暂时停留在水脉市的小智一行人，和久违的大木博士联络时，听说了只在「森之洋馆」饭店才吃得到的「森之羊羹」的事，立刻决定要去吃羊羹。但是，不巧碰上旅馆停业，而且还听说旅馆有妖怪出没！就在大家准备放弃的时候，应该没人的旅馆大门自动打开了！小智等人大吃一惊，唯独皮卡丘发现到什麼，跑进旅馆里去了！慌忙追过去的小智他们，不得已地在寂静的旅馆中前进，面前的地板上却出现不该在这的微波炉。和不可思议地观看的小智等人不同，只有皮卡丘感到兴味盎然。这时，微波炉突然袭击过来了！

小智他们在等待道馆训练家归来的同时努力特训。小光也为了让小山猪进化而成的"野猪宝可梦"长毛猪在下次华丽大赛出道而展开特训，但是长毛猪却不听小光的话！它甚至还被食物的味道吸引，随便跑到别地方去。这让小光对往後能否与它好好相处感到不安。这时候，小智一行人看到了写著「宝可梦交友训练营」的海报！上面竟然说，只要和宝可梦一起参与课程，就能够和它们感情变好！这样就万无一失！小光这麼想著，马上就前往训练营，但是…

得知道馆训练家已经回来，小智一行人立刻前往水脉道馆。在大家抵达道馆前的时候，听见里面传来很大的争吵声！进去一看，在对战场地里的人竟然是水脉道馆的馆主‧东瓜，以及钢铁道馆的馆主‧瓢太！原来，这两个人是父子！刚才的争吵声是都擅用由化石复活的宝可梦、还同为道馆馆主的这对父子，在争论谁比较喜欢化石的声音。而且光是争吵还不够，事态最後发展到对战！东瓜以自豪的护城龙迎击瓢太的战槌龙！双方都毫不相让的大激战！到底会怎麼样呢！？

期盼多时、与道馆训练家东瓜的水脉道馆战终於要开始了！小智选择小火焰猴、泳气鼬与天蝎王展开对战！东瓜派出的第一只是铜镜怪！而小智则以适性良好的小火焰猴挑战！小火焰猴使出炎系绝招一口气抢功，但是对上东瓜固守防御等待机会的战术，一直没法造成决定性的伤害！然而攻击还是最大的防御！小智坚持不减缓攻势，强势地继续攻击！是防守的东瓜，还是进攻的小智会赢呢。两人互不相让的信念彼此冲突，决定了第六个徽章的去向！！

为了前往举办下一场华丽大赛的木通镇，小智一行人来到水脉市的码头。正要吃午餐的时候，宝可梦食物被突然出现的"电光宝可梦"勒克猫抢走了！小智与皮卡丘追著勒克猫进入了下水道。他们在那看到，勒克猫把宝可梦食物送给迷路的"球鲸宝可梦"吼吼鲸！勒克猫是住在下水道里的宝可梦们的领导者，它想要帮助吼吼鲸。小智知道勒克猫的心意後，主动表示要帮’忙让吼吼鲸回到海里！可是，与勒克猫它们合作进行的计划，规模非常大！真的能顺利做到吗！？

小智一行人在水脉市的宝可梦中心，等待前往木通镇的船。这时他们接到一通电话。竟然是在钢铁岛修行的阿驯打来的！不过，阿驯看来跟平常不太一样。一问之下才知道，原来阿驯的帝王拿波突然间开始胡乱攻击。阿驯一心想著「要查出原因！」，为了帮忙他，小智一行人也决定前往钢铁岛！抵达钢铁岛後，他们看到了四处大闹的"钢系宝可梦"们。宝可梦袭击宝可梦的景象，让小智他们哑口无言。面对试图阻止暴走的小智，钢系宝可梦们发动了攻击！！此时，路卡利欧与一位波导使者现身保护了小智！！

与波导使者亚玄一起调查钢铁岛异变的小智一行人，得知造成钢系宝可梦暴走的原因，是覆盖了整座岛的低周波。同时，亚玄那以波导之力防御低周波的伙伴‧路卡利欧，因为无法阻挡突然发生、直冲天际的强大能源波，还是失控暴走了！追著路卡利欧而去的小智一行人，看到的竟然是在调查巨大遗迹的银河队干部‧夥星。接著，发现是可疑装置产生出能源的小智他们，现身对抗银河队。银河队的目的是什麼？究竟他们能不能拯救钢系宝可梦呢！？

小智一行人搭上船，前往下一场宝可梦华丽大赛的举办地木通镇。波加曼与皮卡丘在船内游玩，不过，它们在小智等人稍不注意的空档，被潜入船内的火箭队带走了！火箭队喊著「好棒的感觉啊～！」准备逃跑，但是海象突然恶化，让皮卡丘它们趁机逃脱了！皮卡丘它们漂流到了一座无人岛。为了回到小智等人身边，它们努力的奋斗，这时却看到岛上的宝可梦们在拼命搬运石头的样子！跟去一看，目的地有不可思议的茧和对它有反应的大量岩石…这个茧到底是什麼！？而皮卡丘它们能平安回到小智等人身边吗？

小智他们抵达了要举行宝可梦华丽大赛的木通镇。不过，整个城镇都处於热闹的祭典状态，到处都在贩卖"海洋宝可梦"霏欧纳的商品！原来这个时期，似乎可以在木通镇看到霏欧纳。而且据说能看到霏欧纳的话，幸运就会降临。对鼓足干劲、马上要挑战华丽大赛的小光来说，这是独一无二的机会！她想著「绝对要看到霏欧纳」，搭上了可以赏霏欧纳的船。接著，远方出现发光的身影…。小光他们到底能不能，遇见霏欧纳得到幸运呢！？

小光他们结束为了明天举行的宝可梦大赛‧木通大会所做的特训。在期待已久的点心时间，看到最喜欢的面宝让帕奇利兹非常开心！然而，面宝却在眼前被"洞穴宝可梦"尖牙陆鲨踩烂了！气到发抖的帕奇利兹，似乎因为食物的怨恨而发动了新绝招"愤怒之牙"！但是像要制止它一样，一名协调训练家出现了！这位少女名字叫乌拉拉，她的目标是与尖牙陆鲨一起参加华丽大型庆典，所以才来参加木通大会。而且乌拉拉不知为何对小光显示出敌意！那种态度让小光忍无可忍，决定在木通大会和她一决胜负，可是…

小智一行人为了到切锋市进行道馆战而持续旅行。途中，想要抢皮卡丘的火箭队出现了！虽然皮卡丘使出"十万伏特"惊险渡过危机，却因为冲过头在空中失去平衡！就在小智他们因为来不及接住皮卡丘而焦急的时候，骑著机车的君莎跳上半空中直接接住皮卡丘！在千钧一发之际救了它。可是，戴著墨镜、肩上停著"音符宝可梦"聒噪鸟的这位君莎，气质好像跟其他君莎不太一样…。然後，这个自称狂野君莎的人物，拜托小智一行人帮忙进行逮捕火箭队的搜查，可是…

小智一行人，朝著切锋市前进，在雪地中继续他们的旅程。但是，下个不停的雪让他们迷路了。这时，在小智等人面前，出现了一只向他们招手的"雪国宝可梦"雪妖女。跟过去一看，竟然有一栋小木屋！雪妖女准备了温暖的热汤、还有宝可梦用的浴缸。波加曼高兴的跳了进去，但是下一瞬间就被冻住了！原来小木屋是个陷阱！小光质问它为什麼要这麼做，结果从更里面传来火箭队喵喵的声音。照先落入陷阱的喵喵的说法，要救波加曼就得先帮雪妖女。到底雪妖女的目的是什麼！？

旅行途中，小智一行人经过强风镇。在那个镇上，正在进行由飞行系宝可梦争夺圆环的「神奇圆环」竞技大会。对「神奇圆环」兴致勃勃的小智他们，决定要派姆克鸟登记参加大会！小智与姆克鸟巧妙的使用绝招通过第一轮比赛。在等待第二轮的空档，小智一行人等在萤幕前要观看其他参赛者的比赛。此时映入眼帘的，竟然是真司与乌鸦头头！两队都顺利的晋级，终於在决赛碰上！小智VS真司。以「神奇圆环」强风镇大会为舞台展开的比赛，最後将是谁胜谁负！？

朝著切锋市前进的小智一行人，正穿越广大的森林。半路上发现水壶已经没水可喝的小光，一个人去装水。此时，波士可多拉突然出现出现在小光眼前，并且发动攻击！慌张逃命的小光在混乱中摔落山崖，被河水冲走了！努力游上岸的小光，为了找小智他们而进入森林。结果，波士可多拉又出现了！认为逃跑无法解决问题的小光决心应战，她选择的是唯一能与重量级的波士可多拉对抗的象牙猪！但是象牙猪又不听话了。小光与象牙猪，到底能不能渡过这次危机呢！？

小智与小光讲述前面集数所发生过的事情。(总集篇 第2集)

为了挑战切锋道馆，在雪地中持续旅行的小智一行人为树林龟进行特训。这时候，就像先前的晴天是假象一样，吹起了暴风雪！大家慌张走避，却瞬间就被冰住！接著，出现一只喜孜孜地看著小智他们的宝可梦。它是"树冰宝可梦"雪笠怪！看样子，它是为了引起人类注意才恶作剧。小智等人靠小火焰猴的火焰融冰脱困，却又因为雪笠怪恶作剧而引发大混乱！不过，大家很难对没有恶意的雪笠怪生气，只有无奈地让它同行。小智一行人与雪笠怪的旅程，到底会怎麼样！？

得知立浪镇要办宝可梦华丽大赛的小光，正在为华丽大赛做特训。小光的宝可梦们就像平常一样，活力十足的跑出精灵球。但是，只有波加曼莫名的没精神。大家都担心它是不是哪里不舒服，波加曼却还是逞强表示没事。这时候，波加曼的身体突然开始发光！大家都为这进化的徵兆感到兴奋，波加曼却不知为何使用「忍忍」放出进化的能量！很高兴看到波加曼进化的小光，无法理解它的行动。究竟拒绝进化的波加曼，真正的想法是什麼！？

立浪大会终於要开始了！只差一个缎带勋章就能参加华丽大型庆典的小光充满斗志。加上青梅竹马的劲敌健悟也要出场，让她忙著练习。而立浪大会从第一次审查就展开激战！比小光少一个缎带勋章的健悟说绝对要在这场大会追上来，高分贝向小光做出宣战布告！而他也如宣言般以最佳表演展现出豪力的力量。相对的，小光也坚持绝不让出第五个缎带勋章，与融入新动作演出的双尾怪手做出默契十足的表演！劲敌之间互不相让的对抗。立浪缎带勋章会落入谁手中！？

阿驯充满斗志的要与帝王拿波一起称霸宝可梦乒乓大会。虽然还是新手，不过小智他们也报名了。宝可梦乒乓，是由宝可梦与训练家两人一组打球的竞赛。小智选择皮卡丘，小光则与双尾怪手搭档挑战大会。他们利用开赛前的空档进行加强特训，而双尾怪手在练习中利用两条尾巴使出了强力杀球！看到这一幕的大会上届冠军O选手，似乎认为双尾怪手有著过人的天分。在万分期待下，宝可梦兵乓大会终於开始了！不同於对战和华丽大赛的兴奋就在这里！令人屏息的激战，优胜的桂冠究竟会落入谁手中！？

在旅途中经过防空镇的小智一行人，遇见了只喜欢可爱的宝可梦、有著怪异「个人规则」的少女马丽玲。根据她的规则，小光的卷卷耳是合格的，波加曼却算不可爱。被莫名其妙的「个人规则」耍得团团转，再加上波加曼被轻视，让小光怒上心头，接受了马丽玲提出的对战！可是，马丽玲不但不对"樱桃宝可梦"樱花宝发出攻击指示，还在看到樱花宝忍耐伤势的时候大喊「让人心疼的可爱！」。看到马丽玲的对战方式，高喊「这是不对的！」大声抗议的人，竟然是小刚！

小智一行人终於抵达切锋市，并且与好久不见的小望会合。这时候，突然有「冰粒」朝著小智他们飞来！而发出攻击的是"树冰宝可梦"暴雪王，还有一名训练家！这人的身分，竟然是切锋道馆的道馆训练家‧小菘！受到粗暴欢迎的小智等人，在知道这是小菘风格的招呼之後，毫不在意的请她带路参观市内。小菘带著大家来到了训练家培育学园，原来她是这里的老师！小智他们对道馆训练家开的课很感兴趣，但是上课时竟然开始进行宝可梦抢答式机智问答！不过这种令人惊讶的课程，其实有它的秘密存在……

终於到了切锋道馆道馆战的日子！与专攻冰系宝可梦的道馆训练家‧小菘的对战，是在神奥地方的第一次4VS4道馆赛！小智以树林龟、姆克鹰、天蝎王及小火焰猴挑战。气势十足的小菘派出的第一只是"尖爪宝可梦"狃拉！而小智则选了树林龟。原本就很敏捷的狃拉，利用冰对战场地更加快速度，以速度压制树林龟！无论适性或速度都对树林龟不利，可是它逮到瞬间的机会，发挥出真司的土台龟教它的重量级战斗方式！双方战况势均力敌。小智能够得到冰河徽章吗！？

在切锋市的宝可梦中心住宿的小智他们，遇到了真司的哥哥‧雷司。小智等人正为这久违重逢感到惊讶，没想到又有更意外的人出现！关都的开拓之脑、金字塔法老神代竟然出现在当地！小智他们很高兴的谈起在关都的对战，可是真司一听说小智曾经打赢神代，马上就变了脸色，让人根本无法联想到平常冷静的真司。接著真司突然要求神代进行对战！真司心里究竟藏著什麼样的想法！？

一辆汽车开到刚看过真司与神代对战的小智一行人身边，从车上下来的是守护切锋神殿的巫女。照她的说法，神殿发生了大事！神代与小智他们赶往神殿，而在那看到的，是正袭击神殿的宝可梦猎人J与手下！他们的目标是传说中在神殿沉眠的雷吉奇卡斯。如果它落入J的手中就糟了！可是，他们慢了一步，被强制唤醒的雷吉奇卡斯气到发狂，开始暴走了！而且雷吉奇卡斯前进的方向是切锋市！到底小智他们能不能解除这场危机呢！？

为了前往睿智湖，小智一行人搭上了列车，并且在车上认识了一名叫做帅哥的男子。有点糊涂的帅哥买了太多特产车站便当，於是在车上把便当分送给乘客。小智他们就跟著送便当的帅哥一起到了驾驶室。那里有"灯宝可梦"电龙在帮忙驾驶！就在大家因为宝可梦的活跃而感动的时候，发现前方的讯号灯变成红色，於是列车紧急停车！驾驶认为没有通知就变色的讯号很可疑，於是请车掌去调查。这时，帅哥也要求同行。但是，帅哥的行动当中隐藏了某个秘密…

小智一行人为了实现与真司全面对战的约定，来到湖面波光粼粼的睿智湖畔。两位风格完全相反的宝可梦训练家，终於要展开激战。两人的全面对战，应该会是双方气势十足的冲突。但是，不只是真司，连小智都冷静观察对手的宝可梦，活用替换机制，带出意外的发展。对战在小智的树林龟与真司的乌鸦头头对峙的瞬间，出现了变化。看到以前刚从草苗龟进化时无力招架的对手，树林龟的斗志如烈火般狂燃！真司与小智，无法相容的两位训练家在对战最後发现的是…

真司与小智展开了一场彼此信念之争的对战！在双方各有一只宝可梦被击倒的局面下，与真司的鸭嘴焰龙对峙的是──小智最好的搭档皮卡丘。以信任的力量渡过以往无数危机的小智与皮卡丘，勇敢地挑战鸭嘴焰龙！真司一直否定小智的对战风格，但是小智与宝可梦们的羁绊在他眼前引发奇迹！对战尾声，真司的圈圈熊就要打倒小智的小火焰猴时，回应小智的信赖，发挥潜力的小火焰猴出现异变！这该不会是…。劲敌对战终於分出胜负！结果将会如何！

在全面对战中输给真司的小智，为了让受伤的宝可梦们治疗休养而前往宝可梦中心。输给真司的事实、同伴们痛苦的模样，杂乱的思绪折磨著小智。看到这种状况的小光，与波加曼一起计画，展开帮小智打气的行动。另一方面，乔伊小姐持续治疗宝可梦，在一旁帮忙的小刚为了伤势严重的猛火猴去寻找树果。小刚走到了睿智湖畔。他在那里看到的，竟然是漂浮在湖面上的、传说中宝可梦‧由克希的影子！

小智一行人朝睡莲镇继续旅行。小光为了准备华丽大赛，与象牙猪努力练习。但是，并不习惯表演绝招的象牙猪失败连连，最後还闹彆扭跑到森林里去了！它被急忙追上的小光说服，正要回去找大家的时候，草丛里出现有东西再动的声音！象牙猪与小光警戒起来，接著眼前突然出现"藤蔓宝可梦"巨蔓藤，还以「吸收」攻击过来！象牙猪因为力量被夺走而动弹不得，但是巨蔓藤却不知为何靠了过来，留下了香柚！夺走力量又帮忙回复。这到底是怎麼回事！？

朝睡莲镇持续旅行的小智一行人，被街上的海报吸引。那是在神奥地方大受欢迎的节目「神奥‧宝可梦大胜利」的参加者募集广告！身为节目忠实粉丝的小光，毫不犹豫的与小智还有小刚一起登记报名。但是，这个大会其实是火箭队办的冒牌活动！测试运动神经和宝可梦的默契以及超越苦难能力的「神奥‧宝可梦大胜利」，是火箭队鼓足了劲要招募优秀团员的手段！而他们注意到两个人！虽然火箭队想让那两人加入，但他们却有著某个秘密…

在前往睡莲镇途中，小智一行人经过将神奥地方分为东西两边的高山‧天冠山，在山麓看到粉红色无壳海牛。可是，他们正在应该只有蓝色无壳海牛的天冠山东侧。知道这件事後，一行人决定带粉红色无壳海牛越过天冠山。无壳海牛与小光的波加曼成了朋友，意气洋洋的出发。这时候，它们掉进天冠山山边的洞穴！小智等人急著追去，却在洞里发现人工开凿的隧道。一边觉得不可思议一边前进的他们，看到了光线！但是，走出隧道的小智一行人眼前出现意想不到的景象！

旅途中，小智一行人经过某个树果园。被一堆珍奇树果包围的波加曼兴奋不已，但是它突然撞到东西！原来是"水鼠宝可梦"玛力露的尾巴。气愤的波加曼想回头数落对方，却在和玛力露视线相对时，样子突然变得很怪！全身无力的摇来晃去，眼睛满是爱心。难道是恋爱吗！？它对玛力露展开猛烈攻势！它们开始慢慢亲近，不过事情果然没那麼顺利。出现了像要破坏和乐同行的两者感情一般的电击！笑得嚣张的电击怪现身。突来的三角关系！波加曼的恋情将如何发展！？

小光的妈妈‧彩子被选为双叶祭典的委员！？听说这件事的小智一行人来到小光的故乡双叶镇。当地正进行祭典的准备，彩子也忙得不可开交！准备告一段落後，小智一行人在小光家接受款待吃晚饭。屋里陈列著彩子在协调训练家时期赢得的诸多奖章。再度看到这些东西的小光，心中产生某种感情。那就是，想让妈妈看看自己成长後的力量！华丽大型庆典之前，必须超越的高墙。对手是以魅力喵、月精灵进行华丽演出的母亲‧彩子，小光的魅力表演能发挥到什麼地步呢！？

在热闹滚滚的双叶祭典中，小智一行人努力的帮忙彩子。今天的重头戏是大木博士的宝可梦讲座！但是到了约好的时间博士还没出现。担心他的小智等人到附近的沼泽区一带去接他。结果却在那看见博士被带走！那是牛蛙君！？同一时间，在双叶祭典拼命打工的火箭队，打算假扮成大木博士贩售商品大赚一笔。小次郎打扮得和博士一模一样，开始营业！正准备全力做生意时，竟然因为装得太像被当成本尊拉上演讲台了！意外不断的演讲！到底会怎麼样呢！？

帮忙双叶祭典活动的小智一行人，正在镇上四处逛摊位的时候，阿驯出现了！与小光一样住在双叶镇的阿驯，也是为了双叶祭典回来。久违重逢，小智与阿驯决定进行对战！在帝王拿波与皮卡丘展开激战的时候，阿驯突然发现在天上飞行的东西！那是"精灵宝可梦"天然鸟！一发现它，阿驯就以惊人气势追去！据说是那只天然鸟有秘密的样子。他们跟去的地方，竟然是个马戏团！？大家在那里看到的是，前所未见的宝可梦们惊人的模样…！

双叶祭典的压轴活动—对战大会！而且，优胜者可以和神奥地方最强的开拓之脑──桄榔战斗！听到这个消息，小智当然不会放过，阿驯、小光，甚至连小刚都登记参赛了！在这场激战不断的大会中称霸的是，发挥善於实战长处的小智！他延续这股气势，挑战最强的男人‧桄榔！而对手选的宝可梦是"?锥宝可梦"超铁暴龙！那强猛踩踏大地的姿态充满魄力！面对这个对手，小智选的是同样以力量为主的树林龟！激战将至！这场战斗绝对不能错过！！

小智一行人以举办下一场华丽大赛的睡莲镇为目的地。途中，他们发现一座巨大的塔，意外地进去了！可是那座塔，其实是火箭队的秘密基地！小智等人被关在牢笼当中，让火箭队为了作战成功大为得意！这时，隔壁的粮食仓库传来声音。过去一看，竟然发现"针球宝可梦"波克笔的身影！送来幸福的宝可梦…本该如此的波克比，却超爱恶作剧！它花招百出，不只是火箭队，连小智等人都一再落入圈套。而且最後还引发大危机！最邪恶的波克比的最糟恶作剧到底为何！？

前往睡莲镇的小智一行人在旅途中经过的城镇，发现一只夹在建筑物缝隙中的玛力露！大家急忙救出它之後，它的训练家正好找来。这名戴著令人印象深刻白帽子的少女，叫做琴音。她是为了在这个城镇举办的特展，与名叫一成的少年一起从城都地方来的。琴音的伙伴是"叶宝可梦"菊草叶，一成的则是"大颚宝可梦"小锯鳄。第一次见到城都的宝可梦，让小光非常兴奋！而她也得到机会，参加以宝可梦的蛋作为奖项的对战大会！小光斗志十足，而最後结果会如何！？

小光正为了华丽大赛进行特训。而加入他们旅程的琴音与一成看得目不转睛。但是，大概是看得过於专注，琴音的玛力露不知何时不见了！大家在四周找寻，结果发现草原另一头有个大发电厂！一行人战战兢兢的进入，却突然被巡逻的小磁怪们用电击招呼！为了躲避小磁怪追击而进入的房间，竟然是厂内的监控室，而且其中一个画面照到了玛力露！看来它是迷路误闯发电厂的仓库了。可是，在小智一行人踏入仓库的那瞬间，遇上了要命的意外！结果到底会怎麼样呢！？

与琴音、一成同行的小智一行人，在途中经过的宝可梦中心，听到传闻说有一只很凶暴的"陆鲨宝可梦"圆陆鲨。凶暴就表示很强吧！这麼认为的小智积极展开圆陆鲨收服行动！但是，一旁同样燃起斗志的男子，竟然是平常温和的一成！互不相让的两人开始竞争！相对於靠冲劲乱找的小智，冷静动脑的一成利用圆陆鲨如同在陆地游泳的特徵，使出钓鱼作战！这招很成功，他们与钓到的圆陆鲨展开对战！不过这只圆陆鲨，比想像中还凶暴！收服大对决，会是谁赢呢！？

宝可梦华丽大赛‧睡莲大会终於开幕！从小智与桄榔的对战中得到灵感的小光，带著秘策前往会场。这次的劲敌，是火箭队的武藏扮成的武藏莉娜！可是她看来跟平常不太一样…。其实这个武藏莉娜，是为了代替感冒倒下的武藏，由小次郎扮成的小次莉娜，但是华丽大赛还是照样开赛！小光让波加曼展现华丽魅力，通过第一次审查。小次莉娜也以喵喵惊人的表演，意外过关！双方终於激烈冲突！小光选择进行出道赛的象牙猪！小光究竟能不能拿到最後的缎带勋章！？

与琴音、一成告别的日子到了。小智一行人来到据说过去历代冠军都战斗过的地点睡莲圆形竞技场。最後要来场神奥VS成都的双打对战！小智‧小光派出猛火猴与火球鼠，琴音‧一成则选择菊草叶与小锯鳄展开对战！刚开始琴音、一成藉著有适性优势的小锯鳄的攻击、以及不擅应付炎系的菊草叶支援，掌握了节奏！可是，小智与小光也靠对战经验丰富的猛火猴，解救了小光陷入危机的火球鼠，展现出卓越的默契配合进行反击，战况平分秋色！究竟胜负将如何发展！？

为了得到第八个徽章，朝湖滨市前近的小智一行人在森林里迷路了。这时候，"反抗宝可梦"骑拉帝纳突然随著地鸣声出现，袭击小智他们！才刚因为惊险逃脱而松一口气，这次却换成眼前出现汹涌大水！小智一行人被冲走，痛苦地挣扎！但是，这些意外其实都是"黑暗宝可梦"黑暗鸦制造的幻觉！解救了大家的是位带著"尖叫宝可梦"梦妖的女性。而且她似乎和造成幻觉的黑暗鸦有深厚的关联…。这到底是怎麼回事！？

小智一行人继续旅行，朝湖滨市而去。皮卡丘与波加曼一如往常的跟在一旁。突然间，皮卡丘‧波加曼发生了异变！它们彼此都眼冒爱心，紧抱在一起不肯放手！小智与小光再怎麼努力也拉不开它们。为了解决这个异常状况，一行人前往宝可梦中心。然而，在宝可梦中心里，却看到陷入同样状态的宝可梦与困惑的训练家！这原因不明的状况，让乔伊小姐也束手无策。可是，看著这些宝可梦的小刚，发现了某个共通点！这无法理解的状况，到底是怎麼发生的！？

持续旅行的小智一行人，在某个草原上发现受伤的宝可梦。靠过去一看才发现那是火箭队的喵喵！在疗伤时询问缘由才知道，它是在城镇外围一座叫作「多多罗铁工厂」的巨大建筑物里，被银河队打倒的！而且武藏、小次郎，还有国际刑警帅哥都被抓住了！这个重大事件，让小智等人决心与喵喵一起潜入多多罗铁工厂！抢夺帷幕市的陨石、调查随意遗迹、袭击神和镇，还有掌握神奥时空传说关键的天冠山。所有的点连成线，银河队终於为最後高潮展开行动！究竟小智一行人能不能粉碎那巨大的野心呢！？

为了实现野心，确实进行准备的银河队，下一个目标是居於神奥各地湖泊的3只传说宝可梦。而负责指挥作战的，竟然是宝可梦猎人J！立刻将帷幕市陨石做成的「银河炸弹」投下的J，试图抓住3只湖中宝可梦！察觉到自身有危险的湖中宝可梦，求救的悲痛思绪没有传达出去吗…。然而，相隔遥远的小智一行人，确实感受到那股意念了！为了阻止银河队以及宝可梦猎人J，小智等人挺身而出！同时，神奥最强的冠军‧竹兰现身了！赌上神奥地方命运的决战时刻，逼近眼前了！

银河队的野心，那就是使用3只湖中宝可梦的特别力量，召唤出「被称为神的宝可梦」帝牙卢卡与帕路奇犽，藉著娜强大的能量融合创造新世界。如果这个野心实现，神奥地方将会彻底消失。能解救这个危机的只有亚克诺姆、由克希、艾姆利多，还有能与它们同步的小智等人。但是，赤日将「神之力」移到自己手上了！而那股力量发动的时候…。赤日的理想，还有小智等人的愿望终於正面冲突！时空传说所引发的最後战斗。最终将会如何！？

为了得到第八个徽章，小智一行人朝著湖滨市前进，并且为了道馆赛特训！这时候，连续使出「挖地洞」绝招的猛火猴，竟然发现埋在地下的藏宝箱！在树丛间偷看大家惊讶反应的，是最爱宝物的火箭队！虽然想要马上出手抢夺，但是小次郎的样子却不同以往。原来那个藏宝箱，似乎是小次郎小时候埋的！而且，里面放的还是绝对不能让人看到的东西！无论如何都得把它从小智等人手中抢回来！这个藏宝箱内的秘密是什麼！？还有，等在最後的惊人真相是什麼！？

旅途中，小智一行人来到某个处处是尖耸峭壁的地区。而"剪刀宝可梦"巨钳螳螂与"风铃宝可梦"风铃铃正在那里进行激烈的空中战。在观战的时候，巨钳螳螂的训练家‧光藏与他的孙子玛悠出现了。一聊才知道，光藏是被称为「空中对战大师」的空中战斗专家，还是培养飞行系宝可梦的名人。小智立刻与天蝎王一起向他提出对战的要求。但是，一开始对战，天蝎王就因为无法应对当地特殊地形造成的风而不断失误。这让光藏也说出严厉的失望评语。悔恨落泪的天蝎王，在经过特训後再度挑战，但是…

持续旅行的小智一行人，来到了某场华丽大赛的会场。小光最棒的劲敌‧小望，正在那里进行赌上第5个勋章的对战赛。小光当然不用说，再加上从切锋市赶来的小菘一起加油，小望漂亮地赢得胜利！抢先一步取得了华丽大型庆典的出场资格！看到劲敌实力更上一层楼的小光再度坚定决心，确定下个目标是浅葱大会！但是，这场大会采用的是小光不擅长的双人演出。对目前实力感到不安的小光，马上为了编出新的组合绝招开始特训！而这场特训引发了意想不到的状况！！

朝著浅葱镇继续旅行的小智一行人，目击到彷佛烟火的灿烂光芒在天上爆开！急忙赶往发射地点的他们，在那里见到"哼唱宝可梦"七夕青鸟以及一位老婆婆。照婆婆的说法，她是在指导龙系宝可梦学习「天龙流星」。同时间，那里出现一只野生宝可梦…。是圆陆鲨！看样子，它是想要学习「天龙流星」。从龙婆婆那边问到方法的小智与圆陆鲨立刻开始特训！但是，不管是几次都不顺利。不过，这只圆陆鲨身上其实潜藏著惊人的力量！！

离开教导龙系宝可梦使用绝招的龙婆婆住处後，小智一行人穿越森林，抵达了某座城镇。小智在城镇入口发觉异样。好像有谁在戳他的脚！？仔细一看，出现的竟然是在龙婆婆家看到的圆陆鲨！看样子它是喜欢小智才跟过来的。小智问它要不要一起走，并且投出精灵球！收服到新同伴了…这种想法维持不到几秒，圆陆鲨就从精灵球里跑出来了！这让大家觉得很不可思议。这时出现的人物，是燃起斗志要收服圆陆鲨的阿驯！收服到这只圆路鲨的人，会是阿驯还是小智？