持续旅行前往浅葱阵的小智一行人，途中遇上在森林里大闹的"磁场宝可梦"自爆磁怪！晃动巨大的身体、失控乱冲的自爆磁怪以惊人冲劲往下方的城镇前进！要是那样在街上闹事…。急忙跟上去一看，街上果然受害严重！想要设法阻止它的小智一行人，与君莎小姐合作进行对战！但是，面对自爆磁怪压倒性的力量，只能无力的败下阵来。正当大家为了找出原因解决问题，进行作战会议时，又出现了同样失控的巨金怪！这两只一看到对方就开始激烈冲突！这种异常状态，小智他们有办法阻止吗！？

持续旅行的小智一行人，途中在小河边休息，宝可梦们则在河岸边玩耍。这时候，脚踩滑的圆陆鲨掉进河里了！不过，急忙跳入河中的泳气鼬成功救起它！就在大家安下心来的时候，突然有两个影子冲出来！他们的真实身分，是宝可梦格斗家‧喜十郎与他的搭档吸盤魔偶。因为很欣赏精彩的救援戏码，所以他要求与泳气鼬对战！小智与勇气鼬当然不会拒绝，马上就开始对战！虽然小智气势十足的进攻，却遭到吸盤魔偶强劲的「雷光掌」击倒。誓言雪耻的小智他们，为了泳气鼬的新绝招「急冻拳」展开特训，但是…

小智一行人继续旅行，前往即将举办华丽大赛的浅葱镇。路途中，他们在路中央发现了一个弹簧垫，皮卡丘与波加曼都很兴奋得跳上去玩！此时，"睡觉宝可梦"卡比兽从天而降，把皮卡丘他们都弹飞了！在一头雾水的小智等人面前出现一个人，他是卡比兽的训练家‧悠太！他坚持以科学训练方式锻鍊宝可梦。比起科学之力，更相信羁绊的小智，对於不同类型的训练家充满兴趣，立刻要求对战！但是，悠太拒绝了他的要求，提议用对战以外的方式对决！那就是被称为宝可梦全能竞技赛的竞赛！这场对决，谁会获胜！？

终於，小光要争取第5个缎带勋章的宝可梦华丽大赛‧浅葱大会举办的日子到了！这场大会采取双人演出！象牙猪与火球鼠这对新组合练习的「烈焰冰」，当然也让小光特别投入。这时"加油宝可梦"正电拍拍与负电拍拍出现了！可爱的宝可梦出现，小光也觉得很有兴趣…才这麼想，她却一看到它们就陷入恐慌惨叫！最後甚至还晕过去了！看起来，小光对正电拍拍、负电拍拍，似乎有不好的回忆。而且这2只，竟然还是对手乌拉拉的宝可梦！浅葱大会突然掀起波澜！缎带勋章将会落入谁手中！？

通过第一回合晋级的小光，终於要和劲敌‧乌拉拉正面交锋！小光选择的是经过猛烈特训准备「烈焰冰」的象牙猪与火球鼠。相对的，乌拉拉则是派出小光最怕的正电拍拍与负电拍拍！小光抢先发动攻击！藉由让象牙猪吞下冰粒提升威力的作战，华丽的先发制人！象牙猪与火球鼠正要接著使出绝招趁胜追击，可是乌拉拉其实还有一招最後王牌…。对双方来说都是攸关能否参加华丽大型庆典的关键之战！究竟获胜的会是乌拉拉，还是小光呢！这场对战，绝对不可错过！

朝著下一个目的地湖滨市前近的小智一行人，在路上遇到阿驯。他看来很自豪，而理由就在徽章收集盒当中！阿驯的收集盒中竟然有在湖滨道馆获胜的证明‧灯塔徽章！自信满满的阿驯，就那样兴致高昂的挑战对战！他选择的当然是帝王拿波。相对的，小智派出了猛火猴！但是，适性上较不利的猛火猴挨了帝王拿波一记强烈的水电炮，直接被打飞到森林里去了！正当小智他们要赶过去时，森林深处冒出惊人的冲天烈焰！一行人面面相觑，这该不会是…

为了得到第8个徽章，朝著湖滨市前进的小智一行人，正在为对电系较占优势、属於地上系的圆陆鲨进行绝招「天龙流星」的特训！可是，这招「天龙流星」有著不管练多少次都会打到波加曼的伤脑筋毛病。从圆陆鲨成为同伴後，波加曼连续被「天龙流星」命中无数次。毫无例外地，今天也直接命中！波加曼的愤怒指数飙到最高点！！最後甚至离开了小智他们身边！深感愤怒悲伤的波加曼，在森林中徘徊。而周遭有可疑的身影在看著它。波加曼一抬头，就看到自称「宝可梦救助委员会」的集团出现！然而他们的真面目是…

小智一行人抵达神奥地方最强的道馆馆主‧电次所在的湖滨市。大家马上就前往湖滨道馆，却在那看到难以置信的景象！道馆前面，竟然放著一大堆徽章，而且还不用战斗就能拿到！认为努力战胜得到徽章才有意义的小智很生气，想要硬闯进入道馆，却被高科技道馆的警卫机器抓住了！这时候，烈焰猴随著一闪而过的光芒出现，解救了小智的危机！对突发状况感到惊讶的小智一行人，接著面对了更大的冲击！那只烈焰猴的训练家，竟然是四天王当中的大叶！神奥最强的道馆馆主与四天王。这2人到底是什麼关系！？

湖滨塔支持著湖滨市居民们的生活，而可疑人影正悄悄接近这个城市的象徵…。小智正在湖滨道馆进行激烈的对战，道馆的电力却突然消失了！照电次的判断，应该是湖滨塔发生异常状况、造成市内的电力供应中断！电次带著大家急忙赶去一看，塔竟然连同地基一起消失了！惊愕的小智等人发现神秘的轮胎痕迹，追上去之後看到了眼熟的三人组身影！没错，这起抢夺事件的犯人就是火箭队！为了征服神奥，他们打算利用这座塔。这起事件，到底会有什麼结果呢！？

小智一行人继续旅行，前往即将举办华丽大型庆典的湖畔度假村，并且抵达某个沿海小镇。在那里等待他们3人的是小光的妈妈！原来她有事情需要请人帮忙。至於要帮忙做的事，竟然是当宝可梦学校的老师！工作内容则是负责一天的教学，指导还无法成为训练家的孩子们，学习有关宝可梦的知识。小智等人对此都兴致勃勃，很乐意地前往学校帮忙！可是，在集合起来的孩子当中，有个怎麼教都不肯乖乖听话、爱恶作剧的少年…。小智一行人努力的试著改变他的态度，可是事情却往意想不到的方向发展！

持续旅行的小智一行人在河边稍作休息，却发现从河的上流漂来一只"大颚宝可梦"大力鳄。仔细一看，它的背上似乎有什麼东西！急忙上前查看的小智等人看见的，是一名失去意识的少年！清醒过来的少年说他是宝可梦保育家夏也，正在执行某项特别任务！可是，宝可梦保育家最重要的道具、本来在夏也手腕上的「捕猎游标」消失了！小智一行人见状，主动提意要帮忙。到底这个任务，能不能完成呢！？

继续旅行的小智一行人，正为了各自的目标进行特训！这时候，他们在附近的河里发现一艘小船，而且船上来有一个睡著的女孩子！再这样漂流下去会遇上大瀑布！但是，查觉到危险的小刚立刻跳下水，在千钧一发之际成功救出那女孩！大家就这麼等到她醒来，才知道她叫做米依。这个散发出不可思议气质的少女，让小智他们难以招架。照米依的说法，她因为某种理由必须赶到某个地方去，所以希望大家忙的样子。但是这个叫做米依的少女，其实怀抱著不得了的秘密！

持续旅行的小智一行人，在某个城镇遇见一个叫尤西奇的少年。这名少年是初出茅庐的训练家，他说把重要的搭档"火种宝可梦"l小鸭嘴龙交给抚养家照顾好快速变强。但是，照他的说法，那个抚养家听来实在很可疑。大家赶去抚养家开业地点一看，果然不出所料！那是冒牌抚养家！这让尤西奇不知所措。但是这个地方，似乎有位熟知宝可梦的一切，叫做菊阿野的人在！而大家也在街上遇到她。不过，只有小刚发现到，菊阿野其实是位不得了的人物…

湖畔度假村前进的小智一行人，途中经过了片栗镇。因为那里正好也举行了华丽大赛，所以大家前去观摩。这时有位女性拦住他们表示要找小光！这位叫作芙莉佳的女性说要拜托小光的事，竟然是与公主交换身分一天，这种不得了的请托！一行人决定先去听听公主的说法，而他们见到的，是长得和小光一模一样的莎露比亚公主！？而且莎露比亚公主对华丽大赛憧憬不已，无论如何都想要参家看看！惊人的互换身分出场，结果将会如何！？

华丽大型庆典终於近在眼前了！收服新同伴‧波克基斯的小光马上就开始特训！波克基斯优雅飞舞的姿态，让小智一行人很佩服，但是只有小光显得不太高兴。看样子高雅的波克基斯，有个在使出绝招前做出优雅动作的习惯。可能是因为这样，表演和对战都不能尽如人意的表现，让小光很烦恼。

小光努力的想改掉它的习惯，可是就是进行得很不顺利。这时候，看上那份优雅的火箭队登场！波克基斯面临大危机！究竟小光能不能度过这个危机呢！？

朝著湖畔度假村继续旅行的小智一行人，正在某个广场进行特训！结果，波加曼跑到在准备午餐的小刚身边，把大家的饭都吃掉了！一行人惊讶的要阻止它，但是波加曼却吃个不停。这时候，竟然又出现一只波加曼！哪边才是小光的波加曼？困惑不已的小智他们，听见了一名训练家的招呼。听到这个声音的瞬间，其中一只波加曼发出光芒，便换了模样！没错，其实这只波加曼，是"变身宝可梦"百变怪变成的。百变怪的训练家‧玛姬娜，自信满满向小智要求对战，可是…

漫长的缎带勋章收集之路。然後，总算到了华丽大型庆典！华丽又激烈的战火终於被点燃了！抵达湖畔度假村的小光一行人，首先前往的是参加者齐聚一堂的开幕酒会。在那里，他们看到过去好几次对阵激战的小望，以及众多劲敌的身影。在各自怀抱热情的状况下，第一次审查就要开始了！小光选择火球鼠与卷卷耳，以美丽的绝招组合展现冰与炎交织而成的表演！在前所未有的紧张感包围下，小光与宝可梦们到底能不能突破第一次审查呢！？

小光漂亮的晋级到第二次审查，接下来终於要进行华丽对战赛！小光与宝可梦们都气势十足。这次是要以象牙猪、帕奇利兹搭档配合，不断特训的"冰灿水晶灯"一决胜负。阻挡在小光面前的对手，是在第一次审查演出至今无人见过的强烈表演的乌拉拉！在兴奋狂热的会场，对战开始！首先发动攻势的，是顺著高昂气势出手的乌拉拉。尖牙陆鲨与火精灵的组合招式爆发威力！相对於随後一口气趁胜追击的乌拉拉，小光他们一直难以抓到机会扭转情势。要让这种状况逆转，只能以大绝招放手一搏…。究竟这场对战，会由谁获胜！？

华丽的祭典、华丽大型庆典也即将步入最後高潮！进入准决赛的4位选手展开火热的对战！首先是小望VS尚志。双方都实力坚强的这场比赛，是场如预料般激烈、美丽的对战。小望选的是叶精灵与梦妖魔。相对的，尚志则是派出音箱蟀与长耳兔。对战一开始，擅长以草系‧虫系进行对战的尚志，让长耳兔展现出人意料的表演！他大幅拉开与小望的分数差距，让观战的小光非常不安。但是，为了实现「在最终舞台见面的约定」，绝对不能输的小望展开猛烈的反击！究竟这场对战中，最後露出笑容的会是谁！？

对於出场参加华丽大赛的训练家们来说最大的梦想、顶尖协调训练家。终於，赌上这个光荣宝座的最终舞台开始了！至今为止，小光不断通过与强力竞敌们的激战。而将在最终舞台战斗的，是小光最好的朋友、也是最强的劲敌小望。两人在第一次见面的祝庆大会有过约定，「总有一天要在最终舞台交手」。他们彷佛是要确认彼此对这约定的心意一样，展开一场激烈而华丽的对战！不论是哭是笑，这都是最後的表演！究竟最後赢得光荣称号的，是小光，还是小望呢！？

华丽大型庆典结束後，为了取得最後的徽章而前往湖滨市的小智一行人，一如往例的遇上了火箭队。不过，他们的作战计画这次还是失败，被打飞到天空的彼端。在陌生的土地上清醒过来的武藏他们在四周查探…发现应该在的喵喵不见了！？其实，昏倒在路边的喵喵对救了它的魅力喵一见锺情！已经被迷得神魂颠倒了。「我好幸福啊喵…」可是，这快乐的时间一下就过去了。被顺利会合的武藏等人无情地带回去的喵喵，因为忘不掉魅力喵，想出一个不得了的主意。隔天早上，武藏他们起床後，喵喵已经不见踪影，只留下一封信告知「我要退出火箭队」……

期待已久、与湖滨道馆馆主‧电次再战的日子到了！找回干劲气势的电次的实力，强到被称为神奥地方最强的道馆馆主。小智派出不断特训的皮卡丘、烈焰猴及土台龟挑战！两边的第一只是土台龟与电击魔兽。在属性上具有压倒性优势的土台龟抢先趁势发动攻击！然而，就在小智的土台龟将使出攀登岩石的瞬间。电击魔兽的手发出淡淡光芒，对猛冲过去的土台龟使出急冻拳！小智被电次完整的对策摆了一道。紧张的刺激比赛！究竟胜负将如何演变！

准备前往举办神奥联盟的铃兰岛的小智一行人，在湖滨市遇到了健悟。他好像正在和某人进行华丽对战赛。那个对手竟然是，城都地方的浅黄道馆道馆训练家‧阿蜜！小智一行人因为意外的重逢而大吃一惊。听到健悟正为了准备下次的华丽大型庆典进行特训，让小光对自己之後该怎麼办感到迷惘。看到小光的模样，健悟说出了令人意想不到的话。

他说，要是自己在对战中打赢小智，就要小光跟他一起旅行！无视於对突发状况不知所措的小光，对健悟来说极度重要的对战开始了！到底会有何结果呢！？

小智一行人终於搭上前往神奥联盟的举办地‧铃兰岛的船。在兴奋地等著见到未知劲敌的小智身边，出现了一名训练家！他的名字叫麦可，似乎是为了与联盟不同的目的搭上这艘船的。照麦可的说法，他是寻找在世界各地沉睡的「宝物」的寻宝者！而且，他锁定的下一个宝物，竟然就沉眠在铃兰岛附近！寻找宝物的关键，是麦可在海底找到的地图。在地图上面还画了神秘的宝可梦插图……会在此相遇也是一种缘分，小智一行人决定帮忙麦可，当作联盟开赛前的热身！但是，那个宝物沉眠的小岛隐藏著惊人的秘密！究竟麦可与小智一行人，能不能找到在岛上沉眠的宝物呢！？

终於抵达神奥联盟的举办地点铃兰岛。在神奥地方各处与道馆训练家对战胜出的强者们，现在都集结於此！接下来的对战，是比以往更不容任何一丝大意的对战，这麼一来成员选派也必须慎重行事才行。因此，小智决定从过去旅行中收服到的所有宝可梦们当中进行选拔。好久不见的同伴们，有小锯鳄、龙虾小兵、卡比兽、月桂叶与火球鼠！可是感人的重逢连续碰上意想不到的意外！卡比兽在会场的厨房乱吃东西！小锯鳄它们在公园的喷水池大闹！终於抵达的重大舞台，这样真的没问题吗！？

小智在第一轮的对手，是宝可梦吟游诗人尚志！他在华丽大型庆典也有出场，与小望的一场激战仍令人记忆犹新。尚志、小智，各自追求的强、过去旅行所得的一切都在场地上直接碰撞！擅长用虫、草系的尚志，第一只派出的是罗丝雷朵。小智则派出适性较有利的姆克鹰！但是，先掌握主导权的是尚志与罗丝雷朵！面对以独特的节奏‧战术展开的猛烈波状攻击，姆克鹰一直难以抓到进攻机会。失去最初的第一只，在这场短期决战中是压倒性不利的事。或许是这份焦躁影响，比赛出现意料外的发展…！

在与尚志的激战中获胜的小智也顺利的突破第2轮！舞台移到联盟的第三轮比赛。决定对战对手的瞬间到了，小智的对手是"有著百变对战风格"、老奸巨猾的考平！对手确定了，让小智鼓足斗志。不过在他身旁有个更热血沸腾的男子…那就是阿驯！确定对战对手是他一直崇拜的真司，似乎让他无法抑制感情。另一方面，真司则是跟平常一样面不改色。虽然两个的反应是明显的对照，「在对战中持续获胜、拿下优胜」这个目标却是一致的。对战果然出现令人热血沸腾的发展！双方都毫不让步的精彩比赛。究竟哪一方会赢得胜利呢！？

小智看著劲敌们的激战，而他的下一个对手是考平！与自在变化的对战风格交手，到底会出现什麼样的对战呢。第3轮比赛开始了！彼此最初派出的宝可梦是壶壶与圆陆鲨！小智打算以具有速度优势的宝可梦，一口气分出胜负。刚开始这个作战方式很成功，顺利的压制了考平的宝可梦们！但是，这毕竟是强敌环伺的神奥联盟，绝对没有那麼简单。考平派出夜黑魔人的瞬间，对战的情势就大大改变了！原因就是夜黑魔人的绝招「骗术空间」！究竟这个绝招的恐怖之处为何！？

从踏上在神奥地方的旅行开始，就是最大且最强的宿敌‧真司。战斗方式、对待宝可梦的方式、培养方式，一切的一切都与小智正好相反。两人过去曾经好几度发生冲突，不过在睿智湖的全面对战之後，小智对真司、真司对小智，都开始慢慢认同对方。这样的两人，约定要再进行一次全面对战的地方，就是神奥联盟。过去绝不会相交的两条线，在梦想的舞台上交会了！史上最大的全面对战，小智VS真司！对两人来说的真正神奥联盟，终於要开始了！

从对战开始就势如破竹的小智目前领先真司。可是，从真司的第3只宝可梦"蝎怪宝可梦"龙王蝎出现在场地上开始，战情就急转直下！它以巨大的尾巴和强猛的「飞弹针」将小智的宝可梦逼入绝境。为了破除这个恶劣情势，小智派上场的是，最重要的搭档皮卡丘！另一边，真司也让龙王蝎战时下场，派出新的宝可梦。随著诡异气氛一同现身的是"雪国宝可梦"雪妖女！兼具幽灵系的雪妖女，像是在嘲笑小智他们似的在空中飞舞！小智他们到底能不能再度掌握情势取回主导权呢！？

与最大的宿敌真司展开激战并获胜的小智，挺进到准决赛。而他的对战对手，是已经被称为本届大会最强选手的训练家达克多。这个男人，竟然只凭一只宝可梦就通过先前所有的比赛晋级到这理！而且那只宝可梦是"暗黑宝可梦"达克莱伊，可是不管对手是谁都不能退却。优胜已经近在眼前，接下来只能继续获胜！准决赛就这个开始了，小智的第一只选了赫拉克罗斯！另一方的达克多，果然还是派出达克莱伊！这是在适性上对小智有利的开场。但是达克多展现出来的，是将这些因素全都抹灭的惊人对战…

结束神奥联盟比赛的小智、小光及小刚3人，搭船前往小光的故乡双叶镇。漫长的旅程也逐渐接近尾声…。正开始感到寂寞的时候，出现了一只皮丘，令3人忍不住露出笑容。这也难怪，因为之後接连有皮宝宝、宝宝丁、露力丽与熊宝宝等可爱的宝可梦跑来！甲板突然间充满了温馨气氛。可是，在那艘船的下方、海底出现要发生恐怖事件的前兆。因为火箭队刺激了过著和平生活的毒刺水母，发怒的毒刺水母群朝海面而来了！宝可梦们当然不可能知道这种事情。接著，事件发生了…！

小智一行人，来到了小光的故乡双叶镇。时间似长又短的神奥地方之旅，也终於要迎接终结的时刻了。离前往关都地方的船出航还有一点时间。3人对别离感到可惜，宝可梦们也都忍耐著同样的寂寞。但是，无论如何都压抑不了情绪的波加曼，双眼不断溢出泪水…