En apprenant que, cette année, la Ligue d'Unys aura lieu dans la ville de Verteresse, Sacha est fou d'impatience ! Nos héros prennent congé de Cynthia et de Juan et s'en vont, en prévoyant une halte au Village des Dragons. Ainsi, Iris pourra revoir son village natal. Pendant qu'ils se régalent d'un pique-nique, Iris et Emolga font une rencontre désagréable, avec un groupe de trois filles aussi bien vêtues que prétentieuses, qui se moquent de leur apparence avant de se sauver en riant. Iris, furieuse de leur attitude arrogante, décide d'aller en ville pour apprendre qui sont ces filles, et où les trouver.

Alors que nos héros s'approchent de la ville de Verteresse, où doit avoir lieu la Ligue d'Unys, ils s'aperçoivent qu'un Gueriaigle et un Rototaupe les observent. Leurs Dresseurs, les frères Hubert et Gauthier, proposent à Sacha de livrer un combat en double ! Sacha accepte avec joie, et décide de se joindre à Rachid pour former une équipe avec Feuillajou et Déflaisan. Les deux frères utilisent d'abord Tunnelier-Aile, une attaque qu'aucun de nos héros ne connaît !

Quand nos héros arrivent, impatients, au Village des Dragons, le village natal d’Iris, ils tombent sur l’amie d’enfance de celle-ci, Gilberte, qui élève deux Diamat. Iris promet de raconter son voyage à Gilberte, mais plus tard, car elle doit d’abord rendre visite à la Vieille Dame.

Iris a été défiée par Watson, le Champion d’Arène de Janusia. Mais un peu avant le combat, elle perd toute confiance en elle et doit aller se réfugier en haut de la tour, pour être tranquille et respirer l’air pur qui lui rappelle le Village des Dragons. L’Agent Jenny l’oblige à redescendre et à promettre qu’elle ne recommencera pas. On dirait bien que son désir de devenir Maître Dragon a pris racine dans ce lieu.

Sur leur chemin vers la ville de Verteresse, où doit avoir lieu la Ligue d’Unys, nos héros sont arrêtés par un éboulement. Quand Iris et Sacha essaient de l’escalader, tout s’effondre sous leurs pieds ! Mais un jeune homme accompagné d’un Évoli vient à leur secours, et son Mentali utilise ses pouvoirs kinesthésiques pour les soustraire au danger. Leur sauveteur se nomme Virgil et avec Florian, son frère aîné, et son père, Gérald, ils forment une organisation dont le but est d’aider les personnes en danger.

Nos héros sont enfin arrivés à la ville de Verteresse, où se déroule la Ligue d’Unys et Sacha est vraiment impatient de combattre ! Tandis que tous s'émerveillent devant l’immense stade de la Ligue d’Unys, les visages familiers de plusieurs Dresseurs commencent à apparaître dans la ville. Chacun a ses propres techniques de combat, et Sacha est bien bousculé lorsque Bianca fait une entrée plus spectaculaire que jamais.

À la fin du second tour de la Ligue d’Unys, Sacha, Alexis, Jules et Virgil se sont tous qualifiés pour le troisième tour ! Pendant que nos amis se demandent comment passer la soirée – aller voir le feu d’artifice, faire du lèche-vitrine ou se relaxer au sauna – Coupenotte s’éloigne et se perd dans la foule. Alors qu'il cherche désespérément à rejoindre Iris, Coupenotte se retrouve entraîné par un fan club arrivé de province ! Ils sont venus dans la ville de Verteresse pour soutenir Renaud, le meilleur Dresseur de leur village, à l’occasion de sa qualification au troisième tour de la Ligue d’Unys.

Le combat entre Jules et Sacha pour le troisième tour de la Ligue d’Unys vient juste de commencer, avec le Crocorible de Sacha contre le Léopardus de Jules ! Alors qu’ils enchaînent les coups les plus puissants, il est certain que les deux adversaires ont autant de chances de remporter la victoire. Crocorible est tout près de gagner, mais Jules lance une fulgurante Griffe Ombre ! Crocorible est blessé, et Sacha appelle Batracné, un Pokémon de type Eau et Sol, pour contrer Nitrocharge et Tonnerre, les meilleures attaques de Zéblitz. Grâce à l’excellence de chacun des adversaires, ce combat se termine par une égalité !

Les quarts de finale de la Ligue d’Unys ont commencé, et le premier combat oppose Sacha et Alexis, qui vient de dévoiler son arme secrète : Trioxhydre ! Sacha commence avec Géolithe, un Pokémon très puissant. Mais la force de Trioxhydre est accablante, et Alexis remporte la première victoire de ce combat à six contre six.

Maintenant que le Riolu d’Alexis a évolué en Lucario en plein milieu de son combat contre Sacha et Vipélierre, le match se corse ! Après son évolution, les attaques de Lucario sont bien plus puissantes que celles de Riolu, et Vipélierre est battu.

Maintenant que la Ligue d'Unys est terminée, nos héros font route vers la ville de Renouet, où se trouve le laboratoire du Professeur Keteleeria. En chemin, ils rencontrent une fille terriblement bouleversée nommée Nanette. Elle est terrifiée à l’idée de traverser un pont : elle a peur qu’il s’effondre parce qu’elle a tapé dessus ! Bien que Sacha essaye de lui prouver que le pont est sûr en passant le premier, il doit finalement revenir pour la faire traverser.

Voyageant par bateau vers les Ruines Blanches où se trouve Spruce, le père du Professeur Keteleeria, nos héros rencontrent un jeune homme étrange qui se présente sous le nom de N. N leur explique qu'il considère tous les Pokémon comme ses amis et affirme qu’il peut entendre leur voix intérieure. Il est aussi très heureux d’avoir capté le lien très fort qui unit Sacha et Pikachu.

Nos héros sont finalement arrivés à Pavonnay, et sur les conseils du Professeur Keteleeria, ils veulent visiter la nouvelle Arène, qui est doublée d’une école où les futurs Dresseurs peuvent apprendre tout ce qui concerne les Pokémon ! Ils rencontrent un jeune professeur nommé Tcheren, qui se révèle être un tout nouveau Champion d’Arène.

Dans un sinistre laboratoire, le scientifique Nikolaï se livre à des expériences sur un Mygavolt terrifié pour tenter d'augmenter sa puissance à l’aide d’ondes électromagnétiques. Il semble faire partie d'une organisation mystérieuse appelée la Team Plasma, qui cherche à prendre le contrôle de la région d'Unys...

En route vers les Ruines Blanches, Sacha, Iris et Rachid rencontrent un Wattouat entêté et un Pharamp qui tente en vain de rassembler son troupeau. Ils voient bientôt arriver une fille nommée Elise, qui les emmène au Ranch d’Amaillide, où son grand-père élève des Pokémon. Pharamp est le gardien du troupeau de Wattouat, mais il manque de confiance en lui, et les Wattouat ne prêtent pas attention à ses directives.

La Team Plasma tente toujours de mettre en œuvre son plan diabolique : attraper des Pokémon pour utiliser leur puissance dans le but de dominer le monde. Deux acolytes, Schwarz et Weiss, ont capturé un Gueriaigle et sont en route vers le QG, mais ils se retrouvent bloqués par un barrage que N a construit ! Ce dernier profite de leur distraction pour faire irruption dans leur camion et libérer Gueriaigle. Bien qu’ils parviennent à s’échapper, ils sont tous les deux blessés, et Gueriaigle porte un dispositif de repérage caché autour de son cou.

En route vers les Ruines Blanches, nos héros (en compagnie de N) viennent d'arriver à Ondes-sur-mer quand ils aperçoivent de la fumée. Ils se précipitent alors pour voir de quoi il s’agit. Mais lorsque Sacha envoie Moustillon pour éteindre le feu, ils sont arrêtés par un Miradar portant une écharpe rouge. Il s'avère que le feu est en fait un exercice exécuté par la Patrouille portuaire Pokémon, une équipe chargée de s’occuper des désastres qui se produisent sur le large territoire portuaire d’Ondes-sur-mer. Sous la direction du capitaine Fabrice, Mateloutre et deux Viskuse exécutent les opérations de secours et éteignent les feux pendant que Miradar fait office de vigile.

Au cours de leur voyage vers les Ruines Blanches, nos héros arrivent à la foire de Kanto, un festival célébrant les curiosités et la culture de la région de Kanto ! Bien sûr, comme Sacha est originaire de Kanto, d’anciens souvenirs lui reviennent en mémoire. Et quand nos héros voient le Professeur Chen présenter les trois Pokémon de Kanto disponibles pour les Dresseurs débutants - Bulbizarre, Salamèche et Carapuce - les premiers souvenirs de voyage de Sacha ressurgissent.

Tandis que nos héros et N continuent leur voyage, la Team Plasma peaufine son plan diabolique : cibler et contrôler les Pokémon en élevant au maximum leur colère et leur puissance d’attaque grâce à la machine infernale de Nikolaï. Les agents de la Team Plasma surveillent aussi Spruce Keteleeria et son équipe aux Ruines Blanches ; de plus, ils semblent chercher N !

En continuant leur voyage, nos héros et N se trouvent confrontés aux bandits de la Team Plasma, qui attrapent d'innocents Pokémon pour leur faire subir des expériences aux buts maléfiques ! Alors qu’une bataille acharnée fait rage, N est pris entre deux feux et est sévèrement blessé. Deux femmes mystérieuses surgissent alors d'un épais brouillard et emmènent N, évanoui, à un étang dans lequel elles l’immergent, devant les yeux de nos héros.

Après avoir dit adieu à N et à ses compagnes, nos héros arrivent à la Tour Dragospire. Les Ruines Blanches sont tout près, et Sacha est impatient d’y arriver ! Mais d'abord, il faut régler un problème urgent : le Lance-Flamme de Grotichon est devenu très faible et nos héros découvrent bientôt que quelque chose est coincé dans son nez. Sauter sur place ne déloge pas l’objet, et même un vol tournoyant de Dracaufeu ne suffit pas à régler ce problème embarrassant. Finalement, Iris essaye de chatouiller le nez de Grotichon avec un brin d'herbe. Il éternue et expulse l’objet coupable : une coquille de l’attaque Balle Graine !

Près de la Tour Dragospire, Sacha, Rachid et Iris rencontrent l’assistant du Professeur Keteleeria, qui les emmène à la rencontre de ce dernier, aux Ruines Blanches. En route, il leur révèle que l'équipe de fouilles a fait une découverte fantastique, mais il n’en dit pas plus. À l'intérieur des ruines, nos héros rencontrent Spruce, qui leur montre une porte ornée de symboles mystérieux. Il déplace quelques panneaux et la porte s’ouvre ! Là, devant leurs yeux stupéfaits, apparaît le Galet Blanc, un objet tout droit sorti de la légende selon laquelle il serait une autre forme de Reshiram ! Alors que le professeur prend la pierre dans ses mains, une flamme en surgit et projette une puissante lumière.

La Team Plasma continue à mettre en œuvre son plan diabolique : s’approprier le Galet Blanc et capturer N. Rachid et Iris mettent toutes leurs forces dans la bataille, pendant que Sacha et N sont bloqués sous terre. N, qui peut entendre les voix intérieures de ses amis Pokémon, comprend qu’ils hurlent de désespoir. Sacha décide qu'ils doivent sortir de là et les aider, car il se souvient de la règle énoncée par le Professeur Keteleeria : ne jamais abandonner !

La Team Plasma tente d'éveiller et de contrôler Reshiram, alors que nos héros, prisonniers, doivent se contenter de regarder. Mais Coupenotte se glisse hors des cheveux d'Iris, où il s’était caché, et parvient à libérer les jeunes gens des cercles de métal qui les emprisonnent. Soudain, Colombe et Vénus apparaissent de leur mystérieux brouillard et demandent à N de revenir auprès d’elles. Mais N jure de rester dans le monde « réel » et de se battre pour l’Idéal. La machine de Nikolaï prend le contrôle de leurs Pokémon, Sidérella et Gardevoir, ainsi que de Reshiram, et le futur semble bien sombre.

Sacha est en train de vivre un moment fantastique : il vole sur le dos du Pokémon légendaire Reshiram ! Soudain, il croise Iris, chevauchant le Pokémon légendaire Zekrom, qui le défie dans un combat ! Zekrom déclenche une redoutable attaque Tonnerre qui foudroie Sacha et le renvoie… dans son lit, au laboratoire du Professeur Keteleeria. Ce n’était qu’un rêve, et Iris a demandé à Pikachu de lancer une attaque Tonnerre pour essayer de tirer Sacha de son profond sommeil. Elle lui dit d'aller se préparer, parce que la suite de leurs aventures commence aujourd'hui !

Sur le chemin de Bourg Palette, nos héros sont impatients de faire escale dans les Îles Décolores, particulièrement sur l’Île du Miel, où sont fabriquées des douceurs connues dans le monde entier, et confectionnées à l’aide du miel produit par les Apitrini qui y vivent.On y trouve aussi les desserts les plus délicieux que personne ait jamais dégustés !

Nos héros ont quitté l’Île du Miel sur un navire, et ils sont étonnés d’y retrouver Ronald, le responsable administratif de leur précédent bateau ! Ce nouveau Ronald leur explique qu'il est le cousin de celui qu’ils avaient rencontré précédemment. Il leur parle du prochain Tournoi de la Coupe Maritime, auquel Sacha et Iris veulent à tout prix participer !

Lors de leur croisière dans les Îles Décolores, Sacha, Iris et Rachid remarquent de nombreux Moustillon et Mateloutre sur le bateau. Ronald leur apprend que leur prochaine escale est l’Île Coupillage, sur laquelle les Moustillon et les Mateloutre concourent tous les ans pour le titre de roi du coupillage. Bien sûr, Sacha et Moustillon veulent y participer !

Sur le pont du luxueux paquebot, Sacha, Iris et Rachid distinguent dans le brouillard une forme évoquant un Pokémon géant ! Personne d’autre ne l’a vue, et ils décident donc, lors de leur prochaine escale, sur l’Île du Grand Spectre, de demander aux insulaires s’ils savent quelque chose à ce sujet. Un commerçant leur parle d’une rumeur concernant un Pokémon gigantesque aperçu sur l’île voisine, et ils se précipitent pour aller voir ce qu’il en est, sans lui laisser le temps d’expliquer que cette rumeur date de 10 ans !

Nos héros ont repris leur périple dans les Îles Décolores. Ils font escale sur l’Île de Tomisma, où ils rencontrent le Professeur Chen. Celui-ci est là pour attraper un Motisma. En effet, il veut écrire un article scientifique sur les étonnantes variations de forme que peuvent adopter ces Pokémon lorsqu’ils entrent dans des appareils électriques. Pendant qu’il discute avec Sacha, Iris et Rachid, le courant se perturbe puis se coupe.

C'est une belle journée en mer et nos héros profitent de l'air frais sur le pont quand un Crocrodil, un Azumarill et un Octillery se glissent discrètement à bord. Ils s’introduisent dans la réserve du bateau pour voler des caisses de nourriture, et tombent nez à nez avec la Team Rocket. L’alarme du bateau se met à sonner et Ronald comprend que ça ne peut signifier qu’une chose : il y a des pirates à bord !

La croisière de nos héros dans les Îles Décolores continue et leur prochaine escale les emmène sur l’Île Pérégrine ! C'est un bel endroit qui permet à toutes sortes de Pokémon de se reposer au cours de leur migration. Après avoir reçu des conseils de prudence de la part de l’Infirmière Joëlle au Centre Pokémon, Sacha, Iris et Rachid s’en vont dans les montagnes pour observer attentivement les Pokémon !

Ce qui avait commencé comme une belle journée sur l’Île Spacieuse, se met très vite à ressembler à un cauchemar. Alors que nos héros empruntent le chemin qui traverse l'île, Iris est soudainement fascinée par la vue de très jolies fleurs. Ce n’est pas vraiment du goût de Sacha, mais Rachid et lui attendent patiemment pendant qu’elle arrange des fleurs dans ses cheveux.

En poursuivant leur croisière dans les Îles Décolores, en route pour la région de Kanto, nos héros explorent une zone rocailleuse de l’Île Spacieuse. Ils décident de s’arrêter pour la nuit, mais Pikachu et Coupenotte sont réveillés par le Pokémon fabuleux Jirachi ! On raconte que Jirachi se réveille tous les mille ans pour sept jours seulement. Tandis que Pikachu et Coupenotte s’amusent avec Jirachi, le bruit réveille nos héros et Sacha, comprenant ce qu’il a sous les yeux, se précipite pour gagner l’amitié de Jirachi ; malheureusement, il ne réussit qu’à l’effrayer et à le faire fuir !

Après un long périple à travers l’Île Spacieuse, nos héros aperçoivent quelque chose qui ressemble à une étoile filante – mais l’objet sombre dans l'océan. En examinant les débris, Sacha trouve une Pièce Rune, censée porter chance à son propriétaire. Interloqués par cette découverte, les trois amis se rendent au Centre Pokémon pour une bonne nuit de repos.

Nos héros sont arrivés sur l’Île de la Moisson, connue pour ses délicieuses Baies mais aussi pour son Festival de la Grande Moisson. Sacha, Iris et Rachid veulent y assister et en chemin, ils rencontrent un Pokémon inconnu que le Pokédex de Sacha est incapable d’identifier ! Sacha veut le capturer, mais il est terrassé par une décharge électrique et la Dresseuse du Pokémon se précipite pour lui présenter ses excuses.

Maintenant qu’ils ont commencé à voyager avec Alexia, nos héros sont enthousiastes à l’idée d’atteindre la prochaine île : l’Île de Yashi. Et quand Alexia leur montre une carte au trésor, l’excitation est à son comble ! La journaliste avait déjà écrit un article sur une exposition consacrée à un pirate, son bateau, les Pokémon avec qui il voyageait, et sur le trésor caché à bord de son navire. Sur la carte figurent des symboles étranges qui devraient les aider à trouver le trésor mais, à l’insu de nos héros, la Team Rocket a tout entendu et veut s’en emparer.

Nos héros, en compagnie d’Alexia, continuent leur croisière dans les Îles Décolores ; cette fois, ils approchent de l’Île de la Grotte. Ronald leur explique que ce nom vient d’une énorme grotte située sur l’île où vivent des quantités de Pokémon.

Nos héros ont hâte de pouvoir observer les étoiles… Alexia leur a parlé de la Comète d'Ulysse, qui est censée apparaître ce soir-là ! Elle est impatiente de filmer cet événement céleste, ainsi qu’un certain groupe de Pokémon qui se réunit toujours au sommet de la montagne pour admirer la comète.

Dans le Centre Pokémon d’une île, nos héros se détendent pendant qu’Alexia travaille sur son dernier reportage. Elle leur demande de veiller sur son Chevroum, un Pokémon très bien élevé qui n’a guère besoin de surveillance. Personne ne s’aperçoit que Chevroum a rencontré un jeune garçon nommé Tony, et qu’il disparaît en sa compagnie.

Pendant qu’Alexia fait réparer sa caméra, Sacha, Iris et Rachid en profitent pour aller déjeuner tranquillement sur le port. C’est du moins ce qu’ils auraient voulu, mais les Pokémon commencent à se disputer au sujet de la nourriture. Emolga lance un Coup d'Jus pour se défendre des Pokémon qui l’ennuient, et Iris la réprimande sévèrement.

Le bateau de nos héros arrive à l’Île du Paladin, et Rachid apprend que ses frères Armando et Noa sont en route pour la même destination. Pendant que Sacha, Iris et Rachid les attendent, un Blizzaroi s’approche d’eux et Feuillajou offre des Baies à cet énorme Pokémon, qui réagit en l’attaquant. Sa Dresseuse, une femme arrogante nommée Frida, les accuse d’avoir énervé Blizzaroi en s’approchant de lui, et nos héros découvrent que les frères de Rachid viennent sur l’île pour la retrouver.

Arrivés au terme de leur croisière dans les Îles Décolores, nos héros aperçoivent plusieurs Pokémon originaires de la région de Kanto. Ronald leur explique qu’ils sont tout près de Carmin sur Mer. Chacun a ses projets : Sacha rentre chez lui, Iris et Rachid veulent rencontrer de nouveaux Pokémon et Alexia doit aller interviewer le Professeur Chen.

Après avoir vu le train d'Iris et de Rachid quitter la gare, Sacha, Pikachu et Alexia se dirigent vers la maison de Sacha, à Bourg Palette ! Bien sûr, Sacha est impatient de revoir tous ses Pokémon au laboratoire du Professeur Chen, mais un conseil raisonnable d'Alexia persuade notre héros d'aller d'abord chez lui saluer sa maman. Mais la visite ne dure pas. Sacha raconte à sa mère ses dernières aventures, puis Délia comprend qu'il est impatient de revoir ses Pokémon, et elle lui donne la permission de courir au labo du Professeur Chen, qu'Alexia est en train d'interviewer.