まだ見たことのないポケモンたち･･･。まだ行ったことのない町･･･。未知なるものに出会うため、新たな冒険の地、イッシュ地方に降り立ったサトシとピカチュウ！新天地での冒険に胸をふくらませていると、そこに現れたのは、この地方のポケモン研究の権威、アララギ博士！早速研究所に向かおうとしたのだが、その時、突然空に黒い雲が現れ、雷鳴が響き渡った！その中心には、黒い巨大なポケモンのような影が。そして次の瞬間！その影から放たれた一筋の稲妻が、サトシのピカチュウに直撃！ほおぶくろをスパークさせ苦しむピカチュウ。急いで博士の研究所へ向かい、詳しく検査をすることに。だが、検査の結果は思いもかけないものだった･･･。なんとピカチュウはでんきタイプのわざが使えなくなっていたのだ！波乱の幕明けとなった２人の旅、一体どうなってしまうのか！？

ピカチュウの身に起きた異変に戸惑いながらも、イッシュ地方の旅に出ることを決めたサトシたち。まずはこの地方のポケモンをゲットしようと森の中を進んでいく。すると目の前の草むらがゴソゴソと揺れているのを発見！急いで図鑑を向けてみると、そこには"キバポケモン"キバゴがいるとの表示が！早速ゲットとモンスターボールを投げるサトシ！だが、ボールが当たった草むらの中から聞こえたのは人間の声！？そして、勢いよく飛び出してきたのは、キバゴではなく一人の女の子！彼女の名前はアイリス。そしてお目当てのキバゴはアイリスの髪の中！果たして、この謎の少女の正体は･･･！？

まずは最初のジムがあるサンヨウシティを目指すサトシ。そして、なぜか一緒についてくるアイリスは、その道中、ダンという名の少年に出会う。彼の家は近くにある温泉リゾートで、自慢の砂風呂があるらしい。早速入らせてもらうと、砂のあちこちに"さばくワニポケモン"メグロコの姿が！ダンが言うには、普段はとっても大人しくて、トレーナーと一緒に砂風呂を楽しんでいるのだという。だが、そんなメグロコたちが、突然ものすごい勢いで地面を掘り始めた！

巻き起こる砂煙の先に現れたのは、サングラスをかけたメグロコ！驚くサトシたちをよそに、大きな口でピカチュウとキバゴ、そしてこっそり後をついてきていたミジュマルを連れて行ってしまった！一体このメグロコの目的とは！？

サンヨウシティに向けて旅を続けるサトシたち。途中立ち寄った町で、面白い施設を見つける。それは『ポケモンバトルクラブ』と呼ばれる、トレーナーが自由にバトル出来る場所だった。やる気満々のサトシは猛スピードでバトルクラブへ！出迎えてくれたのはクラブの支配人、ドン・ジョージ。話をしていると、イッシュ地方には珍しいピカチュウを連れているサトシに早速声がかかる。いざ、バトル開始！だが、一気に先制攻撃を仕掛けようとしたその時。けたたましい警報が鳴り響いた！どうやら、倉庫に何者かが侵入したらしい。カメラに写っていた映像を確認してみると、そこにいたのはなんと･･･！！

ついにやってきたサンヨウシティ！イッシュ地方初のジム戦を前に興奮を抑えきれないサトシの前に、デントと名乗る一人の青年が。デントは、アイリスとキバゴが仲良さそうにしている姿を見て、二人の相性はバッチリだと告げる。どうやら『ポケモンソムリエ』という資格を持っており、トレーナーとポケモンの相性などを見ることができるらしい。せっかくなので、話を聞きながらサンヨウジムまで案内してもらうことに。そして、目の前に現れたのは待ちに待ったサンヨウジム！戦闘モードで勢いよく飛びこむサトシ！だが、建物の中には目を疑うような光景が広がっていた･･･。

ジム戦を終え、ポケモンセンターでポケモンたちの疲れを癒していたサトシたち。するとそこに大慌てでキバゴを抱いたアイリスが駆け込んできた！腕の中のキバゴはうっすらとピンクの光に包まれ、すやすやと眠っている。話を聞くと、眠ってしまったキバゴがどうやっても起きないらしい！この状況に一同が困惑していると、そこに"ゆめくいポケモン"ムンナを連れた女性が現れた！彼女の名はマコモ博士。どうやらこの眠りの原因を知っているらしい。それを解決するために外へと飛び出したサトシたち。だが、目の前には驚くべき光景が！空から舞うピンクの光、緊急事態を告げるジュンサーさん。街はパニックに陥っていた･･･。

サトシ、アイリス、デント。共に旅をすることになった３人が森で一休みしていると、そこに"くさへびポケモン"ツタージャが現れ、デントが作ってくれたケーキを食べ始めてしまった！慌てて止めようとするピカチュウだったが、なぜか突然目がハートに！どうやら、ツタージャの『メロメロ』を浴びてしまったようだ。フラフラのピカチュウを見下すような目で見つめるツタージャは、素早い身のこなしで逃げてしまった。だが、そんな姿にメラメラと闘志を燃やす男、サトシ！絶対にゲットして見せると意気込み、追いかけっこがスタート！果たしてサトシは見事ツタージャをゲットすることが出来るのか！？

次なる目的地へ向かう途中、ポケモンたちと一緒に川辺でランチをしていたサトシたち。なごやかに過ごす一同、だがその時！ピカチュウとキバゴのポケモンフーズがなくなってしまった！誰の仕業かと辺りを見回していると、そこに現れたのは"だるまポケモン"のダルマッカ２体！追いかけるサトシたちを『かえんほうしゃ』で振り切って、あっという間に逃げてしまった。捕まえたいところだが、傷ついたポケモンたちの治療が先。急いでポケモンセンターへ向かうことに。しかし、なんとそこにも２体のダルマッカが！しかもまた食べ物を奪って逃げていくではないか！果たしてダルマッカたちの目的とは･･･！？

アイリスとキバゴ、デントとヤナップ。向かいあう二人はバトルの練習中！だが、まだまだパワー不足なキバゴにヤナップも手加減してわざを繰り出す。少しずつ強くなればいいとキバゴに語りかけるアイリス。いつも優しいアイリスが大好きなキバゴは、きのみをプレゼントしようと森の中に探しに行くことに。すると、高い木の上においしそうなきのみを発見！慌ててついてきたピカチュウの制止も振り切って、細い枝の上で思いっきり手を伸ばすキバゴ。きのみまであと少しと思ったその時！足元の枝が折れて真っ逆さま！落ちた先は"メガムカデポケモン"ペンドラーの上！驚いたペンドラーはキバゴを連れたまま暴れ始めてしまった･･･！

シッポウジムを目指し旅を続けるサトシたち。途中立ち寄った町で、ポケモンバトルクラブを発見！早速対戦相手を探すサトシ。するとそこにはシューティーの姿が！急いでバトルを申し込み、ドン･ジョージさんに頼んでライブキャスターに連絡をしてもらうことに。予期せぬ再戦に熱くなるサトシをよそに、いつも通りクールに登場したシューティーと５対５のバトル開始！サトシの１体目はミジュマル、シューティーは"のばとポケモン"ハトーボーを繰り出した。ホタチを使った独創的な攻撃を仕掛けるサトシとミジュマル！しかし、シューティーのハトーボーも負けじとわざを繰り出す！この勝負、勝つのはどっち！？

シッポウシティへ向け旅を続けるサトシたちは、その道中、岩を削り家を作っている"いしやどポケモン"イシズマイに出会った。珍しい光景を眺めていると、そこに新たに３匹のイシズマイが現れた！そのうちの１匹はひときわ大きな岩を背負っていて、まるで３匹のボスのよう。そのボスが見据えるのは、イシズマイが懸命に作った岩の家！そして次の瞬間、３匹は一斉にイシズマイへと襲いかかり、岩の家を奪い去ってしまった！その卑怯なやり方を見ていたサトシたちは、イシズマイに家の奪還に協力させてほしいと申し出る。最初は警戒していたイシズマイだが、徐々にサトシたちに心を開き、いよいよ作戦スタート！一体どうなる！？

旅の途中のとある道、目の前から三輪車に乗った子供たちが･･･。すると突然、子供たちが泥だんごを投げつけてきた！直撃をくらったサトシたちの横を大はしゃぎで通り過ぎる子供たち。さらに、その軍団の中にいた"ゴミぶくろポケモン"ヤブクロンが落ちていたサトシの大事な帽子を拾って行ってしまう！急いで追いかけようとするサトシたち。そこに、ユリと名乗る女性が声を掛けてきた。どうやらユリはさっきの子供たちが通う幼稚園の先生で、とても困っているのだという。話を聞くために幼稚園に向かったのだが、目の前の光景にビックリ！なんと、幼稚園にはゴミの山に囲まれた秘密基地が出来ていて、子供たちが立てこもっているというのだ！

シッポウジムに向けて旅を続けるサトシたち。そこに突然一人の少女がぶつかってきた！彼女の名はベル。アララギ博士に頼まれて、サトシにあるものを渡しに来たのだという。それはバッジケース！･･･だが、かばんの奥にしまわれていたケースは、埃まみれでドロドロになっていた。とはいえ、大事なケースを手にして上機嫌なサトシ。ところが、高々と掲げたバッジケースがいつの間にか手の中から消えていた！それと同時に走り去る１匹の"チンチラポケモン"チラーミィ！口には大事そうにバッジケースをくわえている！慌てて追いかけるサトシたち。ドタバタの追いかけっこ、一体どうなる！？

ついにシッポウシティに到着したサトシたち。当然目指すは、シッポウジムで勝利して２個目のバッジをゲットすること！気合満点のサトシと共に、いざシッポウジムへ！ところが、博物館を兼ねたシッポウジムの扉は固く閉ざされていて、しかも何だか様子がおかしい･･･。中を確認しようと扉に手を掛け、のぞきこんだその時！長い廊下の向こうから悲鳴をあげて一人の男性が走ってきた！あわたふためくその男性の名はキダチ。どうやらこの博物館の副館長で、とんでもないことに巻き込まれているのだという。そんなキダチの話を詳しく聞いてみると、なんと博物館中でおばけの仕業のような、奇妙な現象が連続しているらしい･･･！

博物館の奇妙なナゾを解決したサトシたち。ジムリーダー・アロエとも出会い、いよいよ待ちに待ったジム戦！だが、フィールドに辿り着くには、アロエが出すミッションに答えなければいけないらしい。思わぬ展開に戸惑いながらも、なんとかクリア！ようやくバトルフィールドへ。ノーマルタイプのポケモンの使い手であるアロエは、ミルホッグとヨーテリーを使うと高らかに宣言。自分の手持ちを相手に見せて、その反応を伺うのがシッポウジムのスタイルらしい。サトシも心に決めた２体のボールを握り、いざ、バトル開始！アロエが最初に出したのは"こいぬポケモン"ヨーテリー！一方サトシはポカブを送り出す。しかしこのバトル。まさかの展開が待ち受けていた･･･！

２個目のバッジをかけたアロエとのジム戦。しかしサトシは、『ほえる』と『くろいまなざし』のコンビネーションの前に敗れてしまった。リベンジに燃えるサトシは、バトルクラブでドンジョージの特訓を受けることに。もちろん、ポカブとミジュマルも一緒だ！まずはポカブと、アロエのヨーテリーが使う強烈な『シャドーボール』に見立てたボールをかわす特訓をし、続けざまにミジュマルと水流に逆らってプールを泳ぐ特訓を行ったサトシ。新たなわざを身につけた２体と共に、再びシッポウジムへと向かう！だが、相手は百戦錬磨のジムリーダー。バトルは思わぬ展開に･･･。

幼稚園の先生、ユリを助けた時にもらったタマゴに異変が！カタカタと揺れながら光るその様子にみんな興味津々。特にキバゴは新しい仲間が増えてうれしいのか、ひときわ熱心にその様子を見守っている。点滅が早くなり、いよいよタマゴがかえるかというその時！嬉しさのあまりはしゃいでいたキバゴがタマゴにぶつかってしまった！斜面をものすごいスピードで転がるタマゴ！急いで追いかけるサトシたち。しかしますます加速するタマゴは、岩肌で跳ねて空中に飛び出してしまった！このまま落下したらタマゴが割れてしまう！突如訪れた大ピンチ！一体どうなってしまうのか！？

次なるジムのあるヒウンシティへ向けて旅を続けるサトシたちは、ヤグルマの森で、１体の"さいほうポケモン"クルミルに出会う。負けん気が強いクルミルのゲットに燃えるサトシは、森の奥へと一直線！その結果、迷路のような森に迷い込んでしまった！どうにかして元の道に戻ろうと奮闘する３人は、高い木の上から道を探すことに。だが、サトシが見つけたのは元の道ではなく、木の枝にぶら下がる巨大な葉っぱのかたまり！そして次の瞬間！葉っぱがほどけて中からヒウンジムのジムリーダー・アーティーが颯爽と現れた！！話を聞きながら共に森を進んでいくと、そこにはさっきのクルミルが･･･。

ヒウンシティへ向かう道中、サトシたちの目の前に飛びこんできたのは、新たにオープンしたフレンドリィショップ！ワクワクしながら中を見ていると、フロアの奥に行列が出来ていた。どうやらそこでは、公認ポケモンソムリエがトレーナーとポケモンをテイスティングしてくれるらしい！興味津々のサトシがさっそく中へと入っていくと、一人の女の子が待ちかまえていた。彼女の名はカベルネ。ちゃんと公認のソムリエ資格を持っているという。そんなカベルネに自慢のポケモンたちを差し出すサトシ。だが次の瞬間！目を細め、ポケモンずかんを向けたカベルネの口から耳を疑うような言葉が飛び出した･･･！

タマゴからかえったばかりのズルッグと特訓中のサトシとピカチュウ。一息ついてランチにしようとしたその時、トンネル状の落とし穴に落ちてしまった！行きついた先に待っていたのはいつかのサングラスをかけたメグロコ！どうやらピカチュウにバトルを挑むため、穴に落としておびき出したようだ。やる気満々のメグロコを前にバトルを受けることにしたサトシとピカチュウ。だが、そこに１体の"みずどりポケモン"コアルヒーが現れ、メグロコのサングラスを奪っていってしまった！実はこのコアルヒー、とんでもないいたずら好きで次から次へとサトシたちを困らせるいたずらを仕掛けてくるのだが･･･。

ヒウンシティへと続く巨大な橋『スカイアローブリッジ』にたどりついたサトシたち。だが、橋には霧がかかっていて見通しが悪くなっていた。どうしても先を急ぎたいサトシたちは、お構いなしで橋を渡り始める。すると、霧の中から"てんたいポケモン"ゴチルゼルが現れ、サトシたちに攻撃をしかけてきた！仕方なくツタージャで応戦するも、突然あたりが光に包まれ、気付いた時には再び橋のふもとへと戻されていた。しかし、よく周りを見てみるとなにやら様子がおかしい･･･。不安がるサトシたち、そこにサリイという名の一人の少女が声をかけてきた！そしてそのサリイの横には、サトシたちを襲ったゴチルゼルが笑顔で立っているではないか！

ようやく辿り着いたヒウンシティ。イッシュ地方の中心と呼ばれる街なだけに、巨大なビルが立ち並んでいる。サトシの目当てはもちろんアーティとのジム戦･･･だったのだが、たまたま街の中で出会ったアーティは、どうしても気になることがありジム戦どころではないという。その内容とは、街にいるむしタイプのポケモンたちの様子がおかしいということ。原因を探るべく共に行動を開始したサトシたちは、地下水道にたどりつく。するとそこには１体の"ムカデポケモン"フシデの姿が。しかも、アーティの言うとおり落ち着かない様子で敵意をむき出しにしている！そして、この異変には恐るべき事実が隠されていた！！

サトシがついにヒウンジムのジムリーダー・アーティとのジム戦に挑む！むしタイプのポケモンの使い手であるアーティが、緑一杯のジムでお出迎え。そんなアーティが最初にフィールドに送り出したポケモンはイシズマイ！対するサトシは手堅くポカブを送り出す。ほのおタイプのわざで一気に決めようとするサトシに対して、驚くほど素早いスピードを見せるアーティのイシズマイは、強力な「がんせきほう」でポカブをノックアウト！相性で有利なポカブが戦闘不能になってしまう･･･。その後も勢いに乗るアーティを止められないサトシ！一体どうなってしまうのか！？

ライモンシティへ向け、ベルと共に旅立ったサトシたちの前に１体の"モモンガポケモン"エモンガが現れた！キバゴが落としたきのみを拾ってくれたエモンガの愛らしい仕草に、ポケモンたちもすっかり虜。そんな可愛らしいエモンガを見て大興奮のベルは、さっそくゲットしようとバトルすることに！しかし、メロメロで相手を翻弄するエモンガのバトルに歯が立たず逃げられてしまう。慌てて追いかけるベル！そしてなぜかキバゴも一緒に追いかけていってしまった。どうやら優しくしてくれたエモンガにお返しがしたいらしい。しかしこのエモンガには思いもかけない秘密があった･･･。

ゲットしたエモンガと早速バトルの特訓を始めるアイリス。しかし、いざベルのチラーミィとのバトルになると、指示も出していないのに『ボルトチェンジ』で他のポケモンと入れ替わってしまう！しかも、このエモンガのボルトチェンジは少し変わっていて、サトシやデントのポケモンとも交代して引きずり出してしまうのだ！みんなが慌てている様子を木の上で嬉しそうに眺めるエモンガ。どうやらかなりイタズラ好きな性格のよう。メロメロを使って、オスのポケモンたちを意のままにしたり、泣きまねをして謝らせたりとやりたい放題！だが、そんな様子を鋭く見つめるポケモンが･･･。

ライモンシティを目指して旅を続けるサトシたちは、急な雨に降られ雨宿りできる場所を探していた。何とか丘の上の洋館にたどりついたサトシたちは、少しだけ休憩させてもらうことに。だがその時、棚や花瓶がひとりでに動き出し、サトシたちめがけて襲いかかってきた！慌てて逃げながらも、ピカチュウの１０まんボルトで何とか振り払おうとするサトシたち。実はこれ"ろうそくポケモン"ヒトモシの仕業！それに気づいたサトシたちは何故こんなことをするのかと問いただす。そんな様子をモニター越しに見つめる影が･･･。この屋敷に隠された恐ろしいヒミツが明らかになる！

キバゴとズルッグのバトル特訓中、森の茂みの中からポケモンの雄叫びが聞こえてきた。その声の主は"ほらあなポケモン"クリムガン！しかもいきなり『きあいだま』で攻撃をしかけてきた！あわててかわすサトシたち。するとクリムガンの後を追うように一人のトレーナーが。エミーという名の少女はクリムガンのトレーナーで、突如暴れ出したクリムガンを見失っていたらしい。ドラゴンタイプのポケモンにひと際興味津々のアイリスが、近付いて様子を見てみると、クリムガンの足に太いワイヤーが絡まっていた。どうやらこれが原因で暴れていたらしい。そんなアイリスの姿を見ていたエミーは、ドラゴンタイプのポケモンの育て方を教えてほしいとアイリスにお願いする･･･。

ライモンシティへ向け旅を続けるサトシたちの前に"たいでんポケモン"シママを連れたトレーナー・ケニヤンがバトルを挑んできた！このバトルに名乗りをあげたのは、なんとみずタイプのミジュマル！自慢のホタチでどんな攻撃もはじき返して見せるとやる気十分。バトル序盤はでんきタイプのわざを華麗にかわすミジュマルだったが、シママの強烈な「にどげり」を受けたその時、大事なホタチが遥か彼方に飛ばされてしまった！慌てて探しにいくミジュマルとサトシ。しかしホタチはどこにも見当たらない･･･。最大の武器を失い、がく然とするミジュマル。そんなミジュマルのためにサトシたちは、ホタチの代わりになりそうなものを探し始めるのだが･･･。

サトシたちがいつものようにバトルの特訓をしていると、１体の"わたたまポケモン"モンメンが現れた。デントが言うには、この時期になるとモンメンは集団で行動し、カップルになって飛び立っていくらしい。このモンメンはその群れからはぐれてしまったようだ。しかしそれには理由があった。ズルッグが草の茂みの先でもう１体モンメンを見つけたのだ！どうやら最初に出会ったモンメンは、このモンメンのことが好きで追ってきたようだ。カップル成立のためには自分の強さを見せつけなければいけないのが、モンメンたちのルール。だが、最初に出会ったモンメンはバトルにあっさり負けてしまう。悔しそうに追いすがる姿を見たサトシたちは、バトルの特訓をすることに･･･。

ライモンシティへの長旅に備え、ゆっくり眠っているサトシたちの元に、突如謎の飛行物体がものすごい光を発しながら飛んできた。その動きはまるでＵＦＯのよう･･･。夜が明けてすぐ、その謎の飛行物体の情報を聞いて回ることにしたサトシたちは、イモリという名の博士が町外れの研究所に住んでいると聞かされる。話を聞くため、研究所に向かおうとしたサトシたち。だが、目の前まで来たところで３人を不思議な現象が襲う！突然頭の中に、見たこともないイメージが浮かんだのだ！急なことに不安がる３人。そして、その様子を物陰から見つめる影が。指先のライトを不規則に点滅させる"ブレインポケモン"リグレーだ･･･！

旅を続けるサトシたち。ランチタイムにふとしたことから、ガマガルをゲットしようと"しんせつポケモン"バニプッチでバトルをしていたシューティーに遭遇！だが、サトシのせいで逃げられてしまう。あきれたシューティーはその場を去ろうと背を向けるが、サトシはバトルを申し込む！断ろうとするも、アイリスに「逃げるの？」とからかわれたシューティーはこの挑戦を受け、３対３のバトルをすることに！サトシが最初に出したのはツタージャ！一方シューティーはツタージャの進化形、ジャノビーを送り出す！３度目のライバルバトル、勝つのは一体どっちだ！？

シューティーとのバトルの中で、ミジュマルの思わぬ弱点「水の中で目を開けられない」という事実を知ったサトシ。早速特訓をするため、大きな池のある場所にやってきた！他の仲間たちをアイリスにあずけて、つきっきりで特訓するサトシだったが、ミジュマルはなかなか目を開けられない。そんな中、サトシたちの帰りを待つアイリスがポケモンたちを遊ばせていると、草むらにひそんでいた"きのこポケモン"タマゲタケにズルッグが『ずつき』！すると、怒ったタマゲタケがみんなに向かって『どくのこな』を噴き出し、それを浴びたポケモンたちがどくにおかされてしまった！近くにポケモンセンターもないという危機的状況の中、頼れるのはミジュマルだけ･･･。一体どうなる！？

ライモンシティへ向かう旅の途中、その前に突如立ちはだかる少女・ラングレー。お目当ては竜の里出身のアイリス！どうやらラングレーは『ドラゴンバスター』と呼ばれるこおりタイプの使い手で、アイリスとバトルをするため待ち伏せていたらしい。ラングレーからのひどい挑発に怒り心頭のアイリスは、このバトルを受けることに！ラングレーが送りだしたのは"とうけつポケモン"のツンベアー。対するアイリスは、当然キバゴを選んでバトル開始！だが、相性の悪さだけでなく、ツンベアーの圧倒的なパワーの前にキバゴはあっさり戦闘不能に。悔しさをあらわにするアイリスは、胸に秘めたある思いをサトシたちに語りだす･･･。

旅を続けるサトシたちは、深い霧のたちこめる森の中で迷子になっていた。すると目の前に人影が･･･。道を尋ねようと近付いてみると、そこにいたのは"ヒヤリングポケモン"タブンネ！だが、何やらいつもと様子が違う。サトシたちを無視して、フラフラと歩いて行ってしまったのだ。急いで後を追おうとするが、その行く手を阻むようにジュンサーさんが現れる。しかも、なんとサトシたちを逮捕すると言い出した！何とかジュンサーさんの誤解を解き、詳しい話を聞くことに。それによると、町のいたるところのタブンネが突如姿を消しているらしい！この非常事態にサトシたちも協力を申し出る！しかし、この事件には思いもよらぬ結末が待ち受けていた･･･!!

サトシたちは、とある町でアララギ博士とマコモ博士に再会する。２人の博士は『はねのかせき』から"さいこどりポケモン"アーケンを復活させようとしているところだった。巨大なマシンにかせきを入れてスイッチを押し、ムシャーナのエネルギーでその力を高めていくと、マシンの中からけたたましい鳴き声と共に、１体のアーケンが現れた！しかし、目が覚めて興奮状態のアーケンは『りゅうのいぶき』をあちこちに放つなどやりたい放題！そんなアーケンをなだめたのはサトシ。仲良くなったサトシとアーケンは、空を飛ぶ特訓をするが、そこにロケット団が現れ･･･。

旅を続けるサトシたちのもとに、またもや騒がしいアノ人が･･･。ものすごい勢いでぶつかられたサトシは、いつものように川の中へ。ペコペコと頭を下げる少女、ベルだ！近くの町で開催される釣り大会にエントリーするため、急いでいたのだという。この話を聞いて眼の色が変わったのはデント！どうやら釣りソムリエの異名を持つ程の釣り好きらしい。気合十分のデントの勢いに負け、ベルと一緒に大会にエントリーすることに。川べりに用意された特設会場には、元気のいい水タイプのポケモンがたくさん！だが、この釣り大会にはあるヒミツが隠されていた･･･。

サトシたちが立ち寄った映画館で、驚きの出会いが！なんと"わるぎつねポケモン"ゾロアが現れたのだ！映画のヒロインに化けるのが大好きなこのゾロアを主役に、映画を撮っているというトレーナー・ルークの誘いを受け、サトシたちも一緒に映画を作ることに！サトシの役は、ゾロアが演じる姫を救出するため、海賊デントに立ち向かうポケモンナイト！慣れない演技に苦戦しながらも、伝説のドラゴンマスター、アイリスのもとで修業を積み、いざデントと決戦の時！というクライマックスシーンの撮影までこぎつけた。しかしその時、まさかの乱入者が現れ、映画が台無しの危機に･･･！

映画を完成させたサトシたちは、ドン・ジョージ主催のバトル大会「ドンバトル」へ出場するため、ルークと共にライモンタウンへやってきた。そこには今まで旅で出会ったたくさんのトレーナーが集まっていた！アクセントが難しいケニヤン。ポケモンソムリエールのカベルネ。ドラゴンバスターのラングレー。お騒がせ娘のベル。そして、ライバル・シューティー！さらには、デント、アイリス、ルークも参加を決め、サトシのやる気は最高潮！ドン・ジョージの開会宣言もそこそこに、１回戦のカードが次々と決まっていく。そしていよいよサトシの対戦相手発表の時。モニターに映し出されたのは、なんと･･･！

いよいよ始まったライモンシティでの「ドンバトル」。ポケモンバトルクラブのドンジョージが主催するこのバトル・トーナメントで、サトシはカベルネと対戦！ガマガルの活躍により見事１回戦を勝ち抜いた。だが、デントＶＳシューティー、ベルＶＳケニヤンを始め、１回戦から白熱のバトルはまだまだ続く！ラングレー、アントニオ、サトシに続き、２回戦に進めるのは果たして･･･？

そして発表される２回戦の対戦カード。明らかになったサトシの対戦相手とは意外にも･･･！そしてツタージャに危機が迫る！？強敵を打ち倒し、サトシはドンバトル準決勝に進むことができるのだろうか？そして最後にドンバトルで優勝するのは一体･･･？

ライモンタウンのポケモンバトルクラブのドンジョージが主催するバトル・トーナメント「ドンバトル」。サトシは2回戦でドラゴンバスター・ラングレーと激突し、絶体絶命のピンチに追い込まれる。ラングレーのコマタナの鋭い攻撃に苦しむ、サトシのツタージャ。サトシはこのピンチを抜け出し、準決勝に進出することができるのか･･･！？

そして続く、デントＶＳルーク、アイリスＶＳケニヤンのバトル。デントのマッギョとルークのメラルバ、アイリスのエモンガとケニヤンのダゲキが激しい火花を散らして衝突する！白熱のバトルの末に準決勝に勝ち残るのは、果たして･･･！？

ドンジョージが主催するバトル・トーナメント「ドンバトル」。着々と勝ち上がったサトシは決勝戦へと進んだ。

つづく準決勝第2試合はアイリスＶＳルーク。

大会での初バトルに臨んだアイリスのキバゴは、ルークのゴビッドの連続攻撃から、逃げるほかに術がないピンチに追い込まれる。しかし、キバコが土壇場で繰り出した新たな技により見事ルークのゴビッドを破り、アイリスは決勝戦への切符を手に入れる。

そして、迎えた決勝戦、サトシとアイリスの白熱のバトルが始まる！サトシ・アイリスが決勝戦で選ぶポケモンは！？運命のバトルを制して、ドンバトルの優勝者になるのは一体！？

サトシたちは、4個目のバッジゲットを目指して、次のジムのあるライモンシティに向けて旅を続けていた･･･が、ボロボロになって倒れているロケット団のニャースと遭遇する。

サトシたちの手当てのおかげで、意識を取り戻したニャース。ニャースは、作戦を失敗して本部からクビを宣告され、ムサシ・コジロウと別れて、身も心もズタボロになってあちこちをさまよっていたのだという。そんなニャースをみて、一緒に旅をしようと提案するサトシ・アイリス・デント。ニャースはもう悪いことはしないと約束して、一緒に旅をすることに決める。

そんな時、ギバゴがズルズキンに誘拐されてしまって･･･！？

ひょんなことから一緒に旅をすることになったニャースと旅を続けるサトシたちは、1匹のチョロネコと遭遇する。

"しょうわるポケモン"チョロネコの可愛らしさに一目で夢中になってしまった、ニャースとミジュマル。二匹はなんとかチョロネコの気を引こうとやっきになって、アピール合戦をしている。チョロネコはそんな二匹に、「自分の友達が洞窟に閉じ込められている」と助けを求めてきたのだった。

昔チョロネコにひどい目にあわされたというデントは、チョロネコの言うことを信用していない様子。

だが、サトシ・アイリスとニャースとミジュマルはチョロネコを信じ、洞窟へとチョロネコについて行くことに決めて･･･！？

ニャースを加えたサトシたちは、ライモンシティに向かっていた。途中で日暮れを迎えた一行はキャンプの準備を始め、ニャースは薪によさそうな木の枝を探すことに。ニャースがなかなか見つからない薪を探しているとすると、"ブレインポケモン"のオーベムが現れて薪の束を差し出してくれた。

「どんな望みも叶えることができる」というオーベムは、料理に足りない材料を出してくれたりと至れりつくせり。そんなオーベムに、デントはリゾートホテルのスイートルームで眠りたいという願いごとを言う。

オーベムについて行くサトシたちは、なにもないはずの森の中に立派なリゾートホテルを見つける。不思議に思いながらも一行はそこに泊ることにするが！？

ライモンシティを目指して、とある山へとやってきたサトシたち。嵐のせいで荒れている山道を進んでいると、"ひょうけつポケモン"のクマシュンが倒れていた。

クマシュンの元気を取り戻すために食べ物を探すサトシたちだが、やっと見つかった木の実を手に取ると、いきなり"とうけつポケモン"のツンベアーが現れた。そんな中、ニャースはニャゴシエーターとしてツンベアーの興奮を鎮めようとするが、ツンベアーたちは容赦なく"こごえるかぜ"を放って襲ってくるのだった。

山の保安官クリフのポケモン、"武術ポケモン"のコジョフーによって、何とか危機一髪でピンチを切り抜けた一行は、クマシュンをなんとか元の群れに戻そうとするが！？

ライモンシティに到着した一行は、地下鉄でポケモンセンターへ向かうことになった。地下鉄の運転席を大興奮で凝視していたデントだが、列車は緊急停止してしまう。窓の外の様子をうかがうと、すぐ隣の線路を見たこともない車輌が通り過ぎたのだった。ライモンシティの地下鉄を管理するサブウェイマスターのノボリ、クダリと合流した一行。二人によると、最近ダイヤにない“幽霊列車”が現れるようになったのだという。

地下鉄を使って逃走するロケット団を追って、サトシ達とサブウェイマスター・ノボリ・クダリ兄弟の追跡が始まった。幽霊列車のダミー作戦に苦戦しながらも、なんとかロケット団が乗った幽霊列車の行き先を絞り込むことに成功したサトシ達は、クダリのパートナー“でんきうお”ポケモンのシビルドンの放電でスピードアップしたトロッコに乗りこんで、再びロケット団を追い始めるのだった。