故事主角是一个名叫小智的男孩，今年刚满十岁，住在真新镇中，与母亲相依为命。原来在那里，任何人只要一满十岁，就可以成为神奇宝贝训练家，并从神奇宝贝学家大木博士手中领取一只神奇宝贝。小智为了要成为一流的神奇宝贝大师而必须踏上修行的旅程接受考验。不料出发的当天，小智却因睡懒觉而误了时间，比其他人晚了一步。好不容易从博士那里领来没人要的皮卡丘，谁知皮卡丘却难以照料又特别固执。但在与烈雀的战争中，小智终于和皮卡丘建立起珍贵的友谊，并击退了烈雀，但皮卡丘却受了重伤……

小智带着受了重伤的皮卡丘来到常磐市的神奇宝贝中心，却遇到了专门绑架神奇宝贝的火箭队——武藏与小次郎，以及他们的神奇宝贝——阿柏蛇及瓦斯弹，外加一只喵喵。但是小智和小霞根本没办法与火箭队抗衡，就在千钧一发之际，利用脚踏车发电的皮卡丘终于恢复了健康，也一举把火箭队打得落花流水……

白天更加漆黑的常磐森林，充满了许许多多的昆虫神奇宝贝，小智收服的第一只神奇宝贝─绿毛虫，却喜欢着害怕毛虫的小霞，产生了一些趣事。在收服了第二只神奇宝贝─比比鸟之后，火箭队为了夺取皮卡丘的行动，而比比鸟又在阿柏蛇及瓦斯弹的双重攻击下受伤，绿毛虫却以反败为胜的姿态更进化成铁甲蛹。

武士少年对小智提出了神奇宝贝的挑战，致使刚被比比鸟收服的独角虫逃离了，连着两次上场的比比鸟也因此而落败；铁甲蛹的坚硬赢了大甲的攻击。大针蜂的群体攻击使得小智们落荒而逃，而铁甲蛹也被大针蜂给夺走了，小智为了夺回铁甲蛹与大针蜂再次正面冲突，此时的铁甲蛹又进化了；借着巴大蝴的秘技─睡眠粉，小智一群人平安地度过了这次危机，而小智更朝着成为神奇宝贝大师的旅途继续努力。

小智和小霞离开常磐森林，来到了尼比市，与尼比道馆的小刚进行第一次决斗，皮卡丘的特训之后，终于赢了小刚的大岩石，得到了第一个徽章。也与第三位伙伴——小刚，一同踏上成为神奇宝贝大师之路。

神奇宝贝的研究员——李科，以及破坏捣蛋的火箭队，聚集在拥有月亮石的月见山；在一场保卫战之后，小智等人和皮皮们终于赶走了坏人，在月见山过着幸福快乐的生活。

为了获得华蓝道馆的徽章，小智与小霞展开了一场战斗，但却遇上了火箭队的捣蛋；皮卡丘再次发挥实力，让小智获得了第二个徽章。

小智与连赢九十八场的小明相遇了；穿山鼠连胜比比鸟及巴大蝴，火箭队却偷走了穿山鼠，在一串战斗当中，历经严格训练的穿山鼠，终于连胜一百场。

小智三人在森林中迷路，白茫茫的雾中见到一位少年被围起来欺负。原来他们都是神奇宝贝学校的学生。小智为了替小淳出气，打败优点骄子。

迷路的小智等人掉落河里，获救后一路又是陷阱又是坑洞，最后到地图上没记载的神奇宝贝村。许多受伤被抛弃的神奇宝贝就在这里疗伤。好心收留它们的女孩名叫小翠。小智为她打败图谋不轨的火箭队，最后小翠叫妙蛙种子跟随小智离开，磨练自己。

小智三人向枯叶市前进途中，在山头遇见一只体力衰弱的小火龙。它在岩上不知是在等谁,小智收服失败后来到神奇宝贝中心，在那里遇见佑大。他就是抛弃小火龙的饲主。最后由于小智救了小火龙，在小火龙的选择下，决定跟小智一起走。

杰尼龟军团和火箭队连成一气欺负小智等人。皮卡丘接近死亡边缘被关起来。小智为了买疗伤的药而奔走。眼看约定的时间刻刻逼近……

小智一行人走出森林来到沙滩。在那里遇见了住在灯塔的神奇宝贝研究家正辉。他在那里等候全世界只有一只的神奇宝贝。最后浓雾的另一边出现巨大影子，传说中的神奇宝贝真的存在吗？

小智一行人终于来到枯叶市。首先到神奇宝贝中心填饱肚子，在那里，小智等人目击了好几只身受重伤的神奇宝贝。原来他们是向枯叶市道馆的训练家挑战而被打伤的。皮卡丘对付进化型的雷丘，看似完全没有胜算。小智他们会成功拿到第三个徽章吗?

小智等人来到停泊国外船只的港口。在那里得到神奇宝贝训练家派对的招待券，他们不知这是火箭队的阴谋，傻傻上船了，还在那里与人交换神奇宝贝……

小智等人在船上受到火箭队攻击。就在一片混战中，船不知不觉漂到湾外，还遇到暴风雨。船员与乘客们都搭救生艇逃脱了，只有小智等人与火箭队昏迷在船上。眼看船只渐渐沉没，神奇宝贝逃亡剧开始了……

小智等人与火箭队被暴鲤龙的龙之怒给吹跑，还与自己的神奇宝贝们分散。他们在岛上互相寻找对方。这座岛有许多巨大无比的神奇宝贝，这里到底是哪里呢？

渡假村蓝普尔其，柳爷爷的梦想是乘着一艘船游览世界一周，于是小智等人便帮忙柳爷爷工作。但是火箭队和附近的金婆婆想尽办法破坏。最后火箭队等人又被打飞出去了。而柳爷爷也开始了他的梦想。

小智等人来到一个码头都市，在那里遇见与金婆婆长相一模一样的银婆婆。她矢志要让这小地方成为超越蓝普尔其的渡假地，在海上大兴土木，而引来玛瑙水母和毒刺水母的反击。

小智等人来到一个港都，那里正在举办夏天庙会。小刚一到那里就感受到少女的呼唤。火箭队的小次郎也是同样经验。两人为了少女而失魂落魄，原来那少女是两千年前的亡魂。神奇宝贝鬼斯与她陪伴，搞得大伙吓得魂都飞了。

小智等人来到海边，遇到一群渡海的巴大蝴。巴大蝴正迎接恋爱的季节，连小智的巴大蝴也找到可爱的女朋友高兴得要命。但是火箭队的人居然又出现了，想捉走巴大蝴去卖，巴大蝴去英雄救美吧。

金黄市的道馆训练家是娜姿，她的神奇宝贝凯西会用超能力，把皮卡丘耍得团团转。惨败的小智等人还差点被变成娃娃囚禁起来，幸亏被一个老人救起，那个人指点小智获胜的方法。

为了打败娜姿的超能力神奇宝贝，小智按照老人指示来到耸立在雾中的神奇宝贝塔，想收服这里的幽灵神奇宝贝。最后虽然没收服成功，但是离开时有只鬼斯通自愿跟上来，也算是小有收获吧。

小智有了鬼斯通跟踪，又壮起胆子去向娜姿挑战。可是临阵时鬼斯通又不见影，跟在一旁的小刚与小霞成了代替小智受罚的倒霉鬼，被变成娃娃，小智忍无可忍，再度挑战……

小智遇见猴怪想加以收服，反而遭受攻击。此时火箭队过来搅局，踹了猴怪一腿，使得猴怪气愤进化成火爆猴，不管小智怎么逃，火爆猴都一再追上来，最后小智只好向火爆猴挑战。

来到彩虹市，小智在香水店批评女人用的香水，不只被赶出门，还不准进入道馆。原来香水店就是彩虹道馆！这时武藏献计让小智扮女生去当门徒，他们扮演小智的父母。火箭队在道馆内偷走东西后就纵火，小智救出臭臭花，获得彩虹徽章。

彩虹市在三天前开始，就发生许多小孩失踪，神奇宝贝昏沉的奇怪案件。小智等人循线追查，发现是三天前进化的索利柏的影响。这时火箭队也出现来抢走索利柏，双方又一场混战。

小智等人来到顶尖饲育家们聚集的美容街，武藏与小次郎在这里开店把神奇宝贝打扮得怪模怪样，并企图趁机偷走珍贵的神奇宝贝。小刚带领小智来找小雪，得知火箭队的作为，而与小智等人一起跟火箭队火并起来。

神奇宝贝的格斗选手权大会，P－1大赛要召开了。为了让爱美的父亲不再沉迷于格斗，小智带着火爆猴想去打打爱美爸爸的艾比郎。不过火箭队这次又跑来捣蛋……

在黑云市，皮卡丘来到电厂附近就感冒了。小智带他去神奇宝贝中心治疗，因为全市突然停电而无法医治，为了救皮卡丘，小智跑去电厂查明原因，在那里遇到了许多臭泥……

地鼠群使得工地现场一片混乱。不知为什么，前来赶地鼠的神奇宝贝训练家们，包括小茂的在内，他们的宝贝球都叫不出神奇宝贝，这到底是怎么回事呢？

小智一行人来到一所遍地机关的忍者屋。那是粉红色徽章的浅红道馆。道馆的馆主阿桔一再派出了有剧毒的神奇宝贝，小智要怎样运用战斗呢。

拉拉美族的富子被陷害受伤，小智只好代她骑着小火马参加比赛。火箭队跟都利夫达成协议，要帮助都利夫得到冠军，而在一路乱设陷阱，使得比赛一团混乱。

小智以为他们来野生原野区了，见到神奇宝贝就想收服，被君莎给阻止，原来他们只是在边境而已。小智在这里认识跟袋龙住在一块的达山，以及前来寻子的达郎的爸妈。

小智等人来到野生原野区认识西泽，看到传说中的神奇宝贝迷你龙。迷你龙在三十年前引来一堆训练师大肆猎捕神奇宝贝，导致野生原野区的神奇宝贝几乎绝迹，这件事成了西泽心中的痛。

小智等人为了到阳光镇，必须过一座大桥才行，可是照规定，桥上只准单车通行，幸好乔伊拜托小智三人送药到对岸去，并借出单车，但却碰上了暴风雨来袭……

突来的倾盆大雨使得小智一行人不得不找地方避雨。虽然小霞满腹牢骚，小智等人还是踏入了那间建立在空旷原野上的阴森小屋。可是小霞的预感果然没错，小屋里有奇怪的动静，这该不会是鬼屋吧？害怕的小智等人其实只是来到演艺屋，百变怪的训练师伊美蒂居住的小屋。小智对百变怪深感兴趣，提出让皮卡丘与百变怪来神奇宝贝决斗。

小智一行人到达神奇宝贝中心，那里的神奇宝贝球传送机一直在造成问题，因为传送的神奇宝贝永远不会到达另一边。小智一行人决定与秋叶原教授用来调查问题的电脑宝可梦3D龙共同一探究竟，却发现火箭队和另一只3D龙是罪魁祸首。

想成为神奇宝贝大师的小智，以及与小智共同旅行的小霞和小刚。三人经过一个美丽的森林，入内小憩一会儿。在大伙休息得正舒服时，皮卡丘注意到草丛中的影子。那双注视着他们的，原来是野生皮卡丘。皮卡丘注意到他的存在而向森林深处追去，不顾小智的呼喊……

小智等人在林中小径遇见一个备有水与食物的盘子，被人用绳子绑在树干上的神奇宝贝伊布。乍看之下像遭人抛弃的野狗，可伊布脖子上却绑着〞石头镇三段14号，太一〞刻着训练师名字与地址的金属牌。打开地图发现石头镇就在前面不远。小智等人带着伊布按照地址寻找，来到超级大豪宅。里面还传出欢迎的鼓掌声，这里面真的有伊布的训练师吗？

旅行久了是会肚子饿的。小智等人来到某个村子觅食。可是这个村子的面包店跟青菜店全都没有粮食，餐厅也是什么都没有。无计可施的小智等人因为饿得太厉害无法走动时，村子长老出现招待他们大吃一顿。小智等人在长老家中了解村子是因为遭到干旱而落此现况。为了报达这一饭之恩，小智等人决定到河川上游调查原因。

小智等人来到黑暗市，被卷入亚斯道馆跟卡兹道馆的纠纷。小智劝和不成，反遭攻击，幸好皮卡丘大展神威，制伏他们。这时候乔伊出面……

为了让大家看他表演魔术，马健使出险招，想利用椰蛋树的催眠能力，谁知火箭队埋伏在后，一番乱斗，害得椰蛋树丛失控向城市奔去……

发高烧的喵喵被清美救起，因而对清美一见钟情，想施恩于清美制造机会留下来当店门口的招财猫。可是清美的神奇宝贝派拉斯却是个胆小鬼，战斗意志太弱，怎么也无法进化成派拉斯特……

小智等人来到霓虹镇。镇上的人因为睡觉太少，连君莎在内都变得脾气火爆。受不了镇上的吵杂，来到森林的小霞遇到一只不能唱歌的胖丁，经过一番努力，胖丁终于唱歌了，可是听众全部睡着……

小智阻止火箭队炸坏大傻谷失败，与火箭队等人一起掉进古代神奇宝贝沉睡的洞窟。一阵混乱之后，化石翼龙飞出洞窟咬走小智，火恐龙为了救小智，进化成喷火龙与化石翼龙决斗……

皮卡丘吃果实卡住无法呼吸，小智急着抱它求救。杜医生才刚治好皮卡丘，又有许多神奇宝贝因车祸受伤需要治疗。医院人手不足，在场的小智等人就被找来当助手了……

小次郎的父母假死引离家出走的小次郎出面继承遗产。小次郎一直顽抗，而武藏与喵喵见钱眼开，强迫小次郎顺应父母之意继承遗产。谁知小次郎长得与武藏一模一样的未婚妻鲁美嘉是怪人……

小霞跟火箭队的宝贝球都被带着大葱鸭的圭太给骗走。后来可达鸭自己逃出，在可达鸭带领下，小智，小刚，小霞带着君莎去逮捕圭太。为了教训圭太，小智要求做神奇宝贝比赛。大葱鸭出人意料的打败妙蛙种子……

妙蛙种子的进化祭典开始了。由长老妙蛙花主持，被吸引过去的妙蛙种子不愿进化，激怒了所有妙蛙花与妙蛙草……小智出面劝阻是否有效呢？

武藏与小霞在玩偶镇为了得到娃娃节的娃娃而在比赛中大打出手。面对有小智与小刚的神奇宝贝支持的小霞，武藏无计可施，派出最新收服的大舌头，使比赛有出人意料的发展．．．

儿童节那天小智等人让自己的神奇宝贝陪伴育幼院的小孩玩耍。阿勉要求跟喵喵玩，原来他曾经在森林被喵喵救过。可是其它学童没见过喵喵，都说阿勉骗人，于是火箭队决定派喵喵来给阿勉一个快乐的儿童节．．．

森林中有座警犬卡蒂狗训练所。火箭队三人为了得到训练所众多的卡蒂狗，竟用气体改变君莎与小智等人的声音，并使卡蒂狗们鼻子失灵，企图以假乱真，还命令卡蒂狗们攻击君莎与小智等人…

天才摄影师阿彻被火箭队所骗，想为皮卡丘拍照。不适应相机快门声音的皮卡丘一直闪躲。阿彻执着地跟着小智，对掉进火箭队挖的陷阱的小智伸出援手时，发现陷阱底下有个洞，小智与皮卡丘掉入洞内的水道，被水冲走。阿彻奋不顾身拯救小智，还与小智一起击退火箭队。

小智受到小霞刺激，去接受神奇宝贝检定考。火箭队的武藏与小次郎也到考场考试。这两人由于成绩不佳，脑羞成怒，竟动了向考场报仇的念头。他们闯入考场与小智和教官一片大乱斗，最后当然又被打跑了…

火箭队的亚马多与小三郎开设抚养家，利用替人照顾神奇宝贝的机会，搜集优秀的神奇宝贝。小智与火箭队的人不巧在那仓库碰面，而且被亚马多发现，两队人马都被送到警局。幸亏及时逃出的小霞找到阿彻拍的证据照片，才证明小智等人的清白。

为了获得第七个徽章，小智等人来到了红莲岛。但是那地方已经成为观光胜地，到处都没看到道馆。但是解开一个怪叔叔提出的谜题后，小智终于找到了红莲道馆！原来那怪叔叔就是夏伯，道馆的训练家啊!

火箭队为了得到鸭嘴火龙在红莲道馆乱发射冰冻炮，害得岩石裂开，岩浆流出，眼看就要形成一场大灾难。夏伯命令鸭嘴火龙，小智等人也拿出自己的神奇宝贝来帮忙阻止岩浆流出。危机解除后，夏伯再给小智一次挑战机会，喷火龙与鸭嘴火龙便展开大对决…

小智等人遇到求救的卡咪龟，来到海中不知名的龟神奇宝贝王国。岛上的众龟全部不明原因昏睡，火箭队趁机来抢走龟王水箭龟…火箭队与乌龟群的大战就此展开…最后还查出了大伙昏睡原因是胖丁的歌声!

小智等人来到华蓝道馆，小霞被抓去表演水中芭蕾人鱼公主。火箭队也闯来捣乱，想抢走水系神奇宝贝，但是被进化的白海狮打败。虽然如此，表演还是大受欢迎！

皮卡丘被制造火箭的皮皮给抓去当发动机。跟着小智偷偷到火箭的胖丁跟皮皮们发生争吵，打昏了好几个皮皮。最后火箭发动了，小智跟火箭队还在火箭上面呢！他们命运将会如何呢？

小智等人来到常盘道馆挑战，遇到小茂。小茂先进入挑战，遇到火箭队老大拿出的神秘的神奇宝贝，遭到惨败。轮到小智挑战时，火箭队的两人一猫代替道馆训练家接受小智的挑战。当然，他们被小智打败了，小智于是得到第八个徽章。

马戏团长阿津找小智扮演吸盘魔偶。因为她的吸盘魔偶训练不当，不肯表演。火箭队的人不知情地把小智扮演的吸盘魔偶抢走。小智表露身份逃回去，火箭队的人又卷土重来，想再次抓走吸盘魔偶，而遭到阿津的吸盘魔偶跟小智妈妈的吸盘魔偶连手攻击，被哑剧制造出来的墙壁给困死…

武藏为了报复14年前被拿走宝贝娃娃的事，跟踪帮助红唇姐回去圣诞老人小岛的小智一行人，计划抢走所有礼物以做报复。乘龙解救了圣诞老人与小智等人的危机，虽然误会冰释了，两人还是大打出手。最后武藏三个当然是惨遭修理啦！

小智一行人的旅途，被风雪阻碍地待在雪山当中，为了拯救皮卡丘，使得小智与小刚等人分散。神奇宝贝们共同度过寒冷，更借着神奇宝贝们的帮助而越过雪山．．．

小智等人来到大木研究所，在那里遇到了小茂，众人一起顺便了解大木博士的研究生活。想要抢夺皮卡丘的火箭队这时又来捣乱，在研究所广大的庭院中迷路许久以后，他们终于遇上小智等人，可是双方还来不及大打出手，火箭队二人一猫就被横冲直撞的一群肯泰罗给撞飞了!

为了解开大木博士苦思不解的疑惑，小智一行人来到了风光明媚的比努海岸。借着西野森教授所饲养的呆呆兽及武藏所收服的大舌贝，让大木博士等人解开这进化之谜

小智等人来到比努海岸做特训，小智在海中脚抽筋遇难时，幸好被敏川特与马奎尔救起。这一人一皮卡丘的组合，背后有着感人的故事。敏川特是否能战胜这20年一度的大海浪，为比努海岸创造一个的传说呢？

小智等人来到村雨植物园，妙蛙种子在那里喜欢上臭臭花，小刚在那里喜欢上园主林子。林子有个烦恼，为了继成家业，应该进化的臭臭花迟迟没进化成霸王花。刚好火箭队又来捣乱，在小刚的鼓励下，林子拿出她的臭臭花应战．．．

南野导演为了拍摄由神奇宝贝们演出的电影，所有的神奇宝贝均一一地跃上大屏幕，以胖可丁及可达鸭领衔主演的爱情剧，在火箭队及小智们一番对战下而热热闹闹地开拍着。

神奇宝贝电影即将于好来坞上映，大伙热热闹闹地来到这喵喵不堪回首的伤心地。昔日的喵喵为了得到佳人的芳心，努力地朝"人类"迈进，学习人类讲话，学习人类走路，但仍是无法获得佳人芳心而只能独鸣悲歌。

为了习得四天王希巴的大绝技，小智们一同来到了山中；借着希巴替大岩蛇解除痛苦，而使得山中亦获得平静，让小智一行人了解到，与神奇宝贝们的心灵沟通比战斗收服来得更重要。

小智等人在独立特训的时候，遇到神奇宝贝考古学权威，天才少女怀特博士。考古挖掘现场挖出了超古代神奇宝贝的胡地与耿鬼，特大号的他们一闹起来，无人能挡，莫非世界就要毁灭了？

向神奇宝贝联盟迈进的路上，遇见了被火箭队夺走徽章的斋藏及嘎啦嘎啦，小智一人更再次阻止火箭队的捣乱，顺利地将斋藏的徽章取回，更让斋藏及嘎啦嘎啦重修旧好。

神奇宝贝联盟传递的圣火，竟然被火箭队给盗走了；失去了圣火因而无法举行开会仪式的达马岚其会长，拿出了火焰鸟的火苗，就在联盟即将展开之际，火箭队又再次地出现了…

小智朝神奇宝贝大师迈进的第一战：石英大会的水之场地，以华丽战斗技巧的多武，派出了椰蛋树，海刺龙及大嘴蝠，均一一被小智的大钳蟹打败而取得了大胜利，小智的大钳蟹更进化成了巨钳蟹…

在第三场战斗之前，火箭队又利用巧妙的化妆术骗走了小智的皮卡丘，幸好小刚没有被武藏的伪装所迷惑，抢回了皮卡丘；与小正对战时，巨钳蟹反被风速狗的龙之怒绝技所打败，借着皮卡丘的十万伏特融合着水产生更大的威力，而小智更赢得了比赛，迎向第四回合的挑战

一直与小智竞争的小茂，在比赛当中落败而使得小智心生惧意，同伴们的支持，让小智重新站上舞台，更与姑娘镇的熏子对战；连胜两次的小智没想到被喇叭芽以柔克刚的攻击连续落败，最后以臭臭泥，小智方得取得了胜利…

小智连战连胜。在战斗之外的闲暇时刻，偶遇同是参赛者的阿弘，两人成为好朋友。这时候神奇宝贝们却被闯入的火箭队抢走了。于是小智和阿弘联合起来展开大追逐，所谓不打不相识，两人因为共患难而加深友情，成为志同道合的好战友。

小智受到火箭队的阻扰，迟到十分钟才抵达会场。杰尼龟、皮卡丘都被打败了，最后小智把希望寄托在喷火龙的身上。可是喷火龙打倒小火龙之后，看到雷恩一个小不点的个子，居然战意全失，在会场上睡起觉来，使得小智输掉比赛。

小智受到打输的影响,沮丧得连饭都不想吃。但是他从电视上知道第六场比赛开打的时候,马上就赶去会场。第六回合开始了,阿弘要怎样运用六个神奇宝贝战斗呢?征霸石英大会的人究竟会是谁?