次のジムがあるトバリシティへ向かう旅の途中、いつものように、ポケモンたちと食事をとるサトシたち。しかし、新しく仲間に加わったヒコザルはシンジとの旅との雰囲気の違いに戸惑っていた。

そんなヒコザルにサトシはジム戦に向けたトレーニングに誘い、ヒカリ、ポッチャマを相手にバトルするのだが、ヒコザルは負けてしまう。

その時、シンジの厳しい視線を思い出し、怒られるのではないかと、脅えてしまうヒコザル。しかし、サトシたちがとった行動はまったく別のものだった！ヒコザルは、そんな、サトシたちに何を感じるのか？

さらに、突然ザングースの群れに襲われ、ヒコザル以外のポケモンたちがみんなピンチに！

果たしてザングースの群れを前にヒコザルはみんなを助け出すことができるのか？

旅の途中、小さな街・タジキタウンを通りかかると、そこにはハクタイジムのジムリーダー・ナタネの姿が。どうやら、街の子供たちにポケモンバトルの普及活動をしていたらしい。すると、ロケット団が現れ、ナタネの提案でサトシたちは、ナタネとコジロウ相手にタッグバトルをする事に。そこで、ナタネはコジロウに、サボネアには強くなる素質があるのに、才能を引き出せていないことを指摘し、私に預けないかと提案を持ちかける。

コジロウはそれをきっかけに、サボネアと猛特訓を始める。ボロボロになりながらも、ひたむきにトレーニングを続けるサボネア。しかし、中々結果が出ないことに、自信をなくすコジロウ。そんな時、ナタネが再びコジロウの前に現れた！

旅の途中で立ち寄ったポケモンセンターで、久しぶりにノゾミと再会したヒカリたち。そして、次回のコンテスト開催がズイタウンであるという情報をゲットする。そこで、ヒカリたちは、コンテストに向けノゾミと一緒に練習することに。ヒカリは次のコンテストが初めての出場になるブイゼルで、ノゾミと練習を、隣ではサトシがタケシとジム戦に向けてエイパムとヒコザルでトレーニング中。すると、エイパムとブイゼルは、お互いの練習が気になって自分たちのトレーニングに身が入らない様子。そんな時、ノゾミが、エイパムとブイゼルを交換したらどうかと提案してきた。果たしてサトシとヒカリは提案に対し、一体どんな答えをだすのだろうか？

サトシとヒカリが次の大会に向け特訓に励んでいると、ブイゼルのソニックブームが近くにあった石を積みあげた塔に激突してしまう。

すると突然あたりが薄暗くなり、吹き飛んだ石のひとつに雷が命中する。なんとその石は要石で、そこから、ふういんポケモンのミカルゲが現れた。襲い掛かるミカルゲから何とか逃れ、サトシたちは近くの村に立ち寄る。そこで村人から、悪さをしていたミカルゲを、ピカチュウをつれた波導使いが石で作った御霊の塔に封印してくれたという大昔の伝説を聞く。

封印をといてしまった事を知ったサトシたちは責任を感じ、再びミカルゲを封印するために立ち上がるのだが･･･。

サトシたちはズイタウンに向かう旅の途中、峡谷にかかった工事中の石橋の前で口論をしているブリーダーのイシスさんと設計士に出会う。どうやら、あと三日で橋を完成させなければ橋開通のイベントに間に合わないのだが、石橋作り名人の頭領がぎっくり腰で動けなくなってしまい作業が止まっているらしい。

代わりに、設計士が石橋作りの指揮を、イシスさんが石橋の石の切り出しを担当しているのだが、石切り職人"ビーバーポケモン"のビーダルが全く働いてくれないで困っているとの事。そこでサトシたちは石の切り出しを手伝うことに。でも、今まで仕事をさぼったことの無いビーダルが働かない理由って一体？

旅を続けるサトシたちは、テンガン山のふもとで"コンパスポケモン"のノズパスをつれた少年・アツオに出会った。すると、アツオはいきなりサトシにポケモンバトルを挑む！！野生的なバトルをするアツオに対し、サトシもヒートアップ！これまでにない暑苦しいほどの激しいバトルを繰り広げる。そして、サトシが対岸の岩に向かおうとした時、アツオが突然バトルを中断する。理由を聞くと、対岸はテンガン山ではなくなり、ノズパスがダイノーズに進化できないのだと言う。どうやら、アツオの夢はダイノーズでシンオウリーグに挑戦することらしい。そこでサトシは、同じ目標を持つアツオに共感し、

バトルを再開する！果たして、ノズパスはダイノーズに進化することが出来るのか？

旅の途中、森の中で道に迷ってしまったサトシたちは、地図にも載っていない古いお城を見つけ泊めてもらうことに。そこで、天才探偵を名乗る少女マーブルと"がんこうポケモン"のレントラーに出会う。どうやら怪盗3（スリー）ビューティーズがお城にあるお宝「こだいのおまもり」を狙っているらしく、サトシたちは怪盗と間違われてしまったのだ。そこへお城の主マシューが現れ、はやとちりなマーブルを手伝ってほしいと頼まれるのだが・・・サトシたちは無事お宝を守りきることが出来るのか！？　3ビューティーズの正体とは！？　そのとき、3ビューティーズの影が忍び寄る！！

ついにズイタウンにたどり着いたサトシたち。ポケモンコンテスト・ズイ大会に向け特訓に励んでいると、ヒカリの幼馴染・ケンゴがやってきた。どうやらケンゴはこれからズイの遺跡に行くらしい。ついていくことにしたサトシたちはディアルガとパルキアが祭られる遺跡の前でバトルすることに。一方その頃、遺跡の内部では、なにやらあやしい儀式が行われていた。すると突然、"シンボルポケモン"のアンノーンが暴れだし、遺跡に異変が起こる！

そして、その異変でサトシたちは遺跡に閉じ込めてられてしまう。

果たして、サトシたちは無事遺跡から脱出することが出来るのか？

ついに明日に迫ったポケモンコンテスト・ズイ大会！！

ポケモンセンター前のフィールドで、ヒカリはポケモンたちと最終調整のためトレーニングに励む。順調な仕上がりのヒカリだが、今回も新たなパートナー・キノガッサを得て、ますます成長した幼なじみのケンゴや、誰も想像がつかない体を張った技で、観客を魅了するムサリーナと強敵ぞろい！！前回のヨスガ大会、一次審査で敗れているヒカリは、これまでの反省点をいかし、雪辱戦に挑む！！果たして、ヒカリは無事一次審査を通過し、今度こそ２つ目のリボンをゲットできるのか！？

サトシたちは次のジムがあるトバリシティへ向かう旅の途中、タケシの提案でメイドカフェ「やまごや」に行くことに。お店で出迎えてくれたのはメイドのハル、ナツ、アキ。さっそく、やまごや名物"ちちうしポケモン"ミルタンクのミルク！を注文したサトシたちは、ハルとナツがもっているミルタンクの絞りたてミルクを裏の牧場で飲んで大満足！！ところが、アキのミルタンクだけは、わがままな性格で、まったく言う事を聞いてくれなくて困っているらしい。そこで、ブリーダー魂に火がついたタケシが、アキにポケモンの育てかたを特訓することに。果たしてミルタンクはアキの言う事を聞いてくれるようになるのか？一方、アキとタケシの特訓中に店を手伝うことになったサトシとヒカリ、そしてポケモンたち！お店が忙しくなってきたけどほんとに大丈夫？

サトシたちは旅の途中、ヒカリの幼なじみ・ユモミの実家が経営している温泉に立ち寄ることに！ひさしぶりに再会したユモミとヒカリは大盛り上がり！さっそく一休みしようと露天風呂に飛び込む一行。ところが、温泉の量が少なく、お湯も冷たくて、とても入れる状態ではなかった。事情を聞くと、どうやら、山の上の源泉から引いている温泉が先週くらいから出なくなってしまったらしい。そこでユモミは"いのぶたポケモン"のウリムー3匹を使って新しい温泉を探そうとしていたのだ。協力することにしたサトシたちは、早速何かを発見！なんとそこは、新しいスパリゾートの建設現場だった！でも、ここのお湯は、何故かユモミの実家の温泉とそっくり！これって一体どういうこと！？

サトシたちは旅の途中、緑豊かなとある街で、ナエトルとエナジーボールの特訓をしていた！すると突然、"キバさそりポケモン"のグライオンと"とびさそりポケモン"のグライガーの群れが襲い掛かってきた！そして、群れはあたりの木の実やくだもの、さらにサトシたちのお昼ご飯を食い荒らして逃げて行ってしまう。そこへ、ジュンサーさんとジョーイさんが現れた。どうやら、ジュンサーさんたちは街に迷い込んでしまったグライオンやグライガーの群れを捕まえて、もといた森へ帰そうとしていたらしい。そこでサトシたちはジュンサーさんたちを手伝う事にするのだが・・・。

果たして無事グライオンとグライガーの群れを森へ帰すことが出来るのか？

ついにトバリシティにたどり着いたサトシたちは、街外れの森の中で、格闘家風の女の子と"はどうポケモン"のルカリオが激しいバトルをしているのを見つけ見学していた。すると木の陰からエレブーがあらわれ、ピカチュウにちょっかいを出してきて大喧嘩に！そこへエレブーに声をかけるそだてやの青年の姿が。なんと、シンジの兄・レイジだったのだ。そして、レイジから格闘家風の女の子がトバリジム・ジムリーダーのスモモだと紹介され、サトシは早速ジム戦を申し込むのだが、断られてしまう。どうやら、シンジが原因で、スモモはジムリーダとしてやっていく自信をなくしてしまったらしい。

そんな状況に自分をかさねるヒカリは、スモモにある提案を持ちかける！

スモモに自信を取り戻してもらうため、初のジムバトルにチャレンジすることになったヒカリ。決戦を前にサトシのピカチュウやブイゼル相手に、ポッチャマたちとバトルの特訓に励む！そしてサトシは、ムクバードに新しいわざを覚えさせるため、レイジが育てている"もうきんポケモン"のムクホークに協力してもらいトレーニングを続けていた！

その頃、スモモは板張りの道場のようなジムのフィールドで、明日のバトルに向け、ルカリオと共に精神統一をはかる。ついに迎えるジムバトル当日！果たしてスモモは立ち直ることが出来るのか？そして、スモモＶＳヒカリのジムバトルの結果はどうなる！？

ヒカリのおかげで、忘れていたバトルの楽しさ、そして、ジムリーダーとしての自覚を取り戻したスモモは、サトシのジム戦の申し出を受けてくれることに！そして、ついに始まったトバリジムでのジム戦！かくとうタイプのポケモンの使い手・スモモが一番手に出してきたポケモンは'かいりきポケモン'のゴーリキーだ！対するサトシは新しいわざを特訓中のムクバードでバトルに挑む！コンビネーションもバッチリのルカリオがあとに控えるスモモに対し、サトシはどんな戦いを繰り広げるのか？そして、バトルの結末はどうなる？

トバリジムのジム戦を終えたサトシたちは、新たな目的地に向かう前夜、レイジから見せたい物があると言われてついていくことに。街外れの高台へ向かい石段を上っていくと、幻想的にライトアップされた大小の隕石が光る公園にたどり着く。トバリシティのシンボルでもある隕石の不思議な光景に感動した一行の前に、隕石を奪おうとたくらむヘリ部隊があらわれた･･･。

サトシたちがグライガーのバトル特訓をしていると、どこからともなくポケモンの鳴き声が聞こえてきた。リーシャンの声である。そのリーシャンを追ってきたのはポケモンマジシャンのシズエ。どうやら彼女は、３匹のリーシャンたちとのマジックショーを見せながら旅しているらしい。美しいコーラスが重要らしいのだが、１匹のリーシャンが甘えん坊で困っているらしく･･･。

サトシたちは旅の途中、ケガをしているリオルに出会った。手当てをしようと近寄るサトシだが、警戒するリオルは、なんと"はどうだん"を放って逃げ出してしまう。するとそこへ、リオルを追っているというポケモンレンジャーのハジメが現れた。ハジメとともにリオルをさがすことにしたサトシたちに、ポケモンハンターたちが襲い掛かってきて･･･。

Hunter J has managed to kidnap Riolu. But despite that, Riolu, reveals his whereabouts to Ash, using its Aura. With Rangers Kellyn and Solana joining them, Ash and his friends go to hunt down Hunter J and get Riolu back. However, J is far more formidable than anyone could have anticipated. Will Ash and friends be able to return Riolu back to its kingdom?

サトシたちを追って湖のほとりにあるポケモンセンターまでやってきたロケット団。すると、ムサシのドクケイルは色違いのドクケイルを見つけ湖へ飛んでいってしまう。そこへタイキと名乗る少年が現れ、「僕のドクケイルとあなたのドクケイルは恋をしているようですね！」とムサシに声をかけてきた。どうやらこの季節は、湖面に映る満月の輝きに導かれ、恋をしたドクケイルたちが湖に集り、テンガン山を越えて渡りをするらしい。しかも、今日はその満月の日だったのだ！

ドクケイルが恋をしている事を知り、幼い頃の切ない恋の記憶を思い返していたムサシ。すると、突然の落雷で湖の縁の岩が崩れ、水が流れ出し、このままでは渡りが出来なくなってしまうことに！そんな状況の中ムサシがとった行動とは一体！？そしてドクケイルの恋の行方はいかに！？

旅の途中、森の中でランチタイムをとっていたサトシたちは、"こねずみポケモン"のピチューと"ねずみポケモン"のライチュウを連れた少年・ショウに出会った。すると突然、ショウがサトシのピカチュウをやせいのポケモンと勘違いして、ゲットしようとライチュウでバトルを挑んできた。どうやらショウは、最強のピチュー、ピカチュウ、ライチュウのしんかセットを育てたいらしい。

そんなショウと、改めてバトルする事になったサトシとピカチュウだが、ライチュウの体格を生かした"はかいこうせん"を前にやられてしまう。そして、ひんし状態のピカチュウはポケモンセンターで治療を受けなんとか意識を取り戻すと、ライチュウにリベンジを果たしたいと必死にサトシに訴える。しかし、このままではあのライチュウには勝てないと考えたサトシはあるどうぐを取り出した！！

ノモセシティへの旅の途中、サトシたちはとある町のポケモンセンターで休憩をとっていた。すると、ラウンジのモニターから、リッシ湖畔でポケモンコンテスト・ミクリカップが開催されるという情報が流れてくる。なんと、ホウエン地方のチャンピオンマスターまで登りつめ、現在はコンテストマスターという不動の地位をきずきあげたミクリがシンオウ地方でポケモンコンテストを開催するというのだ。そこで、２大会連続1次審査敗退で自信を無くしていたヒカリは、ミクリカップを復活戦にしようと決意する！そんな時、今ミクリが仕事のオフで近くに来ていると知ったサトシたちは、偶然、近くの湖で"いつくしみポケモン"のミロカロスとミクリの姿を目にするのだが・・・

サトシたちは、ある人物を迎えにリッシ湖畔近くのリッシポートへきていた。するとそこへ、「久しぶりかも～！」と現れたのはなんと・・・ハルカだった！！久しぶりの再会を喜ぶハルカとサトシたち。なんと、ハルカもミクリカップにエントリーしていたのだった。そんな一行はハルカが予約していたリッシ湖畔で人気NO.１の「レストラン七つ星」で昼食をとる事に。ところが、このレストラン、ポケモンバトル好きのオーナー、チアキとフィアンセのチナツにタッグバトルで勝たないと料理が食べられないというのだ。そこで、サトシはタケシと、ヒカリはハルカとタッグを組むことに！！果たしてサトシたちは、豪華料理を食べることが出来るのか！？

３日間に渡って繰り広げられるポケモンコンテスト・ミクリカップの会場、レイクサイドリゾートにやってきたサトシたち。するとそこへ、ミクリカップに出場するためノゾミも現れた。今大会はドームの中心に大きなプールがある特設ステージで会場も大興奮！そして、審査員にミクリを迎えついに始まったミクリカップ。ところが、２大会連続の敗退で自信を無くしていたヒカリは、本番を前に緊張して落ち着きがない様子。ノゾミは新しいパートナー"はねうおポケモン"のケイコウオ、ハルカは"かめポケモン"のカメール、そしてサトシはミクリに勧められブイゼルでコンテストに挑む！！みんながライバルとなるミクリカップ。果たして、ヒカリは1次審査をクリアできるのか！？

ミクリカップ1次審査を無事クリアしたサトシたちは、レイクサイドリゾートのホテルに戻り、それぞれの旅を振り返えっていた。そんな中、近くの湖に散歩に出かけたサトシとピカチュウ。すると突然、湖の中心で何かが光り、生き物のような姿をした影が現れた。ところが近づこうとした瞬間、影は消えてしまう。そんな奇妙な体験をしたサトシはホテルに戻りヒカリたちと湖の伝説について語り合うことに。そして迎えたミクリカップ２日目！２次審査のトップバッターに決まったヒカリはミミロルでコンテストに挑む！一方サトシには"ライトポケモン"のランターンを使う手ごわいコーディネーターが立ちはだかる。サトシ、ヒカリ、ハルカ、ノゾミそれぞれのバトルの行方はいったいどうなる？

ついに迎えたミクリカップ最終日は、セミファイナルに勝ち進んだヒカリ、ハルカ、ノゾミ、そして僅差でサトシを破ったカイトの4名が華麗なコンテストバトルを繰り広げる！！セミファイナルの対戦カードはヒカリＶＳカイト、そしてハルカＶＳノゾミ。ヒカリはファイナルで戦おうというノゾミとの約束を果たすため、満を持してポッチャマと共にバトルに挑む。対するカイトのポケモンは、"ならずものポケモン"のシザリガー。ヒカリはカイトを破り、ファイナルに進出することが出来るのか？そして、ノゾミはニャルマー、ハルカは"ちょうちょポケモン"のアゲハントと激しいバトルを繰り広げる！果たして、ミクリカップを制し優勝を手にするのは一体誰なのか！？

サトシたちはノモセシティへの旅の途中、池のほとりで"うすばねポケモン"のヤンヤンマを追った新人トレーナーのタイセイに出会った。どやらタイセイは、チャッピーという名前をつけたポッチャマと旅を始めたばかりで、最初に触ったヤンヤンマをゲットしようと３日間ずっと追いかけていたらしい。ところがいつも逃げられてしまうというのだ。そこで、タイセイの初ゲットに協力することにしたサトシたち。バトルのアドバイスを受けながら、遂にヤンヤンマを追い詰めることに成功したタイセイがモンスターボールを投げようとした瞬間、池の底から何者かが現れた！なんと、それは、ヤンヤンマを横取りしようとたくらむロケット団だったのだ！

次のジム戦に向けバトルの特訓をしていたサトシたちは、シンジに出会う。するとやはりサトシとシンジが、お互いのポケモンに対する考え方の違いから口論に。熱くなったサトシはバトルを申し込むが、シンジはそれを断り、去ろうとするのだった。その時ヒコザルが、バトルをしようとシンジに訴える。ヒコザルに感化されてバトルをはじめたシンジは、リングマを繰り出し･･･。

ついにノモセシティにたどり着いたサトシたちは、さっそくジムへ。ジムリーダーのマキシに、すかさずジム戦を申し込むが、用事があるからと断られ、逆にマキシの用事に付き合うことに。そして一行が列車に乗ってたどり着いたのは、ノモセ大湿原。すると一面に広がる草むらから奇妙な泣き声と共に無数のグレッグルがあらわれた。この日は１年に一度の"グレッグル祭り"の日だったのだ･･･。

ジム戦を前に最終調整をしていたサトシとポケモンたち。そんな中、精神統一をしていたブイゼルにトレーニングをしていたピカチュウのワザが命中し、けんかになってしまう。そこへあらわれたのは、フローゼルを連れたノモセジムリーダーのマキシだった･･･。

いよいよジム戦では、マキシの一番手・ギャラドスに対して、サトシはピカチュウでいどむことに。チームワークに不安が残るが･･･。

サトシたちはヨスガシティへの旅の途中、草原で"ほしがたポケモン"のピィと、美しいメイド姿の女性モニカに出会った。すると突然、大雨が降りだし、モニカが仕えているというお屋敷で雨宿りさせてもらうことに。そこで出迎えてくれたご主人のウラヤマさんは色々なところでポケモンを集めてきて自慢の裏庭で遊ばせ、トレーナーやブリーダーなどに開放しているという。そして、おやつの時間になるとお屋敷に裏庭からたくさんのポケモンたちが集り、うれしそうに食べていた。その時、どこからともなく"いのぶたポケモン"のウリムーが現れみんなのポフィンを食べてしまう。そんな大食いのウリムーのためにヒカリはポフィンを作ろうとするのだが･･･。

サトシたちは旅の途中、ランチをとっていると、バトルの練習がしたいとグライガーがサトシに訴えてきた。そこでサトシは強くなりたいというグライガーの気持ちを汲んで特訓をはじめることに。ところが、以前シンジのグライオンとのバトルでバトルに対する恐怖心を持ってしまったグライガーはブイゼルやナエトル相手に怯えて逃げ出してしまう。そんな時、リッシ湖へ伝説のポケモンを調べに行く途中だという、ライバルのシゲルに久しぶりに再会し、グライガーの練習相手になってもらう事に。しかし、シゲルの的確なアドバイスでも恐怖心を克服することが出来ないグライガーに悩むサトシ。すると、シゲルが「これを使えば恐怖心もへるだろう」とあるどうぐをとりだした。これはまさか･･･。

ヨスガシティにたどり着いたサトシたちは、前回ジムリーダー不在で出来なかったジム戦にチャレンジするため、ヨスガジムに向かった。ところが、またもやジムリーダーが不在でジム戦が出来ず落ち込むサトシ。するとそこへ、アイドルポケモンスタイリストのパリスが"うさぎポケモン"のミミロップと共に現れた。そして、ヒカリのミミロルをみて、明日開かれるヨスガコレクションに参加しないかと声を掛ける。ヨスガコレクションは誰でも参加できるポケモンを飾る手作りアクセサリーの発表会で、なんと、優勝したらポケキャンのグラビアを飾る事が出来るというのだ。そこでヒカリはミミロルで、なぜかサトシもピカチュウで出場する事にするのだが・・・いったいどうなるの？

サトシたちはカンナギタウンへの旅の途中、深い谷の１本道で３匹のコダックに出会う。道を通ろうとするサトシたちは、なぜかコダックたちから一斉に攻撃されて通せんぼされてしまうのだった。なんとかして道を通りたいサトシたちはバトルを挑むが、コダックたちの力を合わせた攻撃にまるで歯が立たない。通せんぼするのには何か理由があるのではないか、と考えたサトシたちは･･･。

サトシたちは旅の途中、テンガン山のふもとでナナカマド博士が主催するポケモンサマースクールへ参加することに。サマースクールは様々なところからトレーナーたちが集まり、1週間を共に過ごし、たくさんのポケモンたちとふれあい学ぶところ。そしてそれぞれのトレーナーは赤組、青組、緑組に別れクラス対抗で得点を競い合う。初日のプログラムは、みんなの自己紹介も兼ねて、ナナカマド研究所で管理しているモンスターボールを１つずつ選び、選んだポケモンと仲良くなってお互いにポケモンバトルをすること！！でもどんなポケモンがパートナーになるかは選んだモンスターボール次第。サトシが選んだモンスターボールは･･･？

ポケモンサマースクール3日目のプログラムはポケモンの観察。スクールの近くにある湖にいる水タイプのポケモンたちとふれあい、その観察結果をクラスごとに先生に発表するというものだ。さっそく湖へ向かったサトシたちは、自分の選んだ水タイプのポケモンたちをスケッチしたり、一緒に泳いだりして観察する。すると突然、湖の奥で青い光が輝き、アオイのコリンクがいなくなっていることに気づくサトシたち。そんな時、一緒にいた青組のコウヘイから、この湖には「青き不思議な光輝く時、ポケモンがいなくなる」という伝説があるという事を聞く。果たしてコリンクの行方は？そして、青い光の正体とはいったい？

ポケモンサマースクール5日目のプログラムはゴーストタイプのポケモンたちとの正しい触れ合い方を学ぶこと。ルールはクラスごとにペアをつくり、近くの山の遺跡に置いてあるプログラムメダルを取って校庭にもどってくるという、いわば肝試しだ。そこで、サトシはアオイと、ヒカリとタケシはそれぞれクラスメートとペアを組むことに。一方、青組のコウヘイはなぜか、スクールに参加していないはずの小さな女の子に誘われペアを組むことになる。そんな中、遺跡を目指す途中でヒカリは、霊界に人を連れて行くという"てづかみポケモン"のヨノワールにコウヘイが襲われているところを目撃する。ところが、そこには一緒にいたはずの小さな女の子の姿が無かったのだ。これって一体どういうこと！？

ポケモンサマースクール最終日のプログラムはサマースクール最大のイベント・ポケモントライアスロン。これは、一週間にわたって学んだことや体験したことを生かし、ポケモンと協力して３つの難関を乗り越えゴールする競技だ。まずはスタート地点でスクールから用意されたモンスターボールを選び、中に入っているポケモンと共に森を抜け湖へ向かう。そしてそこで、次のモンスターボールを選んで水タイプのポケモンと湖を渡り、最後は自分のパートナーのポケモンたちと一緒にゴールを目指すのだ。コウヘイのいる青組に続いて２位のサトシたち赤組は、このポケモントライアスロンで逆転優勝を狙う。果たして優勝するのはいったいどのクラスなのか？

カンナギタウンを目指すサトシたちは旅の途中、特訓のしすぎで倒れてしまったポッチャマをポケモンセンターに連れて行くことに。その頃、ポケモンサマースクールでのノンビリした生活とたっぷり稼いだアルバイト代で、３食昼寝つきのリッチな生活を続けていたロケット団は、サトシたちを追って坂道を登っていた。ところが、すぐに疲れてしまい、近くのレストランで豪華ランチをとる一行。すると、ムサシがニャースの異変に気づく。なんと、ニャースの額の"こばん"がぜい肉に埋もれていたのだ！さらにムサシ、コジロウもまんまるに太っていた事に気づく。そんな中"シャープでクール、そしてハングリーな悪の中の悪"という本来のロケット団へ原点回帰を決意したムサシたちは特訓を開始するのだが･･･。果たしてロケット団はサトシのピカチュウをゲット出来るのか！？

旅の途中、とある町のポケモンセンターに立ち寄ったサトシたちは、見知らぬ相手とコンテストバトルをしているノゾミに再会し、バトルの観戦をすることに。ところがノゾミは、ムウマージをつかうトレーナーにまったく歯が立たず負けてしまう。なんと、その相手はヨスガジムのジムリーダー・メリッサだったのだ。１トレーナーとしてポケモンをゲットし、バトルをして経験を重ね、自分だけのバトルスタイルを見出そうと旅をしているというメリッサ。以前はトップコーディネーターとしても活躍していた彼女が目指すのは、コンテストの美しさ！そしてジム戦の激しさ！二つをひとつにしたオリジナルのバトルスタイル。そんなメリッサにサトシはポケモンバトルを、そしてヒカリはコンテストバトルを申し込むのだが・・・

カンナギタウンへの旅の途中、山小屋で休憩をとるサトシたち。そんな中、ポケモンに良く効くと評判の薬屋が近くにあると知ったタケシは、自分の留守中にやっておく事をまとめたメモをサトシに託し買出しに。メモの内容は、まずポケモンたちにシャワーを浴びさせる事。早速、サトシとヒカリは手分けしてポケモンたちをきれいにしていく。次はランチタイム。ヒカリが手作りのホットケーキをみんなに振る舞い、順調にノルマをこなしていく。すると、パチリスが高熱を出して苦しんでいるのに気づくサトシとヒカリ。ところが、近くにはポケモンセンターが無い上、タケシも不在で不安がつのる二人は「サトシが冷たいシャワーを浴びせたから！」「ヒカリが作ったホットケーキでお腹を壊したんだ！」と大喧嘩を始めてしまう。パチリスはいったいどうなっちゃうの！？

カンナギタウンにたどり着いたヒカリたちは、コンテスト出場を前にヒカリの母・アヤコと、昔ライバルだったユリについて電話で話していた。ユリは20年前、コーディネーターとして連戦連勝を重ねていたアヤコが初めて負けた相手で、現在はコーディネーターを引退し、トレーナーとポケモンの両方をスタイリングするトップポケリストとして世界を飛び回っているというのだ。そんなユリの店が近くにあると知ったヒカリは店を訪ねるが、外出中で会うことが出来ないままコンテスト会場へ向かうことに。そして始まるポケモンコンテスト・カンナギ大会！ヒカリは控え室でミミロルと1次審査の出番を待っていた。すると控え室のモニターから1次審査最初のコーディネーターが現れる。なんと、それは20年ぶりの復活！"サクラポケモン"のチェリムを連れたユリだったのだ！

コンテストを終え、ヨスガシティへ向けて出発しようとしていたサトシたち。するとテレビから臨時ニュースが飛び込んでくる。それは「ハクタイシティからカンナギタウンの歴史研究所へ向け輸送中だった伝説の宝玉"こんごうだま"が、ギンガ団の襲撃にあい奪われてしまった」というものだった。そんな中、歴史研究所にチャンピオン・シロナが来ていると知ったサトシたちは会いに行くことに。久しぶりに再会したシロナから、研究所の館長を務める祖母・カラシナと、シンオウ時空神話を研究しているというアカギを紹介される。彼の提案で、カラシナから研究所に保管されているもう一つの宝玉"しらたま"を見せてもらうサトシたち。すると突然、ものすごい揺れと共に研究所の外から爆発音が鳴り響く。なんと、それはギンガ団の仕業だったのだ！！

伝説の宝玉"しらたま"を奪おうと、突如サトシたちの前に現れたギンガ団。そこには作戦の指揮をとるサターンや"とらねこポケモン"のブニャットをつれたマーズ、そして無数のゴルバットの姿が。そんなギンガ団から宝玉を守るべく、シロナはガブリアスと"ウミウシポケモン" のトリトドンで、サトシたちもポケモンたちと協力して立ち向かう。そして、次第に激しさを増していく"しらたま"争奪バトル。すると突然、研究所の警備についていた警官が"しらたま"を奪い逃走しようとする。なんと、それは警官に変装していたロケット団だったのだ。果たして"しらたま"の行方はどうなってしまうのか！？そして、"新世界創造"を掲げるギンガ団の目的とは！？今、神と呼ばれるポケモン・ディアルガとパルキア、そして2つの宝玉の関係が明らかに！！

サトシたちはヨスガシティへ向かう旅の途中、ズイタウンにあるアオイの実家の"そだてや"に立ち寄ることに。そして久しぶりの再会を喜ぶサトシたちは、旅先で聞いた「ズイタウンにエリマキ怪物が現れた！？」という噂についてアオイに尋ねると、そんなのはただの噂だと否定される。ところが、サトシが「それらしい影を森で見かけた」と言った瞬間、アオイは急用を思い出したと外へ飛び出して行ってしまう。心配になったサトシたちが後をつけていくと、そこは小さな洞窟の入り口で佇むアオイの姿が。どうやら両親が不在の間、そだてやとしてアオイが任されていたポケモンがこの洞窟にいるらしく、それが噂のエリマキ怪物と関係があるらしいのだが・・・これって一体どういうこと！？

サトシたちが旅の途中で立ち寄った町には、なにやら人だかりが。なんと四天王のリョウが公開練習をしていたのだ！見学後、ひょんなことからリョウのトレーニングセンターに招かれるサトシたち。そこでは虫タイプのポケモンたちが悠々と過ごしていた。そんな中、ヒカリが見つけた一枚の写真。そこに写っていたのは、まだ幼いリョウと一匹の"いもむしポケモン"ケムッソだった。そのケムッソは初めてリョウがゲットした、親友のようなポケモンだったという。しかし、周囲を見渡してもそれらしきケムッソの姿はない。どこに行ったのかと尋ねたサトシに対しても、口ごもってしまうリョウ。人に言えない四天王の過去。それって一体どういうこと！？

チャンピオンマスター防衛戦を観戦するため、とあるポケモンセンターに立ち寄ったサトシたちは久しぶりにシンジと遭遇。しかし、ヒコザルをめぐる口論が発端で二人はバトルをすることに！サトシはシンジの"おおボスポケモン"ドンカラスを相手にナエトルで挑む！いざバトルが始まると、強力なドンカラスのわざの前に、徐々に追い詰められてしまうサトシたち。そのとき、ドンカラスの攻撃を受けたナエトルが、なんとハヤシガメに進化！一気に攻勢に出ようとするが、ハヤシガメに以前のようなキレがないと戸惑うサトシ。だが、そんなハヤシガメを冷静に見つめるポケモンの姿が。それはシンジのドダイトスだった・・・。

今度こそメリッサとジム戦をするため、再びヨスガシティにやってきたサトシたち。すると突然"ドンッッ！！"と見知らぬトレーナーがぶつかってきた！だが、そのトレーナーはぶつかったことを悪びれもせず「なんだってんだよー！」とわめき散らして走り去ってしまった。一瞬あっけにとられるも「目的はジム戦！」と、気合を入れ直したサトシたちだったが、またしてもお預け！度重なる足止めにガッカリしながら歩いていると、そこに再び"ドンッッ！！"と衝突！顔を上げると見覚えのある姿が。彼の名前はジュン。どうやらパートナーのエンペルトと共に世界最強のトレーナーを目指しているようだ。しかも憧れの存在はシンジだって！？サトシは一体どうするの！？

ついに、ヨスガジムのジムリーダー・メリッサとのジム戦を迎えたサトシ！メリッサの一体目は"シャドーポケモン"のゲンガー。一方のサトシはブイゼルを選んだ。バトルには絶対の自信を誇るブイゼルだったが、ゲンガーのゴーストタイプ特有の動きに大苦戦！さらに追い討ちをかけるように、メリッサのポケモンが最も得意とするわざ『さいみんじゅつ』が！この戦術を防ぐために特訓を積んできたサトシとポケモンたち。生み出した秘策を試すときがきたのだが・・・。果たして、サトシはメリッサに勝利し、５個目のバッジをゲットすることが出来るのか！？

飛行船での移動を経て、ミオシティに到着したサトシたち。しかし、待ち受けていたロケット団の罠で、サトシたちは手持ちのポケモンと離れ離れになってしまう。「先に見つけてゲットしてやる！」とムサシ・コジロウはここぞとばかりに猛ダッシュ！サトシたちも慌てて追いかける！一方、サトシたちを探すピカチュウたちの前に現れたのは、ロケット団のニャース。当然のように警戒するも、ニャースの様子がいつもと違う！？なんとロケット団を辞めて、サトシたちの仲間になりたいと言うのだ！一緒に行動することになったピカチュウたちとニャース。果たしてニャースの真意とは！？ピカチュウたちは無事サトシたちの元に辿り着けるのか！？

多くの島々から成るミオシティ。その中のミオジムのある島を訪れたサトシたち。ジム戦を申し込もうとしたのだが、そこに現れたのは、目の下に大きなクマを作った弟子だった。ジムリーダーは不在だとサトシたちに伝えた弟子は、あろうことか大あくびをして立ったまま眠ってしまう！サトシたちが不思議そうに様子を見ていると、弟子は突然悲鳴をあげて目覚め、立ち去ってしまった。わけのわからないサトシたちは、町の交番でジュンサーさんに話を聞くことに。それによると、この島の人々は毎晩悪夢にうなされて十分眠れていないらしい。さらに、その理由を尋ねると驚くべき返事が！なんと原因は"あんこくポケモン"ダークライだった・・・。