다스 베이더의 공격에 타격을 받고 사령함을 파괴당한 반군은 전쟁을 이끌 지휘관이 없어서 고민한다. 그때 아소카가 과거 자신과 활동했던 유능한 지휘관을 추천하고 헤라와 케이넌 일행이 그를 찾아 나선다. 그리고 마침내 그와 동료들을 찾아내긴 하지만 그들은 클론들이다. 케이넌은 과거 클론 전쟁 때 경험 때문에 클론들을 배신자라고 여기며 신뢰하지 않는데...

팬텀의 고장으로 클론들의 탱크 위에서 움직이지 못하는 케이넌 일행. 그러나 제국에서는 그들의 위치를 확인하고 요원 칼루스가 그들을 제거하러 나선다. 그러나 클론들은 케이넌 일행을 탈출시킨 다음 목숨을 걸고 칼루스와 전투를 벌인다. 한편 제국의 콘스탄틴 제독은 다스 베이더의 호출을 받고 가지는 그의 우주선에선 새로운 인퀴지터가 그를 기다리고…

렉스에게서 중요한 정보를 제공받은 헤라는 젭과 사빈에게 버려진 우주 의료 정거장에 의료 보급품을 가져오라고 한다. 그리고 에즈라 역시 둘을 따라 나선다. 드디어 의료 정거장에 도착하지만 정거장에서 보내는 신호를 제국이 알아차리고 인퀴지터가 그곳으로 출동한다. 그리고 정거장에서 에즈라 일행은 인퀴지터와 마주치는데 그들은 두 명이다…

제다이 훈련도 받아야 하고, 동시에 군인으로서 훈련도 받길 요구받는 에즈라는 자신의 위치에 혼란을 겪는다. 그런데 팬텀을 청소하던 중 비자고의 재난 신호를 받는다. 그리고 그를 구하러 가지만 신호를 보낸 사람은 비자고가 아닌 혼도라는 인물. 그는 자신이 비자고에게서 도박으로 그의 우주선을 땄다고 말하는데…

아이바 태양계의 굶주린 주민들에게 식량 구호품을 전달하려는 반란군 앞에 제국군이 나타난다. 그들은 행성을 봉쇄하고 주민들을 아사시키려고 한다. 1차 봉쇄 돌파작전을 실패로 돌아가고, 반란군은 화력의 부족을 절감한다. 그때 렉스는 특별한 전투기를 개발한 기술자에 대해 말한다. 그리고 헤라는 그를 만나러 가고…

헤라의 지시를 받고 사빈과 에즈라는 정보원을 만나러 공항에 간다. 그런데 공항 폐쇄 시간이 되어가는데도 정보원은 나타나지 않고, 마지막 순간 모습을 보인 정보원은 사람이 아닌 드로이드였다. 그리고 그를 데리고 돌아가려는 찰나 정체불명의 현상금 사냥꾼이 나타나 드로이드를 가로채려고 하는데, 헤라는 그를 보자마자 상대가 누군지 알아차린다.

아소카가 갑자기 케이넌을 찾아와 특별 임무를 부탁한다. 그리고 케이넌은 에즈라와 함께 그 임무에 나선다. 그 임무는 바로 사라지는 아이들을 지켜내는 것. 제국의 인퀴지터들은 포스가 강한 아이들을 색출해 어디론가 잡아간다. 마침내 아이들을 구하려던 에즈라와 케이넌은 인퀴지터와 맞닥뜨리게 되고…

에즈라는 꿈속에서 환영을 통해 부모님을 보게 된다. 그는 부모님이 살아있다고 확신하고 부모님을 찾아 나서겠다고 한다. 그리고 케이넌와 일행들 역시 에즈라를 도와주려고 하는데 제국군이 이들이 숨어있는 거렐 행성을 급습한다. 그리고 칼루스 요원과 인퀴지터를 상대하게 되는데...

부모님이 돌아가셨단 사실을 알게 된 에즈라는 상심한다. 그리고 그 사이 거렐에서의 피해 소식을 들은 오가나 의원은 반군을 지원하고자 한다. 그래서 특별 요원을 현재 이들이 머무르고 있는 로탈 행성에 파견하고 케이넌과 에즈라가 파견 요원을 맞이하러 간다…

레아 공주에게서 간신히 보급품을 건네 받았지만 반군은 이제 제국군이 그들의 길목을 장악하고 있어 새로운 루트의 개척이 필요한 상황이다. 그래서 사빈은 콘코드 단 태양계를 추천하고, 헤라와 사빈은 강력한 전사들인 그들을 설득하러 떠난다. 그러나 오히려 그들에게 공격을 받고 헤라는 중태에 빠진다.

도망자의 구조 임무에 나선 에즈라와 일행. 그런데 그들은 바로 라삿족들이었다. 자신이 종족의 유일한 생존자인 줄 알았던 젭은 혼란에 빠진다. 살아남은 두 라삿족은 자신들의 원 고향인 리라 산을 찾아간다고 말한다. 그러나 젭은 그것은 전설일 뿐이라며 리라 산의 존재를 믿지 않는다.

연료에 대한 정보를 입수하고 정제시설로 향하는 헤라 일행. 그러나 소행성 지대에서 우주를 떠도는 거대 생명체인 퍼길 무리를 만난다. 헤라는 그들을 공격하려 하지만 케이넌과 에즈라가 막는다. 그런데 이 퍼길 무리는 바로 이들이 찾고 있는 연료 정제소로 향하는데…

제국과의 싸움에서 희생당하는 인원 때문에 반군의 전력은 갈수록 줄어든다. 그런데 라일로스 태양계에서 제국의 항공모함이 나타났다는 정보를 입수하고 반군은 그 항공모함을 빼앗아 아군의 임시 전투기 기지로 사용할 생각을 한다. 그런데 라일로스 태양계라는 말에 헤라의 표정이 어두워지는데…

지오노시스 행성에서 제국이 뭔가를 만들었다는 정보를 입수한 케이넌 일행은 행성을 방문한다. 그리고 그들은 행성의 궤도에서 제국이 뭔가 어마어마하게 거대한 것을 만들었다는 걸 알게 된다. 그리고 모듈을 조사하던 중 매복하고 있던 칼루스 요원 일행과 맞닥뜨린다. 싸움을 벌이던 젭과 칼루스는 결국 행성의 달에 고립되고…

자신들이 가는 곳마다 제국군이나 인퀴지터가 나타나자 정보가 어디선가 새고 있다고 생각한 케이넌은 은밀히 아소카를 만난다. 그리고 케이넌, 에즈라, 아소카는 해답을 찾기 위해 로탈 행성의 숨겨진 제다이 사원을 찾아간다. 그곳에서 세 사람은 각자의 고뇌와 맞닥뜨리게 되고, 에즈라는 요다에게서 말라코어를 찾아가라는 말을 듣는다.

반란군은 안전한 야스트 태양계로 피신하려고 하지만 연료가 부족해서 항모가 움직일 수가 없다. 그래서 헤라 일행은 제국군이 연료가 있는 행성을 급습한다. 그러나 차퍼는 그곳에서 자신의 낡은 다리를 대체할 새 다리에 빠져 낙오하고 만다. 제국군에 쫓기던 차퍼는 우연히 제국의 화물선에 승선하게 되고…

마침내 믿고 거주할만한 기지를 찾은 반군. 그들은 기지를 구축하고 주변 경계를 하는데 북쪽으로 경계에 나선 다이저 중위가 실종된다. 사빈과 렉스는 즉시 중위를 찾아나선다. 그런데 그곳에서 거대한 거미 괴물과 맞닥뜨리게 되고 총알조차 뚫지 못하는 가죽을 가진 괴물과의 사투가 시작되는데…

요다가 지시에 따라 제다이에게 금지된 영역인 말라코어 행성을 찾아온 아소카, 케이넌, 에즈라. 세 사람은 이곳이 시스의 사원이 있는 행성이라는 걸 아렉 되고 사원 안으로 들어선다. 그리고 그 안에서 세 사람은 인퀴지터와 만나게 되고 격투 중 에즈라는 일행과 헤어진다. 그러다 사원의 비밀을 안다는 노인을 만나는데…