제인의 고백을 통해 서로의 사랑을 확인한 제인과 리스본은 직장과 개인의 삶 모두에서 둘도 없는 파트너가 되었다. 연인이 된 제인과 리스본은 그들의 새로운 관계를 동료들에게는 비밀로 하기로 한다.

리스본은 자동차 도난 사건의 우두머리를 유죄로 묶기 위해, 교도소에 입소자로 들어가 잠입수사를 하게 된다.

제인과 리스본은 안면이 있지만 안 좋은 사이인 에리카 플린과 함께 팀이 되어 위험한 미션을 수행하게 되는데... 그녀는 FBI를 도와 테러조직의 일원인 자신의 남자친구를 체포하는 데 동의하는 대신 지난 날의 죄에 대해 면죄부를 얻으려 한다.

제인과 리스본은 대령의 아내가 살해당했고 범인이 밝혀져 수사 종료된 사건을 비밀리에 재수사하려 한다. 제인은 대령이 무언가 숨기고 있다는 느낌을 받고 사건에 깊이 파고드는데...

FBI는 실패한 DEA(마약단속국) 습격과 관련해 컨설팅 의뢰를 받는다. 하지만 애보트의 전 상사가 애보트에게 기관의 실수를 비밀로 하라고 협박하려 하고, 애보트는 그의 커리어와 도덕 사이에서 선택해야만 하는데...

살인 사건 조사 중 리스본이 그녀의 무능력한 남동생, 지미가 중요한 사건 목격자라는 것을 알게 되자 조사 상황은 리스본 개인적으로도 중요하게 흘러가게 된다.

제인은 수사팀이 숙련된 암살자와 관련된 살인 사건 목격자를 보호하기 위한 일에 투입되자, 리스본의 안전에 대해 걱정한다.

애보트의 오랜 상사, 피터슨 요원이 애보트의 커리어와 그의 자유를 위협하자, 제인은 위험한 계획을 세워 친구의 미래를 지키려 하는데...

FBI팀은 궁지에 몰린 무장 차량 절도범들을 쫓는다. 이 상황에 제인은 극단적인 방법을 택하는데...

한 젊은 남자가 초능력을 가지게 되었다고 주장하며, 그 힘으로 FBI를 도와 살인 사건들을 해결하겠다고 한다. 하지만 그가 FBI를 추가적인 피해자들이 발생하도록 이끌자, 제인은 사실 그가 그토록 FBI가 쫓던 살인마가 아닌지 의심하기 시작한다.

제인과 FBI는 라자루스라고 불리는 연쇄 살인마의 살인 사건들을 조사한다. 제인은 다시 한 번 유명한 심령술사로 위장해서 미끼가 되어 연쇄 살인마를 유인해내어 FBI에게 그를 체포할 기회를 준다.

리스본은 제인의 깜짝 프로포즈를 받아들인다. 하지만 한 살인마의 복수가 남아있는데... 제인과 FBI 팀원들은 레드 존같은 연쇄 살인마에 맞서며 그가 저지르는 범죄들을 결론지으려 한다.