วิวแก็กซ์กลับมายังโลกมนุษย์และใช้กฎท้าประลองของจักรวาล ส่งนักสู้ที่เก่งที่สุดออกมาสู้กันโดยมีเดิมพันเป็นดาวโลก ซึ่งนักสู้คนนั้นก็คือเบ็น แม็กซ์พยายามพาช่างประปารุ่นใหม่สู้กับวิวแก็กซ์แต่ไม่เป็นผล เบ็นทราบเรื่องจึงได้รับคำท้า เควินจึงพาเบ็นมาที่เครื่องจักรเครื่องหนึ่งโดยมีเป้าหมายที่จะเจาะระบบของออมนิทริกซ์ เพื่อจะเอาเวย์บิ๊กออกมาถึงแม้จะถูกแอสมัทเตือนแล้วก็ตาม แต่เบ็นก็ยืนยันที่จะเจาะระบบ แต่ทว่าระบบเกิดการโอเวอร์โหลดขึ้น

ผลขอการเจาะระบออมนิทริกซ์ ทำให้เกิดระเบิดขึ้น และทำให้ DNA ของเควินแปรปรวนจนทำให้ ร่างของเขากลายเป็นลูกผสมระหว่างสารต่างๆ และยังทำให้เอเลี่ยนบางส่วนในออมนิทริกซ์หลุดออกมาเพ่นพ่านข้างนอก พวกเบ็นจึงต้องตามเอเลี่ยนที่หลุดออกมากลับเข้าออมนิทริกซ์และต้องไปประลองกับวิวแก็กซ์ให้ทันเวลา

พวกเบ็นได้รับเบาะแสจากปู่แม็กซ์ให้มาดูสิ่งผิดปกติที่ทะเลทรายแห่งหนึ่ง สิ่งนั้นคือตัวไพร็อกซอวอลด์ สัตว์ประหลาดที่มีหน้าตาคล้ายแรด พวกมันหนีออกมาจากใต้ดิน ทำให้พวกเบ็นต้องลงไปหาสิ่งที่ทำให้ตัวไพร็อกซอวอลด์หนีออกมา ทำให้พวกเบ็นได้พบกับได้พบกับโมลดิเอิร์ล เอเลี่ยนหนูที่รวบรวมระเบิดไว้ใต้ดินเพื่อปกป้องพวกไพร็อกซอวอลด์ ซึ่งสาเหตุที่ไพร็อกซอวอลด์ขึ้นไปบนพื้นดินสาเหตุมาจากที่อากาศร้อน เนื่องจากวอลแคนัสและลูกน้องของมันทำการดูดแมกม่าขึ้นมา ดังนั้นพวกเบ็นจึงต้องจัดการกับวอลแคนัสเพื่อให้ไพร็อกซอวอลด์กลับไปอยู่ใต้พื้นดินเหมือนเดิม

ที่วอลตั้น ทุกๆ17ปีจะมีเอเลี่ยนหน้าตาเหมือนลิงทุกเพศทุกวัยมาสนุกกัน7วัน7คืนในเทศกาลป็อบคอร์น แต่คราวนี้มีเอเลี่ยนชื่อเดกก้าที่เป็นเพื่อนของออฟ เอเลี่ยนตัวที่แจ้งความหายไปตัวนึง ทำให้พวกเบ็นต้องออกตามหาเอเลี่ยนตัวที่หายไป ทุกคนพบความจริงว่าคนร้ายที่จับเดกก้าคือผู้ว่า เขาบังคับให้เดกก้ากินเนื้อเพื่อให้อึเป็นทองเยอะๆ แต่เผ่าพันธ์ของเดกก้าห้ามกินเนื้อ เพราะถ้ากินเนื้อ เดกก้าจะกลายเป็นสัตว์ประหลาดลิงยักษ์ที่สามารถแพร่พันธุ์ลิงยักษ์ได้ รวมถึงการกลายพันธ์ทำให้เดกก้าอึเป็นระเบิดไม่ใช่ทอง แต่เดกก้าก็กินเนื้อไปแล้ว ทำให้ทุกคนต้องระวังในการทำให้เดกก้ากลับไปเป็นเหมือนเดิม

เบ็นได้รับข้อความสำคัญจากแฟนคลับนอกโลกที่ส่งมาเพื่อขอความช่วยเหลือ เธอผู้นั้นคือ "โพรบิตี้" สาวน้อยที่เกลียดสงคราม และหวังว่าเบ็นจะช่วยยุติสงครามแบ่งสีที่เกิดขึ้นบนดวงดาวของเธอ เพราะสงครามเป็นสิ่งไม่ดี... และสงครามไม่เคยสร้างสรรค์อะไร เบ็น เกวน และเควิน จะสามารถหย่าศึกครั้งนี้ได้หรือไม่

เอเลี่ยนสองตัวชื่อรอมบอยด์กับอ็อคตากอน ในอีกชื่อหนึ่งพี่น้องวรีเดิล ได้รับการว่าจ้างจากเบเซล พร้อมด้วยหมายศาลให้พาตัวชิปกลับไปหาเขา ขณะที่เบ็นกับเควินเดินทางไปดาวโคดาเพื่อขอให้ศาลพิจารณาหมายเรียกใหม่ จูลี่และเกวนต้องอยู่สู้กับพี่น้องวรีเดิลบนโลก

เอเลี่ยนนักล่าสมบัติชื่อซันเดอร์ ตามล่าออมนิทริกซ์ของเบ็น เขาใช้ขวานโจมตีไปที่ออมนิทริกซ์และเกิดการเคลื่อนย้ายแบบคร่อมมิติ ส่งผลให้เบ็นไปอยู่ในมิตินัลแต่มือของเขาอยู่บนโลก มือของเบ็นจึงพยายามขอความช่วยเหลือจากจูลี่ ขณะที่เบ็นต้องเอาตัวรอดในมิตินัล

เพราะเหตุแผ่นดินไหวทำให้ไฮบรีดตัวหนึ่งตื่นขึ้นมาและไม่ได้ทราบเรื่องราวของสงครามที่สงบลงแล้ว ได้ใช้เมล็ดควบคุมจิตใจควบคุมแม็กซ์และชาวเมืองให้กลายร่างเป็นต้นไม้ขนาดยักษ์ที่มีเป้าหมายที่จะดูดพลังงานมหาศาลและระเบิดตัวเองทำลายทั้งดาว

ชาร์มแคสเตอร์ศัตรูในอดีตสมัยเด็กวัย 10 ขวบของเกวน ได้ปรากฏตัวขึ้นเพื่อต้องการแก้แค้น เกวน ที่ได้ทำลายชีวิตแม่มดของเขาไป พร้อมกับเกวนเคยได้หยิบสมุดเวทมนตร์จากตอนที่เกวนสลับร่างมาเป็นของตนเอง ชาร์มแคสเตอร์จึงแก้แค้นโดยการจับเควินไว้ให้อยู่หมัด และ เธอหลอกเควินว่าหากพาเกวนมาที่หอดูดาว จะแก้ความเป็นตัวประหลาดของเควินให้ แต่จริง ๆ เธอจะดูดพลังเวทมนตร์ของเกวนไป

วิวแก็กซ์ได้ปล่อยโกสท์ฟรีคออกจากที่คุมขัง แต่โกสท์ฟรีคกลับเข้ายึดครองดาวของวิวแก็กซ์ วิวแก็กซ์มาขอความช่วยเหลือจากเบ็น พวกเบ็นจึงเดินทางไปยังดาวของวิวแก็กซ์ เบ็นได้ใช้แผนให้โกสท์ฟรีคเข้าสิงร่างตนเพื่อให้ตัวโกสท์ฟรีคถูกเก็บอยู่ในออมนิทริกซ์ดังเดิม แต่ว่าพลังของโกสท์ฟรีคที่มีมากขึ้น ทำให้เบ็นถูกโกสท์ฟรีคครอบงำ แต่วิวแก็กซ์ได้ต่อสู้กับโกสท์ฟรีคจนทำให้เบ็นสามารถกลับเข้ามาคุมร่างและสามารถขังโกสท์ฟรีคไว้ในออมนิทริกซ์ได้อีกครั้ง

ไมค์ มอร์นิงสตาร์ได้ขอให้เควินช่วย โดยการร่วมกันเดินทางไปตามหาทับทรวงแห่งดอมินัส ซึ่งมีพลังที่จะปรับสมดุลพลังของทั้งสองคนและทำให้ทั้งสองกลับเป็นมนุษย์ธรรมดาได้ พอไมค์และเควิ่นขโมยทับทรวงดอมินัสและใช้มันได้สำเร็จ ปรากฏว่าไมค์กลับหักหลังเควิ่นต่อหน้าต่อตา รวมถึงเควินยังไม่สามารถใช้พลังซึมซับอะไรได้อีกด้วย แต่แล้วไมค์กลับไปหลอกให้เกวนไปพบ ทำให้เบ็นและเควินต้องตามไปช่วยเกวน และทั้งคู่ก็ได้รู้ความจริงว่าไมค์ตั้งใจจะใช้ทับทรวงดอมินัสดูดพลังสิ่งมีชีวิตบนโลกนี้จนหมด เควินจึงต้องรีบไปชิงทับทรวงดอมินัสให้ได้ก่อนที่ไมค์จะใช้มันสำเร็จ

พวกเบ็นได้ค้นพบกล่องที่สามารถเลียนแบบรูปร่างและพลังของสิ่งที่มันพบเจอได้ แต่ทว่าพี่น้องวรีเดิลกลับชิงมันไป และมันได้เลียนแบบพฤติกรรมชอบความรุนแรงของพี่น้องวรีเดิล พวกเบ็นจึงต้องหยุดกล้องนั้นให้ได้

พวกเบ็นได้รับมอบหมายภารกิจให้ทำการส่งเจ้าชายทิฟฟินแห่งดาวลูโอดาไปให้กษัตริย์จาร์เร็ตแห่งดาวแฟนทาเฟชเพื่อสงบศึก ระหว่างเดินทางออมนิทริกซ์ของเบ็นเกิดรวนและทำให้เบ็นกลายร่างเป็นเอเลี่ยนสายพันธุ์แอพพ็อบเลเซี่ยนชื่อแรธและกลับคืนร่างไม่ได้ ขณะที่กำลังเดินทาง ทั้งสามได้พบเจอกับคู่อริเก่าๆ อย่าง อินเคอร์เชี่ยน, วอลแคนัส, อาร์จิต, พี่น้องวรีเดิล ซึ่งมีเป้าหมายจะชิงตัวเจ้าชายมา

เกว็นได้ย้อนเวลากลับไปเพื่อหยุดยั้งการแฮ็กซ์เข้าออมนิทริกซ์ของเบ็นเพื่อไม่ให้เควินกลายร่าง แต่เมื่อเธอกลับมาก็พบว่าชามแคสเตอร์และเฮ็กซ์ได้ยึดครองโลก เธอจึงต้องย้อนเวลากลับไปอีกครั้งเพื่อทำให้ทุกอย่างกลับเป็นเหมือนเดิม

เทแทร็กซ์ เอเลี่ยนสายพันธุ์ เพโทรซาเปียน(ไดม่อนเฮด) เอเลี่ยนที่เคยช่วยเบ็นในสมัยเด็ก ได้มาหาเบ็น แต่ปรากฏว่า เทแทร็กซ์ ได้กลับเข้ามาทำร้ายเบ็นโดยมีจุดประสงค์ว่า เบ็นมีร่างโครม่าสโตน ซึ่งหลังจากที่เทแทร็กซ์ได้โครม่าสโตนไปแล้ว เทแทร็กซ์ จึงบอกจุดประสงค์กับเบ็นว่า เขาเคยขายส่วนของคริสตัลส่วนหนึ่งให้กับวิวแก็กซ์

กลุ่มช่างประปาฝึกหัด ได้รับสัญญาขอความช่วยเหลือจากปู่แม็กซ์ ซึ่งส่งสัญญาณมาว่าเบ็นเกิดอาการผิดปกติ กลุ่มช่างประปาฝึกหัดจึงมุ่งไปยังสถานีอวกาศของช่างประปาและต่างต้องต่อสู้กับเบ็น

เอเลี่ยนชื่อแร็กนาร็อค ซึ่งเป็นผู้สังหารพ่อของเควิน แหกคุกออกมาจากมิตินัลเพื่อตามหากุญแจซึ่งเชื่อว่าพ่อของเควินเป็นคนเก็บเอาไว้ ด้วยความแค้น เควินจึงตัดสินใจที่จะต่อสู้กับแร็กนาร็อคด้วยตนเอง

อบีโดร่วมมือกับวิวแก็กซ์ ขโมยอุปกรณ์ที่แอสมัทสร้างขึ้นใหม่ เรียกว่าอัลติเมทริกซ์ และทำการจับเควินและเกวนแยกออกจากเบ็น เพื่อชิงออกนิทริกซ์มาจากเบ็น วิวแก็กซ์บังคับให้เบ็นส่งออมนิทริกซ์มาเพื่อแลกกับชีวิตของเกวนและเควิน

เมื่อวิวแก็กซ์ได้ออมนิทริกซ์ ก็ได้หักหลังอัลบีโด้และใช้หุ่นชีวจักรกลในการสร้างกองทัพที่สามารถเปลี่ยนสภาพได้ตามออมนิทริกซ์ ในขณะที่เบ็นกำลังเสียใจกับเหตุการณ์ที่เกิดขึ้น แอสมัทได้มาพบกับเบ็น ซึ่งเบ็นได้โดนแอสมัทต่อว่าอย่างหนักกับเรื่องที่เกิดขึ้นกับเควิน (ในตอน Vengeance of Vilgax: Part 2) และเบ็นเอง ซึ่งแอสมัทได้แนะนำวิธีเดียวที่จะหยุดยังวิวแก็กซ์ได้(โดยยังเป็นความลับ) พวกเบ็นจึงตามไปหาวิวแก็กซ์ โดยเบ็นให้วิวแก็กซ์ถอดออมนิทริกซ์ออก แต่วิวแก็กซ์ปฏิเสธ เบ็นจึงใช้คำสั่งทำลายตัวเองจนออมนิทริกซ์ได้ถูกทำลายไป แต่ผลจากการทำลายออมนิทริกซ์จึงทำให้เควิ่นหายจากสภาพตัวประหลาดได้ แต่วิวแก็กซ์ไม่ได้ยอมแพ้ โดยบังคับยานให้พุ่งชนเมือง เบลวู๊ด เกวนและปู่แม็กซ์จึงต้องไปบังคับให้ยานกลับลำให้ทัน ในขณะที่เบ็นและเควิ่นต้องคอยต่อสู้กับวิวแก็กซ์ โดยที่เบ็นได้อัลติเมทริกซ์ซึ่งเป็นอุปกรณ์ใหม่ในการแปลงร่างแทนออมนิทริกซ์