Hildy et Terry enquêtent sur la disparition d'un lieutenant de police infiltré. Alors qu'ils sont en train d'interroger un témoin, ils entendent des coups de feu à bord d'un bus scolaire circulant dans la rue. Une des tueries de masse les plus importantes de ces dernières années se déroule sous leurs yeux. Les deux tueurs Alfie Rentman et Dustin Maker viennent d'abattre dix-huit de leurs camarades. La police déploie un véritable dispositif de guerre pour les neutraliser.

Après le massacre perpétré dans le bus scolaire, toute la police est à la recherche du second tireur : Alfie Rentman. Alors que Terry et ses hommes pensent l'avoir trouvé dans les galeries souterraines de la ville, il leur échappe une fois de plus. Walt, un des lieutenants de Terry, est mystérieusement abattu dans les galeries.

La ville de San Francisco est encore sous le choc. Les hommages aux victimes se multiplient aux abords du lycée Whitman. Le procureur Siletti, venu se recueillir, fait une allocution émouvante devant les caméras. Hildy enquête sur le meurtre d'un jeune trafiquant de drogue chinois, Victor Chan, dans une serre de cannabis appartenant à un gang samoan. Le principal témoin est Jalil, un jeune garçon âgé de 13 ans, retrouvé sur les lieux avec une entorse à la cheville et du sang sur ses chaussures. Il refuse de parler à la police. Hildy demande l'autorisation à Terry de faire pression sur lui, convaincue de son innocence, mais celui-ci souhaite procéder à son arrestation.

Après sa rencontre avec Dustin Maker, le second tueur du bus, Jamie Nelson décide de prendre en charge la défense du jeune meurtrier. Elle commence par le faire évaluer par un psychiatre qui le déclare tout à fait lucide et conscient de ce qu'il faisait au moment de la fusillade. Ainsi, elle ne pourra plus plaider la folie. Hildy, qui ne croit absolument pas en la culpabilité du très jeune Jalil, décide de rendre visite à sa mère pour essayer de comprendre qui son fils essaie de protéger. Pour ce faire, elle se rend à Potrero, un quartier très pauvre, entièrement tenu par un dénommé Suger Cascade.

Kaleb ne s'est pas suicidé : il s'agit d'un meurtre qui a été maquillé. Au vu de la méthode, Terry et Hildy pensent qu'il a été commis par un policier. Ils décident d'enquêter discrètement au sein de leur unité pour commencer, afin d'innocenter tous leurs collègues.

Sugar se présente au centre de détention pour femmes de San Francisco pour y chercher sa soeur, qui est censée sortir ce jour. Mais il apprend sur place qu'elle est sortie un jour plus tôt que prévu. Durant plusieurs jours, Suger remue ciel et terre mais sa soeur, Tenea, reste introuvable. Dans l'affaire du jeune Jalil, qui s'est accusé d'un crime qu'il n'avait pas commis et qui a été tué en prison pour cette raison, Junior et Raffi ont associé leurs forcse pour trouver les coupables. Mais alors qu'ils demandent à voir le corps, celui-ci a disparu de la morgue.

Hildy et Terry s'envolent pour le Mexique après avoir découvert la vérité au sujet de Navarro. Quant à Jamie, elle se rend à Pleasantville où elle fait une découverte douloureuse sur le passé de Dustin.

Alors que Junior apporte de nouvelles informations à Terry et Hildy leur permettant d'avancer dans l'enquête, le procès de Dustin est sur le point de commencer. De son côté, Sugar fait des découvertes surprenantes au sujet de sa soeur.

Nick Torres, un agent du Contrôle de gestion du département, enquête sur les agissements du service. À cette occasion, il en profite pour mettre en garde Hildy et lui conseille de ne pas faire confiance à son frère, Junior. Dans le même temps, s'ouvre le procès de Dustin Maker. En s'appuyant sur divers témoignages, la Défense parvient à démontrer qu'Alfie Rentman était le cerveau de l'attaque du bus et révèle que Dustin a été maltraité et violé pendant plusieurs années... A contrario, le Ministère public, met en avant l'atrocité du massacre et le manque d'empathie de Maker mettant également en doute l'enfance difficile de celui-ci.

Hildy et Terry arrêtent Torres alors qu'il récupère l'argent de Junior dans une poubelle. Ils l'interrogent secrètement sur un bateau, mais Torres affirme ne pas savoir grand-chose. Car toute l'organisation de l'Union est faite pour protéger l'anonymat de ses membres. Junior perd son calme, il est convaincu que Torres ment et que c'est en fait lui, le Chef de l'Union. Hildy le renvoie chez lui. Torres leur donne le nom des soldats qu'il a recrutés en tant que capitaine et les ordres qu'il a passés en échange d'un accord avec Siletti. Cinq policiers sont arrêtés dès le lendemain.

Molk parvient à convaincre Alyssa de dire tout ce qu'elle sait de l'Union, en échange de quoi, il s'engage à lui obtenir une protection policière. Mais le temps qu'il fasse sa demande à Koto, Alyssa disparaît. Molk pense immédiatement qu'elle a été enlevée, mais lorsqu'il se rend compte qu'elle a vidé le coffre dans lequel elle cachait l'argent de l'Union, elle devient un très sérieux suspect. Molk continue de la chercher en vain, mais c'est finalement elle qui le contacte et lui donne rendez-vous dans un motel où elle se cache. Il la rejoint et elle lui explique qu'elle a fuit parce que le chef de l'Union était venu jusqu'à elle.