アサツキタウンへ向け旅を続けるサトシたちは、途中の森で暴れまわる"じばポケモン"ジバコイルに遭遇！大きな体を振り回し、暴走するジバコイルはすごい勢いで町の方へ下って行った！もしそのまま町で暴れたら・・・。急いで後を追ってみると、予想通り町では多くの被害が！なんとかして止めようとするサトシたちは、ジュンサーさんと協力してバトルを挑む！だが、圧倒的なジバコイルのパワーを前にあえなく敗れてしまう。原因を突き止め解決するため作戦会議をしていると、そこに現れたのは同じく暴走するメタグロス！二匹は互いを見つけるやいなや、激しいぶつかりあいを始める！この異常な事態！サトシたちは止めることが出来るのか！？

旅を続けるサトシたちは、途中の小川で休憩をとっていた。河原で遊ぶポケモンたち。その時！足を滑らせたフカマルが川の中に！だが、急いで助けようと川へ飛び込んだブイゼルが救出に成功！一安心の一同。するとそこに突如二つの影が飛び出してきた！その正体は、ポケモン格闘家・キジュウロウと相棒のバリヤード。鮮やかなブイゼルの救出劇に感心し、ブイゼルにバトルを申し込んできた！当然やる気のサトシとブイゼルは早速バトル開始！勢いよくたたみかけるサトシたちだったが、バリヤードの強烈な『かみなりパンチ』の前にノックアウトされてしまう。リベンジを誓うサトシたちは、ブイゼルの新たなわざ『れいとうパンチ』の特訓を始めるのだが・・・。

コンテストの開かれるアサツキタウンへ向け旅を続けるサトシたち。その道中、道の真ん中に巨大なトランポリンを見つけ、ピカチュウとポッチャマは大はしゃぎ！その時、空から"いねむりポケモン"カビゴンが降ってきて、ピカチュウたちを跳ね飛ばしてしまった！戸惑うサトシたちのもとに現れたのは、カビゴンのトレーナー・ユウタ！彼は科学的トレーニングによってポケモンを鍛えているのだという。科学の力より、絆の力を信じるサトシは、自分と違うタイプのトレーナーに興味しんしん！早速バトルを挑む！だが、ユウタはその申し出を断り、なんとバトルではない対決を申し込んできた！それはポケスロンと呼ばれる競技！この対決、勝つのはどっち！？

ついに、ヒカリ５個目のリボンがかかるポケモンコンテスト・アサツキ大会の日がやってきた！この大会はダブルパフォーマンス！当然マンムーとヒノアラシの新コンビネーション『フレイムアイス』の練習に気合が入るヒカリ。そこに"おうえんポケモン"プラスルと"おうえんポケモン"マイナンの姿が！可愛らしい二匹の登場にヒカリも興味しんしん・・・と思いきや、その姿を見た途端に大慌ての大騒ぎ！しまいには、目を回し倒れてしまった！どうやらヒカリには、プラスル・マイナンに苦い思い出があるらしい。しかもこの２匹、なんとライバル・ウララのポケモンだった！いきなり大波乱のアサツキ大会！リボンの行方はいかに！？

なんとか１回戦を勝ち抜いたヒカリは、ついにライバル・ウララと激突することに！ヒカリが選んだのは、『フレイムアイス』の猛特訓を積んだマンムーとヒノアラシ。対するウララは、ヒカリが苦手とするプラスルとマイナンをフィールドへ送り出す！先に仕掛けたのはヒカリ！マンムーのこおりのつぶてを飲み込むパワーアップ作戦で、華麗な先制攻撃！そこからたたみかけるようにわざを繰り出すマンムーとヒノアラシだったが、実はウララには切り札となるわざが・・・。両者ともにグランドフェスティバル出場がかかる大事な一戦！果たして勝つのはウララか！それともヒカリか！このバトル、絶対に見逃せない！

次なる目的地、ナギサシティへと向かうサトシたちは、その道中でジュンに出会う。何やら誇らしげなジュン。その理由はバッジケースの中にあった！なんとジュンのケースの中にはナギサジムに勝利した証、ビーコンバッジが！自信をみなぎらせるジュンは、勢いそのままにバトルを挑んできた！選んだのは当然エンペルト。それに対しサトシはモウカザルを送り出す！だが、相性で不利なモウカザルは、エンペルトの強烈なハイドロカノンを受けてそのまま森の中に飛ばされてしまった！急いで駆け寄るサトシたち。するとその時！森の奥からすさまじい勢いの炎が！顔を見合わせる一同、これはまさか・・・。

８個目のバッジゲットのため、ナギサシティを目指すサトシたちは、でんきタイプに有利なじめんタイプのフカマルがもつわざ『りゅうせいぐん』の特訓中！だが、この『りゅうせいぐん』何度やってもポッチャマに当たってしまう困った癖があった。フカマルが仲間になってから、幾度となく『りゅうせいぐん』をくらい続けたポッチャマ。例に違わず、今日も直撃！そしてついにポッチャマの怒りは頂点に！！しまいにはサトシたちのもとを飛び出してしまった！怒りと悲しみの中、森をさまようポッチャマ。その姿を見つめる怪しい影。ポッチャマが顔を上げると、そこに現れたのは『ポケモンお助け委員会』と名乗る集団だった！だがその正体は・・・。

シンオウ地方最強のジムリーダー・デンジのいるナギサシティに到着したサトシたち。早速ナギサジムに向かうも、そこには目を疑うような光景が！なんと、ジムの前にバッジが山のように置いてあり、戦わなくてもゲットできるようになっているのだ！努力して勝ってこそバッジには意味があると怒るサトシ。どうにかして中に入ろうとするのだが、ハイテクジムの警備マシーンに捕まってしまう！その時、一閃の光と共にゴウカザルが現れ、サトシをピンチから救ってくれた！突然のことに驚くサトシたちの前にさらなる衝撃が！そのゴウカザルのトレーナーは、四天王のオーバだったのだ！シンオウ最強のジムリーダーと四天王。２人の関係は一体！？

ナギサシティの人々の生活を支えるナギサタワー。その町のシンボルに忍び寄る怪しい影・・・。ナギサジムで激しいバトルを続けるサトシ。すると突然ジムの電気が消えてしまった！デンジが言うには、どうやらナギサタワーに異常が発生し、町の電力供給がストップしてしまったらしい！デンジに連れられ急いでタワーへ向かうと、なんとタワーが根こそぎなくなってしまっているではないか！驚くサトシたちが見つけたのは、謎のタイヤの跡。たどっていくとその先には見覚えのある三人組の姿が！そう、この強奪事件の犯人はロケット団！シンオウ征服のため、このタワーを利用するつもりなのだ。この事件、一体どうなってしまうのか！？

グランドフェスティバルの行われるレイクサイドリゾートに向け旅を続けるサトシたちは、とある海沿いの町にやってきた。そこで３人を待っていたのはヒカリのママ！なにやら事情があって手伝ってもらいたいことがあるのだという。その手伝いとは、なんとポケモンスクールの先生！まだトレーナーになれない子供たちに、ポケモンのことを知ってもらう教室を１日任せたいというのだ。この話にサトシたちは興味しんしん。喜んでスクールへ向かうことに！だが、集まった子供たちの中に、どうしても言うことを聞いてくれない、いたずら好きの少年が・・・。なんとかしようと頑張るサトシたちだが、事態は思わぬ方向に！

旅を続けるサトシたちが川沿いで一休みしていると、川の上流から一匹の"おおあごポケモン"オーダイルが。このオーダイル、よく見てみると何かを背負っている！急いで駆け寄ったサトシたちが目にしたのは、気を失った一人の少年！なんとか目を覚ました少年はナツヤと名乗ると、自分はポケモンレンジャーで、ある特別なミッションを行っている最中だと明かす！しかし、ナツヤの腕からは、ポケモンレンジャーにとって最も大切な道具、『キャプチャスタイラー』がなくなっていた！この状況に協力を申し出たサトシたち。果たしてこのミッション、クリアすることが出来るのか！？

旅を続けるサトシたちは、それぞれの目標に向け特訓中！そんな中、すぐ脇を流れる川に一隻のボートを発見。しかもボートの中には眠ったままの女の子が！このまま流されるとその先は巨大な滝！だが、危険を察知したタケシがいち早く川に飛び込み、ギリギリのところで女の子の救出に成功！目覚めるのを待つことに。しばらくして目覚めた彼女の名はマイ。何やら不思議な雰囲気をかもしだすこの少女に、サトシたちはたじたじ。話を聞くと、マイはある場所へ急いで向かわなければならない理由があり、そこへ向かう手助けをしてほしいらしい。だがこのマイという少女、実はとんでもない秘密を抱えていた！

旅を続けるサトシたちは、とある町でヨーシチという少年に出会った。この少年、まだ駆け出しのトレーナーで、大事な相棒"ひだねポケモン"ブビィを育てやに預けて強くしてもらっているのだという。だが、よく話を聞いてみると、その育てや、どうも怪しい。急いで育てやがあった場所に向かってみると、不安的中！やっぱりニセモノの育てやだったのだ！途方に暮れるヨーシチ。だがこの町には、ポケモンのことならなんでもわかる、キックーノという人がいるらしい！町の一角で出会えたキックーノ。しかし、タケシだけは気づいてしまった。このキックーノがとんでもない人物だということに・・・。

レイクサイドリゾートを目指すサトシたちは、その途中、カタクリタウンを訪れた。丁度コンテストが開かれていることもあり、見学しに行くことに。するとヒカリの姿を見つけた一人の女性が声を掛けてきた！フリージアと名乗ったその女性は、ヒカリにあるお願いがあるという！それは、なんと１日王女様と入れ替わってほしいという、とんでもないお願いだった！とにかく話を聞くために王女様のもとへ向かう一行。そこで目にしたのは、ヒカリにそっくりなサルビアという王女様！？しかもサルビア王女はコンテストにとても憧れていて、どうしても出てみたいのだという！驚きの入れ替え出場、結末はいかに！？

ついに目前に迫ったグランドフェスティバル！新たな仲間、トゲキッスをゲットしたヒカリは早速特訓開始！優雅な動きで飛び回るトゲキッス。その姿に感心するサトシたちだったが、ヒカリだけはなぜか浮かない表情。どうやら上品なトゲキッスには、わざを出す前に優雅な動きを入れてしまうクセがあるらしい。そのせいか、なかなか演技もバトルも思うようにいかず、ヒカリは思い悩んでいたのだ。

なんとかしてそのクセを直そうとするヒカリだが、どうしてもうまくいかない。そこに、その優雅さにひかれたロケット団が登場！トゲキッスに大ピンチが訪れる！果たしてヒカリはこの危機を乗り切れるのか！？

長かったリボンゲットの道。そして、ようやく辿り着いたグランドフェスティバル！ついにその華麗で激しい戦いの火ぶたが切って落とされる！レイクサイドリゾートに到着したヒカリたちは、まず参加者が集まる開会パーティーへ向かうことに。そこには、今まで幾度となく激戦を繰り返してきたノゾミをはじめとするライバルたちの姿が。それぞれが熱い思いを抱える中、いよいよ１次審査が始まる！ヒカリが選んだのはヒノアラシとミミロル。美しいコンビネーションで氷と炎を織り交ぜた演技を披露！今までにない緊張感の中、果たしてヒカリとポケモンたちは１次審査を突破できるのか！？

見事２次審査へと駒を進めたヒカリ。いよいよ次はコンテストバトル！気合十分のヒカリとポケモンたち。今回はマンムー・パチリスコンビの、特訓を重ねた "氷のシャンデリア"で勝負に出ることに。そんなヒカリの前に立ちはだかる相手は、１次審査で今まで誰も見せたことがない強烈なパフォーマンスを披露してきたウララ！ヒートアップする会場、いざバトル開始！先に仕掛けたのは、勢いそのままに波に乗るウララ。ガバイトとブースターのコンビネーションがさく裂する！その後も一気にたたみかけるウララに対して、ヒカリたちはなかなか流れに乗ることが出来ない。この状況を逆転するには、大技で勝負するしかない・・・。果たしてこのバトル、勝つのはどっちだ！？

華麗なる祭典、グランドフェスティバルもいよいよ大詰め！セミファイナルへと駒を進めた４名の熱いバトルが繰り広げられる！まずはノゾミＶＳナオシ。実力者同士の試合は、予想通りの激しく、美しいバトルになった。ノゾミが選んだのはリーフィアとムウマージ。対するナオシはコロトックとミミロップを送り出す。バトル序盤、くさタイプ・むしタイプでのバトルを得意とするナオシの、意表を突くミミロップでの演技がさく裂！ポイントで大きくノゾミを引き離す。その様子を不安げに見つめるヒカリ。だが「ファイナルで会う約束」を果たすため、絶対に負けられないノゾミは怒涛の反撃に出る！果たしてこのバトル。最後に笑うのはどっちだ！？

コンテストに出場するトレーナーたちにとっての最大の夢、トップコーディネーター。いよいよ、その栄光の座を賭けたファイナルが始まる！ここまで、強力なライバルたちとの激闘を勝ち抜いてきたヒカリ。そしてファイナルで戦うのはヒカリにとって最高の親友であり、最大のライバルでもあるノゾミ。二人が初めて出会ったコトブキ大会で交わした約束。「いつかファイナルで戦おう」この約束に込められた互いの思いを確かめ合うように繰り広げられる、激しくも華麗なバトル！泣いても笑ってもこれで最後のパフォーマンス！果たして栄冠を勝ち取るのはヒカリか、それともノゾミか！？

グランドフェスティバルを終え、最後のバッジがかかるナギサシティへ向かうサトシたちの前に、毎度おなじみロケット団が現れた。だが、彼らの作戦は今回もあえなく失敗。空の彼方へと飛ばされてしまう。そして見知らぬ土地で目を覚ましたムサシたち。あたりを見回すと・・・一緒にいたはずのニャースがいない！？実はニャースは、道で気絶していたところを救ってくれたニャルマーに一目ぼれ！すっかり夢中になっていたのだった。「ニャーはしあわせだニャー・・・」しかし、そんな楽しい時間はあっという間に過ぎるもの。合流したムサシたちに無情にも連れ戻されてしまったニャースは、ニャルマーを忘れられず、とんでもないことを思いつく。翌朝、ムサシたちが目を覚ますと、ニャースは姿を消し、「ロケット団をやめます」という手紙が残されていた・・・・・・。

待ちに待った、ナギサジムジムリーダー・デンジとの再戦の日がやってきた！気合いを取り戻したデンジの実力は、シンオウ地方最強のジムリーダーと呼ばれるほど。サトシは特訓を重ね、ピカチュウ、ゴウカザル、ドダイトスで挑む！お互いの１体目はドダイトスとエレキブル。タイプの相性で圧倒的有利のドダイトスがまずは勢いに乗って攻撃を繰り出す！だが、決めにいったサトシのドダイトスがロッククライムを繰り出した瞬間。エレキブルの手が淡く光りだし、突進してくるドダイトスに、れいとうパンチが一閃！完全なデンジの対策にまんまとやられてしまうサトシ。緊迫した好勝負！果たして勝負の行方は！

シンオウリーグの開かれるスズラン島へ渡ろうとナギサシティを訪れたサトシたちは、ケンゴと出会った。何やら誰かとコンテストバトルをしているようだ。その相手とはなんと、ジョウト地方アサギジムのジムリーダー・ミカン！意外な再会に驚くサトシたち。次のグランドフェスティバルへ向けての特訓中だというケンゴの話を聞き、自分はこの先どうするのだろう･･･と迷うヒカリ。そんなヒカリの様子を見たケンゴの口から思わぬ言葉が！

それは、サトシとのバトルに勝ったら一緒に旅をしてほしいというものだった！突然の事態に戸惑うヒカリをよそに、ケンゴにとって一世一代のバトルが始まる！果たして結末は！？

ついにシンオウリーグ開催の地、スズラン島へと向かう船に乗り込んだサトシたち。まだ見ぬライバルとの出会いに胸躍らせるサトシのもとに、１人のトレーナーが現れた！彼の名はバク。なにやらリーグとは違う目的でこの船に乗り込んだらしい。話を聞いてみると、バクは世界のあちこちに眠る『お宝』を探すトレジャーハンター！そしてなんと、次に狙うお宝がスズラン島の近くに眠っているという！

お宝を探すカギは、バクが海底で見つけた地図。そしてその地図には謎のポケモンたちの姿が描かれていた･･････。ここで会ったも何かの縁、サトシたちはリーグ前の肩慣らしもかねてバクに協力することに！だが、そのお宝が眠る島にはとんでもないヒミツが隠されていた！はたしてバクとサトシたちは、島に眠るお宝を見つけることが出来るのか！？

ようやく辿り着いたシンオウリーグ開催の地、スズラン島。シンオウ地方各地のジムリーダーとのバトルを勝ち抜いたつわものたちが、今ここに集結する！これからのバトルは、今まで以上に一瞬たりとも気の抜けないバトル。となればメンバー選びにも慎重を期さないといけない。そこでサトシは、今までの旅でゲットした全てのポケモンたちからメンバーを選抜することを決める。久々に会うかつての仲間たち。ワニノコにヘイガニ。カビゴンやベイリーフにヒノアラシ！だけど感動の再会は思わぬハプニングの連続！会場のキッチンでカビゴンは勝手にお食事！ワニノコたちは公園の噴水で大暴れ！ようやく辿り着いた大舞台、本当にこれで大丈夫！？

サトシ１回戦の相手は、ポケモン吟遊詩人のナオシ！グランドフェスティバルにも出場し、ノゾミとの激戦を演じたのは記憶に新しい。ナオシ、サトシ。それぞれの目指す強さ、これまでの旅の全てがフィールド上でぶつかり合う！むし・くさタイプを得意とするナオシは、ロズレイドを１体目に送りだす。対するサトシは相性で有利なムクホーク！だが、先に主導権を握ったのはナオシとロズレイド！独特のリズム・戦術から繰り出される怒涛の波状攻撃の前に、ムクホークはなかなか攻略の糸口を掴めない。最初の１体目を失うのは、この短期決戦で圧倒的不利になる。そんな焦りからか、勝負は思いもかけない展開を迎えることに・・・！

ナオシとの激闘を制したサトシは順調に２回戦も突破！舞台はリーグ三回戦を迎えようとしていた。対戦相手決定の瞬間、サトシの相手は"七色のバトルスタイルをもつ"曲者コウヘイ！相手も決まり気合いを入れるサトシ。だが、その横で更に燃える男が...。それはジュン！対戦相手が憧れていたシンジに決まったことで、感情を抑えられないようだ。その一方、いつも通りの表情を崩さないシンジ。全く対照的な二人だが『バトルに勝ち続け、優勝する』という目標は同じ。やはりバトルは熱い展開に！両者一歩も譲らない好勝負。果たして勝利するのはどちらだ！？

ライバルたちの激闘を目の当たりにしたサトシ。次の相手はコウヘイ！変幻自在のバトルスタイルを前に一体どんなバトルを繰り広げるのか。そして始まる３回戦！互いの最初のポケモンはツボツボとフカマル！サトシはスピードのあるメンバーで、一気に勝負を決めようとしていた。序盤はその作戦が大成功！コウヘイのポケモンたちを圧倒していく！だが、やはり強敵ぞろいのシンオウリーグ、一筋縄ではいかない。コウヘイがヨノワールを繰り出した瞬間、バトルの流れは大きく変わった！その理由は、ヨノワールのわざ『トリックルーム』！果たしてこのわざの持つ恐ろしさとは！？

シンオウ地方の旅が始まった時から、最大にして最強のライバル・シンジ。戦い方、ポケモンとの付き合い方、育て方。なにもかもがサトシとは正反対。今までも幾度となく衝突を繰り返してきた二人だが、エイチ湖でのフルバトルを経て、サトシはシンジを。シンジはサトシを。少しずつだが認め始めた。そんな二人が、もう一度フルバトルを約束した地、それがシンオウリーグ。決して交わることのなかった二つの線が、夢の舞台で交差する！史上最大のフルバトル、サトシＶＳシンジ！二人にとっての本当のシンオウリーグがついに始まる！

バトル序盤は勢いに乗ったサトシがシンジをリードする展開。しかし、シンジの３体目"ばけさそりポケモン"のドラピオンがフィールドに現れて流れは一変！大きな尻尾と強烈な『ミサイルばり』でサトシのポケモンを追い詰めていく。そんな悪い流れを断ち切ろうと、サトシがフィールドに送りだしたのは、最大のパートナー・ピカチュウ！一方のシンジも一旦ドラピオンを下げ、新たなポケモンを送り出す。怪しげな雰囲気と共に現れたのは"ゆきぐにポケモン"のユキメノコ！ゴーストタイプをもつユキメノコは、サトシたちをあざ笑うかのように宙を舞う！果たしてサトシたちは再び流れを取り戻すことが出来るのか！？

最高の舞台でのバトルもいよいよクライマックス！お互いのこれまでの旅、その中で見出したそれぞれが目指す『強さ』。サトシ、シンジ、二人のトレーナーとしての生き方に答えが出される瞬間がやってきた！フィールドで次の相手を待ち構えるサトシのゴウカザル。かつてのトレーナーであるシンジをみつめる眼差しには、サトシと共に旅をしてきたことで芽生えた自信に満ちている。対するシンジは信頼のおけるパートナー、エレキブルをフィールドに送りだす。ゴウカザルのマッハパンチがバトル再開の合図！出会うべくして出会った二人の最後のバトル、その先に待つ結末とは・・・。

最大のライバル・シンジを激闘の末破ったサトシは準決勝にコマを進める。そしてその対戦相手は、今大会最強ともうたわれるトレーナーのタクト。なんとこの男、ここまでの全ての試合をたった１体のポケモンだけで勝ち進んできたのだ！しかもそのポケモンとは"あんこくポケモン"ダークライだが、どんな奴が相手だろうとひるむわけにはいかない。目前に迫った優勝に向けて、後は勝ち続けるのみ！そして始まる準決勝、サトシが１体目に選んだのはヘラクロス！一方のタクトは、やはりダークライを送り出す！相性こそサトシ有利のスタート。しかしタクトがみせたのは、そんなものを全てかき消すような驚くべきバトルだった・・・。

シンオウリーグを終えたサトシ、ヒカリ、タケシの３人は、ヒカリの故郷フタバタウンに向かう船に乗っていた。長かった旅も少しずつ終わりに近付いている・・・。そんな寂しさを噛みしめていると、そこに１匹のピチューが。思わず顔がほころぶ３人。それもそのはず、その後ろから次々とピィにププリン、ルリリにヒメグマなどの可愛いポケモンがやってきたのだ！甲板は途端に和やかなムードに包まれる。しかし、その船の下、海底では恐ろしいことの前兆が起きていた。平和に暮らしていたドククラゲをロケット団が刺激したせいで、怒ったドククラゲたちが海面に向かってきていたのだ！そんなことには気づくはずないポケモンたち。そして、事件は起こった・・・！

ヒカリの故郷、フタバタウンにやってきたサトシたち。長いようであっという間のシンオウ地方の旅もいよいよ終わりの時を迎えようとしていた。カントー地方へ向かう船が出る時間まであと少し。別れを惜しむ３人、そして同じように寂しさをこらえるポケモンたち。だが、どうしても気持ちを抑えきれなくなったポッチャマの目からは、ポロポロと涙が・・・。