まだ見たことのないポケモンたち･･･。まだ行ったことのない町･･･。未知なるものに出会うため、新たな冒険の地、イッシュ地方に降り立ったサトシとピカチュウ！新天地での冒険に胸をふくらませていると、そこに現れたのは、この地方のポケモン研究の権威、アララギ博士！早速研究所に向かおうとしたのだが、その時、突然空に黒い雲が現れ、雷鳴が響き渡った！その中心には、黒い巨大なポケモンのような影が。そして次の瞬間！その影から放たれた一筋の稲妻が、サトシのピカチュウに直撃！ほおぶくろをスパークさせ苦しむピカチュウ。急いで博士の研究所へ向かい、詳しく検査をすることに。だが、検査の結果は思いもかけないものだった･･･。なんとピカチュウはでんきタイプのわざが使えなくなっていたのだ！波乱の幕明けとなった２人の旅、一体どうなってしまうのか！？

ピカチュウの身に起きた異変に戸惑いながらも、イッシュ地方の旅に出ることを決めたサトシたち。まずはこの地方のポケモンをゲットしようと森の中を進んでいく。すると目の前の草むらがゴソゴソと揺れているのを発見！急いで図鑑を向けてみると、そこには"キバポケモン"キバゴがいるとの表示が！早速ゲットとモンスターボールを投げるサトシ！だが、ボールが当たった草むらの中から聞こえたのは人間の声！？そして、勢いよく飛び出してきたのは、キバゴではなく一人の女の子！彼女の名前はアイリス。そしてお目当てのキバゴはアイリスの髪の中！果たして、この謎の少女の正体は･･･！？

まずは最初のジムがあるサンヨウシティを目指すサトシ。そして、なぜか一緒についてくるアイリスは、その道中、ダンという名の少年に出会う。彼の家は近くにある温泉リゾートで、自慢の砂風呂があるらしい。早速入らせてもらうと、砂のあちこちに"さばくワニポケモン"メグロコの姿が！ダンが言うには、普段はとっても大人しくて、トレーナーと一緒に砂風呂を楽しんでいるのだという。だが、そんなメグロコたちが、突然ものすごい勢いで地面を掘り始めた！

巻き起こる砂煙の先に現れたのは、サングラスをかけたメグロコ！驚くサトシたちをよそに、大きな口でピカチュウとキバゴ、そしてこっそり後をついてきていたミジュマルを連れて行ってしまった！一体このメグロコの目的とは！？

サンヨウシティに向けて旅を続けるサトシたち。途中立ち寄った町で、面白い施設を見つける。それは『ポケモンバトルクラブ』と呼ばれる、トレーナーが自由にバトル出来る場所だった。やる気満々のサトシは猛スピードでバトルクラブへ！出迎えてくれたのはクラブの支配人、ドン・ジョージ。話をしていると、イッシュ地方には珍しいピカチュウを連れているサトシに早速声がかかる。いざ、バトル開始！だが、一気に先制攻撃を仕掛けようとしたその時。けたたましい警報が鳴り響いた！どうやら、倉庫に何者かが侵入したらしい。カメラに写っていた映像を確認してみると、そこにいたのはなんと･･･！！

ついにやってきたサンヨウシティ！イッシュ地方初のジム戦を前に興奮を抑えきれないサトシの前に、デントと名乗る一人の青年が。デントは、アイリスとキバゴが仲良さそうにしている姿を見て、二人の相性はバッチリだと告げる。どうやら『ポケモンソムリエ』という資格を持っており、トレーナーとポケモンの相性などを見ることができるらしい。せっかくなので、話を聞きながらサンヨウジムまで案内してもらうことに。そして、目の前に現れたのは待ちに待ったサンヨウジム！戦闘モードで勢いよく飛びこむサトシ！だが、建物の中には目を疑うような光景が広がっていた･･･。

ジム戦を終え、ポケモンセンターでポケモンたちの疲れを癒していたサトシたち。するとそこに大慌てでキバゴを抱いたアイリスが駆け込んできた！腕の中のキバゴはうっすらとピンクの光に包まれ、すやすやと眠っている。話を聞くと、眠ってしまったキバゴがどうやっても起きないらしい！この状況に一同が困惑していると、そこに"ゆめくいポケモン"ムンナを連れた女性が現れた！彼女の名はマコモ博士。どうやらこの眠りの原因を知っているらしい。それを解決するために外へと飛び出したサトシたち。だが、目の前には驚くべき光景が！空から舞うピンクの光、緊急事態を告げるジュンサーさん。街はパニックに陥っていた･･･。

サトシ、アイリス、デント。共に旅をすることになった３人が森で一休みしていると、そこに"くさへびポケモン"ツタージャが現れ、デントが作ってくれたケーキを食べ始めてしまった！慌てて止めようとするピカチュウだったが、なぜか突然目がハートに！どうやら、ツタージャの『メロメロ』を浴びてしまったようだ。フラフラのピカチュウを見下すような目で見つめるツタージャは、素早い身のこなしで逃げてしまった。だが、そんな姿にメラメラと闘志を燃やす男、サトシ！絶対にゲットして見せると意気込み、追いかけっこがスタート！果たしてサトシは見事ツタージャをゲットすることが出来るのか！？

次なる目的地へ向かう途中、ポケモンたちと一緒に川辺でランチをしていたサトシたち。なごやかに過ごす一同、だがその時！ピカチュウとキバゴのポケモンフーズがなくなってしまった！誰の仕業かと辺りを見回していると、そこに現れたのは"だるまポケモン"のダルマッカ２体！追いかけるサトシたちを『かえんほうしゃ』で振り切って、あっという間に逃げてしまった。捕まえたいところだが、傷ついたポケモンたちの治療が先。急いでポケモンセンターへ向かうことに。しかし、なんとそこにも２体のダルマッカが！しかもまた食べ物を奪って逃げていくではないか！果たしてダルマッカたちの目的とは･･･！？

アイリスとキバゴ、デントとヤナップ。向かいあう二人はバトルの練習中！だが、まだまだパワー不足なキバゴにヤナップも手加減してわざを繰り出す。少しずつ強くなればいいとキバゴに語りかけるアイリス。いつも優しいアイリスが大好きなキバゴは、きのみをプレゼントしようと森の中に探しに行くことに。すると、高い木の上においしそうなきのみを発見！慌ててついてきたピカチュウの制止も振り切って、細い枝の上で思いっきり手を伸ばすキバゴ。きのみまであと少しと思ったその時！足元の枝が折れて真っ逆さま！落ちた先は"メガムカデポケモン"ペンドラーの上！驚いたペンドラーはキバゴを連れたまま暴れ始めてしまった･･･！

シッポウジムを目指し旅を続けるサトシたち。途中立ち寄った町で、ポケモンバトルクラブを発見！早速対戦相手を探すサトシ。するとそこにはシューティーの姿が！急いでバトルを申し込み、ドン･ジョージさんに頼んでライブキャスターに連絡をしてもらうことに。予期せぬ再戦に熱くなるサトシをよそに、いつも通りクールに登場したシューティーと５対５のバトル開始！サトシの１体目はミジュマル、シューティーは"のばとポケモン"ハトーボーを繰り出した。ホタチを使った独創的な攻撃を仕掛けるサトシとミジュマル！しかし、シューティーのハトーボーも負けじとわざを繰り出す！この勝負、勝つのはどっち！？

シッポウシティへ向け旅を続けるサトシたちは、その道中、岩を削り家を作っている"いしやどポケモン"イシズマイに出会った。珍しい光景を眺めていると、そこに新たに３匹のイシズマイが現れた！そのうちの１匹はひときわ大きな岩を背負っていて、まるで３匹のボスのよう。そのボスが見据えるのは、イシズマイが懸命に作った岩の家！そして次の瞬間、３匹は一斉にイシズマイへと襲いかかり、岩の家を奪い去ってしまった！その卑怯なやり方を見ていたサトシたちは、イシズマイに家の奪還に協力させてほしいと申し出る。最初は警戒していたイシズマイだが、徐々にサトシたちに心を開き、いよいよ作戦スタート！一体どうなる！？

旅の途中のとある道、目の前から三輪車に乗った子供たちが･･･。すると突然、子供たちが泥だんごを投げつけてきた！直撃をくらったサトシたちの横を大はしゃぎで通り過ぎる子供たち。さらに、その軍団の中にいた"ゴミぶくろポケモン"ヤブクロンが落ちていたサトシの大事な帽子を拾って行ってしまう！急いで追いかけようとするサトシたち。そこに、ユリと名乗る女性が声を掛けてきた。どうやらユリはさっきの子供たちが通う幼稚園の先生で、とても困っているのだという。話を聞くために幼稚園に向かったのだが、目の前の光景にビックリ！なんと、幼稚園にはゴミの山に囲まれた秘密基地が出来ていて、子供たちが立てこもっているというのだ！

シッポウジムに向けて旅を続けるサトシたち。そこに突然一人の少女がぶつかってきた！彼女の名はベル。アララギ博士に頼まれて、サトシにあるものを渡しに来たのだという。それはバッジケース！･･･だが、かばんの奥にしまわれていたケースは、埃まみれでドロドロになっていた。とはいえ、大事なケースを手にして上機嫌なサトシ。ところが、高々と掲げたバッジケースがいつの間にか手の中から消えていた！それと同時に走り去る１匹の"チンチラポケモン"チラーミィ！口には大事そうにバッジケースをくわえている！慌てて追いかけるサトシたち。ドタバタの追いかけっこ、一体どうなる！？

ついにシッポウシティに到着したサトシたち。当然目指すは、シッポウジムで勝利して２個目のバッジをゲットすること！気合満点のサトシと共に、いざシッポウジムへ！ところが、博物館を兼ねたシッポウジムの扉は固く閉ざされていて、しかも何だか様子がおかしい･･･。中を確認しようと扉に手を掛け、のぞきこんだその時！長い廊下の向こうから悲鳴をあげて一人の男性が走ってきた！あわたふためくその男性の名はキダチ。どうやらこの博物館の副館長で、とんでもないことに巻き込まれているのだという。そんなキダチの話を詳しく聞いてみると、なんと博物館中でおばけの仕業のような、奇妙な現象が連続しているらしい･･･！

博物館の奇妙なナゾを解決したサトシたち。ジムリーダー・アロエとも出会い、いよいよ待ちに待ったジム戦！だが、フィールドに辿り着くには、アロエが出すミッションに答えなければいけないらしい。思わぬ展開に戸惑いながらも、なんとかクリア！ようやくバトルフィールドへ。ノーマルタイプのポケモンの使い手であるアロエは、ミルホッグとヨーテリーを使うと高らかに宣言。自分の手持ちを相手に見せて、その反応を伺うのがシッポウジムのスタイルらしい。サトシも心に決めた２体のボールを握り、いざ、バトル開始！アロエが最初に出したのは"こいぬポケモン"ヨーテリー！一方サトシはポカブを送り出す。しかしこのバトル。まさかの展開が待ち受けていた･･･！

２個目のバッジをかけたアロエとのジム戦。しかしサトシは、『ほえる』と『くろいまなざし』のコンビネーションの前に敗れてしまった。リベンジに燃えるサトシは、バトルクラブでドンジョージの特訓を受けることに。もちろん、ポカブとミジュマルも一緒だ！まずはポカブと、アロエのヨーテリーが使う強烈な『シャドーボール』に見立てたボールをかわす特訓をし、続けざまにミジュマルと水流に逆らってプールを泳ぐ特訓を行ったサトシ。新たなわざを身につけた２体と共に、再びシッポウジムへと向かう！だが、相手は百戦錬磨のジムリーダー。バトルは思わぬ展開に･･･。

幼稚園の先生、ユリを助けた時にもらったタマゴに異変が！カタカタと揺れながら光るその様子にみんな興味津々。特にキバゴは新しい仲間が増えてうれしいのか、ひときわ熱心にその様子を見守っている。点滅が早くなり、いよいよタマゴがかえるかというその時！嬉しさのあまりはしゃいでいたキバゴがタマゴにぶつかってしまった！斜面をものすごいスピードで転がるタマゴ！急いで追いかけるサトシたち。しかしますます加速するタマゴは、岩肌で跳ねて空中に飛び出してしまった！このまま落下したらタマゴが割れてしまう！突如訪れた大ピンチ！一体どうなってしまうのか！？

次なるジムのあるヒウンシティへ向けて旅を続けるサトシたちは、ヤグルマの森で、１体の"さいほうポケモン"クルミルに出会う。負けん気が強いクルミルのゲットに燃えるサトシは、森の奥へと一直線！その結果、迷路のような森に迷い込んでしまった！どうにかして元の道に戻ろうと奮闘する３人は、高い木の上から道を探すことに。だが、サトシが見つけたのは元の道ではなく、木の枝にぶら下がる巨大な葉っぱのかたまり！そして次の瞬間！葉っぱがほどけて中からヒウンジムのジムリーダー・アーティーが颯爽と現れた！！話を聞きながら共に森を進んでいくと、そこにはさっきのクルミルが･･･。

ヒウンシティへ向かう道中、サトシたちの目の前に飛びこんできたのは、新たにオープンしたフレンドリィショップ！ワクワクしながら中を見ていると、フロアの奥に行列が出来ていた。どうやらそこでは、公認ポケモンソムリエがトレーナーとポケモンをテイスティングしてくれるらしい！興味津々のサトシがさっそく中へと入っていくと、一人の女の子が待ちかまえていた。彼女の名はカベルネ。ちゃんと公認のソムリエ資格を持っているという。そんなカベルネに自慢のポケモンたちを差し出すサトシ。だが次の瞬間！目を細め、ポケモンずかんを向けたカベルネの口から耳を疑うような言葉が飛び出した･･･！

タマゴからかえったばかりのズルッグと特訓中のサトシとピカチュウ。一息ついてランチにしようとしたその時、トンネル状の落とし穴に落ちてしまった！行きついた先に待っていたのはいつかのサングラスをかけたメグロコ！どうやらピカチュウにバトルを挑むため、穴に落としておびき出したようだ。やる気満々のメグロコを前にバトルを受けることにしたサトシとピカチュウ。だが、そこに１体の"みずどりポケモン"コアルヒーが現れ、メグロコのサングラスを奪っていってしまった！実はこのコアルヒー、とんでもないいたずら好きで次から次へとサトシたちを困らせるいたずらを仕掛けてくるのだが･･･。

ヒウンシティへと続く巨大な橋『スカイアローブリッジ』にたどりついたサトシたち。だが、橋には霧がかかっていて見通しが悪くなっていた。どうしても先を急ぎたいサトシたちは、お構いなしで橋を渡り始める。すると、霧の中から"てんたいポケモン"ゴチルゼルが現れ、サトシたちに攻撃をしかけてきた！仕方なくツタージャで応戦するも、突然あたりが光に包まれ、気付いた時には再び橋のふもとへと戻されていた。しかし、よく周りを見てみるとなにやら様子がおかしい･･･。不安がるサトシたち、そこにサリイという名の一人の少女が声をかけてきた！そしてそのサリイの横には、サトシたちを襲ったゴチルゼルが笑顔で立っているではないか！

ようやく辿り着いたヒウンシティ。イッシュ地方の中心と呼ばれる街なだけに、巨大なビルが立ち並んでいる。サトシの目当てはもちろんアーティとのジム戦･･･だったのだが、たまたま街の中で出会ったアーティは、どうしても気になることがありジム戦どころではないという。その内容とは、街にいるむしタイプのポケモンたちの様子がおかしいということ。原因を探るべく共に行動を開始したサトシたちは、地下水道にたどりつく。するとそこには１体の"ムカデポケモン"フシデの姿が。しかも、アーティの言うとおり落ち着かない様子で敵意をむき出しにしている！そして、この異変には恐るべき事実が隠されていた！！

サトシがついにヒウンジムのジムリーダー・アーティとのジム戦に挑む！むしタイプのポケモンの使い手であるアーティが、緑一杯のジムでお出迎え。そんなアーティが最初にフィールドに送り出したポケモンはイシズマイ！対するサトシは手堅くポカブを送り出す。ほのおタイプのわざで一気に決めようとするサトシに対して、驚くほど素早いスピードを見せるアーティのイシズマイは、強力な「がんせきほう」でポカブをノックアウト！相性で有利なポカブが戦闘不能になってしまう･･･。その後も勢いに乗るアーティを止められないサトシ！一体どうなってしまうのか！？

ライモンシティへ向け、ベルと共に旅立ったサトシたちの前に１体の"モモンガポケモン"エモンガが現れた！キバゴが落としたきのみを拾ってくれたエモンガの愛らしい仕草に、ポケモンたちもすっかり虜。そんな可愛らしいエモンガを見て大興奮のベルは、さっそくゲットしようとバトルすることに！しかし、メロメロで相手を翻弄するエモンガのバトルに歯が立たず逃げられてしまう。慌てて追いかけるベル！そしてなぜかキバゴも一緒に追いかけていってしまった。どうやら優しくしてくれたエモンガにお返しがしたいらしい。しかしこのエモンガには思いもかけない秘密があった･･･。

ゲットしたエモンガと早速バトルの特訓を始めるアイリス。しかし、いざベルのチラーミィとのバトルになると、指示も出していないのに『ボルトチェンジ』で他のポケモンと入れ替わってしまう！しかも、このエモンガのボルトチェンジは少し変わっていて、サトシやデントのポケモンとも交代して引きずり出してしまうのだ！みんなが慌てている様子を木の上で嬉しそうに眺めるエモンガ。どうやらかなりイタズラ好きな性格のよう。メロメロを使って、オスのポケモンたちを意のままにしたり、泣きまねをして謝らせたりとやりたい放題！だが、そんな様子を鋭く見つめるポケモンが･･･。

旅を続けるサトシたちのもとに、またもや騒がしいアノ人が･･･。ものすごい勢いでぶつかられたサトシは、いつものように川の中へ。ペコペコと頭を下げる少女、ベルだ！近くの町で開催される釣り大会にエントリーするため、急いでいたのだという。この話を聞いて眼の色が変わったのはデント！どうやら釣りソムリエの異名を持つ程の釣り好きらしい。気合十分のデントの勢いに負け、ベルと一緒に大会にエントリーすることに。川べりに用意された特設会場には、元気のいい水タイプのポケモンがたくさん！だが、この釣り大会にはあるヒミツが隠されていた･･･。

ライモンシティを目指して旅を続けるサトシたちは、急な雨に降られ雨宿りできる場所を探していた。何とか丘の上の洋館にたどりついたサトシたちは、少しだけ休憩させてもらうことに。だがその時、棚や花瓶がひとりでに動き出し、サトシたちめがけて襲いかかってきた！慌てて逃げながらも、ピカチュウの１０まんボルトで何とか振り払おうとするサトシたち。実はこれ"ろうそくポケモン"ヒトモシの仕業！それに気づいたサトシたちは何故こんなことをするのかと問いただす。そんな様子をモニター越しに見つめる影が･･･。この屋敷に隠された恐ろしいヒミツが明らかになる！

キバゴとズルッグのバトル特訓中、森の茂みの中からポケモンの雄叫びが聞こえてきた。その声の主は"ほらあなポケモン"クリムガン！しかもいきなり『きあいだま』で攻撃をしかけてきた！あわててかわすサトシたち。するとクリムガンの後を追うように一人のトレーナーが。エミーという名の少女はクリムガンのトレーナーで、突如暴れ出したクリムガンを見失っていたらしい。ドラゴンタイプのポケモンにひと際興味津々のアイリスが、近付いて様子を見てみると、クリムガンの足に太いワイヤーが絡まっていた。どうやらこれが原因で暴れていたらしい。そんなアイリスの姿を見ていたエミーは、ドラゴンタイプのポケモンの育て方を教えてほしいとアイリスにお願いする･･･。

ライモンシティへ向け旅を続けるサトシたちの前に"たいでんポケモン"シママを連れたトレーナー・ケニヤンがバトルを挑んできた！このバトルに名乗りをあげたのは、なんとみずタイプのミジュマル！自慢のホタチでどんな攻撃もはじき返して見せるとやる気十分。バトル序盤はでんきタイプのわざを華麗にかわすミジュマルだったが、シママの強烈な「にどげり」を受けたその時、大事なホタチが遥か彼方に飛ばされてしまった！慌てて探しにいくミジュマルとサトシ。しかしホタチはどこにも見当たらない･･･。最大の武器を失い、がく然とするミジュマル。そんなミジュマルのためにサトシたちは、ホタチの代わりになりそうなものを探し始めるのだが･･･。

サトシたちがいつものようにバトルの特訓をしていると、１体の"わたたまポケモン"モンメンが現れた。デントが言うには、この時期になるとモンメンは集団で行動し、カップルになって飛び立っていくらしい。このモンメンはその群れからはぐれてしまったようだ。しかしそれには理由があった。ズルッグが草の茂みの先でもう１体モンメンを見つけたのだ！どうやら最初に出会ったモンメンは、このモンメンのことが好きで追ってきたようだ。カップル成立のためには自分の強さを見せつけなければいけないのが、モンメンたちのルール。だが、最初に出会ったモンメンはバトルにあっさり負けてしまう。悔しそうに追いすがる姿を見たサトシたちは、バトルの特訓をすることに･･･。

ライモンシティへの長旅に備え、ゆっくり眠っているサトシたちの元に、突如謎の飛行物体がものすごい光を発しながら飛んできた。その動きはまるでＵＦＯのよう･･･。夜が明けてすぐ、その謎の飛行物体の情報を聞いて回ることにしたサトシたちは、イモリという名の博士が町外れの研究所に住んでいると聞かされる。話を聞くため、研究所に向かおうとしたサトシたち。だが、目の前まで来たところで３人を不思議な現象が襲う！突然頭の中に、見たこともないイメージが浮かんだのだ！急なことに不安がる３人。そして、その様子を物陰から見つめる影が。指先のライトを不規則に点滅させる"ブレインポケモン"リグレーだ･･･！

旅を続けるサトシたち。ランチタイムにふとしたことから、ガマガルをゲットしようと"しんせつポケモン"バニプッチでバトルをしていたシューティーに遭遇！だが、サトシのせいで逃げられてしまう。あきれたシューティーはその場を去ろうと背を向けるが、サトシはバトルを申し込む！断ろうとするも、アイリスに「逃げるの？」とからかわれたシューティーはこの挑戦を受け、３対３のバトルをすることに！サトシが最初に出したのはツタージャ！一方シューティーはツタージャの進化形、ジャノビーを送り出す！３度目のライバルバトル、勝つのは一体どっちだ！？

シューティーとのバトルの中で、ミジュマルの思わぬ弱点「水の中で目を開けられない」という事実を知ったサトシ。早速特訓をするため、大きな池のある場所にやってきた！他の仲間たちをアイリスにあずけて、つきっきりで特訓するサトシだったが、ミジュマルはなかなか目を開けられない。そんな中、サトシたちの帰りを待つアイリスがポケモンたちを遊ばせていると、草むらにひそんでいた"きのこポケモン"タマゲタケにズルッグが『ずつき』！すると、怒ったタマゲタケがみんなに向かって『どくのこな』を噴き出し、それを浴びたポケモンたちがどくにおかされてしまった！近くにポケモンセンターもないという危機的状況の中、頼れるのはミジュマルだけ･･･。一体どうなる！？

ライモンシティへ向かう旅の途中、その前に突如立ちはだかる少女・ラングレー。お目当ては竜の里出身のアイリス！どうやらラングレーは『ドラゴンバスター』と呼ばれるこおりタイプの使い手で、アイリスとバトルをするため待ち伏せていたらしい。ラングレーからのひどい挑発に怒り心頭のアイリスは、このバトルを受けることに！ラングレーが送りだしたのは"とうけつポケモン"のツンベアー。対するアイリスは、当然キバゴを選んでバトル開始！だが、相性の悪さだけでなく、ツンベアーの圧倒的なパワーの前にキバゴはあっさり戦闘不能に。悔しさをあらわにするアイリスは、胸に秘めたある思いをサトシたちに語りだす･･･。

ライモンシティへ向け旅を続けるサトシたちは、とある森で休憩中。そこに、１体の"マントルポケモン"ダンゴロが現れ、ところせましと大暴れ！そんな姿を見たサトシのゲット心に火がついた！さっそくミジュマル・ポカブでバトルをするが、まさかの惨敗！治療のためポケモンセンターへ向かう羽目に。立ち去るサトシたちを見つめるダンゴロ。どうやら暴れていたのには何か理由がありそうだ･･･。治療が終わり、ジョーイさんと話をしていると、そこに一人の男性が現れる。この男性は、急に水が出なくなってしまったポケモンセンターの修繕に来たらしい。だが建物には問題がなく、原因は洞窟の水源のようだ。そして、この水源にこそとんでもないヒミツが隠されていた･･･!!

旅を続けるサトシたちは、深い霧のたちこめる森の中で迷子になっていた。すると目の前に人影が･･･。道を尋ねようと近付いてみると、そこにいたのは"ヒヤリングポケモン"タブンネ！だが、何やらいつもと様子が違う。サトシたちを無視して、フラフラと歩いて行ってしまったのだ。急いで後を追おうとするが、その行く手を阻むようにジュンサーさんが現れる。しかも、なんとサトシたちを逮捕すると言い出した！何とかジュンサーさんの誤解を解き、詳しい話を聞くことに。それによると、町のいたるところのタブンネが突如姿を消しているらしい！この非常事態にサトシたちも協力を申し出る！しかし、この事件には思いもよらぬ結末が待ち受けていた･･･!!

サトシたちは、とある町でアララギ博士とマコモ博士に再会する。２人の博士は『はねのかせき』から"さいこどりポケモン"アーケンを復活させようとしているところだった。巨大なマシンにかせきを入れてスイッチを押し、ムシャーナのエネルギーでその力を高めていくと、マシンの中からけたたましい鳴き声と共に、１体のアーケンが現れた！しかし、目が覚めて興奮状態のアーケンは『りゅうのいぶき』をあちこちに放つなどやりたい放題！そんなアーケンをなだめたのはサトシ。仲良くなったサトシとアーケンは、空を飛ぶ特訓をするが、そこにロケット団が現れ･･･。

サトシたちが立ち寄った映画館で、驚きの出会いが！なんと"わるぎつねポケモン"ゾロアが現れたのだ！映画のヒロインに化けるのが大好きなこのゾロアを主役に、映画を撮っているというトレーナー・ルークの誘いを受け、サトシたちも一緒に映画を作ることに！サトシの役は、ゾロアが演じる姫を救出するため、海賊デントに立ち向かうポケモンナイト！慣れない演技に苦戦しながらも、伝説のドラゴンマスター、アイリスのもとで修業を積み、いざデントと決戦の時！というクライマックスシーンの撮影までこぎつけた。しかしその時、まさかの乱入者が現れ、映画が台無しの危機に･･･！

映画を完成させたサトシたちは、ドン・ジョージ主催のバトル大会「ドンバトル」へ出場するため、ルークと共にライモンタウンへやってきた。そこには今まで旅で出会ったたくさんのトレーナーが集まっていた！アクセントが難しいケニヤン。ポケモンソムリエールのカベルネ。ドラゴンバスターのラングレー。お騒がせ娘のベル。そして、ライバル・シューティー！さらには、デント、アイリス、ルークも参加を決め、サトシのやる気は最高潮！ドン・ジョージの開会宣言もそこそこに、１回戦のカードが次々と決まっていく。そしていよいよサトシの対戦相手発表の時。モニターに映し出されたのは、なんと･･･！

いよいよ始まったライモンシティでの「ドンバトル」。ポケモンバトルクラブのドンジョージが主催するこのバトル・トーナメントで、サトシはカベルネと対戦！ガマガルの活躍により見事１回戦を勝ち抜いた。だが、デントＶＳシューティー、ベルＶＳケニヤンを始め、１回戦から白熱のバトルはまだまだ続く！ラングレー、アントニオ、サトシに続き、２回戦に進めるのは果たして･･･？

そして発表される２回戦の対戦カード。明らかになったサトシの対戦相手とは意外にも･･･！そしてツタージャに危機が迫る！？強敵を打ち倒し、サトシはドンバトル準決勝に進むことができるのだろうか？そして最後にドンバトルで優勝するのは一体･･･？

ライモンタウンのポケモンバトルクラブのドンジョージが主催するバトル・トーナメント「ドンバトル」。サトシは2回戦でドラゴンバスター・ラングレーと激突し、絶体絶命のピンチに追い込まれる。ラングレーのコマタナの鋭い攻撃に苦しむ、サトシのツタージャ。サトシはこのピンチを抜け出し、準決勝に進出することができるのか･･･！？

そして続く、デントＶＳルーク、アイリスＶＳケニヤンのバトル。デントのマッギョとルークのメラルバ、アイリスのエモンガとケニヤンのダゲキが激しい火花を散らして衝突する！白熱のバトルの末に準決勝に勝ち残るのは、果たして･･･！？

ドンジョージが主催するバトル・トーナメント「ドンバトル」。着々と勝ち上がったサトシは決勝戦へと進んだ。

つづく準決勝第2試合はアイリスＶＳルーク。

大会での初バトルに臨んだアイリスのキバゴは、ルークのゴビッドの連続攻撃から、逃げるほかに術がないピンチに追い込まれる。しかし、キバコが土壇場で繰り出した新たな技により見事ルークのゴビッドを破り、アイリスは決勝戦への切符を手に入れる。

そして、迎えた決勝戦、サトシとアイリスの白熱のバトルが始まる！サトシ・アイリスが決勝戦で選ぶポケモンは！？運命のバトルを制して、ドンバトルの優勝者になるのは一体！？

サトシたちは、4個目のバッジゲットを目指して、次のジムのあるライモンシティに向けて旅を続けていた･･･が、ボロボロになって倒れているロケット団のニャースと遭遇する。

サトシたちの手当てのおかげで、意識を取り戻したニャース。ニャースは、作戦を失敗して本部からクビを宣告され、ムサシ・コジロウと別れて、身も心もズタボロになってあちこちをさまよっていたのだという。そんなニャースをみて、一緒に旅をしようと提案するサトシ・アイリス・デント。ニャースはもう悪いことはしないと約束して、一緒に旅をすることに決める。

そんな時、ギバゴがズルズキンに誘拐されてしまって･･･！？

ひょんなことから一緒に旅をすることになったニャースと旅を続けるサトシたちは、1匹のチョロネコと遭遇する。

"しょうわるポケモン"チョロネコの可愛らしさに一目で夢中になってしまった、ニャースとミジュマル。二匹はなんとかチョロネコの気を引こうとやっきになって、アピール合戦をしている。チョロネコはそんな二匹に、「自分の友達が洞窟に閉じ込められている」と助けを求めてきたのだった。

昔チョロネコにひどい目にあわされたというデントは、チョロネコの言うことを信用していない様子。

だが、サトシ・アイリスとニャースとミジュマルはチョロネコを信じ、洞窟へとチョロネコについて行くことに決めて･･･！？

ニャースを加えたサトシたちは、ライモンシティに向かっていた。途中で日暮れを迎えた一行はキャンプの準備を始め、ニャースは薪によさそうな木の枝を探すことに。ニャースがなかなか見つからない薪を探しているとすると、"ブレインポケモン"のオーベムが現れて薪の束を差し出してくれた。

「どんな望みも叶えることができる」というオーベムは、料理に足りない材料を出してくれたりと至れりつくせり。そんなオーベムに、デントはリゾートホテルのスイートルームで眠りたいという願いごとを言う。

オーベムについて行くサトシたちは、なにもないはずの森の中に立派なリゾートホテルを見つける。不思議に思いながらも一行はそこに泊ることにするが！？

ライモンシティを目指して、とある山へとやってきたサトシたち。嵐のせいで荒れている山道を進んでいると、"ひょうけつポケモン"のクマシュンが倒れていた。

クマシュンの元気を取り戻すために食べ物を探すサトシたちだが、やっと見つかった木の実を手に取ると、いきなり"とうけつポケモン"のツンベアーが現れた。そんな中、ニャースはニャゴシエーターとしてツンベアーの興奮を鎮めようとするが、ツンベアーたちは容赦なく"こごえるかぜ"を放って襲ってくるのだった。

山の保安官クリフのポケモン、"武術ポケモン"のコジョフーによって、何とか危機一髪でピンチを切り抜けた一行は、クマシュンをなんとか元の群れに戻そうとするが！？

ライモンシティに到着した一行は、地下鉄でポケモンセンターへ向かうことになった。地下鉄の運転席を大興奮で凝視していたデントだが、列車は緊急停止してしまう。窓の外の様子をうかがうと、すぐ隣の線路を見たこともない車輌が通り過ぎたのだった。ライモンシティの地下鉄を管理するサブウェイマスターのノボリ、クダリと合流した一行。二人によると、最近ダイヤにない“幽霊列車”が現れるようになったのだという。

地下鉄を使って逃走するロケット団を追って、サトシ達とサブウェイマスター・ノボリ・クダリ兄弟の追跡が始まった。幽霊列車のダミー作戦に苦戦しながらも、なんとかロケット団が乗った幽霊列車の行き先を絞り込むことに成功したサトシ達は、クダリのパートナー“でんきうお”ポケモンのシビルドンの放電でスピードアップしたトロッコに乗りこんで、再びロケット団を追い始めるのだった。

4個目のジムバッジをゲットしようとライモンジムに来たサトシたちとベル。ライモンジムは、電気タイプのポケモンを操る売れっ子モデルのカミツレがジムリーダーをつとめているという。

早速ジム戦にのぞもうとするベルだが、なんとバトル・フィールドではベルの父がベルを家に連れ帰るためにジムで待っていた。ベルは父になんとか旅を続けたいと説得を試みるが、父は全く聞く耳を持たないのだった。

そこで、カミツレは自分とベルのジム戦をベルの父に見てもらって、どれだけベルが成長したのかを見てもらうことを提案する。父の言葉から、カミツレとジム戦をして、負けたら家に帰ると父と約束をしてしまったベル。

そして、カミツレの"らいでんポケモン"ゼブライカとアイリスの"マイマイポケモン"チョボマキの白熱のバトルが始まる。

カミツレとのジム戦を前にして対策を練るサトシ。カミツレの強力な電気タイプのポケモンに対抗するため、カミツレのポケモンにダメージを与えにくいピカチュウを外してジム戦のメンバーを立てることにした。やる気いっぱいのピカチュウはそんなサトシに不満な様子だ。

そして始まるジム戦。カミツレの"らいでんポケモン"ゼブライカに対し、サトシは"しんどうポケモン"のガマガルで対抗する。じめんタイプを持っているガマガルにはゼブライカの電気ワザは効かないのだった。サトシの作戦通りゼブライカに勝利するガマガル。しかし、次の相手"モモンガポケモン"のエモンガを前にして、1試合目で体力を使ったガマガルに疲れが見えてきたようで･･･！？

ジム戦を終えたサトシたちは跳ね橋が復旧するまで、ライモンシティで一日を過ごしていた。メトロソムリエのデントは地下鉄に乗って、すべてスタンプを集めるとサブウェイマスターと試合ができると言うサブウェイ・スタンプラリーをすることにした。一方サトシとアイリスはライモンシティの観光をすることにして、一同は別行動で一日を過ごすことになった。

ビッグスタジアムでの観戦やミュージカルの観賞などライモンシティの見物を楽しむサトシ達だったが、そこに一匹の迷子になった"キバポケモン"のキバゴを発見し、飼い主を探すことに。

そして、サブウェイ・スタンプラリーを続けていたデントは、大事な友達とはぐれてしまったという少女に出会い、友達を探す手伝いをすることになった。

サトシとアイリス、デントはそれぞれの探し物を見つけることができるのか！？

ホドモエジムに向けてライモンシティを旅立とうとしていたサトシたちは、パフォーマーストリートでライバルのシューティーと再会する。シューティーは子供のころにイッシュリーグチャンピオンのアデクと出会い、アデクを目標として強いポケモントレーナーになる決意をしたのだという。そのアデクが最近この近くに出現したという噂を聞いて、シューティーは探しているのだという。ついに、アデクと出会えたサトシとシューティーは早速アデクにバトルを申し込む。

そして始まったチャンピオンアデクとのバトル、アデクの"ずつきうし"ポケモンのバッフロンに対抗するため、サトシは最大の相棒ピカチュウで挑むが…！？

ホドモエシティを目指し旅を続けていたサトシたちはとある町でダンスの練習をする"サボテン"ポケモンのマラカッチ達、「トリオ・ザ・マラカッチ」と、そのトレーナーのトビオと出会った。

トビオと「トリオ・ザ・マラカッチ」は、ライモンシティのポケモン・ミュージカルのオーディションに受かるべく、腕試しとしてこの町のポケモン・パフォーマンス大会に参加しようとしているのだと言う。

大会で優勝をするために、ダンスのクライマックスの大技を完成させようと練習を重ねてるトビオたち。しかし、なかなかクライマックスの技がうまくいかないマラカッチ達を見て、サトシたちは大技が決められるように手伝うことに決めるが！？

ホドモエシティに向かうサトシたちは途中で寄ったポケモンセンターでポケモン専門のカメラマン「ポケモンフォトグラファー」のロバートと出会った。ロバートは同じくポケモンフォトグラファーだった祖父が撮ったという、四季それぞれ姿をした"きせつポケモン"のメブキジカが一か所に集まって写っている写真をサトシたちに見せてくれたのだった。ロバートは祖父と同じ場所に行って、春夏秋冬の姿をしているメブキジカが一か所に集まっている写真を撮ることを心に決めているのだという。そんな決意を聞いたサトシたちは、ロバートとともに、四季それぞれのメブキジカが集まる場所を探しに行くことにするが…。

ホドモエシティを目指す旅の途中、サトシたちは1体のゴチムとそのトレーナーのコハルと出会うが、コハルはわがままな"ぎょうしポケモン"のゴチムの言いなりになってしまっているトレーナーだった。ゴチムはサトシの"だっぴポケモン"のズルッグをすっかり気に入ってしまい、コハルはなんとかサトシからズルッグを譲ってもらおうと必死だ。

コハルはサトシにズルッグと自分の手持ちポケモンを交換するように迫る。しかし、拒否するサトシに、バトルをしてサトシが負けたらズルッグを譲るように迫るのだった。サトシはコハルの挑発に負けてしまい、ズルッグをめぐってのバトルが始まった。ズルッグの運命はいかに！？

ホドモエシティへと旅を続けるサトシ達は、途中でポケモンの育て屋のボビーと、3匹の“そぼうポケモン”のモノズと出会う。

3匹のモノズたちは、初めて育て屋に預けられてトレーナーを探すために脱走してしまったのだという。ドラゴンタイプの世話を経験したことが無く困っているボビーのために、竜の里出身のアイリスは世話の手伝いを申し出、サトシ達も一緒に手伝うことに。

早速世話を始めるサトシたちだったが、一匹だけ人見知りが激しく、育て屋に預けられて以来、ご飯を食べず元気のないモノズに苦戦する。アイリスはこの人見知りのモノズと何とか心を通わせようと奮闘するが…！？

ホドモエシティに到着したサトシたちは、ジム戦に挑戦すべくホドモエジムに向かった。しかし、ジムリーダーのヤーコンは何やら取り込み中らしい。そこでジムの再開を待つ間、ホドモエのマーケットを散策することにした一行は、バイク乗りのチャールズとその相棒“からぬけポケモン”のアギルダーと出会い、案内をしてもらうことに。

マーケットを散策中の一行は途中で泥棒と出くわすが、そこへこの町のローカルヒーロー“快傑ア☆ギルダー”とアギルダーが現れ、犯人逮捕に協力するのだった。“快傑ア☆ギルダー”のファンになったサトシ。

夜に港の倉庫街にアギルダーが現れるかも知れないという情報をチャールズから得て、倉庫街に行くことにするが…！？

ホドモエジムでのヤーコンとのジム戦に向け、特訓に燃えるサトシ。だが、その前にデントの兄弟でサンヨウジムのジムリーダーの一人、ポッドが現れた。

ポッドはデントの修行の成果を知るために、ポケモンバトルをしたいといきなり言い出す。そこで始まる、兄弟バトル。ポッドは相棒の“こうおん”ポケモンのバオップで、一方デントは“くさざる”ポケモンのヤナップで勝負に臨み、見事デントが勝利する。

デントに負けたことをバオップのせいにしたことを責められ、その場を走りだして行ってしまうポッド。

どうやら、ポッドはジムリーダーとして戦い方のスランプに陥って、コーンとも喧嘩をして家出をしてきたようで…！？

ふっかつそうを持ってきたらジム戦をしてもいいというヤーコンの言葉で、サトシたち一行はふっかつそうが取れる島ミロス島に向かうことにする。

ミロス島に着いたサトシたちはふっかつそうを相棒の“はなかざり”ポケモンのドレディアに協力して取って来てもらっているという青年、ユウトと出会う。ユウトによると、最近ミロス島の土地が痩せてきてしまったためか、草タイプのポケモンの元気が無くなり、さらにふっかつそうも枯れてしまっているのだという。

ユウトとサトシたちは、ミロス島の伝説にしたがって、豊穣の神“ほうじょう”ポケモンのランドロスに祈る、雨乞いの儀式をすることにするが、そこに風の神“せんぷう”ポケモンのトルネロスが突然現れて…！？

ふっかつそうを求めて、豊穣の神“ほうじょう”ポケモンのランドロスに祈る雨乞いの儀式を始めたサトシたち。しかし、そこへ現れたのはランドロスではなく、島を激しい騒乱に巻き込む風の神“せんぷう”ポケモンのトルネロスと雷の神“らいげき”ポケモンのボルトロスだった！魔除けの役割をしていた石碑のくさびが、何者かによって破壊されていたのだ！

２体の戦いを鎮めようと、なんとかランドロスを召喚したサトシたちだったが、その戦いの途中で“きば”ポケモンのキバゴと“あやつり”ポケモンのゴチミルがひどく負傷してしまう。さらにロケット団が戦いで疲れ切ったボルトロス・トルネロス・ランドロスの３体の伝説のポケモンを捕えようと企てていて…！？

ミロス島で無事復活草を手に入れたサトシたちは、ホドモエジムのジムリーダー・ヤーコンとやっとジム戦ができることになった。幼いころから鉱山をポケモンと一緒に拡げてきたヤーコンは、“じめん”タイプのポケモンを中心としたパワフルなバトルに自信たっぷりだ。

そして始まったジム戦。ヤーコンの一体目は“さばくワニ”ポケモンのワルビル、サトシは“ラッコ”ポケモンのミジュマルで勝負を挑む。ミジュマルはアクアジェットで果敢にワルビルを攻めるも、ワルビルが放ったすなあらしで目に砂が入ってしまう。以降、技がうまく決まらないミジュマルに対して、ワルビルは連続的に激しい攻撃を続ける。

絶対絶命かと思われたその時、サトシはある作戦を思いつくが…？

フキヨセシティに向けて旅を続けるサトシたちだったが、途中でピカチュウが“くっつき”ポケモンのバチュルに電気を吸い取られてしまう。ピカチュウを助けようとする、“トラップ”ポケモンのマッギョと“モモンガ”ポケモンのエモンガも同様に電気を吸い取られて、体力を消耗してしまっていた。

3匹を助けるためポケモンセンターに移動した一同は、ジョーイから本来ならその付近にバチュルはいないという話を聞く。不思議に思っていると、急いで駆けてきたベルがポケモンセンターに駆け込んできて、サトシと衝突してしまう。ベルはアララギ博士と連絡が取りたくて急いでいたというのだ。

なんとか電気石の洞窟にいるアララギ博士と連絡がついたベルだったが、ライブキャスターの通信が急に途絶えてしまう。どうやらアララギ博士のいる電気石の洞窟内では停電が起きているようで…。

ベルの“マイマイ”ポケモン・チョボマキとアララギ博士の“かぶりつき”ポケモン・カブルモを通信交換させる瞬間に立ち会うことになったサトシたち。でもベルのチョボマキは、おくびょうな性格で、交換する前にバトルさせるも、積極的な性格のカブルモに圧倒されてしまい、うまくいかない様子。そんな中、いよいよ通信交換開始！すると何と、チョボマキは“からぬけ”ポケモン・アギルダーに！カブルモは“きへい”ポケモン・シュバルゴへと進化！！ところが、ベルの元にやってきたシュバルゴはチョボマキとは打って変わって攻撃的すぎる性格で、さらに手を焼いてしまう。そんな時、アララギ博士の提案で、サトシ、デントとタッグバトルをするこのになるのだが・・・

フキヨセシティへ向け旅を続けるサトシたちは、伝説のポケモンの研究者・アララギ博士の父と出会う。そして博士から、かつて伝説と呼ばれしポケモン・ゼクロムと英雄が交信していたという遺跡が近くで見つかったのでこれから探索に行くと聞いたサトシたちは、一緒に連れて行ってもらうことに。ただ、遺跡には古代人のトラップが数多く仕込まれていてかなり危険な場所らしい。

そして、探索を始めると突然！遺跡の守り神“とりもどき”ポケモン・シンボラーに襲われ、何とか逃げ切ろうと広い部屋に置いてあった棺桶にかくれるサトシたち。ところが、そこにはなんと“かんおけ”ポケモン・デスカーンの姿が・・・そしてアイリスがミイラに！？果たしてサトシ達は無事にこの遺跡から脱出することが出来るのか！？

サトシたちの前に突如現れたサングラスをかけたワルビル。なんと！ピカチュウをライバル視するワルビルは、サトシたちをずっと追いかけてきていたのだった！そんな中、とある町で出会った少年ニックに、ピカチュウを貸してほしいと頼まれるサトシ。理由を聞くと、友達のグレンからポケモンバトルを挑まれたが、まだトレーナーではないためポケモンを持っていない様子。一方のグレンは、友達のセインにパパから借りてこさせた、“メガムカデ”ポケモン・ペンドラーと“しんどう”ポケモン・ガマゲロゲの２体。そこでピカチュウを貸してあげる事にするのだが…あと一体足りない。とその時、ワルビルが参戦すると言い出した。ピカチュウとワルビルのタッグ！いったいどうなるの？

旅の途中に迷い込んだ森で、ポカブとミジュマルがケンカを始めた。すると、突如“ずつきうし”ポケモン・バッフロンに襲われたサトシ達。なんとか逃げ切ったが、アイリス、ポカブ、ミジュマル、ツタージャ、キバゴは、サトシたちとはぐれてしまった。アイリスたちは、見回りに来ていたジョーイとタブンネに出会い、バッフロンの生息地に迷い込んでしまっていたことを知る。バッフロンは、生息地に入る者を敵とみなして攻撃する習性を持つという。そこで、バッフロンよけとして、アフロヘアーのウィッグをジョーイさんからもらい、かぶることに…。その姿を見て、お互いに笑ってしまったことが原因で、再びケンカを始めたポカブ、ミジュマル。そのケンカに巻き込まれたキバゴのウィッグが取れてしまったと同時に、１体のバッフロンの頭の中へ吹き飛ばされてしまう！どうなるキバゴ！？

遂にフキヨセシティに到着したサトシたち。フキヨセジムのジムリーダー・フウロの元へ向かったが、ジムは完全予約制。エアバトルといわれるバトルが行われるといい、早速、午後の部を予約したサトシ。まずは午前の部のジム戦の様子を見守ることに。なんと！エアバトルとは、お互いの手持ちポケモンを全て見せ合い、どんなバトルになるかをフウロが頭の中でシミュレーションし、実際にはバトルを行わずに勝敗を決めるものだった！一気に１５人ものチャレンジャーをさばくフウロ。その様子を見て「同じジムリーダーとして、断じて認めない！」と怒りが爆発するデントはフウロにジム戦を申し込む。「バトルはやってみなくちゃわからない！」というデントの呼びかけにフウロが応じ、実際にバトルを始めるが…！？

デントのバトルでの説得もむなしく、相変わらずエアバトルに自信満々のフウロ。同じくエアバトルに疑問を抱くサトシがジム戦を挑む。サトシのハトーボーに対し、フウロは進化系である“プライド”ポケモン・ケンホロウで迎え撃つ！スピード勝負の空中戦。一進一退の攻防が繰り広げられる。疲れの見えるハトーボーをモンスターボールに戻しピカチュウが応戦するも、でんきタイプのわざがことごとく封じられてしまう…！フウロのエースポケモン「スワンナ」に対するは、息を切らしたハトーボー…。その時、ハトーボーの様子が…！？ひこうタイプのポケモン同士のバトルの行方は！？果たして、６個目のバッジ「ジェットバッジ」ゲットなるか！？

セッカシティに向かうサトシたちは、偶然ケニヤンと再会を果たす。そこで「願いの鐘祭り」があることを知り、全員で参加することに。その祭りとは、パートナーポケモン１体とペアになり、様々な競技を勝ち抜くものである。優勝者には「どんな願いでも叶う」と云われる「願いの鐘」を鳴らす権利が与えられる。優勝を目指し気合いの入るサトシとピカチュウ。早速、借り物競争で「かみなりのいし」を探すことになるが、ピカチュウに触れるとライチュウに進化してしまう…！？そっくりさん大会では、アイリスがアララギ博士に！？デントはカミツレに完ぺきになりきるも大ブーイング！？数々の難問・珍問を破るサトシたちの影に、“ブレイン”ポケモン・リグレーを連れたサイキッカー・レイジの姿が…。

トアルタウンで開催されるバトル大会「ドンナマイト」に参加することにしたサトシたち。ケニヤンやベル、シューティーにラングレーなどおなじみのライバルたちも続々参戦を表明し、熱い火花を散らし始めた！

「ドンナマイト」の主催者は、ポケモンバトルクラブの道場主ドン・ジョージ。かくとうタイプのポケモンによる肉弾戦で有名な「ドンナマイト」ということで、サトシはかくとうタイプのズルッグをパートナーに選ぶ。

一回戦で、サトシはアッキーの“とげざる”ポケモン・ヤナッキーと激突！だが、とびひざげりに失敗したズルッグは、その場で動けなくなってしまい絶体絶命のピンチ！ヤナッキーのローキックが何度もさく裂し、痛烈な連続技を受けたズルッグは、バトルフィールドに倒れ込んでしまった。

もはやここまでか…誰もがそう思った瞬間、ズルッグはサトシの声に背中を押され、気合いで立ち上がった！…と、その時！？

ポケモンバトルクラブ　ドン・ジョージ主催のバトル・トーナメント「ドンナマイト」。白熱する第一回戦、アイリスはドリュウズをパートナーに選び、ポケモンソムリエール・カベルネのフタチマルを迎え撃つ。みずタイプのフタチマルに対し、じめんタイプをもつドリュウズは相性で不利だ…。さらに、カベルネとフタチマルのコンビネーションは、ポケモンソムリエ・デントの予想以上に成長していた…！どうするアイリス！？

続く、ラングレーＶＳグレースのバトル。ドラゴンバスター・ラングレーは、ドラゴンタイプのクリムガンとの対決に燃える！不気味な雰囲気を持つマサオミはパートナー・ナゲキと共に出場し、ドモンのコジョンドと激突するが…！？

熱闘が続く肉弾戦バトル・トーナメント大会「ドンナマイト」。一回戦最後のバトルでは、ベルのエンブオーとシューティーのローブシンが激突。最終進化形同士の対決となった！進化をして、さらにパワーアップしたローブシンに対し、エンブオーは苦戦を強いられ大ピンチ！！その時、ベルはとんでもない指示を出して…！？さらに、ケニヤンＶＳデントは大迫力のバトルを繰り広げる！ケニヤンのダゲキは、デントのヤナップの攻撃を次々にかわすと、渾身のからてチョップを打ち込む！だが、負けじとヤナップは、かみつく攻撃で形勢の逆転を狙う！ドン・ジョージに優勝候補と言わせしめたマサオミとナゲキは、余裕の表情で次々とバトルを勝ち進むが…！？

ますますヒートアップする肉弾戦バトル・トーナメント「ドンナマイト」。準決勝対戦カードは、ベルのエンブオーＶＳケニヤンのダゲキ。パワーが持ち味のエンブオーに対するは、スピードのダゲキ！ビルドアップにより攻撃力が増したダゲキは、得意のからてチョップでエンブオーに襲い掛かる…！ さらに、サトシＶＳマサオミのバトルが幕を開ける。マサオミのパートナー・ナゲキの気迫に圧倒されるサトシのズルッグ。ズルッグは、まだコントロールが完璧ではない「きあいだま」で勝負を掛ける！さらにズルッグの得意な接近戦に持ち込み、とびひざげりでナゲキのパワーに挑むが…！？どうなるサトシ！？決勝に勝ち上がり、優勝を手にするのは誰だ！？

セッカシティに向かう途中のサトシたち。サトシのクルマユ、アイリスのエモンガのバトルの練習中に、なんと、クルマユが“こそだてポケモン”ハハコモリに進化をした！ハハコモリは、挨拶代わりに葉っぱで服を作る習性を持つ。まずはピカチュウたちに葉っぱの服を作り、大喜びのキバゴには葉っぱの仮面も作ってあげたのだった。

その後、サトシたちはお昼寝をすることにしたのだが、キバゴがアイアントにさらわれてしまう。どうやら葉っぱの服を着たキバゴを食料と間違えてしまったらしい！キバゴを探すため、ハハコモリの糸を頼りに迷路のような巣窟を進むサトシたち。だが、そこには大量のアイアントが…！どうなるキバゴ！？

セッカシティに向かうためにネジ山の洞窟を抜ける途中、迷子になってしまったサトシたち。何かを打つ音がする方向を頼りに歩いた先で、フジオと出会う。フジオは大きな岩を持って興奮した様子。なんと！アマチュアポケモン考古学者として長年研究を重ねてきた、“こだいがめポケモン”プロトーガの化石を発掘したのだった。大昔に絶滅した、と云われるプロトーガ。だがフジオは、子供の頃、生きているプロトーガと遊んだことがあるという…。ネジ山の探検中に、突然、プロトーガのいる世界へタイムスリップした不思議な経験を持っていた。興味津々で話に聞き入るサトシたち。と、その時、ロケット団にプロトーガの化石を奪われてしまい…！？

「時の門」と呼ばれし、ネジ山に存在する時空のゆがみ。ロケット団は、「時の門」から過去の世界にタイムスリップすることを計画していた。絶滅したとされる過去のポケモン達を大量にゲットし、戦力を増強させてイッシュ地方の征服を目論んでいたのだった！！その「時の門」を安定させるには“こだいがめポケモン”プロトーガの生体エネルギーが必要なのだ…。

遂に、ロケット団の化石復元装置によって、プロトーガは現代の世界に復活させられてしまった。戸惑い、逃げ出すプロトーガ。サトシたちはプロトーガを保護し、森の中へ逃げ込むが、再びロケット団に襲われてしまう！すると突然プロトーガが光り始めて…！？一体どうなる！？

アスチルベタウンのバトルクラブで一休みをするサトシたち。そこで出会ったスワマという少年は、サトシのポカブの元トレーナーだった！なんと、「バトルの才能がない」という理由でポカブを捨てたスワマ。自分勝手な行動を非難したサトシに対し、スワマは「いかにポカブがダメなやつか、俺がダブルバトルで証明してやる！」という。一方ポカブは昔の思い出に浸り、バトルに気が進まない様子。ポカブの活躍ぶりや日々の努力を知るツタージャは、自分もバトルに出たいと申し出る。相手はほのおタイプの “アリクイポケモン”クイタランと、ポカブの最終進化形“おおひぶたポケモン”エンブオーだ。ツタージャは、不利な相性に負けじと気迫でバトルに挑む！その時ポカブが…！？

セッカシティ近くの山を旅するサトシたち。危うく崖から岩が落ちて来たところを、山のふもとで修業をしていたハチクと“とうけつポケモン”ツンベアーに救われる。実は彼らは、有名な映画「氷の三部作」に出演していた映画界の大スターだった。さらにハチクたちの修行風景も見せてもらい、映画ソムリエのデントは大興奮！

すると、突然山が暗雲に覆われていく…。心配になったハチクとサトシたちが山へ向かうと、ポケモンハンター・リンゾーが“ふゆうポケモン”ブルンゲル２体を率いて、山の守り神である“たいようポケモン”ウルガモスを捕獲していた！サトシはワルビルでバトルを挑むが、ワルビルも捕まってしまう！一体どうなる！？

７個目のバッジをゲットするため、セッカジムの門を叩いたサトシ。目の前には氷のバトルフィールドが広がっていた！ジムリーダー・ハチクはこおりタイプのポケモンの使い手だ。“ひょうせつポケモン”バニリッチに対するは、こおりタイプと相性の悪いワルビル！バニリッチは、反撃のスキすら与えず攻め続ける…！相当のダメージを負ったワルビルは一旦モンスターボールへと戻った。だが、こおりタイプに相性の良いかくとうタイプのズルッグが、ジム戦初出場にして大健闘！最後に迎えた敵は、白き氷の王・ツンベアー！サトシはワルビルの「絶対に負けない」という気持ちを買って勝負を掛ける！ツンベアーにライバル心を抱くワルビル！果たして…！？

残り１個のバッジをゲットするため、ソウリュウジムへ出発する準備をしていたサトシたち。すると、デントを探していたという男が現れ、３人は突然車の中へ押し込まれてしまう。サトシたちはチカクノタウンのお金持ち、ハットリ邸に到着。聞けば、ハットリ氏の愛娘モモッチが初めてポケモンを持つことになり、優秀なAクラスポケモンソムリエに、パートナーを選んでほしいというのだ。そこにもう１人招かれていたのはピノ・ノワール。“ねっこポケモン”チュリネがパートナーにふさわしいと断言するが、浮かない表情のモモッチ…。デントはモモッチの香りをヒントに吟味をする。そこへ、Sクラスポケモンソムリエ・タベルネが乱入！！なんだかどこかで見たことがあるような…！？

船着場へ向かうサトシたちは、偶然、ドラゴンバスター・ラングレーと“ブリザードポケモン”バイバニラに出会う。ラングレーは「ポケモンの能力を高めるコケ」をもらうために、テッシード研究所へ向かう途中だった。興味をひかれたサトシたちも研究所へ行くことに。コケは“とげのみポケモン”テッシードが岩や石の成分を体内に取り込むことによって作られていた。すると突然、電気石で実験中の部屋からコケが大量発生！研究所を覆い尽くしてしまう！！慌てて避難したサトシたち。だが、アイリスがキバゴ、ミジュマル、苦手なこおりタイプのバイバニラと共に、研究所の屋上に取り残されてしまった！バイバニラと迫りくるコケにおびえるアイリス…！一体どうなる！？

遂に、ジムがある港町へと到着したサトシたち。デントによると、この町には古くから映画の撮影所があり、最近では映画のアミューズメントパークも完成したのだという。そこで偶然、ルークと“わるぎつねポケモン”ゾロアと再会を果たす。映画監督を目指すルークは、そのアミューズメントパークのプレイベントに招待され、映画コンクールへ参加するためにこの町を訪れていた。コンクール参加者は、その施設の中の同じ設備・同じ設定で映画を作り、出来栄えを競うのだそうだ。ルークの提案で、サトシたちも映画づくりに協力することに。主人公は、イッシュ防衛隊・サトシ、ピカチュウ、チャオブー！主演女優のアイリスは、涙を流すのに大苦戦で…！？

イッシュリーグ出場をかけた8個目のバッジゲットのために、遂にタチワキジムの門をくぐったサトシ。ジムリーダーは、スーパーパンクバンド「ザ・ドガース」のホミカ! ジムは、なんとライブ会場兼バトルフィールドだった! バトル＆ライブ好きな観客に囲まれてアウェーな空気が漂うが、サトシはピカチュウの10万ボルトでさらに会場を盛り上げる。

一進一退の攻防が続く、タチワキジム: ジム戦! “メガムカデポケモン”ペンドラーに対し、サトシは“ひぶたポケモン”チャオブーで挑む! 相性の良さを生かして、有利にバトルを進めるサトシ! ところが、どくの攻撃を浴びせられたチャオブーは、徐々に体力を削られていく…。その時、ホミカがモモンの実を取り出して...!? イッシュリーグ出場をかけた8個目のバッジゲットなるか!? 果たして...!?

イッシュリーグが３ヵ月後に開かれることを知ったサトシたちは、デントの提案で、タチワキシティの名物・ツンベアーアイスを食べに行くことに。すると、なんとそこでシンオウ地方のチャンピオン・シロナと出会う！シロナは、カゴメタウンで開かれる「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」のエキシビションマッチに参加する予定だという。シロナのバトルが直接見られるだけでなく、その大会で優勝すれば、イッシュ地方チャンピオンのアデクとバトルができることを聞いたサトシたちは参加を決意。シロナと一緒にサザナミタウンへ向かう。その途中、とても珍しい“せんりつポケモン”メロエッタが目の前に現れる。だが、傷だらけのメロエッタは突然倒れてしまい…！？

イーストイッシュ、サザナミタウンに到着したサトシたち。先客がいるというシロナの別荘に向かう車中で突然“せんりつポケモン”メロエッタが姿を現した！どうやらメロエッタはサトシを気に入って、ついてきたようだった。そして、別荘で待っていたのは、ヒカリと“ペンギンポケモン”ポッチャマ！実はヒカリはポケモンコーディネーターとしての腕を磨くために、イッシュ地方へ上陸していた。ジュニアカップに向けて共に合宿をすることになったサトシたち！そこでデントは「ポケモンコーディネーターのポケモンのテイスティングがしたい」とヒカリにバトルを挑む！その様子をロケット団が監視をしていて…！？

サザナミタウン・シロナの別荘で、ジュニアカップに向けて特訓に明け暮れる日々のサトシたち。息抜きをしたいというヒカリの提案で、珍しい“いわへびポケモン”イワークがいるといわれる無人島へ遊びに行くことに。海岸沿いの洞窟を探検中に、突然イワークに襲われる。なんとか逃げ切れたものの、サトシたちはアイリス・ヒカリとはぐれてしまった。一旦海岸へ戻ることにした道の途中で、またもや巨大なイワークが襲い掛かってきた！！じめん・いわタイプのイワークに対して、みずタイプのミジュマルとポッチャマが力を合わせて撃退！だが、更にたくさんのイワークが飛び出してきた！！すると、メロエッタが歌を歌い始め、その姿が…！？

サザナミタウンで合宿中のサトシたちは、“ひょうけつポケモン”クマシュンを探す少年クリスと出会う。なんでも、クマシュンが密室であるはずのポケモンハウスからいなくなってしまったというのだ。心配になったサトシたちは一緒に探すことに。デントはソムリエ探偵としての力を発揮して、森の中で怪しい足跡を発見。この足跡の持ち主が、クマシュンを連れ去ったのだろう、と推理する。キバゴが果物の食べかすを見つけたことで、犯人に確信を持ったデントは、さらに森の奥へと進む。すると、目の前に、鼻水を垂らしながら果物を食べている“とうけつポケモン”ツンベアーが！まさか！？このツンベアーはクリスの…！？事件の真相やいかに！？

シロナの別荘で、朝の支度をしているサトシたち。すると突然、サザナミタウンの町中が停電になってしまった。ほどなくして、ジュンサーがシロナを訪ねて別荘にやってきた。ジュンサーによると、この町で有名な暴れ者の“ドラゴンポケモン”カイリューが原因で停電が起こったのだという。

だが、その話を聞いたアイリスは「絶対にドラゴンタイプには悪い子はいない！」と言い放ち、変電所へと駆け出してしまう。

アイリスに続き、サトシたちも変電所内部へ入ると、翼に傷を負ったカイリューが奥の部屋でうずくまっていた。だが、人間を警戒しているカイリューは暴れてしまう！天井が崩れたその時！アイリス、ミジュマル、ポッチャマが部屋に閉じ込められてしまい…！？

遂に「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」が開幕。優勝者はイッシュ地方チャンピオン・アデクとバトルができるのだ。

大会の目玉の一つ、エキシビションマッチはシンオウ地方チャンピオン・シロナの“マッハポケモン”ガブリアスＶＳイッシュ地方四天王・カトレアの“てんたいポケモン”ゴチルゼルのバトル。熱気に包まれた会場は、第一回戦でさらに盛り上がる。アイリスの“ドラゴンポケモン”カイリューＶＳドラゴンバスター・ラングレーの“とうけつポケモン”ツンベアー、大きな体の二体は迫力満点のバトル！カイリューは相性の悪いこおりタイプのツンベアーの攻撃を、なぜか真っ向から受けまくるのだった！困るアイリスの指示をことごとく無視し続けて、一体どうなる…！？

熱闘が続く「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」！

アイリスのカイリューは、ポケモンコーディネーター・ヒカリの“２ほんキバポケモン”マンムーと２回戦でバトル！１回戦でカイリューとのコンビネーションに大苦戦していたアイリス。序盤は指示を聞いていたカイリューだったが、今回のバトルもアイリスの思うようにはうまくいかず…！？一方は抜群のコンビネーションのヒカリとマンムー。次々にわざをヒットさせる！このバトル、果たしてどうなる！？そして、デントはシューティーとドンバトル以来、２度目のバトル！“ロイヤルポケモン”ジャローダＶＳイシズマイ！ジムリーダーとしての威厳を掛けたテイスティングやいかに…！？

遂に準決勝を迎えた「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」！

サトシはワルビルで、アイリスのカイリューとバトル。ここにきて、ようやくカイリューとの息も合ってきたアイリスは、バトルをしている感触をつかんだ自信を持ち、順調にわざを仕掛けていく！一方、ドラゴンタイプと相性が不利なワルビルは、カイリューのわざを大量に浴びたため大ピンチに！！しかし、その時ワルビルの姿が…！？

そして、サトシとアイリスの白熱のバトルが続く中、シューティーは、どちらが勝ち上がったとしても通過点にしか過ぎないと余裕の表情だ。イッシュ地方チャンピオン・アデクに勝つことだけが目的のシューティー…。果たして、優勝は誰の手に！？

「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」で優勝したシューティーは、アデクのバッフロンとジャローダでバトル！自分の強さをアデクに証明するため、バッフロンの特性や弱点を研究しつくし、万全の体制で挑んだシューティー。対するアデクは、チャンピオンとして堂々とその全てを受け止めるのだった。そこには思いもよらない結果が待っていて…！？

そして、大会を終えたヒカリとポッチャマは、ミクリカップに出場するためにジョウト地方へ発つことを告げる。サトシは、まだ手合わせをしていないヒカリにバトルを申し込む！ピカチュウＶＳ“かざんポケモン”マグマラシ。お互いのことを知り尽くした相手同士の、旅の成果とも言えるバトルが繰り広げられるが…！？

ジュニアカップの会場で出会った少年：コテツの、８個目のバッジゲットに付き合うことを決めたサトシたち。セイガイハジムへ行くことになった一行だったが、道の途中で、サトシとコテツはデント・アイリスとはぐれてしまう！おっちょこちょいなトレーナーに苦笑いする“はもんポケモン”リオルとピカチュウ。さらなる数々の試練が待っていて…！？

そして、コテツの特技に助けられ、どうにかジムへ到着！そこには水タイプジムらしい、湾の中に作られたフィールドが広がっていた。ジムリーダー・シズイは“ふゆうポケモン”ブルンゲル、対するコテツは“とげだまポケモン”ナットレイでバトル！１０まんボルトでブルンゲルに大ダメージを与えるが、そのあと、予期せぬ事態が…！？

イッシュリーグ出場に向けてシロナの別荘でトレーニング中のサトシたち。ズルッグときあいだまの練習をしていると、森の向こうから悲鳴が聞こえてきた！そこにはケンカをしている“ヒナわしポケモン”ワシボンと“おむつポケモン”バルチャイの姿が…！きあいだまの練習で飛んだ岩のかけらが頭に当たってしまい、ワシボンの勘違いでバルチャイのせいになってしまったようだった！

するとそこにポケモン保育園の新米保育士レイラ先生が現れ、２体はいつもこの調子でケンカをしてしまうのだと嘆く。保育園に戻っても相変わらずケンカの絶えない２体…。デントは、ポケモンソムリエとして原因を探ることに！そんな中、レイラ先生に注意をされたバルチャイが保育園から逃げ出して…！？

シロナの別荘で特訓中のサトシたち。「自分もバトルをしたい」とメロエッタがミジュマルに挑戦状を！その時突然、サトシたちを悪党だと思い込んだ青年ラリーと“ゴーレムポケモン”ゴルーグが攻撃を仕掛けてきた！とっさにメロエッタがサトシをかばい、サトシたちは誤解を解くことができた。

なんと、ラリーとゴルーグはメロエッタを保護するために、各地を探していたのだという。元々、森の奥深くにある秘密の場所に住んでいたメロエッタは何者かに襲われ、偶然サトシたちに出会ったのだった。

と、その時！怪しげな監視メカを見つけたサトシたち！この場所も危険であることがわかり、メロエッタを守るため、大急ぎで別荘を出たが、なんと目の前に突如ロケット団のボス・サカキが現れ…！？

イッシュ地方制圧計画「オペレーション・テンペスト」。ロケット団によって、海底の神殿に捕らわれてしまったメロエッタとサトシ、ピカチュウ。なんと、サカキはトルネロス・ボルトロス・ランドロス伝説の３体を使ってイッシュ地方を制圧しようと企んでいたのだった…。「うつしかがみ」の力で召喚された伝説の３体は、霊獣フォルムへとフォルムチェンジし、サカキの指示のもと暴走を始める！！なんとか脱出を果たしたサトシとピカチュウは、悲鳴を上げ、苦しみ続けるメロエッタの救出に向かう！！仲間のメロエッタを救うために、ピカチュウから放たれたエレキボールはとんでもないことに…！？サカキと、サカキの元に集うロケット団、サトシたちのイッシュ最大の戦いが始まる！！

イッシュリーグの開催地がヒガキシティに決まり、シロナの別荘をあとにしたサトシたち。

森の中で、花園歌劇団のマヤと“スカーフポケモン”チラチーノ、ミズキと“はなかざりポケモン”ドレディア、シオンと“ブーケポケモン”ロズレイドと最悪な出会いを果たすことに。

チャオブーとミジュマルのケンカに巻き込まれたエモンガはマヤにぶつかってしまう。するとマヤは、エモンガ、さらにはツタージャをも「ぶちゃいく！」とののしり、アイリスはカンカンに！！

立ち去る３人をギャフンといわせるためにと、サトシとデントもドレスアップして、彼女たちの男子禁制の寮に向かう。「咲いてこそ華、負けて散ったら泥の中」！とんでもないバトルが幕を開ける…！？

イッシュリーグが開かれるヒガキシティに向けて旅を続けるサトシたち。突然、“ゆうもうポケモン”ウォーグルと“もぐらポケモン”モグリュー、そのトレーナーの、ソラン＆リーク兄弟が現れ、サトシとデントにタッグバトルを挑んできた！！「ドリルウィング」、「ほーるバード」、「つばめクロー」など、誰も見たことのない、コンビネーション抜群の合体技を繰り出す２体！対するケンホロウとヤナップも負けじと合体技で応戦！果たして、結果は…？

そして、まだまだ強くなりたいという２人に、デントがポケモンソムリエとしてテイスティングを！大空と大地を制する彼らが、みずタイプのポケモンをゲットできれば、陸海空三拍子そろって世界最強に…！？一体どうなる！？

イッシュリーグが開かれるヒガキシティへ向かうサトシたちは、途中、アイリスの故郷、竜の里に立ち寄ることに。

オババ様に旅の報告をし、アイリスの幼なじみ、ショウブにも再会。そこへショウブが育てている“らんぼうポケモン”ジヘッド２体も現れた。同じ日にタマゴからかえった兄弟分で、お兄さんの方は今日はなぜか元気がないという…。サトシたちがショウブの家でご飯を食べていると、弟分のジヘッドがなにやら慌てている様子でやってきた。ジヘッドについていくと、お兄さんのジヘッドが“きょうぼうポケモン”サザンドラへ進化！だが、サザンドラは自分の進化に驚き、突然暴れ始めてしまう！アイリスは「自分が何とかする」と言うが…！？

ソウリュウシティに到着したサトシたち。ソウリュウジム・ジムリーダーであるシャガとバトルをすることになったアイリスは気合十分。だが、苦手なシャガの事を思うといてもたってもいられない…。アイリスは心を落ち着かせるためにソウリュウシティ鉄塔へ登り、騒ぎを起こしてしまう。だが、ソウリュウ学園生活時代の寮母、マーサさんや、学園のポケモン、“あごオノポケモン”オノンドとの再会を通して、再び気持ちを奮い立たせるのだった。

初めてシャガとバトルをした時、アイリスの身勝手に対してドリュウズは心を閉ざしてしまった…。今度こそ、２人のコンビネーションで勝つ！アイリスは全力でシャガに立ち向かう！“ちていポケモン”ドリュウズが“あごオノポケモン”オノノクスとリベンジバトル…！！一体どうなる！？

ヒガキシティ近くの峠にやってきたサトシたちは、岩でふさがれている道を無理矢理通ろうとして、崖から落ちてしまう。その時、“しんかポケモン”イーブイを連れた青年バージルと“たいようポケモン”エーフィに助けられる。バージルは、父や兄と共にポケモンレスキュー隊を組み、街を守っているという。バージルのチーム名は「チーム・イーブイ」。イーブイとその進化形７体と共に活動をしているのだ。そんな中、ダムで事件が発生。バージルの兄・デビーが現場へ急行するが、好戦的な“けっしょうポケモン”フリージオはダム管理室の扉を凍らせ、デビーを閉じ込めてしまう！さらなる緊急事態に、バージルとサトシたちは応援へ向かう。チーム・イーブイの実力発揮なるか…！？

遂にイッシュリーグが開かれるヒガキシティに到着したサトシたち。ベルやケニヤン、シューティーや、バージルと再会する。無事に大会へのエントリーを済ませ、各々の宿舎へ戻ろうと歩いていると、林の中に見たことのあるテントが…！なんと、今度こそ遅刻しないようにと、コテツとリオルが３日も前から待機していたのだった。だが、よくよく話を聞くと、まだ大会にエントリーしていないのだという。驚いたサトシはコテツを連れて、受付終了のアナウンスが流れる中、急いでエントリー受付へ！果たして間に合うのか…！？

そして、いよいよ予備戦が開幕！因縁の対決再び！？サトシの相手はシューティーとジャローダだ！対するサトシが選んだポケモンは…！？

大激戦が続くイッシュリーグ予備戦、サトシのピカチュウＶＳシューティーのジャローダのバトル！ジャローダ得意の必殺技、ドラゴンテールとまきつくの連続攻撃が決まり、大ピンチのピカチュウ。10万ボルトで必死に応戦するも、ジャローダには秘策が…！？シューティーに今度こそ勝ちたい！サトシとピカチュウは勝利をもぎとることができるのか！？

そして、ライバルたちも予備戦で白熱のバトルを繰り広げる！本戦１回戦ではコテツとベルの対戦が決まった！ダイケンキＶＳシュバルゴのバトルでは、シュバルゴがてっぺきで防御力を上げ、ダイケンキの攻撃がなかなか決まらない。困ったコテツは、バンダナを引っ張って秘策を練ろうとするが、果たして結果は…！？

イッシュリーグ・ヒガキ大会は早くも中盤戦へ突入。サトシたちは一度宿舎へ戻ることに。すると、ピカチュウが気づく…キバゴがいない！！なんとキバゴは、漂う風船を追いかけて、うっかりサトシたちとはぐれてしまったのだ！！アイリスは必死にキバゴを探す。

一方、小さな路地を中心にキバゴを探すピカチュウたち。そんな中、ミジュマルは箱いっぱいに入った果物を路地裏で見つけ、それを全部平らげてしまう。だが、それは路地裏に住む“ゴミすてばポケモン”ダストダスが近所の人にもらった食料だったのだ。果物がなくなり、悲しむ“ゴミぶくろポケモン”ヤブクロン。キバゴを見つけ、ほっと一息したピカチュウたちの下へ怒りのダストダスが…！一体どうなる！？

白熱のバトルが続くイッシュリーグ・ヒガキ大会！２回戦を勝ち進んだサトシは、遂に３回戦へと駒を進めた。迎える３回戦の相手は、なんとケニヤン！ドンバトルや願いの鐘バトル、ドンナマイト…、あらゆる大会で共に戦ってきたケニヤンとサトシ。お互いの手の内を知っている仲なだけに、選ぶポケモン、わざを互いに予想し、バトルに挑む！！ケニヤンのゼブライカの新しいわざを覚で予想外の展開となるが、サトシのガマガルも負けじと応戦！そして、ケニヤンの最強のパートナー“からてポケモン”ダゲキに対するは一度バトルをして体力を消耗しているワルビアル！あくタイプはかくとうタイプに不利…。この状況をサトシはどう覆すのか！？

４回戦に進んだサトシは、コテツとバトルをすることに！４回戦は６対６のフルバトル！！コテツが予告していた秘密兵器とは“きょうぼうポケモン”サザンドラのことだった！！対するサトシは“こうせきポケモン”ガントルで勝負を挑む！パワーのあるサザンドラに正確にわざを当てにいくガントル！果たして…！？

そして、コテツの最後の砦にして良きパートナー“はもんポケモン”リオル。対するケンホロウはスピードで勝負するが、リオルはなんとケンホロウに乗っかってわざを出しまくる！避けきれないケンホロウは大ダメージを受けて大ピンチ…！一見はちゃめちゃに見えるコテツの指示だが、リオルとのコンビネーションは抜群だ！すると、リオルの様子が…！？

激闘が続くイッシュリーグ４回戦！サトシとコテツのバトルは混戦を極めていた！なんと！コテツの相棒・リオルが“はどうポケモン”ルカリオに進化した！

ルカリオのわざは格段にパワーアップ！さらに新技を覚えていて、サトシとツタージャを追い込むが…！？

さらに、既に２戦を戦ったピカチュウがルカリオとバトル！！体力を消耗しているピカチュウは、長期戦を避けるために、スピード勝負でルカリオに挑む！ルカリオ優勢に進むバトルだったが、サトシのアイデアで一発逆転を狙う！！お互いの一撃が確実に効いて倒れこむ２体。イッシュリーグで優勝するという意地と意地とのぶつかり合い！果たして、勝利の女神はどちらにほほえむ！？

イッシュリーグを終えたサトシたちは、カノコタウンのアララギ博士の元へ向かっていた。そんな道の途中で出会った新人トレーナー・ノノミ。とっても慎重な性格で、石橋を渡ることさえもためらって、道の真ん中でオドオドしていた。サトシたちはノノミを励まして、研究所へ向かう。

アララギ博士やオーキド博士にイッシュリーグの報告をしたサトシは、カントー地方へ戻る決意をする。するとノノミが研究所へやってきた！

散々悩んだ末に、一番最初のポケモンを“ひぶたポケモン”ポカブに決めたノノミはサトシと組んでＶＳデント＆アイリスとタッグバトル！バトルを楽しみ始めたノノミだったが、突然、メカがサトシたちの前に飛び出してきた！なんだか見たことのある３人組だが、一体誰…！？

カノコタウンから船で旅立ったサトシたち。伝説と呼ばれしポケモン・レシラムにまつわる場所、「白の遺跡」を目指して…。ヒオウギシティに向かう船旅の途中、ポケモンの心の声が聞こえると言う不思議な青年・Ｎ（エヌ）と出会ったサトシたち。ポケモンの事を「トモダチ」と呼び、ポケモンと人間の関係性はどうあるべきか、を早口で語るＮ（エヌ）に思わず、ポカーンとしてしまう一同。さらにＮ（エヌ）はポケモンにバトルをさせるのは嫌いだときっぱり言い切る。

そんな中、突然ロケット団が襲いかかってきた！モロバレルのしびれ粉を浴び、ピカチュウが危険な状態に…！とっさにＮ（エヌ）が、“かいほうポケモン”ママンボウに呼び掛ける。すると…！？

新しくジムが開設されたというヒオウギシティに到着したサトシたち。ジムリーダー・チェレンの元へ向かった先には、なぜか学校が…。

この学校は、ポケモンジム兼トレーナーズスクールだった。そこで教師をしているチェレンは、ジムリーダーの資格を取ったばかりで、ジムも準備中なのだという。

一方、サトシたちのもとを離れ、放送室の機材で遊ぶキバゴ。学校中に響く大音量で音を出したことが原因で、ポケモンハウスにいたポケモンたちが驚いて逃げ出してしまった！手分けをして探すものの、デントとヤナップのコンビはコアルヒーに翻弄され、とんでもないことに…！？

さらに、サトシのミジュマルとチェレンの“ちゅうけんポケモン”ハーデリアがバトル！この勝負、一体どうなる！？

プラズマ団の科学者・アクロマが、ポケモンを使った実験をしている。“でんきグモポケモン”デンチュラに謎の光線を浴びせ、潜在能力を引き出そうとしている。叫ぶデンチュラ…。ツンベアーやコジョンドも実験台として、カプセルに入れられている…。一体何の目的で…！？

サンギタウンにやってきたサトシたち。突然、目つきのおかしい“きのこポケモン”モロバレルたちから襲われてしまった！どうやら最近山のポケモンたちが頻繁に暴れているらしい。さらに、町の天文台に怪しい人々がいることを聞き、早速向かうことに。

だが、道の途中で、突如ピカチュウ・キバゴ、野生のポケモンたちが一気にサトシたちに攻撃を始める。驚くサトシたちを助けたのは、山男だったがその正体は…！？

サンギ牧場にやってきたサトシたちは、少女エリーと、“ライトポケモン”デンリュウ、“わたげポケモン”メリープたちと出会う。普段デンリュウはメリープの群れをまとめる仕事をしているのだが、これがなかなか言うことを聞いてくれないという。「かみなりパンチ」を習得すればデンリュウを認めてもらえるはずだと、エリーは奮起していたのだった。アイリスはそのコーチにカイリューを任命し、早速一緒に練習を始める。

だが気づくと、メリープが１体消えている…！さらにまた１体とメリープが消えているのだった！牧場主であるエリーの祖父は「もっと見張りにふさわしいポケモンがいるはずだ」と言い出す始末！デンリュウは絶対に大丈夫！とエリーは言うが、その影には怪しい３人組が…！？

世界征服を企むプラズマ団のとある作戦は水面下でどんどん進んでいる…。実験の有機素体として使うために捕獲した“ゆうもうポケモン”ウォーグルを運んでいるプラズマ団団員たち。だがそこに、弱るウォーグルを運び出すために、トラックに飛び込むＮの姿が…！プラズマ団員は、“ネコイタチポケモン”ザングースと“キバへびポケモン”ハブネークでＮに襲い掛かる！背中を切り付けられたＮは崖下に転落してしまう！！一体彼の目的は…！？

サトシたちはウォーグルを連れたＮとポケモンセンターで再会を果たす。だが、ウォーグルには小さな発信機がつけられており、プラズマ団によってポケモンセンターは停電に！！Ｎはサトシたちにとある提案を持ちかけるが…！？

タチワキシティに到着したサトシたち。

遠くで煙が上がっていたので行って見ると、ポケモン湾岸救助隊の、“しゅぎょうポケモン”フタチマル、“ふゆうポケモン”プルリル、“けいかいポケモン”ミルホッグ、救助隊隊長のヒロトが非常時の訓練を行っていた。そんな中、ミルホッグは、もっと自分も役に立ちたいと、監視係以外の仕事を熱望するのだった。と、その時！タチワキコンビナートで事故が発生！急いで救助に向かったが、なんとヒロトたちが地下の部屋に閉じ込められてしまった！

「ポケモンに危険な救助活動をさせるのは好きではない」と言ったＮだったが、施設の外で監視係をしていたミルホッグに、「センサー的な能力を貸してくれないか？」と協力を仰ぐ…！

カントー地方を紹介する「カントーフェア」にやってきたサトシたち。

特設ステージでは、“とかげポケモン”ヒトカゲが元気にご挨拶をしている。

サトシは自分の“かえんポケモン”リザードンのことを思い出す。

かつて、一緒に旅をして、最強のパートナーとして大活躍をしたリザードン…。

久しぶりにリザードンに会いたいと思ったサトシは、オーキド博士に転送をお願いすることに。

そんな中、はやくもリザードンをただならぬ視線で見つめる１体のポケモンが！リザードンをただものではないと感じ、激しい視線をバチバチと飛ばすアイリスのカイリュー…！さらにリザードンも負けじとカイリューをにらみかえす！！いきなりケンカが始まってしまうのか！？果たして、どうなる！？

とある街を訪れたサトシたち一行とＮ。

その街では、プラズマ団が科学者アクロマを筆頭に怪しげなマシンを使って、ポケモンを操る実験をしていた。

マシンの光線をあびた一体の“あごオノポケモン”オノノクスが暴走を始めてしまい、街が一時封鎖される大騒ぎに！アイリスはドラゴンタイプに悪い子はいないと言って、無理矢理街に潜入。アイリスのカイリューがオノノクスを止めようとするが、カイリューまでもが突如暴れ始めてしまう！

さらに、Ｎは、いつも聞こえるはずの「トモダチ」の声が聞こえないという。これ以上暴れると２体の身体が持たないことを案じたＮは、カイリューとオノノクスの前に立ちはだかるが、２体の暴走は激しさを増すばかり！果たしてどうなる！？

霧が晴れると、そこにはヘレナ、バーベナという女性と、“ほうようポケモン”サーナイト、“てんたいポケモン”ゴチルゼルが現れた。泉に浸されるＮ。すると、体に光をまといみるみる傷が癒えていく…！だが、ヘレナとバーベナはサトシたち人間を警戒している…。この場所は、Ｎたちの隠れ家で、人間に傷つけられたポケモンたちの傷を癒しているのだという。

さらに、Ｎの生い立ちを知ることになったサトシたち。プラズマ団、そしてゲーチスとの関係が明るみになっていく…。

すると突然、プラズマ団たちが襲い掛かかってきた！ヘレナ達はサトシたちを侵入者の仲間なのでは？と疑う！ドリュウズやピカチュウが体を張ってＮたちを守るが、一体どうなる！？

プラズマ団のアジトで不敵な笑みを浮かべ対峙する、科学者アクロマとロケット団のニャース…。

ニャースはアクロマの研究者としての力をロケット団のために使わないか？と言葉巧みに誘う。アクロマも、ニャースの有機素体としての潜在能力を引き出したいと応える。それを影から見守るムサシ、コジロウ。

早速、ニャースはアクロマの実験台となり、マシンの電波を浴びている。だが、ニャースはコントロールされないための訓練を積んでいたため、ビクともしない。電波はどんどん強くなり、突如、ニャースの目つきが変わる時が…！！真空を切るみだれひっかきを繰り出すニャース！アクロマがわざの攻撃を指示した相手は…！？

サトシたちは、遺跡近くのリュウラセンの塔の前までたどり着いた。

そこへ、アララギ博士の父の助手がサトシたちを迎えにやってきた。博士は遂に、伝説と呼ばれしポケモン・レシラムが姿を変えたといわれる「ライトストーン」の在処を突き止めたのだという。白の遺跡に到着したサトシたちはアララギ博士の父とともに、早速遺跡の内部へ…。そして、博士がその封印を解いた瞬間、ライトストーンは激しい光に包まれる！さらに、サトシたちのもとへやってきたのは、あのＮだった。博士にライトストーンをどうするつもりなのかを問うＮ。博士の答えを聞いたＮは、「言うことはない。」と言ってライトストーンを奪い去ってしまう！そこへプラズマ団の姿が…！一体どうなる！？

ポケモンに対する思いを互いにぶつけ合うＮとサトシ。そんな中、Ｎは、遺跡の外で聞こえていたポケモンの声が聞こえなくなった、と焦る。一刻も早く遺跡の外に行かなければ！サトシとポケモンたちは力を合わせて、出口を探すために埋まった土砂を掘り続ける。

一方、外ではアイリスのカイリュー、デントのイワパレスがプラズマ団の攻撃に対して猛然と立ち向かっていた。だが、アクロマのコントロールマシンがそれを阻止！博士、アイリス、デントはプラズマ団に捕まってしまった。ロケット団はその様子を固唾を飲んで見守っている。ようやく脱出したＮとサトシたちだったが、ピカチュウがマシンによって操られてしまう！そして、遂にプラズマ団の総帥・ゲーチスがレシラム復活の儀式を始める！

Ｎの身を案じて、ヘレナたちがやってきた！プラズマ団の動きを封じようとしたゴチルゼルとサーナイト。だが、マシンの電波が向けられ…！？

そして遂に伝説と呼ばれしポケモン・レシラムは復活してしまった！表情は怒りに満ちている…。さらにゲーチスは早速アクロマに指示を出し、レシラムをコントロールすることに成功。Ｎの必死の叫びも虚しく、レシラムは闇雲にクロスフレイムを放ちまくる！キバゴはアイリスたちを助けようと、拘束具をひっかき続ける！混乱の中、またもアクロマに狙われたピカチュウ！そこに立ちはだかったのはロケット団のニャース！国際警察のハンサムとロケット団の作戦とは！？ポケモンと人間の心が一つになった時に起きる奇跡とは…！？一体どうなる！？

プラズマ団との死闘を終えたサトシたち。アララギ博士の研究所で一休みをし、カントー地方・マサラタウンへ帰還を決めたサトシだった。そこでアイリスはドラゴンマスターへの道を極めるために、デントはポケモンソムリエとしての見聞を広めるために、サトシとともにカントー地方へ向かうことを決めた！アララギ博士の提案で、連絡船に乗り、デコロラ諸島を通ってカントー地方へ行くことに。期待をよそに少々ボロい船内だ。だが、ポケモンたちの遊戯施設もあり、ピカチュウたちは楽しそう。しかし、突然部屋のドアが開かなくなってしまいビックリ仰天！サトシたちの部屋のドアも開かない！？

操縦室では、不敵に笑う３人組の姿が…！波乱の冒険の幕開けか！？

デコロラ諸島を旅するサトシたちは、ハニー島へ到着。“はちのこポケモン”ミツハニーが集める甘いみつ「ハニーミツ」を使った食べ物が有名だ。船着場で上陸記念のくじ引きを引いたサトシに、特別賞「ハニーミツを使った151種類のお菓子食べ放題」が大当たり！観光局のガイド３人と共に、早速ハニーミツお菓子工場へ向かう…が、それはなんとロケット団！

コロモリたちの攻撃に応戦するピカチュウ！が、しかし！10万ボルトがあらぬ方向に飛んで行く！すると大量の“さなぎポケモン”コクーンが“どくばちポケモン”スピアーに進化！！両手のドクばりがキラリ！散り散りに逃げたピカチュウは、キバゴ、ミジュマルと迷子に…。そこへニャースがやってきて…！？

船上のバトル大会「マリンカップトーナメント」に出場するサトシたち。大会終了後には有名な宝石コレクター・リップルのコレクションが披露されるという。デントは、チョロネコを連れたあの人か！？と恐怖に慄く！そのチョロネコはというと、リップルの大切にしている宝石「レパルダスの瞳」に嫉妬をしているというのだ。一方、自分の宝石は決して他人には見せないことで有名な宝石コレクター・ショール氏。彼はリップルに宝石を譲ってくれないかとしつこく頼むが、再度断られるのだった…。

そして、大会の終了後、なんと「レパルダスの瞳」が消えてしまった！！ミルホッグが監視していたというのに、一体誰がどうやって…！？助けて！ソムリエ探偵デント！！

「ホタチキング決定戦」が行われるホタチ島に到着したサトシたち。

早速会場へ足を運んでみると、お祭りの会場が広がっている。そこにはたくさんのミジュマルやフタチマルの姿が！

ホタチキングの栄冠に輝いた者は、金のホタチをプレゼント＆女の子部門で優勝したミジュカちゃんのパートナーになれるという！ミジュマルはミジュカに一目ぼれ！全力で優勝を狙うミジュマル！ホタチのフォルムと曲線を競い、瓦割りでホタチの強度を競い合う…！だが、ライバルのフタチマル「シーザー」も負けていない！さらに、フタチニャルという強力なホタチを持つフタチマルも登場！！あれ？なんだかこのフタチマル、誰かに似ている…！？ホタチキングの座を掛けて、男たちが真剣勝負！一体どうなる！？

霧深い海域にあるマホラ本島へ向かっていると、霧の中からなにやら巨大な影が近づいてきた！とんでもない光景に驚くサトシたち。

そして、数十年前に巨大ポケモンの噂がマホラ本島であったという手がかりを掴み、早速噂の離れ小島へ行くことに。森を歩いていると、突然、ピカチュウが何者かの気配に気づく！そこには大きな“アリクイポケモン”クイタランが！！しかもなぜかピカチュウの攻撃が効かない！さらに、クイタランの攻撃で森が炎に包まれ、森のポケモンたちも逃げ出した拍子に、“きのこポケモン”タマゲタケのきのこのほうしがキバゴに直撃！大ピンチの中見つけた、古びたポケモンセンターで治療をお願いするが、そこは違法のポケモンセンターで…！？

サトシたちは、ポケモン研究の第一人者であるオーキド博士と合流するため、“プラズマポケモン”ロトムが多く生息していることで有名なムトロ島へ向かった。

博士は「ロトムのフォルムチェンジ」に関する論文を書くために、この島を訪れていた。早速、大きな広場へ向かうと、電線を伝って３体のロトムがやってきた。でんきを使って彼らをひきつけようとすると、ピカチュウのでんきをおいしそうに食べている。でんきにも好き嫌いがあるのかと、デントもマッギョに電気ショックを指示！お味の方は…！？さらに、アイリスもエモンガと一緒にお手伝い！するとロトムたちはフォルムチェンジをし、姿を変えた！

知られざるロトムの秘密が暴かれる…！？研究の成果やいかに！？

デコロラ汽船の食糧庫から高級な食料を奪おうとしているロケット団。そこへ“おおあごポケモン”アリゲイツと“ふんしゃポケモン”オクタン、“みずうさぎポケモン”マリルリがやってきて、食料を横取りしてしまった！船上をダッシュで駆け抜けるポケモンたち！

警報音を聞いたサトシたちも彼らを止めようとしたが、あっという間に、海で待機していた仲間“みずどりポケモン”コアルヒーのいかだで逃げ去ってしまう。とんでもない悪さをするポケモンの海賊団にジュンサーさんも困り顔だ。彼らのアジトを突き止めるためリザードンが追跡開始！海賊行為をやめるよう説得するツタージャ、チャオブーの気持ちは届くのか！？ニャースは、食べ物の恨みを晴らそうとするが…！？

ワタリ島にやってきたサトシたちは、“さなぎポケモン”トランセルの群れが“ちょうちょポケモン”バタフリーに進化する瞬間に立ち会う。この島では、スワンナなどの「渡り」を行うポケモンたちが必ず立ち寄る寄港地であるという。

感動するサトシたちの目の前に現れたのは、一体の“いもむしポケモン”キャタピー。群れの進化に乗り遅れた様子だ。サトシは、昔一緒に旅をした自分のキャタピーを思い出し、進化のお手伝いをしたいと申し出る。

早速特訓を開始するが、すぐに居眠りをするキャタピーにサトシたちもタジタジ！そんな中、“とうみんポケモン”リングマの縄張りに入ってしまいピンチに…！だが、キャタピーは小さな体で大きなリングマに立ち向かう！一体どうなる！？

デコロラ諸島の中で一番大きなオオキナ島に到着したサトシたち。島を横断する一本道を歩いて対岸へ向かう途中、とても珍しい“つちへびポケモン”ノコッチに遭遇！興奮気味のサトシは早速バトルを申し込む。驚いたノコッチは、いやなおとの攻撃！その拍子につまずいたサトシはアイリスの頭の花飾りを踏んで壊してしまう。そして、ピカチュウがわざを出そうとすると、耳を押さえたキバゴがぶつかってしまい、あえなくノコッチに逃げられてしまった。

ゲット失敗をキバゴのせいにしたサトシにアイリスはカンカン！さらに仲直りをしようとしたサトシの行動が裏目に出て、怒ったアイリスは「絶交よ！」と言い放ち、先に行ってしまう。その様子を静かに見ているデントだったが…！？

オオキナ島で旅を続けるサトシたち。とある夜、１０００年に７日間だけ目覚めるという“ねがいごとポケモン”ジラーチに出会う。ピカチュウたちがジラーチと一緒に遊んでいる所に、サトシも駆けていく。人間に驚いたジラーチはその場を去ってしまった。

残念がるサトシたちのもとへやってきたのは、少女ホリー。ホリーはジラーチにどうしても叶えてほしい願い事があるのだという。それは、この土地の地脈を取り戻すこと。一緒にジラーチを探すことにするが見つけることができない…。だが、必死なホリーの気持ちが伝わり、ジラーチが遂に姿を現した！しかし、そこへロケット団がやってくる！ジラーチは、ロケット団との戦いで体力を消耗してしまい…！？

ポケモンセンターでオオキナ島での最後の夜を明かしたサトシたち。

すると、デントもアイリスもキバゴも、顔が“ブレインポケモン”オーベムになっているではないか！さらには、ピカチュウもオーベム顔に！ビックリ仰天のサトシは、ジョーイさんとタブンネのもとへ助けを求めに走った！だが、なんと彼女たちもオーベムになっていた！外で出会ったジュンサーさんまでもがオーベム！さらにさらに、町の人々まで！

サトシが人目を避けながら恐る恐る路地裏を歩いていると、真下からサトシの名前を呼ぶ声が！そこにはマンホールに隠れているロケット団のムサシとコジロウの姿があった。２人は、仲間のニャースを探しているのだという…。オーベムの恐るべき計画とは一体！？

ミノリ島（とう）に到着したサトシたちは、道の途中でポケモンルポライターのパンジーという女性と出会う。パンジーは“ライドポケモン”ゴーゴート、“はつでんポケモン”エリキテルとともに、カロス地方から取材のためにやってきたのだった。

ミノリ島には古い言い伝えがあり、過去の過ちが二度と起こらないよう、そして木々の実りを感謝するためにお祭りを行うようになったという。取材へ向かうパンジーについていくと、祝賀祭が行われていた。

メインイベントであるポケモン相撲の優勝商品は「きあいのハチマキ」とミノリ島特産の木の実だ。サトシはチャオブー、デントはヤナップと、アイリスはカイリューと参加を決めた！一体どうなる！？

ヤシ島（とう）に到着したサトシたちは、パンジーから“ポケモンにまつわる伝説のお宝”が近くの無人島に隠されていると聞く。ポケモンルポライターであるパンジーが、以前に海賊博物館に取材に行った際に見つけた「お宝の隠された暗号」を頼りに、無人島にたどり着いたサトシたちは、謎を解きながら宝探しを進めていく。

同じようにお宝の話を聞いたロケット団も、お宝を狙って無人島に向かうのだった。

歩みを進めていくサトシたちに次々と襲いかかるポケモンたち。

果たして無事、お宝をゲットできるの！？

サトシたちは、洞窟に住むポケモンたちに会うため、洞窟島（とう）に降り立った。そこで偶然、イブキとの再会を果たす。

イブキはこの島に「色ちがいのクリムガン」をゲットしに来たのだが、途中でカイリューとはぐれてしまったという。

そこでサトシたちはイブキのカイリューを探す手伝いをすることに。

無事イブキのカイリューを発見することができたものの、アイリスのカイリューとケンカをするひと悶着も。

その後、色ちがいのクリムガンを探すイブキと共に、森の奥の洞窟に向かうのだが・・・！？

デコロラ諸島のとある島に到着したサトシたちは、10数年に一度観測できるという美しいほうき星“ウッデート彗星”を観測するためにパンジーと共に山の頂上へ向かうことに。

この彗星が現われる時、山にポケモンたちが集まり、不思議な行動をとるという。

頂上にたどり着いたサトシたちは、この島の勇者と讃えられたウッデートがバトルを繰り広げていたバトルフィールドの遺跡を発見する。

薄暗い中を進むと、ピカチュウを狙うロケット団が闇にまぎれて忍び寄ってくるのだが・・・！？

サトシたちはポケモンルポライター・パンジーとともに、とある島のポケモンセンターを訪れていた。取材の記事をまとめるパンジーにかわり、ゴーゴートの様子をみることに。カロス地方のポケモン・ゴーゴートに興味深々のサトシ。そんな中、ゴーゴートのところにこの島の少年・トニーが現われる。トニーにじゃれつくゴーゴートは、ふいに角を触れられる。角に触れた人の思いを感じることができるゴーゴートはトニーの思いを感じとり、彼を背中に乗せ、どこかへ行ってしまう。

サトシたちはいなくなってしまったゴーゴートを探すなか、どうやら父親が勤める天文台に向かったのではという情報をつかむ。

夕方に出航する船を待つため、草原でのんびりとピクニックをしながら過ごしていたサトシたち。そんな中、アイリスのちょっとした誤解でエモンガがこっぴどく怒られてしまう。ふてくされながら滑空をしていると、バランスを崩して落下をすると、そこにはロケット団が。ムサシ・コジロウのポケモンたちとバトルになるが、エモンガは「メロメロ」などを使って１体で勝ってしまう。

その圧勝劇に、ロケット団はエモンガを団員に勧誘する。

まんざらでは無いエモンガは、ロケット団と行動を共にするのだが・・・！？

ガンリュウ島に到着したサトシたちは、デントの兄弟、ポッド・コーンと待ち合わせをしている中、ユキノオーが現われる。ヤナップはデントと拾いにいった木の実を分けてあげようとユキノオーに近づいたところ、突然攻撃を受けてしまう。ちょうどそのとき、ポッド・コーンが合流し、このユキノオーのトレーナーであるドラゴが、自分たちがジムリーダーを務めるサンヨウジムの道場破りであることを聞く。既にポッド・コーンはドラゴとのバトルに敗れており、ドラゴは残るデントを倒すべく、勝負を挑んできたのだった。サンヨウジムを守るため、デントは勝負を受けるのであった。

サトシたちを乗せた船はカントー地方の港町、クチバシティへ。

デコロラ諸島を巡る船旅もいよいよ終わりに近づいていた。

サトシたちがカントーに到着する前に、なんとしてもピカチュウ達をゲットしようと目論んでいたロケット団。なんと、巨大バルーンで海をゆく客船を空中に浮かばせ、船内は大混乱。ロケット団はいつものようにサトシたちのポケモンを奪いにかかってくるのだが、パーカーさんまでもがサトシたちの邪魔をしてきた。なんとそこには、パーカーさんが２人いて…！？

デコロラ諸島を巡る旅は、ついにカントー地方・クチバシティに到着したことで終わりを告げた。同時に、アイリス・デントとの別れでもあった。３人はそれぞれの夢に向かって旅立っていった。サトシはパンジーと共に、マサラタウンへ帰ってきた。真っ先にオーキド博士の研究所にいるポケモンたちに会いに行こうとするサトシだったが、パンジーに諭されて、まず母親に会いに家に帰ることに。家に帰ってもそわそわするサトシは、結局すぐにオーキド研究所に向かう。久々にイッシュ地方の仲間たちと顔を合わせたサトシは、イッシュの冒険を振り返り、自分の夢である「ポケモンマスター」を改めて誓う。そして、パンジーがやってきた「カロス地方」に思いを馳せていると、ロケット団がまたもピカチュウや研究所のポケモンたちを狙って襲いかかってきた。

サトシ・アイリスと別れ、ヤナップと共にジョウト地方へとやってきていたデントは、とある湖で釣りをしていた。するとギャラドスが釣り上げられ、早速ゲットを試みるものの、バトルに負けてしまう。ギャラドスのかえんほうしゃでダメージを負ったヤナップを回復させるためにポケモンセンターへ向かい、そこでタケシと出会う。

サトシと別れた後のアイリスとキバゴの冒険を描いたスペシャルストーリー！

アイリス、ドラゴンタイプのジムに挑戦！カイリューVS色違いクリムガン！！さらに、伝説のポケモン・レックウザが登場！！