小智和小霞离开常磐森林，来到了尼比市，与尼比道馆的小刚进行第一次决斗，皮卡丘的特训之后，终于赢了小刚的大岩石，得到了第一个徽章。也与第三位伙伴——小刚，一同踏上成为神奇宝贝大师之路。

小智三人向枯叶市前进途中，在山头遇见一只体力衰弱的小火龙。它在岩上不知是在等谁,小智收服失败后来到神奇宝贝中心，在那里遇见佑大。他就是抛弃小火龙的饲主。最后由于小智救了小火龙，在小火龙的选择下，决定跟小智一起走。

小智等人在船上受到火箭队攻击。就在一片混战中，船不知不觉漂到湾外，还遇到暴风雨。船员与乘客们都搭救生艇逃脱了，只有小智等人与火箭队昏迷在船上。眼看船只渐渐沉没，神奇宝贝逃亡剧开始了……

金黄市的道馆训练家是娜姿，她的神奇宝贝凯西会用超能力，把皮卡丘耍得团团转。惨败的小智等人还差点被变成娃娃囚禁起来，幸亏被一个老人救起，那个人指点小智获胜的方法。

小智有了鬼斯通跟踪，又壮起胆子去向娜姿挑战。可是临阵时鬼斯通又不见影，跟在一旁的小刚与小霞成了代替小智受罚的倒霉鬼，被变成娃娃，小智忍无可忍，再度挑战……

在黑云市，皮卡丘来到电厂附近就感冒了。小智带他去神奇宝贝中心治疗，因为全市突然停电而无法医治，为了救皮卡丘，小智跑去电厂查明原因，在那里遇到了许多臭泥……

小智以为他们来野生原野区了，见到神奇宝贝就想收服，被君莎给阻止，原来他们只是在边境而已。小智在这里认识跟袋龙住在一块的达山，以及前来寻子的达郎的爸妈。

小智一行人到达神奇宝贝中心，那里的神奇宝贝球传送机一直在造成问题，因为传送的神奇宝贝永远不会到达另一边。小智一行人决定与秋叶原教授用来调查问题的电脑宝可梦3D龙共同一探究竟，却发现火箭队和另一只3D龙是罪魁祸首。

小智等人来到黑暗市，被卷入亚斯道馆跟卡兹道馆的纠纷。小智劝和不成，反遭攻击，幸好皮卡丘大展神威，制伏他们。这时候乔伊出面……

小智阻止火箭队炸坏大傻谷失败，与火箭队等人一起掉进古代神奇宝贝沉睡的洞窟。一阵混乱之后，化石翼龙飞出洞窟咬走小智，火恐龙为了救小智，进化成喷火龙与化石翼龙决斗……

小次郎的父母假死引离家出走的小次郎出面继承遗产。小次郎一直顽抗，而武藏与喵喵见钱眼开，强迫小次郎顺应父母之意继承遗产。谁知小次郎长得与武藏一模一样的未婚妻鲁美嘉是怪人……

武藏与小霞在玩偶镇为了得到娃娃节的娃娃而在比赛中大打出手。面对有小智与小刚的神奇宝贝支持的小霞，武藏无计可施，派出最新收服的大舌头，使比赛有出人意料的发展．．．

森林中有座警犬卡蒂狗训练所。火箭队三人为了得到训练所众多的卡蒂狗，竟用气体改变君莎与小智等人的声音，并使卡蒂狗们鼻子失灵，企图以假乱真，还命令卡蒂狗们攻击君莎与小智等人…

为了获得第七个徽章，小智等人来到了红莲岛。但是那地方已经成为观光胜地，到处都没看到道馆。但是解开一个怪叔叔提出的谜题后，小智终于找到了红莲道馆！原来那怪叔叔就是夏伯，道馆的训练家啊!

火箭队为了得到鸭嘴火龙在红莲道馆乱发射冰冻炮，害得岩石裂开，岩浆流出，眼看就要形成一场大灾难。夏伯命令鸭嘴火龙，小智等人也拿出自己的神奇宝贝来帮忙阻止岩浆流出。危机解除后，夏伯再给小智一次挑战机会，喷火龙与鸭嘴火龙便展开大对决…

为了解开大木博士苦思不解的疑惑，小智一行人来到了风光明媚的比努海岸。借着西野森教授所饲养的呆呆兽及武藏所收服的大舌贝，让大木博士等人解开这进化之谜

南野导演为了拍摄由神奇宝贝们演出的电影，所有的神奇宝贝均一一地跃上大屏幕，以胖可丁及可达鸭领衔主演的爱情剧，在火箭队及小智们一番对战下而热热闹闹地开拍着。

神奇宝贝联盟传递的圣火，竟然被火箭队给盗走了；失去了圣火因而无法举行开会仪式的达马岚其会长，拿出了火焰鸟的火苗，就在联盟即将展开之际，火箭队又再次地出现了…

小智受到打输的影响,沮丧得连饭都不想吃。但是他从电视上知道第六场比赛开打的时候,马上就赶去会场。第六回合开始了,阿弘要怎样运用六个神奇宝贝战斗呢?征霸石英大会的人究竟会是谁?

小智一行人这次来到了罕见的平柑岛、岛上的神奇宝贝全部都是粉红色的、火箭队一行人自然不会放过这个千载难逢的好机会、在小智等人齐心协力之下将他们赶走、继续让粉红岛保持神秘、留给这些粉红神奇宝贝一个宁静的生存空间。

小智一行人在海上遇到快速划着独木舟前进的乔伊、原来她在橘子群岛上到处为神奇宝贝看病、却碰上火箭队的阻挠、最后在鲤鱼王进化成的暴鲤龙搭救之下、终于突破困境、实时为小海狮看病。

小智等人今天依然在橘子群岛旅行。跟踪他们的火箭队也是。火箭队一如往常老是被小智等人击败，可是这次喵喵飞走的方向跟武藏和小次郎不同。喵喵着陆的地方是神秘猫之岛，那里的岛民传说在白色满月的夜晚〞喵喵神〞会出现，而崇拜喵喵神像。岛民们把偶然掉到岛上的火箭队的喵喵当成传说中的喵喵神，开始祭拜…

小智等人掉入火箭队的陷阱，在地下道中遇到了神秘生物。小智急着想救妙蛙种子回来，可是因为蛮横的市长选举将近，竟然用水泥把地下道出口封起来。在在地下道内寻找妙蛙种子的小智等人与火箭队，他们会怎么样呢?

小智等人来到香橘岛，因为海浪汹涌，不只无法离开，还面临了饥饿问题。岛上的人们也面临同样状况。好不容易期待的食物运到了，火箭队的人竟把食物夺走。卡比兽因而一改平日的温和，和驾驶机器人的喵喵决斗，把火箭队打到天上去……

This is an animated cartoon that was released inside the game Pokémon Channel. A half-hour long anime show, broken into five short segments, featuring the Pichu Brothers. Meowth throws a party that the Pichu brothers and their friends are not invited to. After a series of events, they find out they were invited, but their invitations were simply delivered late. They go to Meowth's Party and hear him sing. The series has a total of five episodes, each on its own channel.

在莎莉娜的提议下大家一起去拜访布拉塔诺博士，就在大伙开开心心吃马卡龙时，火箭队突然闯入并抓走了博士，在他们的威胁下博士交出了让宝可梦超进化的资料，于是超级喵喵诞生！而此时的小智等人也在哈力栗的引导下赶来营救，岂料超级喵喵异常强大，就连哈力栗和皮卡丘一起作战都难以攻破，就在这时，超级火焰鸡再次现身！

天色渐暗，前往遥香市的小智等人决定露营，大家一起吃饭、嬉闹，其乐融融。其间，因贪吃而肥胖的哈力栗还与呱呱泡蛙和咚咚鼠进行了对战，哈力栗惨败两战。当晚，哈力栗受到香气的指引来到附近的婆婆家，没想到却卷入了一场因争吵而引发的精灵对战中，面对炎系的妖火红狐，行动逐渐迟钝的哈力栗最终与老爷爷战斗减肥成功。

来到古木镇的小智一行人，一进入城门就听到了一阵奇怪的噪音。在一番了解之后，小智等人得知原来是因为今年卡比兽未被唤醒而一直沉睡。为了唤醒时不时发出噪音的卡比兽，希特隆拿出了自己发明的叫醒器，结果却对卡比兽一点用也没有。于是为了唤醒沉睡的卡比兽，小智一行人只好寻找城主了解情况，最终成功唤醒卡比兽。

在宝可梦表演赛中小智目睹了卡洛斯地区冠军卡露乃的风采，她和宝可梦沙奈朵有着很深的羁绊，而博士也为了调查超进化调查上了卡露乃。后因为热销的巧克力 蛋糕的缘故卡露乃接下了小智的挑战，在小智和卡露乃决战的过程中火箭队又从中作梗，通过心灵的呼唤卡露乃找到了被抓走的沙奈朵，超进化后的沙奈朵发 挥出了强大的力量。

小智一行人在旅行途中来到卡洛斯峡谷，他们在那里遇上天空训练家娜米和她的宝可梦烈箭鹟。空中对战是指训练家一边飞行，一边跟宝可梦一起进行对战。小智和战斗飞鸟跟娜米进行对战，只要胜出的话小箭雀就可以挑战烈箭鹟，究竟最后谁胜谁负呢？

宝可梦夏令营最后一日的活动是小组对战！此前小智和瑅耶鲁诺的队伍同分，两队将会在决赛一分高下！在决赛前，瑅耶鲁诺一行带宝可梦到乔伊小姐那里接受治疗，但是假扮成厨师混入夏令营的火箭队出现在他们面前，并带走了他们的宝可梦。究竟他们能否取回杰尼龟，小火龙和妙蛙种子呢？最后，到底是哪一队获得胜利，成功进入夏令营的殿堂呢？

小智一行人看到另一种颜色的战斗飞鸟攻击布鲁，他们帮助布鲁后，却发现原来是舞台的练习。由于阻碍了练习，又无意中令到主角艾路雷朵受伤，所以小智的战斗飞鸟就代替它登上了舞台。正式演出时却遇上火箭队来捣乱，到底演出能否成功呢？

小智一行人来到海翼市，得知宝可梦中心正在保护一只迷路的迷你冰，于是立即出发去与它见面。然而，火箭队在中途捉走了迷你冰，小智他们在捉捕火箭队时突然刮起暴风雪，究竟发生了什么事呢？

旅行的途中，路过卡洛斯发电站的附近的小智一行往发电站走去。然而接近发电站的皮卡丘们发生异常！其实是火箭团占领发电所操纵电系宝可梦！小智的宝可梦们们帮助发电站的人员？说起来希特隆有什么烦恼的样子……？

小智在向下一个道馆出发前，先去一趟博士的研究所。布拉塔诺博士将他的烈咬陆鲨石给小智一行人展示，可是这时火箭队却突然将之抢走，烈咬陆鲨该怎么办？

小智一行人来到一家旅馆，他们发现旅馆老板在对战获胜后夺取对方的宝可梦。小智不满而站出来对抗，却被老板逼他交出皮卡丘，这时洛托姆出现救走小智一行人，并告诉小智它的愿望･･･

在训练中，长尾火狐不小心将树枝折断，找人修复时却被告知无从修起。在宝可梦对战中突遇火箭队，长尾火狐用折断的树枝放出了大字火……

小智一行人在穿越森林的时候听到了求助的声音！他们发现了一位腿卡在了岩石裂隙之中的女子，成功救出了她。她向一行人展示了自己正在寻找的超进化石，并揭露了自己的真实身份，护士乔伊，并将一行人带去与布拉塔诺博士在宝可梦中心相会。在宝可梦中心，乔伊和自己的助手差不多娃娃争了起来！每个人都想要帮忙来让二人和好，博士同时也指出羁绊是超进化的必要前提。二人一起努力治愈了一只受伤的幕下力士——在火箭队袭击之时，差不多娃娃超进化将火箭队再次打飞，展现了她们强有力的羁绊！在见到小软后，布拉塔诺博士表示自己也不了解它是什么，随即决定回到自己的实验室再做研究。一行人告别博士，再度朝向映雪市进发！

小智一行人这晚在森林中露营。皮卡丘和喵喵在晚上醒来，遇见了小智一行的宝可梦，而且它们都进化或退化了，并像喵喵一样懂得说人类的语言！皮卡丘和喵喵大感疑惑，此时小软出现，并请求它们帮助…

小智一行人来到加克乌鲁镇，正要去参观一个宝石展，此时，警钟突然响起，一个自称怪盗拿酷的人在现场出现，把宝石箱的锁打开，却没有偷走宝石。正当小智他们感到奇怪时，突然有一个黑影袭击柚丽嘉…