Tras descubrir que la Liga de Teselia este año tendrá lugar en Ciudad Vidriera, Ash decide partir enseguida. Nuestros héroes se despiden de Cintia y Jervis, y allá que van, con la idea de hacer un alto en el camino en la Aldea de los Dragones para que Iris pueda visitar su aldea natal.

Cada vez más cerca de Ciudad Vidriera, emplazamiento de la próxima Liga de Teselia, nuestros héroes notan la presencia de un Drilbur y un Braviary que parecen observarles. Sus Entrenadores, los hermanos Rubén y Simón, aparecen al poco tiempo y desafían a Ash a una Batalla de Dobles. Ash acepta encantado y decide unirse a Millo, formando así un equipo similar de tierra y aire con Pansage y Unfezant.

Cuando nuestros héroes, muy contentos, llegan a la aldea natal de Iris, la Aldea de los Dragones, se encuentran con la amiga de la infancia de Iris, Sara, y los dos Zweilous que está criando. Iris hace planes para verse con Sara más tarde y contarle a su amiga cosas de su viaje, pero primero tiene que visitar a la Anciana de la Aldea.

La Anciana da una cálida bienvenida a Iris y, tras un rápido examen, declara que ha cuidado muy bien de Axew. Otros aldeanos quieren ver el resto de los Pokémon de Iris y ella pide a Dragonite que salga. Todo el mundo lanza exclamaciones ante su impresionante captura, hasta que Dragonite empieza a pelear contra un Haxorus cercano. Pero, para su sorpresa, unas cuantas palabras suaves de la Anciana los calman a los dos.

Lirio, el Líder del Gimnasio de Ciudad Caolín, ha desafiado a Iris y ella ha vuelto a la ciudad para librar el combate. Pero, en cuanto llega (acompañada de Ash y de Millo), una crisis de inseguridad hace que se suba a toda prisa a una alta torre metálica para respirar aire puro en soledad. Aunque su retiro no dura mucho tiempo. La Agente Mara enseguida llega a la escena y le ordena que baje, haciéndole prometer a Iris que no volverá a hacerlo nunca más. Al parecer, la aspirante a Maestra Dragón ya tuvo en el pasado alguna experiencia similar aquí.

En su camino hacia Ciudad Vidriera, emplazamiento de la Liga de Teselia, nuestros héroes se encuentran con un montón de rocas que cortan el camino. Ash e Iris tratan de trepar por ellas, pero estas ceden bajo sus pies. Un joven con un Eevee acude a su rescate, y su Espeon aleja a Ash y a Iris del peligro usando Psíquico.

Nuestros héroes por fin han llegado a Ciudad Vidriera, emplazamiento de la Liga de Teselia, y el ímpetu de Ash está al rojo vivo. Mientras se quedan maravillados ante el enorme estadio de la Liga de Teselia, rostros familiares de varios Entrenadores comienzan a llegar a la ciudad, cada uno con una estrategia propia de combate. Para disgusto de Ash, la llegada de Bel es tan accidentada como siempre.

La segunda ronda de la Liga de Teselia ha terminado. Ash, Cameron, Stephan y Virgil han ganado sus combates y han pasado a la tercera ronda. Mientras todos deciden cómo van a pasar la tarde (viendo un espectáculo de fuegos artificiales, visitando los puestos que hay alrededor o relajándose en la sauna), Axew se aleja y enseguida se pierde entre la multitud.

El combate de la tercera ronda de la Liga de Teselia entre Ash y Stephan ha comenzado, y se enfrentan el Krookodile de Ash contra el Liepard de Stephan. No hay duda de que ambas partes han salido a ganar, y se mantienen muy igualados mientras nos regalan la vista con un poderoso movimiento tras otro. Pero Krookodile a duras penas consigue la victoria, por lo que Stephan saca a su increíblemente veloz Zebstrika. Krookodile ha sufrido un tremendo daño, y Ash lo sustituye por Palpitoad, que es de tipo Agua y Tierra, para contrarrestar los óptimos movimientos de Zebstrika, Nitrocarga y Rayo. Gracias a las inteligentes estrategias de ambas partes, el combate termina en empate.

Estamos en los cuartos de final de la Liga de Teselia, y, en el primer combate, se enfrentan Ash y Cameron, el cual acaba de revelar que su “arma secreta” es Hydreigon. Ash elige a Boldore para comenzar, un Pokémon fuerte sin duda. Pero el poder de Hydreigon es abrumador y pronto Cameron obtiene su primera victoria en un combate de seis contra seis.

Ahora que el Riolu de Cameron ha evolucionado a Lucario en pleno combate de la Liga de Teselia contra Ash y Snivy, la presión es cada vez más fuerte. Tras evolucionar, los potentes movimientos de Lucario se vuelven todavía más fuertes que los de Riolu, y Snivy es derrotado.

Una vez terminada la Liga de Teselia, nuestros héroes se dirigen a Pueblo Arcilla y al Laboratorio de la Prof.ª Encina. En el camino se topan con una chica que está totalmente de los nervios y que se llama Nanette. Está completamente aterrorizada porque tiene que cruzar un puente que considera inseguro debido a los muchos golpes que le ha aporreado.

De viaje en un barco que se dirige hacia las Ruinas Blancas, donde se halla Carrasco, el padre de la Profesora Encina, nuestros héroes conocen a un joven llamado N. N les cuenta que considera a todos los Pokémon sus amigos, y afirma que puede oír sus voces interiores. Además, se queda encantado con el fuerte vínculo que siente que hay entre Ash y Pikachu.

Nuestros héroes por fin han llegado a Ciudad Engobe y, por consejo de la Profesora Encina, van a visitar el nuevo Gimnasio que hace las veces de escuela, donde los futuros Entrenadores pueden aprenderlo todo sobre los Pokémon. Conocen a un joven profesor llamado Cheren, que también resulta ser el nuevo Líder del Gimnasio. Ash no tarda en desafiar a Cheren a un combate, pero tiene que tratarse de un combate de exhibición porque el campo de batalla todavía no está terminado.

En un oscuro laboratorio, el científico Acromo experimenta con aterrorizados Galvantula, intentando aumentar su poder usando ondas electromagnéticas. Al parecer, forma parte de una misteriosa organización llamada Equipo Plasma, cuyo objetivo es controlar la región de Teselia.

En su camino hacia las Ruinas Blancas, Ash, Iris y Millo se encuentran a un Mareep obstinado y a un Ampharos que intenta llevarlo de vuelta con su rebaño sin mucha suerte. Enseguida conocen a una chica llamada Ellie, que los lleva al Rancho Ocre, donde su abuelo cría Pokémon. Ampharos es el guardián del rebaño de Mareep, pero le falta seguridad en sí mismo y los Mareep no hacen ningún caso a sus órdenes.

El Equipo Plasma sigue trabajando en su malvado plan: atrapar Pokémon para utilizarlos como sujetos de investigación con el objetivo final de dominar el mundo. Dos secuaces, Schwarz y Weiss, llevan cautivo a Braviary de camino hacia el cuartel general, cuando, de repente, se topan con una barricada preparada por N. Los distrae y abre el camión, liberando a Braviary y escapando juntos. Pero los matones hieren a los dos, y, además, Braviary lleva un dispositivo de rastreo enganchado al cuello.

En su camino hacia las Ruinas Blancas, nuestros héroes, acompañados por N, ven humo al llegar a Ciudad Hormigón, y corren a investigar. Mientras Ash recluta a Oshawott para apagar el incendio, un insistente Watchog con una bufanda roja se lo impide. El incendio resulta ser parte de un simulacro dirigido por la Patrulla Portuaria Pokémon, un equipo dedicado a ocuparse de cualquier desastre que pueda ocurrir en el extenso puerto de Ciudad Hormigón. Bajo las órdenes del Capitán Halsey, Dewott y dos Frillish llevan las operaciones de rescate y apagan incendios, mientras que Watchog se ocupa de la vigilancia.

Siguiendo su viaje hacia las Ruinas Blancas, nuestros héroes, que viajan con N, se topan con la Feria de Kanto: un festival que se celebra para dar a conocer las costumbres y los alimentos de la región de Kanto. Por supuesto, como Ash nació en la región de Kanto, esto le trae recuerdos de su hogar. Y, cuando nuestros héroes ven la presentación del Profesor Oak de los tres Pokémon de Kanto disponibles para Entrenadores principiantes, Bulbasaur, Charmander y Squirtle, a Ash le vienen miles de recuerdos del inicio de su viaje Pokémon.

Mientras nuestros héroes y N siguen con su viaje, el Equipo Plasma afina su malvado plan: controlar a cualquier Pokémon aumentando su ira y poder de ataque al máximo, gracias a la diabólica máquina del Dr. Acromo. A la vez, miembros del Equipo Plasma están vigilando a Carrasco Encina y a su equipo en las Ruinas Blancas y, al parecer, buscando a N.

Continuando con su viaje, nuestros héroes y N se topan con miembros del Equipo Plasma que están atrapando y usando a Pokémon inocentes como sujetos de prueba. Tras la dura batalla que libran las dos partes, N queda atrapado en el fuego cruzado y sale muy malherido. Dos misteriosas mujeres salen de una espesa niebla y llevan a N, que está inconsciente, hasta una laguna en el bosque y le sumergen en ella, mientras nuestros héroes presencian en silencio los dramáticos acontecimientos.

Tras despedirse de N y de sus compañeras, nuestros héroes divisan la Torre Duodraco. Las Ruinas Blancas están muy cerca, y Ash está impaciente por llegar. Pero primero deben solucionar un problema urgente: el Lanzallamas de Pignite se ha debilitado mucho, y, tras investigar, descubren que hay algo atascado en su nariz. Saltar con ímpetu no es efectivo para sacarlo y tampoco una vuelta aterradora por el cielo, cortesía de Charizard, es suficiente para resolver este molesto problema. Por fin, Iris lo intenta haciendo cosquillas a Pignite en la nariz con un poquito de hierba, y con el estornudo, el objeto culpable sale despedido: unas cáscaras de un ataque de Recurrente.

En el exterior de la Torre Duodraco, Ash, Millo e Iris se encuentran con el ayudante del Profesor Carrasco Encina, que se ofrece a llevarlos a reunirse con el profesor en las Ruinas Blancas. En el camino, les cuenta que el equipo de excavación podría haber hecho un descubrimiento fantástico, pero no dice más. Dentro de las ruinas, nuestros héroes se encuentran con Carrasco, el cual les enseña una puerta cubierta de misteriosos símbolos. Mueve unos cuantos bloques de piedra, y la puerta se abre. Allí, frente a sus atónitos ojos, está el Orbe Claro…, un objeto salido de las leyendas, del que se dice que es Reshiram con una forma diferente. El profesor coge el orbe, y este arde en llamas en sus manos, lanzando una brillante llamarada de luz al aire, pero que no le hiere.

El Equipo Plasma continúa con su malvado plan para robar el Orbe Claro y atrapar a N. Millo e Iris combaten duro mientras Ash y N están atrapados bajo tierra. N percibe lo que está ocurriendo en la superficie, puesto que puede oír las voces interiores de sus amigos Pokémon, que gritan angustiados. Ash decide que deben salir de allí para ayudar y recuerda una de las reglas de la aventura del Profesor Carrasco Encina: “Nunca te rindas hasta el mismísimo final”. Y mientras N le observa atónito, Ash saca al resto de sus Pokémon y todos juntos trabajan excavando un túnel hacia la superficie, dejando a N meditando sobre el vínculo que existe entre ellos.

Los esfuerzos del Equipo Plasma para despertar y controlar a Reshiram continúan, mientras nuestros héroes, inmovilizados, observan impotentes. Axew sale a hurtadillas de la melena de Iris, donde se ha ocultado para estar a salvo, y consigue liberar a Iris y a Millo de las sujeciones de metal que los tienen atrapados. Entonces, Paz y Amor surgen desde el interior de su misteriosa niebla y le piden a N que vuelva a ocultarse junto a ellas. Pero N les dice que quiere quedarse en el mundo “real”, para luchar por sus ideales. El dispositivo del Doctor Acromo ha tomado el control de Gothitelle y Gardevoir, junto con el recién despertado Reshiram, y las cosas tienen un aspecto de lo más negro.

Ash lo pasa de maravilla volando sobre el lomo del Pokémon legendario Reshiram. De repente, aparece Iris montada sobre el lomo del Pokémon legendario Zekrom y los desafía a un combate. Zekrom lanza un temible Rayo, que hace que Ash caiga desde el cielo y aterrice en su cama en el laboratorio de la Profesora Encina. Estaba soñando. Como Iris no podía despertarle, le ha pedido a Pikachu que use Rayo sobre él. Iris le dice que se prepare, porque la siguiente parte de su aventura comienza hoy. Ash ha decidido volver a casa, a la región de Kanto, y Millo e Iris deciden que van a acompañarle. La Profª Encina sugiere que viajen a Kanto en un crucero que hace escalas en las Islas Decoloras, una idea que a todos parece gustarles, incluidos a los tres cotillas del Team Rocket.

En su camino hacia Pueblo Paleta, nuestros héroes están ansiosos por hacer su primera escala en las Islas Decoloras: la Isla Miel, hogar de la dulce miel, famosa en el mundo entero y elaborada por Combee que viven allí, y donde se hacen algunos de los postres más dulces que se puedan degustar.

Dejando atrás la Isla Miel y continuando su viaje en otro barco, nuestros héroes se sorprenden cuando ven a Porter, el Sobrecargo del barco anterior. Este nuevo Porter les explica que es un primo idéntico al que conocieron. Este les habla del Torneo Copa Marina, y Ash e Iris se apuntan sin dudar.

En su crucero por las Islas Decoloras, Ash, Iris y Millo se dan cuenta de que en el barco hay un gran número de Oshawott y de Dewott. Porter les informa de que su siguiente escala es la Isla de la Vieira, donde se celebra una competición anual en la que Oshawott y Dewott compiten por el título de Rey de la Vieira. Naturalmente, el Oshawott de Ash quiere participar.

Desde la proa del crucero de lujo, Ash, Iris y Millo ven lo que parece un Pokémon gigante a través de la niebla. Nadie más parece haberlo visto, por lo que deciden preguntar en su próxima escala, la Isla Espectral, para ver si los isleños saben algo. Un tendero les habla de un rumor sobre dicha visión en una isla pequeña cercana y, enseguida, corren a investigar antes de que él pueda decirles que el rumor es de hace diez años.

Nuestros héroes continúan con su viaje por las Islas Decoloras. Su siguiente escala es la Isla Motorroton, donde han quedado con nada menos que el Profesor Oak. Ha venido a atrapar a un Rotom como parte de la investigación, para escribir un ensayo sobre los diversos cambios de forma que adopta este insólito Pokémon al introducirse en ciertos dispositivos eléctricos. Mientras el Profesor Oak da una charla a Ash, Iris y Millo sobre los Rotom y lo que pueden hacer, las luces parpadean y se apagan. La Enfermera Joy les explica que a los Rotom les encanta la sabrosa electricidad de la red eléctrica de la isla, por lo que los apagones a la hora del almuerzo son habituales.

Hace un día precioso en el mar, y nuestros héroes están disfrutando de la brisa fresca en cubierta mientras un Croconaw, un Azumarill y un Octillery suben a bordo sin ser vistos. Los tres se cuelan en el almacén de suministros del barco para robar cajas de comida y descubren que el Team Rocket intenta hacer lo mismo. Suena la alarma del barco, y Porter dice que eso solo puede significar una cosa: ¡piratas!

El crucero de nuestros héroes por las Islas Decoloras continúa, y la siguiente y emocionante escala en su viaje es la Isla Peregrino. Es una isla preciosa, que sirve como lugar de descanso a muchos Pokémon durante su migración. Tras algunos consejos de la Enfermera Joy en el Centro Pokémon, Ash, Iris y Millo se dirigen hacia las montañas a observar detenidamente a los Pokémon.

Lo que empezó como un día precioso durante la exploración de otra de las Islas Decoloras, la Isla Gigantia pronto da un giro a peor. Nada más empezar a caminar por el único sendero que hay y que atraviesa la isla de punta a punta, Iris se queda entusiasmada ante un prado repleto de bonitas flores. Aunque esto a Ash no le despierta interés alguno, Millo y él esperan a que Iris se ponga unas florecillas en el pelo. De repente, nuestros héroes ven a un Pokémon raro, un Dunsparce, y Ash decide combatir para atraparlo. Pero Pikachu usa Bola Voltio para hacer que Dunsparce pare de usar Chirrido, y esto provoca la caída de las flores del pelo de Iris y la caída accidental de Ash, que aplasta al caer las flores de Iris. A su vez, Axew se choca con Pikachu, y el tímido Dunsparce se va volando.

Mientras continúan su visita por las Islas Decoloras en su ruta hacia la región de Kanto, nuestros héroes exploran una parte rocosa y árida de la Isla Gigantia. Tras decidir dar por terminada la jornada y establecer el campamento, a Pikachu y a Axew los despierta el Pokémon singular Jirachi. Se dice que Jirachi está despierto solo siete días cada mil años. Estando jugando Pikachu y Axew con Jirachi, el escándalo despierta al resto de nuestros héroes, y, cuando Ash se percata de lo que está viendo, se emociona y corre a hacerse amigo suyo, asustando y ahuyentando a Jirachi.

Nuestros héroes ya están cerca del puerto en la parte más extrema de la Isla Gigantia, cuando, de pronto, ven una deslumbrante luz blanca en el cielo que desprende fuego y que se dirige directa hacia ellos. Se agachan para protegerse, y el objeto luminoso los pasa por encima continuando hacia el océano sin control.

Nuestros héroes han llegado a la Isla Cosecha, famosa por sus deliciosas bayas y por el Gran Festival de la Cosecha. Ash, Iris y Millo se dirigen hacia el festival y, por el camino, se topan con un Pokémon que no han visto nunca y al que la Pokédex de Ash no logra identificar. Ash quiere atraparlo, por supuesto, pero, cuando lo desafía a un combate, la descarga eléctrica que le lanza lo deja tirado en el suelo, y su Entrenadora corre rápidamente a pedir disculpas.

Ahora que nuestros héroes han empezado a viajar con Alexia, se dirigen emocionados hacia la siguiente isla de su circuito: la Isla Fronda. Cuando Alexia les muestra el misterioso mapa de un tesoro vinculado a la isla, todos se entusiasman ante la idea de la búsqueda de dicho tesoro. Tiempo atrás, Alexia escribió un artículo sobre una exposición que trataba de un pirata, su barco, los Pokémon con los que viajaba, un Shiftry, un Nidoking, un Mismagius, un Honchkrow y un Vulpix, y el tesoro desconocido que iba a bordo de su barco. En el mapa hay una serie de símbolos extraños que se supone contienen la clave para encontrar el tesoro.

Nuestros héroes, junto a Alexia, continúan su circuito en barco por las Islas Decoloras y se aproximan a la Isla Cueva. Porter les explica que el nombre se debe a una enorme cueva que hay en esa isla, de la cual se cuenta que es el hogar de un montón de Pokémon.

Nuestros héroes se preparan para un importante acontecimiento astronómico: Alexia les ha hablado del Cometa Conley, que está previsto que haga una aparición esa misma noche. Ella está deseando filmar dicho acontecimiento y a un grupo de Pokémon que siempre se reúne en la cima de la montaña para ver recibir ael cometa.

Nuestros héroes pasan un tiempo en el Centro Pokémon de una de las islas en su camino hacia la región de Kanto. Se toman un respiro para relajarse, mientras que Alexia trabaja en un artículo. Ella les pide que vigilen a su Gogoat, un Pokémon que se porta muy bien y no requiere mucha vigilancia. Por eso, Ash y los demás ni se enteran cuando Gogoat conoce a un niño llamado Tony. Gogoat percibe que desea ir a un lugar determinado y enseguida parte con el niño sobre su lomo.

Mientras que Alexia se marcha a arreglar el equipo de vídeo, Ash, Iris y Millo se toman un respiro para almorzar en la orilla. Al menos, ese es el plan, pero los Pokémon empiezan con pequeños enfrentamientos por la comida, y Emolga lanza su ataque Chispazo para dar una sacudida a todo aquel que la moleste, ganándose una regañina de Iris.

Al atracar el barco de nuestros héroes en la Isla Paladín, Millo se extraña al enterarse de que sus hermanos, Zeo y Maíz, también van de camino a la isla. Mientras Ash, Iris y Millo esperan a que lleguen, se les acerca un Abomasnow. El Pansage de Millo le ofrece algunas de sus bayas al gigantesco Pokémon, pero este le responde atacándolo. Su Entrenadora, una mujer arrogante llamada Morana, regaña a nuestros héroes por haberse acercado demasiado a su Abomasnow, y se descubre que ella es la razón por la que Zeo y Maíz han ido a la isla.

Cuando nuestros héroes y Alexia se encuentran en el final de su ruta por las Islas Decoloras, ven varios Pokémon nativos de la región de Kanto. Porter dice que es una señal inequívoca de que están cerca de su parada final, Ciudad Carmín. Todos tienen planes para Kanto: Ash está impaciente por llegar a su casa, Iris y Millo quieren conocer nuevos Pokémon y Alexia tiene planes para entrevistar al Profesor Oak.

Tras despedirse de Iris y Millo en la estación de trenes, Ash, Pikachu y Alexia se dirigen hacia el hogar de Ash en Pueblo Paleta. Por supuesto, Ash está deseando ver a todos sus Pokémon, que se encuentran en el Laboratorio del Profesor Oak, pero un consejo sensato de Alexia convence a nuestro héroe de que primero debe pasar por su casa para ver a su madre, aunque esa visita no dura mucho tiempo. Después de poner a su madre al tanto de sus últimas aventuras, ella sabe que Ash está impaciente por ver a sus Pokémon y le da permiso para correr al Laboratorio del Profesor Oak, donde Alexia entrevista al Profesor.