功晋级了自由表演。武藏激烈的烟火表演逼得伊布去找掩护！莎莉娜在上场前四处寻找伊布——所幸她的声音把伊布叫了出来。莎娜和莎莉娜进行了出色的表演，莎莉娜得到了第二把公主金钥！三冠卫星赛一结束，瑅耶鲁诺和莎娜就跑去给他们的朋友多罗巴帮忙去了。小智的道馆赛即将拉开帷幕！

小智正在为百刻道馆道馆赛做准备时，布拉塔诺博士来到了百刻市研究神秘的百刻日晷的起源。一个年轻女子突然出现，愤怒地要求博士即刻离开！道馆训练家葛吉花随后赶到制止了自己的弟子。葛吉花有着强大而神秘的预知未来的能力！葛吉花一眼看出了小智与呱头蛙之间强烈的羁绊和他们二者的光明未来，但也同样预见了日晷正处在被摧毁的巨大危险之中——罪魁祸首正是火箭队！小智一行人和葛吉花与她的弟子们协力将坏人们又一次打飞。令人生畏的葛吉花接受了小智道馆赛的挑战，尽管自己的朋友们都有些紧张，小智已经迫不及待地要去赢得自己的第七枚卡洛斯道馆徽章了！

在该季的最后一集里，小智终于如愿以偿，做足了准备要从道馆馆主葛吉花手里赢下百刻道馆徽章。这是一场两位非常出色的宝可梦训练家之间的激烈的双打对战。小智有能力夺得关系着卡洛斯联盟参赛资格的超能力徽章么？