小光是住在神奥地方的十岁少女。今天是她以新人宝可梦训练家身份出去冒险旅行的日子。她为了拿到第一只宝可梦，朝向隔壁镇的宝可梦研究所前进，但是中途却迷了路。而此时，新人用宝可梦草苗龟、小火焰猴、波加曼，刚好在研究所内大打出手，导致研究所内的宝可梦们也窜逃出去…

小光以祝庆市为目标旅行的途中，撞见了受伤的皮卡丘，本来想收服它，但是却发现皮卡丘已经是有训练家的宝可梦。此时，火箭队出现，开始攻击皮卡丘，小光路见不平救了皮卡丘，随后她带著体力耗尽的皮卡丘到宝可梦中心，并决定要帮皮卡丘寻找它的训练家。另一方面，在寻找皮卡丘的小智，遇上了君莎小姐，小智听从君莎小姐的建议，先到了山梨研究所去，结果…

使用刚收服到的姆克儿来找皮卡丘的小智，遇上了正在收服姆克儿的少年。虽然小智对於这个少年收服宝可梦的态度，感到很不悦，但是当少年提出要和小智做三对三的对战时，小智因为身边只有两只宝可梦所以无法跟他对战。而此时，火箭队刚好在附近袭击皮卡丘，虽然皮卡丘用「伏特攻击」还击，但仍然败给了火箭队的新机器。发现「伏特攻击」的电击而赶到的小智，跳上机器想要救皮卡丘，企图阻止他的火箭队也因此自取灭亡。救回皮卡丘的小智在回到山梨研究所後…

才刚开始一起旅行就已经闹不合的小智与小光，小光干劲十足地准备要收服野生的卷卷耳，但是因为小智在一旁多嘴，结果两人就这样吵了起来。而此时出现在他们面前的是带著「花苞宝可梦」含羞苞的吟游诗人「尚志」。小光想要让小智认同自己的实力，於是就向尚志提出对战比赛的邀请，不过…

在前往祝庆市的途中，皮卡丘被火箭队的热气球带走。小智在姆克儿帮助下，成它a击落热气球。可是，热气球坠落的地方是在有点远的湖泊边，小智一行人立即往湖泊的方向跑去。另一方面，皮卡丘被野生的草苗龟搭救了。干劲十足的草苗龟保护皮卡丘，赶走了火箭队，甚至连随後赶到的小智一行人也被它误会成敌人…

收服到新同伴草苗龟之后，继续旅行的小智一行人，在他们面前出现了以前曾向小智挑战的少年真司。他跟小智一样计划去钢铁道馆挑战，而他现在为了道馆赛正在增加自己的战力。於是小智使用草苗龟，真司使用小火焰猴来对战。对战中，火箭队又过来捣蛋，使得小智一行人又分散开来…

以宝可梦华丽大赛为目标的小光，虽然对波加曼展开特训，但是进行得不是很顺利。这时候波加曼偷偷离开小智和小光等人，独自进行特训。然而，还是一直不断地失败。这时候，沼王、乌波、蚊香蝌蚪背著浑身是伤的哥达鸭出现在波加曼面前。哥达鸭好像是因为别的宝可梦抢了它们的树果，所以才受伤的。知道这件事的波加曼，对它们表示「一切都交给我！」但是…

火箭队的喵喵在便利商店买完东西之后，在商店门口看到一只满脸不高兴、十分奇妙的宝可梦。喵喵在一瞬间和它眼神相对之后，觉得它形迹可疑而想要早点离开。可是那只宝可梦，却摆出一副有气无力的样子一直跟在喵喵后面。觉得很不舒服的喵喵，虽然迈步逃命却…。这只神秘的宝可梦，它的真面目究竟是？

小智一行人的旅程，总是从慌慌张张的早晨开始。小光唉唉叫著头发梳不顺，小智则是被长尾怪手恶作剧，手忙脚乱地想要拿回自己的帽子。这时候，帮忙夺回帽子的皮卡丘一股脑地飞奔到车道上，正好迎面遇上君莎小姐的白色机车！眼看就要发生交通事故时，有人冲出来救了皮卡丘。展现出过人跳跃力的人物究竟是谁呢！？

小智一行人抵达了神奥地方最繁荣的大都会祝庆市。小光边拿著杂志边寻找东西，她似乎是无论如何都想要得到现在最流行的便利手表「宝可梦表」。小光冲劲十足地说「绝对要得到手才行」，可是突然听到宝可梦表停止贩售的消息，却让她心情低落。这个时候，在她的面前出现了温柔的小丑…

小光即将在祝庆市，参加她的第一场宝可梦华丽大赛。虽然她换上了比赛用的礼服，情绪非常高昂，但却因为把重要的首饰弄丢，在比赛之前就开始感到不安。之后，小光和波加曼为了参加大赛，以小智和皮卡丘为对手进行特训，但是看到这个状况的长尾怪手，突然打断练习，展现了惊人的招式…

参加宝可梦华丽大赛祝庆大会的小光和小智，平安地通过了第一次审查，晋级到第二次审查 华丽对战赛。小智信心满满地表示要照这样一路赢下去，连钢铁道馆的徽章也一起得到手，但是听到他这麼说的少女小望却对他说：「如果把目标放在道馆，希望你不要来参加华丽大赛」…

在前往钢铁市的途中，小智和姆克儿为了准备挑战神奥地方最初的道馆赛，在森林里进行特训。他们在森林里偶然遇见一位观察兼管理森林中鸟宝可梦的女性「夕雁」。经由她的推荐，小智一行人也尝试观察鸟宝可梦的工作，但是状况看起来很奇怪。依照夕雁的说法，最近森林里的鸟宝可梦数量骤减，所以她正在调查原因。一行人决定要协助调查，结果却遇上了意想不到的事件！

小智、小光和小刚一行人在前往钢铁市途中的山上，遇见了乔依小姐以及受伤的长鼻叶。畏惧人类的长鼻叶，不断吓阻乔依小姐。小刚活用了身为宝可梦培育家的经验，让长鼻叶解除警戒并接受他的治疗。之后小刚还代替忙碌的乔依小姐，将这只长鼻叶带回它所居住的大树，但是途中，有人把长鼻叶和小刚的爱哭树给抓走了。

为了挑战在神奥地方最初的道馆战，小智一行人来到了钢铁市，可惜的是道馆馆主外出了。一行人前往郊外的炭坑，并在那里遇到一名和化石说话、不可思议的男子「瓢太」。原来他就是这个地方的道馆馆主。小智立刻向他要求进行道馆战，可是却因为有人抢先一步挑战，所以必须依序等待。而那名先到的人，竟然就是小智的劲敌真司！小智一行人观摩了瓢太对真司的道馆战，而他们所看到的是…

真司早一步进行的惊人对战，让小智见识到道馆馆主瓢太的实力。隔天早上终於要轮到小智挑战钢铁道馆了！心想著瓢太所持有的宝可梦，小智虽然有些犹豫，但还是选出了三对三对战赛的成员。然后，早晨来临，他与瓢太的道馆战就这样揭开序幕。瓢太使用的第一只宝可梦，竟然是在对真司之战时，最后才派出来的头盖龙！面对突然登场的强敌，小智到底该如何应战！？然后就在同一时间，钢铁市的炭坑博物馆出现了可疑的人影…

虽然努力奋战，小智还是很可惜的败给了道馆馆主瓢太。虽然小光劝他使用在关都或城都地方收服的宝可梦再度挑战，但小智坚持「我绝对会用在神奥收服的成员获胜给大家看的」。这时候，小刚对小智提议了某个练习方法。然后在同一时间，市区的炭坑博物馆那里，有古代宝可梦开始大闹，造成一阵恐慌！到底是发生了什麼事情呢！？

小智在对付火箭队的战斗中，从波加曼的动作得到攻略钢铁道馆的诀窍。可是，道馆馆主瓢太的头盖龙竟然进化为战槌龙，威力更加升级，变得更难对付了！然后，小智再度挑战钢铁道馆的时候终於又来了，面对瓢太拿出的第一只宝可梦大岩蛇，小智派出皮卡丘应战了！满怀信心挑战的小智，他的最后王牌到底是…？

小智一行人前往下一间道馆的所在地百代市，在途中的草原上遇见了「电气松鼠宝可梦」帕奇利兹。那可爱的外表和惹人怜爱的举动让小光对它一见钟情，决定无论如何都要收服它而向它挑战。靠著波加曼和卷卷耳的努力，小光在苦战之后总算是成功地收服了帕奇利兹。但是，这只帕奇利兹却有著令人头大的个性！！

在小智一行人面前，突然出现了一名乘著暴蝾螈的神秘女性。她是利用高科技机械将宝可梦如铜像般固定之后，再加以掠夺的邪恶的宝可梦猎人之一！目击到抢夺宝可梦现场的小智，追上了猎人，没想到不但遭受反击，就连皮卡丘也被夺走了！为了击溃宝可梦猎人的邪恶企图，并且夺回皮卡丘，小智和同样被抢走喵喵的火箭队携手合作，但是…

在前往百代市途中，再度造访祝庆市的小智一行人，接受了祝庆电视台的街头采访。采访记者告诉大家有个叫「B按钮同盟」的社团，他们主张在不进化的情况下培养宝可梦，著重於磨练宝可梦的强韧度及美丽度，让小智听了非常感兴趣。为了看看传说中社团领导人所拥有的「最强的鲤鱼王」和「最美丽的笨笨鱼」，一行人前往「B按钮同盟」所在的大楼，但是却有别的自称「C按钮同盟」的集团出现…

继续旅行的小智一行人，在经过某个村庄时，知道村庄祭典上即将举办宝可梦华丽大赛，於是决定前往参加。小光鼓足干劲，想要以才刚收服到的帕奇利兹出赛。不过途中，边走边玩的长尾怪手掉到悬崖下去了，然而把长尾怪手从生死危机中解救出来的，竟然是火箭队的武藏…

小智一行人在宁静的森林里，遇到一只受伤的大牙狸。这只大牙狸，似乎是和同伴走散了，於是小智一行人决定送它回到附近的瀑布去时，火箭队就突然出现了！可是，他们感觉跟平常不太一样。而跟在他们后头出现的竟然是一只怒气冲天的大钢蛇！而大钢蛇扭动巨大躯体，根本不管四周是什麼只是一直攻过来！小智一行人和火箭队一起慌张逃命，但是…

小智和小光在原野上进行宝可梦对战练习时，突然出现一位女性拜托小智将皮卡丘借给她三天。询问缘由之后，知道她和老奶奶一起经营蛋糕店，但是在店里帮忙做蛋糕、名叫糖糖的皮卡丘却突然不见了，这使得她们无法参加三天后要举办的点心大赛，而烦恼得不得了。虽然小智的皮卡丘装成糖糖的样子去帮忙老奶奶做蛋糕，但是他们真的能平安无事地迎接举办点心大赛的日子吗？

小智一行人抵达即将举办宝可梦华丽大赛的苑之镇了。那里是个百花盛开的美丽城镇，还流传著以花为中心的不可思议传说。就在那时小光发现有人开办「面宝制作教室」，於是便劝说小智他们也一起去参加。所谓的面宝就是用树果所制作的宝可梦点心，让以参加华丽大赛为目标的宝可梦们吃下的话，就会产生许多不同的效果。在有「捧花宝可梦」罗丝雷朵负责照顾花朵的花店里，小智一行人立即开始挑战制作面宝，但是却有可疑的身影正在看著他们…

隔天就要参加宝可梦华丽大赛苑之大会的小光，正请皮卡丘当教练帮帕奇利兹进行特训。而此时，偶然经过附近的少年，很亲暱地跑来打招呼。原来他是小光的青梅竹马「健悟」。他比小光还早出发旅行，而且已经让最初得到的波加曼进化为波皇子了，是个实力相当强的对手。看轻小光的健悟拒绝了小光的对战挑战，反倒向小智挑衅。小智接受了健悟的挑战，於是皮卡丘将和波皇子战斗。究竟这场对战会有什麼结果？还有小光对华丽大赛的挑战到底会如何演变呢？

小光和帕奇利兹参加宝可梦华丽大赛苑之大会，一开始就遇上料想不到的意外。虽然小光临机应变，惊险地完成表演，但是其他参加者也相当强，要通过审查似乎是个难关。然後，小光的青梅竹马「健悟」也开始表演了。健悟派出的宝可梦是「念力宝可梦」胡地。他们精采的搭档表演吸引了观众的目光。究竟小光能不能通过第一次审查，晋级到下一个阶段呢？

朝著百代市继续旅行的小智一行人，中途到了某个村子的宝可梦中心。那是个由乔伊小姐一家人所管理，虽然规模不大却有著开朗快乐气氛的宝可梦中心。乔伊小姐的大女儿沙耶香拥有「气球宝可梦」飘飘球，到附近跑腿办事时都会搭乘飘飘球飘去。在沙耶香出门办事的时候，小智被她妹妹小舞带到森林中的洞窟去。据说那里有她们姊妹俩的神秘好友，但是…

小智一行人在旅行途中，接受了电视节目「神奥NOW！」的记者「由佳」的访问。据说她和工作人员，是要去采访聚集在附近露营区的那些自信满满的宝可梦训练家。小智和小光也立刻就开始寻找能一试身手的对战对手，就在此时，他们听到有乱强一把的训练家二人组的传闻。前去找人的小智一行人遇见的是已经对战16连胜的双胞胎兄弟，勇崎和勇武。小智和小光决定要与他们进行双打对战，但是临时组成的拍档究竟能不能与他们相抗衡呢？

朝向下一座城镇前进的小智一行人，来到位於半途的百代森林，并在大树下遇见了带著「蛋宝可梦」吉利蛋、名叫芽米的女性。她把「甜蜜」涂在大树上，正在收服因此被吸引过来的「包叶虫宝可梦」结草儿。询问之下，才知道芽米是为了寻找存在於这座森林深处的「可怕的甜蜜」而来。据说这种效果是「甜蜜」的数万倍的蜜，就存在於森林中还没有任何人涉足过的地方。被芽米挑起冒险心的小智一行人，打算和她共同行动，但是…

小智一行人和在百代森林认识的芽米一同寻找传说中的「可怕的甜蜜」，但是却在森林中迷路，迟迟找不到目标。这时候，突然冒出了一位男孩子气的大姐姐。她一看见小智的草苗龟，就情绪高昂地要求进行2对2的宝可梦对战。面对接受对战的小智所使用的草苗龟，那位大姐姐所使用的是「樱桃宝可梦」樱花宝。可是，樱花宝很快就和第二只宝可梦换手了。而那只宝可梦，竟然是和小智一样的草苗龟！能打赢这场对战的究竟会是…！？

小智一行人得到发现「可怕的甜蜜」的重要线索之後，跟在三蜜蜂後头，往森林深处前进。在三蜜蜂最後飞到的地方有一座大瀑布，而在那後面竟然隐藏著洞窟的入口！在黑暗之中，小智一行人仰赖皮卡丘的鼻子所嗅到的些微甜味前进。在洞窟深处等待著他们的惊人之物为何？小智一行人可以平安达成目的，并脱离洞窟吗？

小智一行人正巧遇上热门电视节目的特别企划「宝可梦扮演大会」简称为「神奇扮演」的活动转播现场。节目的内容是让宝可梦藉由化妆或扮装的方式扮演成其他的宝可梦，并且竞争其扮演相似度，是个像热闹庆典的综艺节目。小智听说优胜者可以获得宝可梦蛋之後，马上就让皮卡丘登记参赛，但是小光和小刚也是斗志十足！而且，因为火箭队听到传闻後也跑来参加比赛，简直是糟透了！这个胡搞瞎搞的节目，究竟会变成什麼样子！？

小智一行人在前往百代市的旅途中，为了让在对战特训後感到疲累的宝可梦们休息，就到顺路的宝可梦中心去。候诊室的电视正好在播放著宝可梦对战的画面，四天王悟松正展开令人赞叹的宝可梦对战。小智和小光，都受到对战的惊人水准吸引而看电视看得出神，但是突然听到人声转头一看，悟松本人竟然就在身旁！虽然小智立刻就提出对战邀约，但悟松却给了他意外的答覆。

抵达百代市的小智一行人，在百代的历史博物馆里被卷入强盗事件之中。犯人在光天化日之下将展示於博物馆内的秘宝「金刚玉魂」给夺走了。赶到现场的君莎和「臭鼬宝可梦」臭鼬噗一起封锁了博物馆，然而逮捕到的人，竟然是以前在旅途中认识的宝可梦吟游诗人「尚志」！尚志本人当然否认犯案、凑巧在现场的道馆训练家「菜种」也主张他无罪，但尚志完全被当成犯人，所说的话完全不被相信。就在这时候，随著「我有异议！」的声音，另一位君莎出现了！

小智终於要在百代道馆挑战道馆对战赛了，对手是身为草系宝可梦使用者的道馆训练家菜种。菜种派出的第一只是「樱桃宝可梦」的樱花宝，而小智则是派出了草苗龟。草木茂盛，没有屋顶的对战场地对草系宝可梦来说是绝佳的条件。究竟小智能不能，一雪之前败给菜种的前耻，得到在神奥地方的第二个道馆徽章呢！？

朝向下一个目的地，缘之市前进的小智一行人，骑著脚踏车奔驰在单车路上。因为天气开始变坏，所以一行人往位在单车路附近的宝可梦中心去，但在同一时间，小刚带著的蛋似乎就快要孵化出宝可梦了。一行人急忙赶到宝可梦中心时，映入他们眼中的是萧条的宝可梦中心，以及失去自信、意志消沉的乔伊小姐。小刚要把蛋交给失意的乔伊小姐照顾，但是…

在前往缘之市的路途中，遇上大河的小智一行人，决定搭观光用的蒸汽船来移动。为了让宝可梦们欣赏从甲板上所看到的漂亮风景，小智一行人将他们持有的宝可梦全都从精灵球里放了出来。结果，大家都兴奋得不得了。因为还要一段时间才会开船，所以小智、小光和小刚决定到附近的商店去买东西。这段时间，由皮卡丘它们在船上留守，但是训练家一不在，帕奇利兹它们就开始疯狂大闹！事情到底会变成怎样！？

小智一行人以宝可梦道馆和华丽大赛会场的所在地、缘之市为目标持续旅行。途中，他们听说比神奥地方的四天王更强的冠军「竹兰」来到了附近。穿过聚集在附近公园里的围观人群後，小智一行人看到了竹兰的身影。然而同时映入眼帘的人物，竟然是宿敌真司！真司无所畏惧的挑战地位崇高的竹兰，要求进行宝可梦对战。从容接受挑战的竹兰派出烈咬陆鲨，真司则是派出小火焰猴！究竟在这场对战中，真司会有胜算吗！？

旅行途中，在森林里突然有梦妖和魅力喵出现在小智一行人面前。在这些似曾相识的宝可梦带领之下，一行人前进到最後居然发现脚受伤的小望。紧急治疗之後，小智一行人把小望送回她在附近搭的帐篷。小光这时候才从小望口中得知，下次的宝可梦华丽大赛「缘之大会」的第一次审查和第二次审查，都得使用两只宝可梦来挑战双人演出。面对没有双人演出经验而感到不安的小光，小望提议要一起练习，但是…

以缘之市为目标持续旅行的小智一行人，在宽广的原野当中遇上了连续的雷击。慌忙逃命的小智一行人，见到了「闪电宝可梦」落雷兽的身影，而雷击正是它的杰作。这时出现一位名叫裕辅的青年，他是宝可梦训练师，正在帮落雷兽做控制雷电的训练，但是落雷兽却不听使唤。看见这情况的小刚，主动提议要照顾落雷兽。究竟，这只连专家都感到棘手的落雷兽，小刚能够成功地帮它完成训练吗？

在旅行的途中，小智一行人在迷路的状况下迎接夜晚的到来，并且因为下雨的关系躲入附近朽烂的门廊下。这一躲，才诡异的发现门的对面完全没有下雨。虽然小智一行人通过充满谜团的门向前走，然而等待著他们的，竟是爱死小刚的乔依小姐和君莎小姐，还有在突然出现的圆形竞技场里有固拉多与烈空坐正在进行对战…等等，都是些非常不可思议的光景。更惊人的是，小智和小光受邀参加世界第一训练家和协调训练家的决赛…这种像梦一般的事情，会是真的吗？

小智一行人在旅途中，发现了困在高耸悬崖半空中而动弹不得的「河马宝可梦」怪河马。虽然一行人总算是成功帮助怪河马脱困，但没有安心多久，祝庆电视台的采访人员就出现了！原来他们在为节目拍摄追踪怪河马生态的纪录片时，发现有一只怪河马走散，然後在寻找途中遇到了小智一行人。为了让迷路的怪河马回到同伴身边，小智一行人决定要帮忙，但是…

以成为宝可梦大师为目标，在神奥地方旅行的小智一行人。又再度遇上宝可梦猎人J为恶的场面。

旅途当中，小光得到情报指出，可以在森林对面的宝可梦中心取得宝可梦表的新的应用程式。可是，追加应用程式的限定优惠时段只到今天傍晚！！为了赶时间，小光和小智一行人决定穿越听说是捷径的洞窟。但是突然间，他们在洞窟里遭到成群的隆隆石和隆隆岩袭击，小智一行人和宝可梦们，全都分散开来了。而且在洞窟外头，是一座岩石迷宫。究竟小智一行人能够平安脱离迷宫，得到宝可梦表的新的应用程式吗？

小智一行人在旅途中，被带著「念力宝可梦」凯西、名叫小麦的女孩子搭讪。她竟然主动说要用凯西的瞬间移动带大家到缘之市去。觉得很幸运的小智一行人，在瞬间移动之後，出现在他们眼前的却只有一座湖。向小麦询问理由之後，才知道她想要到沉入湖底的学校去寻找精灵球…

小智与小光讲述前面集数所发生过的事情。(总集篇 第1集)

终於抵达缘之市的小智一行人，和宝可梦吟游诗人「尚志」久违重逢。看来，他好像也要和「蟋蟀宝可梦」音箱蟀一起参加华丽大赛。而且，华丽大赛会场前方的广场，因为在练习双人演出的协调训练家们而变得非常热闹。其中，也包括想以魅力喵与无壳海牛来赢得优胜的小望。这次的缘之大会，是使用两只宝可梦的双人演出，以及双人对战！在强敌环绕的大会中，小光能够赢得第二个缎带勋章吗？

小智一行人总算是抵达了缘之市。然而，缘之道馆的馆主外出旅游了，所以道馆战只好延期。取而代之的，是大家一起参加缘之市有名的双打对战大会。为期三天的大会中，集合在会场的宝可梦训练家将以登记参赛时拿到的卡片为依据组成双打，以赢得优胜为目标，就像是宝可梦联盟一样热闹非凡！小光是和自称拥有必胜宝可梦对战方程式的考平一组，而小刚则是与带著长翅鸥的美丽大姐姐焰华搭档。然後，被选为小智搭档的人，竟然是宿敌真司！

步调无法一致的小智与真司这组双打，有惊无险的打赢了第一轮。为了准备第二轮比赛，真司强迫小火焰猴进行更加严格的训练。小智一行人看不下去，於是质问真司为什麼要把小火焰猴逼到那种地步。一问之下，真司静静的道出他与小火焰猴的相遇、以及「猫鼬宝可梦」的猫鼬斩与小火焰猴的过去…

第二轮也派出小火焰猴，总算是晋级到准决赛的小智与真司，但是真司对小火焰猴的对战表现不满意，终於决定放走小火焰猴。看到这种情况的小智，邀小火焰猴一起旅行、一起变强，就这样收服了小火焰猴。在双打对战大会中，小光与考平这组双打，很快就打赢第三轮比赛，确定晋级到最终对决。此外，小刚与焰华VS小智与真司的第三轮比赛，靠著真司单方面进行的对战赢得胜利。以双打来说完全不合拍的小智与真司这组双打，终於要在最终对决和默契配合一流的小光与考平这组双打进行对战！究竟是哪一组双打会称霸最终对决？另外，小智会在最终对决派出哪只宝可梦呢？