合众联盟的举办地确定为桧垣市，小智一行人於是离开竹兰的别墅准备前去参赛。在森林当中，他们和花园歌剧团的麻雅与"丝巾神奇宝贝"奇诺栗鼠，水树与"花饰神奇宝贝"裙儿小姐以及紫音与"捧花神奇宝贝"罗丝雷朵有了最糟的相遇。被卷入炒炒猪与水水獭争执的导电飞鼠撞上麻雅，结果麻雅竟说导电飞鼠和藤藤蛇都是「丑八怪」，让艾莉丝勃然大怒！！为了要让高傲离去的3人得到教训，小智与天桐也都盛装打扮，前往歌剧团员禁止男宾进入的宿舍。「绽艳方成华，败者凋零化尘泥」！不得了的对战即将开幕…！？

小智一行人继续踏上旅途前往要举办合众联盟的桧垣市。突然间，"勇猛神奇宝贝"勇士鹰、"鼹鼠神奇宝贝"螺钉地鼠以及它们的训练家空朗&陆克兄弟出现，向小智与天桐挑战要求进行双打对战！！对手的两只接连使出没有任何人见过的「飞钻翼」、「神鹰遁地」、「廻转钢爪」，以及其他默契配合极佳的合体绝招！相对的轰隆雉鸡与花椰猴也不惶多让的驶出合体绝招应战！究竟最後结果如何…？接著，希望变得更强的二人，接受了天桐这个神奇宝贝酒侍的品评！称霸天空与大地的他们，如果可以在收服水系神奇宝贝，就是海陆空齐备的世界最强组合，到底会怎麼样？

小智一行人前往即将举办合众联盟的桧垣市，途中，他们顺便前往了艾莉丝的故乡──龙之乡。除了向大婆婆报告旅行的状况，艾莉丝也与儿时玩伴菖蒲重逢。这时菖蒲所培育的两只"乱暴神奇宝贝"双头龙出现了。同一天从蛋里孵化，情同兄弟的它们，哥哥今天不知道为什麼无精打采的，当小智等人在菖蒲家用餐的时候，弟弟双头龙突然慌慌张张地跑来。大家跟过去一看，发现哥哥双头龙进化成"凶暴神奇宝贝"三头龙！但是，三头龙对自己的进化大吃一惊，突然开始大闹！艾莉丝说她会设法处理，但是……

小智一行人抵达双龙市。双龙道馆‧道馆训练家夏卡对战的艾莉丝充满斗志。可是，一想到让她难以招架的夏卡就觉得坐立难安…。艾莉丝为了让自己冷静下来而爬上双龙市的铁塔，引起骚动。不过，与在双龙学园生活时的舍监玛莎女士及学园的神奇宝贝"颚斧神奇宝贝"斧牙龙重逢，让她又重新振作起来。第一次与夏卡对战的後，艾莉丝的独断独行让龙头地鼠封闭了心灵…。这次一定要以两人的搭档合作获胜！艾莉丝使出全力对抗夏卡！"地底神奇宝贝"龙头地鼠将与"颚斧神奇宝贝"双斧战龙进行复仇对战…！！到底会有何结果！？

来到桧垣市附近山顶的小智一行人，打算强行穿越被岩石阻碍的道路，结果差点从山崖上掉下去。这时候，带著"进化神奇宝贝"伊布的青年巴吉尔与"太阳神奇宝贝"太阳精灵救了大家。巴吉尔与他的父亲和哥哥一起组成神奇宝贝救援队，守护城市。他带领的队伍名叫「伊布队」，是由伊布与伊布的七种进化型态共同进行活动。同一时间，水坝发生事件。水坝管理室的大门被"结霜神奇宝贝"几何雪花栋住，使得戴比困在里面！面对越发紧急的事态，巴吉尔与小智等人前去支援。伊布队能发挥实力吗…！？

小智一行人终於抵达举办合众联盟的桧垣市，并且和白露、肯尼洋、修帝及巴吉尔等人重逢。大家顺利完成参赛登记後，正准备走回各自的宿舍时，在树林里看见了眼熟的帐棚，原来这次为了绝对不要迟到，虎彻与利欧路从三天前就在这里扎营了，可是一详谈才发现，虎彻竟然还没有登记参加大会。大吃一惊的小智，在通知结束参赛登记的广播声中，急忙拉著虎彻赶往登记柜台！他们到底赶不赶上？接著，预赛终於要开幕了！宿命的对决再次登场，小智的对手是修帝与君主蛇！而小智选的神奇宝贝是……

接连出现强烈激战的合众联盟预赛中，轮到小智智的皮卡丘VS修帝的君主蛇这场对战！君主蛇以最擅长的必杀技龙尾与困绑连续攻击，让皮卡丘陷入重大危机。即使拼命以十万伏特应战，君主蛇也有秘策应对，这次一定要赢过修帝！小智与皮卡丘可以抢下胜利吗？接下来，劲敌们也在预赛中纷纷演出白热化的对战！复赛第一轮确定有虎彻与白露的对战！大剑鬼VS骑士蜗牛的对战，骑士蜗牛以铁壁提升防御力，使得大剑鬼的攻击一直受阻。困惑不已的虎彻拉弹头带思索对策，究竟结果会怎样……

合众联盟‧桧垣大会很快地进入赛事中盤，小智等人都先回到宿舍。这时候，皮卡丘发现到…牙牙不见了！！一查才发现，牙牙是去追空中的气球，不小心与小智他们走散了！艾莉丝开始拚命的搜寻牙牙。另一方面，皮卡丘它们以小巷为中心四处寻找牙牙。在过程中，水水獭在巷子里发现满满一箱水果，还把它们全都吃光了。可是那是住在巷子里的"垃圾场神奇宝贝"灰尘山，从附近的住户那里得到的食物。水果就这样没了，让"垃圾袋神奇宝贝"破破袋很难过。於是，愤怒的灰尘山找上因为发现牙牙而松了一口气的皮卡丘它们…！到底会怎麼样呢！？

白热对战不断的合众联盟‧桧垣大会！顺利晋级第二轮的小智，终於打进第三轮。对手竟然是肯尼洋！东．乔治对战、许愿钟对战、东乔治格斗大会，在各大会中一起战斗的肯尼洋与小智，因为熟知彼此的本领，都是预想了对方选择的神奇宝贝及绝招来准备对战！虽然因为肯尼洋的雷电斑马学会新绝招，出现意外的发展，不过小智的蓝蟾蜍也不服输的应战！然後，面对肯尼洋最强的搭档「空手道神奇宝贝」打击鬼，上场的是一度进行对战，体力大幅消耗的流氓鳄！恶系对上格斗系很不利。小智要怎麼推翻这种状况呢？

晋级第4轮的小智，将要与虎彻进行对战！第4轮的6对6的全面对战！虎彻预告的秘密武器竟然是「凶暴神奇宝贝」三头龙！相对於此，小智派出「矿石神奇宝贝」地幔岩一决胜负！地幔岩以绝招准确的命中威力十足的三头龙！究竟结果会如何？接著，轮到虎彻最後的堡垒兼好搭档「波纹神奇宝贝」利欧路上场，面对它的轰隆雉鸡打算以速度决胜负，可是利欧路竟然跳到轰隆雉鸡身上使出绝招！无法闪避的轰隆雉鸡遭受严重伤害，陷入大危机！虎彻的指示乍看之下是一团乱，可是他与利欧路的默契配合却高人一等！这时，利欧路出现异状……

激战不断的合众联盟进入第四轮！小智与虎彻的对战成为空前混战！更意外的是虎彻的搭档利欧路进化成为「波导神奇宝贝」路卡利欧了！路卡利欧的绝招威力大幅提升！甚至还学会新绝招，逼得小智与藤藤蛇节节败退，而且已经连战两场的皮卡丘还要与路卡利欧对战！体力严重消耗的皮卡丘，为了避免长期战，决定以速度和路卡利欧拼胜负！虽然路卡利欧在对战中占了上风，但小智企图靠著妙计一击逆转！彼此的一击都确实生效，双方都倒下了。要在合众联盟获胜的意志相互冲突！究竟胜利女神会对谁微笑呢？

结束合众联盟挑战的小智一行人，前往鹿子镇拜访红豆杉博士。他们在路途中遇见了新人训练家诺诺美，她因为个性慎重小心，所以很犹豫要不要过石桥，慌乱地僵在路中央。小智他们鼓励诺诺美前进後，直接前往研究所。像红豆杉博士报告完合众联盟的成果後，小智一行人决定回到关都地方。这时候诺诺美来到了研究所！左思右想之後，诺诺美决定第一只神奇宝贝要选「火猪神奇宝贝」暖暖猪，并且要与小智合作进行对战天桐 & 艾莉丝的双打对战！就在诺诺美开始享受对战乐趣的时候，突然有机械在他们面前冒出来！感觉似曾相识的三人组，到底是谁…！？

告别了红豆杉博士，小智一行人搭上前往桧扇市的邮轮，前往桧扇市的途中，邮轮经过一座有著破旧实验室的岛屿，天桐指出是不知道在研究什么的Ｐ２实验室。 停靠补给期间，小智和皮卡丘在船边嬉闹著，发现有一位青年站在码头上看著他们，随后不见踪影。

小智跟艾莉丝来到游轮上的对战场地准备训练一番时，发现那位青年也上了这艘邮轮，通过聊天得知青年的名字叫做Ｎ，并且可以听见宝可梦的心声。

N在聊天中说起合众的传说和他的梦想，饱含热情的极快语速让小智等人瞠目结舌，可是在知道小智的心愿是成为宝可梦大师时显得很不高兴，留下了小智等人离开现场。 在下午的对战训练中，艾莉丝的牙牙受到火箭队的诱饵吸引，皮卡丘为了寻找牙牙而被捕获......！？

小智到达了据闻建立了新道馆的桧扇市，而这间新道馆竟然与宝可梦训练家学校合二为一！不过兼任老师的道馆馆主黑连只是刚刚取得资格，而且道馆还未准备好。另一方面，牙牙和皮卡丘走进了广播室，不小心让全学校的广播器发出刺耳的声音，更令神宝之家的宝可梦们逃了出来！小智、艾莉丝和天桐分头寻找走失了的宝可梦，究竟会发生什么事？接著，小智的水水獭和黑连的忠犬宝可梦哈约克对战，最后谁胜谁负？

来到算木牧场的小智，遇上了少女艾莉，灯光神奇宝贝电龙和绵毛神奇宝贝咩利羊。电龙平常的工作是照顾咩利羊，但咩利羊却经常不听电龙的话。艾莉认为如果电龙学会“雷光掌”的话，就会得到认同。于是艾莉丝指派快龙作为电龙的教练，一起练习雷光掌。此时，艾莉突然发现有一只咩利羊消失了，过了一会又再有一只消失！爷爷认为应该有比电龙更加适合照顾咩利羊的神奇宝贝。当他们四出寻找咩利羊时，幕后黑手原来是……

企图征服世界的电浆团，在暗中继续实行计划。电浆团团员正在运送“勇猛神奇宝贝”勇士鹰，用作实验的有机素体，N为了拯救身体虚弱的勇士鹰，潜入了电浆团的货车内，可惜他被团员发现，受到猫鼬斩和饭匙蛇的猛烈攻击，掉了下山崖。小智发现了受伤的N和勇士鹰，并带他们到神奇宝贝中心治疗。不过电浆团团员凭著勇士鹰身上的发信器，找到了它所在的地点，然后截断神奇宝贝中心的电源进行偷袭。此时N向小智作出一个请求……

小智他们来到立涌市，在看见浓烟赶到现场的时候，发现神奇宝贝海岸救援队正进行训练。他们的成员有队长弘人、“警戒神奇宝贝”步哨鼠、“飘浮神奇宝贝”轻飘飘和“修行神奇宝贝”双刃丸。当中，步哨鼠希望担当监视以外的工作，为救援队出一分力。此时，立涌联合工业区发生了意外！弘人虽然立即赶到现场救援，却意外被困在地下室内！虽然N说过“不喜欢让神奇宝贝参与危险的救援工作”，但他决定向正在外面监视的步哨鼠借用它的“感应器能力”！

小智他们来到介绍关都地方的“关都博览会”。在舞台上，“蜥蝪神奇宝贝”小火龙活泼地跟观众打招呼，令小智回想起自己的“火焰神奇宝贝”喷火龙，并请大木博士把它传送过来。喷火龙曾经跟小智一起旅行，是他最强的拍档。当小智和艾莉丝的神奇宝贝一起跟喷火龙打招呼的时候，其中一只神奇宝贝跟喷火龙怒目相向…原来快龙跟喷火龙互相感觉到对方都是强者，希望一分高下，对战即将开始！

小智一行人和N来到了下一个城镇，而电浆团和科学家阿克罗玛碰巧正在那城镇进行以奇怪机器操纵神奇宝贝的实验。“颚斧神奇宝贝”双斧战龙受到机器发出的电波影响，开始四周破坏，城镇亦被暂时封锁。艾莉丝认为龙系神奇宝贝本性善良，应该是受到其他东西影响才会失控，于是不理劝告潜入城镇之中。她虽然派出快龙阻止双斧战龙，但连快龙也突然失控起来……N说他听不到两位“朋友”的声音，认为它们继续失控的话，身体会承受不住。于是他站在快龙和双斧战龙前面，希望能够阻止它们，却完全没有效果……

浓雾消失后，两位分别叫荷莲娜和巴贝娜的小姐、“包容神奇宝贝”沙奈朵和“天体神奇宝贝”哥德小姐出现在小智他们的眼前。N在在泉水浸泡后，伤口逐渐康复，但荷莲娜和巴贝娜对人类存有警戒心。他们身处N的隐居之地，并让受过人类伤害的神奇宝贝在那里调养和生活。然后，N告诉了他们自己和电浆团的瓜葛，小智终于得悉N和电浆团的关系……突然，电浆团找到了他们所在的地方并发动攻击！荷莲娜和巴贝娜怀疑小智他们是入侵者的同伴…龙头地鼠和皮卡丘等神奇宝贝为了保护N一行人，奋力迎战，究竟会有甚么结果？

火箭队与电浆团正面对决，当电浆团的成员追赶武藏和小次郎的时候，喵喵进入基地并邀请科学家阿克罗玛加入火箭队。阿克罗玛以喵喵作为实验的有机素体作为交换条件，喵喵答应并立刻进行实验，被装置的电波照射。火箭队认为喵喵经过无数训练，绝对不会受到控制，但当电波愈来愈强，喵喵的眼神突然有所改变！喵喵的攻击力全面爆发，并听从安洁的指示，开始攻击武藏和小次郎……

小智一行人，到达了遗迹附近的龙螺旋之塔，并由红豆杉博士父亲的助手迎接他们到遗迹。博士和小智他们进入了白之遗迹，并发现了据称由传说的神奇宝贝雷希拉姆变身而成的光芒石。在博士拿起光芒石的时候，它突然发出强烈的光芒！而N亦出现在遗迹，并问博士会怎样对待光芒石。听到博士的答案后，N二话不说把光芒石抢走了！然后电浆团也来到遗迹，究竟事情会怎样发展？

被困在遗迹的N和小智对神奇宝贝有不同的想法。N听到遗迹外神奇宝贝的呼唤后变得焦急，想尽快离开地底遗迹。小智则和神奇宝贝们同心协力，为寻找出口不断挖掘。另一方法，艾莉丝的快龙和天桐的岩殿居蟹顽抗电浆团的攻击，可惜被阿克罗玛的神奇宝贝控制机阻止，红豆杉博士、艾莉丝和天桐也被电浆团捉住。火箭队则隔岸观火，等待机会。小智和N终于逃出地底遗迹，但是皮卡丘被机器控制了！最后，电浆团的总帅，魁奇思终于开始了复活雷希拉姆的仪式。

荷莲娜和巴贝娜为了保护N，出现在遗迹并以哥德小姐和沙奈朵阻止电浆团行动。不过，她们立刻受到控制机的电波攻击！被称为传说的神奇宝贝雷希拉姆终于复活，而且脸上充满愤怒的表情。然而，阿克罗玛遵从魁奇思的指示，成功控制了雷希拉姆，并以十字交叉火焰四处破坏。混乱中，阿克罗玛又再次用电波瞄准反抗的皮卡丘，幸好和国际警察帅哥合作的火箭队及时出现相助！然而，皮卡丘最后仍然被控制机的电波击中，究竟会有甚么结果？！奇迹会否出现？！

跟电浆团决战过后，小智他们回到红豆杉博士的研究所稍作休息。小智决定回去关都地方，而艾莉丝为了认识更多龙系神奇宝贝，天桐为了增广见闻，两人都决定跟小智一起前往关都地方。他们听从红豆杉博士的提议，决定坐船，经杰可罗拉群岛前往关都地方。他们乘的船与想像中的不同，虽然有点残旧但充满神奇宝贝的设备。当皮卡丘和牙牙去到神奇宝贝的游乐场，小智他们来到客房后，两间房间的门都突然被锁起来了！究竟是谁设下的阴谋呢？！

在杰可罗拉群岛旅行的小智一行，到达了三蜂蜜岛。在岛上，由三蜜蜂收集的“三蜂蜜”制成的甜品十分出名。小智一行在上岸后参加抽奖，抽中了任食一百五十一种三蜂蜜甜品的特别奖！他们和旅游发展局的职员立即前往三蜂蜜甜品工场，但原来那些职员是由火箭兵团假扮的！比卡超用十万伏特对抗滚滚蝙蝠和哭哭面具的攻击，却击中了一棵充满铁壳昆的树，而且它们更进化成双手均是毒针的大针蜂！比卡超、牙牙和水水獭在逃走的时候跟小智他们失散了，而且还遇上喵喵…

小智他们决定参加船上举行的“海洋杯锦标赛”，大会完结之后会举行宝石收藏家莉普儿的展览会。小智他们在船上认识了莉普儿，并到她的房间观赏她最重视的宝石“酷豹之瞳”。另一位宝石收藏家常卢，要求莉普儿出让“酷豹之瞳”被拒，原因是常卢拒绝让其他人观赏自己的收藏品。在大会完结之后，莉普儿发现“酷豹之瞳”消失了！明明房间是密室，外面又有步哨鼠监视，究竟是谁，用甚么方法偷走宝石？！此时，酒侍侦探天桐登场！

小智一行到达了即将举行扇贝贝王争夺战的扇贝贝岛。扇贝贝王争夺战的胜利者，除了可以得到扇贝贝王的称号和金扇贝贝作奖品，还能够跟扇贝贝女王“水水可”成为情侣！水水獭对水水可一见钟情，誓要得到胜利。比赛中，参赛者要比拼扇贝贝的形状和颜色，又要用扇贝贝打碎瓦片等等。除了强敌双刃丸“卡瓦多罗”，还有一只外貌有点奇怪，但拥有超强扇贝贝的“双刃喵丸”。赌上扇贝贝王宝座和水水可，男人之间的真正决战，究竟最后谁胜谁负？！

小智一行前往马赫拉本岛的途中，在充满浓雾的海域中看到一个十分巨大，应该是属于神奇宝贝的影子。他们在马赫拉本岛打听到，传闻在相邻的小岛曾经出现过巨大神奇宝贝，于是他们立即前往该小岛。突然，小岛的森林里突然出现了一只巨大的食蚁炉！连皮卡丘的攻击也对食蚁炉完全没有效果。食蚁炉的攻击使森林燃烧起来，野生的神奇宝贝都慌忙逃生，牙牙在途中被受惊的宝贝球菇攻击，陷入了昏睡状态。幸好小智他们找到了一间外表残旧的神奇宝贝中心让牙牙接受治疗，但里面的乔伊小姐和差不多娃娃有点奇怪……

小智一行为了会合神奇宝贝研究专家大木博士，来到以“电浆神奇宝贝”洛托姆闻名的洛托姆岛。博士为了写有关“洛托姆改变型态”的论文，希望能够在这个岛收服洛托姆。他们在洛托姆专用的游乐场遇到三只洛托姆，并希望以电系神奇宝贝的电力吸引它们。除了比卡超外，天桐的泥巴鱼和艾莉丝的导电飞鼠也一起帮忙。原来电力也有分好吃难吃之分，究竟三只神奇宝贝的电力分别是甚么味道呢？然而，洛托姆们突然改变型态，火箭队又从中捣乱，究竟大木博士最后能否成功收服洛托姆？

火箭队从杰可罗拉轮船的食物仓库偷取高级的食材，却被突然出现的蓝鳄、章鱼桶和玛力露丽全部抢走。小智一行人听到警报声，知道有海贼出现后，为了阻止它们追到甲板。但是它们会合了在海上接应的鸭宝宝，坐着木筏成功逃走。小智唯有派出喷火龙跟踪，希望找出它们的基地。上岸后，小智他们从君莎口中得悉那几只神奇宝贝是作恶多端的神奇宝贝海贼团。他们跟着喷火龙的指示，找到海贼团的基地，并得悉它们成为海贼的原因。然而，海贼团不理会他们的劝告，最后唯有以对战一分高下……

到迁徙岛的小智一行人，遇见一群铁甲蛹一起进化成巴大蝴，十分感动。这个岛是首席天鹅等等会迁徙的神奇宝贝，必定会途经的中途站。小智遇上一只赶不上进化的绿毛虫，回想起昔日跟自己一起旅行的绿毛虫，于是决定协助它尽快进化。虽然他们立即开始特训，但绿毛虫总是在途中睡着，令小智他们非常着急。特训途中，他们不小心闯进了圈圈熊的地盘，被圈圈熊追赶时，绿毛虫挺身而出保护小智！究竟结果会怎样呢？

小智一行人来到杰可罗拉群岛中最大的岛屿大岛，他们决定经横越大岛的大直路，走到大岛的另一面。他们在途中遇见罕见的神奇宝贝土龙弟弟，当小智想收服它的时候，被它的噪音攻击反击。受到噪音影响，小智不小心踏碎了艾莉丝的花饰，牙牙亦不小心阻碍了皮卡丘出绝招，让土龙弟弟趁机逃走，小智和艾莉丝因此吵起来。小智为了修复关系摘果实给艾莉丝吃，却因摘了难吃的果实而产生反效果，令愤怒的艾莉丝要跟小智绝交！

小智一行人继续在大岛旅行，在某个夜晚，遇见一千年只会苏醒七天的“许愿神奇宝贝”基拉祈。在皮卡丘和牙牙跟基拉祈玩耍的时候，小智出现并吓走了害怕人类的基拉祈。少女何莉听到小智他们遇到基拉祈，追问基拉祈的下落。何莉希望基拉祈令这座山回复以往山明水秀的环境。小智他们和何莉搜索了七天，基拉祈终于出现，不过火箭队从中破坏，并捉走基拉祈。究竟何莉的愿望最后能否实现？！

小智一行人在大岛的神奇宝贝中心留宿，醒来后，小智发现皮卡丘、天桐、艾莉丝和艾莉丝的都变成“脑神奇宝贝”大宇怪的样貌。小智大吓一跳，去找乔伊小姐和乔伊的求救，但连她们都变了大宇怪，连君莎小姐和其他居民都无一幸免！小智为了避开其他人的视线躲进小巷，并遇到躲在地下水道，正在寻找喵喵的武藏和小次郎。小智迫不得已和火箭队合作，究竟大宇怪有甚么可怕的阴谋?!

小智一行来到果实岛，为了庆祝果实收成，果实岛正要举行一个盛大的祭典。他们途中遇到神奇宝贝记者三色堇。三色堇带著指路羊和发电蜥，从卡洛斯地方来到果实岛取材，她想为在祭典举行的神奇宝贝相扑大会写一篇报导。相扑大会的冠军奖品是“振奋精神的头布”和大量树果，小智与炒炒猪、天桐与花椰猴、艾莉丝与快龙都决定参赛，究竟他们会遇上怎样的强敌？

小智一行来到椰子岛，他们听三色堇说附近的无人岛埋藏着一个与神奇宝贝有关的传说宝藏。神奇宝贝记者三色堇曾经去过一间海盗博物馆取材，并在调查后发现了宝藏的地图和暗号。火箭队偷听到小智他们的对话后决定抢先一步，到无人岛抢走宝藏。小智他们来到无人岛后不断受到不同的神奇宝贝袭击，而这些申请表都有一个共通点…究竟他们最后能否成功发现宝藏！？

小小智一行为了与生活在洞穴的神奇宝贝见面，在洞窟岛下船，并在那里偶然重遇小椿。小椿来洞窟岛是为了收服“颜色不同的赤面龙”，但在遇中与快龙走失了，于是小智他们帮忙寻找快龙。虽然成功找回小椿的快龙，但她却与艾莉丝的快龙争吵起来。最后，他们为了寻找颜色不同的赤面龙，向森林深处的洞穴进发，可是…

小智一行人来到杰可罗拉群岛中某一个岛，他们为了观察“乌地多彗星”，和三色堇一起前往山顶。据说彗星出现的时候，神奇宝贝会聚集在山上，并会有不可思议的行动。他们到达山顶之后，发现了勇者乌地多曾经在此展开无数战斗的对战区遗迹。他们在阴暗的通道前进，而火箭队早已在前面埋伏……

小智一行人和神奇宝贝记者三色堇，来到某个岛上的神奇宝贝中心。因为三色堇要整理采访材料，小智他们暂时代为照顾指路羊。小智对来至卡洛斯地方的指路羊十分有兴趣。此时，岛上的一个少年汤尼看见指路羊，并无意间碰到它的角。当人类碰到指路羊的角，它就能感应到此人的愿望。指路羊得悉汤尼的愿望，在小智他们波留意的情况下，让汤尼骑上背脊，向某处进发。小智他们在寻找指路羊途中，遇上了君莎和汤尼的母亲，并猜测到指路羊和汤尼的去向……

由于要等黄昏出航的船，小智一行人在草原悠闲地野餐。可是，导电飞鼠因为被艾莉丝误会，感到不满而独自飞走。导电飞鼠滑翔的时候被强风吹至失去平衡，并在火箭队眼前坠落！它与武藏和小次郎的神奇宝贝对战，而且轻松获胜。在战斗过后，火箭队想说服导电飞鼠加入他们，幻想多多的导电飞鼠，竟然真的决定跟他们一起行动…？

小智一行人来到了岩流岛，在等待天桐的兄弟伯特和寇恩途中，出现了一只暴雪王。花椰猴和天桐之前摘了很多树果，正当花椰猴想和暴雪王分享的时候，突然受到它攻击。刚好在那个时候，伯特和寇恩来到，并告诉天桐暴雪王的训练家多拉格想要拆掉三曜道馆的招牌。伯特和寇恩已经在对战中落败，多拉格今次前来是为了击倒剩下的天桐。为了保护三曜道馆，天桐决定全力应战！

小智一行人坐船到关都地方的港口城市·枯叶市。在杰可罗拉群岛旅行的日子也即将完结。火箭队无论如何，都想在小智他们到达关都之前捉走皮卡丘，他们用巨型的气球把客船吊起，使客船充满混乱。火箭队像平常一样抢夺小智他们的神奇宝贝，但今次帕卡先生竟然协助火箭队的恶行？

小智环绕杰可罗拉群岛的旅行，在到达关都地方的枯叶市后终于告一段落。小智跟艾莉丝和天桐告别，各自向自己的梦想进发。小智和三色堇一起回到真新镇，在回家不久后立即前往大木博士的研究所，与神奇宝贝见面。小智回顾了在合众地方的冒险，决定前往卡洛斯地方，实现自己成为“神奇宝贝大师”的梦想。