还没有见过的宝可梦…还没有见过的城镇…。为了见到未知的事物，小智与皮卡丘到了全新的冒险之地──合众地区！正为了在新天地的冒险雀跃不已时，眼前出现了这地方的宝可梦研究权威——红豆杉博士！大家立刻前往研究所，在那中心，有像是黑色巨大宝可梦的影子。影子放出的雷电直接击中小智的皮卡丘！两颊不断放电让皮卡丘很难过。众人急忙前往博士的研究所详细检查，但是结果却出人意料…。皮卡丘竟然不能用电属性绝招了！以混乱揭开序幕的旅程，到底会怎么样呢!?

虽然皮卡丘身上发生的异变令人困惑，小智他们仍决定要在合众地区旅行。首先是为了收服这个地方的宝可梦而进入森林，然后就发现摇摇晃晃的草丛！急忙用图鉴判别，结果显示是"牙宝可梦"牙牙！小智马上丢出精灵球要收服它！但是，精灵球击中草丛后却传出人的声音！？接著，冲出来的并不是牙牙，是个女孩子！她叫做艾莉丝，而目标牙牙躲在她的头发里！究竟这名神秘少女的真实身分为何…！？

小智首先以第一间道馆的所在地三曜市为目标。接著，艾莉丝在路上遇到叫做阿丹的少年。他家好像在附近开设温泉渡假旅馆，有很自傲的沙浴。正当大家准备做沙浴的时候，周围却不断冒出"沙漠鳄鱼宝可梦"黑眼鳄！照阿丹的说法，它们平常非常温顺，会和训练家一起享受沙浴。但是，这些黑眼鳄却突然开始拼命的挖掘地面！无视于一旁惊讶的小智等人，它张开大嘴把皮卡丘与牙牙、以及偷偷跟来的水水獭带走了！这只黑眼鳄的目的到底是什么!?

朝著三曜市持续旅行的小智一行人，在途中经过的城镇发现有趣的设施。那是被称为“宝可梦对战俱乐部”、让训练家可以自由对战的场所。干劲十足的小智猛冲进对战俱乐部！出来迎接的是俱乐部的经理东·乔治。一番对谈后，他很快就让带著合众地区很少见的皮卡丘的小智上场。然后，对战开始！但是，正准备一口气发动攻击取得先机的时候，刺耳的警报声大作！似乎是有什么人侵入仓库的样子。调出摄影机拍到的影像进行确认后，在那里的竟然是…！！

终于到了三曜市！小智为了在合众地区的第一场道馆赛兴奋不已，这时他面前出现一名叫做天桐的青年。天桐看到艾莉丝与牙牙相处融洽的样子，判断他们的适性很好。原来他具有“宝可梦酒侍”的资格，可以看出训练家与宝可梦的适合度。因为难得遇到，于是一行人一边聊一边请他带路到三曜道馆。然后，眼前出现了期待已久的三曜道馆！小智进入战斗模式冲了进去！但是，建筑物当中却是一片令人觉得走错地方的景象…

结束道馆赛，小智一行人来到宝可梦中心让疲累的宝可梦复原。这时艾莉丝抱著牙牙急急忙忙冲进来！她怀中的牙牙发出浅浅的粉红色光芒，沉沉昏睡。照她的说法，睡著的牙牙完全叫不起来！就在大家为这件事困惑的时候，一位带著"食梦宝可梦"食梦梦的女性出现了！她叫做真菰，而且好像知道这种昏睡的原因。小智一行人为了解决这件事而冲出中心，却看到惊人的景象！粉红色光点从天而降，君莎小姐也发出紧急警告。城里陷入恐慌…

小智、艾莉丝、天桐，决定一起旅行的3个人在森林里休息时，"草蛇宝可梦"藤藤蛇出现，擅自吃起天桐做的蛋糕！正当皮卡丘要使出十万伏特时，却莫名其妙地被爱心包围，最终眼冒爱心！看来，似乎是中了藤藤蛇的“迷人”。摆出一副轻视模样看皮卡丘的藤藤蛇，以敏捷的动作逃走。但是，因此燃起熊熊斗志的小智，下定决心非收服它不可，于是开始紧追不舍。究竟小智能不能成功的收服藤藤蛇呢!?

朝著下一个目的地前进的路途中，小智一行人与宝可梦在河边吃午餐。正当大家和乐融融地用餐时，皮卡丘与牙牙的宝可梦食物不见了！正要找出是谁搞的鬼时，出现了2只"不倒翁宝可梦"火红不倒翁！它们使出“喷射火焰”甩开追上去的小智等人，一转眼就逃跑了。虽然想抓它们，不过治疗受伤的宝可梦比较重要，所以大家赶往宝可梦中心。可是，2只火红不倒翁居然出现在那里，而且还再度抢走食物！到底火红不倒翁的目的是什么…！？

艾莉丝与牙牙、天桐与花椰猴，相对的两组人马正在练习对战！但是，面对目前还力量不足的牙牙，花椰猴也降低了绝招的威力。艾莉丝告诉牙牙慢慢变强就好了。牙牙最喜欢总是温柔照顾自己的艾莉丝，于是决定去森林里找树果送她。然后，发现某棵高耸的树上有似乎很美味的树果！牙牙不理会急忙跑来阻止的皮卡丘，爬上了尖细的树枝要摘树果。就在只差一点点的时候，树枝折断让它倒头摔了下来！还落在"巨大蜈蚣宝可梦"蜈蚣王身上！受惊的蜈蚣王于是拖著牙牙开始横冲乱撞…！

以七宝道馆为目标，继续旅行的小智一行人，在路过的城镇发现宝可梦对战俱乐部！小智马上就跑去找对战对手。结果竟然发现修帝的资料！他立刻提出对战要求，请东·乔治先生用即时通讯器联络修帝。为了意料外的再战热血沸腾的小智，与一如以往冷淡登场的修帝，展开5对5的对战！小智派的第一只是水水獭、修帝则选择了"野鸽宝可梦"咕咕鸽。小智与水水獭利用扇贝贝进行独创的攻击！可是，修帝的咕咕鸽也不遑多让的使出绝招！这场比试，谁会胜利！？

持续朝著七宝市旅行的小智一行人，在路途中遇见在切割岩石打造住居的「石居神奇宝贝」石居蟹。在他们观察著这珍贵景象时，又新冒出了三只石居蟹！其中一只顶著特别大的石块，就像是当中的老大一样。这个老大看重的，就是石居蟹努力打造出来的家！下一刻，这 3 只竟然一起攻击石居蟹，夺走了它的石头住家！目睹这种卑劣举动的小智一行人，主动表示要帮石居蟹把家抢回来。石居蟹一开始还是很警戒，不过後来渐渐打开了心扉，接著作战行动终於展开！到底会有何结果呢！？

在旅途中经过的某条路上，眼前出现了骑著三轮车的孩子们……接著，孩子们突然往这边投泥丸子！这些孩子兴高采烈地从遭到直击的小智一行人身边通过。而且，在这个军团中的「垃圾袋神奇宝贝」破破袋还把小智的宝贝帽子捡走了！小智等人急忙要追上去时，一位叫做由梨的女性叫住他们。原来，由梨是刚才那些孩子的幼稚园老师，现在遇上了很大的困扰。大家为了弄清楚来龙去脉而前往幼稚园，却被眼前的景象吓了一跳！幼稚园竟然被垃圾山围起来，建了一座秘密基地，而且孩子们还守在里面不肯出来！

小智一行人朝著七宝道馆继续旅行。途中突然冒出一名少女撞向他们！原来她叫白露，是红豆杉博士拜托她来转交东西给小智的。而转交的物品则是徽章收集盒！但是，被收在包包底层的盒子沾满灰尘、脏兮兮的。不过，拿到重要收集盒的小智还是很高兴。可是他高高举起的徽章收集盒突然从手中消失了！同时，有一只「栗鼠神奇宝贝」泡沫栗鼠跑走！它口中就咬著重要的徽章收集盒！小智他们立刻慌张地追上去。兵荒马乱的追逐战，到底会怎麼样呢！？

终於抵达七宝市的小智一行人，目标当然是在七宝道馆获胜、得到第二个徽章！大家与干劲十足的小智一起前往七宝道馆！可是，位於博物馆的七宝道馆门户紧闭，而且看来不太对劲……正当小智准备进行确认、伸手要开门探看的时候，从一名男性发出惨叫、从长廊另一头跑来！这名惊慌失措的男性叫做木立，是博物馆的副馆长，而他似乎被卷入了大麻烦。仔细询问木立之後才知道，这座博物馆似乎有如妖怪作祟，连续发生了奇妙的现象……

解决博物馆奇妙谜团的小智一行人，见到了道馆训练家芦蕙，终於要开始期待已久的道馆赛！不过，要前往对战场地，好像得要回答芦蕙出的任务才行。虽然对意外的发展感到困惑，大家还是惊险过关！总算抵达对战场地。使用一般系神奇宝贝的芦蕙，高声宣告要派出步哨鼠与小约克。向对手展现自己的阵容来观察反应，似乎是七宝道馆的风格。小智也紧握自己选好的 2 颗神奇宝贝球，接著，对战赛开始！芦蕙最初派出的「小狗神奇宝贝」小约克！小智则是派出暖暖猪。可是这场对战赛，竟然出现难以置信的发展！

赌上第 2 个徽章，与芦蕙进行的道馆赛。可是小智却因为「吼叫」与「黑色眼光」这组联合招式而败下阵来。一心雪耻的小智，到对战俱乐部接受东‧乔治的特训。当然，暖暖猪与水水獭也一起受训！小智首先与暖暖猪一起，为了对付芦蕙的小约克那招强力「影子球」，进行闪躲球的特训，接著是与水水獭一起下泳池，做逆流而上的特训。他与学会新绝招的2只神奇宝贝，再度前往七宝道馆！可是，对手是身经百战的道馆训练家。对战赛出现意外的发展……

之前帮助幼稚园老师由梨时得到的神奇宝贝蛋出现变化！大家对它一边不断摇晃又一边发光的样子兴味盎然。尤其是牙牙，大概是很高兴增加新同伴，特别热心地一直观察。就在闪烁速度变快，看来终於要孵化的时候，开心得手舞足蹈的牙牙竟然撞到了蛋！而蛋就以飞快的速度滚下斜坡！小智等人急忙追上去，可是不断加速的蛋被石头弹起，飞向空中了！这样直接砸到地面的话蛋会破掉的！突然发生重大危机！到底会有什麼结果呢！？

继续踏上旅程，前往下一间道馆所在地飞云市的小智一行人，在矢车森林遇到一只「裁缝神奇宝贝」虫宝包。为了收服好强不认输的虫宝包，小智热血沸腾地直接往森林深处冲！结果，大家在像迷宫一样的森林里迷路了！3人努力想要回到进森林的路，於是爬上高耸大树找路。可是，小智没有找到路，却找到了吊在树枝上的巨大树叶堆！下一个瞬间，树叶散开，飞云道馆的道馆训练家‧亚堤竟然飒爽现身！大家一边谈话一边走入森林，就看到刚才见过的虫宝包……

在前往飞云道馆的路上，跃入小智一行人眼帘中的，是新开幕的友好商店！兴奋期待的往里面一看，可以看到最里面出现排队人潮。看样子，似乎是公认神奇宝贝酒侍，在那里品评训练家与神奇宝贝的样子！很感兴趣的小智一跑进去，就遇到一个女孩子。她的名字叫赤霞珠，据说确实具有公认的酒侍资格。小智让她看自己最自豪的神奇宝贝。可是下一个瞬间，眯起眼睛、对著神奇宝贝图鉴开口的赤霞珠，说出令人不敢置信的话……

小智与皮卡丘目前陪著从蛋里孵出来的滑头小子进行特训。就在打算休息一下吃午餐的时候，他们掉进隧道状的洞穴里了！在抵达地点等著他们的，是以前见过的戴墨镜黑眼鳄！它似乎是为了挑战皮卡丘要求对战，才会挖洞找大家来的。面对斗志高昂的黑眼鳄，小智与皮卡丘决定答应对战。可是，这时冒出一只「水鸟神奇宝贝」鸭宝宝，抢走了黑眼鳄的墨镜！其实这只鸭宝宝超爱恶作剧，它接二连三地做出让小智他们感到困扰的恶作剧，但是……

小智一行人抵达通往飞云市的大桥「天之箭桥」，但是桥上却起了雾、让人看不清楚。无论如何都要赶著过桥的小智他们，毫不在意的开始过桥。这时候，「天体神奇宝贝」哥德小姐从雾中现身，出手攻击他们！不得以之下，小智派出藤藤蛇应战，四周却突然被光线包围，回神过来就发现大夥又回到桥下了。可是，周围看起来却不太对劲……在小智等人正感到不安的时候，一个叫莎丽的少女向他们打招呼！而带著笑容跟在她身边的，正是袭击小智他们的哥德小姐！

总算抵达飞云市了。当地不愧是被称为合众地方中心的城市，四处都是高耸的建筑大厦。小智的目的当然是与亚堤进行道馆赛……可是，在街上与一行人偶遇的亚堤却说，现在有很挂心的事情，没心思进行道馆赛。问题就在，城里的虫系神奇宝贝们出现奇怪的反应。为了查明原因，小智他们展开共同行动，最後追到了地下水道。就在那里，出现了一只「蜈蚣神奇宝贝」百足蜈蚣。而且，它就像亚堤说的一样，情绪躁动又显出强烈的敌意。而这个变异，隐藏著令人恐惧的事实！！

小光漂亮的晋级到第二次审查，接下来终于要进行华丽对战赛！小光与神奇宝贝们都气势十足。这次是要以象牙猪、帕奇利兹搭档配合，不断特训的「冰灿水晶灯」一决胜负。阻挡在小光面前的对手，是在第一次审查演出至今无人见过的强烈表演的乌拉拉！在兴奋狂热的会场，对战开始！首先发动攻势的，是顺著高昂气势出手的乌拉拉。尖牙陆鲨与火精灵的组合招式爆发威力！相对于随后一口气趁胜追击的乌拉拉，小光他们一直难以抓到机会扭转情势。要让这种状况逆转，只能以大绝招放手一搏……究竟这场对战，会由谁获胜！？

在与白露同行前往雷文市的途中，「飞鼠神奇宝贝」导电飞鼠出现在小智一行人面前！导电飞鼠帮牙牙捡回树果的可爱模样，把神奇宝贝们都迷倒了。那可爱的模样让白露兴奋不已，马上决定要进行对战收服它！可是，导电飞鼠在对战中使用迷人让对手无法战斗，直接逃走了。白露急急忙忙追上去，但是牙牙不知道为什麼也一起追过去了。它似乎是想要向帮了自己的导电飞鼠回礼。可是这只导电飞鼠有著令人意想不到的秘密……

艾莉丝才刚收服导电飞鼠，就马上开始进行对战特训。可是，一开始和白露的泡沫栗鼠对战，导电飞鼠就在没有指示的状况下使出「交换伏特」，和其他神奇宝贝交换！而且，它的交换伏特有点奇特，就连小智和天桐的神奇宝贝都被拉出来交换！躲在树上高高兴兴看大家慌成一团的导电飞鼠，似乎很爱恶作剧的样子。它使用迷人使唤异性神奇宝贝，又装哭让大家向它道歉，为所欲为！但是，有只以锐利眼神观察这一切的神奇宝贝……

以雷文市为目的地，持续旅行的小智一行人，因为突然下起大雨而四处找地方躲雨。接著小智他们总算找到一栋在山丘上的洋房，决定进去休息一下。但是这时候，书架和花瓶自己动了起来，开始攻击小智一行人！大家一边逃命，一边靠皮卡丘的十万伏特勉强甩开攻击。其实这是「蜡烛神奇宝贝」烛光灵搞的鬼！发现这点的小智等人，追问烛光灵这麼做的原因。而透过萤幕监视他们的人影是……这座宅第隐藏的恐怖秘密即将真相大白！

在牙牙与滑头小子进行对战特训时，森林中传来神奇宝贝的吼叫声。那声音是「洞穴神奇宝贝」赤面龙发出来的！它还突然使出集气弹攻击，让小智一行人急忙闪避。这时候，有位追著赤面龙而来的训练家。名叫艾咪的少女是赤面龙的训练家，她似乎是跟丢了突然开始大闹的赤面龙。对龙系神奇宝贝特别有兴趣的艾莉丝靠近一看，发现赤面龙的脚上缠了粗重的钢索。看来它是因为这样才开始大闹的。看到艾莉丝的应对方式，艾咪拜托她教导自己龙系神奇宝贝的养育方法……

朝雷文市继续旅行的小智一行人，遇上带著「带电神奇宝贝」斑斑马的训练家‧甘尼洋要求对战！自愿在这场对战中出场的，竟然是水系的水水獭！它干劲十足，打算用自傲的扇贝贝把任何攻击都打回去。水水獭在对战刚开始的时候华丽的闪躲过电系绝招，但是在被斑斑马威力强大的「连环腿」击中时，重要的扇贝贝被打飞到很远的地方去！水水獭与小智急忙跑去寻找，可是到处都找不到扇贝贝。失去最大的武器，让水水獭哑然失色。为了鼓励水水獭，小智等人开始寻找可以代替扇贝贝的东西，可是……

小智他们像往常一样进行特训，结果有一只「棉球神奇宝贝」木棉球跑了出来。照天桐的说法，这个时期木棉球会集体行动，然後成双成对的踏上旅程。这只木棉球似乎是和团体走散了。可是他这样是有理由的。滑头小子在草丛的对面发现另一只木棉球！看来最初遇到的木棉球，是因为喜欢上这一只才追过来的。要得到芳心就得展现自己的坚强实力，这是木棉球的规矩。可是，最初遇到的那只木棉球在对战中被轻松打败了。看到它後悔不甘的样子，小智一行人决定帮忙进行对战特训……

为了准备应付前往雷文市的漫长旅程，小智一行人沉沉睡去休养生息时，突然有发出惊人光芒的神秘飞行物体飞过，那行动看来就像幽浮一样……天亮之後，小智他们马上四处打听有关神秘飞行物体的情报，得知有位井守博士住在郊外的研究所。为了向他请教，大夥决定前往研究所，可是，到了门口的3人却遇上不可思议的现象！脑中突然浮现从来没有看过的影像！突然发生的事情让大家感到不安，而且，有个在暗处观察这状况的身影。那是手上光点会不规则闪烁的「脑神奇宝贝」小灰怪……

在与修帝对战时，小智发现到水水獭的意外弱点，那就是「在水中睁不开眼睛」。为了立刻开始特训，它们来到一个大水池！小智将其他同伴交给艾莉丝照顾，陪著水水獭特训，但是却一直没有成果。同一时间，艾莉丝放任神奇宝贝四处玩耍，可是滑头小子竟然对躲在草丛中的「蘑菇神奇宝贝」宝贝球菇"使出铁头功！结果，生气的宝贝球菇对大家喷出毒粉末，让大家都中毒倒地！附近没有神奇宝贝中心，在这种危急状况下，能依靠的只有水水獭……最後到底会怎麼样呢！？

在前往雷文市的旅途中，突然出现一名拦路挑衅的少女‧蓝葛雷。她的目标是来自龙之乡的艾莉丝！蓝葛雷似乎是被称为「龙之破坏者」的冰系训练家，而且好像是为了与艾莉丝对战而刻意埋伏等待。受到嚣张挑衅让艾莉丝非常愤怒，决定答应进行对战！蓝葛雷派出的是「结冻神奇宝贝」冻原熊。艾莉丝则是理所当然地选了牙牙应战！可是，不只是适性不佳，遇上冻原熊压倒性的力量，牙牙一下子就失去战斗能力。懊悔不已的艾莉丝，对小智他们说出了藏在心里的想法……

继续踏上旅程前往雷文市的小智一行人，在某座森林休息。这时候，冒出了一只「地幔神奇宝贝」石丸子，而且大闹一场！它的举动挑起小智的收服意愿，马上派出水水獭、暖暖猪应战，没想到却惨败！最後还不得不到神奇宝贝中心去治疗。石丸子看著一行人离去，而它会大闹似乎是有原因的……结束治疗後，大家与乔伊小姐聊天的时候，有位男性出现了。他好像是来为突然断水的神奇宝贝中心维修管线。但是，建筑物内都没有问题，原因似乎出现洞窟的水源。而且，这个水源地似乎隐藏著不得了的秘密！！

持续旅行的小智一行人，在浓雾弥漫的森林中迷路了。这时眼前出现人影……大夥儿为了问路靠过去，才发现那是「听力神奇宝贝」差不多娃娃！可是，它看起来不太对劲，完全无视小智他们，摇摇晃晃的走掉了。大家正急著要追上去时，君莎小姐却像要拦路一样的出现了。而且，她竟然还说要逮捕小智一行人！大家想尽办法解开君莎小姐的误会，向她打听详细的状况。根据她的说法，城镇里各处的差不多娃娃都突然失踪了！小智等人也决定协助处理这种异常状态！可是，这个事件却有著意想不到的结局！！

小智一行人，在某个城镇与红豆杉博士及真菰博士重逢。2 位博士正打算以「羽之化石」让「最古鸟神奇宝贝」始祖小鸟复活。将化石放入巨大机械中按下开关、靠梦梦蚀的能量将出力提高後，伴随著机械中传来的吵杂叫声，一只始祖小鸟出现了！只是，才刚醒过来、处於兴奋状态的始祖小鸟向各处胡乱使出「龙吸」！成功安抚始祖小鸟的是小智一行人。感情融洽的小智与始祖小鸟展开了飞上天的特训，火箭队却在这时出现……

继续旅行的小智一行人，又遇到那个很吵闹的人物……被猛力撞上的小智，照例摔进了河中。一直鞠躬道歉的少女，原来是白露！她是为了报名参加附近城镇的钓鱼大赛而急著赶路。天桐一听说这件事就彻底变脸！他似乎是热爱钓鱼到有了钓鱼酒侍的别名。败在干劲十足的天桐的气势下，於是大家和白露一起去登记参赛。在河边特别设置的会场里，有一大群充满活力的水系神奇宝贝！可是，这场钓鱼大会隐藏了某个秘密…

小智他们在半路经过的电影院，有了惊人的邂逅！竟然有「恶狐神奇宝贝」索罗亚出现！训练家路克总是用这只爱变成电影女主角的索罗亚当主角拍电影，受到他的邀请，小智一行人也一起参加了电影拍摄！小智演出的，是为了解救索罗亚扮演的公主，勇敢对抗海盗天桐的神奇宝贝骑士！一边为不习惯的演戏苦战，一边努力拍到了剧情高潮场景，也就是完成在传说的龙之大师‧艾莉丝指导下的修行，终於要与天桐决战的时刻！可是这时候，出现意想不到的人来捣乱，让电影陷入作废的危机……

完成电影拍摄工作的小智一行人，为了参加东‧乔治主办的「东‧乔治对战」，与路克一起来到了雷文镇。至今在旅途中遇到的训练家们也都齐聚一堂！名字很容易叫错的甘尼洋、神奇宝贝酒侍赤霞珠、龙之破坏者蓝葛雷、吵吵闹闹的白露，还有劲敌‧修帝！而且连天桐、艾莉丝与路克都决定参赛，小智的斗志飙到最高点！伴随著东‧乔治的开赛宣言，对战分组也陆续出炉。终於到了发表小智对战对手的时候，萤幕上应出来的，竟然是……

雷文镇的「东‧乔治对战」终於开始了。在神奇宝贝对战俱乐部的东‧乔治所主办的这场对战锦标赛中，小智与碧霞珠展开对战！大显身手的蓝蟾蜍让小智漂亮的通过第一轮。但是，从天桐 VS 修帝、白露 VS 甘尼洋开始，第一轮就接连出现火热的对战！继蓝葛雷、安东尼、小智之後，能够晋级第 2 轮的究竟是谁？接著发表的第2轮对战分组，小智的对手出人意料的是！而藤藤蛇也面临危机！？小智能够扳倒强敌、顺利的打入东‧乔治对战的准决赛吗？而最後获胜的又会是谁……

雷文镇神奇宝贝对战俱乐部的东‧乔治举办了对战锦标赛「东‧乔治对战」。小智在第 2 轮与龙之破坏者‧蓝葛雷展开激战，被逼入走投无路的绝境。蓝葛雷的驹刀小兵锐利的攻击，让小智的藤藤蛇苦於应对。小智能够突破这个危机，晋级准决赛吗！？ 随後上场的是天桐 VS 路克、艾莉丝 VS 甘尼洋的对战。天桐的泥巴鱼与路克的燃烧虫、艾莉丝的导电飞鼠与甘尼洋的打击鬼火花四射的猛烈冲突！白热化的对战之後，赢得准决赛的人物，究竟是谁！？

东‧乔治举办了对战锦标赛「东‧乔治对战」。小智一路过关斩将，朝著决赛前进。接下来的准决赛第 2 场比赛是艾莉丝 VS 路克。艾莉丝的牙牙在大赛中初次参加对战赛，路克的泥偶小人发出的连续攻击令它束手无策，陷入只能闪躲逃避的危机。可是，牙牙在紧要关头使出了新绝招，漂亮的逆转击败路克的泥偶小人，让艾莉丝拿下通往决赛的门票。到了决赛，小智与艾莉丝展开了炽烈的对战！小智‧艾莉丝在决赛中会选择什麼神奇宝贝！？称霸命运之战，成为东‧乔治对战优胜者的到底是谁！？

小智他们为了达成得到第 4 个徽章的目标，继续旅行前往下一间道馆的所在地雷文市……可是，他们发现火箭队的喵喵遍体鳞伤地倒在路边。在小智等人的治疗下，喵喵恢复了意识。喵喵说，它是因为执行任务失败而被总部宣布开除，与武藏、小次郎分道扬镳，身心俱疲的四处流浪。看到喵喵这个样子，小智、艾莉丝与天桐提议要它跟大家一起旅行。喵喵也决定答应不再做坏事的约定，加入他们旅行。这时候，牙牙被头巾混混绑走了！？

因缘际会下开始与喵喵一起旅行的小智他们，遇上了一只扒手猫。一眼就被「刁蛮神奇宝贝」扒手猫的可爱模样迷倒，喵喵与水水獭竟然为了吸引扒手猫的注意，展开了追求大战。扒手猫则对它们表示自己的朋友被困在洞窟，拜托它们前去帮忙。以前曾经在扒手猫手下吃过苦头的天桐，表明了他不信任对方的立场。但是，小智和艾莉丝还有喵喵和水水獭相信扒手猫，决定跟著它到洞窟去！？

小智一行人带著喵喵这个新成员，一起前往雷文市。因为天色暗了下来，一行人开始准备露营，喵喵则去寻找适合当柴火的树枝。在喵喵找不太到适当枯枝的时候，「脑神奇宝贝」大宇怪出现，送给它一整捆木柴。大宇怪表示「可以帮大家实现任何愿望」，提供了现在正缺少的食材。看到这情景，天桐说出了希望在度假饭店套房好好睡一觉的愿望。跟著大宇怪走的小智一行人，在应该什麼都没有的森林中找到一家气派的度假饭店。 虽然感到不可思议，他们还是住了下来，可是……

在前往雷文市的途中，小智一行人来到了某座山上。当他们在因为暴风雨而一片混乱的山路上前进时，发现了倒在路边的「结冰神奇宝贝」喷嚏熊。为了让喷嚏熊回复体力，大家分头去找食物，但是就在终於找到树果时，「结冻神奇宝贝」冻原熊出现了。喵喵以交涉喵的身分介入，想要安抚激动的冻原熊，可是冻原熊却毫不留情地使出「冻风」攻击过来。在山林保安官克力弗的神奇宝贝「武术神奇宝贝」功夫鼬帮忙下，惊险逃过一劫的他们，能够顺利让喷嚏熊回到原本的族群吗！？

抵达雷文市的一行人，搭乘地下铁前往神奇宝贝中心。天桐这个地下铁酒侍兴奋不已地凝视著驾驶座，但是列车却突然紧急停车。往窗外一看，隔壁的轨道上有从未见过的车型驶过。他们在查探时，与管理雷文市地下铁的地下铁总控官北尚、南厦会合。根据两人的说法，最近出现了不在时刻表上的「幽灵列车」。虽然很在意幽灵列车的真面目，一行人还是前往神奇宝贝中心。听说提供了平常的神奇宝贝中心没有的，让神奇宝贝身心都获得疗愈的特别服务，小智一行人决定把所有神奇宝贝都寄放在这，结果却是！？

抵达雷文市的一行人，搭乘地下铁前往神奇宝贝中心。天桐这个地下铁酒侍兴奋不已地凝视著驾驶座，但是列车却突然紧急停车。往窗外一看，隔壁的轨道上有从未见过的车型驶过。他们在查探时，与管理雷文市地下铁的地下铁总控官北尚、南厦会合。根据两人的说法，最近出现了不在时刻表上的「幽灵列车」。虽然很在意幽灵列车的真面目，一行人还是前往神奇宝贝中心。听说提供了平常的神奇宝贝中心没有的，让神奇宝贝身心都获得疗愈的特别服务，小智一行人决定把所有神奇宝贝都寄放在这，结果却是！？