ヒカリはシンオウ地方にすむ10才の女の子。今日は新人ポケモントレーナーとして、ぼうけんのたびに出る日だ。まずはさいしょのポケモンをもらうために、となり町のポケモン研究所（けんきゅうじょ）をめざしてしゅっぱつしたヒカリだったが、道にまよってしまう。ちょうどそのころ、研究所では新人用ポケモンのナエトル、ヒコザル、ポッチャマがケンカをはじめて大さわぎ！さらにポケモンたちは、研究所からにげだしてしまい･･････。

Dawn and Piplup begin their journey, and enter their first attempts to catch some Pokémon. Although, during those attempts, Dawn and Piplup run into Ash's Pikachu, and Team Rocket. Meanwhile, Ash continues looking for Pikachu and meets back up with Brock, and together they go catch up with Dawn.

While searching for Pikachu, Ash and Brock run into a new rival named Paul, who challenges Ash to a battle, but Ash can't compete without Pikachu; Dawn and Piplup meet Ash and Brock, and together they try to rescue Pikachu from Team Rocket.

いっしょにたびをはじめたものの、なかなか息（いき）が合わないサトシとヒカリ。野生（やせい）のミミロルをゲットしようとはりきるヒカリに、サトシがあれこれと口出ししたため、２人はケンカになってしまう。そこへあらわれたのは「つぼみポケモン」スボミーをつれたポケモン吟遊詩人（ぎんゆうしじん）、ナオシだった。サトシに自分の力をみとめさせたいヒカリは、ナオシにポケモンバトルをもうしこむが･･･。

コトブキタウンにむかうとちゅう、ロケット団の気球（ききゅう）につれさられてしまったピカチュウ。サトシは、ムックルのおかげで気球をおとすことにせいこうするが、おちたさきはとおいみずうみのほうがくだった。みずうみへむかって走るサトシたち。

いっぽうピカチュウは、おちた気球から野生（やせい）のナエトルにたすけられていた。ガッツにあふれるナエトルは、ピカチュウをかばってロケット団をおいはらうが、なんと、あとからかけつけたサトシまで敵（てき）だと思いこんでしまい･･･。

あたらしいなかまのナエトルをゲットし、たびをつづけるサトシたちの前に、かつてバトルをした少年、シンジがふたたびあらわれた。彼はサトシとおなじくクロガネジムへのちょうせんをめざしていて、今はジム戦にむけて戦力（せんりょく）をふやしているのだという。そして、サトシはナエトルで、シンジはヒコザルでバトルをすることになる。ところが、その勝負のさいちゅうにロケット団がおそいかかってきたため、サトシたちははなればなれになってしまうが･･･。

ロケット団のニャースがコンビニから出てくると、入口のよこにふてくされたかおをしてすわっているきみょうなポケモンがいた。いっしゅん目があったニャースは、あやしいものをかんじて早くそこからはなれようとする。しかしそのポケモンは、かったるそうにニャースのあとをずっとついてくるのであった。ぶきみに思ったニャースは、スタスタとにげ出すが･･･。このナゾのポケモンのしょうたいは？

サトシたちのたびの朝はあわただしくはじまる。ヒカリは「ねぐせがなおらない」とさわぎ、サトシはいたずらもののエイパムにとられたぼうしをとりもどそうとドタバタ。そんな中、ピカチュウがいきおいよく道に出たところ、ジュンサーさんの白バイとはち合わせ！あわや交通事故（こうつうじこ）というタイミングに、だれかがとび出して、ピカチュウをたすけてくれた。すごいジャンプを見せたその人のしょうたいは!?

サトシたちは、シンオウ地方（ちほう）でいちばんの大都会（だいとかい）、コトブキシティにたどりついた。ざっしを手にしてになにかをさがしはじめるヒカリ。どうやら、いまはやっている「ポケッチ」というなまえのべんりな時計（とけい）が、どうしてもほしいらしい。「ぜったいゲットしなくちゃ！」といきごむヒカリ。しかし、とつぜんポケッチが発売中止（はつばいちゅうし）になったと聞かされ、おちこむのだった。そのとき、目の前にやさしいピエロがあらわれて･･･。

コトブキシティで、はじめてポケモンコンテストにさんかすることにしたヒカリ。コンテスト用のドレスにきがえて、すっかりまいあがるが、だいじなアクセサリーをおとしてしまい、早くもこの先がふあんになってしまう。そのあと、コンテストにむけてサトシとピカチュウをあいてにとっくんをするヒカリとポッチャマだったが、それを見ていたエイパムがとつぜんとびこんできて、みごとなワザを見せ･･･。

ポケモンコンテスト・コトブキ大会にしゅつじょうしたヒカリとサトシは、ぶじに１次審査（１じしんさ）をかちぬき、２次審査のコンテストバトルにかちすすんだ。「このままかちすすんで、クロガネジムのバッジもゲットしてみせる」とじしんまんまんのサトシだったが、それを聞いていた少女・ノゾミは、「ジムをめざすならコンテストに出ないでほしい」と言ってきて･･･。

クロガネシティに向かう道中の森でサトシとムックルは、シンオウ地方最初のジム戦に挑戦するべく特訓にはげんでいた。そこで偶然出会ったのは、森の鳥ポケモンたちの観察や管理をしているユカリという女性。彼女の勧めで、とりポケモンの観察に挑戦するサトシ一行だったが、どうも様子がおかしい。ユカリによれば最近、森のとりポケモンの数が急に減っているため、原因を調査中だという。一行はその調査を手伝うことにするが、そこには思いも寄らぬ事態が待ち受けていた。

サトシ、ヒカリ、タケシの一行は、クロガネシティに向かう途中の山で、ケガをしたコノハナとジョーイさんに遭遇した。人間を恐れるコノハナは、ジョーイさんを威嚇する。タケシはポケモンブリーダーとしての経験を活かし、コノハナの警戒を解いてケガの手当をしてやる。そしてタケシは忙しいジョーイさんに代わり、このコノハナを住みかの巨木まで連れていくことにするのだが、何者かによってコノハナと自分のウソハチを連れ去られてしまう。

シンオウ地方最初のポケモンジムに挑戦するため、クロガネシティにやってきたサトシたちだったが、残念なことにジムリーダーは外出中。街のはずれの炭坑へ向かった一行は、そこで化石に語りかける不思議な男、ヒョウタに出会う。彼こそがこの地のジムリーダーだったのだ。早速ジムバトルを申し込むサトシ。しかし、先客がいるため順番待ちだという。その先客とは、何とライバルのシンジであった！サトシたちは、ヒョウタ対シンジのジムバトルを見学することにするが、そこで目にしたものは・・・！

先に対戦したシンジとのすさまじいバトルで、ジムリーダー・ヒョウタの実力を目の当たりにしたサトシ。翌朝には、いよいよクロガネジムに挑戦だ！ヒョウタの手持ちポケモンを念頭に置き、サトシは迷いながらも３対３のバトルにのぞむメンバーを絞り込む。そしてついに朝をむかえ、ヒョウタとのジム戦の幕が切って落とされた。ヒョウタがくり出したのはなんと、シンジ戦で奥の手に使ったズガイドスだった！いきなりの強敵登場に、果たしてサトシはどう戦うのか！？そして丁度その頃、クロガネシティの炭坑博物館にあやしい影が・・・。

健闘したものの、ジムリーダー・ヒョウタの前に惜しくも敗れたサトシ。ヒカリは、カントーやジョウト地方でゲットしたポケモンたちでの再挑戦を勧めるが、サトシは「絶対にシンオウでゲットしたメンバーで勝ってみせる」と言い張る。そこでタケシはサトシにある練習法を提案する。そして、時を同じくして街の炭坑博物館では、古代ポケモンが大暴れをはじめて大パニックに！いったい何が起こったというのか！？

サトシはロケット団との戦いで見せたポッチャマの動きから、クロガネジム攻略のヒントをつかんだ。しかし、ジムリーダー・ヒョウタのズガイドスは、なんとラムパルドに進化、さらにパワーアップをして手強くなっていた！そして、ついに迎えたサトシのクロガネジム再挑戦、ヒョウタは一番手にイワークを、サトシはピカチュウをくり出した！自信を持ってのぞんだサトシの奥の手とは一体・・・？

次なるジムのあるハクタイシティに向かう道中の草原で、サトシたちは"でんきリスポケモン"のパチリスに出会った。その可愛らしいルックスと愛くるしい仕草に、すっかり一目ぼれしてしまったヒカリは、何が何でもゲットしようとバトルを挑むことに。ポッチャマとミミロルのがんばりで苦戦の末、なんとかパチリスのゲットに成功したヒカリだったが、このパチリス、何ととんでもない性格の持ち主だった！！

サトシたちの目の前に突如として現れた、ボーマンダに乗った謎の女性。彼女はハイテクメカを使いこなし、ポケモンをまるで銅像のように固めて奪い去る、悪のポケモンハンターの一員だった！ポケモン強奪の現場を目の当たりにしたサトシは、ハンターの後を追うが、なんと反撃にあった上にピカチュウを奪われてしまう！ポケモンハンターの悪企みを叩きつぶし、ピカチュウを取り戻すためサトシたちは、同じようにニャースを奪われたロケット団と手を組むことにするが･･･。

ハクタイジム向かう途中、コトブキシティを再び訪れたサトシたちは、テレビコトブキの街頭インタビューを受ける。レポーターから「ビーボタン同盟」という、ポケモンを進化させずに育てて、その強さや美しさをみがくサークルの存在を教わり、興味津々のサトシ。サークルのリーダーが持つという"最強のコイキング"と"最も美しいヒンバス"を見せてもらうため、一行は「ビーボタン同盟」のあるビルに向かうが、そこに「シーボタン同盟」を名乗る別の集団が現れて･･･。

旅を続けるサトシ一行は、通りがかった村のお祭りでポケモンコンテストが開かれる事を知って立ち寄ろうとする。ヒカリはゲットして間もないパチリスでぜひ挑戦しようと張り切っていた。ところが道中、遊んでいたエイパムが崖から落ちてしまった。絶体絶命のピンチからエイパムを救ったのは、なんとロケット団のムサシで･･･。

サトシたち一行は静かな森の中で、一匹の傷ついたビッパに出会う。このビッパ、どうやら仲間とはぐれたらしく、かわいそうに思ったサトシたちは近くの滝に送り届けてあげようとするが、そこに突然ロケット団が現れた！　しかし、いつもと様子が違う。なんとその後に続いて姿を現したのは、激しく怒りまくるハガネールであった！　巨体をうねらせながら辺りをかまわず攻撃してくるハガネール！　サトシたちはロケット団とともにあわてて逃げ出すが・・・。

サトシとヒカリが野原でポケモンバトルの練習をしていると、目に前に突然現れた女性から、そのピカチュウを３日間だけ借りたいと頼まれてしまう。

話を聞けば、彼女はお婆さんとケーキショップを開いていたが、ケーキ作りの手伝いをしていたシュガーという名前のピカチュウが急にいなくなってしまい、３日後に行われるお菓子コンクールに出場できず、困っているのだという。

サトシのピカチュウはシュガーのふりをして、お婆さんのケーキ作りに協力する事にするが、果たして無事にお菓子コンクールの日をむかえることができるのだろうか？

サトシたちはポケモンコンテストが行われるソノオタウンにたどりついた。

そこは美しい花が咲き乱れる街で、花にまつわる不思議な伝説が語り継がれていた。

そんな中、「ポフィン作り教室」が開かれると知ったヒカリは、サトシたちにも参加を勧める。ポフィンとは木の実からつくるポケモンのおやつで、コンテストを目指すポケモン達に与えるといろんな効果が得られるのだという。

"ブーケポケモン"ロズレイドが花の世話をするフラワーショップで、一行はさっそくポフィン作りにチャレンジするが、その姿を見つめるあやしい影が・・・。

ポケモンコンテスト・ソノオ大会を翌日にひかえたヒカリは、ピカチュウをコーチにむかえてパチリスの特訓にはげんでいた。すると、そこに偶然通りがかった少年が、親しげに話しかけてきた。なんと、ヒカリの幼なじみのケンゴであった。彼は、ヒカリよりも早く旅に出ており、最初にもらったポッチャマをすでにポッタイシに進化させている、なかなかの強者。ヒカリを軽く見ているケンゴは、ヒカリのバトル挑戦を断り、逆にサトシを挑発してきた。サトシは、ケンゴからの挑戦を受け、ピカチュウ対ポッタイシで戦うことに。果たしてこのバトルの行方は？そしてヒカリのコンテスト挑戦はいったいどうなるのか？

ポケモンコンテスト・ソノオ大会の第一次審査を思わぬアクシデントでスタートしたヒカリとパチリス。機転をきかせてなんとか演技を終了したが、他の参加者もなかなか手強く、審査通過は難関のようだ。そんな中、ついにヒカリの幼なじみ、ケンゴの演技がスタートした。ケンゴがくり出したポケモンは"ねんりきポケモン"のフーディン。ケンゴはフーディンとの見事なコンビーネーションと演技で、観客をひきつけていく。果たしてヒカリは一次審査に勝ち残り、次のステップに進むことができるのだろうか？

ハクタイシティへ向けて旅を続けるサトシたちは、ある村のポケモンセンターに立ち寄った。そこはジョーイさんとその家族が切り盛りする、小さいながらも明るく楽しいポケモンセンターであった。ジョーイさんの長女のサヤカは"ふうせんポケモン"のフワンテを持っており、近くへのお使いはフワンテに乗ってフワフワ飛んで行くのだという。サヤカがお使いで留守の間、サトシはひょんな事から次女のマイに連れられて森の中の洞窟へ行くことに。そこには姉妹のヒミツのお友達がいるというのだが・・・。

旅の途中でサトシたちは、テレビ番組「シンオウ・ナウ！」のレポーター、ユウカからインタビューを受ける。彼女たちは、辺りのキャンプ場に集まる腕自慢のポケモントレーナーたちを取材しに来たのだという。サトシとヒカリもさっそく腕試しにと、バトル相手を探したところ、めちゃくちゃ強い二人組みのトレーナーのウワサを耳にする。先へと進むサトシたちが出会ったのは、バトル16連勝中の双子の兄弟、イサナとイサムであった。彼らとタッグバトルで戦うことになったサトシとヒカリだが、急ごしらえのコンビで果たして太刀打ちできるのだろうか？

次の街へ向かう道中にある、ハクタイの森にやって来たサトシたちは、大木の下で"たまごポケモン"ラッキーを連れた女性、モミと出会う。彼女は"あまいミツ"を大木に塗り、おびき寄せられた"みのむしポケモン"ミノムッチをゲットしようとしている所だったのだ。聞けばモミは、この森の奥深くにあるという"恐ろしくあまいミツ"を探しに来たのだという。"あまいミツ"の数万倍もの効果があると言われるそのミツは、森の中でもまだ誰も足を踏み入れたことのない場所にあるらしい。モミの話に冒険心をくすぐられたサトシたちは、彼女と行動を共にするが･･･。

ハクタイの森で出会ったモミと共に、伝説の"恐ろしくあまいミツ"を求めてさまようサトシたちだったが、森の中で迷ってしまいなかなか見つけられないでいた。そこに突然、ボーイッシュで元気なお姉さんが飛び出してきた。彼女はサトシのナエトルを見ると、ハイテンションで2対2のポケモンバトルを申し込んできた。バトルを受けて立ったサトシのナエトルに対して、お姉さんがくり出したのは、"さくらんぼポケモン"のチェリンボ。しかし、チェリンボはすぐに2匹目のポケモンとチェンジしてしまった。そのポケモンとは、何とサトシと同じナエトル！　このバトルを制するのは果たして･･･！？

"恐ろしくあまいミツ"発見の重要な手がかりをつかんだサトシ一行は、ザロクの花に集まるミツハニーを追って、森の奥深くまで入り込んで行く。ミツハニーの行く手にあった大きな滝、その裏側にはなんと洞窟の入口が隠されていた！　闇の中、ピカチュウの鼻を頼りに微かな甘い匂いを辿りながら進むサトシ達。洞窟の奥深くで彼らを待ち受けていた驚くべきものとは！？　サトシ達は無事に目的を果たし、洞窟から脱出できるのか！？

人気テレビ番組の特別企画「ポケモンなりきり大会」略して「ポケなり」の公開生放送の現場に居合わせたサトシたち。番組の内容は、ポケモンがメイクや仮装で他のポケモンになりきり、その出来を競い合うという、お祭りノリのバラエティショーだ。優勝者にはポケモンのタマゴがプレゼントされると聞いたサトシは、早速ピカチュウでエントリーしようとするが、ヒカリもタケシもやる気満々！　さらに、噂を聞きつけたロケット団も参加したからもう大変！　このハチャメチャな番組、いったいどーなるの！？

サトシたち一行は、森の中で傷ついたポケモンを連れたトレーナーたちに出会う。聞くと、近くを流れる川辺におそろしく強いブイゼルが出没し、バトルを挑む相手を次々と打ち負かしているのだという。「そんなに強いブイゼルなら、ゲットしてやるぜ」と、サトシは意気込んで川に向かうが、そこにはヒカリのライバル、ノゾミの姿が。彼女もすでに、ブイゼルゲットを考えていたようで･･･。

サトシたちはハクタイシティへと向かう旅の途中、バトルの特訓で疲れたポケモン達を休ませるため、峠のポケモンセンターに立ち寄った。待合室のテレビでは、ちょうどポケモンバトルの映像が流れ、そこでは四天王のゴヨウが見事なポケモンバトルを展開していた。サトシもヒカリも、展開されるバトルの凄さに引き込まれ、テレビに見入っていたが、ふと隣から聞こえた声の方を向くと、何とそこにはゴヨウ本人が！　サトシは早速バトルを申し込むが、ゴヨウからの返事は意外なものだった。

ハクタイシティに着いたサトシたちは、街の歴史博物館で強盗事件に巻き込まれた。犯人は白昼堂々、博物館に展示されていた秘宝"こんごうだま"を奪ったのだ。駆けつけたジュンサーは"スカンクポケモン"のスカンプーと共に、博物館を封鎖するが、捕まったのはなんと、以前旅の途中で知り合った、ポケモン吟遊詩人のナオシさんであった！本人はもちろん、居合わせたジムリーダのナタネも、ナオシの無実を主張するがすっかり犯人扱いされ、聞き入れてもらえない。そこに「異議あり！」という声と共に、もう一人のジュンサーが現れた！

ついにハクタイジムでのジムバトルに挑戦する事になったサトシ。相手は草タイプポケモン使いのジムリーダー、ナタネだ。ナタネの一番手は"さくらんぼポケモン"のチェリンボ、サトシはナエトルをくり出した。草木が茂り、屋根のないバトルフィールドは草タイプポケモンには絶好の条件。果たしてサトシは、以前ナタネに負けたリベンジを果たし、シンオウ地方2つ目のジムバッジを手にすることができるのか！？

次なる目的地、ヨスガシティに向かうサトシたちは、自転車に乗ってサイクリングロードを走っていた。空模様があやしくなってきたので、一行はサイクリングロードの近くにあるポケモンセンターに向かおうとするが、同じタイミングで、タケシが持っていたタマゴからポケモンが生まれそうな気配が。急いで、ポケモンセンターに駆け込んだところ、サトシたちの目に飛び込んできたのは、すっかりさびれたポケモンセンターと、自信を失って落ち込んでいるジョーイさんの姿であった。タケシはそんなジョーイさんに、タマゴを託そうとするが･･･。

ヨスガシティを目指す道中、大きな河に行き当たったサトシ一行は、観光用の蒸気船に乗って移動することに。サトシたちは、船のデッキからのきれいな眺めを見せてあげようと、手持ちポケモン全員をモンスターボールから出す。これには、みんな楽しそうに大はしゃぎ。船の出発までまだ時間があるのでサトシ、ヒカリ、タケシは、近くのお店へ買い物に行くことにした。その間、船でピカチュウたちはお留守番をするが、トレーナーがいなくなるや、パチリスたちはドタバタ大騒ぎ！　一体どうなるの！？

ポケモンジムとコンテスト会場があるという、ヨスガシティを目指して旅を続けるサトシたち。道中でシンオウ地方の四天王より強いという、チャンピオンのシロナがこの辺りまでやって来ていると聞く。近くの公園に集まった野次馬をかき分け、シロナの姿を見つけたサトシたち。その目に同時に飛び込んできたのは、なんとライバル・シンジの姿。

シンジは、大胆不敵にもはるかに格上のシロナにポケモンバトルを挑む。余裕で挑戦を受け入れたシロナはガブリアスを、シンジはヒコザルをくり出した！

果たしてこのバトル、シンジに勝ち目はあるのか！？

旅の途中、森の中で突然サトシたちの目の前に現れたムウマとニャルマー。どことなく見覚えのある、このポケモンたちに導かれて一行が進んだ先には、なんと足をケガしたノゾミの姿が。応急処置をし、近くのノゾミのキャンプまで移動するサトシたち。ヒカリはそこで、ノゾミから次回のポケモンコンテスト・ヨスガ大会は一次審査、二次審査共にポケモンを2体ずつ使ったダブルパフォーマンスで挑戦しなければならないと聞く。未経験のダブルパフォーマンスに不安を感じるヒカリに、ノゾミは一緒に練習しようと持ちかけるが･･･。

ヨスガシティを目指して、旅を続けるサトシたちは、広い野原で度重なる雷に遭遇した。大慌てで逃げまどうサトシたちが目にしたのは、"いなずまポケモン"ラクライの姿。雷はラクライの仕業だったのだ。そこに現れたのは、ユースケと名乗る青年。彼は、ポケモンの訓練士で、ラクライが発する雷を制御できるように訓練していた所だったが、なかなか言うことを聞いてくれないのだという。その様子を見たタケシは、ラクライを世話したいと申し出る。果たして、プロもてこずるこのラクライの訓練。タケシは成功できるのだろうか？

旅の道中、道に迷ったまま夜を迎えたサトシたち一行は、雨に降られて近くの朽ち果てた門の下に駆け込んだ。すると、おかしな事に門の向こう側は全く雨が降っていない。サトシたちは謎めいた門の先へと進むが、そこに待っていたのは、タケシの事が大好きなジョーイさんとジュンサーさんや、突然現れた巨大なコロシアムでのグラードンとレックウザのバトルなどなど、とても不思議な光景ばかり。そのうえ、サトシとヒカリは世界一のトレーナーとコーディネーターの決定戦に招待されて･･･って、そんな夢みたいな話、本当にあるの？

サトシたちは旅の途中、高い崖の途中で身動きが取れなくなった"カバポケモン"のヒポポタスを見つける。困っているヒポポタスを協力してなんとか助け出した一行だったが、安心したのもつかの間、目の前にテレビ・コトブキの取材スタッフが現れた！

なんでも彼らはヒポポタスの生態を追うドキュメンタリー番組の撮影中で、一匹だけ群れからはぐれたヒポポタスを探していたら、サトシたちに出くわしたのだという。サトシたちは迷子のヒポポタスを群れに戻すため、一肌脱ごうとするが･･･。

ポケモンマスターをめざし、シンオウ地方を旅するサトシたち一行。またもやポケモンハンターＪの悪事に遭遇する。

旅の途中、ヒカリは森の向こうのポケモンセンターでポケッチの新アプリがもらえるというお得な情報をゲットする。しかし、アプリの追加は今日の夕方までの限定サービス！！

そこで、ヒカリとサトシたちは、近道と聞いた洞窟を抜けることに。すると突然、洞窟内で、ゴローン、ゴローニャの群れに襲われ、サトシたち、ポケモンたちは、バラバラになってしまう。さらに洞窟の先は、岩の迷路になっていた。果たして、サトシたちは無事迷路の抜け出し、ポケッチの新アプリをゲットできるのか？

旅の途中サトシたちは、"ねんりきポケモン"ケーシィを連れた女の子・ミルに声をかけられる。なんとケーシィのテレポートで、ヨスガシティへ連れて行ってくれるというのだ。幸運なサトシたちだったが、テレポートした目の前に広がるのは、湖だけ。ミルに理由をたずねると、湖の底に沈んだ学校の中でモンスターボールを探したいという･･･。

A clip show unaired outside of Japan summarizing the important events of the first 47 Diamond and Pearl episodes, including Satoshi's (Ash's) victories over Hyouta (Roark) and Natane (Gardenia) and the introductions of new rivals Shinji (Paul) and Nozomi (Zoey).

On their way to Hearthome City, Ash, Dawn and Brock recall their adventures together so far.

ついにヨスガシティにたどり着いたサトシたちは、ポケモン吟遊詩人のナオシと久々に再会した。どうやら、ナオシも"こおろぎポケモン"のコロトックと共にコンテストに出場するらしい。さらに、コンテスト会場正面の広場は、ダブルパフォーマンスに向けて練習をしているコーディネーターたちで賑わう。そこには、ニャルマーとカラナクシで優勝を狙うノゾミの姿も。今回のヨスガ大会は、ポケモンを二体使ってのダブルパフォーマンス！そしてダブルバトル！強敵ぞろいの大会で、ヒカリは、2つ目のリボンをゲットすることができるのか！？

ようやくヨスガシティにたどり着いたサトシたち。ところが、ヨスガジムのジムリーダーは旅に出ていて留守のため、ジム戦はお預け。その代わりに、ヨスガシティの名物タッグバトル大会にエントリーすることに。大会は、3日間に渡って繰り広げられ、その場に集まったポケモントレーナーとエントリー時にもらったカードを元にタッグを組み、優勝を目指すというもので、まるでポケモンリーグのような盛り上がり！　ヒカリは、勝てるポケモンバトル方程式を持つというコウヘイと、タケシは、キャモメをつれた素敵なおねえさんのホノカとパートナーを組むことに。そして、サトシのパートナーに選ばれたのは、なんとライバルのシンジだった！

なんとか一回戦を勝ち進んだ、足並みの揃わないサトシとシンジのタッグ。シンジは２回戦に向けて、ヒコザルにさらに厳しい特訓を強いる。それを見かねたサトシたちは、ヒコザルを何故そこまで追い詰めるのかと問いただす。するとシンジは、静かにヒコザルとの出会い、そして"ネコイタチポケモン"のザングースとヒコザルの過去などを語りだした･･･。

二回戦にもヒコザルを投入し、なんとか準決勝に進出したサトシとシンジだったが、ヒコザルのバトルに納得できず、ついにシンジはヒコザルを逃がすことに。

それを見ていたサトシは一緒に旅をして強くなろうと声をかけ、ヒコザルをゲットする。

タッグバトル大会ではヒカリ、コウヘイのタッグが、早くも3回戦に勝利し、ファイナル進出が決定。また、タケシ、ホノカＶＳサトシ、シンジの3回戦では、シンジの一方的なバトルで勝利する。タッグとしてまったくかみ合わないサトシ、シンジのタッグはついに、ファイナルでコンビネーションが抜群のヒカリ、コウヘイのタッグと対戦！

果たしてファイナルを制するのはどっちのタッグか？

そして、ファイナルでサトシが選ぶポケモンとは？