Nachdem Ben und seine Freunde die Erde vor der Invasion der Elite-Aliens gerettet haben, ist Ben von seiner Kraft so überzeugt, dass er alles viel zu locker sieht. Als wären das alle Probleme, die er hätte, denn Vilgax kehrt zurück und fordert Ben zu einem Zweikampf auf. Der Sieger bekommt die Erde.

Ben versucht, das Omnitrix zu entsperren und verursacht auf diese Weise eine Überlastung: Chromastone, Spidermonkey und weitere Aliens kommen dadurch frei. Ben, Gwen und Kevin müssen die entkommenen Kreaturen wieder einfangen.

Ben, Gwen und Kevin werden beauftragt, die Attacke eines Pyroxivors auf einen Ölförderbetrieb zu untersuchen. Bei ihren Nachforschungen treffen sie auf ein Geschöpf namens Grottenwusel.

Eine ziegenähnliche außerirdische Spezies kommt auf die Erde, um das Popcorn-Festival in Walton zu besuchen. Als sich herausstellt, dass die Aliens Gold ausscheiden, ist die Stadt in Aufruhr. Mayor Coleman entführt eines der Aliens, doch als er der Kreatur Fleisch zu essen gibt, verwandelt sich diese in eine äußerst gefährliche Urform der Spezies.

Ein junges Alien namens Probity bittet Ben, den Krieg auf seinem Planeten zu beenden. Keine einfache Aufgabe für Ben.

Rhomboid und Octagon Vreedle sollen Ship zurück zu Baz-L bringen. Aber so einfach wollen Kevin und Ben Ship nicht aufgeben.

Ein Kopfgeldjäger ist hinter Bens Omnitrix her – und sorgt für reichlich Chaos.

Ein Erdbeben weckt einen feindlichen Offizier aus dem Dauerschlaf. Er glaubt, dass seine Leute den Krieg verloren haben, woraufhin er die Erde zerstören will.

Kevin ist frustriert, da er sich nicht mehr in seine menschliche Form zurückverwandeln kann. Sein Ärger richtet sich vor allem gegen Gwen, von der er sich mehr Hilfe erwartet hätte. Charmcaster will Gwens Kräfte stehlen – und zwar mit Kevins Hilfe.

Vilgax lässt Ghostfreak aus seinem Gefängnis, doch dieser wendet sich sofort gegen seinen Befreier. Vilgax bleibt nichts anderes übrig, als Ben um Hilfe zu bitten.

Kevin und Darkstar lassen ihre Differenzen hinter sich. Sie finden ein Alien-Artefakt, das ihnen dabei helfen soll, ihren Zustand zu verändern. Und tatsächlich: Dank des Artefakts werden die beiden zu einfachen Menschen.

Ben, Gwen und Kevin finden eine Alien-Box, die alles verdoppeln kann. Als die drei versuchen, die Box zu zerstören, kopiert sie im Nu die Kräfte des Trios.

Im Namen des Friedens bekommen Ben und seine Freunde den Auftrag ein Alien Baby auf einen anderen Planeten zu bringen, allerdings verwandelt sich Ben in deren Feind und versucht sichtlich ruhig zu bleiben, denn er kann sich nicht mehr zurückverwandeln.

Während eines Kampfs gegen einen Techadon-Roboter versagt ohne ersichtlichen Grund Bens Omnitrix. Plötzlich teleportiert die Omnitrix Ben und seine Freunde auf den fremden Planeten Primus – und verschwindet. Schon bald treffen die drei auf Vilgax, der sich einen Kampf gegen Azmuth liefert. Ben, Gwen und Kevin können nicht verhindern, dass Vilgax die Omnitrix in seinen Besitz bringt.

Gwen gelingt es, das Zauberbuch Arcamada aus Hex’ Anwesen zu entwenden. Sie verfolgt einen kühnen Plan: Sie will durch eine Zeitreise Kevins Verwandlung in ein Monster verhindern. Und tatsächlich gelingt es ihr, Ben und Kevin davon abzubringen, die Omnitrix zu hacken. Doch Gwens Eingreifen in den Verlauf der Zeit hat furchtbare Folgen.

Ben ist erkältet und freut sich über den Besuch von Tetrax. Kaum angekommen, will er Ben zwingen, sich in Chromastein zu verwandeln – stattdessen erscheint Ben jedoch in der Gestalt von Steinschädel. Tetrax gibt Ben keine Zeit für Erklärungen und zerschmettert ihn kurzerhand. Dadurch kommt Chromastein zum Vorschein, der umgehend aufbricht, um sein Schicksal zu erfüllen. Tetrax erklärt, dass er Chromastein braucht, um seinen Heimatplaneten wiederherzustellen.

Opa Max sendet einen Hilferuf an die Klempner – Ben ist auf einer verlassenen Raumstation durchgedreht. Gwen und Kevin halten sich am anderen Ende der Galaxie auf, daher bleibt den Klempnern nichts anderes übrig, als sich der Sache selbst anzunehmen. Schon bald wird es für das Team äußerst ungemütlich.

Als Kevin nach einem Kampf nach Hause kommt, findet er sein Heim vollkommen verwüstet vor. Ben und Gwen finden heraus, dass Kevins Vater, Devin Levin, einst mit Opa Max zusammengearbeitet hat. Bei einem gemeinsamen Einsatz gelang es Devin, Ragnarok zu stoppen, kam aber dabei ums Leben. Jetzt ist Ragnarok zurückgekehrt und sucht nach einem mysteriösen Schlüssel. Kevin, Ben und Gwen setzen alles daran, Ragnarok das Handwerk zu legen.

Albedo Ben hat die Ultimatrix (eine verbesserte Version der Omnitrix) von Azmuth gestohlen und diese benutzt, um Gwen und Kevin zu kidnappen. Ben will sich dem Kampf mit Albedo Ben stellen und seine Freunde retten, als er herausfindet, dass dieser mit Vilgax zusammenarbeitet.

Ben verliert den Kampf gegen Albedo Ben und gibt die Omnitrix her, um seine Freunde zu retten. Seiner Kräfte beraubt, betritt Ben Vilgax’ Raumschiff und muss sich Vilgax stellen, um dessen Eroberungszug auf der Erde durch einen finalen Endkampf zu verhindern.