In Season Three, Ultron returns after his apparent demise and seeks revenge on the Avengers. The Avengers must defeat him as well as new threats like Baron Zemo's Masters of Evil and Kang the Conqueror. Vision, Black Panther, Captain Marvel, Ms. Marvel, and the Inhumans will also be appearing this season.

Ultron retorna após seu aparente desaparecimento e busca vingança contra os Vingadores. Os Vingadores devem derrotá-lo, assim como novas ameaças, como os Mestres do Terror, do Barão Zemo e Kang, o Conquistador. Visão, Pantera Negra, Capitã Marvel e Ms. Marvel também aparecerão nesta temporada. O enredo é esperado para configurar uma adaptação de Guerra Civil.[1] A terceira temporada estreou na Disney XD em 13 de março de 2016.

Los Vengadores se ven obligados a cancelar sus planes de expansión y Ant-Man regresa a trabajar solo, debido a una falta de amenazas globales. Después de tratar con A.I.M., por el Científico Supremo, los Vengadores se sorprenden cuando Ultron vuelve después de su aparente desaparición y absorbe la tecnología del Super-Adaptoide de A.I.M. y el metal desconocido del espacio utilizado para hacer los adaptoides. Ahora Ultron está buscando venganza sobre los Vengadores para frustrar sus planes con el poder de las Gemas del Infinito, mientras continuaba con sus planes para reemplazar la humanidad con los robots. Una parcela para eliminar la humanidad involucrado el ataque a los Inhumanos en la ciudad de Attilan donde tenía previsto utilizar a Black Bolt para alimentar su cañón que terminó con Black Widow y Hulk de tirar la niebla Terrigena en el cañón que resulta en algunos de los seres humanos que son descendientes de los Inhumanos de someterse a la Terrigenesis.