ポケモンマスターを目指すサトシと相棒ピカチュウは、カロス地方にやってきた。パンジーの妹がジムリーダーをやっているジムに行きたいと早速お願いをするのだが、あいにく留守とのこと。

そこでサトシがとった行動とは・・・？

サトシたちはプラターヌ研究所に向かう。研究所にたどり着き、プラターヌ博士の話を聞いていると、その情報を盗み聞きしていたロケット団が研究所に乗り込み、研究所のガブリアスを奪うべく首にリングを取り付けると、理性を失ったガブリアスは暴走をしてしまう。

ポケモンセンターでカロスリーグ挑戦の登録を行ったサトシは、最初のジムを目指して出発。その道中、デデンネというポケモンと出会う。どうやら実を欲しがっていたようで、その実をデデンネに差し出した瞬間、ヤヤコマというポケモンに奪われてしまう。

サトシたちは旅の途中、ポケモンたちにポケモンフーズを食べさせていた。すると、この間出会ったデデンネに食べられてしまう。そんなデデンネをゲットしようと追い掛けるのだが・・・。

サトシたちはハクダンシティにやってきた。早速ジム戦をとハクダンジムに向かうと、そこには以前一緒に旅をしたエリキテルとポケモンルポライター・パンジーがいた。パンジーはハクダンジムのジムリーダー・ビオラの姉だったのだ。そしていよいよサトシはジム戦に挑むが、ビオラのポケモン達の前に苦戦を強いられてしまう。

ビオラとのジム戦に敗れたサトシはリベンジをすべく、パンジーの協力も得て対ビオラ対策の特訓を行う。そして再度ジム戦へ挑戦。一度苦戦を強いられたビビヨンに対し、サトシ・ピカチュウがとった作戦とは・・・？

カロス地方ではおなじみのスポーツ「サイホーンレース」の会場であるスミル村の近くまでやってきたサトシ達は、ジュンサーから飛び入り参加ができる日であることを知らされ、サトシもレース参加を決意する。

セレナは、母がサイホーンレーサーであることから、サトシのコーチ役に。

乗り方を覚えたサトシはいよいよレースに臨むが、途中のコースで罠を仕掛けていたロケット団によって、レースがめちゃくちゃになってしまう。

とある町に立ち寄ったサトシたち。ガイドブックを手にしたセレナは、この近辺にカリスマトリマーがいることを知り、絶対に会いたいと意気込んでいた。そこでカリスマトリマーの弟子・ジェシカと出会い、トリミアンが自分の人間性を認めないとトリミングをさせてくれないのだと、悩みを打ち明ける。

そんな中、そこへもう一人のカリスマ(？)トリマー・ムッサリーが現れて、フォッコをトリミングしてくれるという。早速預けてみたものの、実はムッサリーたちの正体は・・・！？

ミアレシティに戻ってきたサトシたちは、街中でシトロン・ユリーカの父・リモーネに会う。そこでサトシは、シトロンが実はミアレジムのジムリーダーであることを知るのだが、同時に自分の発明したシトロイドによってジムを乗っ取られてしまったことも知る。シトロイドからジムを取り戻すべく、サトシ・シトロンたちはミアレジムへ潜入し、シトロイドとのポケモンバトルに挑む。

ショウヨウシティに向かうサトシたちは、プラターヌ研究所に立ち寄ることに。

一方、プラターヌ博士とメガシンカに関するデータを狙っていたロケット団は、プラターヌ捕獲作戦を実行。プラターヌを助けようとしたユリーカとセレナも連れて行かれてしまう。機転を利かせたセレナが目印として道中落としていったマカロンを食いしん坊のハリマロンと共に辿りながら、サトシたちはロケット団のもとへ。

旅の途中、ランチをしていたサトシたち。するとその様子を見ていたヤンチャムという２匹のポケモンに全部食べられてしまう。そんな状況の中、ロケット団がサトシたちのポケモンを一気に捕獲し、逃げられてしまう。見事作戦成功となったロケット団だが、些細なケンカをしたせいで気球が爆発、ピカチュウ達共々、みんなバラバラの方向に飛ばされてしまう。ピカチュウ達はなんとか集合することができたが、ニャースは落下の際、ゴロンダというポケモンに衝突。激怒させてしまう。

旅を続けるサトシ達。その途中、ポケモンバイヤー・ダズがジュンサーから逃げているシーンに遭遇する。ダズはポケモンバイヤーとして主にビビヨンを売りさばいて金儲けをしているなんとも悪どい奴。そんなダズを追いかけるジュンサーを手伝うべく、サトシ達もその後を追う。その途中、ダズが落としていったポケモン・コフキムシを発見する。

旅の途中、サトシはポケモントレーナー・プルミエとポケモンバトルを行う。プルミエはニンフィア、サトシはケロマツで勝負。「私が勝ったら付き合って」とプルミエは意味深な発言。結果、ニンフィアのメロメロがきっかけでケロマツは敗れてしまう。サトシはプルミエとの約束どおり、付き合うことに。プルミエに連れていかれた場所、そこは彼女が働く幼稚園だった。プルミエは色々なポケモンを幼稚園に連れて来ては、園児たちに触れ合いの機会を設けていたのだった。ピカチュウ達に園児たちは大喜び。そんな中、ポケモンに近づこうとしない園児・ランディがいた。彼がポケモンを怖がる理由とは・・・？

旅の途中、サトシ達は通りかかった屋敷で雨宿りをしようと中に入る。その頃、ロケット団も同様に雨宿りをしようと屋敷の中へ入っていた。屋敷は人の気配はしないのだが、明かりがついたりドアが勝手に閉まったりと不思議な現象が起きる。この現象に怯えながらも屋敷の中をそれぞれ進んでいくサトシ達とロケット団。するとそこには怪しい影が・・・。

食いしん坊のハリマロンはセレナが作った食後のマカロンを独り占め。そんな食べ過ぎが原因でお腹がブヨブヨになってしまっていた。そこで食後の運動も兼ねて、ポケモンバトルをすることに。しかしお腹の重いハリマロンは動きが鈍く、ケロマツだけでなく、デデンネにまで負けてしまう。

ジムリーダーとして危機感を感じたシトロンは、ハリマロンのためにエクササイズギアを発明。これでハリマロンにエクササイズをしてもらおうとするのだが、いつの間にかハリマロンがいなくなっていた。ハリマロンは一体どこに行ってしまったのか…？

ポケモンセンターで休憩をしていたサトシたち。そこに居合わせた女の子とユリーカのポシェットがひょんなことから入れ違いになってしまった。２人ともポシェットにはポケモンを入れており、ユリーカはデデンネ、女の子はピチュー。サトシたちは女の子が頭に大きな赤いリボンをつけているという情報だけを頼りに、デデンネとピチューのトレーナーを探すことに。ユリーカはデデンネを見つけることができるのか！？

旅の途中、特訓をしていたサトシとケロマツ。そこに忍者トレーナー・サンペイとケロマツの進化形であるポケモン・ゲコガシラと遭遇する。サトシはサンペイにポケモンバトルを挑むも返り討ちにあってしまう。しかし、このバトルで受けたゲコガシラの「でんこうせっか」をケロマツに覚えさせたいと、サンペイから“戦いの極意”を学ぶことに。こうして、サトシとケロマツはサンペイ・ゲコガシラと共に厳しい修行をはじめるのだった。ケロマツは「でんこうせっか」を覚えることができるのか！？

コボクタウンに立ち寄ったサトシたちは、大いびきで寝ているカビゴンを発見する。このカビゴンを起こす方法はただ一つ。ショボンヌ王が吹く「ポケモンの笛」が必要らしい。しかし、その笛はパルファム宮殿のワガママお姫様に奪われてしまったという。サトシたちはその笛を取り戻すため、パルファム宮殿のお姫様のもとへ向かう。笛を返してもらうよう頼むのだが、お姫様が笛を返すために提示してきた、驚きの条件とは・・・？

ピカチュウゲットの作戦を練っていたロケット団の前に現れた、謎の人物・マダムＸとカラマネロ。突如カラマネロから放たれた光に、なんとムサシとコジロウが洗脳されてしまう。辛うじて逃れることができたニャースは、サトシたちに助けを求める。そこにカラマネロが再び現れ、なんとピカチュウまでも洗脳されてしまう。次々と洗脳されていく仲間たち。サトシはこの大ピンチを乗り越えることができるのか！？そして、マダムＸとカラマネロの目的とは一体！？

サトシ達はポケモンバトルの社交場である「バトルシャトー」で、ハクダンジムのジムリーダー・ビオラと再会する。そこにはもう一人。サトシの次なる目的地、ショウヨウジムのジムリーダー・ザクロがいた。お互いバトルシャトーで勝ち星を重ねてきたビオラとザクロ。その二人がついに激突する！ジムリーダー同士のバトル。果たして勝負の行方は！？

ポケモンとトレーナーの魅力をアピールする動画を作ってサイトにアップできるポケビジョン！ポケモンセンターで見たその映像には、カロスNo1アイドル・エルとフォッコの姿が！さっそく、セレナもポケビジョンにとりかかるが・・・

コウジンタウンにやってきたサトシ達は、いろんな地方のみずタイプポケモンが集まるコウジン水族館へ行くことに。そこで出会った館長・ルダンと相棒のポケモン・ウデッポウと出会う。“黄金のコイキング”を釣り上げるというルダンの夢を手伝おうと、一緒に釣りをすることになったサトシ達。するとシトロンが、黄金のコイキングを釣り上げるためのナイスなアイテムを発明。見事釣り上げることができるのか！？

コウジンタウンで特訓をしていたサトシ達は、カセキ研究所に取材をしに来たというパンジーと再会する。大昔のポケモンに興味津々のサトシ達は一緒に行くことに。研究員に案内をされた低温ルームには、化石から蘇った古代のポケモン・アマルスとアマルルガがいた。サトシ達はアマルスと一緒に雪遊びを楽しむも、途中で体が冷えてしまったため、一旦外に出て温まることに。その隙を見てロケット団が、アマルスに忍び寄って来て・・・。

ショウヨウシティに到着し、いよいよショウヨウジムでザクロとのジム戦に臨むサトシ。ザクロのイワークに対し、サトシはケロマツで挑む。バトルシャトーで見たイワークの「がんせきふうじ」対策に力を入れてきたサトシとケロマツ。２人の作戦はザクロに通用するのか！？

そして、ピカチュウ対チゴラスの勝負！！

サトシはジムバッジをゲットできるのか！？

旅の途中、セレナはフォッコやピカチュウたちにお手製のポケモンのお菓子「ポフレ」を振る舞っていた。するとそこに“ホイップポケモン”ペロリームとそのトレーナー・ミルフィが現れ、初対面のセレナに対してお手製ポフレを「まぁまぁ」と小馬鹿にしてくる。当然二人の間には熱い火花が散るのだが、その決着をこの街で行われる「ポフレコンテスト」でつけることに。

旅の途中、セレナはユリーカの頭にカワイイ花型の髪飾りをセットしてあげると、そこにフラベベというポケモンが、自分の花と勘違いをして取りついてきた。このフラベベ、とある事情で自分の花を失ってしまったらしい。

サトシたちはこのフラベベが取りつく「妖精の花」を探すことに。しかし花が咲く季節は終わりを迎えつつある。果たして無事、見つけることができるのか！？

とある街を訪れたサトシたちは、この街で行われるポケモンバトル大会のエキシビジョンマッチにカロス地方の最強のポケモントレーナー、チャンピオン・カルネが登場することを知る。会場でカルネにバトルを申し込もう！とするも、面会ＮＧとのこと。偶然にもカルネにメガシンカの研究協力を依頼しに来ていたプラターヌ博士の計らいにより、カルネと出会うことができたサトシ。そして、念願叶ってサトシＶＳカルネのポケモンバトルが実現する！果たして勝負の行方は！？そして、カルネのサーナイトはメガシンカをするのか！？

とある街にやってきたサトシたちは、いきなりジュンサーに連行されてしまう。なにやらサトシ・セレナ・ユリーカを名乗る３人組がピカチュウ・デデンネを連れて無銭飲食をしている事件が多発しているとのこと。全く身に覚えのないサトシたちは、犯人探しをすることに。ニセサトシたちを捕まえることができるのか！？

サトシたちは旅の途中、突然コルニという女の子と相パートナーのルカリオにポケモンバトルを申し込まれる。挑戦を受けたサトシはピカチュウでバトルに臨むも、ルカリオの圧倒的強さに大苦戦。なんとコルニは次に目指す目的地・シャラジムのジムリーダーだった！そのコルニが身に付けているグローブにはキーストーンが。ということは、このルカリオはメガシンカを・・・？

ルカリオのメガストーン、「ルカリオナイト」を手に入れるため、セキタイタウンにやってきたコルニとサトシたち。山奥の洞窟にその石がある情報を入手し早速向かうのだが、先回りしていたロケット団が、突如何者かに撃退され吹き飛ばされてしまう！洞窟の奥にはバシャーモが待ち構えていたのだった！ルカリオはバシャーモとのバトルに勝ち、ルカリオナイトを手に入れることができるのか！？

ルカリオナイトを手に入れ、見事メガシンカを果たしたコルニのルカリオ。その力を確かめるべく、早速ピカチュウとバトルをすることに。メガシンカによって圧倒的パワーを見せつけるメガルカリオであったが、強力な波導を制御しきれず次第に凶暴さを見せ始める。ピカチュウに対し卑劣な攻撃を行ってしまうまでの暴走状態に陥ったメガルカリオを止められるのか！？

メガシンカによって強力な波導をコントロールできない課題が浮き彫りになったコルニとルカリオは、メガシンカおやじから新たな試練を与えられ、サトシたちと共にムスト山へ向かう。その近道のために入った洞窟で、ロケット団が罠を仕掛けてきた！しかしそれが原因で洞窟のオンバットたちが大暴れで大混乱！なんとかその場から逃れたサトシたちだったが、みんながバラバラに別れてしまう。

ムスト山へ到着したサトシとコルニたち。そこで出会ったメープルというお婆さんとメガシンカバトルをするも、またもメガルカリオは暴走。メガクチートに圧倒されてしまう。そんなコルニたちにメープルが与えた修行、それは「生け花」だった。メガシンカとは全く関係無いようなこの修行。果たしてコルニたちは生け花でメガシンカを極めることができるのか！？

旅の途中、ポケモンたちに悪さをしているリングマを止めようとしたサトシたち。するとそこに“レスリングポケモン”ルチャブルが現れた。カッコよくわざを決めることが「戦いの美学」であるルチャブルの姿勢にサトシは心打たれる。ルチャブルの決めわざ「フライングプレス」を一緒に完成させようと、サトシとルチャブルは特訓を行うのだが、そこに凶悪ポケモンたちが忍び寄る･･･！

旅の途中、カロスキャニオンを訪れたサトシたち。そこで、空を飛びながらポケモンバトルをする「スカイバトル」を繰り広げる１人のスカイトレーナー・ナミとファイアローと出会い、ルチャブルと共にサトシはスカイバトルに挑む。ルチャブルがファイアローに勝つことができたら、ヤヤコマもファイアローにスカイバトルを挑むことができる。果たしてスカイバトルの勝負の行方は！？

旅の途中、「うつしみのどうくつ」に立ち寄ったサトシたち。鏡のように自分たちを映し出すこの洞窟で、奇妙な事件が起こる。なんと鏡に映るもう一人のサトシが、ピカチュウを奪い去ってしまう！サトシはピカチュウを取り戻すべく思わず鏡の壁に飛び込むと･･･まさかの別世界に！？そこには勝ち気なセレナ・足の速いシトロン・お嬢様気質なユリーカと、いつもの仲間の面影はなく･･･。果たしてサトシはピカチュウを取り戻せるのか。そして、元の世界に戻ることができるのか！？

コルニとのジム戦に向け、シトロンを相手にダブルバトルを挑むケロマツとルチャブル。しかし息が全く合わず、バトルの途中でケンカをする始末。見かねたサトシは２人の絆を高めるべく、「スーパーフライングいあいぎり」という合体わざの特訓を提案する。当然ながらすんなり上手くいくわけもなく、それでもサトシは２人を励まし特訓にも熱が入る。すると突如、何者かがサトシを森の中へ引きずり込んでしまう！サトシの大ピンチに、ケロマツとルチャブルは力を合わせて救うことができるのか！？

プラターヌ博士が主催する「ポケモン・サマーキャンプ」に参加することになったサトシたち。このキャンプでは、チーム対抗戦で与えられたプログラムを競い合い、最もポイントが高いチームが殿堂入りトレーナーとして認定される。そこでサトシたちは、フシギダネ・ゼニガメ・ヒトカゲをパートナーに持つサナ・ティエルノ・トロバという３人組に出会う。バトルあり！笑いあり！涙あり！？のサマーキャンプが、いま幕を開ける！！

サマーキャンプ３日目のプログラムは「ポケビジョン制作」！ポケビジョンに思い入れのあるセレナは、ポケモンたちを主役にしてその魅力をアピールしようと気合十分！セレナは自分がイメージしたアイディアを元に、ポフレ作りやトリミングをして準備はバッチリ！ところが、撮影地のロケハンに夢中になったセレナは、ちょっとした不注意で崖の下に滑り落ちてしまう！とっさに助けようとして手を伸ばしたサトシも巻き込まれてしまう。果たして２人は無事なのか！？そして、ポケビジョン制作の結末は！？

白熱するサマーキャンプ。ここまでサトシとティエルノのチームが同ポイントでトップを争っていた。次なるプログラムは、各コースに作られたチェックポイントのスタンプを集め、最も早くゴールを目指す「ポケエンテーリング」。仲間と力を合わせて順調にチェックポイントを通過するサトシとティエルノたち。ところが、霧が深くなった道中でユリーカがはぐれてしまう。果たして無事、見つけ出すことができるのか！？そして、はぐれたユリーカが森の中で見たものとは……！？

ポケモン・サマーキャンプ最終日はチームバトル！ここまでサトシとティエルノのチームが同ポイントでトップを競っており、この両チームが決勝戦で決着をつけることに！決勝戦の前に、ポケモンの治療をしてもらおうとティエルノたちはジョーイさんのもとへ。しかしその前に現れたのは、シェフに扮し、サマーキャンプに潜入していたロケット団！ティエルノたちのポケモンを連れ去ってしまう。果たして、無事ゼニガメたちを取り戻すことができるのか！？そして、チームバトル決勝戦に勝利し、サマーキャンプ“殿堂入り”を果たすのはどのチームなのか！？

はやる気持ちを抑えきれないサトシは、コルニ対策『リズム戦法』の練習もそこそこについにシャラジム戦に突入する！格闘タイプを得意とするコルニに対し、サトシはルチャブル、ヒノヤコマ、ピカチュウで勝負に挑む。今までルカリオに一度も勝てていないピカチュウ。果たして、波動を制御できるようになったメガルカリオに勝利することはできるのか！？

旅の途中サトシたちは、ニャオニクスをパートナーにもつリュウジとハジメという兄弟に出会う。２人はそれぞれ旅をしていて、久しぶりに家に帰る途中であった。久々の再会にも関わらず、２人の間には険悪なムードが……。家に帰った２人は、父親から後継者を決めるための試練を言い渡され、その後継者争いにサトシたちも加勢することに！

旅の途中に立ち寄ったポケモンセンターで、サトシたちは失敗ばかりのプクリンと出会う。すると、町で暴れるボーマンダの仕業で次々とケガを負ったポケモンたちが搬送され、プクリンは大パニック！そんなプクリンを優しく支えるジョーイさんがボーマンダに襲われ大ピンチ！ジョーイさんを守るため、プクリンがボーマンダ立ち向かう！

カロスクイーン・エルのパフォーマンスを見て刺激を受けるセレナ。その後のルーキークラスの演技中、勝手にステージでパフォーマンスを始めたヤンチャムが会場をメチャメチャにしてしまう。ヤンチャムのイタズラにみんなが腹を立てる中、セレナはヤンチャムのパフォーマンスに対する想いを感じ、一緒にパフォーマンスをしたいと考える。

シトロンの母校でサトシたちは野生のルクシオに出会う。このルクシオは、かつてシトロンと共に研究を行い、友情を深めたポケモンだった。しかし、ちょっとしたすれ違いから２人は離れ離れになってしまう。再会を果たした２人だが、彼らの間には埋まらない溝が…。シトロンの想いは通じ、友情を取り戻すことができるのか！？

森の中でサトシたちはラプラス防衛隊を名乗るユリーカくらいの年頃の３人組に出会う。３人はケガをしたラプラスを手当てし、世話をしていた。時折悲しげに鳴くラプラスを海に帰してあげようとするが、ロケット団に妨害され大ピンチ！ポケモンをもたないユリーカとラプラス防衛隊は、ラプラスを守りきることができるのか！？