ミオシティに滞在中のサトシたち。久しぶりに連絡をしたオーキド博士から、『ホテル森の洋館』だけで食べられるという『森の羊羹（ようかん）』の話を聞き、さっそく羊羹を食べに行くことに。だが、あいにくホテルは休業中。しかも、ホテルにはお化けが出るというのだ！諦めて引き返そうとしたその時！誰もいないはずのホテルの扉が勝手に開いた！驚くサトシたち。そんな中ピカチュウだけが何かに気付き、ホテルの中へ入って行ってしまう！慌てて追いかけるサトシたち！ 仕方なく静まり返ったホテルを進んでいくと、目の前の床に場違いな電子レンジが。不思議そうに見つめるサトシたちをよそに、ピカチュウだけは興味津々。すると突然、電子レンジが襲い掛かってきた！！

ジムリーダーの帰りを待ちながら特訓に励むサトシたち。ヒカリも、ウリムーから進化した"いのししポケモン"イノムーを次のコンテストでデビューさせようと特訓を始めるが、イノムーはヒカリの言うことをまったく聞いてくれない！しまいには食べ物の匂いにつられ、どこかへ行ってしまった。これから先、イノムーと上手に付き合っていけるか不安になるヒカリ。そんな中、『ポケモン仲良しこよしスクール』と書かれた張り紙を見つけたサトシたち！なんと、スクールのプログラムをポケモンと一緒にやるだけで、ポケモンと仲良くなれるという！これならバッチリ！と張り切るヒカリ。さっそくスクールに向かったのだが・・・。

ジムリーダーが帰ってきたことを知り、ミオジムに向かったサトシたち。ジムの前まで来たところで中から大声が聞こえてきた！中に入ってみると、バトルフィールドにはミオジムのジムリーダー・トウガンと、クロガネジムのジムリーダー・ヒョウタの姿が！なんと、この二人は親子だという！さっきの大声は親子揃って化石から復活させたポケモンを使いこなすジムリーダーとあって、どちらの方が化石好きかで言い争っていた声だった。しかも口論だけでは収まりがきかず、ついにはバトルに発展！ヒョウタのラムパルドをトウガンは自慢のトリデプスで迎え撃つ！両者一歩も譲らぬ大激戦！いったいどうなるの！？

いよいよ待ちに待ったジムリーダー・トウガンとのミオジム戦がやってきた！サトシはヒコザル、ブイゼル、グライオンを選んでバトル開始！トウガンの一体目はドーミラー！対するサトシは相性のいいヒコザルで挑む！ほのおわざで一気に攻め立てるヒコザルだが、トウガンの守りを固めてチャンスを待つ戦術を前に、なかなか決定的なダメージを与えられない！それでも攻撃は最大の防御！とサトシは攻撃の手を緩めず、強気に攻め続ける！守りのトウガンか、攻めのサトシか。両者の譲れない信念のぶつかり合いが、六個目のバッジの行方を決める！！

次のコンテストが行われるアケビタウンへ向かおうと、ミオシティの船着場を訪れたサトシたち。昼食をとっていると、突然現れた"でんこうポケモン"ルクシオにポケモンフーズを奪われてしまった！ルクシオを追って地下水路にたどり着いたサトシとピカチュウ。そこで目にしたのは、ルクシオが迷子になった"たまくじらポケモン"ホエルコにポケモンフーズをあげる姿だった！ルクシオはこの地下水路で暮らすポケモンたちのリーダーで、ホエルコを助けてあげたいと考えていたのだ。ルクシオの思いを知ったサトシはホエルコを海に帰す手伝いを申し出る！でも、ルクシオたちと協力して立てた作戦は、とっても大掛かり！本当に上手くいくの！？

ミオシティのポケモンセンターで、アケビタウン行きの船を待つサトシたち。そこに一本の電話が入った。相手はなんとこうてつ島で修行中のジュン！だが、ジュンの様子がいつもと違う。話を聞くと、なんとジュンのエンペルトが突如暴れだしたのだという。「原因を調べてみせる！」と意気込むジュンを手伝うため、サトシたちもこうてつ島へ向かうことに！到着したこうてつ島で目にしたのは、暴れまわる"はがねタイプのポケモン"たちの姿だった。ポケモンがポケモンを襲うという光景に、言葉を失うサトシたち。どうにかして暴走を止めようとするサトシに、はがねタイプのポケモンたちが襲い掛かる！！その時、サトシをかばうようにルカリオと一人のはどう使いが現れた！！

はどう使いのゲンと共にこうてつ島の異変を調査することにしたサトシたちは、はがねタイプのポケモンが暴走する原因が、島全体に発生している低周波であることを知る。そんな中、はどうの力で低周波から身を守っていたゲンのパートナー・ルカリオは、突如天を貫くように発生した強力なエネルギー波を抑えきれず、ついに暴走してしまう！そんなルカリオを追った先でサトシたちが目にしたのは、なんと！巨大な遺跡を調査するギンガ団幹部・マーズの姿だった。そしてエネルギーの発生源である怪しげな装置を見つけたサトシたちはギンガ団に立ち向かう。ギンガ団の狙いとは何なのか？果たしてはがねタイプのポケモンたちを救うことが出来るのか！？

サトシたちは次のポケモンコンテストが開かれるアケビタウン行きの船に乗っていた。船内で遊ぶポッチャマとピカチュウ。だが、サトシたちが少し目を離した隙に、船内に忍び込んでいたロケット団に連れ去られてしまった！「いい感じ～！」と逃げ去るロケット団だったが、突然、海が荒れはじめピカチュウたちに逃げられてしまう！そんなピカチュウたちが流れ着いたのは、とある無人島。サトシたちの元に戻ろうと奮闘するピカチュウたち。すると、なにやら一生懸命に島のポケモンたちが岩を運ぶ姿を見かける！後をついていくと、そこには不思議なマユとそれに反応する沢山の岩が・・・このマユの正体とは一体！？そしてピカチュウたちは無事サトシたちのもとへ戻れるのか？

ポケモンコンテストが行われるアケビタウンに到着したサトシたち。すると、なんだか町はお祭り騒ぎで、あちこちに"かいようポケモン"フィオネのグッズが売られていた！どうやらこの時期、アケビタウンでは野生のフィオネを見ることができるらしい。しかもフィオネを見ることが出来れば、幸運が訪れるというのだ。これからコンテストに挑もうと意気込んでいたヒカリにとってみれば、またとないチャンス！「絶対フィオネを見つけるんだから！」とフィオネウォッチングが出来るという船に乗り込む。すると、遠くに光る影が・・・！果たしてヒカリたちは、フィオネに出会い幸運を手にすることが出来るのか！？

明日開かれるポケモンコンテスト・アケビ大会に向け特訓を終えたヒカリたち。お待ちかねのおやつタイムに、大好きなポフィンを目の前にして大喜びのパチリス！ところが、目の前でポフィンを"ほらあなポケモン"ガバイトに踏み潰されてしまった！怒りに震えるパチリスは、食べ物の恨みからか新たなわざ、"いかりのまえば"を発動！だがそれを制するように一人のコーディネーターが現れた！少女の名前はウララ。ガバイトと共にグランドフェスティバルを目指してアケビ大会にエントリーしたのだという。しかもウララはヒカリに対してなぜか敵意むき出し！その態度に我慢の限界をむかえたヒカリは、アケビ大会での勝負を挑むのだが・・・。

キッサキシティでのジム戦に向け旅を続けるサトシたち。そこにピカチュウを狙ってロケット団が現れた！"１０まんボルト"でなんとか切り抜けたピカチュウだったが、勢い余って空中で体制を崩してしまう！落ちてくるピカチュウに間に合わないと焦るサトシたち。その時！バイクにまたがったジュンサーがピカチュウを空中でダイレクトキャッチ！間一髪のところで助けてくれた。でも、サングラスをかけ、肩に"おんぷポケモン"ペラップをのせたそのジュンサーは、どこか他のジュンサーと雰囲気が違う・・・。そんな中、サトシたちは自らをワイルドジュンサーと名乗るその人物からロケット団逮捕の捜査に協力して欲しいと頼まれるのだが・・・

キッサキシティを目指し、雪道の中、旅を続けるサトシたち。だが、降り続く雪のせいで道に迷ってしまう。そんなサトシたちのもとに手招きする "ゆきぐにポケモン"ユキメノコが現れた。ついていくと、そこには山小屋が！温かいスープに、ポケモンのためのお風呂まで用意してくれたユキメノコ。喜んでお風呂に飛び込んだポッチャマだったが、次の瞬間氷づけに！なんと、山小屋は罠だったのだ！「どうしてこんなことするの！」と問い詰めるヒカリ。すると奥からロケット団のニャースの声が。先に罠にかかったニャースが言うには、ポッチャマを助けるにはユキメノコに協力しなければいけないらしい。果たしてユキメノコの狙いは一体何なのか！？

いつものごとくピカチュウを狙いサトシたちを邪魔するロケット団。だが、またしても失敗。ピカチュウに飛ばされ身も心もヘロヘロのロケット団は美味しそうなラーメン屋を見つけると、空腹を満たそうと飛び込んだ。そこで思わぬ出会いが！その店の店長はムサシとコジロウのロケット団養成所時代の後輩だったのだ！しかもニャースのことをラーメン屋としてスカウトしたいらしい。失敗ばかりのロケット団に嫌気が差していたニャースは、なんとその誘いを受けてしまう！さらにニャースの決意を聞いたムサシまでもがロケット団を辞めると言い出した！一人残されたコジロウ。一体ロケット団はどうなってしまうの！？

旅の途中、ウインドタウンに立ち寄ったサトシたち。その町では、ひこうタイプのポケモンたちがリングを奪い合う『ポケリンガ』という競技の大会の真っ最中だった。『ポケリンガ』に興味津々のサトシたちは、ムクバードで大会にエントリーすることに！巧みにわざを使い分け一回戦を勝ち抜いたサトシとムクバード。二回戦を待つまでの間、他の参加者の試合を見ようと、モニターの前にやってきたサトシたち。そこで目に飛び込んできたのは、なんとシンジとドンカラスの姿だった！両者順当に勝ち進み、遂に決勝で激突！サトシＶＳシンジ。『ポケリンガ』ウインド大会を舞台に繰り広げられる勝負の行方はいかに！？

キッサキシティを目指すサトシたちは、深い森を越えようとしていた。そんな中、水筒の水がなくなったことに気付いたヒカリは、一人で水を汲みに行くことに。その時、目の前にボスゴドラが現れ、ヒカリに襲い掛かってきた！逃げようとしたヒカリは勢いあまって崖から転落！川に流されてしまう。なんとか川辺に上がったヒカリは、サトシたちを探すため森の中を進んでいく。するとそこに、またしてもボスゴドラが現れた！逃げてばかりじゃきりがないと心を決めたヒカリが選んだのは、重量級のボスゴドラに唯一対抗できるマンムー！だけどマンムーはまだ言うことを聞いてくれない。果たしてヒカリとマンムーは、このピンチを乗り切れるのか！？

サトシやヒカリはポケモンたちと一緒にいったいどんな旅をしているのか。シンオウに来てからどんな人やポケモンと出会い、どんなバトルをしたのか。まだダイヤモンド・パールのことよく知らないというひとにもわかりやすくまとめた特別編だ。もちろん毎週見てくれているみんなにも名シーン、名バトルがてんこ盛り。

キッサキジムへ挑むため、雪道の中、旅を続けるサトシたちはハヤシガメの特訓をしていた。その時、今までの晴天が嘘のような吹雪が！慌てて避難しようとするサトシたちだったが、あっという間に氷漬けに！すると、サトシたちを嬉しそうに見つめる一匹のポケモンが。"じゅひょうポケモン"ユキカブリだ！どうやら、人間にいたずらをして気を引こうとしているらしい。ヒコザルの炎で何とか氷を溶かしたサトシたちだったが、その後も続くユキカブリのいたずらに大混乱！だが、悪気のないユキカブリを怒るわけにもいかず、仕方なく一緒に行動することに。サトシたちとユキカブリの珍道中。一体どうなるの！？

タツナミタウンでポケモンコンテストが開かれると知ったヒカリは、コンテストに向けて特訓をしていた。いつものようにモンスターボールから飛び出す、元気なヒカリのポケモンたち。だが、なぜかポッチャマだけ元気がない。どこか悪いのかと心配するみんなをよそに、大丈夫だと強がるポッチャマ。その時、突然ポッチャマの体が光り始めた！進化の兆しに沸き立つ一同だったが、なんとポッチャマは、『がまん』を使い、進化のエネルギーを放出してしまった！進化を嬉しく思ったヒカリにしてみれば、このポッチャマの行動が理解できない。果たして、進化を拒絶するポッチャマの真意とは一体！？

いよいよタツナミ大会本番！グランドフェスティバル出場にリボンあと１個と迫っているヒカリは気合十分だ。幼なじみのライバル、ケンゴも出場するとあって練習に余念がない。そして始まるタツナミ大会は１次審査から大激戦！ヒカリにリボン１個分遅れをとるケンゴは、この大会で絶対に追いついてみせると、高らかにヒカリに宣戦布告！言葉通り最高の演技でゴーリキーの力強さを見せつける。対するヒカリも５個目のリボンは譲れないとばかりに、新たな動きを織り交ぜたエテボースと息の合った演技を見せる！ライバル同士、意地と意地のぶつかりあい。タツナミリボンは誰の手に！？

ジュンがエンペルトと一緒に頂点を目指すと意気込む、ポケモンピンポン大会。初心者ながらサトシたちも参加することに。ポケモンピンポンとは、ポケモンとトレーナーが二人一組になり、玉を打ち合う競技。サトシはピカチュウ、ヒカリはエテボースで大会に挑む。本番までの時間を使いポケモンピンポンの猛特訓。そこでエテボースが二本の尻尾を使い強烈なスマッシュを見せる！その様子を見ていたのは前大会チャンピオンのオウ選手。どうやらエテボースには抜群のセンスがあるらしい。期待が高まる中、ついにポケモンピンポン大会が始まった！バトルにもコンテストにもない興奮がここにある！息詰まる熱戦、優勝の栄冠を手にするのは一体誰だ！？

旅の途中コマコタウンにやってきたサトシたち。そこで出会ったのは、かわいいポケモンしか愛さないという、変わった『マイルール』を持った少女、マリリン！そのルールによると、ヒカリのミミロルはルールをクリアしてるけど、ポッチャマはダメという。わけの分からない『マイルール』に振り回された上に、ポッチャマをけなされ怒り心頭のヒカリは、マリリンから挑まれたバトルを受けることに！だが、マリリンは"さくらんぼポケモン"チェリンボに攻撃の指示を出そうとしない。それどころかダメージに耐えるチェリンボを見て、「けなげでかわゆい！」と言うばかり。そんなマリリンのバトルを見て、それは違う！と声をあげたのは、なんとタケシだった！

ようやくキッサキシティに辿り着いたサトシたち。そこで久々にノゾミと合流することに。その時、サトシたちめがけ『こおりのつぶて』が飛んできた！その先には"じゅひょうポケモン"ユキノオーと、一人のトレーナーの姿が！その正体は、キッサキジム・ジムリーダーのスズナだった！手荒い歓迎を受けたサトシたち。しかしスズナ流の挨拶と分かり、そのまま町を案内してもらうことに。そんなサトシたちが連れてこられたのはトレーナーズスクール。なんとスズナはそこで先生をやっているのだという！ジムリーダーのする授業に興味津々のサトシたち。だが、始まったのはポケモン早押しクイズ！驚くサトシたちだったが、実はこのクイズには秘密があった・・・。

ついに、キッサキジムのジム戦の日がやってきた！こおりタイプのポケモンを揃えるジムリーダー・スズナとのバトルは、シンオウ地方初の４VS４のジム戦！サトシはハヤシガメ、ムクホーク、グライオン、ヒコザルで挑む。気合十分のスズナが一体目に選んだのは、"かぎづめポケモン"のニューラ！対するサトシはハヤシガメを選ぶ。もともと素早いニューラは、氷のフィールドを利用してますます加速！ハヤシガメをスピードで圧倒する展開に。相性に加えてスピードでも不利なハヤシガメ。しかし、一瞬の隙をついてシンジのドダイトスから教わった重量級の戦い方を発揮！両者互角の立ち上がり。サトシはグレイシャバッジをゲットできるのか！？

キッサキシティのポケモンセンターで夜を明かしたサトシたち。そこで、シンジとその兄・レイジに出会う。久々の再会に驚くサトシたちだったが、さらに思わぬ出会いが！なんと、カントー地方のフロンティアブレーンである、ピラミッドキング・ジンダイが現れたのだ！カントーでのバトルの話に花を咲かせるサトシたち。しかしサトシがジンダイに勝ったという話をした途端、シンジの顔色が一気に変わった。その様子はいつもの冷静なシンジからは想像できないほど険しい。そんなシンジが突然、ジンダイにバトルを挑んだ！果たしてシンジの内に秘めたる思いとは一体！？

シンジとジンダイのバトルを観戦したサトシたちのもとに、一台の車が。降りてきたのはキッサキ神殿を守る巫女。なにやら神殿が大変なことになっているのだという！急いで神殿に向かうジンダイとサトシたち。そこで目にしたのは、神殿を襲撃するポケモンハンターJの一団！狙いは、神殿に眠ると言われている伝説のレジギガス。もしJの手に渡ってしまったら大変なことになってしまう！しかし、時すでに遅し、眠りから強引に目覚めさせられたレジギガスは怒りに我を忘れ、暴走を始めてしまった！しかもレジギガスの向かう先にはキッサキシティが！果たしてサトシたちはこの危機を救えるのか！？

エイチ湖畔に向かうため、列車に乗り込んだサトシたち。その車内で一人の男と出会う。彼の名はハンサム。少しおっちょこちょいなハンサムは、名物の駅弁を買いすぎたので、皆に分けて回っているのだという。そんなハンサムと一緒に、駅弁を配りに列車の運転席へと向かったサトシたち。そこでは"ライトポケモン"デンリュウが運転の手伝いをしていた！ポケモンの活躍にサトシたちが感心していたその時！目の前の信号が赤に変わっているのに気付き、列車は急停車！連絡もなく赤に変わったことを不審に思った運転士は、車掌に調査を依頼する。そこに何故か同行するハンサム。だが、ハンサムのこの行動には隠された秘密があった・・・。

水面きらめくエイチ湖畔。シンジとのフルバトルの約束を果たすため、この地に降り立ったサトシたち。ポケモントレーナーとして対照的な二人がついに激突する。二人のフルバトルは、両者の勢いそのままにぶつかり合うかと思われた。だが、シンジはともかくサトシまで、冷静に相手のポケモンを見極め、交代を活用するという意外な展開を見せる。バトルが動いたのはサトシのハヤシガメがシンジのドンカラスと対峙した瞬間だった。以前、ナエトルから進化した時に手も足も出なかったドンカラスを目の前にして、ハヤシガメの闘志に烈火のごとき炎が灯る！シンジとサトシ。相容れない二人のトレーナーがバトルの果てに見出すものとは・・・。

シンジとサトシ。互いの信念がぶつかり合うフルバトル！倒れたポケモンは両者一体ずつで迎えた局面でシンジのブーバーンと対峙するのは、サトシの最高の相棒ピカチュウ。これまでも数々のピンチを、信じる力で乗り越えてきたサトシとピカチュウは、圧倒的なパワーを誇るブーバーンにも果敢に挑む！このサトシのスタイルを否定し続けてきたシンジ。だが、そのシンジの目の前でサトシとポケモンたちとの絆が奇跡を起こす！バトル終盤、シンジのリングマをサトシのヒコザルが倒したときだった。サトシの信頼に応え、底力を発揮したヒコザルに異変が！これはまさか・・・。ライバルバトルついに決着！結末はいかに！

シンジとのフルバトルに敗れたサトシは、傷ついたポケモンたちを癒すためポケモンセンターに立ち寄る。シンジに負けたこと、怪我に苦しむ仲間たちの姿、様々な思いがサトシを苦しめていた。そんなサトシの姿を見たヒカリは、ポッチャマと作戦を練り、サトシを元気付けるため行動を開始する。一方、傷ついたポケモンたちの治療を続けるジョーイを手伝っていたタケシは、ダメージの大きかったモウカザルのために、きのみを探しに行くことに。タケシが辿り着いたのはエイチ湖畔。そこで目にしたのは、なんと湖面上をただよう伝説のポケモン・ユクシーの影だった！

スイレンタウンへ向けて旅を続けるサトシたち。ヒカリはコンテストへ向けてマンムーと練習に励んでいた。だが、わざを魅せることに慣れていないマンムーは失敗ばかり。しまいには、すねて森の中へと入って行ってしまった！急いで追いかけてきたヒカリに説得され、みんなの元に戻ろうとしたその時！草むらの方で何かが動く音が。警戒するマンムーとヒカリ。すると突然、目の前に"ツルじょうポケモン"モジャンボが現れ、『すいとる』で攻撃を仕掛けてきた！パワーを奪われ動けなくなるマンムー。だが、そこにモジャンボが近づいてきて、なぜかパワーを回復するオボンのみを置いていった！ 奪っておいて回復させる。これって一体どういうこと！？

スイレンタウンへと旅を続けるサトシたちは、町の一角で張り紙に目を奪われる。それは、シンオウ地方で大人気の番組『シンオウ・ポケモンハッスル』出場者募集を知らせるものだった！この番組の大ファンであるヒカリはサトシ、タケシと一緒に迷わずエントリー！ところが、実はこの大会、ロケット団が仕掛けたニセの大会だったのだ！運動神経・ポケモンとの連携・苦難を乗り越える力が試される『シンオウ・ポケモンハッスル』は、優秀な団員をスカウトするのにもってこい！と意気込むロケット団。そんな彼らは、ある二人に目を留める！どうにかして仲間にしようとするロケット団だったが、その二人にはある秘密があった・・・。

スイレンタウンへ向かう道中、シンオウ地方を東西に分ける巨大な山、テンガン山に差し掛かったサトシたち。そのふもとでピンクのカラナクシを見かける。しかし、サトシたちのいるテンガン山の東側には青いカラナクシしかいないはず。その事実を知り、ピンクのカラナクシとテンガン山を越えることに。カラナクシはヒカリのポッチャマと仲良しになり、二人は意気揚々と歩き出す。その時！テンガン山の山際にあったたて穴に落っこちてしまった！急いで後を追うサトシたち！するとそこには人工的なトンネルが続いていた。不思議に思いながらも進んでいくと、目の前に光が！だが、トンネルを駆け抜けたサトシたちの前には思わぬ光景が広がっていた！

旅の途中、とあるきのみ園にやってきたサトシたち。珍しい木のきのみに囲まれ、おおはしゃぎのポッチャマ。だが、そこに突然何かがぶつかった！その正体は "みずねずみポケモン"マリルの尻尾。怒ったポッチャマが一言文句を言ってやろうと振り返り、マリルと目が合ったその時！ポッチャマの様子が突然おかしくなった！ふらふらと力なくよろけ、目はハートに。これはまさか恋！？ポッチャマはマリルに猛アタック！少しづつ二匹は仲良くなり始めたのだが、やはり簡単にうまくはいかない。仲良く歩く二匹の間を裂くように、一閃の電撃が！現れたのは不敵に笑うエレキッドだった。突如始まる三角関係！ポッチャマの恋の行方はいかに！？

ヒカリのママ・アヤコがフタバ祭りの役員に選ばれた！？それを聞きヒカリの故郷、フタバタウンにやってきたサトシたち。そこではお祭りの準備が着々と進められていて、アヤコも大忙し！ようやくひと段落し、ヒカリの家で夕飯をご馳走になるサトシたち。部屋には、アヤコのコーディネーター時代のトロフィーがずらりと並ぶ。それを改めて見たヒカリの胸の内に、ある感情が芽生える。それは、成長した自分の力をママに見せたい！という思いだった！グランドフェスティバルを前に、超えなければいけない大きな壁。ニャルマー・ブラッキーを華麗に魅せる母・アヤコを相手に、ヒカリが魅せるパフォーマンスはどこまで通用するのか！？

大盛況のフタバ祭りで、アヤコの手伝いに励むサトシたち。今日の目玉はオーキド博士のポケモン講座！だが、博士は約束の時間になってもなかなか姿を現さない。心配したサトシたちは近くの沼地まで迎えに行くことに。そこで目にしたのは、何者かに連れ去られる博士の姿！あれはニョロトノ！？一方その頃、フタバ祭りでバイトに勤しむロケット団は、オーキド博士になりすまし、グッズを売って大儲けしようと企んでいた。博士そっくりに変装したコジロウが、さあ商売開始！と意気込んでいたのだが、あまりに似ていたせいか本物のオーキド博士と勘違いされてしまい、なんと舞台の上にあげられてしまう！ハプニング連続の講演会！一体どうなるの！？

フタバ祭りをお手伝い中のサトシたち。町に並ぶ出店を眺めて歩いていると、そこにジュンが登場！ヒカリと同じくフタバタウン出身のジュンもお祭りのために帰ってきていたのだ。久々の再会ということもあって、サトシとジュンはバトルすることに！エンペルトとピカチュウが激しいバトルを繰り広げていると、突然ジュンが空を飛ぶ何かを発見！それは"せいれいポケモン"ネイティオ！見つけるやいなや、すごい勢いでネイティオを追いかけるジュン！なにやら、そのネイティオには秘密があるらしい。辿り着いた先にあったのは、なんとサーカスのテント！？そこには今までに見たこともないような、ポケモンたちの驚くべき姿が・・・！

フタバ祭りのメインイベントは、大バトル大会！しかも、優勝者はシンオウ地方最強のフロンティアブレーンである、クロツグと戦うことが出来るという！それを聞いて、サトシはもちろん、ジュン、ヒカリ、さらにはタケシもエントリー！激しいバトルが繰り広げられたこの大会を制したのは、勝負強さを発揮したサトシ！サトシは勢いそのままに、最強の男、クロツグに挑む！そのクロツグが選んだポケモンは"ドリルポケモン"のドサイドン！大地を力強く踏み締めるその姿は迫力十分！そのドサイドンを相手にサトシが選んだのは、同じくパワーで攻めるハヤシガメ！激戦必至！この戦いは絶対見逃せない！！

次のコンテストが開かれるスイレンタウンを目指すサトシたち。その途中、巨大な塔を見つけ、思いもかけず中に入ることに！しかしその塔、実はロケット団の秘密基地！サトシたちは檻の中に閉じ込められてしまう。作戦成功で大盛り上がりのロケット団！すると、隣の食糧庫からなにやら物音が。のぞいてみるとそこには、大事な食料を盗み食いしている"はりたまポケモン"トゲピーの姿が！幸せを運ぶポケモン・・・のはずが、このトゲピー、とんでもないいたずら好き！あの手この手を使って、ロケット団だけでなく、サトシたちさえも次々罠にかける始末！そしてしまいにはとんでもないことが！最悪のトゲピーの最悪ないたずらとは一体！？

コンテストに向けて特訓中のヒカリ。そして、共に旅をすることになったコトネとカズナリは夢中で観戦中。だが、夢中になりすぎたのか、コトネのマリルがいつの間にかいなくなっていた！辺りを見回してみると、草原の向こうに大きな発電所を発見！人の気配のしない建物の中に恐る恐る入ってみると、いきなり見回りをしているコイルたちが電撃でお出迎え！コイルの追撃をなんとかふりきって飛び込んだ部屋は、館内を監視するモニタールーム！そしてそのモニターの一つにマリルの姿が！どうやらマリルは発電所の倉庫に迷い込んだようだ。だが、サトシたちがこの倉庫に足を踏み入れた瞬間。とんでもないハプニングが襲いかかる！一体どうなるの！？

コトネ、カズナリと共に旅を続けるサトシたちは、立ち寄ったポケモンセンターで、とっても暴れん坊の"りくザメポケモン"フカマルの噂を聞く。暴れん坊ということは、それだけ強いんじゃないか！と奮い立つサトシはゲットするため行動開始！だが、その横で同じくフカマルゲットに闘志を燃やす男が！なんと普段はおとなしいカズナリだ！譲らぬ両者は競争することに！勢いで探すサトシに対して、冷静に頭を使うカズナリは、陸を泳ぐように進むフカマルの特徴を利用して陸釣り作戦に打って出る！そしてこの作戦が大成功で、釣り上げたフカマルとバトルスタート！ところがこのフカマル、想像以上の暴れん坊！ゲット対決、どっちがゲットするの！？

ポケモンコンテスト・スイレン大会いよいよ開幕！サトシとクロツグのバトルからヒントを得たヒカリは、秘策をもっていざ会場へ！今回のライバルは、ロケット団のムサシ扮するムサリーナ！しかしいつもと様子が違う・・・。実はこのムサリーナ、風邪をひいてダウンしたムサシの代わりに、コジロウが変装したコジリーナだったのだ！心の準備も整わないコジロウだが、いやおうなくコンテストはスタート！ヒカリはポッチャマを華麗に魅せ１次審査を突破！一方コジリーナもニャースのあっと驚く演技で、まさかの１次突破！そして両者がついに激突！ヒカリが選んだのは、デビュー戦となるマンムー！果たしてヒカリは最後のリボンをゲットできるのか！？

コトネ、カズナリとお別れの日。サトシたちがやってきたのは、かつて歴代のチャンピオンも戦ったといわれるスイレンコロシアム。最後にシンオウＶＳジョウトのタッグバトルをしようというのだ！サトシ・ヒカリはモウカザルとヒノアラシ、対するコトネ・カズナリはチコリータとワニノコを選んでバトル開始！序盤はコトネ・カズナリが、相性のいいワニノコの攻撃と、ほのおタイプが苦手なチコリータの絶妙なサポートでペースを握る！しかし、サトシ・ヒカリもバトル経験豊富なモウカザルが、ヒカリのヒノアラシのピンチを救うなど抜群のコンビネーションで盛り返し、バトルは互角！果たして勝負の行方は！？

８個目のバッジゲットのため、ナギサシティへと向かうサトシたちは森の中で道に迷っていた。すると突然、すさまじい地響きとともに"はんこつポケモン"ギラティナが現れ、サトシたちに襲いかかってきた！なんとか逃げ切り胸をなでおろしたのもつかの間、今度は前から猛烈な勢いの鉄砲水が！流れにのみ込まれ、もがき苦しむサトシたち！だが、このハプニング、実は"くらやみポケモン"ヤミカラスが見せていた幻だったのだ！それを教えてくれたのは"よなきポケモン "ムウマを連れた女性。しかもどうやら幻を見せていたヤミカラスとは深い関係があるらしい・・・。これって一体どういうこと！？

ナギサシティへ向け、旅を続けるサトシたち。そして、その横をいつものように並んで歩くピカチュウとポッチャマ。すると突然、ピカチュウ・ポッチャマに異変が！互いに目はハートになり、抱き合ったまま離れなくなってしまったのだ！サトシとヒカリがいくら頑張っても離れない二匹。この異常事態を解決すべく、一行はポケモンセンターへ。だが、ポケモンセンター内で目にしたのは、同じく目がハート状態になったポケモンと、困り果てたトレーナーたちの姿！原因不明の状況に、ジョーイさんもお手上げ。しかし、このポケモンたちの様子を見ていたタケシが、ある共通点に気付く！不可解なこの状況、一体どうしてこうなっちゃったの！？

旅を続けるサトシたちは、とある草原で傷ついたポケモンを見つける。近づいてみるとそれはロケット団のニャース！傷の手当てをしつつ話を聞いてみると、町はずれの巨大な建物『タタラ製鉄所』と呼ばれる場所で、ギンガ団にやられたのだという！しかもそこではムサシ、コジロウと一緒に国際警察のハンサムも捕らわれているらしい！この一大事に、サトシたちはニャースと共にタタラ製鉄所に乗り込むことを決意する！トバリシティの隕石強奪、ズイの遺跡調査、カンナギタウン襲撃、そして、シンオウ時空伝説のカギを握るテンガン山。全ての点が、線となり、ついにギンガ団がクライマックスに向け動き出す！果たしてサトシたちはその大いなる野望を打ち砕くことが出来るのか！？

野望の実現に向け、着々と準備を進めるギンガ団の次なるターゲットは、シンオウ各地の湖にすむ伝説の３体。そしてその作戦の指揮をとるのは、なんとポケモンハンターＪ！トバリシティの隕石から作られた『ギンガ爆弾』で早々と湖に穴をあけたＪは、湖の３体を捕獲しようと試みる！自らの身の危機を察知した湖の３体。助けを求める悲痛な思いは届かないのか・・・。だが、遠く離れたサトシたちは、確かにその思いを感じ取っていた！ギンガ団、そしてポケモンハンターＪの作戦を阻止すべく、飛び出したサトシたち！するとそこに、シンオウ最強のチャンピオン、シロナの姿が！シンオウ地方の命運を賭けた決戦の時、迫る！

ギンガ団の野望、それは、湖の３体が持つ特別な力を使って『神と呼ばれしポケモン』ディアルガとパルキアの２体を呼びだし、その強大なエネルギーの融合で新世界を創造するというもの。もしこの野望が実現すると、シンオウ地方は消えて無くなってしまう。この危機を救えるのはアグノム・ユクシ―・エムリットの３体と、シンクロすることが出来るサトシたちだけ。必死に３体を守り抜こうとするサトシたち。だが、アカギは自らの手に『神の力』を宿していたのだ！そしてその力が発動した時・・・。アカギの理想、そしてサトシたちの願いがついにぶつかりあう！時空伝説をめぐる最後の戦い。結末はいかに！？

８個目のバッジをゲットするため、ナギサシティに向かうサトシたちは、ジム戦に向けて特訓中！そんな中、『あなをほる』から連続でわざを繰り出そうと、勢いよく地面に飛び込んだモウカザルが、なんと地中に埋まっていた宝箱を発見！驚く一同の様子を木陰から覗いていたのは、お宝大好きロケット団！さっそく奪おうとしたのだが、コジロウの様子がいつもと違う。どうやらその宝箱は、幼いころコジロウが埋めたものらしい！しかも、その中身は絶対に人には見せられないものだという！これはなんとしてもサトシたちから奪い返さなければ！この宝箱に隠された秘密とは！？そして、最後に待ち受ける驚きの真実とは！？

旅の途中、切り立った崖が連なる地帯にさしかかったサトシたち。そこでは"はさみポケモン"ハッサムと"ふうりんポケモン"チリーンが激しい空中戦を繰り広げていた！その様子を眺めていると、そこにハッサムのトレーナー、ミツゾーとその孫マヨが現れた。話を聞いてみると、ミツゾーは『エアバトルマスター』と呼ばれる空中戦の達人で、ひこうタイプのポケモンを育てる名人らしい。さっそくサトシはグライオンと共にバトルを申し出る！だが、いざバトルをしてみると、グライオンはこの地形特有の風に対応できずミスを連発。これにはミツゾーも、見込みがないと厳しい言葉をかける。悔しさで涙を流すグライオン。特訓を積み、再びミツゾーに挑むのだが・・・。

旅を続けるサトシたちがやってきたのは、とあるコンテスト会場。そこではヒカリの最高のライバル・ノゾミが５個目のバッジを賭けたバトルを繰り広げていた。ヒカリはもちろん、キッサキシティから駆けつけて来ていたスズナの応援の甲斐もあってノゾミは見事に勝利！一足先にグランドフェスティバルへの出場権を獲得した！さらに実力を上げたライバルの姿を見て決意を新たにしたヒカリは、次の目標をアサツキ大会に決める！だが、この大会はヒカリが苦手とするダブルパフォーマンス。今の実力に不安を感じたヒカリは、早速新たなコンビネーションを生み出すために特訓開始！そしてこの特訓が思わぬ事態を呼び起こす！！

アサツキタウンに向け旅を続けるサトシたちは、花火のような鮮やかな光が空に広がるのを目撃する！急いで打ちあがった場所に向かうと、そこには"ハミングポケモン"チルタリスと、一人のおばあさんが。話を聞くと、そのおばあさんは、ドラゴンタイプのポケモンに「りゅうせいぐん」を教えているのだという。するとそこに、一匹の野生のポケモンが・・・。それはフカマル！どうやら、「りゅうせいぐん」を覚えたいらしい。タツばあさんから教え方を聞いたサトシが早速フカマルと特訓開始！だが、何度やってもうまくいかない。だが、このフカマル、実はすごい力を秘めていた！！

ドラゴンタイプにわざを教える、タツばあさんのもとを後にしたサトシたちは、森を抜け、とある町に辿り着いた。その町の入り口でサトシがある違和感に気付く。誰かがサトシの足をつついている！？よーく見てみるとそこにいたのは、タツばあさんのところにいたフカマル！どうやらサトシを気にいってついてきたらしい。そんなフカマルを見たサトシは、一緒に来るか！？と誘い、モンスターボールを投げる！新たな仲間ゲットだぜ・・・と思ったのもつかの間、フカマルはモンスターボールから飛び出してしまった！不思議に思うサトシたち。そこに登場したのは、フカマルゲットに闘志を燃やすジュン！このフカマル、ゲットするのはジュン？サトシ？