レッド･ジョンの手下から受け取った映像を見るジェーンとリズボン。ジェーンが7人に絞り込んだレッド･ジョンの容疑者リストを、レッド･ジョンは言い当てる。そしてまた殺しを始めると宣言する。

空き家で、リズボンが意識不明で倒れているのが発見される。その顔には血でスマイルマークが描かれていた。リズボンは病院に運ばれ、スタンガンによる火傷以外は無傷であることが分かるが、大事を取って入院することになる。

ナパ郡で殺人事件が発生。ナパはレッド･ジョンの容疑者の1人マカリスター保安官の管轄だ。ジェーンは捜査にかこつけマカリスターを探りに行くために事件現場へ向かう。

ジェーンとリズボンはFBIのスミス捜査官に呼び出される。かつてジェーンが自供に追い込んだ犯罪者ベン･マークスが遺体で発見されたのだ。ベンは裁判で無罪になりそうなため、ジェーンが裁きを下すべく殺したのではないかとスミスは疑う。

男性がホテルの部屋で死亡する。被害者はチャド･パークマンと判明。パークマンは著名な体操のコーチでジムを経営していた。さらにビジュアライズの信者だったため、教団のトップであるスタイルズの右腕クーパーと信者のハフナーが捜査に加わることに。

ジェーンの自宅にリズボンが駆けつけると、中で爆発が起きる。呼び出したレッド・ジョン容疑者5人のうち3人の死亡が確認され、ジェーンも意識不明の重体で入院することに･･･。

レッド・ジョン容疑者の一人が、ジェーンに電話をよこし「ゲーム終了だ、会って話をしよう」という。ジェーンはFBIの追っ手をまきながら指示された待ち合わせ場所へと向かう。そこで、ジェーンは衝撃の事実を知ることに･･･。

南の島で過ごすジェーンの前にFBI捜査官アボットが現れ、捜査コンサルタントの仕事をオファーする。最初は断ろうとするジェーンなのだが･･･。

連邦準備銀行のシステムを保護する暗号プログラムを作成したプログラマーが行方不明に。アメリカの銀行システムを大混乱に陥れることが可能であるため、誘拐の線で捜査が進められる。アボットはジェーンを捜査に参加させるために、ある人物を呼び寄せる。

麻薬取締局（DEA）の事務所が襲われ、捜査官5人が撃ち殺された。現場カメラの映像から襲撃犯3人の身元が判明するものの、その後、何者かによって殺害された3人が遺体で発見される。当初、前月の手入れで100キロの麻薬を押収し、カルテルの幹部を射殺したことへの報復と思われたが･･･。

地図作成専門のコンピューター・エンジニアをしていたチャールズ・ウィテカーが、薬物の過剰摂取で死亡する。勤務先では国防総省から軍事関係の仕事を請け負っていたが、社員への聞き込みから、チャールズは社内のスパイがデータを盗んでいるのではないかと疑っていたことが明らかになる･･･。

メキシコのフアレスで、アメリカの公選弁護人イーディス･ファーロックの遺体が発見された。実直な弁護士として、弁護人たちに慕われるイーディスだったが、発見された時は普段と違うヒッピーらしい服装をしていた。ジェーンは、何か目的があって変装しているのだと推理するが･･･。

テキサス州内の石油の掘削現場でダン・ベッカーが遺体で発見された。ダンは地元の農場主で、掘削作業で地下水が汚染されたとしてミルマン石油を訴えていた。だがダンの妻や友人たちをはじめ、死にかけていた町を再生させたミルマン石油を悪く言う者はいない、ただダンの幼なじみのプライスだけを除いては･･･。

モーテルの部屋からヴァンペルトの姿が消えた。ハイバックが誘拐したと思われ、FBIはハイバックを捜索するが、ハイバックは自ら姿を現し、ヴァンペルトの誘拐時刻にアリバイがあることを示す証拠を渡してきた。一方、何者かによって地下室に閉じ込められていたヴァンペルトは、なんとか自力で脱出に成功するのだが･･･。

ヘニガン･ギャラリーが強盗団に襲われ、抵抗したオーナーのジョンが撃ち殺された。被害者ジョンの妻シルヴィアによれば、ジョンは「裸の女の絵」を奪い返そうとして撃たれたという。ジェーンは捜査協力を申し出て、美術品部隊のパイク捜査官と合同で強盗団を追うことに。

14年前の殺人事件で起訴された死刑囚ルイス･クルーズの無実を晴らすため、長年証拠を探していたデーヴィッド･ロナルドが爆弾により死亡した。11年前に死刑判決を受け、死刑執行が50時間後に迫っていたクルーズと話したアボットは、クルーズが無実であることを直感し、事件の再捜査に乗り出す。

国有林のハイキングコースで若い女性の遺体が見つかった。一番近くにあるのは裕福な男性専用のクラブで、ジェーンはここに犯人がいると断定。さらに捜査を進めると、被害者の女性はクラブに雇われた娼婦であり、クラブ自体が公然と売春行為を行っていた疑いが浮上する......。

逮捕した男の証言から、小屋の地下に監禁されている女性ダニエラを発見・保護したジェーンとリズボン。スカウトの男に欺されて拉致されたという。しかも小屋にあったペットボトルからは20人分のDNAが検出され、人身売買のために何者かが若い女性たちを拉致・監禁してメキシコへ運んでいると思われた......。

ジェーンが突然逮捕される。レッド・ジョン殺害の件で召喚状が出ていたが、ジェーンがそれを無視して裁判所に行かなかったからだ。リズボンとフィッシャーは証人として大陪審に呼ばれ、検事の追求を受けるが･･････。

ウィートンデール医療センターで発見された、臓器のない3人の女性の遺体を調べていたジェーンたち。すると、女性たちをカシミ兄弟の元へ運ぶのに使われたトラックの所有者が医療センターを買い取っていたことが判明し、マイケル･リドリーという男が捜査線上に浮かぶ。

FBIに挑戦状が届く。マイアミで5年前に起きた未解決の殺人事件の犯人を語る者からで、最後に暗号が書いてあった。支局長命令で、翌日ワシントンD.C.に出発する予定だったリズボンも出発を延期し、一同はマイアミへ捜査に行くことに。