小智等人为了得到第 4 个徽章，与白露来到雷文道馆。雷文道馆的道馆训练家，是使用电系神奇宝贝的当红模特儿小菊儿。白露马上就要求进行道馆赛，没想到到了对战场地，却发现白露的父亲已经等在那里要带她回家。白露试著说服父亲让她继续旅行，但是她父亲却完全听不进去。这时候，小菊儿提议进行道馆赛，让白露的父亲看看她有多少成长。接著白露答应了父亲的条件，只要在与小菊儿的道馆赛中输了就会回家。於是，小菊儿的「雷电神奇宝贝」雷电斑马与白露的「蜗牛神奇宝贝」小嘴蜗展开火热的对战。

小智在与小菊儿进行道馆赛之前苦思对策。为了对抗小菊儿强大的电系神奇宝贝，他决定跳过难以让小菊儿的神奇宝贝受到损伤的皮卡丘，另外挑选道馆赛成员。这让干劲十足的皮卡丘感到不满。　　接著，道馆赛开始。面对小菊儿的「雷电神奇宝贝」雷电斑马，小智派出"震动神奇宝贝"蓝蟾蜍对抗。具有地上系属性的蓝蟾蜍让雷电斑马的电系绝招失效。蓝蟾蜍就像小智预料的一样，打赢了雷电斑马。可是，面对下一个对手「飞鼠神奇宝贝」导电飞鼠，在第一场比赛消耗不少体力的蓝蟾蜍似乎开始显露疲态！？

打完道馆赛的小智一行人，决定靠参观雷文市来打发到吊桥修好为止的一天时间。地下铁酒侍天桐决定去搭地下铁，参加只要集满戳章就可以与地下铁总控官比赛的地下铁印章计画。另一方面，小智与艾莉丝则是选择四处观光，大家各自活动度过这一天。到大竞技场观看比赛，还去欣赏音乐剧等等，小智他们在雷文市到处参观游玩。不过，他们发现了一只走失的「牙神奇宝贝」牙牙，於是决定帮它找到主人。 　　另外，正在参加地下铁印章计画的天桐，遇见了一名据说与重要朋友走散的少女，开始帮她一起找那个朋友。小智与艾莉丝、还有天桐能够找到他们各自要找的人吗！？

正要离开雷文市，前往帆巴道馆的小智一行人，在表演者街道上遇见了劲敌修帝。据说他是因为小时候见过合众联盟的冠军阿戴克，才决心以阿戴克为目标，成为强大的神奇宝贝训练家。修帝是听到阿戴克最近会出现在这附近的传闻，才到这里来找人的。接著，见到阿戴克的小智与修帝立刻就要求和他进行对战。与冠军阿戴克的对战就此开始，为了对抗阿戴克的「撞头牛神奇宝贝」爆爆头水牛，小智派出最强的搭档皮卡丘挑战，可是……

朝著帆巴市持续旅行的小智一行人，在某著城镇遇到正在练舞的「仙人掌」神奇宝贝街头沙铃「街头沙铃三重奏」以及它们的训练家。托比欧与「街头沙铃三重奏」想要报名神奇宝贝音乐剧的试镜大会，为了测试实力，他们要参加这城镇的神奇宝贝表演大会。为了得到优胜，托比欧他们不断练习舞蹈结束前的大绝招，可是却不顺利，看到这种情况，小智他们决定一起帮忙，结果却是！？

要前往帆巴市的小智一行人，在途中经过的神奇宝贝中心，遇到专门拍摄神奇宝贝的「神奇宝贝摄影师」罗伯特。他让小智等人看了一张同为神奇宝贝摄影师的祖父拍的照片，那上面出现了有著四季不同姿态的「季节神奇宝贝」芽吹鹿齐聚的景象。罗伯特决心要找到祖父去过的地方，拍到春夏秋冬四种型态的芽吹鹿聚集在一起的照片。听到他这种决心，小智等人也决定跟罗伯特一起去找不同外貌的芽吹鹿聚集的地方……

在前往帆巴市的途中，小智他们遇到一只哥德宝宝与它的训练家小春，可是小春是个对任性的「凝视神奇宝贝」哥德宝宝言听计从的训练家。因为哥德宝宝很喜欢小智的滑头小子，让小春拼命地要求小智把滑头小子让给她。小春一直要求用自己手边的神奇宝贝和小智交换滑头小子，可是一直遭到拒绝。之後她提出以对战决定的要求，沉不住气的小智被挑衅成功，答应小春进行对战， 展开一场滑头小子争夺战。滑头小子将有什麼样的命运呢！？

继续旅行前往帆巴市的小智一行人，在途中遇到神奇宝贝抚养家波比与 3 只「粗鲁神奇宝贝」单首龙。这 3 只单首龙是第一次被托付给抚养家照顾，所以想逃走去找训练家。为了帮助没有照顾过龙系神奇宝贝的波比，来自龙之乡的艾莉丝主动说要帮忙，小智他们也决定从旁协助。一群人便立刻开始照顾神奇宝贝，可是其中一只特别怕生，自从被托付给抚养家之後就不吃饭、心情低落的单首龙让大家陷入苦战。艾莉丝努力想与它交心，只是最後的结果会如何发展呢！？

抵达帆巴市的小智一行人，立刻前往帆巴道馆要进行道馆赛。可是，道馆训练家菊老大似乎正忙著处理事情。在等待道馆开门的时间，决定到帆巴市场逛逛的一行人，遇到了机车骑士查尔斯与他的搭档「去壳神奇宝贝」敏捷虫，并且在他们带领下四处参观。在大家逛街的时候遇到了小偷，这时当地的英雄 "敏捷☆战士" 与敏捷虫现身，帮忙逮捕了犯人。小智因此成了 "敏捷☆战士" 迷。听查尔斯说敏捷☆战士晚上可能出现在港口的仓库街，小智决定去仓库街找他，可是！？

为了准备与帆巴道馆的菊老大进行道馆赛，小智正勤於特训。可是，天桐的兄弟，也是三曜道馆道馆训练家之一的伯特出现了。伯特说想看看天桐修行的成果，突然要求进行神奇宝贝对战。兄弟对战就此开始。伯特派出搭档「高温」神奇宝贝爆香猴，天桐则是以「草猴」神奇宝贝花椰猴迎战，并且漂亮地获胜。把败战责任推到爆香猴身上的伯特，却在被众人责备之後负气跑走。原来，伯特是因为遇上身为道馆训练家的对战瓶颈，在与寇恩吵架之後离家出走了！？

菊老大说只要有复活之草就考虑进行对战，於是小智一行人立刻出发前往三云岛。抵达岛上後，他们见到了借助搭档「花饰」神奇宝贝裙儿小姐帮忙，专门采摘复活之草的青年尤特。根据尤特的说法，最近可能是因为三云岛的土地变得贫瘠，草系神奇宝贝都失去活力，甚至连复活之草都枯萎了。尤特与小智一行人遵照三云岛的传说，为了向丰穰之神土地云祈愿，举行了祈雨仪式，可是这时风之神龙卷云却突然出现！？

为了得到复活之草，小智一行人开始进行向丰穰之神土地云祈愿的祈雨仪式。可是，出现的却不是土地云，而是让整座岛陷入严重混乱的风之神龙卷云与雷之神雷电云！具有避邪作用的石碑楔石，遭到了不名人士破坏！为了平息两只神奇宝贝的战斗，小智等人努力召唤出了土地云，可是在战斗当中，牙牙与哥德小童都受了重伤。而且火箭队竟然还想捕捉因为战斗而耗尽体力的雷电云、龙卷云和土地云这 3 只传说的神奇宝贝！？

在三云岛顺利取得复活之草的小智一 行人，终於可以和帆巴道馆的道馆训练家菊老大进行道馆赛了。从小就与神奇宝贝一同挖掘矿山的菊老大，对於以「地上」系神奇宝贝为主的力量行对战充满自信。接著道馆赛开始。菊老大的第一只是「沙漠鳄鱼」神奇宝贝混混鳄。小智则是派出「海獭」神奇宝贝水水獭进行挑战。虽然水水獭勇敢的施展喷射水柱进攻，却因为混混鳄的沙雹，眼睛进了沙子。之後，混混鳄对无法准确使出绝招的水水獭发动猛攻。正当大家以为毫无胜算的时候，小智想到的作战方式是什麼呢？

小智一行人继续旅行前往吹寄市，可是皮卡丘却在半路上，被「黏住」神奇宝贝电电虫吸走电力。想要帮助皮卡丘的泥巴鱼与导电飞鼠也同样被吸走电力，造成体力严重耗损。为了救助 3 只神奇宝贝，立刻赶往神奇宝贝中心的众人，从乔伊小姐口中得知那一带本来是没有电电虫的。正当大家感到不可思议时，白露急急忙忙冲进来撞到小智。原来她正赶著要与红豆杉博士联络。白露总算连络上人在电石洞穴的博士，可是实况转播器的通讯却突然中断了。看来是博士所在的洞穴里停电了……

小智他们见证了白露的「蜗牛」神奇宝贝小嘴蜗，与红豆杉博士的「啃咬」神奇宝贝盖盖虫进行通讯交换的时刻。可是白露的小嘴蜗性格胆怯，就算在交换前进行对战也是被个性积极的盖盖虫压著打，感觉并不顺利。之後，终於开始进行通讯交换！小嘴蜗进化成「去壳」神奇宝贝敏捷虫，盖盖重则是进化成「骑兵」神奇宝贝骑士蜗牛！！可是，来到白露身边的骑士蜗牛与小嘴蜗的时候完全不同，变得很有攻击性，更加难以控制。这时候，红豆杉博士提议要与小智、天桐进行双打对战……

继续旅行前往吹寄市的小智一行人，遇上了传说中的神奇宝贝研究者‧红豆杉博士的父亲。小智他们听说博士说在附近找到了过去英雄与被称为传说的神奇宝贝‧捷克罗姆交流的遗迹，现在正要去探查，也拜托他带大家一起去。不过，遗迹似乎是个被古人设置了无数陷阱的危险场所。接下来，才正开始四处探索，就突然遭到遗迹的守护神「化兽鸟」神奇宝贝象徵鸟攻击！小智他们惊险地逃进放在大房间里的棺材，可是那里竟然冒出了「棺木」神奇宝贝死神棺…而且艾莉丝变成木乃伊了！？究竟小智他们能不能平安逃离遗迹呢！？

带著墨镜的混混鳄突然出现在小智等人面前。原来，竟然是把皮卡丘当成对手的混混鳄一路追著小智他们来了！这时候，在镇上遇见的少年尼克，拜托小智把皮卡丘借他。问了之後才知道，因为朋友格兰要求进行神奇宝贝对战，可是还不是训练家的他没有神奇宝贝。另一方面，格兰则是要求另一个朋友赛恩去借他父亲的神奇宝贝蜈蚣王与蟾蜍王。小智答应借出皮卡丘，可是…还需要一只神奇宝贝。这时，混混鳄主动说要参战。皮卡丘与混混鳄的组合，到底会有什麼结果？

旅途中在森林里迷路时，暖暖猪与水水獭吵了起来。这时候，小智一行人突然遭到「撞头牛」神奇宝贝爆爆头水牛攻击。虽然勉强逃过一劫，可是艾莉丝、暖暖猪、水水獭、藤藤蛇与牙牙他们，和小智等人走散了。艾莉丝他们遇到来巡逻的乔伊小姐与差不多娃娃，得知自己闯进了爆爆头水牛的栖息地。而且爆爆头水牛具有将侵入者视为敌人攻击的习性。为了避免遭到攻击，乔伊小姐提供了爆炸头假发让大家戴上……大家看到彼此戴上假发的样子後开始互相取笑，结果暖暖猪与水水獭又吵了起来。被卷入争吵的牙牙被打飞弄丢了假发，却也弹到了爆爆头水牛的头上！牙牙会怎麼样呢！？

小智一行人终於抵达吹寄市了。他们前往吹寄道馆找到馆训练家风露，可是道馆却是采取预约制。听说这里的对战是采用空想对战的方式，小智马上就预约了下午的名额。接著就先观察早上的道馆赛状况。没想到，空想对战是展示出彼此要派出的神奇宝贝，在风露的脑袋中进行模拟对战，不实际对战就由她判定结果！看到风露一口气处理完 15 位挑战者的对战要求，深感愤怒的天桐认为「同样身为道馆训练家的我绝对不认同！」於是要求和风露进行道馆赛。风露回应天桐「道馆赛不比不知道结果」的说法，开始进行实际对战，然而！？

天桐努力说服却毫无成效，风露还是对空想对战充满自信。同样对空想对战怀有疑问的小智要求挑战道馆赛。面对小智的波波鸽，风露派出了波波鸽的进化型轰隆雉鸡迎击！这场比速度的空中战，双方展开一进一退的攻防拉锯。虽然唤回显露疲态的波波鸽，换上皮卡丘应战，可是电系绝招却悉数遭到封锁！面对风露的王牌神奇宝贝「首席天鹅」，波波鸽已经喘不过气…此时，波波鸽出现异状！飞行系神奇宝贝之间的对战将有何结果！？究竟最後，小智能得到第六个徽章吗！？

要前往雪花市的小智一行人，偶然地与肯尼洋重逢，并且知道了「许愿钟祭典」的事情，决定全体一起参加。这个祭典是要与一只神奇宝贝组队，通过各种竞技考验。优胜者可以得到权利，敲响据说能「实现任何愿望」的「许愿钟」。小智与皮卡丘也斗志满满的要得到优胜。他们立刻开始寻找借物竞赛需要的「雷之石」，可是皮卡丘碰到的话就会进化！？在模仿大会上，艾莉丝变成红豆杉博士！？天桐虽然完美的变身为小菊儿却被倒喝采！？突破无数难关、怪问题的小智等人背後，突然冒出带著 "脑" 神奇宝贝小灰怪的超能力者‧礼二…

小智一行人参加了在某格镇举行的对战大会「东乔治格斗大会。肯尼洋、白露、修帝及蓝葛雷这些熟悉的劲敌接连表明参战，开始迸出激烈的火花。「东乔治格斗大会」的主办者是神奇宝贝对战俱乐部的主人东‧乔治。因为是以肉搏战出名的格斗大会，小智决定选择格斗系的滑头小子当搭档。第一轮当中，小智他们与亚奇的花椰猿展开激战！但是滑头小子因为飞膝撞失败而动弹不得，陷入危机！花椰猿不断使出低空踢，滑头小子接连遭受痛击，倒在对战场地上了。恐怕就到此为止了……当每个人都这麼想的时候，滑头小子受到小智鼓励，靠毅力站起来了！接著，这时候竟然发生异变！？

神奇宝贝对战俱乐部的东‧乔治，举办了对战锦标赛「东乔治格斗大会」。火热的第一轮比赛，艾莉丝选择了龙头地鼠当搭档，迎战神奇宝贝女酒侍‧赤霞珠的双刃丸。面对水系的双刃丸，具有地上系属性的龙头地鼠显得不利…而且，赤霞珠与双刃丸的组合搭档，成长幅度高出神奇宝贝酒侍‧天桐的预想！艾莉丝该怎麼办！？接著轮到蓝葛雷与葛瑞丝的对战。龙之破坏者蓝葛雷，斗志高昂地要与龙系的赤面龙对战！具有诡异气质的正臣与搭档投射鬼一起出场，与杜蒙的功夫鼬激烈冲突，可是……

激战不断的肉搏战对战锦标大赛「东乔治格斗大会」，第一轮最後一场对战，是白露的炎武王与修帝的修缮老头激战。这是一场最终进化型神奇宝贝的对决！面对进化後威力提升的修缮老头，炎武王陷入苦战遭遇危机！！就在这时候，白露做出了惊人的指示！？而且，肯尼洋与天桐展开了充满魄力的对战！肯尼洋的打击鬼接连躲过天桐的花椰猴攻击，以浑身之力使出手刀！但是，花椰猴也不甘示弱地使出咬咬攻击企图扭转情势！东‧乔治认为最有冠军相的正臣与投射鬼，则是游刃有馀的一路过关斩将顺利晋级！？

肉搏对战锦标赛「东乔治格斗大会」的战况越来越热烈。准决赛的对战组合是白露的炎武王 VS 肯尼洋的打击鬼。面对以力量见长的炎武王，打击鬼展现速度！利用健美增加攻击力的打击鬼，使出得意的手刀袭向炎武王…接下来，小智与正臣之战揭开序幕。小智的滑头小子在气势上，完全被正臣的投射鬼压制住了。滑头小子使出还无法完美控制的「集气弹」来一决胜负，更展开最擅长的接近战，使出飞膝撞挑战投射鬼，结果却是！？小智的比赛将有何结果！？最後打进决赛，得到优胜了又会是谁！？

在前往雪花市的途中，小智的宝包茧在和艾莉丝的导电飞鼠进行对战练习时，竟然进化成为「育儿神奇宝贝」保母虫了！保母虫具有用叶子制作衣服代替打招呼的习性。它马上就先为皮卡丘他们制作叶子衣服，还帮高兴得不得了的牙牙做了叶子面具。之後，在小智一行人午睡的时候，牙牙居然被铁蚁给扛走了。它们似乎是把穿著叶子服的牙牙误认为食粮了！为了找寻牙牙，小智他们仰赖保母虫的丝走进迷宫般的铁蚁巢穴。可是，里头有无数的铁蚁……牙牙会怎麼样呢！

为了前往雪花市，小智一行人决定穿越罗斯山的洞窟，但是却在途中迷路了。循著远方敲打声前进的他们，遇见正捧著大块岩石，非常兴奋的藤夫。原来身为业馀考古学者的藤夫，长年累月不断研究，终於挖到「古代龟神奇宝贝」原盖海龟的化石。据说原盖海龟在很久以前就已经灭绝，可是藤夫却说他在孩提时代曾与活生生的原盖海龟玩耍…当大家在罗斯山探险时，突然穿越时空到了原盖海龟的世界，让他有了不可思议的体验。小智等人对这番故事充满兴趣。就在这时候，化石被火箭队给夺走了！？

罗斯山当中有被称为「时间之门」的时空扭曲存在。火箭队正计画藉由「时间之门」穿越道过去的世界。他们打算大量捕捉过去已灭绝的神奇宝贝，藉此增强战力征服合众地方！！为了让「时间之门」安定，需要「古代龟神奇宝贝」原盖海龟的生物能量…原盖海龟终於还是因为火箭队的化石复原装置，在现代世界复活了。困惑不已的原盖海龟，立刻逃走了。小智一行人找到它，带著它逃进森林，却再度遭到火箭队袭击！此时原盖海龟突然开始发光！？到底是怎麼了！？

小智一行人在彩穗蓬花镇的对战俱乐部休息，他们在那里遇到一名叫蘇瓦玛的少年，没想到他就是暖暖猪的前任训练家！而且，暖暖猪被舍弃的理由竟然是「没有对战的才能」。面对谴责这种做法的小智，蘇瓦玛宣称会用对战证明暖暖猪有多没用。另一方面，暖暖猪忘不掉过去的回忆，看来很没有对战的意愿。知道暖暖猪精彩表现与勤奋努力的藤藤蛇，主动要求参与对战。对手是炎系的「食蚁兽神奇宝贝」食蚁炉，以及暖暖猪的最终进化型态「大火猪神奇宝贝」炎武王。藤藤蛇即使处於不利状态仍然毫不畏惧、气势十足地展开对战！此时的暖暖猪却是…

小智一行人来到雪花市附近的山上，当大家差点被落石砸中的时候，被正在山麓修行的哈奇库与「结冻神奇宝贝」冻原熊救了一命。原来他们是演出知名电影「冰之三部曲」的电影明星。而且有机会见识哈奇库的修行，让电影酒侍天桐极度兴奋！可是，山区突然乌云密布…感到担心的哈奇库与小智等人前往山里查探，就看到神奇宝贝猎人林藏带著 2 只"漂浮神奇宝贝"胖嘟嘟，打算捕捉「太阳神奇宝贝」火神虫！小智派出混混鳄对战，结果连混混鳄都被捉住了！事情到底会怎麼发展！？

为了赢得第七个徽章，敲开雪花道馆大门的小智，眼前是一片广大的冰之对战场地！道馆训练家哈奇库最擅长运用冰系的神奇宝贝。对上"冰雪神奇宝贝"多多冰，小智派出不擅对付冰系的混混鳄！结果，多多冰发动不留反击馀地的连续攻击……小智只好让受到相当损伤的混混鳄回到神奇宝贝球。倒是对冰系占有优势，属於格斗系的滑头小子，第一次参加道馆赛就表现出色！最後赢战的敌人是雪白冰王‧冻原熊！小智相信混混鳄「绝对不会输」的意志放手一搏！对冻原熊抱有竞争心的混混鳄，究竟能不能打赢…！？

小智一行人正准备要出发前往双龙道馆，取得最後一个徽章。这时候，突然出现一个宣称正在找天桐的男人，把3个人都强押上车带走。小智他们随後被带到邻近镇的富豪，服部的宅第。原来是服部先生希望请优秀的A级神奇宝贝酒侍帮忙，替他的宝贝女儿小桃选出第一只搭档的神奇宝贝。他请来的另一位酒侍黑皮诺断言，"根神奇宝贝"百合根娃娃是最适合的神奇宝贝，但是小桃却一脸失望…。正当天桐将小桃身上的香味当作提示思考时，号称是S级酒侍的醋霞珠冒了出来！可是总觉得好像在哪里看过他…！？

打算去搭船的小智一行人，偶然遇见了龙之破坏者蓝葛雷与"暴风雪神奇宝贝"双倍多多冰。蓝葛雷为了得到「提高神奇宝贝能力的苔癣」，正要去种子铁球研究所。被勾起好奇心的小智等人也决定跟她一起去。苔癣是"刺果神奇宝贝"种子铁球将岩石程分吸入体内後生成的。可是在以电石进行测试的房间，突然生出了大样的苔癣，甚至覆盖了研究所！小智等人仓皇避难，但是艾莉丝带著牙牙、水水獭，和她最怕的冰系神奇宝贝双倍多多冰一起被关在研究所屋顶上！双倍多多冰和慢慢接近的苔癣都令艾莉丝感到害怕…！结果到底会怎麼样呢！

小智他们终於抵达设有道馆的海港城镇。根据天桐的说法，这里从以前就是电影的摄影场地，最近还有电影主题乐园落成。他们在那里碰巧与路克及"恶狐神奇宝贝"索罗亚重逢。想当电影导演的路克，受邀参加开幕前举办的活动，来到这里要参加电影大赛。参加者要在影城中使用同样的设备、同样的设定拍摄电影，比赛谁的作品优秀。在路克提议下，小智一行人也决定协助他拍电影。主角适合众防卫队的小智、皮卡丘及炒炒猪！艾莉丝饰演女主角，还因为落泪镜头陷入苦战…！？

为了得到攸关合众联盟出场权的第8个徽章，小智终於踏进立涌道馆的大门。那里的道馆训练家是超级庞克乐团「瓦斯弹乐团」的霍米加！这间道馆，既是现场演唱会场也是对战场地！在热爱对战&演唱会的观众们包围下，感觉就像球队到客场比赛，不过小智还是靠皮卡丘的十万伏特炒热现场气氛。接著，自信满满的霍米加，竟然提议要采取小智派6只神奇宝贝、自己则派3只来对战的比赛方式…！霍米加派出她在关都收服的"毒气神奇宝贝"瓦斯弹！小智派出轰隆雉鸡对抗瓦斯弹的速度，可是却被「泥巴爆弹」打中，陷入剧毒状态！接下来又是毫不留情地攻击…！究竟最後是谁会获胜呢！？

为了得到攸关合众联盟出场权的第8个徽章，小智终於踏进立涌道馆的大门。那里的道馆训练家是超级庞克乐团「瓦斯弹乐团」的霍米加！这间道馆，既是现场演唱会场也是对战场地！在热爱对战&演唱会的观众们包围下，感觉就像球队到客场比赛，不过小智还是靠皮卡丘的十万伏特炒热现场气氛。接著，自信满满的霍米加，竟然提议要采取小智派6只神奇宝贝、自己则派3只来对战的比赛方式…！霍米加派出她在关都收服的"毒气神奇宝贝"瓦斯弹！小智派出轰隆雉鸡对抗瓦斯弹的速度，可是却被「泥巴爆弹」打中，陷入剧毒状态！接下来又是毫不留情地攻击…！究竟最後是谁会获胜呢！？

知道合众联盟要在3个月後才举行比赛的小智一行人，在天桐的提议下，决定去吃立涌市的名产‧冻原熊冰淇淋。没想到，竟然在摊位前遇见神奥地方的冠军‧竹兰！原来她预定要在笼目镇举行的「神奇宝贝世界锦标赛青少年杯」进行示范表演赛。除了可以亲眼见识竹兰的对战，只要在大会赢得优胜，还能和合众地方的冠军阿戴克对战，这让小智等人都决定参赛。一行人就这样随著竹兰前往小波镇。途中，非常罕见的"旋律神奇宝贝"美洛耶塔出现在大家面前。但是，浑身是伤的它突然倒下…！？

小智一行人抵达了东合众的小波镇。在搭车前往竹兰说有人等待的别墅时，"旋律神奇宝贝"美洛耶塔突然出现在车里！看来它很喜欢小智，所以跟了过来。接著，在别墅等待大家的，原来是小光与"企鹅神奇宝贝"波加曼！其实小光是为了磨练神奇宝贝协调训练家的实力，特地来到合众地方的。小智等人就此开始为了准备青少年杯进行集训！这时天桐表示「想要品评神奇宝贝协调训练家的神奇宝贝」，向小光提出对战要求！而火箭队正监视著他们的一举一动…！？

正在小波镇进行集训的小智一行人，认识了在寻找"结冰神奇宝贝"喷嚏熊的少年克里斯。原来是他的喷嚏熊从应该是密室的神奇宝贝之家不见了。觉得担心的小智等人也一起帮他寻找。天桐发挥酒侍侦探的力量，在森林中发现可疑足迹，并且推断应该是这些足迹的主人把喷嚏熊带走。因为牙牙发现食物残渣，让天桐更确定犯人身分，继续深入森林。结果，眼前出现了边流鼻水边吃水果的"结冻神奇宝贝"冻原熊！不会吧！？这只冻原熊是克里斯的…！？事件的真相究竟如何！？

在竹兰的别墅，小智一行人才刚起床整理仪容。这时候，小波镇突然全镇都停电了。不久之後，君莎来别墅拜访竹兰。根据君莎的说法，是这个镇上有名的小霸王"龙神奇宝贝"快龙造成停电的。但是，听到这件事的艾莉丝坚称「龙神奇宝贝绝对没有坏孩子！」直接跑去变电所。追著艾莉丝，小智等人也跟著进入变电所，结果他们发现翅膀受伤的快龙躲在最里面的房间。可是，对人类怀有戒心的快龙开始大闹！天花板就在这时垮下来了！艾莉丝、水水獭、波加曼都被关在那个房间里…！？

「神奇宝贝世界锦标赛青少年杯」终於开幕。优胜者可以和合众地方的冠军‧阿戴克进行对战。大会重头戏之一的公开示范赛，是由神奥地方的冠军‧竹兰派出的"超音速神奇宝贝"烈咬陆鲨，与合众地方四天王‧嘉德丽雅的"天体神奇宝贝"哥德小姐进行对战。气氛热烈的会场，到了第一轮比赛更是全场沸腾。艾莉丝的"龙神奇宝贝"快龙vs龙之破坏者‧蓝葛雷的"结冻神奇宝贝"冻原熊，体型庞大的两者展开魄力满点的对战！快龙面对适性很差、冰系冻原熊的攻击，不知为何都正面迎击接下来！大感头痛的艾莉丝发出的指示，它也完全无视，到底会怎麼样…！？

「神奇宝贝世界锦标赛青少年杯」不断演出热烈战斗！艾莉丝的快龙将在第二轮，与神奇宝贝协调训练家‧小光的"双牙神奇宝贝"象牙猪对战！艾莉丝在第一轮比赛，因为与快龙的默契问题陷入苦战。虽然快龙这次在开场的时候听从指示，但是这回的对战也没办法照艾莉丝的意思进行…！？另一方面，小光与象牙猪展现了超群的默契配合，接连使出绝招击中对手！这场对战，究竟会如何演变！？此外，天桐与修帝，将要进行在东格斗大会之後的第二次对战！"皇家神奇宝贝"君主蛇VS石居蟹！赌上道馆训练家威严的品评会有何结果…！？

终於到了「神奇宝贝世界锦标赛青少年杯」的准决赛！小智派出混混鳄与艾莉丝的快龙进行对战。到了这时候，终於与快龙培养出默契的艾莉丝，开始能抓到对战节奏并且产生自信，很顺利地发动攻势。另一方面，与龙神奇宝贝的适性处於不利地位的混混鳄，遭到快龙的大量绝招攻击，面临重大危机！！可是，这时混混鳄的样子却…！？接著，就在小智与艾莉丝的对战越加白热化时，修帝却显露出游刃有馀的表情，断定不管由谁胜出都只是比赛的过客。将胜过合众地方的冠军‧阿戴克视为唯一目标的修帝…。到底最後，优胜会落在谁手中！？！？

在「神奇宝贝世界锦标赛青少年杯」获得的修帝，将派君主蛇与阿戴克的爆爆头水牛对战！为了向阿戴克证明自己有多强，修帝彻底研究了爆爆头水牛的特性与弱点，以准备万全的状态进行挑战。相对於此，阿戴克以冠军身分堂堂接受了这项挑战。但是等在最後的却是意外的结果…！？接著在大会结束後，小光与波加曼告诉大家，他们要到城都地方去参加米可利杯。小智对还没有比试过的小光提出对战的要求！皮卡丘VS"火山神奇宝贝"火岩鼠。彼此了解透彻的对手，展开一场堪称表现旅行成果的对战…！？

在青少年杯会场遇见的少年‧虎彻，要去赢得第8个道馆徽章，小智一行人也决定陪他一起去。一行人决定前往青海波道馆，可是小智与虎彻却在半路上跟天桐、爱丽丝走散了！脱线冒失的训练家，让"波纹神奇宝贝"利欧路与皮卡丘只能苦笑。而且还有更多试炼等著他们…！？之後，大家在虎彻的特技帮忙下，总算抵达了道馆！那里好像是水系的道馆，对战场地被设置在海湾当中。道馆训练家西子伊派出"漂浮神奇宝贝"胖嘟嘟，而虎彻则派出"刺球神奇宝贝"坚果哑铃进行对战！虽然以十万伏特给予胖嘟嘟严重打击，但是在那之後，出现预料之外的状况…！？

小智一行人为了准备参加合众联盟，正在竹兰的别墅中进行训练。就在让滑头小子练习集气弹的时候，森林的另一头传来的惨叫！大家在那里看到正在吵架的「雏鹰神奇宝贝」毛头小鹰以及「尿布神奇宝贝」秃鹰小子…！原来是练习集气弹打碎的石头弹到毛头小鹰头上，让它误以为是秃鹰小子拿石头丢它！接著神奇宝贝幼儿园的新手保母蕾拉老师出现，叹息的说这两只总是这样吵架。它们就算回到幼儿园也还是一样吵个不停…。於是天桐决定，身为神奇宝贝酒侍的他要找出原因。就在这时候，被蕾拉老师告诫行事过当的秃鹰小子跑出了幼儿园…！？

小智一行人在竹兰的别墅进行特训。以态度表示「我也想要对战」的美洛耶塔，像水水獭下了挑战书！这时候，单方面认定小智他们是坏蛋的青年拉里与「泥偶神奇宝贝」泥偶巨人突然发动攻击！美洛耶塔立刻挺身保护小智，让大家能够解开误会。原来拉里与泥偶巨人是为了保护美洛耶塔，所以走遍各地寻找它。原本住在森林深处某个秘密地点的美洛耶塔，是因为躲避不明人士攻击，才会偶然遇见小智他们的。可是这时候，小智等人发现了可疑的监视机器！发现这个地方也有危险，众人为了保护美洛耶塔而急忙离开别墅，可是眼前竟然出现火箭队的老大‧坂木…！

合众地方压制计画「暴风雨计画」。在火箭队设计下，美洛耶塔与小智及皮卡丘被捉到海底的神殿。原来，坂木企图要利用龙卷云、雷电云与土地云等传说中的3只神奇宝贝来称霸合众地方…。由「写形镜」之力召唤而来的3只神奇宝贝，改变型态为灵兽型态，并在坂木的指示下开始暴走！总算成功逃脱的小智与皮卡丘，立刻前去救援发出悲鸣、痛苦不已的美洛耶塔！！为了解救同伴，皮卡丘发出的电球出现惊人的效果…！？坂木以及在他手下集结的火箭队，与小智等人在合众最大的战斗开始了！！